单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1321	2025-04-09	Lignature: A Comprehensive Database of Ligand Signatures to Predict Cell-Cell Communication 2025-Mar-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.22.644770 PMID:40196598	研究论文	本文介绍了Lignature，一个包含362种人类配体的细胞内转录组特征的综合数据库，用于预测细胞间通讯	Lignature显著扩展了具有可用细胞内反应特征的配体库，并提供了基因和通路水平的特征	NA	开发一个全面的配体特征数据库，以预测配体-受体相互作用	人类配体的转录组特征	生物信息学	NA	转录组数据分析	NA	转录组数据	362种人类配体
1322	2025-04-09	Radiation-induced cellular plasticity primes glioblastoma for forskolin-mediated differentiation 2025-Mar-04, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2415557122 PMID:40009641	research paper	该研究探讨了辐射诱导的细胞可塑性与forskolin联合治疗对胶质母细胞瘤分化的影响	利用辐射诱导的多能性状态，结合forskolin改变胶质瘤细胞的命运，提出了一种新的联合治疗方法	研究主要基于体外和小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探索辐射与forskolin联合治疗对胶质母细胞瘤的潜在治疗效果	胶质母细胞瘤细胞和小鼠模型	digital pathology	glioblastoma	RNA-seq, single-cell RNA-seq	syngeneic and PDOX mouse models	gene expression data	未明确提及具体样本数量，但涉及体外细胞实验和两种小鼠模型
1323	2025-04-09	Streptococcus lutetiensis inhibits CD8+ IL17A+ TRM cells and leads to gastric cancer progression and poor prognosis 2025-Feb-09, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-00810-2 PMID:39924593	research paper	研究揭示了胃微生物群中Streptococcus lutetiensis通过抑制IL17信号和减少CD8IL17A组织驻留记忆T细胞的数量，促进胃癌进展的机制	首次发现Streptococcus lutetiensis在胃癌组织中的富集及其通过Nrf2介导的氧化应激反应抑制抗肿瘤免疫的新机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本的临床验证仍需进一步研究	探究胃微生物群对胃癌进展及免疫调控的影响	胃癌患者的肿瘤组织和小鼠模型	肿瘤免疫学	胃癌	16s rRNA测序和单细胞RNA测序	小鼠模型	基因测序数据和流式细胞术数据	胃癌患者的肿瘤组织样本和小鼠模型
1324	2025-04-09	Leveraging programmed cell death patterns to predict prognosis and therapeutic sensitivity in OSCC 2025-Feb, Oral diseases IF:2.9Q1 DOI:10.1111/odi.15139 PMID:39315471	研究论文	该研究整合了12种程序性细胞死亡（PCD）模式，构建了一个新的生物标志物——细胞死亡指数（CDI），用于口腔鳞状细胞癌（OSCC）的预后评估和治疗预测	首次整合多种PCD模式构建CDI，并验证其在OSCC预后和治疗预测中的有效性	研究结果需要在更大规模的临床队列中进行验证	开发新的生物标志物以预测OSCC的预后和治疗敏感性	口腔鳞状细胞癌（OSCC）患者	数字病理学	口腔癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	LASSO回归分析	基因表达数据	多个独立患者队列
1325	2025-04-09	Applications of Nanotechnology for Spatial Omics: Biological Structures and Functions at Nanoscale Resolution 2025-01-14, ACS nano IF:15.8Q1 DOI:10.1021/acsnano.4c11505 PMID:39704725	综述	本文综述了纳米技术在空间组学中的应用，特别是在纳米尺度分辨率下研究生物结构和功能	探讨了纳米技术如何克服传统空间组学方法的局限性，提高分辨率和通量	未具体提及研究的样本量或实验验证的详细数据	综述纳米技术在空间组学中的应用及其对提高分辨率和通量的贡献	生物分子（核酸、蛋白质、脂质和代谢物）在组织或细胞中的分布	空间组学	NA	超分辨率显微镜、质谱成像、微流控芯片、DNA条形码	NA	空间图像	NA
1326	2025-04-09	Transcriptomics in the Study of Antiviral Innate Immunity 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4108-8_10 PMID:39192121	研究论文	本章介绍了多种转录组学技术在抗病毒天然免疫中的应用、意义及实验流程	介绍了单细胞测序和空间转录组学等新兴技术在抗病毒天然免疫研究中的应用	NA	探讨转录组学技术在抗病毒天然免疫研究中的应用	抗病毒天然免疫	分子生物学	NA	微阵列、RNA测序、单细胞测序、空间转录组学	NA	RNA分子	NA
1327	2025-04-09	Tcf21 as a founder transcription factor in specifying Foxd1 cells to the juxtaglomerular cell lineage 2025-Jan-01, American journal of physiology. Renal physiology DOI:10.1152/ajprenal.00235.2024 PMID:39589156	research paper	该研究探讨了转录因子Tcf21在Foxd1祖细胞向肾小球旁细胞（JG细胞）分化过程中的关键作用	首次揭示了Tcf21在早期胚胎阶段对JG细胞谱系分化的调控作用，并整合了scRNA-seq和scATAC-seq技术进行时空动态分析	研究仅在小鼠模型中进行，未验证人类肾脏发育中的保守性	阐明Tcf21在肾脏发育过程中调控JG细胞分化的分子机制	Foxd1阳性基质祖细胞及其分化的肾小球旁细胞	developmental biology	肾脏发育异常	scRNA-seq, scATAC-seq, 免疫染色, 原位杂交	小鼠基因敲除模型	单细胞转录组数据, 表观基因组数据	2054个GFP阳性基质谱系细胞（来自E12、E18、P5、P30阶段小鼠肾脏）
1328	2025-04-09	Identification of Alzheimer's disease biomarkers and their immune function characterization 2025, Archives of medical science : AMS IF:3.0Q1 DOI:10.5114/aoms/188721 PMID:40190307	research paper	本研究通过多组学方法研究阿尔茨海默病的生物标志物及其免疫特征	利用机器学习和单细胞RNA测序技术筛选出五个新的生物标志物，并揭示了它们在AD免疫微环境中的作用	研究依赖于公开数据集，样本量可能有限，且未进行实验验证	探究阿尔茨海默病的生物标志物及其免疫机制	阿尔茨海默病患者和正常样本的RNA-seq和scRNA-seq数据	生物信息学	阿尔茨海默病	bulk RNA-seq, scRNA-seq, 机器学习算法	机器学习算法（未指定具体模型）	RNA-seq数据	来自公开数据集GSE122063、GSE97760、GSM4996463和GSM4996462的样本
1329	2025-04-09	Successful cryopreservation of marine invertebrates immune cells enables long-term studies of common octopus, Octopus vulgaris Cuvier 1797, hemocyte immune functions 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1543587 PMID:40191212	research paper	该研究成功实现了海洋无脊椎动物免疫细胞的冷冻保存，为长期研究普通章鱼（Octopus vulgaris）的血细胞免疫功能提供了工具	首次展示了冷冻保存的章鱼血细胞的功能性结果，包括高存活率和与新鲜细胞相似的吞噬细菌能力	研究仅针对普通章鱼，未涉及其他软体动物物种	研究章鱼免疫系统的防御机制，以理解其对环境侵害的响应并保障其健康	普通章鱼（Octopus vulgaris）的血细胞	细胞生物学	NA	冷冻保存技术	NA	细胞功能数据	未明确说明样本数量，但涉及冷冻保存15周后的细胞
1330	2025-04-09	Transcriptomic Analysis of Air-Liquid Interface Culture in Human Lung Organoids Reveals Regulators of Epithelial Differentiation 2024-12-02, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13231991 PMID:39682739	研究论文	通过单细胞RNA测序分析气液界面培养对人肺类器官上皮细胞分化的影响	揭示了气液界面培养在促进纤毛细胞分化和减少基底细胞方面的显著效果，并识别了上皮细胞分化的关键信号	未提及样本量的具体信息，可能影响结果的普遍性	识别影响上皮细胞分化的关键因素，开发体外呼吸模型	人肺类器官中的上皮细胞	生物医学工程	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
1331	2025-04-09	The IL-1β inhibitor canakinumab in previously treated lower-risk myelodysplastic syndromes: a phase 2 clinical trial 2024-Nov-13, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54290-2 PMID:39537648	研究论文	评估IL-1β抑制剂canakinumab在先前治疗过的低风险骨髓增生异常综合征(MDS)患者中的安全性和有效性	首次在低风险MDS患者中评估IL-1β抑制剂canakinumab的临床活性和安全性，并通过单细胞RNA测序分析揭示其作用机制	样本量较小(n=25)，且为非随机单臂临床试验设计	评估靶向IL-1β信号通路是否能挽救MDS患者的无效红细胞生成	25名先前治疗过的低风险MDS患者	临床医学	骨髓增生异常综合征	单细胞RNA测序	NA	临床数据和RNA测序数据	25名患者(中位年龄74岁，60%男性)
1332	2025-04-09	Integrative Multiomics in the Lung Reveals a Protective Role of Asporin in Pulmonary Arterial Hypertension 2024-Oct-15, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.124.069864 PMID:39167456	研究论文	通过整合多组学方法在肺部研究中发现asporin在肺动脉高压中的保护作用	利用最大的多中心PAH肺生物库，结合多种组学数据，发现asporin作为新的保护性靶点	获取人类PAH肺样本较为困难	揭示肺动脉高压(PAH)的病理生物学机制	肺动脉高压(PAH)患者和对照组的肺组织	生物医学研究	肺动脉高压	转录组分析、全基因组关联研究、贝叶斯调控网络、单细胞转录组学、药物转录组学	NA	转录组数据、临床病理数据	96例PAH患者和52例对照组的肺组织样本
1333	2025-04-09	Heat Inactivation of Nipah Virus for Downstream Single-Cell RNA Sequencing Does Not Interfere with Sample Quality 2024-01-09, Pathogens (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/pathogens13010062 PMID:38251369	研究论文	本文研究了在单细胞RNA测序（scRNA-seq）过程中，通过热灭活尼帕病毒（NiV）以确保样本安全性的方法，同时不影响样本质量和下游分析结果	首次验证了在scRNA-seq流程中加入额外热灭活步骤对尼帕病毒的有效灭活作用，且不影响样本质量	研究仅针对尼帕病毒和特定商业化的微流控分区scRNA-seq平台，其他BSL-4病原体或平台可能需要额外验证	开发适用于BSL-4病原体的安全scRNA-seq工作流程	尼帕病毒（NiV）感染的细胞样本	病毒学与单细胞测序技术	尼帕病毒感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	未明确说明具体样本数量，但使用了商业化的微流控分区scRNA-seq平台
1334	2025-04-08	Photo-Biomodulation of the Hippocampus Using Near-Infrared Laser to Enhance Cognitive Function in Mice 2025-Apr-07, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202417380 PMID:40190133	研究论文	研究探讨了近红外激光对小鼠海马进行光生物调节以增强认知功能的效果	首次展示了近红外激光通过调节海马神经元活动和基因表达来增强认知功能	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探索光生物调节作为认知功能障碍非侵入性治疗方法的潜力	小鼠海马区	神经科学	认知功能障碍	近红外激光照射，单细胞RNA测序	NA	行为学数据，电生理数据，基因表达数据	多组小鼠实验（具体数量未明确说明）
1335	2025-04-08	From Invaginating Site to Deep Lesion: Spatial Transcriptomics Unravels Ectopic Endometrial Penetration Features in Adenomyosis 2025-Apr-07, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202411752 PMID:40190183	研究论文	利用空间转录组学和单细胞RNA测序技术，研究腺肌症中子宫内膜异位穿透特征的分子机制	首次绘制了腺肌症从子宫内膜内陷部位到异位病变的空间转录组图谱，并揭示了SFRP5上皮细胞、ESR1平滑肌细胞和CNN1基质成纤维细胞在病理过程中的作用	研究样本量未明确说明，且体外实验的验证可能无法完全模拟体内环境	阐明腺肌症中子宫内膜异位穿透的分子机制	腺肌症患者的子宫内膜内陷部位和异位病变	数字病理学	腺肌症	空间转录组学、单细胞RNA测序、批量RNA测序解卷积、组织学技术	NA	转录组数据、组织学图像	NA
1336	2025-04-08	Single-Cell Atlas Reveals Tumorigenic Profiles and Immune Dynamics of Adrenal Incidentalomas 2025-Apr-07, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202413493 PMID:40190189	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了肾上腺偶发瘤的肿瘤发生特征和免疫动态	发现了与肿瘤发生相关的肾上腺皮质细胞亚型，提出了clusterin作为肾上腺皮质腺瘤的潜在生物标志物，并揭示了MYCN阳性簇与较差生存率的相关性	研究依赖于公共数据集整合，可能受限于原始数据的质量和覆盖范围	探究肾上腺偶发瘤的肿瘤发生特征和免疫微环境动态	非功能性肾上腺皮质腺瘤、Conn综合征和嗜铬细胞瘤	数字病理学	肾上腺肿瘤	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	302,696个细胞
1337	2025-04-08	Tumor-colonizing Pseudoalteromonas elyakovii metabolically reprograms the tumor microenvironment and promotes breast ductal carcinoma 2025-Apr-07, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.03873-24 PMID:40192290	研究论文	研究探讨了肿瘤内微生物群与乳腺癌导管癌发展的关系，并揭示了特定微生物代谢产物对肿瘤微环境的调控作用	首次详细描述了Pseudoalteromonas elyakovii在乳腺癌中的定植特征及其代谢产物对肿瘤生长的促进作用	样本量相对较小(102例)，且仅针对乳腺癌导管癌这一亚型进行研究	探究肿瘤内微生物群在乳腺癌发生发展中的作用机制	乳腺癌导管癌患者肿瘤组织及癌旁正常组织	肿瘤微生物组学	乳腺癌	qRT-PCR、双免疫荧光染色、SweAMI探针杂交、scRNA-seq	NA	微生物组数据、基因表达数据、单细胞转录组数据	102例乳腺癌样本
1338	2025-04-08	Pyrroloquinoline Quinone Reprograms the Single-Cell Landscape of Immune Aging in Hematopoietic Immune System 2025-Apr-07, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70050 PMID:40192736	研究论文	本研究探讨了吡咯喹啉醌（PQQ）对造血免疫系统衰老的单细胞景观的重编程作用	首次通过单细胞RNA测序揭示了PQQ在减少氧化应激和逆转衰老相关表型方面的作用，并鉴定了关键分子靶点如ASPP1、Yy1和CD62L	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探索PQQ作为抗氧化剂在改善免疫系统衰老中的潜在治疗作用	小鼠的脾脏和骨髓细胞	免疫学	衰老相关免疫功能障碍	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	机器学习程序	单细胞转录组数据	小鼠模型中的脾脏和骨髓细胞
1339	2025-04-08	Single-cell transcriptomic landscape deciphers intratumoral heterogeneity and subtypes of acral and mucosal melanoma 2025-Apr-07, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-3164 PMID:40192737	研究论文	本研究通过单细胞转录组和基因组分析，揭示了肢端黑色素瘤（AM）和黏膜黑色素瘤（MM）的瘤内异质性、微环境特征及亚型特异性治疗策略	首次系统比较AM和MM的单细胞转录组和基因组特征，发现亚型特异性基质-免疫互作及分子程序，并提出精准治疗靶点（如AM中的TIGIT、MM中的CXCL3⁺巨噬细胞）	样本量相对有限（42例），且未涵盖所有黑色素瘤亚型	解析AM和MM的瘤内异质性及微环境特征，探索亚型特异性治疗策略	肢端黑色素瘤（AM）和黏膜黑色素瘤（MM）的肿瘤细胞及微环境	数字病理	黑色素瘤	scRNA-seq（单细胞转录组测序）、全外显子测序、体外迁移实验、共培养系统、异种移植模型	NA	单细胞转录组数据、基因组数据	42例黑色素瘤样本（28例AM、11例MM、3例非肢端皮肤黑色素瘤）
1340	2025-04-08	Single-cell transcriptional responses of T cells during microsporidia infection 2025-Apr-05, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07990-4 PMID:40185986	研究论文	通过单细胞RNA测序分析小鼠脾脏T细胞在微孢子虫感染期间的转录反应	首次全面分析了微孢子虫感染期间T细胞各亚群的反应，发现了Th1、Tfh、效应CD8+ T细胞和增殖CD8+ T细胞的激活和扩增，并识别了特定基因表达模式	仅在小鼠模型中进行研究，未涉及人类或其他动物模型	探究微孢子虫感染期间T细胞各亚群的作用和功能	小鼠脾脏T细胞	免疫学	微孢子虫病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，研究对象为小鼠脾脏T细胞