单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
13561	2024-08-04	Single-cell sequencing reveals the immune landscape of breast cancer patients with brain metastasis 2024-Mar, Thoracic cancer IF:2.3Q2 DOI:10.1111/1759-7714.15243 PMID:38316626	研究论文	该文章研究了脑转移乳腺癌患者的免疫微环境	本研究通过单细胞RNA测序揭示了乳腺癌脑转移患者的免疫微环境，为非侵入性研究方法提供了新视角	研究仅限于脑转移乳腺癌患者，可能无法普遍适用于其他类型的癌症	分析乳腺癌脑转移患者的免疫细胞特征和微环境	乳腺癌脑转移患者的脑脊液中的免疫细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	免疫细胞数据	脑转移乳腺癌患者的脑脊液样本
13562	2024-08-07	Lower respiratory tract single-cell RNA sequencing and neutrophil extracellular trap profiling of COVID-19-associated pulmonary aspergillosis: a single centre, retrospective, observational study 2024-03, The Lancet. Microbe DOI:10.1016/S2666-5247(23)00368-3 PMID:38280387	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和嗜中性粒细胞外捕获物（NETs）分析，探讨了COVID-19相关肺曲霉病（CAPA）患者的免疫特征，特别是嗜中性粒细胞和NETs的浓度	首次详细描述了CAPA患者的免疫细胞景观，特别是嗜中性粒细胞的成熟轨迹和NETs的形成，以及这些特征与患者预后的关系	本研究为回顾性观察研究，样本量有限，且仅在一个中心进行	旨在描述重症COVID-19患者，无论是否伴有CAPA，其免疫特征，特别是嗜中性粒细胞和NETs的浓度	重症COVID-19患者，包括伴有和不伴有CAPA的患者	数字病理学	COVID-19相关肺曲霉病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	43份支气管肺泡灌洗样本，59名患者
13563	2024-08-07	Regulatory T cells and IFN-γ-producing Th1 cells play a critical role in the pathogenesis of Sjögren's Syndrome 2024-Jan-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.23.576314 PMID:38328096	研究论文	本研究探讨了调节性T细胞和IFN-γ产生Th1细胞在Sjögren综合征发病机制中的关键作用	报道了一个更准确的Sjögren综合征小鼠模型，并提供了调节性T细胞和IFN-γ产生Th1细胞在Sjögren综合征发病机制中的关键作用的证据	NA	研究Sjögren综合征的发病机制	Sjögren综合征患者的唾液腺和泪腺以及淋巴组织	NA	自身免疫疾病	RNA测序, 流式细胞术, 单细胞转录组分析	NA	RNA	小鼠模型和Sjögren综合征患者的外周血单个核细胞
13564	2024-08-04	Integrated analysis of single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq reveals RNA N6-methyladenosine modification associated with prognosis and drug resistance in acute myeloid leukemia 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1281687 PMID:38022588	研究论文	本文探讨了RNA N6-甲基腺苷修饰与急性髓系白血病的预后和耐药性的关系	该研究首次揭示了m6A修饰在急性髓系白血病中的作用，识别出与预后相关的特定亚型	研究仅基于m6A修饰情况，未深入探讨其他可能影响结果的因素	研究m6A修饰模式及其在急性髓系白血病中的临床意义	急性髓系白血病患者的细胞样本	数字病理学	急性髓系白血病	RNA-seq	NA	基因表达数据	基于急性髓系白血病患者的样本，具体样本数量未提及
13565	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing analysis reveals the heterogeneity of IL-10 producing regulatory B cells in lupus-prone mice 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1282770 PMID:38155972	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了易患狼疮小鼠中IL-10产生调节性B细胞的异质性	首次详细描述了狼疮易感小鼠中调节性B细胞亚群在疾病进展不同阶段的基因表达变化	研究仅限于狼疮易感小鼠模型，可能不完全适用于人类疾病	探讨调节性B细胞在狼疮发病机制中的作用	狼疮易感小鼠的调节性B细胞	数字病理学	自身免疫疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	狼疮易感小鼠的脾脏Breg亚群
13566	2024-08-07	NMF Clustering: Accessible NMF-based Clustering Utilizing GPU Acceleration 2023, Journal of bioinformatics and systems biology : Open access DOI:10.26502/jbsb.5107072 PMID:38390437	研究论文	本文介绍了一种基于非负矩阵分解（NMF）的聚类方法，利用GPU加速技术提高计算效率	通过使用CuPy库和消息传递接口（MPI）在GPU计算节点上实现NMF聚类，显著减少了计算时间	NA	旨在解决NMF算法在处理大规模基因表达数据时的计算密集问题	大规模RNA测序和单细胞RNA测序数据集	生物信息学	NA	非负矩阵分解（NMF）	NA	基因表达数据	涉及数万个基因的数据集
13567	2024-08-07	Identification, sorting and profiling of functional killer cells via the capture of fluorescent target-cell lysate 2024-Mar, Nature biomedical engineering IF:26.8Q1 DOI:10.1038/s41551-023-01089-z PMID:37652987	研究论文	本文介绍了一种名为PAINTKiller的流式细胞术兼容检测方法，用于准确识别和分离共培养物中的功能性杀伤细胞亚群	该方法通过检测被裂解细胞内荧光蛋白在裂解细胞表面的标记，实现了对杀伤细胞亚群的精确识别和分离	NA	开发一种新的检测方法，用于评估细胞介导的细胞毒性，并能够识别和分离细胞毒性效应细胞的亚群	功能性杀伤细胞亚群的识别和分离	细胞生物学	NA	流式细胞术	NA	细胞	NA
13568	2024-08-07	Introducing single cell stereo-sequencing technology to transform the plant transcriptome landscape 2024-02, Trends in plant science IF:17.3Q1 DOI:10.1016/j.tplants.2023.10.002 PMID:37914553	综述	本文综述了单细胞立体测序技术（Stereo-seq）在植物转录组学中的应用及其优势	Stereo-seq技术结合了空间信息与单细胞转录组学，解决了传统单细胞RNA测序（scRNA-seq）无法提供高分辨率空间转录组信息的问题	NA	探讨Stereo-seq技术在植物研究中的应用，以推进我们对植物转录组学时代生物过程的理解	植物转录组	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）, 空间增强分辨率组学测序（Stereo-seq）	NA	转录组数据	NA
13569	2024-08-07	Alcohol reverses the effects of KCNJ6 (GIRK2) noncoding variants on excitability of human glutamatergic neurons 2023-02, Molecular psychiatry IF:9.6Q1 DOI:10.1038/s41380-022-01818-x PMID:36207584	研究论文	研究探讨了KCNJ6基因非编码变异对人类谷氨酸能神经元兴奋性的影响及其与酒精使用障碍的关系，并通过iPSC来源的神经元模型进行了验证	首次揭示了酒精能够逆转KCNJ6非编码变异对神经元兴奋性的影响，并可通过过表达GIRK2模拟酒精的效果	研究样本量较小，仅包括四名受影响和四名未受影响的个体	探究KCNJ6基因非编码变异对神经元兴奋性的影响及其与酒精使用障碍的关联	KCNJ6基因非编码变异对人类谷氨酸能神经元的影响	神经科学	酒精使用障碍	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	四名酒精使用障碍诊断的受影响个体和四名未受影响的控制个体
13570	2024-08-07	Immune dysfunction signatures predict outcomes and define checkpoint blockade-unresponsive microenvironments in acute myeloid leukemia 2022-11-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI159579 PMID:36099049	研究论文	本研究探讨了急性髓系白血病（AML）如何促进衰老样CD8+ T细胞的生成及其预后相关性	定义了新的免疫效应功能障碍（IED）签名，这些签名与不良风险分子病变、干细胞性和不良预后相关，并且是比2017-ELN风险或白血病干细胞（LSC17）评分更强大的总体生存预测因子	NA	研究AML如何促进衰老样CD8+ T细胞的生成及其预后相关性	急性髓系白血病（AML）患者的免疫功能障碍和预后	免疫学	急性髓系白血病	NanoString, bulk RNA-Seq, 单细胞RNA-Seq	NA	基因表达数据	1,896名接受化疗和/或免疫检查点阻断（ICB）治疗的患者
13571	2024-08-07	The molecular and phenotypic makeup of fetal human skin T lymphocytes 2022-04-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.199781 PMID:34604909	研究论文	本文描述了一种从胎儿人皮肤中分离和扩增大量T细胞的新工作流程	首次使用单细胞转录组学和TCR谱分析技术，详细描述了胎儿皮肤T淋巴细胞的分子和表型特征	NA	深入理解胎儿皮肤免疫机制及其在未来治疗干预中的潜在应用	胎儿人皮肤的T淋巴细胞	免疫学	NA	单细胞转录组学，TCR谱分析	NA	细胞	大量胎儿皮肤活检样本
13572	2024-08-07	Persistence of mature dendritic cells, TH2A, and Tc2 cells characterize clinically resolved atopic dermatitis under IL-4Rα blockade 2021-01-22, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.abe2749 PMID:33483337	研究论文	研究探讨了使用IL-4Rα阻断剂dupilumab治疗后，特应性皮炎（AD）患者皮肤中持久存在的特定免疫细胞群	首次发现即使在临床缓解后，特应性皮炎患者皮肤中仍存在成熟的树突状细胞、TH2A细胞和Tc2细胞，这些细胞可能与疾病的复发有关	研究仅限于短期和长期使用dupilumab治疗的患者，未涵盖其他治疗方案	探讨特应性皮炎治疗后皮肤中免疫记忆的持久性及其对疾病复发的影响	特应性皮炎患者和健康对照者的皮肤免疫细胞	免疫学	特应性皮炎	单细胞RNA测序和多重蛋白质组学	NA	RNA和蛋白质	具体样本数量未在摘要中提及
13573	2024-08-07	Single-cell transcriptomics combined with interstitial fluid proteomics defines cell type-specific immune regulation in atopic dermatitis 2020-11, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2020.03.041 PMID:32344053	研究论文	本文通过结合单细胞转录组学和间质液蛋白质组学，研究了特应性皮炎中细胞类型特异性的免疫调节机制。	使用皮肤吸引水泡技术同时采集体细胞和间质液，结合单细胞RNA测序和蛋白质组学分析，揭示了特应性皮炎中新的炎症因子及其在细胞和蛋白质组学微环境中的作用。	NA	旨在通过转录组学和蛋白质组学水平上表征特应性皮炎。	特应性皮炎的细胞类型特异性免疫调节。	数字病理学	皮肤疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据和蛋白质组数据	未具体说明样本数量
13574	2024-08-07	Commensal microbiota drive the functional diversification of colon macrophages 2020-03, Mucosal immunology IF:7.9Q1 DOI:10.1038/s41385-019-0228-3 PMID:31772323	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了无特定病原体（SPF）和无菌（GF）C57BL/6小鼠结肠髓样细胞，揭示了结肠巨噬细胞（MPs）和树突状细胞（DCs）的广泛异质性	研究首次揭示了肠道共生微生物对结肠巨噬细胞功能多样化的驱动作用，并通过基因表达谱、定位和吞噬能力等方面区分了不同结肠巨噬细胞群体	研究仅限于特定的小鼠模型，可能需要进一步的人体研究来验证这些发现	探讨肠道共生微生物对结肠巨噬细胞功能多样化的影响	结肠巨噬细胞和树突状细胞的功能多样性	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	SPF和GF C57BL/6小鼠的结肠髓样细胞
13575	2024-08-07	A benchmark of batch-effect correction methods for single-cell RNA sequencing data 2020-01-16, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-019-1850-9 PMID:31948481	研究论文	本文对现有的单细胞RNA测序数据批次效应校正方法进行了深入的基准研究，以确定最适合的批次效应去除方法。	本文设计了五种不同的场景来评估14种方法的性能，并使用四种基准测试指标进行评估，包括kBET、LISI、ASW和ARI。	NA	研究目的是评估和比较不同批次效应校正方法在单细胞RNA测序数据中的效果。	研究对象是14种不同的批次效应校正方法。	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	数据集	NA
13576	2024-08-07	DENDRO: genetic heterogeneity profiling and subclone detection by single-cell RNA sequencing 2020-01-14, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-019-1922-x PMID:31937348	研究论文	本文提出了一种名为DENDRO的分析方法，用于通过单细胞RNA测序数据对肿瘤内遗传异质性进行分析，并检测亚克隆	DENDRO方法利用转录点突变，考虑技术噪声和表达随机性，能够将单细胞聚类成遗传上不同的亚克隆，并重建相关亚克隆的系统发育树	NA	开发一种可靠的方法，通过单细胞RNA测序数据检测体细胞突变并推断克隆成员关系	单细胞RNA测序数据中的遗传异质性和亚克隆检测	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	涉及三种癌症类型的真实数据和一个对免疫疗法有反应的小鼠黑色素瘤模型
13577	2024-08-07	Realistic in silico generation and augmentation of single-cell RNA-seq data using generative adversarial networks 2020-01-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-14018-z PMID:31919373	研究论文	本文提出使用条件单细胞生成对抗神经网络（cscGAN）来生成真实的单细胞RNA测序数据，以增强生物医学研究中的数据量	cscGAN能够从复杂的多种细胞类型样本中学习非线性基因间依赖关系，并生成定义类型的真实细胞，优于现有的单细胞RNA测序数据生成方法	NA	旨在解决生物医学研究中观察数据量不足的问题，通过生成模拟样本增强真实观察数据，提高分析结果的鲁棒性和可重复性	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	生成对抗网络（GAN）	基因表达数据	NA
13578	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing of human kidney 2020-01-02, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-019-0351-8 PMID:31896769	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了正常人类肾脏的细胞分类和转录组信息	首次对正常人类肾脏的细胞进行了详细的单细胞RNA测序分析，并成功分类了肾小管近端细胞和集合管细胞的亚型	研究仅基于三位人类捐赠者的肾脏样本，可能存在样本量不足的问题	探讨正常人类肾脏的细胞组成和转录组信息，为肾病和肾癌的细胞起源研究提供参考	正常人类肾脏的细胞	数字病理学	肾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	23,366个高质量细胞，来自三位人类捐赠者的肾脏
13579	2024-08-07	A spatially restricted fibrotic niche in pulmonary fibrosis is sustained by M-CSF/M-CSFR signalling in monocyte-derived alveolar macrophages 2020-01, The European respiratory journal DOI:10.1183/13993003.00646-2019 PMID:31601718	研究论文	研究通过应用谱系追踪、单细胞RNA测序和单分子荧光杂交技术，揭示了在石棉诱导的肺纤维化中，单核细胞衍生的肺泡巨噬细胞通过M-CSF/M-CSFR信号通路维持纤维化微环境的作用。	首次揭示了单核细胞衍生的肺泡巨噬细胞在肺纤维化中的作用及其通过M-CSF/M-CSFR信号通路的自我维持机制，并发现M-CSFR信号通路是治疗肺纤维化的新药物靶点。	NA	探讨不同类型的巨噬细胞在器官纤维化中的作用机制，并寻找潜在的治疗靶点。	肺纤维化中的巨噬细胞及其信号通路。	数字病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序、单分子荧光杂交	NA	RNA	人类和小鼠样本
13580	2024-08-07	Method for RNA extraction and transcriptomic analysis of single fungal spores 2020, MethodsX IF:1.6Q2 DOI:10.1016/j.mex.2019.12.002 PMID:31908984	研究论文	本文描述了一种从单个真菌孢子中提取和扩增转录本的方法，并应用于单细胞转录组学研究	该方法首次实现了对微生物孢子的单细胞转录组分析，填补了该领域的空白	该方法目前仅适用于真菌孢子，尚未在其他微生物细胞中进行测试	开发一种适用于单个真菌孢子转录组分析的新方法	真菌孢子	NA	NA	转录组分析	NA	转录本	单个真菌孢子