单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
13541	2024-08-04	Modulator of TMB-associated immune infiltration (MOTIF) predicts immunotherapy response and guides combination therapy 2024-Mar-30, Science bulletin IF:18.8Q1 DOI:10.1016/j.scib.2024.01.025 PMID:38320897	研究论文	本研究开发了一种新工具MOTIF，用于预测免疫疗法响应并指导联合治疗	MOTIF将肿瘤突变负担(TMB)与CD8 T细胞浸润之间的关系进行了综合分析，提供了新的预测模型	该研究主要基于已有的RNA-seq数据，没有进行前瞻性临床试验	研究旨在提高TMB水平高的癌症患者对免疫检查点抑制剂的响应	研究对象是9311个肿瘤样本及84个单细胞RNA-seq数据集	数字病理学	肿瘤	RNA-seq	NA	RNA数据	9311个肿瘤样本和84个人类单细胞RNA-seq数据集
13542	2024-08-07	Prognostic prediction using a gene signature developed based on exhausted T cells for liver cancer patients 2024-Mar-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e28156 PMID:38533068	研究论文	本研究基于T细胞耗竭的关键预后基因开发了一个用于肝癌患者的预后预测模型	利用单细胞RNA测序数据和基因共表达网络分析，结合Lasso和多/单变量Cox分析构建了一个新的风险评分系统，并开发了一个能够预测不同风险组免疫浸润和免疫治疗敏感性的诺模图	NA	开发一个基于T细胞耗竭的关键预后基因的预后预测模型，以改善肝癌患者的临床治疗	肝癌患者	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	风险评分系统	单细胞RNA测序数据	18,413个细胞
13543	2024-08-04	Single-cell assessment of primary and stem cell-derived human trophoblast organoids as placenta-modeling platforms 2024-Mar-25, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.01.023 PMID:38359834	研究论文	评估人类滋养层干细胞衍生的类器官作为胎盘建模平台	首次将单细胞转录组学应用于评估滋养层类器官的发育细胞轨迹和转录调控过程	滋养层类器官在成分、分化和发育转录驱动因素方面存在一定的偏差	研究滋养层发育和人类胎盘形成	新鲜分离的早孕滋养层和建立的滋养层干细胞细胞系衍生的类器官	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	NA	新鲜分离的早孕滋养层和建立的滋养层干细胞细胞系
13544	2024-08-07	scATAnno: Automated Cell Type Annotation for single-cell ATAC Sequencing Data 2024-Mar-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.06.01.543296 PMID:37333088	研究论文	介绍scATAnno，一个用于自动注释scATAC-seq数据的Python包	scATAnno通过整合查询数据与参考图谱，无需使用scRNA-seq数据即可实现准确的细胞类型注释，并引入了基于KNN和加权距离的不确定性评分来提高注释准确性	NA	开发一个自动注释scATAC-seq数据的工具	scATAC-seq数据中的细胞类型	单细胞测序	NA	scATAC-seq	KNN	scATAC-seq数据	多个数据集，包括外周血单个核细胞（PBMC）、三阴性乳腺癌（TNBC）和基底细胞癌（BCC）
13545	2024-08-07	Construction of single-cell cross-species chromatin accessibility landscapes with combinatorial-hybridization-based ATAC-seq 2024-Mar-25, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.01.015 PMID:38330939	研究论文	本文开发了一种基于组合杂交的单细胞ATAC-seq方法（CH-ATAC-seq），用于构建斑马鱼、果蝇和蚯蚓的单细胞可及染色质图谱，并分析了跨物种的基因调控保守性和差异性	开发了基于组合杂交的CH-ATAC-seq方法，首次构建了非哺乳动物物种的单细胞候选顺式调控元件图谱	NA	探索脊椎动物和无脊椎动物之间保守的调控程序	斑马鱼、果蝇、蚯蚓以及人类、猴子和小鼠的单细胞可及染色质	基因组学	NA	单细胞ATAC-seq（scATAC-seq）	NA	基因组数据	152种不同主要细胞类型，约0.8百万个细胞类型特异的候选顺式调控元件
13546	2024-08-07	Wnt dose escalation during the exit from pluripotency identifies tranilast as a regulator of cardiac mesoderm 2024-Mar-25, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.01.019 PMID:38354738	研究论文	本研究利用Wnt剂量依赖性诱导程序，通过单细胞RNA测序分析hiPSCs在退出多能性时对Wnt激动剂CHIR-99021剂量递增反应的细胞类型和基因活性，以探索干细胞分化的分子调控机制	本研究首次发现小分子药物tranilast能协同激活Wnt信号传导，促进心脏谱系分化，并通过体外和体内实验验证了其效果	NA	探索Wnt信号传导在细胞谱系发育中的作用，并寻找调控干细胞分化的药物	人类诱导多能干细胞（hiPSCs）和鹌鹑胚胎	干细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	多元回归模型	基因表达数据	NA
13547	2024-08-07	Nephroblastoma-specific dysregulated gene SNHG15 with prognostic significance: scRNA-Seq with bulk RNA-Seq data and experimental validation 2024-Mar-25, Discover. Oncology DOI:10.1007/s12672-024-00946-w PMID:38526609	研究论文	本研究通过结合单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和批量RNA测序（RNA-Seq）数据，识别并验证了在肾母细胞瘤（WT）中具有预后意义的失调基因SNHG15。	首次整合单细胞和批量RNA测序数据，揭示了SNHG15在肾母细胞瘤中的预后价值及其功能机制。	实验仅限于G401细胞系，未来研究需在更多细胞系和临床样本中验证SNHG15的作用。	探索肾母细胞瘤中的预后标志物及其分子机制。	肾母细胞瘤组织中的SNHG15基因及其在细胞增殖、迁移和凋亡中的作用。	数字病理学	肾母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-Seq），批量RNA测序（RNA-Seq）	NA	RNA	基于scRNA-seq数据识别了20个簇，并注释了10种细胞类型
13548	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing unveils tumor heterogeneity and immune microenvironment between subungual and plantar melanoma 2024-03-25, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-57640-8 PMID:38528036	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，探讨了指（趾）甲下黑色素瘤（SM）和足底黑色素瘤（PM）之间的肿瘤异质性和免疫微环境差异	首次详细比较了SM和PM在基因表达、拷贝数变异（CNV）及肿瘤相关通路（如NF-κb和Wnt）的差异，并揭示了免疫微环境中特定轴（EPHA3-EFNA1和TIGIT-NECTIN2）的表达情况	研究样本仅限于SM和PM患者，可能无法完全代表所有类型的黑色素瘤	探索不同亚型黑色素瘤的肿瘤异质性和免疫微环境	指（趾）甲下黑色素瘤（SM）和足底黑色素瘤（PM）	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	24,789个单细胞
13549	2024-08-07	Identification of the shared hub gene signatures and molecular mechanisms between HIV-1 and pulmonary arterial hypertension 2024-03-25, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-55645-x PMID:38528047	研究论文	本研究通过分析HIV-1和肺动脉高压（PAH）的微阵列数据，利用WGCNA、GO和通路富集分析等方法，识别了两者之间的共享枢纽基因和分子机制	首次揭示了HIV-1与PAH之间通过I型干扰素（IFN）途径的共享分子机制，并确定了关键枢纽基因ISG15和IFI27	NA	阐明HIV-1感染与肺动脉高压之间的分子机制	HIV-1感染和肺动脉高压的共享枢纽基因及其分子机制	数字病理学	肺动脉高压	WGCNA, GO和通路富集分析, CIBERSORT, scRNA-seq	NA	微阵列数据, scRNA-seq数据	NA
13550	2024-08-07	Sirpα on tumor-associated myeloid cells restrains antitumor immunity in colorectal cancer independent of its interaction with CD47 2024-Mar, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-023-00691-z PMID:38200243	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析结直肠癌组织，发现肿瘤相关巨噬细胞和中性粒细胞来源的抑制细胞在免疫抑制特征上显著增加，且Sirpα在这些细胞中的表达增强，与肿瘤进展抵抗性相关。	首次揭示了Sirpα在肿瘤相关髓系细胞中独立于CD47的免疫抑制作用，并展示了Sirpα缺乏通过重编程肿瘤微环境增强抗肿瘤免疫活性的机制。	NA	探究肿瘤相关髓系细胞中Sirpα的免疫抑制机制及其对结直肠癌免疫治疗的影响。	结直肠癌组织中的肿瘤相关巨噬细胞和中性粒细胞来源的抑制细胞。	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
13551	2024-08-07	Single Cell Analysis of Lung Lymphatic Endothelial Cells and Lymphatic Responses during Influenza Infection 2024-Mar, Journal of respiratory biology and translational medicine DOI:10.35534/jrbtm.2024.10003 PMID:38529320	研究论文	研究了流感感染期间肺淋巴内皮细胞和淋巴反应的单细胞分析	发现了流感感染期间肺淋巴内皮细胞中存在的新的PD-L1亚群	NA	探讨感染期间淋巴系统的重塑过程	肺淋巴内皮细胞和淋巴反应	数字病理学	流感	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
13552	2024-08-04	Heterogeneous osteoimmune profiles via single-cell transcriptomics in osteoporotic patients who fail bisphosphonate treatment 2024-Feb-20, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2316871121 PMID:38346184	研究论文	本文研究了在双膦酸盐治疗失败的骨质疏松患者中通过单细胞转录组学揭示异质的骨免疫特征	研究首次揭示了骨质疏松患者中免疫细胞的异质性及其与双膦酸盐治疗失败的相关性	样本量可能有限，未深入探讨其他可能影响结果的生物标志物	探讨骨质疏松症中的免疫细胞异质性及其在双膦酸盐治疗中的作用	选取不同骨质疏松症状态的绝经后女性，包括非骨质疏松、经过治疗改善的患者及治疗失败者	数字病理学	骨质疏松症	单细胞RNA测序	NA	免疫细胞转录组数据	三组共涉及多名绝经后女性样本，具体样本量未详细说明
13553	2024-08-04	Rabies virus-based barcoded neuroanatomy resolved by single-cell RNA and in situ sequencing 2024-Feb-06, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.87866 PMID:38319699	研究论文	本文结合条形码狂犬病毒与单细胞和原位测序，探索小鼠大脑中的逆行标记和跨突触标记	本研究首次将条形码狂犬病毒与高通量的单细胞RNA测序和原位测序相结合，以实现神经元类型的广泛映射	目前条形码狂犬病毒的应用仅限于映射非神经元细胞的相互作用和培养神经元的突触连接	研究各种神经元类型的连接性，从而理解神经电路的结构和功能	小鼠大脑中的目标神经元及其突触连接	数字神经解剖学	NA	RNA条形码测序	NA	转录组数据	对96个逆行标记细胞和295个跨突触标记细胞进行了单细胞RNA测序，对4130个逆行标记细胞和2914个跨突触标记细胞进行了原位测序
13554	2024-08-07	Association Between Diverse Cell Death Patterns Related Gene Signature and Prognosis, Drug Sensitivity, and Immune Microenvironment in Glioblastoma 2024-Jan-12, Journal of molecular neuroscience : MN IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12031-023-02181-4 PMID:38214842	研究论文	本研究基于多种程序性细胞死亡模式相关基因构建了一个新的预测胶质母细胞瘤（GBM）预后的模型，并探讨了该模型与药物敏感性和免疫微环境的关系	首次整合了11种程序性细胞死亡模式相关基因，构建了一个新的预后模型，并验证了其在不同数据集中的有效性	需要进一步的研究来验证该模型在更大规模样本和不同人群中的应用效果	开发一个有效的工具来预测GBM的预后，并探讨其与药物敏感性和免疫微环境的关系	胶质母细胞瘤（GBM）患者的预后、药物敏感性和免疫微环境	数字病理学	脑瘤	转录组数据分析	Cox回归分析	转录组数据	使用了来自TCGA-GBM、REMBRANDT、CGGA和GSE162631数据集的GBM病例的bulk和单细胞转录组数据及临床数据
13555	2024-08-07	Single-cell disulfidptosis regulator patterns guide intercellular communication of tumor microenvironment that contribute to kidney renal clear cell carcinoma progression and immunotherapy 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1288240 PMID:38292868	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了肾透明细胞癌中的硫化物凋亡调控因子模式，揭示了其在肿瘤微环境中对细胞间通讯的影响及其与疾病进展和免疫治疗的关系	首次详细探讨了硫化物凋亡在肿瘤微环境中的具体作用，并揭示了其与肾透明细胞癌生物特性和预后的关联	研究样本量相对较小，且仅限于肾透明细胞癌，可能限制了结果的广泛适用性	探讨硫化物凋亡调控因子在肾透明细胞癌肿瘤微环境中的作用及其对疾病进展和免疫治疗的影响	肾透明细胞癌的肿瘤微环境中的单细胞	数字病理学	肾癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	非负矩阵分解（NMF）	RNA	41,784个单细胞，来自7个肾透明细胞癌样本
13556	2024-08-07	Cytotoxic CD8+ Temra cells show loss of chromatin accessibility at genes associated with T cell activation 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1285798 PMID:38370415	研究论文	研究探讨了人类衰老过程中记忆T细胞的扩张及其与CMV感染的关系，特别是Temra细胞的表观遗传模式和细胞异质性	通过单细胞转录组分析和ATAC-seq技术，揭示了Temra细胞与Tcm/em细胞在染色质可及性方面的差异，并发现了与基因表达相关的染色质可及性位点	研究主要集中在Temra细胞与Tcm/em细胞的比较，未涉及其他T细胞亚群的全面分析	探究衰老和CMV感染对CD8 Temra细胞分子和细胞异质性的影响	CD8 Temra细胞及其与CMV感染的关系	免疫学	NA	ATAC-seq, 单细胞转录组分析	NA	基因表达数据, 染色质可及性数据	涉及多个个体，具体数量未在摘要中明确
13557	2024-08-07	Integrative analysis identifies cancer cell-intrinsic RARRES1 as a predictor of prognosis and immune response in triple-negative breast cancer 2024, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2024.1360507 PMID:38533207	研究论文	本研究通过综合分析单细胞RNA测序数据，揭示了三阴性乳腺癌（TNBC）中肿瘤微环境（TME）的细胞组成异质性，并识别了与TME相关的基因RARRES1，该基因表达与TNBC患者的预后和免疫检查点抑制剂（ICIs）反应呈正相关	本研究提出了一种定量评估TME免疫特征的方法，并提供了一个框架，通过综合分析识别与TME相关的癌细胞内在特征	NA	揭示三阴性乳腺癌中癌细胞与肿瘤微环境之间的关系，并识别预测治疗反应和预后的生物标志物	三阴性乳腺癌（TNBC）及其肿瘤微环境（TME）	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
13558	2024-08-07	Imprinted genes and the manipulation of parenting in mammals 2023-Nov, Nature reviews. Genetics DOI:10.1038/s41576-023-00644-3 PMID:37714957	研究论文	本文探讨了基因组印记及其在哺乳动物亲代抚育中的调控作用	利用单细胞RNA测序数据支持了印记基因与母体抚育质量之间更为深思熟虑的关系	NA	研究基因组印记在哺乳动物亲代抚育中的作用及其对人类健康的潜在影响	基因组印记及其在母体抚育中的影响	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
13559	2024-08-04	Interferon-independent processes constrain measles virus cell-to-cell spread in primary human airway epithelial cells 2023-Sep-19, Microbiology spectrum IF:3.7Q2 DOI:10.1128/spectrum.01361-23 PMID:37724882	研究论文	本研究探讨了麻疹病毒在主要人类气道上皮细胞中的细胞间传播机制	这项研究揭示了IFN信号在麻疹病毒细胞间传播中并不是限制因素，强调了IFN独立过程的重要性	研究未能完全理解阻止麻疹病毒传播的机制	了解麻疹病毒在气道上皮细胞中的传播特征和机制	主要人类气道上皮细胞(Hae)和麻疹病毒(MeV)突变体	NA	NA	深度测序、定量RT-PCR和单细胞RNA测序	NA	细胞模型	主要人类气道上皮细胞的培养
13560	2024-08-04	Preclinical models for prediction of immunotherapy outcomes and immune evasion mechanisms in genetically heterogeneous multiple myeloma 2023-03, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-022-02178-3 PMID:36928817	研究论文	本文介绍了一种反映多发性骨髓瘤遗传异质性的前临床模型，以预测免疫治疗结果和免疫逃逸机制	建立了包含八种MM病变的新型小鼠模型，揭示了与免疫检查点阻断反应相关的CD8 T细胞与T细胞的比例	未提及具体的实验样本来源和规模的局限性	探讨多发性骨髓瘤的遗传和免疫特点与治疗反应之间的关系	多发性骨髓瘤模型小鼠及相关临床患者的免疫反应	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞转录组学与功能检测	小鼠模型	生物样本和临床数据	约500只小鼠和约1000名患者