单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27353 篇文献，本页显示第 13401 - 13420 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 13401 | 2024-08-07 |
Tumor Phylogeny Topology Inference via Deep Learning
2020-Nov-20, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2020.101655
PMID:33117968
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研究论文 | 本文通过深度学习方法研究肿瘤谱系拓扑结构的推断问题 | 引入深度学习解决方案来推断肿瘤谱系树的线性或分支拓扑结构，并使用强化学习方法重建最可能的肿瘤谱系 | 目前仅限于推断基本拓扑特征和初步重建肿瘤谱系 | 开发快速深度学习方法以推断肿瘤谱系拓扑结构 | 肿瘤谱系拓扑结构 | 机器学习 | NA | 深度学习 | 深度学习模型 | 基因型矩阵 | NA |
| 13402 | 2024-08-07 |
scREAD: A Single-Cell RNA-Seq Database for Alzheimer's Disease
2020-Nov-20, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2020.101769
PMID:33241205
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research paper | 本文开发了一个名为scREAD的数据库，专门用于管理阿尔茨海默病（AD）相关的单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和单核RNA测序（snRNA-Seq）数据集。 | scREAD是首个专门管理AD相关scRNA-Seq和snRNA-Seq数据集的数据库，提供了全面的分析结果，包括控制图谱构建、细胞类型预测、差异表达基因鉴定和细胞类型特异性调控元件鉴定。 | NA | 旨在通过单细胞RNA测序技术深入解析阿尔茨海默病中高度异质性细胞的功能和功能障碍。 | 研究对象包括人类死后脑组织和带有AD病理的鼠模型中的scRNA-Seq和snRNA-Seq数据集。 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和单核RNA测序（snRNA-Seq） | NA | RNA序列数据 | 73个数据集来自10个脑区 |
| 13403 | 2024-08-07 |
High-resolution transcriptional and morphogenetic profiling of cells from micropatterned human ESC gastruloid cultures
2020-11-18, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.59445
PMID:33206048
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研究论文 | 研究利用单细胞RNA测序和跨物种比较，分析了从微图案化的人类胚胎干细胞（ESC）gastruloid培养物中提取的细胞的转录组和形态发生特征 | 揭示了gastruloids包含与多种胚层和胚外细胞标记相似的细胞，并展示了gastruloid系统模拟灵长类特异性胚胎发生特征的能力 | NA | 研究人类胚胎干细胞在特定培养条件下分化为gastruloids的转录组和形态发生特征 | 人类胚胎干细胞gastruloids中的细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 13404 | 2024-08-07 |
Ensemble dimensionality reduction and feature gene extraction for single-cell RNA-seq data
2020-11-17, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-19465-7
PMID:33203837
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研究论文 | 本文提出了一种集成方法，用于同时进行单细胞RNA测序数据的降维和特征基因提取（EDGE） | 该方法采用集成学习方案，利用大量弱学习者进行准确的相似性搜索，与现有降维技术不同 | NA | 旨在提高单细胞RNA测序数据的计算效率和可视化 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 集成学习 | 基因表达数据 | NA |
| 13405 | 2024-08-07 |
Qualitative Analysis of Tumor-Infiltrating Lymphocytes across Human Tumor Types Reveals a Higher Proportion of Bystander CD8+ T Cells in Non-Melanoma Cancers Compared to Melanoma
2020-Nov-12, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers12113344
PMID:33198174
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研究论文 | 本研究通过复制个体患者的肿瘤-T细胞相互作用，比较了多种肿瘤类型中肿瘤浸润T细胞的定性特征 | 揭示了非黑色素瘤癌症中旁观者CD8+ T细胞的比例高于黑色素瘤，并发现肿瘤反应性T细胞的比例在体外显著较低 | 研究主要集中在体外和基于单细胞RNA测序的体内分析，未涉及所有可能的肿瘤类型 | 确定并比较多种肿瘤类型中肿瘤浸润T细胞的定性特征 | 肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）和自体肿瘤细胞 | 数字病理学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 187对未选择的肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）和自体肿瘤细胞，以及来自93名黑色素瘤或上皮癌患者的合并队列的单细胞RNA测序数据 |
| 13406 | 2024-08-07 |
Review of Single-Cell RNA Sequencing in the Heart
2020-Nov-06, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms21218345
PMID:33172208
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在心脏研究中的应用 | scRNA-seq技术为健康和病理性心脏提供了许多新颖的见解 | NA | 总结scRNA-seq平台并描述通过scRNA-seq分析揭示的心血管发育和疾病的分子机制 | 单细胞RNA测序技术及其在心血管疾病研究中的应用 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA-seq数据 | NA |
| 13407 | 2024-08-07 |
Mapping endothelial-cell diversity in cerebral cavernous malformations at single-cell resolution
2020-11-03, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.61413
PMID:33138917
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序、空间转录组学和免疫组化技术，深入分析了脑内皮细胞在正常状态和CCM小鼠模型中的多样性 | 首次通过单细胞RNA测序技术全面表征了脑内皮细胞在正常和CCM病变条件下的亚型 | NA | 旨在理解脑血管系统的可塑性及CCM疾病的分子基础 | 脑内皮细胞的多样性及其在CCM病变中的变化 | 数字病理学 | 脑血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | NA |
| 13408 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA profiling links ncRNAs to spatiotemporal gene expression during C. elegans embryogenesis
2020-11-02, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-020-75801-3
PMID:33139759
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术分析了C. elegans胚胎发育过程中的非编码RNA（ncRNA）与基因时空表达的关系 | 首次使用无标记的全长高深度单细胞RNA测序技术，识别了94种未报道过的ncRNA，这些ncRNA与特定细胞类型和胚胎时间点的蛋白质编码基因共同表达 | NA | 探究ncRNA在C. elegans胚胎发育过程中对基因时空表达的调控作用 | C. elegans胚胎细胞中的ncRNA及其对基因表达的调控 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 1031个C. elegans胚胎细胞 |
| 13409 | 2024-08-07 |
Increased Production of LIGHT by T Cells in Eosinophilic Esophagitis Promotes Differentiation of Esophageal Fibroblasts Toward an Inflammatory Phenotype
2020-11, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2020.07.035
PMID:32712105
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研究论文 | 本文研究了肿瘤坏死因子超家族成员14（TNFSF14，又称LIGHT）在嗜酸性食管炎（EoE）中对纤维母细胞的影响 | 首次揭示了LIGHT在EoE中通过诱导纤维母细胞向炎症表型分化的新机制 | NA | 探讨LIGHT在EoE中的作用及其对纤维母细胞分化的影响 | 嗜酸性食管炎患者的食管组织和纤维母细胞 | 免疫学 | 消化系统疾病 | 单细胞测序、免疫染色、RNA测序、流式细胞术、免疫印迹、免疫荧光、逆转录聚合酶链反应 | NA | 细胞数据 | 来自EoE患者和健康捐赠者的食管组织及纤维母细胞样本 |
| 13410 | 2024-08-07 |
A single-cell analysis of the molecular lineage of chordate embryogenesis
2020-11, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.abc4773
PMID:33148647
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序分析了从受精到原肠作用开始期间，被囊动物胚胎细胞的完整和不变的细胞谱系 | 研究首次重建了野生型胚胎中跨越八个细胞周期的47种细胞类型的发育景观，并识别了在成纤维细胞生长因子（FGF）抑制下的八种命运转变 | NA | 理解脊索动物早期胚胎发育和细胞谱系分化 | 被囊动物的胚胎细胞谱系 | 分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 跨越八个细胞周期的47种细胞类型 |
| 13411 | 2024-08-07 |
Optimized design of single-cell RNA sequencing experiments for cell-type-specific eQTL analysis
2020-10-30, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-19365-w
PMID:33127880
|
研究论文 | 本文探讨了在相同预算下，通过低覆盖度的单细胞RNA测序增加样本数量而非高覆盖度测序少量样本，可以提高细胞类型特异性表达数量性状位点（eQTL）映射的统计能力 | 提出了一种优化设计单细胞RNA测序实验的方法，以提高细胞类型特异性eQTL分析的统计能力，并提供了相应的网络工具 | 文章未明确提及具体的局限性 | 优化单细胞RNA测序实验设计，以提高细胞类型特异性eQTL分析的效率和成本效益 | 单细胞RNA测序实验设计及其在细胞类型特异性eQTL分析中的应用 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | NA | RNA序列 | 120个个体 |
| 13412 | 2024-08-07 |
A rank-based marker selection method for high throughput scRNA-seq data
2020-Oct-23, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-020-03641-z
PMID:33097004
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研究论文 | 本文介绍了一种基于排序的标记选择方法RANKCORR，用于高吞吐量的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据 | RANKCORR方法通过在少量基因中对mRNA计数数据进行排序和线性分离，提供了一种非参数方法来分析计数数据，并能以多类别方式进行标记选择 | 尽管RANKCORR在性能上表现优异，但大多数方法的总体表现相似，因此算法速度成为处理大型数据集时最重要的考虑因素 | 开发一种新的计算方法，用于从单细胞RNA测序数据中选择遗传标记，以识别特定的细胞群体 | 单细胞RNA测序数据中的遗传标记选择 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | mRNA计数数据 | 涉及的数据集大小从数千到一百万个细胞不等 |
| 13413 | 2024-08-07 |
Single Cell ADNP Predictive of Human Muscle Disorders: Mouse Knockdown Results in Muscle Wasting
2020-Oct-19, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells9102320
PMID:33086621
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研究论文 | 研究通过单细胞转录组学分析，探讨了ADNP蛋白在人类肌肉疾病中的作用及其治疗潜力 | 首次通过单细胞转录组学揭示ADNP在人类肌肉发育和疾病中的关键作用，并验证了ADNP片段NAP的治疗效果 | 研究主要基于小鼠模型，需要进一步的人体试验验证 | 探究ADNP在肌肉疾病中的作用及开发个性化诊断和治疗方法 | ADNP蛋白及其在肌肉疾病中的作用 | NA | 肌肉疾病 | 单细胞转录组学 | CRISPR-Cas9 | 转录组数据 | 涉及小鼠模型和人类肌肉细胞 |
| 13414 | 2024-08-07 |
Developmental scRNAseq Trajectories in Gene- and Cell-State Space-The Flatworm Example
2020-10-16, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes11101214
PMID:33081343
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，结合自组织映射机器学习方法，研究了扁形动物组织发育过程中的基因状态空间轨迹，并生成了RNA速度的发育“矢量场”，以预测表达景观中RNA丰度的变化。 | 本文创新性地将细胞状态空间的发展轨迹与基因状态空间的轨迹相结合，更清晰地揭示了细胞发育过程中转录程序的变化。 | NA | 研究细胞发育过程中转录程序的变化，并预测RNA丰度的变化。 | 扁形动物的组织发育。 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序 | 自组织映射 | 基因表达数据 | 具体样本数量未提及 |
| 13415 | 2024-08-07 |
Stem cells and lung regeneration
2020-10-01, American journal of physiology. Cell physiology
DOI:10.1152/ajpcell.00036.2020
PMID:32783658
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综述 | 本文综述了干细胞在肺再生中的应用，讨论了已知的干细胞/祖细胞群体及其在慢性肺病中的作用和治疗前景 | 介绍了新的谱系追踪动物模型和单细胞RNA测序技术，这些技术提供了关于干细胞亚型、过渡状态、细胞标记物和复杂分化途径的关键信息 | 对人类肺发育机制、肺干细胞和祖细胞类型的精确身份和功能以及肺命运的遗传和表观遗传控制的理解仍有限 | 探讨干细胞在肺再生中的应用，以及如何利用内源性干细胞作为治疗肺疾病的方法 | 人类肺干细胞和祖细胞类型及其在肺再生和慢性肺病中的作用 | NA | 肺疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | NA |
| 13416 | 2024-08-07 |
Cell-type-specific promoters for C. elegans glia
2020 Sep-Dec, Journal of neurogenetics
IF:1.8Q4
DOI:10.1080/01677063.2020.1781851
PMID:32696701
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研究论文 | 本文比较了C. elegans神经胶质细胞类型特异性启动子的特异性、亮度和一致性 | 本文识别了一组用于研究七种神经胶质细胞类型的启动子，并展示了一种利用现有单细胞测序数据前瞻性识别细胞类型特异性神经胶质启动子的方法 | 一些启动子的表达依赖于外部条件或生物体的内部状态，如发育阶段，这表明神经胶质的可塑性 | 旨在解码神经胶质功能 | C. elegans的神经胶质细胞类型特异性启动子 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA | 七种神经胶质细胞类型 |
| 13417 | 2024-08-07 |
3D curvature-instructed endothelial flow response and tissue vascularization
2020-09, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.abb3629
PMID:32938662
|
研究论文 | 本文开发了一种螺旋微血管模型，能够精确控制曲率和扭转，并支持厘米尺度上的均匀组织灌注 | 首次展示了3D曲率诱导的旋转和混合在层流中的作用，以及对内皮细胞表型和转录变化的独特影响 | NA | 探讨异质性血管结构在不同发育和发病机制中的作用，并提供改进组织血管化和再生的工具 | 内皮细胞在螺旋微血管中的基因表达和表型变化 | 生物工程 | NA | RNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA |
| 13418 | 2024-08-07 |
Integrative analyses of single-cell transcriptome and regulome using MAESTRO
2020-08-07, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-020-02116-x
PMID:32767996
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研究论文 | 本文介绍了一种名为MAESTRO的综合开源计算工作流程，用于整合来自多个平台的单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq）数据 | MAESTRO通过在单细胞水平上建模基因调控潜力，改进了现有方法在scRNA-seq和scATAC-seq之间整合细胞簇的性能 | NA | 开发一种新的计算工作流程，用于整合和分析单细胞转录组和调控组数据 | 单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），单细胞ATAC测序（scATAC-seq） | NA | 转录组数据，调控组数据 | NA |
| 13419 | 2024-08-07 |
SARS-CoV-2 Spike Protein Interacts with Multiple Innate Immune Receptors
2020-Jul-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2020.07.29.227462
PMID:32766577
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研究论文 | 本文研究了SARS-CoV-2的刺突蛋白与多种先天免疫受体的相互作用 | 首次展示了SARS-CoV-2刺突蛋白通过其糖基化与多种先天免疫受体相互作用 | NA | 探讨SARS-CoV-2刺突蛋白与先天免疫受体的相互作用及其在治疗干预中的潜在应用 | SARS-CoV-2刺突蛋白及其与先天免疫受体的相互作用 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 13420 | 2024-08-07 |
Genome-wide studies reveal the essential and opposite roles of ARID1A in controlling human cardiogenesis and neurogenesis from pluripotent stem cells
2020-07-09, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-020-02082-4
PMID:32646524
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研究论文 | 本文报道了ARID1A在人类胚胎干细胞中调控神经发生和心脏发生的相反作用 | 首次揭示了ARID1A在人类胚胎干细胞中调控心脏发生和神经发生的分子机制 | NA | 探究ARID1A在人类胚胎干细胞中调控心脏发生和神经发生的分子机制 | 人类胚胎干细胞中的心脏发生和神经发生 | 干细胞生物学 | 先天性心脏缺陷 | scRNA-seq, ATAC-seq, ChIP-seq | NA | 基因表达数据 | 人类胚胎干细胞 |