单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
13481	2024-08-07	Pluripotent stem cell-derived models of neurological diseases reveal early transcriptional heterogeneity 2021-03-04, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-021-02301-6 PMID:33663567	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析阿尔茨海默病和亨廷顿病的患者细胞，发现疾病状态下神经元的转录异质性增加，并使用诱导多能干细胞模型验证了这一发现。	首次揭示了神经退行性疾病早期阶段的转录调控失衡现象，并提出早期干预可能具有高诊断价值。	研究主要集中在亨廷顿病和自闭症谱系障碍的模型上，可能需要进一步扩展到其他神经退行性疾病。	探究神经退行性疾病早期阶段的转录异质性及其潜在的干预策略。	阿尔茨海默病和亨廷顿病的患者细胞以及诱导多能干细胞衍生的神经前体细胞。	神经科学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用亨廷顿病的诱导多能干细胞（72Q; 180Q）及其衍生的神经前体细胞进行实验。
13482	2024-08-07	Exploring the stage-specific roles of Tcf-1 in T cell development and malignancy at single-cell resolution 2021-03, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-020-00527-1 PMID:32868912	研究论文	本研究通过条件性删除Tcf-1基因，探讨了Tcf-1在T细胞发育和恶性转化中的阶段特异性作用	首次通过单细胞RNA测序揭示了Tcf-1在不同发育阶段对T细胞命运分化的调控机制，并发现了Tcf-1缺乏导致白血病转化的潜在细胞群	研究主要集中在小鼠模型上，需要进一步在人类样本中验证结果	揭示Tcf-1在T细胞发育和恶性转化中的具体机制	Tcf-1在T细胞发育和恶性转化中的作用	数字病理学	白血病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及不同发育阶段的T细胞群
13483	2024-08-07	Spage2vec: Unsupervised representation of localized spatial gene expression signatures 2021-03, The FEBS journal DOI:10.1111/febs.15572 PMID:32976679	研究论文	本文介绍了一种无监督且无需分割的方法spage2vec，用于解析复杂组织在亚细胞分辨率下的空间转录组异质性	spage2vec通过将组织样本的空间转录组景观表示为图，并利用机器学习图表示技术创建局部空间基因表达的低维表示，无需细胞分割或先验生物学知识	NA	开发一种新的方法来解析组织中的空间转录组异质性	小鼠大脑数据和数百个单个细胞的空间基因表达数据	机器学习	NA	机器学习图表示技术	NA	基因表达数据	小鼠大脑数据来自三种不同的原位转录组测定法，以及包含数百个单个细胞的空间基因表达数据
13484	2024-08-07	Corneal nonmyelinating Schwann cells illuminated by single-cell transcriptomics and visualized by protein biomarkers 2021-03, Journal of neuroscience research IF:2.9Q2 DOI:10.1002/jnr.24757 PMID:33197966	研究论文	本文利用单细胞RNA测序、显微镜和转基因技术，对中央角膜的非髓鞘化施万细胞（nm-cSCs）进行了特征描述	首次通过单细胞RNA测序和其他技术手段，成功识别并验证了nm-cSCs的蛋白质表达，为研究角膜感觉功能提供了新的工具和见解	NA	研究中央角膜的非髓鞘化施万细胞（nm-cSCs）的特征，并探索其在神经修复和角膜感觉功能研究中的应用	中央角膜的非髓鞘化施万细胞（nm-cSCs）	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	来自雄性兔子的中央角膜细胞
13485	2024-08-07	Identification of leukemic and pre-leukemic stem cells by clonal tracking from single-cell transcriptomics 2021-03-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-21650-1 PMID:33649320	research paper	本文通过结合单细胞转录组学和谱系追踪技术，识别和分子表征了急性髓系白血病中的白血病干细胞和前白血病干细胞	本文采用单细胞多组学方法，结合核和线粒体体细胞变异进行谱系追踪，能够识别特定的白血病干细胞基因表达程序和由白血病突变引起的分化阻滞	NA	深入表征癌症干细胞，以期从源头上根除癌症	急性髓系白血病中的白血病干细胞和前白血病干细胞	digital pathology	白血病	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	NA
13486	2024-08-07	Single-cell transcriptomic analysis of mIHC images via antigen mapping 2021-03, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abc5464 PMID:33674303	研究论文	本文开发了一种方法，通过抗原映射技术将单细胞RNA测序数据与多重免疫组织化学（mIHC）图像相结合，以增强组织切片的细胞注释	提出了一种名为STvEA的新方法，通过空间解析的转录组学与表位锚定，实现对高度多重细胞计数数据集的转录组引导注释	NA	克服在多重免疫组织化学中注释细胞群体的挑战，特别是对于抗体面板未包含特定标记的细胞	小鼠脾脏中的细胞类型	数字病理学	NA	多重免疫组织化学（mIHC），单细胞RNA测序	NA	图像，转录组数据	使用已发表的小鼠脾脏的细胞计数和mIHC数据
13487	2024-08-07	BARcode DEmixing through Non-negative Spatial Regression (BarDensr) 2021-03, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1008256 PMID:33684106	研究论文	本文开发了一种新的分析方法BarDensr，用于解决空间转录组学中转录本混合的问题	BarDensr通过非负空间回归的生成模型和稀疏凸优化方法，有效地估计了混合转录本的密度	NA	开发一种新的分析方法，以提高在高度混合转录本情况下的信号恢复能力	空间转录组学中的转录本混合问题	空间转录组学	NA	非负空间回归	生成模型	图像	NA
13488	2024-08-07	Single-cell transcriptomics provides new insights into the role of fibroblasts during peritoneal fibrosis 2021-03, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.321 PMID:33784014	研究论文	本研究利用单细胞转录组学技术，探讨了腹膜纤维化过程中成纤维细胞的作用	通过单细胞RNA测序技术，提供了细胞水平的转录组分析，揭示了不同纤维化阶段细胞类型特异性的生物学过程	NA	探讨透析相关腹膜纤维化中不同细胞群体的贡献	正常腹膜组织、短期和长期腹膜透析患者的腹膜组织	数字病理学	腹膜纤维化	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	正常腹膜组织6例，短期腹膜透析患者6例，长期腹膜透析患者4例
13489	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing reveals developmental heterogeneity among Plasmodium berghei sporozoites 2021-02-22, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-021-82914-w PMID:33619283	研究论文	本研究利用基于液滴的单细胞RNA测序技术，分析了从按蚊中肠和唾液腺中提取的超过8000个Plasmodium berghei孢子体的转录组	本研究首次使用高吞吐量的单细胞RNA测序工作流程，揭示了Plasmodium berghei孢子体在发育过程中的基因表达差异	NA	研究旨在通过分子水平了解疟疾寄生虫孢子体的发育异质性，为疟疾预防策略提供新见解	研究对象为Plasmodium berghei孢子体	数字病理学	疟疾	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	超过8000个Plasmodium berghei孢子体
13490	2024-08-07	Clustering Single-Cell RNA-Seq Data with Regularized Gaussian Graphical Model 2021-02-22, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes12020311 PMID:33671799	研究论文	本文提出了一种新的正则化高斯图形聚类（RGGC）方法，用于单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的聚类	RGGC方法基于高阶（偏）相关和子空间学习，对正则化参数λ具有广泛的鲁棒性，无需交叉验证即可简单设置λ=2或λ=log(p)，并且使用Louvain社区检测算法自动确定聚类数量	NA	开发一种简单、稳健且高效的单细胞RNA测序数据聚类方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	正则化高斯图形模型	RNA测序数据	NA
13491	2024-08-07	Benchmarking Computational Doublet-Detection Methods for Single-Cell RNA Sequencing Data 2021-02-17, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2020.11.008 PMID:33338399	研究论文	本文对九种先进的计算双峰检测方法进行了系统的基准研究，以评估其在单细胞RNA测序数据中的性能	首次对多种计算双峰检测方法进行了全面的基准测试，为研究人员选择合适的方法提供了依据	研究仅限于特定的实验设置和数据集，可能无法完全代表所有可能的应用场景	评估和比较不同计算双峰检测方法在单细胞RNA测序数据中的准确性、对下游分析的影响及计算效率	九种计算双峰检测方法在16个真实数据集和112个合成数据集上的性能	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	16个真实数据集和112个合成数据集
13492	2024-08-07	NECAB1 and NECAB2 are Prevalent Calcium-Binding Proteins of CB1/CCK-Positive GABAergic Interneurons 2021-02-05, Cerebral cortex (New York, N.Y. : 1991) DOI:10.1093/cercor/bhaa326 PMID:33230531	研究论文	本文探讨了CB1/CCK阳性GABA能中间神经元中NECAB1和NECAB2钙结合蛋白的表达及其在神经元中的分布和功能。	首次发现CB1/CCK阳性GABA能中间神经元中NECAB1和NECAB2作为主要的钙结合蛋白，并揭示了它们在亚细胞水平的纳米尺度差异。	NA	研究CB1/CCK阳性GABA能中间神经元中钙信号传导工具包的分子组成，特别是钙结合蛋白的表达。	CB1/CCK阳性GABA能中间神经元中的NECAB1和NECAB2钙结合蛋白。	神经科学	NA	单细胞RNA测序，荧光原位杂交，免疫染色，膜片钳电生理学，共聚焦和STORM超分辨率显微镜。	NA	RNA序列，图像	NA
13493	2024-08-07	Assembly and Exploration of a Single Cell Atlas of the Drosophila Larval Ventral Cord. Identification of Rare Cell Types 2021-Feb, Current protocols DOI:10.1002/cpz1.37 PMID:33600085	研究论文	本文介绍了一种定制的多阶段分析流程，用于单细胞RNA测序数据的高质量分析，并应用于果蝇幼虫腹索数据集，识别并描述了罕见的细胞类型	本文提出了一种新的多阶段分析流程，整合了不同R包中的模块，以确保灵活且高质量的RNA-seq数据分析	该分析流程需要定制和适应特定目标，且可能不适用于所有类型的数据集	研究细胞多样性在复杂生物系统中的表现	果蝇幼虫腹索中的不同细胞类型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	不同数据集的果蝇幼虫腹索样本
13494	2024-08-07	MicroExonator enables systematic discovery and quantification of microexons across mouse embryonic development 2021-01-22, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-020-02246-2 PMID:33482885	研究论文	本文介绍了MicroExonator，一种用于系统性发现和量化微外显子的新型管道，通过处理289个RNA-seq数据集，对小鼠胚胎发育中的微外显子进行了全面调查。	MicroExonator能够重复性地从头发现和量化微外显子，特别是在分析大量数据时，有助于转录组研究中微外显子的研究。	NA	开发一种新的工具来系统性地发现和量化微外显子，并探讨其在小鼠胚胎发育中的作用。	小鼠胚胎发育中的微外显子及其在神经系统发育和功能中的作用。	基因组学	NA	RNA-seq	NA	RNA-seq数据	289个RNA-seq数据集，涵盖十八种小鼠组织，对应九个胚胎和出生后阶段
13495	2024-08-07	Blocking IL1 Beta Promotes Tumor Regression and Remodeling of the Myeloid Compartment in a Renal Cell Carcinoma Model: Multidimensional Analyses 2021-01-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-20-1610 PMID:33148676	研究论文	本研究探讨了阻断IL1β在肾细胞癌模型中促进肿瘤消退和髓系细胞重塑的作用	通过多参数流式细胞术、肿瘤细胞因子分析和单细胞RNA测序，揭示了IL1β阻断与ICI或TKI联合治疗通过非冗余、相对T细胞非依赖机制重塑髓系细胞	NA	研究IL1β在肾细胞癌中的作用及其作为免疫治疗靶点的潜力	肾细胞癌模型中的髓系细胞和肿瘤微环境	数字病理学	肾细胞癌	多参数流式细胞术，单细胞RNA测序	NA	细胞	RENCA和MC38肿瘤模型
13496	2024-08-07	Single-Cell Transcriptomics Reveals Zone-Specific Alterations of Liver Sinusoidal Endothelial Cells in Cirrhosis 2021, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2020.12.007 PMID:33340713	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术，揭示了肝硬化小鼠肝脏中肝窦内皮细胞（LSECs）在特定区域的转录组变化	首次在空间和细胞特异性水平上揭示了肝硬化中肝窦内皮细胞的区域特异性转录组变化	NA	深入了解肝硬化的发病机制，为开发针对最功能障碍的肝内皮细胞的新疗法提供依据	肝硬化小鼠肝脏中的肝窦内皮细胞	数字病理学	肝硬化	scRNA-seq	NA	转录组数据	控制组和肝硬化小鼠的肝内皮细胞群体
13497	2024-08-07	Using scRNA-seq to Identify Transcriptional Variation in the Malaria Parasite Ookinete Stage 2021, Frontiers in cellular and infection microbiology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcimb.2021.604129 PMID:33732658	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术研究了疟原虫动合子阶段在不同媒介物种间的转录变异	采用单细胞RNA测序和低输入转录组技术，首次详细分析了疟原虫动合子阶段的转录变异，揭示了环境因素和克隆变异的影响	研究主要集中在动合子阶段的转录变异，未涉及其他生命周期阶段的详细分析	探索疟原虫动合子阶段的转录变异，为阻断传播策略提供依据	疟原虫动合子阶段的转录变异	数字病理学	疟疾	scRNA-seq	NA	转录组数据	多个媒介物种及个体中肠样本
13498	2024-08-07	Estimating and Correcting for Off-Target Cellular Contamination in Brain Cell Type Specific RNA-Seq Data 2021, Frontiers in molecular neuroscience IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fnmol.2021.637143 PMID:33746712	研究论文	本文提出了一种计算方法，用于估计和控制单细胞类型RNA测序数据中的非目标细胞类型污染	本文引入了单细胞类型RNA测序（sctRNA-seq）方法，并开发了一种新的计算方法来检测和控制非目标细胞类型的污染	该方法依赖于单细胞测序数据集，可能不适用于所有类型的细胞纯化技术	旨在解决分子基因组学中对微量细胞群体转录组分析的挑战	研究对象为大脑细胞类型特异性RNA-Seq数据中的非目标细胞污染	分子基因组学	NA	RNA测序	NA	RNA测序数据	涉及多种细胞纯化技术的数据集
13499	2024-08-07	Remodeling of Stromal Cells and Immune Landscape in Microenvironment During Tumor Progression 2021, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2021.596798 PMID:33763348	研究论文	本文探讨了肿瘤进展过程中基质细胞和免疫微环境的重组	采用单细胞测序技术分析肿瘤微环境中基质细胞和免疫细胞的表型标记、分子通路及进化轨迹	未提及具体限制	研究肿瘤进展中基质细胞和免疫微环境的多样性及其对免疫治疗的影响	基质细胞和免疫细胞在肿瘤微环境中的亚型及其在肿瘤发展中的作用	NA	NA	单细胞测序	NA	NA	NA
13500	2024-08-07	DEEPsc: A Deep Learning-Based Map Connecting Single-Cell Transcriptomics and Spatial Imaging Data 2021, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2021.636743 PMID:33833776	研究论文	本文介绍了一种基于深度学习的方法DEEPsc，用于将空间信息映射到单细胞转录组数据上，并与现有方法进行了比较	DEEPsc方法在精度和鲁棒性之间取得了更好的平衡，并提供了一个数据自适应工具来连接单细胞转录组数据和空间成像数据	文章未明确提及DEEPsc的具体局限性	开发一种系统自适应的深度学习方法，以提高单细胞转录组数据空间信息映射的准确性、精度和鲁棒性	单细胞RNA测序数据和空间成像数据	机器学习	NA	深度学习	NA	转录组数据，空间成像数据	涉及四个生物系统