本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']
”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!
除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1321 | 2025-10-05 |
Identifying genes associated with Sorafenib resistance in hepatocellular carcinoma to develop risk model
2025-Aug-20, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03442-x
PMID:40835789
|
研究论文 | 本研究通过识别与索拉非尼耐药相关的基因,开发了一个用于预测肝细胞癌患者预后的风险模型 | 识别了305个潜在耐药相关基因并建立了七基因风险模型,该模型在1年、3年和5年生存预测中表现出色 | 研究依赖于公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 开发预测肝细胞癌患者索拉非尼耐药和预后的风险模型 | 肝细胞癌细胞系和患者数据 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, 转录组分析, 差异基因表达分析 | 风险预测模型, 共识聚类, 主成分分析 | 转录组数据, 突变数据, 临床数据 | 来自GEO、TCGA和ICGC数据库的多个数据集 | NA | 单细胞RNA测序, 转录组测序 | NA | 使用Seurat和Harmony R包进行单细胞RNA测序数据处理 |
1322 | 2025-10-05 |
Single-cell RNA sequencing reveals hemocyte heterogeneity, differentiation trajectories, and viral tropism in shrimp (Macrobrachium rosenbergii) infected with decapodiridovirus litopenaeus1
2025-Aug-19, Journal of virology
IF:4.0Q2
DOI:10.1128/jvi.00790-25
PMID:40679295
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了罗氏沼虾在DIV1病毒感染下的血细胞异质性、分化轨迹和病毒嗜性 | 首次在单细胞分辨率下构建了虾类血细胞在病毒感染下的转录图谱,揭示了血细胞亚群的异质性、分化轨迹和免疫应答特征 | 研究仅针对罗氏沼虾和DIV1病毒,结果在其他虾种或病毒中的普适性有待验证 | 探究虾类血细胞在病毒感染下的转录异质性和免疫应答机制 | 罗氏沼虾血细胞 | 单细胞生物学 | 甲壳类病毒病 | 单细胞RNA测序 | 伪时间分析 | 单细胞转录组数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1323 | 2025-10-05 |
Inhibition of interferon signaling improves rabbit calicivirus replication in biliary organoid cultures
2025-Aug-19, Journal of virology
IF:4.0Q2
DOI:10.1128/jvi.00574-25
PMID:40709942
|
研究论文 | 本研究通过使用干扰素信号通路抑制剂Ruxolitinib,首次实现了兔出血症病毒在胆道类器官培养系统中的连续传代 | 首次发现干扰素信号通路抑制剂能显著提高兔出血症病毒在类器官培养系统中的复制效率并实现连续传代 | 研究仅实现了四次连续传代,病毒培养系统的长期稳定性仍需进一步验证 | 开发支持兔出血症病毒有效复制的细胞培养系统 | 兔肝脏来源的胆道类器官培养系统 | 病毒学 | 病毒感染 | 单细胞RNA测序,实时定量PCR,免疫荧光分析 | 类器官培养模型 | 基因表达数据,图像数据 | 兔肝脏来源的胆道类器官 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1324 | 2025-10-05 |
CAFs exosomal miR-21-5p suppresses ferroptosis and promotes proliferation and migration in osteosarcoma
2025-Aug-19, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-025-03930-8
PMID:40826086
|
研究论文 | 本研究揭示了癌症相关成纤维细胞通过外泌体miR-21-5p抑制铁死亡并促进骨肉瘤增殖和迁移的分子机制 | 首次发现CAFs来源的外泌体miR-21-5p通过抑制铁死亡促进骨肉瘤恶性进展 | 需要进一步探索miR-21-5p调控铁死亡的具体下游靶点 | 探究CAFs在骨肉瘤肿瘤微环境中的作用机制 | 骨肉瘤细胞、癌症相关成纤维细胞(CAFs) | 肿瘤生物学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序,外泌体miRNA测序,qRT-PCR,CCK8,Transwell,透射电镜,NTA分析,siRNA干扰 | NA | 单细胞RNA测序数据,外泌体miRNA测序数据 | GSE162454数据集 | NA | 单细胞RNA测序,外泌体miRNA测序 | NA | NA |
1325 | 2025-10-05 |
Senolytic treatment with fisetin reverses age-related endothelial dysfunction partially mediated by SASP factor CXCL12
2025-Aug-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.13.670216
PMID:40894771
|
研究论文 | 本研究探讨了衰老相关分泌表型因子CXCL12在年龄相关性内皮功能障碍中的作用及非瑟酮的干预机制 | 首次通过单细胞转录组学揭示衰老内皮细胞中CXCL12表达上调,并证明非瑟酮通过靶向SASP因子改善血管功能 | 研究主要基于小鼠模型,人类内皮细胞的验证实验有限 | 阐明衰老内皮细胞的分子变化及其在年龄相关性内皮功能障碍中的作用机制 | 年轻和老年小鼠的主动脉组织、分离的小鼠动脉、培养的人内皮细胞 | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组测序, 蛋白质检测, 细胞培养实验 | NA | 转录组数据, 蛋白质数据 | 年轻(6月龄)和老年(27月龄)小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1326 | 2025-10-05 |
The expression of PD-1 ligands in the immune microenvironment was altered in TTF-1-negative lung adenocarcinoma
2025-Aug-18, Human cell
IF:3.4Q3
DOI:10.1007/s13577-025-01275-y
PMID:40824335
|
研究论文 | 本研究探讨TTF-1阴性肺腺癌中肿瘤免疫微环境的特征变化 | 首次揭示TTF-1阴性肺腺癌中肿瘤相关巨噬细胞的PD-L1/PD-L2表达下调与免疫抑制微环境的关系 | PDCD1LG2表达模式不一致,样本量有限,需进一步验证 | 研究TTF-1表达对肺腺癌免疫微环境的影响 | 226例肺腺癌标本和公共单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 肺癌 | 免疫组织化学,单细胞RNA测序,转录组分析 | NA | 组织图像,基因表达数据 | 226例肺腺癌标本 | NA | 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq | NA | NA |
1327 | 2025-10-05 |
A hybrid adversarial autoencoder-graph network model with dynamic fusion for robust scRNA-seq clustering
2025-Aug-18, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-025-11941-y
PMID:40826008
|
研究论文 | 提出一种基于对抗自编码器和图卷积网络的深度聚类方法scCAGN,用于单细胞RNA测序数据的细胞聚类分析 | 结合对抗自编码器和交叉注意力图卷积网络,采用动态信息融合机制和联合聚类方法,实现无标签的深度细胞特征提取 | NA | 解决单细胞RNA测序数据在细胞聚类中面临的异质性、稀疏性和高维度等技术挑战 | 单细胞RNA测序数据中的细胞聚类 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 对抗自编码器(AAE), 图卷积网络(GCN) | 单细胞RNA测序数据 | 八个典型单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1328 | 2025-10-05 |
Leveraging diverse liquid-liquid phase separation patterns to predict the prognosis and immunotherapy of pediatric acute myeloid leukemia
2025-Aug-18, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-025-14718-4
PMID:40826052
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析开发了基于液-液相分离基因的预后风险模型,用于预测儿童急性髓系白血病的预后和免疫治疗反应 | 首次在儿童急性髓系白血病中系统研究液-液相分离的作用,并构建了基于LLPS基因的预后预测模型 | 需要外部队列验证模型的普适性,机制研究有待深入 | 开发儿童急性髓系白血病的预后预测模型并评估免疫治疗反应 | 儿童急性髓系白血病患者 | 生物信息学 | 急性髓系白血病 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序, 多组学分析 | LASSO回归, Cox回归, 风险评分模型 | 基因表达数据, 临床数据 | TARGET-AML队列及外部验证队列 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
1329 | 2025-10-05 |
Unveiling migraine subtype heterogeneity and risk loci: integrated genome-wide association study and single-cell transcriptomics discovery
2025-Aug-18, The journal of headache and pain
IF:7.3Q1
DOI:10.1186/s10194-025-02128-7
PMID:40826382
|
研究论文 | 通过整合全基因组关联研究和单细胞空间转录组学,揭示偏头痛亚型的遗传异质性和空间分子机制 | 开发了整合sc-ST和GWAS数据的新算法gsMap,首次在单细胞分辨率下绘制偏头痛亚型相关的空间细胞结构 | 研究主要基于欧洲人群数据,可能限制结果在其他人群中的普适性 | 解析偏头痛亚型的遗传异质性和空间分子机制 | 偏头痛患者(有先兆偏头痛MA和无先兆偏头痛MO) | 生物信息学 | 偏头痛 | GWAS, 单细胞空间转录组学, 表观基因组学, 多组学整合分析 | LDSC, HDL, SMR, FUSION, MAGMA, JTI-PrediXcan, PoPS, gsMap | 基因组数据, 转录组数据, 表观遗传数据, 空间转录组数据 | FinnGen R11和国际队列数据 | NA | 单细胞空间转录组学, 全基因组关联分析 | NA | NA |
1330 | 2025-10-05 |
FPR3 orchestrates macrophage polarization in breast cancer: multi-omics dissection of prognostic relevance and therapeutic targeting
2025-Aug-18, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-025-03942-4
PMID:40826412
|
研究论文 | 通过多组学分析揭示FPR3在乳腺癌中调控巨噬细胞极化的作用机制及治疗靶向潜力 | 首次整合bulk RNA-seq、甲基化组学、单细胞转录组和空间单细胞转录组数据系统解析FPR3在乳腺癌中的功能,并发现其与巨噬细胞极化的关联 | 研究主要基于生物信息学分析,需要进一步实验验证FPR3调控巨噬细胞极化的具体分子机制 | 阐明FPR3在乳腺癌中的表达特征、预后价值及其在巨噬细胞极化中的作用 | 乳腺癌患者样本,特别是HER2阳性和三阴性乳腺癌亚型 | 生物信息学 | 乳腺癌 | bulk RNA-seq, 甲基化测序, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 分子对接 | NA | 转录组数据, 甲基化数据, 单细胞数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq | NA | NA |
1331 | 2025-10-05 |
Single-cell transcriptomics uncovers key immune drivers of vaccine efficacy in cattle
2025-Aug-18, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-025-11915-0
PMID:40826444
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学揭示牛疫苗效力的关键免疫驱动因素 | 首次在安格斯牛中构建高分辨率外周血单核细胞图谱,并通过细胞间通讯分析发现IL-1β-IL-1R1配体-受体互作的关键作用 | 研究仅针对安格斯牛品种,样本来源局限于外周血单核细胞 | 解析牛免疫细胞组成与功能免疫表型之间的关联机制 | 安格斯牛的外周血单核细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | 无监督聚类,细胞间通讯分析 | 单细胞转录组数据 | 超过29,000个外周血单核细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
1332 | 2025-10-05 |
COL10A1+ fibroblasts promote colorectal cancer metastasis and M2 macrophage polarization with pan-cancer relevance
2025-Aug-18, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-025-03510-8
PMID:40826474
|
研究论文 | 本研究通过整合多组学数据鉴定了一个COL10A1阳性成纤维细胞亚群,该亚群通过促进结直肠癌转移和M2巨噬细胞极化驱动肿瘤进展 | 首次系统鉴定COL10A1+成纤维细胞亚群在结直肠癌中的关键作用,揭示其通过COL10A1/CD18/JAK1/STAT3信号轴促进M2巨噬细胞极化的新机制,并发现DNA-PKcs抑制剂NU7441可靶向该过程 | 研究主要基于生物信息学分析和实验验证,临床转化潜力仍需进一步验证 | 探索癌症相关成纤维细胞的功能异质性及其在结直肠癌进展中的作用机制 | 结直肠癌患者样本和实验模型 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞测序,空间转录组学,蛋白质组学,多组学整合分析 | NA | 单细胞数据,批量转录组数据,空间转录组数据,蛋白质组数据 | 10,164个样本 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学,蛋白质组学 | NA | NA |
1333 | 2025-10-05 |
Unraveling the causal role of TGF-βRII in osteoporosis and the potential of its associated differential genes as novel targets
2025-Aug-18, European journal of medical research
IF:2.8Q2
DOI:10.1186/s40001-025-02971-z
PMID:40826484
|
研究论文 | 本研究通过分析基因表达数据和孟德尔随机化方法,探讨TGF-βRII在骨质疏松症中的因果作用及其相关差异基因的治疗潜力 | 首次通过孟德尔随机化证实TGFBRII与骨质疏松症的因果关系,并发现ID2、ID4、LRRC32和EMP3等差异基因通过TGF-β通路影响骨髓间充质干细胞分化的新机制 | 研究主要基于公共数据库的回顾性分析,需要进一步实验验证 | 探索骨质疏松症的分子机制并寻找新的治疗靶点 | 骨质疏松症患者和健康对照的间充质干细胞 | 生物信息学 | 骨质疏松症 | 单细胞RNA-seq, RT-qPCR, 孟德尔随机化, 免疫浸润分析, ceRNA网络分析 | NA | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | GEO数据库中的骨质疏松症患者和健康对照样本,包括GSE147287单细胞数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
1334 | 2025-10-05 |
Temporal Clonal Tracing and Functional Perturbation Reveal Niche-Adaptive and Tumor-Intrinsic IFNγ Dependencies Driving Ovarian Cancer Metastasis
2025-Aug-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.13.669778
PMID:40832237
|
研究论文 | 本研究通过单细胞条形码和转录组分析技术揭示了卵巢癌转移过程中肿瘤细胞与转移微环境的动态相互作用 | 开发了MetTag单细胞条形码技术,结合时间标记识别系统,首次揭示了早期播散克隆在转移微环境中的优先富集现象和IFNγ信号通路的关键作用 | 研究主要聚焦于卵巢癌腹膜转移模型,其他转移途径的适用性需要进一步验证 | 探索卵巢癌转移过程中肿瘤细胞与转移微环境的动态适应机制 | 卵巢癌播散肿瘤细胞和转移微环境中的免疫细胞 | 单细胞生物学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序, CRISPR/Cas9筛选, 单细胞条形码技术 | NA | 单细胞转录组数据, 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1335 | 2025-10-05 |
PTK6 mediated immune signatures revealed by single cell transcriptomic and multi omics big data analysis in cervical cancer
2025-Aug-16, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03365-7
PMID:40818002
|
研究论文 | 通过单细胞转录组和多组学大数据分析揭示PTK6在宫颈癌中的免疫特征 | 首次通过单细胞转录组分析结合多组学数据鉴定PTK6作为宫颈癌免疫浸润相关预后生物标志物 | NA | 开发宫颈癌预后模型并鉴定关键生物标志物 | 宫颈癌患者样本和H8、HeLa细胞系 | 生物信息学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序,RT-qPCR,siRNA敲低 | 15种机器学习算法 | 转录组数据,单细胞RNA测序数据 | TCGA和GEO数据库样本 | NA | 单细胞RNA-seq,多组学分析 | NA | NA |
1336 | 2025-10-05 |
RESCUE: recovery of idiosyncratic expression patterns in spatial transcriptomics
2025-Aug-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.11.669542
PMID:40832184
|
研究论文 | 开发了一种名为RESCUE的计算方法,用于恢复空间转录组学中被现有分析方法遗漏的特殊表达模式 | 能够捕获脆弱或代表性不足的细胞类型、神经突等亚细胞结构以及细胞外表达等重要表达模式 | NA | 解决现有空间转录组学分析方法在捕获特殊表达模式方面的不足 | 空间转录组学数据,特别是蜜蜂大脑MERFISH数据和多个ST数据集 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学,MERFISH | RESCUE计算方法 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学,MERFISH | NA | NA |
1337 | 2025-10-05 |
Quantum Annealing for Enhanced Feature Selection in Single-Cell RNA Sequencing Data Analysis
2025-Aug-15, ArXiv
PMID:40832053
|
研究论文 | 本研究利用量子退火增强的QUBO方法进行单细胞RNA测序数据的特征选择 | 首次将量子退火赋能的二次无约束二进制优化(QUBO)应用于单细胞RNA测序数据的特征选择 | NA | 改进单细胞RNA测序数据分析中的特征选择方法 | 人类细胞分化系统和抗癌药物耐药性研究数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | QUBO(二次无约束二进制优化) | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1338 | 2025-10-05 |
Neoadjuvant immunotherapy promotes the formation of mature tertiary lymphoid structures in a remodeled pancreatic tumor microenvironment
2025-Aug-15, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-25-0387
PMID:40815230
|
研究论文 | 本研究通过空间多组学分析揭示了新辅助免疫治疗促进胰腺癌中成熟三级淋巴结构形成及其与肿瘤微环境重塑的关系 | 首次构建了接受新辅助免疫治疗的胰腺癌患者肿瘤和淋巴结的空间多组学图谱,发现了TLS特异性空间基因表达特征与患者生存改善的关联 | 样本量相对有限,需要更大规模研究验证发现 | 探究胰腺癌中三级淋巴结构在免疫治疗中的作用及其空间特征 | 胰腺导管腺癌患者的肿瘤组织和肿瘤邻近淋巴结 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 成像质谱流式技术,空间转录组学 | 机器学习分类模型,无监督学习 | 图像,基因表达数据 | 接受联合新辅助免疫治疗的胰腺癌患者样本 | NA | 空间转录组学,成像质谱流式 | NA | NA |
1339 | 2025-10-05 |
Transcriptomic HEPN1 signatures predict treatment response in low grade glioma
2025-Aug-15, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03395-1
PMID:40815398
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析发现HEPN1等铁死亡相关基因可作为低级别胶质瘤治疗反应的预测生物标志物 | 首次在单细胞分辨率下系统分析铁死亡相关基因在胶质瘤微环境中的表达模式及细胞异质性 | 研究主要基于公共数据库数据,实验验证仅限于GL261和BV2细胞系 | 建立HEPN1作为胶质瘤铁死亡靶向治疗的关键生物标志物 | 胶质瘤患者基因表达数据及GL261、BV2细胞系 | 生物信息学 | 胶质瘤 | 单细胞RNA测序, WGCNA, 差异表达分析 | 基因共表达网络 | 基因表达数据 | TCGA和GEO数据库中的胶质瘤数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
1340 | 2025-10-05 |
Preventive role of CD163-positive macrophages in postoperative peritoneal adhesions
2025-Aug-15, Inflammation and regeneration
IF:5.0Q1
DOI:10.1186/s41232-025-00392-3
PMID:40817081
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序鉴定CD163阳性巨噬细胞在预防术后腹膜粘连中的关键作用 | 首次发现CD163阳性巨噬细胞通过调节纤溶系统和减少PAI-1分泌来抑制术后腹膜粘连形成 | 研究主要基于动物模型和细胞系实验,人类样本验证相对有限 | 探索巨噬细胞亚型在术后腹膜粘连形成中的具体作用和机制 | 巨噬细胞亚型、间皮细胞、术后腹膜粘连模型 | 单细胞测序分析 | 术后并发症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 阑尾炎病例来源的人类术后腹膜粘连模型、小鼠盲肠结扎穿孔模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |