单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27703 篇文献，本页显示第 13461 - 13480 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 13461 | 2024-08-07 |
The Clonal Expansion Dynamics of the HIV-1 Reservoir: Mechanisms of Integration Site-Dependent Proliferation and HIV-1 Persistence
2021-09-17, Viruses
DOI:10.3390/v13091858
PMID:34578439
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研究论文 | 本文探讨了HIV-1潜伏库的克隆扩展动力学，特别是整合位点依赖性增殖机制及其对HIV-1持久性的影响 | 首次揭示了HIV-1整合位点与特定癌症相关基因的关系，以及HIV-1通过插入突变驱动感染细胞增殖的机制 | 文章未详细讨论CRISPR-mediated抑制HIV-1 promoter的具体方法及其在临床应用中的可行性 | 研究HIV-1潜伏库的克隆扩展机制，探索抑制HIV-1转录和阻止感染细胞克隆扩展的治疗方法 | HIV-1整合位点、潜伏库的克隆扩展、癌症相关基因表达 | NA | HIV/AIDS | 单细胞转录组分析, CRISPR | NA | 转录组数据 | 未具体说明样本数量 |
| 13462 | 2024-08-07 |
Troy/Tnfrsf19 marks epidermal cells that govern interfollicular epidermal renewal and cornification
2021-09-14, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2021.07.007
PMID:34358453
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研究论文 | 本文识别了Troy作为人类和小鼠表皮中IFE和HF漏斗部基底层细胞的标记物，并通过遗传谱系追踪实验证明了Troy表达的基底细胞对角质化上皮层的长期更新有贡献。 | 首次确定了Troy作为IFE和HF漏斗部基底层细胞的特异性标记物，并证实了这些细胞具有干细胞特性及其分化能力。 | NA | 确定Troy作为表皮基底细胞的标记物，并研究其在表皮更新和角质化中的作用。 | 人类和小鼠的表皮细胞，特别是IFE和HF漏斗部的基底层细胞。 | NA | NA | 单细胞转录组学和类器官分析 | NA | 细胞 | 涉及人类和小鼠的表皮细胞样本 |
| 13463 | 2024-08-07 |
Choice of pre-processing pipeline influences clustering quality of scRNA-seq datasets
2021-Sep-14, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-021-07930-6
PMID:34521337
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research paper | 本文研究了单细胞RNA测序数据预处理管道对聚类质量的影响，比较了kallisto伪比对器与10X Genomics的Cell Ranger管道的效果。 | 采用kallisto伪比对器处理单细胞测序数据，提高了序列读取比对率和总基因检测率，特别是在非人类和小鼠数据集中，显著提升了细胞类型的识别质量。 | 研究主要集中在22个公开的单细胞测序数据集上，可能未涵盖所有可能的生物体和组织类型。 | 探讨不同预处理管道对单细胞RNA测序数据聚类质量的影响。 | 22个来自8种不同生物体多种组织的公开单细胞测序数据集。 | digital pathology | NA | scRNA-seq | NA | text | 22个单细胞测序数据集 |
| 13464 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing of peripheral blood mononuclear cells from acute Kawasaki disease patients
2021-09-14, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-25771-5
PMID:34521850
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了急性川崎病患者的周围血单个核细胞，并探讨了免疫反应的变化及其潜在的生物学过程。 | 首次通过单细胞RNA测序全面揭示了急性川崎病患者免疫细胞的转录组变化，特别是在单核细胞和B细胞中的差异表达基因。 | 研究样本量较小，仅包括7名急性川崎病患者和3名健康对照，可能影响结果的普遍性。 | 旨在深入理解急性川崎病的免疫反应及其治疗机制。 | 急性川崎病患者的周围血单个核细胞及其在治疗前后的变化。 | 数字病理学 | 川崎病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 7名急性川崎病患者和3名年龄匹配的健康对照 |
| 13465 | 2024-08-07 |
Multipotent progenitors and hematopoietic stem cells arise independently from hemogenic endothelium in the mouse embryo
2021-09-14, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2021.109675
PMID:34525376
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研究论文 | 本研究通过克隆分析和单细胞转录组学方法，证明了在小鼠胚胎早期，具有造血干细胞（HSC）潜力的稀有内皮细胞（HE）与具有多系造血潜力的更丰富的HE是不同的 | 本研究提出了一个修订的发育性造血模型，其中多能祖细胞和HSC最初从具有不同表型和转录特征的HE独立产生 | NA | 探究在小鼠胚胎发育过程中，多能祖细胞和造血干细胞是否从共同的内皮细胞（HE）产生 | 小鼠胚胎中的内皮细胞（HE）及其分化出的多能祖细胞和造血干细胞（HSC） | 血液学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 13466 | 2024-08-07 |
The Warburg effect is necessary to promote glycosylation in the blastema during zebrafish tail regeneration
2021-Sep-13, NPJ Regenerative medicine
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41536-021-00163-x
PMID:34518542
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研究论文 | 本研究利用斑马鱼幼体尾部再生实验，探讨了Warburg效应在尾部再生中促进糖基化的必要性 | 首次证明了Warburg效应在斑马鱼尾部再生中的关键作用，并揭示了代谢重编程对TGF-β信号传导和糖基化途径的重要性 | 研究仅限于斑马鱼模型，可能需要进一步验证在其他物种中的适用性 | 探究Warburg效应在斑马鱼尾部再生中的作用及其对代谢途径的影响 | 斑马鱼幼体尾部再生过程中的代谢变化和细胞行为 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 多个再生尾部样本，包括抑制和未抑制葡萄糖代谢的样本 |
| 13467 | 2024-08-07 |
RCA2: a scalable supervised clustering algorithm that reduces batch effects in scRNA-seq data
2021-09-07, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkab632
PMID:34320202
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研究论文 | 本文介绍了一种名为RCA2的可扩展监督聚类算法，该算法能有效减少scRNA-seq数据中的批次效应 | RCA2是首个结合参考投影（提高批次效应稳健性）和基于图的聚类（提高可扩展性）的算法，并提供了一个用户友好的框架，集成了多种常用的下游分析模块 | NA | 开发一种能有效减少批次效应并适用于大规模单细胞数据集的监督聚类算法 | 人类和小鼠的单细胞转录组数据 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | 基于图的聚类算法 | 转录组数据 | 涉及人类骨髓、健康PBMCs及COVID-19患者PBMCs的单细胞数据 |
| 13468 | 2024-08-07 |
Modelling the impact of decidual senescence on embryo implantation in human endometrial assembloids
2021-09-06, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.69603
PMID:34487490
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研究论文 | 研究通过建立和表征子宫内膜集合体，探讨了基底蜕膜化对胚胎植入的影响及其潜在机制 | 首次展示了急性衰老在腺上皮中驱动多种典型植入因子的分泌，而在基质中则调节抗炎蜕膜细胞和促炎衰老蜕膜细胞的出现 | 研究主要集中在体外模型，可能与体内实际情况存在差异 | 探究蜕膜衰老对胚胎植入的影响及其潜在机制 | 子宫内膜集合体，包括腺体样类器官和初级基质细胞 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | 细胞 | 多个子宫内膜集合体样本 |
| 13469 | 2024-08-07 |
Single-cell genome sequencing of protozoan parasites
2021-09, Trends in parasitology
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.pt.2021.05.013
PMID:34172399
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研究论文 | 本文介绍了针对寄生原生动物如疟原虫和利什曼原虫的单细胞基因组测序方法及其在理解寄生虫生物学中的应用 | 开发并定制了针对特定宿主-寄生虫系统的单细胞测序方法，能够解析复杂寄生虫群体中的遗传多样性和亲缘关系，并捕捉从头开始的遗传变异 | 大多数寄生虫基因组测序研究集中于由数百万细胞组成的批量样本，这偏向于主导基因型，掩盖了细胞间的变异和稀有变异 | 探讨单细胞测序技术在寄生原生动物基因组研究中的应用 | 寄生原生动物如疟原虫和利什曼原虫 | 基因组学 | NA | 单细胞测序 | NA | 基因组数据 | 单个细胞 |
| 13470 | 2024-08-07 |
Large-scale cis- and trans-eQTL analyses identify thousands of genetic loci and polygenic scores that regulate blood gene expression
2021-09, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-021-00913-z
PMID:34475573
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研究论文 | 本研究通过eQTLGen Consortium对31,684名个体的血液样本进行cis-和trans-eQTL分析，以探索基因表达的遗传机制 | 本研究首次在大规模样本中检测到cis-eQTL和trans-eQTL，并发现这些eQTL在不同组织中的可重复性，以及它们通过转录因子调控基因表达的机制 | trans-eQTL的重复率较低，部分原因是重复能力低和细胞类型组成的混杂效应 | 研究基因表达的遗传机制及其对复杂表型的影响 | 血液样本中的基因表达 | 遗传学 | NA | eQTL分析 | NA | 基因表达数据 | 31,684名个体的血液样本 |
| 13471 | 2024-08-07 |
Cells of the human intestinal tract mapped across space and time
2021-09, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-021-03852-1
PMID:34497389
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序和抗原受体分析，对人类肠道不同发育阶段和不同解剖区域的近五十万个细胞进行了全面映射 | 揭示了人类肠道中转录上独特的BEST4上皮细胞的存在，并提出了肠道绒毛细胞的IgG感应功能 | NA | 全面映射人类肠道细胞谱系，揭示其在发育、稳态和疾病中的细胞程序 | 人类肠道细胞及其在不同发育阶段和解剖区域中的动态变化 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 近五十万个细胞 |
| 13472 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptome analysis reveals cellular heterogeneity in the ascending aortas of normal and high-fat diet-fed mice
2021-09, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-021-00671-2
PMID:34548614
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序分析了正常饮食和高脂饮食喂养的小鼠升主动脉中的细胞异质性 | 首次全面评估了高脂饮食下升主动脉的细胞异质性和细胞组成 | NA | 阐明升主动脉的细胞组成性质和范围，增进对主动脉炎症疾病发展和进展的理解 | 正常饮食和高脂饮食喂养的小鼠升主动脉细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 24,001个升主动脉细胞 |
| 13473 | 2024-08-07 |
Advances in novel molecular typing and precise treatment strategies for small cell lung cancer
2021-Aug-31, Chinese journal of cancer research = Chung-kuo yen cheng yen chiu
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研究论文 | 本文综述了小细胞肺癌（SCLC）分子分型和精准治疗策略的最新进展 | 文章介绍了SCLC从传统的“经典”和“变异”类型转变为“NE”和“非NE”表型，以及由主要转录调控因子定义的亚型，揭示了SCLC高度肿瘤内异质性和可塑性的特征 | NA | 探讨小细胞肺癌的分子分型和精准治疗策略 | 小细胞肺癌及其分子分型和治疗策略 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞测序分析 | NA | 基因组数据 | NA |
| 13474 | 2024-08-07 |
Partitioning of gene expression among zebrafish photoreceptor subtypes
2021-08-30, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-021-96837-z
PMID:34462505
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术分析了斑马鱼成年光感受器的基因表达，发现了除四种典型的斑马鱼锥体类型外，还存在表达红移视蛋白同源物的绿色和红色锥体亚群，并揭示了光转导基因在锥体亚型间的分配机制。 | 首次揭示了斑马鱼中锥体亚型的基因表达差异，并发现了新的转录调控因子在光感受器发育或分化中的作用。 | NA | 探究斑马鱼光感受器亚型的基因表达差异及其分子机制。 | 斑马鱼的成年光感受器及其基因表达。 | 分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 成年斑马鱼的光感受器 |
| 13475 | 2024-08-07 |
BRIE2: computational identification of splicing phenotypes from single-cell transcriptomic experiments
2021-08-27, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-021-02461-5
PMID:34452629
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研究论文 | BRIE2是一种可扩展的计算方法，通过回归单细胞转录组数据与细胞水平特征来解决scRNA-seq技术内在覆盖限制的问题 | BRIE2能有效识别与疾病相关的差异剪接事件，并能合理选择捕捉转录动力学异质性的基因，改善RNA速度分析 | NA | 开发一种计算方法来识别从单细胞转录组实验中得出的剪接表型 | 单细胞转录组数据中的剪接事件与细胞水平表型的关联 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 回归模型 | 转录组数据 | NA |
| 13476 | 2024-08-07 |
AHR signaling is induced by infection with coronaviruses
2021-08-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-25412-x
PMID:34446714
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研究论文 | 本文报道了芳烃受体（AHR）在冠状病毒感染中的激活作用，并探讨了其对病毒免疫逃逸和肺上皮细胞的影响。 | 首次揭示了AHR在冠状病毒感染中的激活作用，及其对病毒复制和肺病理的影响。 | 需要进一步研究以评估AHR作为宿主导向抗病毒治疗靶点的潜力。 | 探讨AHR在冠状病毒感染中的作用及其对病毒免疫和肺病理的影响。 | AHR在冠状病毒感染中的激活及其对病毒复制和肺上皮细胞的影响。 | NA | 呼吸系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | COVID-19患者的肺组织样本 |
| 13477 | 2024-08-07 |
Tumour-targeted interleukin-12 and entinostat combination therapy improves cancer survival by reprogramming the tumour immune cell landscape
2021-08-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-25393-x
PMID:34446712
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研究论文 | 本文通过综合单细胞转录组、蛋白质组和免疫细胞分析，展示了Entinostat与NHS-rmIL12联合治疗在实验性小鼠结肠癌细胞和低免疫原性乳腺癌肿瘤中的应用，重编程肿瘤免疫环境，提高癌症生存率。 | 本研究首次展示了Entinostat与NHS-rmIL12联合治疗能够重编程肿瘤免疫环境，促进CD8 T细胞和活化中性粒细胞的协同作用，导致肿瘤完全消除。 | 研究主要在实验性小鼠模型中进行，需要在人类临床试验中进一步验证其效果。 | 探讨Entinostat与NHS-rmIL12联合治疗在改善癌症生存中的作用。 | 实验性小鼠结肠癌细胞和低免疫原性乳腺癌肿瘤。 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞转录组、蛋白质组和免疫细胞分析 | NA | 转录组、蛋白质组 | 实验涉及的小鼠样本数量未明确提及 |
| 13478 | 2024-08-07 |
Sfaira accelerates data and model reuse in single cell genomics
2021-08-25, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-021-02452-6
PMID:34433466
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研究论文 | 本文介绍了sfaira，一个用于公共数据集的单细胞数据动物园，以及一个包含可执行预训练模型的模型动物园，旨在加速单细胞基因组学中的数据和模型重用 | 提出了一个用于公共数据集的单细胞数据动物园sfaira，并设计了用于元数据的本体论，以及针对不同粗细注释水平的细胞类型分类的交叉熵损失的适应 | NA | 解决单细胞RNA-seq数据分析中独立分析和数据整理时间消耗的问题 | 单细胞RNA-seq数据集和预训练模型 | 单细胞基因组学 | NA | 单细胞RNA-seq | 预训练模型 | 单细胞数据 | 800万个细胞 |
| 13479 | 2024-08-07 |
Whole-genome methylation analysis of testicular germ cells from cryptozoospermic men points to recurrent and functionally relevant DNA methylation changes
2021-08-21, Clinical epigenetics
IF:4.8Q1
DOI:10.1186/s13148-021-01144-z
PMID:34419158
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研究论文 | 本研究通过全基因组甲基化分析，比较了隐匿精子症患者和阻塞性无精子症患者的睾丸生殖细胞的DNA甲基化模式，发现了与精子发生受损相关的功能性相关区域的DNA甲基化变化。 | 本研究首次在隐匿精子症患者的睾丸生殖细胞中发现了与精子发生受损相关的功能性相关区域的DNA甲基化变化。 | 研究样本量较小，仅包括四名隐匿精子症患者和四名阻塞性无精子症患者作为对照。 | 探究隐匿精子症患者的睾丸生殖细胞是否存在异常的DNA甲基化模式。 | 隐匿精子症患者的睾丸生殖细胞和阻塞性无精子症患者的睾丸生殖细胞。 | 数字病理学 | 男性不育 | 全基因组甲基化分析，深度亚硫酸盐测序 | NA | DNA甲基化数据 | 8名患者（4名隐匿精子症患者和4名阻塞性无精子症患者） |
| 13480 | 2024-08-07 |
MultiK: an automated tool to determine optimal cluster numbers in single-cell RNA sequencing data
2021-08-19, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-021-02445-5
PMID:34412669
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研究论文 | 本文介绍了一种名为MultiK的自动化工具，用于确定单细胞RNA测序数据中的最佳聚类数 | MultiK通过多分辨率视角提供了一个客观的聚类数估计方法，改进了现有的单细胞RNA测序聚类方法 | NA | 旨在改进单细胞RNA测序数据中聚类数的估计方法 | 单细胞RNA测序数据中的细胞群体 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 聚类分析 | 基因表达数据 | NA |