单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1321	2025-06-06	Aryl hydrocarbon receptor confers protection against macrophage pyroptosis and intestinal inflammation through regulating polyamine biosynthesis 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.95749 PMID:39113799	研究论文	研究芳烃受体（AhR）在调节巨噬细胞焦亡和肠道炎症中的作用及其机制	揭示了AhR通过调节多胺生物合成抑制巨噬细胞焦亡的新机制，并提出了AhR/ODC1/多胺轴在维持肠道稳态中的功能作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本的相关性分析有限	探索AhR在炎症性肠病发病机制中的作用	巨噬细胞和肠道炎症	免疫学	炎症性肠病	单细胞RNA测序、RNA-seq、RT-qPCR、荧光素酶报告基因检测、染色质免疫沉淀、免疫荧光染色	DSS诱导的小鼠结肠炎模型	基因表达数据、蛋白质数据	小鼠模型和溃疡性结肠炎患者的肠黏膜活检样本
1322	2025-06-06	Single-cell RNA sequencing highlights the immunosuppression of IDO1+ macrophages in the malignant transformation of oral leukoplakia 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.99112 PMID:39239507	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了IDO1+巨噬细胞在口腔白斑恶性转化中的免疫抑制作用	首次在口腔癌变过程中鉴定出具有免疫抑制功能的Macro-IDO1巨噬细胞亚群，并揭示其通过IFN-γ-JAK-STAT通路上调IDO1的机制	样本量较小（仅3例患者），且主要基于转录组数据，需要更多功能实验验证	探究口腔癌变过程中免疫抑制性肿瘤微环境的形成机制	口腔鳞状细胞癌(OSCC)、癌前口腔白斑(preca-OLK)和癌旁组织(PCA)	digital pathology	oral cancer	single-cell RNA sequencing, multicolor immunofluorescence staining	NA	single-cell transcriptome data	3例患者（同时包含OSCC、preca-OLK和PCA组织）和4NQO诱导的小鼠口腔癌模型
1323	2025-06-06	Single cell RNA-sequencing delineates CD8+ tissue resident memory T cells maintaining rejection in liver transplantation 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.96928 PMID:39239518	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序等多组学方法，分析了人和小鼠肝移植样本中的组织驻留记忆T细胞（TRMs）在移植排斥中的作用	揭示了CD8+ TRMs在移植排斥中的显著增加及其独特的表达谱，包括组织驻留标记、免疫检查点、细胞毒性标记和增殖标记的上调，以及转录因子EOMES和RUNX3的高表达	样本量相对较小（人类17例，小鼠16例），可能限制统计效力	探索肝移植中与免疫机制相关的组织驻留记忆T细胞的作用	人和小鼠的肝移植样本	免疫学	肝移植	单细胞RNA测序、批量RNA测序、免疫学技术	NA	RNA测序数据	人类17例，小鼠16例，共计235,116个细胞
1324	2025-06-06	Activation of Toll-like receptor 2 promotes mesenchymal stem/stromal cell-mediated immunoregulation and angiostasis through AKR1C1 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.100327 PMID:39239520	研究论文	本研究探讨了Toll样受体2（TLR2）激活如何通过AKR1C1促进间充质干细胞/基质细胞（MSCs）的免疫调节和血管生成抑制作用	首次揭示了TLR2-AKR1C1信号通路在MSCs中的免疫调节和血管生成抑制作用，并发现AKR1C1能保护MSCs免于铁死亡	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探究TLRs是否影响MSCs在损伤后的稳态功能	间充质干细胞/基质细胞（MSCs）、单核细胞/巨噬细胞、小鼠无菌损伤诱导的炎症性角膜血管生成模型	细胞生物学	炎症性疾病	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	NA
1325	2025-06-06	DAB2 + macrophages support FAP + fibroblasts in shaping tumor barrier and inducing poor clinical outcomes in liver cancer 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.99046 PMID:39239526	research paper	该研究通过整合单细胞、批量和空间转录组分析及多重免疫荧光技术，揭示了肝细胞癌和肝内胆管癌中癌症相关成纤维细胞（CAFs）的异质性及其与肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的相互作用	首次全面解析了CAFs在肝细胞癌和肝内胆管癌中的异质性及其与TAMs的相互作用，揭示了这种相互作用在形成免疫屏障和影响临床结果中的关键作用	研究样本量相对有限（90例HCC患者），且部分发现需要进一步验证	探索CAFs在肝细胞癌和肝内胆管癌中的异质性及其与TAMs的相互作用，以提高免疫治疗效果和改善临床结果	肝细胞癌（HCC）和肝内胆管癌（ICC）中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）和肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）	digital pathology	liver cancer	single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq, spatial transcriptome profiling, multiplexed immunofluorescence	NA	transcriptomic data, immunofluorescence data	235个肝癌单细胞RNA-seq样本（超过120万个细胞）和90例HCC患者的临床队列
1326	2025-06-06	Oncofetal TRIM71 drives liver cancer carcinogenesis through remodeling CEBPA-mediated serine/glycine metabolism 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.99633 PMID:39267787	研究论文	该研究揭示了TRIM71通过重塑CEBPA介导的丝氨酸/甘氨酸代谢驱动肝癌发生的机制	首次发现TRIM71在肝癌中特异性表达，并通过m6A依赖的方式稳定CEBPA mRNA，促进丝氨酸/甘氨酸代谢通路	研究主要基于小鼠模型和细胞实验，临床转化需要进一步验证	探索肝癌维持恶性特征的核心调控因子	肝癌细胞及其微环境	癌症生物学	肝癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq	小鼠模型	RNA测序数据	胎儿肝脏、正常肝脏、肝肿瘤及其邻近组织的样本
1327	2025-06-06	MCT1-mediated endothelial cell lactate shuttle as a target for promoting axon regeneration after spinal cord injury 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.96374 PMID:39310103	研究论文	本研究探讨了脊髓损伤(SCI)后内皮细胞与神经元间的乳酸穿梭机制及其对轴突再生的影响	发现了MCT1介导的内皮细胞-神经元乳酸穿梭在脊髓损伤修复中的新作用机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证	探究脊髓损伤后代谢改变对神经组织重塑和功能恢复的影响	脊髓损伤小鼠模型中的内皮细胞和神经元	神经科学	脊髓损伤	代谢组学分析、单细胞RNA测序、腺相关病毒(AAV)载体技术	NA	代谢组数据、基因表达数据	未明确说明数量的SCI小鼠模型
1328	2025-06-06	Conditional ablation of DIS3L2 ribonuclease in pre-meiotic germ cells causes defective spermatogenesis and infertility in male mice 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.98620 PMID:39310107	research paper	该研究通过建立条件性敲除小鼠模型，揭示了DIS3L2核糖核酸酶在雄性生殖细胞发育中的关键作用	首次揭示了DIS3L2在雄性生殖细胞发育中的功能，发现其缺失会导致精子发生缺陷和雄性不育	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	探究DIS3L2核糖核酸酶在雄性生殖细胞发育和精子发生过程中的功能	条件性敲除DIS3L2的小鼠模型	生殖生物学	不育症	bulk RNA-seq, scRNA-seq	条件性基因敲除小鼠模型	RNA测序数据	条件性敲除小鼠睾丸组织
1329	2025-06-06	Hepatocyte-specific Smad4 deficiency inhibits hepatocarcinogenesis by promoting CXCL10/CXCR3-dependent CD8+- T cell-mediated anti-tumor immunity 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.97276 PMID:39346534	研究论文	本研究探讨了肝细胞特异性Smad4缺失通过促进CXCL10/CXCR3依赖的CD8+ T细胞介导的抗肿瘤免疫抑制肝癌发生的机制	揭示了Smad4在肝细胞中通过调控CXCL10/mTOR/LDHA通路增强CD8 T细胞糖酵解活性的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	阐明Smad4在肝细胞中调控肝癌发生的具体作用机制	肝细胞特异性Smad4缺失小鼠模型和HCC患者样本	肿瘤免疫学	肝癌	免疫荧光、FACS、单细胞RNA测序	小鼠肝癌模型	基因表达数据、免疫细胞分析数据	未明确说明样本数量，包括基因工程小鼠和HCC患者样本
1330	2025-06-06	Single-cell RNA-Seq analysis of molecular changes during radiation-induced skin injury: the involvement of Nur77 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.100417 PMID:39346541	研究论文	通过单细胞RNA测序分析辐射诱导皮肤损伤过程中的分子变化及Nur77的参与	首次在单细胞水平上揭示了辐射诱导皮肤损伤的转录框架，并鉴定了关键分子Nur77的功能	研究样本量有限，仅包括核事故患者和辐射暴露大鼠的皮肤样本	阐明辐射诱导皮肤损伤的分子机制及潜在治疗靶点	人类皮肤样本和大鼠皮肤样本	数字病理	皮肤损伤	scRNA-Seq	NA	RNA序列数据	核事故患者的皮肤样本和辐射暴露大鼠的皮肤样本
1331	2025-06-06	Spatial transcriptomic sequencing reveals immune microenvironment features of Mycobacterium tuberculosis granulomas in lung and omentum 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.99038 PMID:39431015	研究论文	本研究通过空间转录组测序技术，揭示了肺部和网膜结核肉芽肿的免疫微环境特征	首次利用空间转录组学技术分析了结核肉芽肿中细胞群体的空间分布和转录组特征，并鉴定了与肉芽肿形成相关的关键基因	样本量较小（仅4例临床活检样本），且未涉及其他器官的结核肉芽肿研究	解析结核肉芽肿形成和发展的核心转录组特征	结核分枝杆菌感染的肺组织和网膜组织	数字病理	结核病	空间转录组测序	organoid-macrophage共培养模型	空间转录组数据	4例临床活检样本（2例结核感染，2例非结核对照）
1332	2025-06-06	SCING: Inference of robust, interpretable gene regulatory networks from single cell and spatial transcriptomics 2023-Jul-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.107124 PMID:37434694	研究论文	本文提出了一种名为SCING的新方法，用于从单细胞和空间转录组数据中推断稳健且可解释的基因调控网络	SCING结合了梯度提升和互信息方法，提高了基因调控网络推断的准确性和生物可解释性，并能校正批次效应	NA	改进单细胞和空间转录组数据中的基因调控网络推断方法	小鼠单细胞图谱、人类阿尔茨海默病和小鼠阿尔茨海默病空间转录组数据	生物信息学	阿尔茨海默病	scRNA-seq, snRNA-seq, 空间转录组学	梯度提升和互信息方法	单细胞和空间转录组数据	整个小鼠单细胞图谱数据
1333	2025-06-05	Cross-disease integration of single-cell RNA sequencing data from lung myeloid cells reveals TAM signature in in vitro model 2025-Dec, Oncoimmunology IF:6.5Q1 DOI:10.1080/2162402X.2025.2502278 PMID:40448976	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术，整合跨疾病的肺髓系细胞数据，揭示了体外模型中肿瘤相关巨噬细胞（TAM）的特征	研究验证了3D人类细胞培养模型作为更接近体内环境的模型，可用于临床前测试靶向巨噬细胞的新药	研究受限于缺乏已验证的人类临床前模型	探索肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）在癌症治疗中的潜在作用	肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	3D人类细胞培养模型	RNA测序数据	NA
1334	2025-06-05	RETRACTED: Deciphering the prognostic landscape of osteosarcoma: Integrating the roles of hippo pathway genes, programmed cell death, and the tumor immune microenvironment 2025-Jul, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.24280 PMID:38622820	研究论文	本研究通过分析Hippo信号通路与肿瘤免疫微环境(TME)的相互作用，探讨了骨肉瘤的分子基础及其预后标志物	鉴定了131个与Hippo通路相关的基因，并从中筛选出8个关键基因(DLG5、WNT11等)与患者预后显著相关，揭示了免疫逃避模式与不良预后的关联	研究基于公共数据集(TARGET-OS和GTEx)，可能需要更多独立样本验证	探索骨肉瘤的分子机制及预后标志物	骨肉瘤患者样本及其转录组数据	数字病理学	骨肉瘤	转录组数据分析、单细胞测序	Cox回归分析、Kaplan-Meier生存分析	转录组数据	TARGET-OS数据集和GTEx对照样本
1335	2025-06-05	RETRACTED: Single-cell transcriptome sequencing analysis reveals intra-tumor heterogeneity in esophageal squamous cell carcinoma 2025-Jul, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.24243 PMID:38572681	研究论文	通过单细胞转录组测序分析揭示食管鳞状细胞癌的肿瘤内异质性	利用单细胞转录组测序技术深入探索食管鳞状细胞癌的肿瘤微环境机制，并成功构建预后风险模型和筛选关键基因UPF3A	样本量相对较小，仅包括60个肿瘤样本和4个癌旁样本	研究食管鳞状细胞癌的致癌机制和潜在关键分子事件	食管鳞状细胞癌患者	数字病理学	食管鳞状细胞癌	单细胞转录组测序	LASSO分析	单细胞RNA测序数据	60个肿瘤样本和4个癌旁样本
1336	2025-06-05	RETRACTED: Prediction of potential targets and toxicological insights of Astragalus in liver cancer based on network pharmacology: Integrating systems biology, drug interaction networks, and toxicological perspectives 2025-Jul, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.24189 PMID:38476113	研究论文	本研究利用网络药理学探讨黄芪作为原发性肝癌新型治疗选择的潜力，揭示其分子和细胞机制	整合系统生物学、药物相互作用网络和毒理学视角，首次在单细胞分辨率下分析黄芪对肝癌的基因表达影响	研究结果需要进一步的体内实验验证	探索黄芪作为原发性肝癌治疗药物的潜在靶点和作用机制	黄芪及其活性成分对原发性肝癌细胞的影响	网络药理学	肝癌	scRNA-seq, UMAP, tSNE, 基因本体分析, KEGG通路分析, 基因集变异分析, 蛋白质-蛋白质相互作用网络, 分子对接	NA	基因表达数据, 单细胞RNA测序数据	处理组与对照组各20个基因表达变化, 15个独特的细胞簇, 9个MT1相关细胞亚群, 5个通过SingleR包指定的细胞亚群
1337	2025-06-05	Understanding psoriatic disease at single-cell resolution: an update 2025-Jul-01, Current opinion in rheumatology IF:5.2Q1 DOI:10.1097/BOR.0000000000001085 PMID:40160177	综述	本文综述了单细胞技术在银屑病研究中的最新进展，包括单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学，揭示了银屑病的细胞多样性及其在疾病进展中的关键作用	利用单细胞技术和空间转录组学揭示了银屑病中免疫细胞、角质形成细胞和成纤维细胞亚型的作用，以及代谢失调在慢性炎症中的关键性	NA	探讨单细胞技术在银屑病研究中的应用及其对精准治疗的潜在影响	银屑病中的免疫细胞、角质形成细胞和成纤维细胞	数字病理学	银屑病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学	NA	转录组数据	NA
1338	2025-06-05	RETRACTION: Single-Cell Transcriptome Sequencing Analysis Reveals Intra-Tumor Heterogeneity in Esophageal Squamous Cell Carcinoma 2025-Jul, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.24542 PMID:40358431	撤稿声明	该文章因提交和同行评审过程存在问题，且作者未回应验证肿瘤样本和细胞系来源的要求而被撤稿	NA	提交和同行评审过程被破坏，且作者未验证样本来源	NA	NA	NA	食管鳞状细胞癌	单细胞转录组测序	NA	NA	NA
1339	2025-06-05	Malvidin Alleviates Lipopolysaccharide-Induced Acute Lung Injury by Modulating JAK2/STAT3 Signaling to Inhibit Macrophage M1 Polarization and Oxidative Stress 2025-Jun-04, Journal of agricultural and food chemistry IF:5.7Q1 DOI:10.1021/acs.jafc.5c00077 PMID:40397040	研究论文	研究探讨了花青素Malvidin通过调节JAK2/STAT3信号通路抑制巨噬细胞M1极化和氧化应激，从而缓解脂多糖诱导的急性肺损伤的作用	首次揭示了Malvidin通过JAK2/STAT3信号通路抑制巨噬细胞M1极化和氧化应激来缓解急性肺损伤的机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	评估Malvidin对急性肺损伤的治疗效果并探究其作用机制	脂多糖诱导的急性肺损伤小鼠模型	生物医学	急性肺损伤	单细胞转录组学、药物靶点预测、RNA测序、分子对接和动力学模拟、Western blot	小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据	未明确说明小鼠数量
1340	2025-06-05	Cross-Analysis of Single-Cell Transcriptomic Datasets Reveals Conserved Neurogenic Gene Signatures and New Insights Into Neural Stem Cell Aging 2025-Jun-04, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70106 PMID:40464165	research paper	该研究通过跨分析单细胞转录组数据集，揭示了神经干细胞（NSCs）在神经发生和衰老过程中的保守基因特征和新见解	提出了新的标记物作为标准化参考，并通过伪时间推断分析探索了NSCs的时间动态及其向神经祖细胞的进展	研究中提到的NSCs分子分类和功能解析的挑战尚未完全解决	解决当前文献中细胞类型注释的不一致性，并提供一个研究NSCs不同状态的框架	海马成体神经干细胞（NSCs）	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	伪时间推断分析	转录组数据	公开可用的单细胞RNA测序数据集