单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1341	2025-04-16	Vascular smooth muscle cell-derived SO2 sulphenylated interferon regulatory factor 1 to inhibit VSMC senescence 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1516885 PMID:40223932	研究论文	本研究探讨了内源性二氧化硫（SO2）在血管平滑肌细胞（VSMC）衰老中的作用及其分子机制	首次揭示了SO2通过硫化干扰素调节因子1（IRF1）抑制VSMC衰老的新机制	研究主要基于小鼠模型和细胞系，人类样本验证不足	探索SO2/AAT1通路在VSMC衰老中的作用机制	老年小鼠、VSMC特异性AAT1敲除小鼠、D-半乳糖处理的主动脉环和大鼠VSMC系A7r5	心血管疾病	心血管疾病	Western blot、实时定量PCR、SA-β-gal染色、生物素转换实验、定点诱变	基因敲除小鼠模型	蛋白质表达数据、基因表达数据、酶活性数据	老年小鼠（24月龄）、VSMC-AAT1-KO小鼠、大鼠VSMC系A7r5
1342	2025-04-16	Bioinformatic Analysis of Apoptosis-Related Genes in Preeclampsia Using Public Transcriptomic and Single-Cell RNA Sequencing Datasets 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S507660 PMID:40224388	研究论文	通过公共转录组和单细胞RNA测序数据集分析子痫前期中凋亡相关基因的作用	结合scRNA-seq和五种算法识别子痫前期的生物标志物，并在单细胞水平验证其表达	数据来源于公共数据库，可能受限于原始数据的质量和样本量	探索子痫前期中凋亡相关基因及其细胞机制，作为潜在生物标志物	子痫前期患者的转录组和单细胞RNA测序数据	生物信息学	子痫前期	scRNA-seq, RT-qPCR, 差异表达分析	CytoHubba插件中的五种算法	转录组数据, 单细胞RNA测序数据	公共数据库中的数据集，临床样本通过RT-qPCR验证
1343	2025-04-16	Causal Associations of Inflammatory Cytokines With Osteosarcopenia: Insights From Mendelian Randomization and Single Cell Analysis 2025, Mediators of inflammation IF:4.4Q2 DOI:10.1155/mi/6005225 PMID:40224485	研究论文	通过孟德尔随机化和单细胞RNA测序技术，研究炎症细胞因子在骨肌减少症中的因果作用及其潜在机制	首次结合孟德尔随机化和单细胞RNA测序技术，揭示了特定细胞因子在骨肌减少症中的因果作用和细胞特异性表达模式	需要进一步研究以确认这些发现及其对肌肉骨骼健康的影响	阐明循环细胞因子在骨肌减少症发病机制中的因果作用，并确定潜在的治疗靶点	骨肌减少症患者	生物医学研究	老年性疾病	孟德尔随机化(MR), 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因组关联研究(GWAS)数据, 单细胞RNA测序数据	多个队列的公开GWAS数据, 人类肌肉和骨髓的单细胞RNA测序数据集
1344	2025-04-16	Mendelian Randomization Combined with Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals the Role of the Key Gene PCLAF in the Pathogenesis of Atopic Dermatitis 2025, Clinical, cosmetic and investigational dermatology DOI:10.2147/CCID.S506139 PMID:40225314	研究论文	本研究结合单细胞转录组分析和孟德尔随机化方法，揭示了关键基因PCLAF在特应性皮炎发病机制中的作用	首次整合单细胞RNA测序和孟德尔随机化分析，识别出PCLAF等基因与特应性皮炎的关联及其在细胞周期调控和免疫逃逸中的作用	研究依赖于现有数据库的样本量，未进行实验验证	探索特应性皮炎的遗传和代谢通路	特应性皮炎患者和健康对照的基因表达数据	生物信息学	特应性皮炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 孟德尔随机化(MR), 基因集富集分析(GSEA)	edgeR, Seurat	RNA测序数据	未明确说明样本数量
1345	2025-04-16	Targeting formyl peptide receptor 2 to suppress neuroinflammation in neuromyelitis optica spectrum disorder 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.107303 PMID:40225578	研究论文	本研究探讨了靶向甲酰肽受体2（FPR2）在抑制视神经脊髓炎谱系障碍（NMOSD）神经炎症中的作用	揭示了FPR2/mFpr2在调控小胶质细胞活性中的新作用，提出FPR2拮抗剂可能作为治疗NMOSD的新方法	研究主要基于小鼠模型，人类样本的应用和临床转化仍需进一步验证	探索FPR2在NMOSD神经炎症中的具体作用及其治疗潜力	NMOSD患者和小鼠模型	神经免疫学	视神经脊髓炎谱系障碍	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、MRI、免疫染色	小鼠NMOSD模型	RNA测序数据、流式细胞数据、影像数据	NMOSD患者和健康对照者的外周血样本，以及NMOSD小鼠模型
1346	2025-04-16	FOS-driven inflammatory CAFs promote colorectal cancer liver metastasis via the SFRP1-FGFR2-HIF1 axis 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.111625 PMID:40225580	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析，结合体外和体内实验，揭示了炎症性癌症相关成纤维细胞（CAFs）通过SFRP1-FGFR2-HIF1轴促进结直肠癌肝转移的机制	首次鉴定出一种与不良临床结果相关的炎症性CAF亚型（CFD iCAFs），并揭示了其通过FOS介导的SFRP1过表达促进肿瘤干性和上皮-间质转化（EMT）的分子机制	研究主要基于临床样本和小鼠模型，尚未在更大规模的临床队列中验证SFRP1作为治疗靶点的有效性	探究癌症相关成纤维细胞在结直肠癌肝转移中的作用及其分子机制	结直肠癌患者的原发肿瘤和肝转移组织、SW480和CT26细胞系、BALB/c小鼠	digital pathology	colorectal cancer	single-cell RNA sequencing, spatial transcriptomics	subcutaneous xenografts, orthotopic tumor metastasis models	RNA-seq data, image	结直肠癌患者样本（非转移性原发肿瘤和转移性原发肿瘤伴肝转移）、6组体外实验、小鼠模型
1347	2025-04-16	Deciphering single-cell landscape unravels cell-type-specific functional roles of RNA m6A modification in atherosclerosis 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.104179 PMID:40225569	研究论文	本研究通过单细胞测序数据揭示了RNA m6A修饰在动脉粥样硬化中细胞类型特异性功能的调控机制	首次在单细胞水平上全面解析了m6A修饰在动脉粥样硬化中的细胞类型特异性调控功能，并发现了ALKBH5、WTAP和METTL3等m6A调节因子的重要作用	研究主要基于单细胞测序数据的生物信息学分析，部分结论需要通过更多实验验证	阐明m6A修饰在动脉粥样硬化发生发展中的细胞类型特异性调控机制	动脉粥样硬化患者的单细胞测序数据	单细胞组学	心血管疾病	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序数据	动脉粥样硬化患者的单细胞样本
1348	2025-04-16	Integrated Phenotypic and Transcriptomic Analyses of Osteoporosis in Type 2 Diabetic Mice 2025, International journal of medical sciences IF:3.2Q1 DOI:10.7150/ijms.109537 PMID:40225857	研究论文	该研究通过整合表型和转录组学分析，探讨了2型糖尿病小鼠骨质疏松症的早期特征及其分子机制	揭示了2型糖尿病早期骨质疏松的表型特征，鉴定了与疾病进展相关的基因表达变化，并明确了骨髓间充质干细胞的功能异常	研究仅使用小鼠模型，结果需要进一步在人类样本中验证	阐明2型糖尿病对骨骼的影响，特别是在疾病早期阶段	高脂饮食诱导的2型糖尿病小鼠模型	骨代谢研究	2型糖尿病和骨质疏松症	micro-CT、免疫荧光染色、ELISA、RNA测序、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	小鼠疾病模型	影像数据、分子生物学数据、转录组数据	4周和16周高脂饮食喂养的小鼠
1349	2025-04-16	Integrating Single-Cell and Bulk RNA Sequencing Data to Explore Sphingolipid Metabolism Molecular Signatures in Ovarian Cancer Prognosis: an Original Study 2025, International journal of medical sciences IF:3.2Q1 DOI:10.7150/ijms.107391 PMID:40225866	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，探索鞘脂代谢分子特征在卵巢癌预后中的作用	开发了基于鞘脂相关基因的新型分子亚型，并构建了预测卵巢癌患者预后、免疫细胞浸润特征和化疗敏感性的特征模型	研究主要依赖于TCGA和GEO数据库的数据，可能受到样本来源和数量的限制	探索鞘脂代谢分子特征在卵巢癌预后中的作用，并构建预后预测模型	卵巢癌患者	生物信息学	卵巢癌	单细胞RNA测序，批量RNA测序，WGCNA，COX回归，LASSO回归	预后预测模型	RNA测序数据	主要来自TCGA和GEO数据库的卵巢癌数据
1350	2025-04-16	Cell-type specific epigenetic and transcriptional mechanisms in substance use disorder 2025, Frontiers in cellular neuroscience IF:4.2Q2 DOI:10.3389/fncel.2025.1552032 PMID:40226298	综述	本文综述了物质使用障碍（SUD）中细胞类型特异的表观遗传和转录机制，强调了它们在神经可塑性及成瘾和复发维持中的关键作用	整合单细胞转录组学、表观遗传学和神经环路研究，揭示了SUD相关的分子和细胞改变，并展望了多组学技术在个性化治疗策略中的应用	未提及具体实验数据或样本量，主要基于现有研究的总结和展望	探讨SUD的分子和细胞机制，以开发更有效的预防和治疗策略	神经元和非神经元细胞在SUD中的表观遗传和转录调控	神经科学	物质使用障碍	单细胞转录组学、表观遗传学、多组学技术	NA	转录组和表观遗传数据	NA
1351	2025-04-16	Construction and Validation of a T Cell Exhaustion-Related Prognostic Signature in Cholangiocarcinoma 2025, International journal of genomics IF:2.6Q2 DOI:10.1155/ijog/8823837 PMID:40226355	研究论文	本研究构建并验证了一个与T细胞耗竭相关的胆管癌预后特征	首次构建了一个基于T细胞耗竭相关基因的四基因特征，用于预测胆管癌患者的预后	研究样本量有限，且仅基于一个数据集进行验证	研究T细胞耗竭相关基因在胆管癌中的作用，并构建预后预测模型	胆管癌患者及其相关基因表达数据	生物信息学	胆管癌	WGCNA, LASSO Cox回归分析, ssGSEA, scRNA-seq, qRT-PCR, western blot	LASSO Cox回归模型	基因表达数据	E-MTAB-6389数据集中的胆管癌样本
1352	2025-04-16	A novel tumor-associated macrophage risk signature predicts prognosis and immunotherapy response in lung adenocarcinoma 2025, American journal of cancer research IF:3.6Q2 DOI:10.62347/SQUF6988 PMID:40226479	research paper	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量转录组数据，建立了一个基于肿瘤相关巨噬细胞（TAM）的10基因风险特征，用于预测肺腺癌（LUAD）患者的预后和免疫治疗反应	首次系统地鉴定了与LUAD预后相关的TAM亚群，并构建了一个具有强大预测能力的10基因风险特征	研究结果需要在更大规模的前瞻性队列中进行验证	研究肺腺癌中肿瘤相关巨噬细胞的亚群特征及其临床意义，并开发一个预后和免疫治疗反应的预测模型	肺腺癌患者及其肿瘤相关巨噬细胞	digital pathology	lung cancer	scRNA-seq, bulk transcriptomic analysis	LASSO regression, nomogram	RNA sequencing data	多个独立队列（包括IMvigor210和GSE78220数据集）
1353	2025-04-16	Unveiling the power of Treg.Sig: a novel machine-learning derived signature for predicting ICI response in melanoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1508638 PMID:40226609	研究论文	该研究开发了一种基于机器学习的Treg.Sig特征，用于预测黑色素瘤对免疫检查点抑制剂(ICI)的反应	首次提出了一种与Treg细胞相关的特征Treg.Sig，并证明其在预测ICI反应方面的优越性	研究主要基于小鼠模型和有限的患者队列，需要进一步临床验证	开发预测黑色素瘤患者对免疫治疗反应的生物标志物	黑色素瘤患者和小鼠模型	机器学习	黑色素瘤	scRNA-seq, bulk-seq	机器学习	转录组数据	未明确说明患者数量，包含小鼠模型数据
1354	2025-04-16	Identification of a novel prognostic marker ADGRG6 in pancreatic adenocarcinoma: multi-omics analysis and experimental validation 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1530789 PMID:40226617	研究论文	本研究通过多组学分析和实验验证，识别了ADGRG6作为胰腺腺癌的新型预后标志物和治疗靶点	首次将ADGRG6鉴定为胰腺腺癌的预后标志物，并揭示了其通过mutp53蛋白促进癌症进展的机制	研究主要基于TCGA和GEO数据库，需要更多独立队列验证ADGRG6的临床应用价值	寻找胰腺腺癌的新型预后标志物和治疗靶点	胰腺腺癌(PAAD)患者样本和细胞/动物模型	肿瘤基因组学	胰腺癌	多组学分析、单细胞测序、CIBERSORT、ssGSEA、xCell、TIP、集落形成实验、transwell实验、western blot、实时PCR、肿瘤异种移植实验	NA	基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据	TCGA和GEO数据库中的多个PAAD队列样本
1355	2025-04-16	Randomized Spatial PCA (RASP): a computationally efficient method for dimensionality reduction of high-resolution spatial transcriptomics data 2024-Dec-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.20.629785 PMID:39763720	研究论文	介绍了一种名为RASP的计算高效降维方法，用于处理高分辨率空间转录组数据	RASP是一种新颖的空间感知降维方法，计算速度比现有技术快几个数量级，并能扩展到具有数十万个位置的空间转录组数据	NA	开发一种计算高效的降维方法，以促进高分辨率空间转录组数据的分析	空间转录组数据	数字病理学	NA	空间转录组学技术（10x Visium, Stereo-Seq, MERFISH, 10x Xenium）	随机化两阶段PCA框架	空间转录组数据	四个公开可用的空间转录组数据集（人类和小鼠组织）
1356	2025-04-16	De novo detection of somatic variants in high-quality long-read single-cell RNA sequencing data 2024-Nov-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.06.583775 PMID:38496441	research paper	介绍了一种名为LongSom的计算工作流程，利用高质量的长读单细胞RNA测序数据检测体细胞单核苷酸变异（SNVs）、线粒体变异（mtSNVs）、拷贝数变异（CNAs）和基因融合，以重建肿瘤克隆异质性	LongSom能够在不需要正常样本的情况下检测体细胞变异，并通过体细胞SNVs和融合发现具有不同治疗预测结果的亚克隆	未提及具体限制	研究癌症进化、克隆异质性和治疗抵抗	人类卵巢癌样本	digital pathology	ovarian cancer	long-read single-cell RNA sequencing (LR scRNA-seq)	NA	RNA-seq data	未提及具体样本数量
1357	2025-04-16	ApoE ε4-dependent alteration of CXCR3 + CD127 + CD4 + T cells is associated with elevated plasma neurofilament light chain in Alzheimer's disease 2024-Jul-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.28.596276 PMID:38853824	研究论文	研究探讨了阿尔茨海默病(AD)患者外周血中适应性免疫细胞组成与神经炎症的关系	发现CXCR3+CD127+Th1细胞在AD患者外周血中的丰度与神经丝轻链蛋白(NfL)呈负相关，且这种相关性依赖于ApoE ε4基因型	研究样本量未明确说明，且机制研究尚不深入	探究AD患者外周适应性免疫系统与神经炎症的关联	阿尔茨海默病患者的外周血单个核细胞(PBMCs)和脑脊液(CSF)	神经免疫学	阿尔茨海默病	单细胞质谱流式技术(CyTOF), 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞蛋白质组数据, 单细胞转录组数据	NA
1358	2025-04-16	Genome-wide Cas9-mediated screening of essential non-coding regulatory elements via libraries of paired single-guide RNAs 2024-07, Nature biomedical engineering IF:26.8Q1 DOI:10.1038/s41551-024-01204-8 PMID:38778183	研究论文	本文报告了一种通过配对单导RNA库靶向非编码调控元件（NCREs）两端的方法，用于在全基因组范围内研究NCREs的功能	开发了一种高通量筛选系统，利用Cas9介导的删除技术研究NCREs的功能，并发现了一些超保守元件具有沉默子活性	研究仅使用了K562、293T细胞系和人胚胎干细胞，可能不适用于其他细胞类型	系统研究非编码调控元件的功能及其在细胞生长和药物反应中的作用	非编码调控元件（NCREs）	基因组学	NA	Cas9介导的删除技术、单细胞测序	NA	基因组数据	K562和293T细胞系及人胚胎干细胞
1359	2025-04-16	Accurate single-molecule spot detection for image-based spatial transcriptomics with weakly supervised deep learning 2024-May-15, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2024.04.006 PMID:38754367	research paper	介绍了一个名为Polaris的分析流程，用于基于图像的空间转录组学数据，结合深度学习模型和概率基因解码器来准确量化单细胞基因表达	提出了一个统一的、即插即用的解决方案，结合深度学习模型和概率基因解码器，用于分析来自MERFISH、seqFISH或ISS实验的空间转录组学数据	NA	开发一个自动化分析流程，用于基于图像的空间转录组学数据	基于图像的空间转录组学数据	digital pathology	NA	MERFISH, seqFISH, ISS	deep-learning models	image	NA
1360	2025-04-16	Transcript and protein signatures derived from shared molecular interactions across cancers are associated with mortality 2024-05-11, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05268-7 PMID:38734658	研究论文	通过分析多种实体癌中的共享细胞间相互作用，构建了一个共享多细胞肿瘤模型，并从中提取了一个与癌症死亡率相关的基因特征	首次构建了一个跨癌种的共享多细胞肿瘤模型，并从中提取了一个与死亡率相关的基因特征，揭示了基质癌相关成纤维细胞在肿瘤微环境中的调控作用	研究仅基于五种癌症类型的数据，可能无法完全代表所有癌症类型	识别跨癌种的共享细胞间相互作用及其与癌症死亡率的关系	乳腺癌、结肠癌、肝癌、肺癌和卵巢癌	肿瘤微环境	多种实体癌	单细胞RNA测序、NicheNet分析	共享多细胞肿瘤模型(shared-MCTM)	RNA测序数据、蛋白质组学数据	TCGA队列(9185个肿瘤样本和727个对照，22种癌症)和UK生物银行队列(10,384名癌症患者和5063名对照，17种癌症)