单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
13501	2024-08-07	Single-cell atlas of the small intestine throughout the human lifespan demonstrates unique features of fetal immune cells 2024-Mar-28, Mucosal immunology IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.mucimm.2024.03.011 PMID:38555026	研究论文	本研究通过整合多个单细胞RNA测序数据集，创建了人类小肠在整个生命周期中的转录组图谱，特别关注免疫细胞，并揭示了胎儿期小肠免疫细胞的独特特征	首次展示了胎儿小肠免疫细胞的复杂免疫景观，并识别了其在整个生命周期中的变化	NA	探讨人类小肠黏膜免疫系统的发育过程及其在不同生命阶段的特点	人类小肠的免疫细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	涵盖从第一孕期到成年的多个样本
13502	2024-08-07	CellMixS: quantifying and visualizing batch effects in single-cell RNA-seq data 2021-06, Life science alliance IF:3.3Q1 DOI:10.26508/lsa.202001004 PMID:33758076	research paper	本文开发了一种细胞特异性混合得分（cms）来量化和可视化单细胞RNA测序数据中的批次效应	提出了一种新的细胞特异性混合得分（cms），能够检测局部批次偏差并区分不平衡批次和同类型细胞间的系统性差异	文章未明确提及	系统探索单细胞RNA测序数据中的批次效应，并开发新的方法来量化和可视化这些效应	单细胞RNA测序数据中的批次效应	digital pathology	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	数据	使用了真实和合成数据集进行比较
13503	2024-08-07	Gregarine single-cell transcriptomics reveals differential mitochondrial remodeling and adaptation in apicomplexans 2021-04-16, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-021-01007-2 PMID:33863338	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序分析了五种从蟑螂中分离的格拉雷菌的转录组，结合其他顶复门生物的数据，进行了详细的系统基因组学分析，并描述了它们的线粒体代谢	首次广泛地探索了格拉雷菌的基因组规模，提供了该群体中差异性叶绿体保留的证据，并揭示了顶复门中线粒体代谢功能的可变重组	对于格拉雷菌线粒体的保留和代谢能力了解仍然有限	探讨顶复门生物中线粒体重塑和适应性的差异	从蟑螂中分离的五种格拉雷菌	NA	NA	单细胞测序	NA	转录组数据	五种格拉雷菌
13504	2024-08-07	Single-Cell Study of Two Rat Models of Pulmonary Arterial Hypertension Reveals Connections to Human Pathobiology and Drug Repositioning 2021-04-15, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202006-2169OC PMID:33021809	研究论文	本研究利用单细胞转录组学技术分析了两种肺动脉高压（PAH）大鼠模型的肺部细胞和分子特征，并探讨了其与人类PAH病理生物学的关联及药物再定位的可能性	首次在单细胞分辨率下揭示了两种常用PAH模型中基因和通路的独特及共享失调情况，并展示了其与人类PAH的相关性和药物再定位的实用性	NA	确定并优先考虑PAH大鼠模型肺部失调的基因、通路和细胞类型，评估其与人类PAH的相关性并识别药物再定位候选物	肺动脉高压（PAH）大鼠模型的肺部细胞和分子特征	数字病理学	肺动脉高压	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	包括单冠毒素（MCT）、Sugen-低氧（SuHx）和对照组大鼠的肺部样本
13505	2024-08-07	Transcriptomic studies of systemic lupus erythematosus 2021-Apr-09, Inflammation and regeneration IF:5.0Q1 DOI:10.1186/s41232-021-00161-y PMID:33836832	综述	本文综述了系统性红斑狼疮（SLE）的转录组学研究，探讨了相关生物标志物和治疗策略的发现及其局限性	介绍了单细胞RNA测序在SLE血液和组织中的应用，揭示了分子异质性和关键亚群	某些研究发现仍存在争议，需要进一步研究以确定新的治疗靶点和精确的患者分层	探讨SLE的转录组学研究成果及其局限性	系统性红斑狼疮（SLE）的生物标志物和治疗策略	NA	系统性红斑狼疮	微阵列、RNA测序、单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
13506	2024-08-07	ACME dissociation: a versatile cell fixation-dissociation method for single-cell transcriptomics 2021-04-08, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-021-02302-5 PMID:33827654	research paper	本文介绍了一种名为ACME的细胞固定-解离方法，用于单细胞转录组学研究	ACME方法能够在固定细胞的同时进行解离，保持RNA完整性，支持多次冷冻保存，并且细胞可分类和可渗透	NA	开发一种适用于单细胞转录组学的细胞固定-解离方法	单细胞转录组学中的细胞解离问题	生物技术	NA	单细胞测序	NA	转录组数据	涉及不同物种的单细胞转录组数据
13507	2024-08-07	Single-cell transcriptome atlas and chromatin accessibility landscape reveal differentiation trajectories in the rice root 2021-04-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-22352-4 PMID:33824350	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和染色质可及性调查，分析了水稻根尖细胞的转录组和染色质可及性，揭示了水稻根细胞的分化轨迹和调控网络	首次综合利用单细胞RNA测序和染色质可及性分析，揭示了水稻根细胞的分化轨迹和调控网络，并比较了单子叶和双子叶植物根发育路径的异同	NA	解析水稻根尖分生组织在细胞分化中的作用及其转录调控网络	水稻根尖细胞的分化轨迹和调控网络	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	多个水稻根尖细胞
13508	2024-08-07	Inhibition of Hedgehog Signaling Alters Fibroblast Composition in Pancreatic Cancer 2021-04-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-20-3715 PMID:33495315	研究论文	本文研究了 Hedgehog 信号通路抑制对胰腺癌微环境中成纤维细胞组成的影响	发现 Hedgehog 信号通路在成纤维细胞中特异性激活，并且在肌成纤维细胞性 CAF（myCAF）中差异性升高	NA	探讨 Hedgehog 信号通路抑制如何重编程胰腺癌微环境	胰腺导管腺癌（PDAC）中的成纤维细胞组成和免疫浸润	数字病理学	胰腺癌	时间飞行流式细胞术，单细胞 RNA 测序	NA	细胞	NA
13509	2024-08-07	CASB: a concanavalin A-based sample barcoding strategy for single-cell sequencing 2021-04, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.15252/msb.202010060 PMID:33821571	研究论文	本文介绍了一种基于伴刀豆球蛋白A的样本条形码策略（CASB），用于单细胞测序，该策略适用于单细胞mRNA和ATAC测序技术	CASB策略具有高标记效率、高准确性在不同细胞类型和遗传背景下分配细胞/细胞核到样本，以及高灵敏度检测双细胞	NA	开发一种通用的、成本效益高的单细胞测序样本多路复用策略	单细胞mRNA和ATAC测序技术	基因组学	NA	单细胞测序	NA	基因组数据	NA
13510	2024-08-07	Time to Move to the Single-Cell Level: Applications of Single-Cell Multi-Omics to Hematological Malignancies and Waldenström's Macroglobulinemia-A Particularly Heterogeneous Lymphoma 2021-Mar-26, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers13071541 PMID:33810569	综述	本文综述了单细胞多组学技术在血液系统恶性肿瘤和瓦尔登斯特伦巨球蛋白血症中的应用	单细胞多组学技术能够克服传统批量测序的局限，深入研究肿瘤的来源、发病机制、克隆结构和演化以及治疗抵抗机制	NA	探讨单细胞多组学技术在血液系统恶性肿瘤和瓦尔登斯特伦巨球蛋白血症中的应用潜力	血液系统恶性肿瘤和瓦尔登斯特伦巨球蛋白血症	数字病理学	血液系统恶性肿瘤	单细胞测序技术	NA	单细胞数据	NA
13511	2024-08-07	Model-based deep embedding for constrained clustering analysis of single cell RNA-seq data 2021-03-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-22008-3 PMID:33767149	research paper	本文提出了一种名为scDCC的聚类方法，该方法将领域知识整合到单细胞RNA-seq数据的聚类步骤中	scDCC方法通过整合领域知识，显著提高了聚类性能，增强了聚类的生物学可解释性	NA	开发一种能够整合领域知识并提高单细胞RNA-seq数据聚类性能的方法	单细胞RNA-seq数据	digital pathology	NA	RNA-seq	NA	text	数千至数万个细胞
13512	2024-08-07	Single-Cell Transcriptomics Supports a Role of CHD8 in Autism 2021-Mar-23, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms22063261 PMID:33806835	研究论文	本文通过单细胞转录组测序技术探讨了CHD8基因在自闭症谱系障碍中的作用及其分子和细胞机制	利用单细胞RNA测序技术直接量化信息承载的RNA分子，揭示了CHD8基因在自闭症中的作用机制	文章指出，尽管有新的发现，但仍需进一步研究以充分挖掘这些变革性技术的潜力	探讨CHD8基因在自闭症谱系障碍中的作用及其分子和细胞机制	CHD8基因在自闭症谱系障碍中的作用	基因组学	自闭症谱系障碍	单细胞RNA测序	NA	RNA分子	涉及小鼠新皮质发育和人类大脑类器官的研究
13513	2024-08-07	Spatiotemporal single-cell RNA sequencing of developing chicken hearts identifies interplay between cellular differentiation and morphogenesis 2021-03-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-21892-z PMID:33741943	研究论文	本研究结合单细胞和空间转录组学技术，通过数据整合算法研究了鸡心脏从早期到晚期四腔阶段的发展过程	本研究首次通过空间映射技术揭示了心脏发育过程中细胞分化与形态发生之间的复杂相互作用	本研究未保留组织形态学和细胞间相互作用的空间信息	研究鸡心脏发育过程中细胞分化与形态发生的相互作用	鸡心脏的细胞系、空间组织及其在发育过程中的相互作用	发育生物学	先天性心脏病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
13514	2024-08-07	Integration and transfer learning of single-cell transcriptomes via cFIT 2021-03-09, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2024383118 PMID:33658382	研究论文	本文介绍了一种名为cFIT的方法，用于整合和转移来自不同实验、技术和物种的单细胞转录组数据	cFIT方法通过非负矩阵分解框架学习模型参数，能够捕捉不同数据集间的共享信息，并允许每个批次中基因表达的独特扭曲和偏移	NA	旨在更好地理解细胞身份和功能，通过整合和转移单细胞转录组数据	单细胞RNA测序数据，特别是来自人类和小鼠发育中大脑的数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	非负矩阵分解 (NMF)	转录组数据	多个scRNA-seq数据集，涉及不同技术和发育阶段
13515	2024-08-07	Single cell transcriptomics reveals lineage trajectory of retinal ganglion cells in wild-type and Atoh7-null retinas 2021-03-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-21704-4 PMID:33674582	研究论文	本研究使用单细胞转录组学技术，揭示了野生型和Atoh7缺失型视网膜中视网膜神经节细胞（RGC）的谱系轨迹	发现了在Atoh7缺失的情况下，RGC谱系的意外出现，并揭示了视网膜前体细胞（RPCs）在过渡状态下的谱系特异性基因共表达	NA	进一步研究转录因子Atoh7、Pou4f2和Isl1在视网膜神经节细胞谱系建立中的作用	野生型和Atoh7缺失型视网膜细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	野生型和突变型视网膜细胞
13516	2024-08-07	Single-cell differential splicing analysis reveals high heterogeneity of liver tumor-infiltrating T cells 2021-03-05, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-021-84693-w PMID:33674641	研究论文	本研究开发了一种新的计算工具DESJ-detection，用于在单细胞水平上准确检测细胞组间的差异表达剪接接头（DESJs），并分析了肝细胞癌中的T细胞	首次开发了DESJ-detection工具，用于在单细胞水平上检测差异表达的剪接接头，并发现了新的细胞状态pre-activation	NA	研究肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）的异质性与癌症发生和进展的关系	肝细胞癌中的T细胞	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	5063个T细胞
13517	2024-08-07	Integrative Single-Cell RNA-Seq and ATAC-Seq Analysis of Human Developmental Hematopoiesis 2021-03-04, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2020.11.015 PMID:33352111	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-seq）分析了人类发育期造血过程	首次综合运用scRNA-seq和scATAC-seq技术，揭示了人类发育期造血过程中的染色质可及性和分化模式的动态变化	NA	探究人类发育期造血过程的调控机制	从胎肝和骨髓中提取的8000多个人类免疫表型血液细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-seq）	NA	基因表达数据，染色质可及性数据	8000多个人类免疫表型血液细胞
13518	2024-08-07	Osteoclasts recycle via osteomorphs during RANKL-stimulated bone resorption 2021-03-04, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2021.02.002 PMID:33636130	研究论文	本文通过活体成像技术揭示了RANKL刺激下的破骨细胞通过分裂成称为骨形态细胞的子细胞进行细胞再循环的过程	发现了破骨细胞在RANKL刺激下的一种新命运，即分裂成骨形态细胞，这一发现挑战了破骨细胞在吸收完成后会凋亡的传统观点	NA	探讨破骨细胞在RANKL刺激下的细胞命运及其对骨吸收的影响	破骨细胞及其分裂产物骨形态细胞	NA	骨骼疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	NA
13519	2024-08-07	Pluripotent stem cell-derived models of neurological diseases reveal early transcriptional heterogeneity 2021-03-04, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-021-02301-6 PMID:33663567	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析阿尔茨海默病和亨廷顿病的患者细胞，发现疾病状态下神经元的转录异质性增加，并使用诱导多能干细胞模型验证了这一发现。	首次揭示了神经退行性疾病早期阶段的转录调控失衡现象，并提出早期干预可能具有高诊断价值。	研究主要集中在亨廷顿病和自闭症谱系障碍的模型上，可能需要进一步扩展到其他神经退行性疾病。	探究神经退行性疾病早期阶段的转录异质性及其潜在的干预策略。	阿尔茨海默病和亨廷顿病的患者细胞以及诱导多能干细胞衍生的神经前体细胞。	神经科学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用亨廷顿病的诱导多能干细胞（72Q; 180Q）及其衍生的神经前体细胞进行实验。
13520	2024-08-07	Exploring the stage-specific roles of Tcf-1 in T cell development and malignancy at single-cell resolution 2021-03, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-020-00527-1 PMID:32868912	研究论文	本研究通过条件性删除Tcf-1基因，探讨了Tcf-1在T细胞发育和恶性转化中的阶段特异性作用	首次通过单细胞RNA测序揭示了Tcf-1在不同发育阶段对T细胞命运分化的调控机制，并发现了Tcf-1缺乏导致白血病转化的潜在细胞群	研究主要集中在小鼠模型上，需要进一步在人类样本中验证结果	揭示Tcf-1在T细胞发育和恶性转化中的具体机制	Tcf-1在T细胞发育和恶性转化中的作用	数字病理学	白血病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及不同发育阶段的T细胞群