单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27353 篇文献，本页显示第 13361 - 13380 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 13361 | 2024-08-07 |
Greater epithelial ridge cells are the principal organoid-forming progenitors of the mouse cochlea
2021-01-19, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2020.108646
PMID:33472062
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research paper | 本研究从新生小鼠的耳蜗中纯化不同细胞类型，通过单细胞RNA测序验证各组分，并评估它们形成内耳类器官的潜力 | 发现较大的上皮脊（GER）细胞是形成类器官的最强有力的细胞，且类器官形成在细胞密度增加时协同增强，这需要直接的细胞间接触而非可扩散信号 | NA | 研究耳蜗细胞的再生潜力及其形成内耳类器官的能力 | 新生小鼠耳蜗细胞及其形成类器官的能力 | digital pathology | hearing loss | RNA-seq | NA | single-cell RNA sequencing data | 新生小鼠耳蜗细胞 |
| 13362 | 2024-08-07 |
Tumor-infiltrating dendritic cell states are conserved across solid human cancers
2021-01-04, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20200264
PMID:33601412
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组测序的元分析，探讨了人类实体肿瘤中树突状细胞的异质性及其在肿瘤微环境中的作用 | 揭示了跨患者、癌症类型和物种的肿瘤浸润性树突状细胞状态的保守性 | NA | 探讨树突状细胞在肿瘤微环境中的异质性及其对免疫疗法的影响 | 人类实体肿瘤中的树突状细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 多个患者和多种癌症类型 |
| 13363 | 2024-08-07 |
Preprocessing choices affect RNA velocity results for droplet scRNA-seq data
2021-01, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1008585
PMID:33428615
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研究论文 | 本文系统比较了五种广泛使用的定量工具在五个实验性滴液单细胞RNA测序数据集中的剪接和未剪接RNA丰度估计的差异 | 首次系统地比较了不同定量工具在RNA速度分析中的影响，并强调了丰度定量在RNA速度分析工作流程中的重要性 | NA | 探讨不同定量工具对RNA速度分析结果的影响 | 剪接和未剪接RNA的丰度 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 五个实验性滴液单细胞RNA测序数据集 |
| 13364 | 2024-08-07 |
mbkmeans: Fast clustering for single cell data using mini-batch k-means
2021-01, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1008625
PMID:33497379
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研究论文 | 本文介绍了一种用于单细胞数据快速聚类的mbkmeans R/Bioconductor包，该包实现了mini-batch k-means算法 | mbkmeans包允许使用HDF5文件格式的磁盘数据表示，无需一次性将所有数据加载到内存中，适用于处理大规模单细胞数据集 | NA | 开发一种适用于大规模单细胞RNA测序数据的高效聚类方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | k-means | 基因表达数据 | 包括一个包含130万细胞的数据集 |
| 13365 | 2024-08-07 |
Digital Cell Sorter (DCS): a cell type identification, anomaly detection, and Hopfield landscapes toolkit for single-cell transcriptomics
2021, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.10670
PMID:33520459
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研究论文 | 本文介绍了一个名为Digital Cell Sorter (DCS)的软件平台，该平台集成了多种单细胞RNA测序(scRNA-seq)分析方法，包括自动细胞类型识别、细胞异常检测和细胞表型景观可视化 | 提出了两种基于投票算法和Hopfield分类器的自动细胞类型识别方法，以及基于隔离森林的细胞异常量化方法和基于Hopfield能量函数的细胞表型景观可视化工具 | NA | 开发新的算法和工具以提高单细胞RNA测序数据的分析效率和生物信息提取 | 单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | Hopfield分类器 | 数据 | 使用了来自健康捐赠者和多发性骨髓瘤患者的外周血单个核细胞(PBMC)和骨髓浆细胞的大数据集 |
| 13366 | 2024-08-07 |
Effective ribosomal RNA depletion for single-cell total RNA-seq by scDASH
2021, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.10717
PMID:33520469
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scDASH的方法，用于从单细胞总RNA-seq文库中有效去除核糖体RNA（rRNA）序列 | scDASH方法能够有效去除rRNA，同时减少非特异性脱靶效应，显著丰富了转录组的检测 | NA | 开发一种适用于单细胞总RNA-seq的rRNA去除方法 | 单细胞RNA测序中的rRNA去除 | 基因组学 | NA | scRNA-seq | NA | RNA | NA |
| 13367 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA Sequencing in Immunology
2020-Dec, Current genomics
IF:1.8Q3
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在免疫学中的应用及其未来发展方向 | scRNA-seq能够分析复杂的细胞混合物至单个细胞和单个分子水平，适用于多种疾病的免疫反应分析 | NA | 提供单细胞RNA测序在免疫学应用的概述及未来发展方向的展望 | 免疫系统及其在多种病理过程中的作用 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 单个细胞 |
| 13368 | 2024-08-07 |
scAIDE: clustering of large-scale single-cell RNA-seq data reveals putative and rare cell types
2020-Dec, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqaa082
PMID:33575628
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研究论文 | 本文介绍了一种新的无监督深度学习聚类框架scAIDE，用于大规模单细胞RNA测序数据的聚类和后分析，以识别潜在和稀有细胞类型 | scAIDE结合了自动编码器插补网络和距离保持嵌入网络（AIDE）来学习数据表示，并应用基于随机投影哈希的k均值算法来检测稀有细胞类型 | NA | 开发一种准确且高效的计算方法，用于大规模单细胞RNA测序数据的聚类和后分析 | 大规模单细胞RNA测序数据中的潜在和稀有细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 自动编码器 | RNA测序数据 | 130万神经细胞 |
| 13369 | 2024-08-07 |
Probe-Seq: Method for RNA Sequencing of Specific Cell Types from Animal Tissue
2020-Sep-20, Bio-protocol
IF:1.0Q3
DOI:10.21769/BioProtoc.3749
PMID:33659409
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Probe-Seq的新方法，用于从动物组织中对特定细胞类型进行RNA测序 | Probe-Seq方法通过使用基因特异性探针与RNA标记物杂交来分离特定类型的细胞，从而实现下游的FACS分离和批量RNA测序 | NA | 开发一种简单、通用的方法，用于对缺乏细胞类型特异性遗传标记或抗体的细胞类型进行批量转录组分析 | 特定细胞类型的RNA测序 | 基因组学 | NA | RNA测序 | NA | RNA | 小鼠视网膜、冷冻人视网膜、中肠和发育中的小鸡视网膜 |
| 13370 | 2024-08-07 |
Untangling biological factors influencing trajectory inference from single cell data
2020-Sep, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqaa053
PMID:33575604
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研究论文 | 本文研究了单细胞RNA测序数据中影响细胞分化轨迹推断的生物学因素 | 提出了一种通过分解单细胞数据来识别和过滤混杂变量（如细胞周期）的方法，以提高分化轨迹推断的准确性 | 未明确提及 | 探讨影响单细胞数据中细胞分化轨迹推断的关键生物学因素 | 单细胞RNA测序数据中的生物学变异 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未明确提及 |
| 13371 | 2024-08-07 |
Inferring microenvironmental regulation of gene expression from single-cell RNA sequencing data using scMLnet with an application to COVID-19
2021-03-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaa327
PMID:33341869
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研究论文 | 本研究提出了一种基于单细胞RNA测序数据的多层网络方法（scMLnet），用于推断细胞微环境对基因表达的调控 | scMLnet不仅模拟了细胞间的功能性通信，还模拟了细胞内的基因调控网络，为理解基因表达的微环境调控提供了一种新方法 | NA | 旨在揭示细胞微环境对基因表达的调控机制，特别是在COVID-19中的应用 | 研究对象包括COVID-19患者的单细胞RNA测序数据以及SARS-CoV-2受体ACE2的表达调控 | 生物信息学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | 多层网络模型 | 单细胞RNA测序数据 | 涉及COVID-19患者的单细胞RNA测序数据 |
| 13372 | 2024-08-07 |
CoolMPS for robust sequencing of single-nuclear RNAs captured by droplet-based method
2021-01-25, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaa1127
PMID:33264392
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研究论文 | 本文探讨了CoolMPS技术在单核RNA测序中的应用，通过化学转换方法使Chromium 10X技术生成的库适用于CoolMPS测序，并评估了其在小鼠海马体snRNA-seq数据中的质量和性能 | CoolMPS是一种新型的合成测序方法，通过可重复使用的抗体进行核苷酸标记，本文首次测试了其在snRNA-seq中的应用 | NA | 验证CoolMPS技术在单核RNA测序中的可行性和性能 | 小鼠海马体的单核RNA | 基因组学 | NA | CoolMPS | NA | snRNA-seq数据 | 年轻和老年小鼠的海马体样本 |
| 13373 | 2024-08-07 |
Aging Atlas: a multi-omics database for aging biology
2021-01-08, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaa894
PMID:33119753
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research paper | 本文介绍了Aging Atlas数据库，这是一个多组学数据库，旨在支持衰老生物学研究。 | Aging Atlas数据库整合了多种高通量组学技术产生的基因表达和调控数据，为衰老研究提供了前所未有的详细和多维度的数据资源。 | NA | 本文的研究目的是建立一个开放且集成的数据库，以支持广泛的衰老生物学研究。 | 研究对象包括基因组学、表观基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学和药物基因组学等多组学数据。 | 生物信息学 | NA | RNA-seq, scRNA-seq, ChIP-seq, 蛋白质-蛋白质相互作用分析, 药物保护化合物分析 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 13374 | 2024-08-07 |
A cell atlas of the chick retina based on single-cell transcriptomics
2021-01-04, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.63907
PMID:33393903
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术构建了鸡视网膜的细胞图谱 | 首次在鸟类中进行分子层面的视网膜细胞类型鉴定，并比较了鸡、鼠和灵长类视网膜细胞类群和类型的关系 | NA | 揭示鸡视网膜的细胞结构和功能，并为鸟类视觉系统的解剖学、生理学、进化和发育研究提供基础 | 鸡视网膜的细胞类型及其分布 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 136种细胞类型及14种位置或发育中间体 |
| 13375 | 2024-08-07 |
scMC learns biological variation through the alignment of multiple single-cell genomics datasets
2021-01-04, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-020-02238-2
PMID:33397454
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scMC的方法，用于在整合和比较不同实验的单细胞基因组数据集时，区分并保留生物学变异，同时去除技术变异 | scMC方法通过方差分析学习生物学变异，以无监督方式推断并去除技术变异，从而能够准确对齐并检测共享和特定上下文的生物信号 | NA | 开发一种方法，能够在整合单细胞基因组数据时，有效区分并保留生物学变异，去除技术变异 | 单细胞RNA测序和ATAC测序实验的数据集 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（RNA-seq）和ATAC测序 | NA | 基因组数据 | NA |
| 13376 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptome profiling of the vaginal wall in women with severe anterior vaginal prolapse
2021-01-04, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-20358-y
PMID:33397933
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术构建了前阴道壁的转录组图谱，并分析了前阴道脱垂（AVP）中的细胞类型和基因表达异常 | 首次构建了前阴道壁的单细胞转录组图谱，并揭示了AVP中的细胞异质性和分子机制 | NA | 揭示前阴道脱垂（AVP）的细胞异质性和分子机制 | 前阴道壁的单细胞转录组 | 数字病理学 | 妇科疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 81,026个单细胞样本 |
| 13377 | 2024-08-07 |
Transcriptional and morphological profiling of parvalbumin interneuron subpopulations in the mouse hippocampus
2021-01-04, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-20328-4
PMID:33398060
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，对形态学上已鉴定的小鼠海马体中的parvalbumin中间神经元（PV-INs）进行了转录组状态的分析 | 研究首次结合形态学信息和转录组数据，探讨了PV-INs在形态学、生理学和发展领域的转录组状态 | 研究主要集中在PV-INs的转录组分析，未涉及其他神经元类型的比较 | 探讨神经元身份是否可以从遗传信息中推断出来，并分析PV-INs的转录组和形态学特征 | 小鼠海马体中的parvalbumin中间神经元（PV-INs） | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 13378 | 2024-08-07 |
The scRNA-seq Expression Profiling of the Receptor ACE2 and the Cellular Protease TMPRSS2 Reveals Human Organs Susceptible to SARS-CoV-2 Infection
2021-01-02, International journal of environmental research and public health
DOI:10.3390/ijerph18010284
PMID:33401657
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序数据分析了31个器官中ACE2和TMPRSS2的表达水平，评估了SARS-CoV-2感染的风险 | 首次发现胆囊和输卵管易受SARS-CoV-2感染，并对易感器官进行了风险分级 | NA | 深入理解SARS-CoV-2的病理机制 | 31个器官中ACE2和TMPRSS2的表达水平 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 31个器官的细胞类型 |
| 13379 | 2024-08-07 |
Statistical and Bioinformatics Analysis of Data from Bulk and Single-Cell RNA Sequencing Experiments
2021, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-0849-4_9
PMID:32926366
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review | 本文综述了在处理、质量控制和分析批量及单细胞RNA测序数据时使用的各种生物信息学和统计方法 | NA | NA | 探讨高吞吐量测序技术在研究人类转录组，特别是与癌症相关的应用 | 批量和单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 癌症 | RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 13380 | 2024-08-07 |
KLF4 (Kruppel-Like Factor 4)-Dependent Perivascular Plasticity Contributes to Adipose Tissue inflammation
2021-01, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.120.314703
PMID:33054397
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研究论文 | 研究探讨了KLF4依赖的周围血管可塑性对脂肪组织炎症的贡献 | 首次揭示了KLF4在周围血管细胞中的作用，及其对饮食诱导肥胖相关脂肪组织炎症和代谢功能障碍的影响 | 研究使用了特定的转基因小鼠模型，结果的普遍性和适用性可能受限 | 验证周围血管细胞在KLF4依赖性条件下转化为类似巨噬细胞的细胞，从而加剧脂肪组织炎症和代谢功能障碍的假设 | 周围血管细胞、脂肪组织炎症、代谢功能障碍 | NA | 肥胖 | 流式细胞术、单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 使用了Myh11-CreERT2 eYFP小鼠和Myh11-DreERT2tdTomato小鼠进行实验 |