单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27366 篇文献，本页显示第 13321 - 13340 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 13321 | 2024-08-07 |
Estimating and Correcting for Off-Target Cellular Contamination in Brain Cell Type Specific RNA-Seq Data
2021, Frontiers in molecular neuroscience
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fnmol.2021.637143
PMID:33746712
|
研究论文 | 本文提出了一种计算方法，用于估计和控制单细胞类型RNA测序数据中的非目标细胞类型污染 | 本文引入了单细胞类型RNA测序（sctRNA-seq）方法，并开发了一种新的计算方法来检测和控制非目标细胞类型的污染 | 该方法依赖于单细胞测序数据集，可能不适用于所有类型的细胞纯化技术 | 旨在解决分子基因组学中对微量细胞群体转录组分析的挑战 | 研究对象为大脑细胞类型特异性RNA-Seq数据中的非目标细胞污染 | 分子基因组学 | NA | RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 涉及多种细胞纯化技术的数据集 |
| 13322 | 2024-08-07 |
Remodeling of Stromal Cells and Immune Landscape in Microenvironment During Tumor Progression
2021, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2021.596798
PMID:33763348
|
研究论文 | 本文探讨了肿瘤进展过程中基质细胞和免疫微环境的重组 | 采用单细胞测序技术分析肿瘤微环境中基质细胞和免疫细胞的表型标记、分子通路及进化轨迹 | 未提及具体限制 | 研究肿瘤进展中基质细胞和免疫微环境的多样性及其对免疫治疗的影响 | 基质细胞和免疫细胞在肿瘤微环境中的亚型及其在肿瘤发展中的作用 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA | NA |
| 13323 | 2024-08-07 |
DEEPsc: A Deep Learning-Based Map Connecting Single-Cell Transcriptomics and Spatial Imaging Data
2021, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2021.636743
PMID:33833776
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研究论文 | 本文介绍了一种基于深度学习的方法DEEPsc，用于将空间信息映射到单细胞转录组数据上，并与现有方法进行了比较 | DEEPsc方法在精度和鲁棒性之间取得了更好的平衡，并提供了一个数据自适应工具来连接单细胞转录组数据和空间成像数据 | 文章未明确提及DEEPsc的具体局限性 | 开发一种系统自适应的深度学习方法，以提高单细胞转录组数据空间信息映射的准确性、精度和鲁棒性 | 单细胞RNA测序数据和空间成像数据 | 机器学习 | NA | 深度学习 | NA | 转录组数据，空间成像数据 | 涉及四个生物系统 |
| 13324 | 2024-08-07 |
Red panda: a novel method for detecting variants in single-cell RNA sequencing
2020-Dec-29, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-020-07224-3
PMID:33372593
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为Red Panda的新方法，用于在单细胞RNA测序数据中准确识别变异 | Red Panda方法在单细胞RNA测序数据中识别变异的准确性和敏感性优于现有软件 | 使用单细胞RNA测序数据识别基因组变异的方法仍有改进空间 | 设计并实现一种新方法，以在单细胞RNA测序数据中准确识别变异 | 人类关节软骨细胞、小鼠胚胎成纤维细胞（MEFs）及来自MEF比对的模拟数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 人类关节软骨细胞、小鼠胚胎成纤维细胞及模拟数据 |
| 13325 | 2024-08-07 |
Generation of a Single-Cell RNAseq Atlas of Murine Salivary Gland Development
2020-Dec-18, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2020.101838
PMID:33305192
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术生成了小鼠下颌下腺发育的图谱，揭示了在关键发育事件中的细胞异质性 | 首次生成了小鼠下颌下腺发育的单细胞RNA测序图谱，并识别了与腺泡分化相关的转录因子 | NA | 旨在理解器官发育过程中的动态转录景观，为再生疗法提供模板 | 小鼠下颌下腺的发育过程 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 13326 | 2024-08-07 |
GCNG: graph convolutional networks for inferring gene interaction from spatial transcriptomics data
2020-12-10, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-020-02214-w
PMID:33303016
|
研究论文 | 本文开发了图卷积神经网络GCNG，用于从空间转录组数据中推断基因间的相互作用 | GCNG能够结合空间信息和表达数据，推断细胞内外的基因相互作用，并提出新的细胞外相互作用基因对 | NA | 开发一种新方法，能够从空间转录组数据中推断基因间的相互作用 | 基因间的相互作用 | 机器学习 | NA | 图卷积神经网络 | GCNG | 空间转录组数据 | NA |
| 13327 | 2024-08-07 |
mTORC1 activation in lung mesenchyme drives sex- and age-dependent pulmonary structure and function decline
2020-11-06, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-18979-4
PMID:33159078
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了淋巴管平滑肌瘤病（LAM）肺与健康对照肺的细胞亚型，揭示了LAM特有的间质和过渡性肺泡上皮状态，并探讨了mTORC1激活在肺间质中的性别和年龄依赖性影响。 | 首次揭示了LAM肺特有的间质和过渡性肺泡上皮状态，并发现间质细胞在LAM疾病表型中的协调作用。 | 研究主要集中在小鼠模型上，可能不完全适用于人类LAM的病理机制。 | 识别LAM肺特有的细胞亚型，并探讨mTORC1激活在肺间质中的性别和年龄依赖性影响。 | 淋巴管平滑肌瘤病（LAM）肺与健康对照肺的细胞亚型。 | 数字病理学 | 肺病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | LAM肺与年龄和性别匹配的健康对照肺 |
| 13328 | 2024-08-07 |
MAFG-driven astrocytes promote CNS inflammation
2020-02, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-020-1999-0
PMID:32051591
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序、细胞特异性Ribotag RNA分析、ATAC-seq、ChIP-seq、全基因组DNA甲基化分析及体内CRISPR-Cas9遗传扰动，研究了多发性硬化症及其前临床模型实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）中的星形胶质细胞 | 发现了EAE和多发性硬化症中星形胶质细胞的特征，包括NRF2表达减少和MAFG表达增加，这些细胞通过与MAT2α合作促进DNA甲基化并抑制抗氧化和抗炎转录程序 | NA | 研究星形胶质细胞在多发性硬化症和EAE中的作用及其调控机制 | 星形胶质细胞在多发性硬化症和EAE中的异质性及其调控 | 数字病理学 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序、ATAC-seq、ChIP-seq、DNA甲基化分析、CRISPR-Cas9 | NA | RNA | NA |
| 13329 | 2024-08-07 |
Enteric Nervous System-Derived IL-18 Orchestrates Mucosal Barrier Immunity
2020-01-09, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2019.12.016
PMID:31923399
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研究论文 | 本文揭示了肠神经系统（ENS）通过产生IL-18在调节抗菌蛋白（AMP）反应中的关键作用 | 首次证明肠神经系统在调控黏膜屏障免疫中的非冗余作用，特别是神经源性IL-18在维持稳态杯状细胞AMP产生中的特定需求 | NA | 探讨肠神经系统在黏膜屏障免疫中的作用 | 肠神经系统、IL-18、抗菌蛋白反应 | 免疫学 | NA | 共聚焦显微镜、单分子荧光原位mRNA杂交（smFISH）、RNA测序、单细胞测序 | NA | 图像、序列数据 | 小鼠模型 |
| 13330 | 2024-08-07 |
Combined single-cell and spatial transcriptomics reveal the molecular, cellular and spatial bone marrow niche organization
2020-01, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-019-0439-6
PMID:31871321
|
研究论文 | 本文通过结合单细胞和空间转录组学技术，系统地绘制了骨髓微环境的分子、细胞和空间组成 | 首次使用单细胞和空间转录组学技术全面解析骨髓微环境的组织结构，并开发了RNA-Magnet算法来准确推断三维骨髓组织结构 | NA | 揭示骨髓微环境的细胞和空间组织结构 | 骨髓微环境的分子、细胞和空间组成 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学，空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 所有主要的骨髓常驻细胞类型 |
| 13331 | 2024-08-07 |
A Conserved TCRβ Signature Dominates a Highly Polyclonal T-Cell Expansion During the Acute Phase of a Murine Malaria Infection
2020, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2020.587756
PMID:33329568
|
研究论文 | 本文通过比较感染模型，对脾脏CD4 T细胞受体库进行了序列分析，揭示了在小鼠疟疾感染急性期，高度多克隆T细胞扩增中存在一个由TRBV3基因使用主导的保守TCRβ特征。 | 首次描述了初次感染期间T细胞扩增的克隆性和克隆组成，并发现了一个保守的病原体特异性T细胞反应特征。 | NA | 研究初次感染期间T细胞扩增的克隆性和克隆组成，以及探索推动这种保守反应的主机或寄生虫因素。 | 脾脏CD4 αβ T细胞在初次感染期间的激活和扩增。 | 免疫学 | 疟疾 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | NA |
| 13332 | 2024-08-07 |
Single-Cell RNA Sequencing of Tocilizumab-Treated Peripheral Blood Mononuclear Cells as an in vitro Model of Inflammation
2020, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2020.610682
PMID:33469465
|
研究论文 | 研究使用单细胞RNA测序技术分析托珠单抗治疗后的外周血单个核细胞，以建立炎症的体外模型 | 通过单细胞RNA测序技术，首次在单细胞水平上展示了托珠单抗对炎症介导基因和生物途径的影响 | 研究仅限于体外模型和特定的患者群体（肾移植受者） | 探讨托珠单抗在治疗COVID-19中的作用，特别是在抑制细胞因子风暴方面 | 托珠单抗治疗前后的外周血单个核细胞 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 具体样本数量未在摘要中明确 |
| 13333 | 2024-08-07 |
Inference of Intercellular Communications and Multilayer Gene-Regulations of Epithelial-Mesenchymal Transition From Single-Cell Transcriptomic Data
2020, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2020.604585
PMID:33488673
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研究论文 | 本文利用单细胞转录组数据推断细胞间通信和多层基因调控网络，分析和可视化上皮-间质转化（EMT）过程中的复杂细胞间对话和潜在的基因调控动态 | 本文提出了一种结合轨迹分析的方法，揭示了EMT过程中存在具有混合上皮和间质特征的多个中间细胞状态（ICSs），并分析了不同诱导因子下EMT的特定上下文 | NA | 研究EMT过程中的细胞间通信和基因调控网络 | 上皮-间质转化（EMT）过程中的细胞间通信和基因调控动态 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 多个癌症细胞系的时间序列数据集和老鼠皮肤鳞状细胞癌数据集 |
| 13334 | 2024-08-07 |
Machine Learning Approaches Identify Genes Containing Spatial Information From Single-Cell Transcriptomics Data
2020, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2020.612840
PMID:33633771
|
研究论文 | 本文通过机器学习方法从单细胞转录组数据中识别包含空间信息的基因，并重建胚胎的三维结构 | 开发了两种独立的技术，利用Lasso和深度神经网络从高维单细胞测序数据中准确识别包含空间信息的基因，并发现了一些未被怀疑但携带重要位置信息的新基因 | 间接使用完整数据集的信息可能导致数据泄露，从而高估模型的性能 | 参与DREAM组织的单细胞转录组挑战，旨在解决从胚胎中识别包含最多空间信息的基因以及利用这些基因信息重建胚胎三维结构的问题 | 胚胎中的基因及其三维结构 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | Lasso, 深度神经网络 | 转录组数据 | 数千个单个细胞 |
| 13335 | 2024-08-07 |
Database limitations for studying the human gut microbiome
2020, PeerJ. Computer science
DOI:10.7717/peerj-cs.289
PMID:33816940
|
研究论文 | 本文评估了现有数据库在描述模拟人类肠道微生物组方面的能力，并比较了Uniprot知识库与京都基因和基因组百科全书直系同源物（KEGG Orthologs）及进化基因组学：非监督直系同源组（EggNOG）数据库的交叉引用输出。 | 本文首次系统评估了Uniprot知识库与KEGG和EggNOG数据库在人类肠道微生物组研究中的应用效果，并提出了改进建议。 | 由于Uniprot中注释物种数量较少以及大多数物种关联功能数量较少，基于UniProt和KEGG或EggNOG的交叉引用推断功能可能效果不佳。 | 评估现有数据库在人类肠道微生物组研究中的适用性，并提出改进措施。 | 人类肠道微生物组的遗传信息和代谢功能。 | NA | NA | NA | NA | NA | 131个物种和52个属 |
| 13336 | 2024-08-07 |
Spatial mapping of single cells in the Drosophila embryo from transcriptomic data based on topological consistency
2020, F1000Research
DOI:10.12688/f1000research.24163.2
PMID:33824719
|
研究论文 | 本文通过DREAM单细胞转录组挑战赛，提出了一种基于拓扑一致性的计算方法，用于从单细胞RNA测序数据中恢复果蝇胚胎中单细胞的空间映射 | 本文提出了一种基于拓扑一致性的新方法，通过无监督和监督两种基因选择框架，优化基因权重，并利用细胞拓扑信息提高预测准确性 | NA | 旨在解决单细胞RNA测序过程中丢失细胞原始空间上下文的问题，以更好地理解细胞和组织水平的功能 | 果蝇胚胎中的单细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 粒子群优化算法 | 转录组数据 | NA |
| 13337 | 2024-08-07 |
T cells with increased responsiveness cause obesity in mice without diet intervention
2024-Apr-19, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.109471
PMID:38551005
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研究论文 | 本研究使用增强T细胞反应性的老鼠模型，展示了肥胖可以通过免疫细胞驱动 | 首次证明增强的T细胞反应性可以直接导致肥胖，无需饮食干预 | 研究仅限于老鼠模型，尚未在人类中验证 | 探讨肥胖的免疫细胞机制，特别是T细胞的作用 | 增强T细胞反应性的老鼠模型 | NA | 肥胖 | 单细胞RNA测序和CyTOF分析 | NA | 细胞 | 多个老鼠模型 |
| 13338 | 2024-08-04 |
Systematic immune cell dysregulation and molecular subtypes revealed by single-cell RNA-seq of subjects with type 1 diabetes
2024-Mar-27, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-024-01300-z
PMID:38539228
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了1型糖尿病患者的免疫细胞失调及其分子亚型 | 首次在单细胞层面全面评估1型糖尿病中的免疫细胞表型 | 可能缺乏其他类型糖尿病的对照数据 | 评估1型糖尿病的免疫细胞特征及分子亚型 | 46名明显的1型糖尿病患者和31名匹配的对照者 | 数字病理学 | 1型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 46名1型糖尿病患者和31名对照者 |
| 13339 | 2024-08-07 |
Pan-cancer evaluation of regulated cell death to predict overall survival and immune checkpoint inhibitor response
2024-Mar-27, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-024-00570-5
PMID:38538696
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研究论文 | 本研究评估了调控细胞死亡（RCD）在泛癌水平上的状态及其与免疫检查点抑制剂（ICI）反应和总体生存率的关系 | 首次在泛癌水平上全面评估RCD状态及其相关特征，并开发了用于预测ICI反应和总体生存率的RCD签名 | NA | 探索RCD状态作为预测恶性肿瘤患者ICI反应和总体生存率的生物标志物的潜力 | RCD水平在30种癌症类型、29种正常组织和82个scRNA-Seq数据集中的2,573,921个细胞中的分布 | 数字病理学 | 泛癌 | scRNA-Seq | 机器学习算法 | 数据集 | 30种癌症类型，29种正常组织，2,573,921个细胞 |
| 13340 | 2024-08-07 |
Improved therapeutic consistency and efficacy of CD317+ MSCs through stabilizing TSG6 by PTX3
2024-Mar-27, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-024-03706-3
PMID:38539221
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研究论文 | 本研究通过scRNA-seq分析探讨了不同批次和类型的MSC培养基对MSC亚群组成和变异的影响，并发现CD317+ MSCs通过PTX3稳定TSG6蛋白，从而提高治疗一致性和疗效。 | 本研究首次揭示了CD317+ MSCs亚群通过PTX3稳定TSG6蛋白，增强免疫抑制活性，从而提高治疗效果。 | 研究未详细说明不同批次培养基的具体差异及其对MSC亚群的具体影响机制。 | 探讨不同批次和类型的MSC培养基对MSC亚群组成和变异的影响，以及CD317+ MSCs的治疗潜力。 | 人源间充质干细胞（MSCs）及其亚群CD317+ MSCs。 | 细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |