单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1341	2025-05-13	Single-cell RNA-Seq data have prevalent blood contamination but can be rescued by Originator, a computational tool separating single-cell RNA-Seq by genetic and contextual information 2025-Jan-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.04.588144 PMID:38617220	research paper	该研究提出了一种名为Originator的计算工具，用于从单细胞RNA测序数据中分离血液污染细胞和不同遗传来源的细胞	开发了Originator这一新计算框架，能够基于遗传和上下文信息有效分离单细胞RNA测序数据中的血液污染细胞和不同遗传来源的细胞	未提及该工具在超大规模数据集上的性能表现	解决单细胞RNA测序数据中普遍存在的血液污染问题，提高数据分析的准确性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	胰腺癌	scRNA-Seq	Originator(新型计算框架)	单细胞RNA测序数据	多种人工混合数据集和真实数据集（具体数量未明确说明）
1342	2025-05-13	Polymorphisms in immunosuppression-related genes are associated with AML 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1530510 PMID:39975548	研究论文	研究免疫抑制相关基因多态性与急性髓系白血病（AML）的关联	首次报道了特定SNPs在AML免疫抑制相关基因中的保护性和风险性作用	样本量相对有限，未进行功能验证实验	探索免疫抑制相关基因多态性对AML易感性、治疗反应和预后的影响	307名AML患者和316名健康个体的DNA样本	血液肿瘤遗传学	急性髓系白血病	SNP基因分型（MassARRAY平台）	NA	基因型数据	307例AML患者和316例健康对照
1343	2025-05-13	Unveiling macrophage dynamics and efferocytosis-related targets in diabetic kidney disease: insights from single-cell and bulk RNA-sequencing 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1521554 PMID:40046045	研究论文	通过单细胞和批量RNA测序揭示糖尿病肾病中巨噬细胞动态变化和胞葬作用相关靶点	阐明了巨噬细胞亚型转变的动态过程，并确定了三个关键基因作为巨噬细胞胞葬作用的关键调节因子	研究主要基于早期糖尿病肾病患者的测序数据，可能无法完全反映疾病晚期的变化	阐明糖尿病肾病中巨噬细胞异质性和表型动态变化，并确定胞葬作用中的关键靶点	糖尿病肾病患者的巨噬细胞	生物信息学	糖尿病肾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 批量RNA测序	NA	RNA测序数据	早期糖尿病肾病患者的测序数据
1344	2025-05-13	Single-cell genomics and spatial transcriptomics in islet transplantation for diabetes treatment: advancing towards personalized therapies 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1554876 PMID:40051625	综述	本文综述了单细胞和空间转录组学在胰岛移植治疗糖尿病中的应用及其潜力	整合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，全面解析胰岛移植中的细胞多样性和微环境	需解决伦理和技术挑战以实现这些整合方法在研究和临床实践中的成功应用	推进糖尿病治疗中的个性化疗法	胰岛移植	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
1345	2025-05-13	Development of a prognostic model for hepatocellular carcinoma based on microvascular invasion characteristic genes by spatial transcriptomics sequencing 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1529569 PMID:40051627	研究论文	本研究通过空间转录组测序技术，基于微血管侵犯特征基因开发了一种新的肝细胞癌预后预测模型	首次利用空间转录组测序技术筛选MVI区域特异性基因，构建了7基因预后模型，并在三个外部验证队列中证实其预测性能优于现有模型	研究样本量较小（仅4个MVI样本），需要更大规模临床验证	开发基于微血管侵犯特征基因的肝细胞癌预后预测模型	肝细胞癌患者（HCC）及微血管侵犯（MVI）样本	数字病理学	肝癌	空间转录组测序，单核RNA测序	Cox回归分析，LASSO回归，随机生存森林	基因表达数据	4个不同分级的MVI样本，三个外部验证队列
1346	2025-05-13	Single-cell analysis of CD14+CD16+ monocytes identifies a subpopulation with an enhanced migratory and inflammatory phenotype 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1475480 PMID:40051633	研究论文	通过单细胞RNA测序分析CD14+CD16+单核细胞，识别出一个具有增强迁移和炎症表型的亚群	首次在CD14+CD16+单核细胞中识别出具有增强迁移和炎症表型的Group 1单核细胞亚群，并揭示了其在神经炎症疾病中的潜在作用	研究仅基于体外实验和单细胞RNA测序数据，未进行体内功能验证	探究CD14+CD16+单核细胞的异质性及其在神经炎症疾病中的作用	人类CD14+CD16+单核细胞	单细胞生物学	HIV相关神经认知障碍(HIV-NCI)	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
1347	2025-05-13	Tumor microenvironment-driven resistance to immunotherapy in non-small cell lung cancer: strategies for Cold-to-Hot tumor transformation 2025, Cancer drug resistance (Alhambra, Calif.) DOI:10.20517/cdr.2025.14 PMID:40342732	review	该综述探讨了非小细胞肺癌（NSCLC）肿瘤微环境（TME）驱动的免疫治疗耐药机制，并提出了将冷肿瘤转化为热肿瘤的策略	提出了一个多维框架来转化冷肿瘤为热肿瘤，包括增强免疫浸润、调节免疫抑制网络和激活休眠免疫通路等策略，并强调了单细胞测序、空间转录组学和纳米医学等前沿技术的应用	综述性质文章，未进行原始实验验证，且部分新兴策略的临床效果尚待验证	克服非小细胞肺癌对免疫治疗的耐药性，提高免疫治疗效果	非小细胞肺癌及其肿瘤微环境	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞测序, 空间转录组学, 纳米医学	NA	NA	NA
1348	2025-05-13	The Low Tumorigenic Risk and Subtypes of Cardiomyocytes Derived from Human-induced Pluripotent Stem Cells 2025, Current stem cell research & therapy IF:2.1Q4 DOI:10.2174/011574888X318139240621051224 PMID:40351082	research paper	本研究评估了人类诱导多能干细胞衍生的心肌细胞（hiPSC-CMs）的肿瘤形成风险及其亚型组成，证实了其生物安全性并描述了心脏亚型的组成和表达谱	通过单细胞RNA测序和全外显子组测序等方法，首次全面评估了hiPSC-CMs的肿瘤形成风险，并详细描述了其亚型组成和成熟度	研究仅观察了移植后3个月的小鼠模型，长期肿瘤形成风险仍需进一步评估	评估hiPSC-CMs的肿瘤形成风险并明确其亚型组成，为其临床应用提供理论支持	人类诱导多能干细胞衍生的心肌细胞（hiPSC-CMs）	干细胞研究	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNAseq）、全外显子组测序（WES）、流式细胞术、分子生物学、细胞生物学、电生理学	NA	基因表达数据、测序数据	分化第25天的hiPSC-CMs，移植到NOD-SCID小鼠中观察3个月
1349	2025-05-13	Distinct Inflammatory Programs Underlie the Intramuscular Lipid Nanoparticle Response 2024-12-03, ACS nano IF:15.8Q1 DOI:10.1021/acsnano.4c08490 PMID:39563529	研究论文	研究探讨了mRNA/脂质纳米颗粒（LNP）在肌肉组织中的免疫原性及其对疫苗接种和基因治疗的影响	发现了两类炎症基因表达程序（炎症性和非炎症性），并揭示了mRNA和LNP在提供有效疫苗接种所需的先天免疫刺激中的协同作用	研究仅针对肌肉注射的LNP反应，未涉及其他给药途径或长期效应	评估mRNA/LNP的佐剂性及其在疫苗接种和基因治疗中的应用	肌肉组织和免疫细胞（如中性粒细胞、髓系细胞、脾细胞等）	基因治疗	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	9种化学性质不同的LNP
1350	2025-05-13	The relationship between Sjögren's syndrome and recurrent pregnancy loss: a bioinformatics analysis 2024-12, Reproductive biomedicine online IF:3.7Q1 DOI:10.1016/j.rbmo.2024.104363 PMID:39299134	research paper	通过生物信息学分析揭示干燥综合征与复发性流产之间的基因相关性	首次揭示干燥综合征与复发性流产共享生物学通路，并鉴定出关键基因KCNN3	研究基于公开数据库数据，需进一步实验验证	探索干燥综合征与复发性流产之间的基因相关性	干燥综合征和复发性流产患者的基因数据	生物信息学	干燥综合征, 复发性流产	WGCNA, limma分析, 单细胞RNA测序, ceRNA网络构建	NA	基因表达数据	来自Gene Expression Omnibus数据库的样本数据
1351	2025-05-13	Understanding the development of enzalutamide resistance based on a functional single-cell approach 2024-Oct-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.20.619319 PMID:39484437	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究前列腺癌细胞对恩杂鲁胺耐药性的发展机制	发现低表达或不表达雄激素受体（AR）的细胞亚群具有显著的转录反应，并证实其在体内外对恩杂鲁胺的耐药性	研究仅基于LNCaP细胞系，未涵盖其他前列腺癌细胞系或临床样本	探索前列腺癌细胞对恩杂鲁胺耐药性的发展机制及潜在治疗策略	LNCaP前列腺癌细胞系	癌症研究	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	基因表达数据	LNCaP细胞系中的AR+和AR-细胞亚群
1352	2025-05-13	SUV39H1 Preserves Cancer Stem Cell Chromatin State and Properties in Glioblastoma 2024-Aug-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.15.607856 PMID:39229036	研究论文	本文揭示了SUV39H1在胶质母细胞瘤干细胞（GSCs）维持和肿瘤进展中的关键作用	首次报道SUV39H1在GSCs维持中的关键作用，并展示其作为治疗靶点的潜力	研究主要基于体外和动物模型，尚未进行临床试验	探索SUV39H1在胶质母细胞瘤干细胞维持中的作用及其治疗潜力	胶质母细胞瘤干细胞（GSCs）	癌症生物学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、ATAC测序	NA	RNA测序数据、染色质可及性数据	患者来源的GSCs和胶质母细胞瘤样本
1353	2025-05-13	Single-cell transcriptional analysis of irradiated skin reveals changes in fibroblast subpopulations and variability in caveolin expression 2024-Jun-26, Radiation oncology (London, England) DOI:10.1186/s13014-024-02472-z PMID:38926892	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示辐射后皮肤成纤维细胞亚群的变化及caveolin表达的变异性	首次在辐射诱导纤维化（RIF）中识别出成纤维细胞亚群的特定变化及Cav1与Cav2的拮抗作用	样本量较小（仅6例患者），且仅针对乳腺癌术后重建患者的皮肤样本	探究辐射损伤后皮肤纤维化的细胞机制	辐射与非辐射的人类皮肤样本	数字病理	乳腺癌	单细胞RNA测序（10X平台）、组织学评估、免疫组化、生物力学测试	Seurat聚类分析、SingleR分类器	单细胞转录组数据、组织学图像	6例女性患者的配对辐射/非辐射皮肤样本
1354	2025-05-13	Mutual information for detecting multi-class biomarkers when integrating multiple bulk or single-cell transcriptomic studies 2024-Jun-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.11.598484 PMID:38915481	研究论文	提出了一种名为MICA的统计框架，用于从信息论角度检测跨多个组学研究的多类生物标志物	MICA框架能够检测跨多个组学研究的多类生物标志物，填补了现有方法仅适用于两类别场景的空白	未明确提及具体局限性	开发一种能够整合多个组学研究并检测多类生物标志物的统计方法	多类设计的组学研究数据（如多种疾病亚型、处理方式、组织或细胞类型）	生物信息学	三阴性乳腺癌	转录组测序（包括bulk和单细胞RNA-Seq）	互信息一致性分析（MICA）	转录组数据	涉及小鼠代谢相关转录组研究的四种组织和雌激素处理表达谱的三个来源
1355	2025-05-13	Immunomodulatory Role of the Stem Cell Circadian Clock in Muscle Repair 2024-May-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.24.595728 PMID:38854114	research paper	该研究揭示了肌肉干细胞中的生物钟如何通过调节免疫微环境来影响肌肉再生	发现了肌肉干细胞生物钟通过NAD+代谢节律调控炎症反应基因的时间依赖性表达，揭示了CCL2在生物钟依赖的干细胞-中性粒细胞互作中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类肌肉再生中的类似机制仍需验证	探索生物钟调控肌肉干细胞免疫调节功能的分子机制	肌肉干细胞及其免疫微环境	细胞生物学	肌肉损伤	单细胞测序	NA	基因表达数据	NA
1356	2025-05-13	STRUCTURE-FUNCTION RELATIONSHIPS OF MUCOCILIARY CLEARANCE IN HUMAN AIRWAYS 2024-Apr-25, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4164522/v1 PMID:38746209	research paper	研究人类气道上皮组织结构与纤毛功能之间的关系及其在黏液纤毛清除中的作用	首次绘制了人类和大鼠气道树上纤毛和分泌细胞的分布图，揭示了物种间纤毛功能的差异，并阐明了预测清除功能的上皮结构参数	研究主要依赖于动物模型数据，对人类气道屏障功能的理解存在局限	探究人类气道上皮组织结构与纤毛功能之间的关系及其在黏液纤毛清除中的作用	人类和大鼠的气道上皮组织	生物医学	慢性阻塞性肺病（COPD）、哮喘	单细胞转录组学	NA	组织样本数据	人类和大鼠的气道上皮组织样本
1357	2025-05-13	scRNA-seq analysis of cells comprising the amphioxus notochord 2024-04, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2024.01.003 PMID:38224933	研究论文	通过单细胞RNA测序分析文昌鱼脊索细胞的基因表达特征	首次在单细胞水平上揭示了文昌鱼脊索细胞的基因表达特征，并发现脊索中存在优先表达的肌原纤维基因	研究仅关注文昌鱼脊索细胞，未与其他脊索动物进行直接比较	解析脊索细胞的组成和功能，为理解脊索动物的起源和进化提供证据	文昌鱼脊索细胞	基因组学	NA	Iso-seq分析, 单细胞RNA-seq分析, 原位杂交(ISH)	NA	RNA-seq数据	未明确说明样本数量
1358	2025-05-13	Neutrophils facilitate the epicardial regenerative response after zebrafish heart injury 2024-04, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2024.01.011 PMID:38286185	研究论文	本研究探讨了中性粒细胞在斑马鱼心脏再生早期事件中的作用	揭示了中性粒细胞通过FGF和MAPK/ERK信号通路促进心外膜细胞再生的新机制	研究仅基于斑马鱼模型，未在哺乳动物中进行验证	阐明心脏再生早期事件中的关键细胞类型和分子机制	斑马鱼心脏再生过程中的中性粒细胞和心外膜细胞	再生医学	心血管疾病	scRNA-seq分析	斑马鱼心脏损伤模型	单细胞转录组数据	未明确说明样本数量，但使用了1 dpa（损伤后1天）的中性粒细胞进行scRNA-seq分析
1359	2025-05-13	Genomic and immune signatures predict clinical outcome in newly diagnosed multiple myeloma treated with immunotherapy regimens 2023-Dec, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-023-00657-1 PMID:37945755	研究论文	通过整合肿瘤全基因组和微环境单细胞RNA测序数据，研究基因组和免疫特征对新诊断多发性骨髓瘤患者免疫治疗方案的临床结果的预测作用	揭示了APOBEC突变活性、IKZF3和RPL5缺失以及8q增益等基因组驱动因素对临床结果的影响，并发现治疗前后免疫微环境的变化与持续微小残留病阴性相关	样本来源于特定的临床试验（NCT03290950），可能限制了结果的普遍适用性	预测新诊断多发性骨髓瘤患者在接受含抗CD38抗体的免疫治疗方案后的临床结果和治疗反应深度	新诊断的多发性骨髓瘤患者	基因组学与免疫治疗	多发性骨髓瘤	全基因组测序、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、RNA测序数据	来自NCT03290950临床试验的患者样本
1360	2025-05-13	Epigenomic landscape exhibits interferon signaling suppression in the patient of myocarditis after BNT162b2 vaccination 2023-06-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-023-36070-y PMID:37264110	research paper	该研究追踪了BNT162b2疫苗接种后发生心肌炎患者外周血单个核细胞（PBMCs）的染色质动态变化	首次研究了BNT162b2疫苗接种后心肌炎患者PBMCs的染色质可及性和RNA测序变化，揭示了干扰素信号传导的下调和RUNX2/3活性的上调	研究样本量较小，仅针对单一疫苗接种后的心肌炎患者	探究BNT162b2疫苗接种后心肌炎的潜在机制	BNT162b2疫苗接种后发生心肌炎的患者	基因组学	心肌炎	单细胞ATAC-seq和单细胞RNA测序	NA	基因组数据和转录组数据	一名BNT162b2疫苗接种后发生心肌炎的患者