单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
13541	2024-08-07	Tumour heterogeneity and intercellular networks of nasopharyngeal carcinoma at single cell resolution 2021-02-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-21043-4 PMID:33531485	研究论文	本研究通过单细胞转录组学和T细胞受体测序技术，分析了10对鼻咽癌肿瘤-血液样本中的176,447个细胞，揭示了鼻咽癌肿瘤微环境的异质性和细胞间网络	本研究首次在单细胞分辨率下揭示了鼻咽癌肿瘤微环境的异质性和细胞间相互作用，特别是发现了LAMP3树突状细胞、调节性T细胞和耗竭的CD8 T细胞之间的密集相互作用	NA	揭示鼻咽癌肿瘤微环境的异质性和细胞间相互作用，为鼻咽癌的精准治疗提供新的见解	鼻咽癌肿瘤微环境的异质性和细胞间网络	数字病理学	鼻咽癌	单细胞转录组学	NA	转录组数据	176,447个细胞来自10对鼻咽癌肿瘤-血液样本
13542	2024-08-07	Single-cell RNA-seq reveals a concomitant delay in differentiation and cell cycle of aged hematopoietic stem cells 2021-02-01, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-021-00955-z PMID:33526011	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了年轻和老年小鼠造血干细胞的转录组，揭示了老化过程中造血干细胞分化和细胞周期的延迟现象	本研究首次在单细胞尺度上重新审视了小鼠造血干细胞在老化过程中的转录可塑性，并揭示了老化导致造血干细胞分化延迟的潜在机制	NA	探讨老化过程中造血干细胞的分化及细胞周期变化	小鼠的造血干细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	15,000个年轻和老年小鼠的转录组
13543	2024-08-07	Melanoma Single-Cell Biology in Experimental and Clinical Settings 2021-Feb-01, Journal of clinical medicine IF:3.0Q1 DOI:10.3390/jcm10030506 PMID:33535416	研究论文	本文利用单细胞测序技术深入研究了恶性黑色素瘤的细胞异质性及其对治疗反应和耐药性的影响	揭示了免疫细胞和成纤维细胞在肿瘤微环境中的预后亚型，以及检查点抑制剂治疗耐药性的免疫细胞特征和新的可靶向的细胞内信号通路	NA	深入了解黑色素瘤的生物学特性，特别是肿瘤异质性和转录可塑性的作用	恶性黑色素瘤的单细胞生物学特性，包括免疫细胞和成纤维细胞在肿瘤微环境中的作用	数字病理学	黑色素瘤	单细胞测序技术	NA	单细胞数据	具体样本数量未在摘要中提及
13544	2024-08-07	Patient-tailored design for selective co-inhibition of leukemic cell subpopulations 2021-02, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abe4038 PMID:33608276	研究论文	本文提出了一种基于机器学习的方法，通过结合单细胞RNA测序和体外单药测试，为急性髓系白血病（AML）患者定制药物组合，以实现对特定白血病细胞亚群的选择性协同抑制。	本文的创新点在于利用机器学习方法，结合单细胞RNA测序和体外单药测试，为患者定制药物组合，实现对特定白血病细胞亚群的选择性协同抑制。	NA	本文的研究目的是设计个性化组合治疗方案，以利用患者特定的治疗脆弱性，选择性地靶向驱动疾病的细胞亚群。	本文的研究对象是急性髓系白血病（AML）患者及其白血病细胞亚群。	机器学习	白血病	单细胞RNA测序	机器学习模型	单细胞RNA测序数据	两个诊断期和两个难治性急性髓系白血病（AML）患者病例
13545	2024-08-07	Single-cell transcriptomics following ischemic injury identifies a role for B2M in cardiac repair 2021-01-29, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-020-01636-3 PMID:33514846	研究论文	本研究利用单细胞转录组学技术，分析了心肌缺血损伤后不同时间点心脏主要细胞类型的基因表达数据，揭示了细胞和转录异质性及心脏重塑过程中的细胞功能变化	研究首次证实心肌细胞在缺血损伤后表达和分泌高水平的β2微球蛋白，通过旁分泌方式激活成纤维细胞，为心脏修复提供了新的治疗靶点	NA	深入理解心肌缺血损伤后修复过程中的细胞间信号传导机制，以促进治疗应用	心肌缺血损伤后的心脏修复过程	数字病理学	心血管疾病	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	不同时间点的心脏主要细胞类型
13546	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing reveals SARS-CoV-2 infection dynamics in lungs of African green monkeys 2021-01-27, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.abe8146 PMID:33431511	研究论文	本文通过单细胞RNA测序研究了非洲绿猴肺部SARS-CoV-2感染的动态过程	开发了新的分析方法，用于无偏倚地靶向宿主对SARS-CoV-2感染反应中的重要细胞	NA	揭示SARS-CoV-2感染的病毒和宿主因素，以及其在COVID-19发病机制中的作用	非洲绿猴肺部细胞及肺引流纵隔淋巴结细胞	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	RNA	非洲绿猴
13547	2024-08-07	Tailoring the resolution of single-cell RNA sequencing for primary cytotoxic T cells 2021-01-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-20751-7 PMID:33495472	研究论文	本文针对主要细胞毒性T细胞的单细胞RNA测序分辨率进行优化，提出了一种基于液滴的高通量分析方法（tDrop-seq）和一种基于平板的高性能深度分析方法（tSCRB-seq），以克服RNA量少导致的捕获效率低的问题。	提出的tSCRB-seq方法相比基于液滴的技术，平均每基因捕获的转录本数量提高了15倍，提高了基因检测的动态范围，适用于高分辨率敏感的下游应用。	NA	旨在提高单细胞RNA测序技术在细胞毒性T淋巴细胞（CTLs）分析中的效率和分辨率，以优化基于T细胞的癌症免疫疗法。	主要细胞毒性T细胞（CTLs）的分子程序和功能异质性。	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序	NA	RNA	未具体说明样本数量
13548	2024-08-07	Single-cell resolution landscape of equine peripheral blood mononuclear cells reveals diverse cell types including T-bet+ B cells 2021-01-22, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-020-00947-5 PMID:33482825	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术全面定义了健康马匹外周血单个核细胞的细胞多样性	首次在马匹外周血中发现并描述了T-bet+ B细胞这一免疫细胞亚群	研究受限于物种特异性免疫细胞类型、频率和表型的不完全理解	探索非传统模型生物的免疫细胞特性	马匹外周血单个核细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自不同品种、年龄和性别的健康马匹的外周血单个核细胞
13549	2024-08-07	Prior activation state shapes the microglia response to antihuman TREM2 in a mouse model of Alzheimer's disease 2021-01-19, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2017742118 PMID:33446504	研究论文	研究探讨了TREM2在阿尔茨海默病小鼠模型中对小胶质细胞反应的影响	首次展示了TREM2通过mAb hT2AB作为替代配体激活小胶质细胞，并影响不同性别小鼠中特定类型小胶质细胞的分布	研究主要集中在小鼠模型上，可能需要进一步的人体研究来验证结果	研究TREM2在阿尔茨海默病中的作用及其对小胶质细胞反应的影响	5XFAD转基因小鼠，这些小鼠积累Aβ并表达常见的TREM2变体	NA	阿尔茨海默病	scRNA-seq	NA	RNA	包括不同性别的小鼠，具体数量未详细说明
13550	2024-08-07	OCT4 induces embryonic pluripotency via STAT3 signaling and metabolic mechanisms 2021-01-19, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2008890118 PMID:33452132	研究论文	研究探讨了OCT4通过STAT3信号传导和代谢机制诱导胚胎多能性的机制	发现OCT4在早期小鼠胚胎中独立于其他多能性相关转录因子激活JAK/STAT信号传导机制，并调控关键的糖酵解酶以维持糖酵解	研究主要集中在OCT4对胚胎多能性的影响，未涉及其在其他生物过程中的作用	确定OCT4如何在胚胎中建立和保护多能性谱系	控制组和OCT4缺失的囊胚内细胞团在两个发育阶段的单细胞转录组学和定量免疫荧光	NA	NA	单细胞转录组学，定量免疫荧光	NA	基因表达数据	控制组和OCT4缺失的囊胚内细胞团
13551	2024-08-07	Greater epithelial ridge cells are the principal organoid-forming progenitors of the mouse cochlea 2021-01-19, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2020.108646 PMID:33472062	research paper	本研究从新生小鼠的耳蜗中纯化不同细胞类型，通过单细胞RNA测序验证各组分，并评估它们形成内耳类器官的潜力	发现较大的上皮脊（GER）细胞是形成类器官的最强有力的细胞，且类器官形成在细胞密度增加时协同增强，这需要直接的细胞间接触而非可扩散信号	NA	研究耳蜗细胞的再生潜力及其形成内耳类器官的能力	新生小鼠耳蜗细胞及其形成类器官的能力	digital pathology	hearing loss	RNA-seq	NA	single-cell RNA sequencing data	新生小鼠耳蜗细胞
13552	2024-08-07	Tumor-infiltrating dendritic cell states are conserved across solid human cancers 2021-01-04, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20200264 PMID:33601412	研究论文	本文通过单细胞转录组测序的元分析，探讨了人类实体肿瘤中树突状细胞的异质性及其在肿瘤微环境中的作用	揭示了跨患者、癌症类型和物种的肿瘤浸润性树突状细胞状态的保守性	NA	探讨树突状细胞在肿瘤微环境中的异质性及其对免疫疗法的影响	人类实体肿瘤中的树突状细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	多个患者和多种癌症类型
13553	2024-08-07	Preprocessing choices affect RNA velocity results for droplet scRNA-seq data 2021-01, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1008585 PMID:33428615	研究论文	本文系统比较了五种广泛使用的定量工具在五个实验性滴液单细胞RNA测序数据集中的剪接和未剪接RNA丰度估计的差异	首次系统地比较了不同定量工具在RNA速度分析中的影响，并强调了丰度定量在RNA速度分析工作流程中的重要性	NA	探讨不同定量工具对RNA速度分析结果的影响	剪接和未剪接RNA的丰度	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	五个实验性滴液单细胞RNA测序数据集
13554	2024-08-07	mbkmeans: Fast clustering for single cell data using mini-batch k-means 2021-01, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1008625 PMID:33497379	研究论文	本文介绍了一种用于单细胞数据快速聚类的mbkmeans R/Bioconductor包，该包实现了mini-batch k-means算法	mbkmeans包允许使用HDF5文件格式的磁盘数据表示，无需一次性将所有数据加载到内存中，适用于处理大规模单细胞数据集	NA	开发一种适用于大规模单细胞RNA测序数据的高效聚类方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	k-means	基因表达数据	包括一个包含130万细胞的数据集
13555	2024-08-07	Digital Cell Sorter (DCS): a cell type identification, anomaly detection, and Hopfield landscapes toolkit for single-cell transcriptomics 2021, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.10670 PMID:33520459	研究论文	本文介绍了一个名为Digital Cell Sorter (DCS)的软件平台，该平台集成了多种单细胞RNA测序(scRNA-seq)分析方法，包括自动细胞类型识别、细胞异常检测和细胞表型景观可视化	提出了两种基于投票算法和Hopfield分类器的自动细胞类型识别方法，以及基于隔离森林的细胞异常量化方法和基于Hopfield能量函数的细胞表型景观可视化工具	NA	开发新的算法和工具以提高单细胞RNA测序数据的分析效率和生物信息提取	单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	scRNA-seq	Hopfield分类器	数据	使用了来自健康捐赠者和多发性骨髓瘤患者的外周血单个核细胞(PBMC)和骨髓浆细胞的大数据集
13556	2024-08-07	Effective ribosomal RNA depletion for single-cell total RNA-seq by scDASH 2021, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.10717 PMID:33520469	研究论文	本文介绍了一种名为scDASH的方法，用于从单细胞总RNA-seq文库中有效去除核糖体RNA（rRNA）序列	scDASH方法能够有效去除rRNA，同时减少非特异性脱靶效应，显著丰富了转录组的检测	NA	开发一种适用于单细胞总RNA-seq的rRNA去除方法	单细胞RNA测序中的rRNA去除	基因组学	NA	scRNA-seq	NA	RNA	NA
13557	2024-08-07	Single-cell RNA Sequencing in Immunology 2020-Dec, Current genomics IF:1.8Q3 DOI:10.2174/1389202921999201020203249 PMID:33414678	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在免疫学中的应用及其未来发展方向	scRNA-seq能够分析复杂的细胞混合物至单个细胞和单个分子水平，适用于多种疾病的免疫反应分析	NA	提供单细胞RNA测序在免疫学应用的概述及未来发展方向的展望	免疫系统及其在多种病理过程中的作用	免疫学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	单个细胞
13558	2024-08-07	scAIDE: clustering of large-scale single-cell RNA-seq data reveals putative and rare cell types 2020-Dec, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaa082 PMID:33575628	研究论文	本文介绍了一种新的无监督深度学习聚类框架scAIDE，用于大规模单细胞RNA测序数据的聚类和后分析，以识别潜在和稀有细胞类型	scAIDE结合了自动编码器插补网络和距离保持嵌入网络（AIDE）来学习数据表示，并应用基于随机投影哈希的k均值算法来检测稀有细胞类型	NA	开发一种准确且高效的计算方法，用于大规模单细胞RNA测序数据的聚类和后分析	大规模单细胞RNA测序数据中的潜在和稀有细胞类型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	自动编码器	RNA测序数据	130万神经细胞
13559	2024-08-07	Probe-Seq: Method for RNA Sequencing of Specific Cell Types from Animal Tissue 2020-Sep-20, Bio-protocol IF:1.0Q3 DOI:10.21769/BioProtoc.3749 PMID:33659409	研究论文	本文介绍了一种名为Probe-Seq的新方法，用于从动物组织中对特定细胞类型进行RNA测序	Probe-Seq方法通过使用基因特异性探针与RNA标记物杂交来分离特定类型的细胞，从而实现下游的FACS分离和批量RNA测序	NA	开发一种简单、通用的方法，用于对缺乏细胞类型特异性遗传标记或抗体的细胞类型进行批量转录组分析	特定细胞类型的RNA测序	基因组学	NA	RNA测序	NA	RNA	小鼠视网膜、冷冻人视网膜、中肠和发育中的小鸡视网膜
13560	2024-08-07	Untangling biological factors influencing trajectory inference from single cell data 2020-Sep, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaa053 PMID:33575604	研究论文	本文研究了单细胞RNA测序数据中影响细胞分化轨迹推断的生物学因素	提出了一种通过分解单细胞数据来识别和过滤混杂变量（如细胞周期）的方法，以提高分化轨迹推断的准确性	未明确提及	探讨影响单细胞数据中细胞分化轨迹推断的关键生物学因素	单细胞RNA测序数据中的生物学变异	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未明确提及