单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27504 篇文献，本页显示第 13301 - 13320 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 13301 | 2024-08-07 |
Single-cell longitudinal analysis of SARS-CoV-2 infection in human airway epithelium
2020-Jul-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2020.05.06.081695
PMID:32511382
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，对实验感染的人支气管上皮细胞（HBECs）在气液界面培养中进行时间序列分析，揭示了SARS-CoV-2感染的病毒复制、细胞趋向性和宿主-病毒相互作用。 | 发现了新的多聚腺苷酸化病毒转录本，并确认纤毛细胞为主要感染目标；开发了一种新的计算方法CONDENSE，用于分析和比较感染响应中的时间基因动态。 | NA | 深入理解SARS-CoV-2感染和发病机制，为治疗药物的开发提供关键信息。 | 人支气管上皮细胞（HBECs）和COVID-19患者。 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 实验感染的人支气管上皮细胞（HBECs）和COVID-19患者样本。 |
| 13302 | 2024-08-07 |
Using single nucleotide variations in single-cell RNA-seq to identify subpopulations and genotype-phenotype linkage
2018-11-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-018-07170-5
PMID:30459309
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研究论文 | 本文提出使用单细胞RNA测序中的有效且表达的核苷酸变异（eeSNVs）作为肿瘤亚群识别的替代特征，并开发了SSrGE线性建模框架来关联eeSNVs与基因表达。 | 首次使用eeSNVs作为单细胞RNA测序数据中的特征进行肿瘤亚群识别，并开发了SSrGE框架来整合多组学单细胞技术。 | NA | 旨在提高单细胞RNA测序数据中亚群识别的准确性，并探索基因型-表型关联。 | 单细胞RNA测序数据中的eeSNVs及其在肿瘤亚群识别和基因型-表型关联中的应用。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 线性模型 | RNA测序数据 | NA |
| 13303 | 2024-08-07 |
Detection of correlated hidden factors from single cell transcriptomes using Iteratively Adjusted-SVA (IA-SVA)
2018-11-19, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-018-35365-9
PMID:30451954
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研究论文 | 本文介绍了一种名为迭代调整替代变量分析（IA-SVA）的方法，用于从单细胞转录组数据中检测相关隐藏因子 | IA-SVA能够估计隐藏因子，即使这些因子与其他变异源相关，通过迭代方式识别与每个隐藏因子相关的一组基因 | NA | 开发一种新方法来解析单细胞RNA测序数据中多个和相关的变异源 | 单细胞RNA测序数据中的隐藏因子 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 迭代调整替代变量分析（IA-SVA） | 转录组数据 | 人类细胞的单细胞RNA测序数据 |
| 13304 | 2024-08-07 |
Discovery of rare cells from voluminous single cell expression data
2018-11-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-018-07234-6
PMID:30413715
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研究论文 | 本文提出了一种名为FiRE的算法，用于从大规模单细胞表达数据中快速发现稀有细胞亚群 | FiRE算法能够在几秒钟内为每个表达谱分配一个稀有度分数，显著提高了处理大规模单细胞数据的效率 | NA | 旨在开发一种高效算法，用于从大规模单细胞表达数据中发现稀有细胞亚群 | 单细胞mRNA测序数据中的稀有细胞亚群 | 生物信息学 | NA | 单细胞mRNA测序（scRNA-seq） | FiRE算法 | 表达数据 | 数万个单细胞 |
| 13305 | 2024-08-07 |
Sox4 Promotes Atoh1-Independent Intestinal Secretory Differentiation Toward Tuft and Enteroendocrine Fates
2018-11, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2018.07.023
PMID:30055169
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研究论文 | 本文研究了Sox4在肠道干细胞（ISCs）分化中的作用，特别是其促进绒毛和肠内分泌细胞命运的能力，独立于Atoh1的作用 | 本文发现Sox4能够独立于Atoh1促进绒毛和肠内分泌细胞的分化，挑战了Atoh1作为肠道分泌细胞分化唯一调节因子的传统模型 | NA | 探讨Sox4在肠道干细胞分化中的作用及其对肠道分泌细胞命运的影响 | 肠道干细胞（ISCs）及其分化为绒毛和肠内分泌细胞的过程 | NA | NA | 免疫荧光分析、实时定量聚合酶链反应、RNA测序 | NA | RNA | 实验使用了Sox4条件性敲除小鼠和对照小鼠，以及Atoh1GFP小鼠和Atoh1条件性敲除小鼠 |
| 13306 | 2024-08-04 |
Single-cell and spatial transcriptomics: Bridging current technologies with long-read sequencing
2024-04, Molecular aspects of medicine
IF:8.7Q1
DOI:10.1016/j.mam.2024.101255
PMID:38368637
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研究论文 | 本文探讨了单细胞和空间转录组学与长读长测序技术的结合 | 提出了将单细胞技术、空间转录组学与长读长测序结合的新方法 | 尚存在一些挑战和需要解决的问题 | 旨在描绘细胞在组织背景中的特征及其异质性 | 研究单细胞和空间转录组学领域的技术结合 | 数字病理学 | NA | 长读长测序 | NA | NA | NA |
| 13307 | 2024-08-07 |
The role of positional information in determining dermal fibroblast diversity
2024-Apr, Matrix biology : journal of the International Society for Matrix Biology
IF:4.5Q2
DOI:10.1016/j.matbio.2024.02.009
PMID:38423396
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综述 | 本文综述了位置信息在决定皮肤成纤维细胞多样性中的作用及其对皮肤稳态、伤口愈合、纤维化和癌症的影响 | 探讨了成纤维细胞多样性对皮肤功能和疾病发展的影响，为抗纤维化治疗和个性化医疗提供新思路 | NA | 理解成纤维细胞多样性如何影响皮肤稳态、伤口愈合、纤维化和癌症 | 皮肤成纤维细胞及其在皮肤功能和疾病中的作用 | NA | 纤维化疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 13308 | 2024-08-04 |
scNovel: a scalable deep learning-based network for novel rare cell discovery in single-cell transcriptomics
2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae112
PMID:38555470
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研究论文 | 该论文介绍了一种名为scNovel的深度学习网络，专注于单细胞转录组中稀有新细胞的发现 | scNovel通过深度学习方法，在发现稀有的新细胞类型方面显著优于现有模型，且在多个数据集上表现出色 | 目前工具主要集中于一般细胞类型注释，对于发现新稀有细胞类型的挑战尚未得到充分解决 | 研究旨在推动稀有新细胞类型的发现，以促进生物医学领域的研究 | 研究对象为单细胞转录组数据中的稀有新细胞类型 | 数字病理学 | 新冠肺炎 | 单细胞RNA测序 | 深度学习神经网络 | 数据集 | 包含百万规模的数据集 |
| 13309 | 2024-08-04 |
PANoptosis, an indicator of COVID-19 severity and outcomes
2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae124
PMID:38555477
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研究论文 | 本研究探讨了PANoptosis在COVID-19严重性和预后的指示作用 | 揭示了PANoptosis在COVID-19中的潜在作用及其调节免疫反应的机制 | 需要进一步的研究来澄清PANoptosis如何调节COVID-19中的免疫反应和预后 | 探讨PANoptosis作为COVID-19严重性的指标 | 针对COVID-19患者的支气管肺泡灌洗液和外周血单核细胞的生物信息学分析 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq)和整体RNA测序 | NA | RNA数据 | 使用了在线数据集的多个样本进行分析 |
| 13310 | 2024-08-04 |
Dysregulation of cell state dynamics during early stages of serous endometrial carcinogenesis
2024-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.15.585274
PMID:38562813
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研究论文 | 本文提供了关于小鼠模型中正常、前发病和发病子宫内膜细胞类型及其状态的综合调查。 | 鉴定出44个基因作为早期诊断和预后标志物，并强调了腔上皮在SEC发病机制中的重要角色。 | 主要基于小鼠模型，可能与人类SEC的病理生理有所不同。 | 研究SEC早期阶段细胞状态动态和分子机制。 | 正常、前发病和发病子宫内膜的细胞类型及其状态。 | 数字病理学 | 子宫内膜癌 | 单细胞转录组学和空间转录组学 | 小鼠模型 | 基因组数据 | 44个基因 panel，涉及正常和病变子宫内膜样本 |
| 13311 | 2024-08-04 |
Single-cell sequencing identifies inflammation-promoting fibroblast-neutrophil interaction in peri-implantitis
2024-02, Journal of clinical periodontology
IF:5.8Q1
DOI:10.1111/jcpe.13912
PMID:38088448
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研究论文 | 本文揭示了通过单细胞测序技术获得的周围种植体炎症浸润的细胞组成和分子环境 | 该研究首次发现了在种植体炎症中促炎症成纤维细胞与中性粒细胞的相互作用 | 该研究可能未涵盖所有相关的细胞类型和潜在的分子机制 | 解释周围种植体炎与牙周炎之间的病理差异 | 周围种植体炎患者的组织与牙周炎患者及健康供体的牙周组织 | 数字病理学 | 牙周炎 | 单细胞转录组测序 | NA | 组织样本 | 来自患有周围种植体炎和牙周炎的患者，以及健康供体的高通量样本 |
| 13312 | 2024-08-07 |
Disease-associated astrocyte epigenetic memory promotes CNS pathology
2024-Jan-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.04.574196
PMID:38260616
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研究论文 | 本文描述了通过多种测序技术识别出一种由表观遗传控制的记忆星形胶质细胞亚群，该亚群在重新刺激后表现出加剧的促炎反应 | 首次揭示了星形胶质细胞记忆由代谢酶ATP柠檬酸裂解酶（ACLY）和组蛋白乙酰转移酶p300共同调控，这一发现为神经系统疾病的治疗提供了新的靶点 | NA | 研究星形胶质细胞在中枢神经系统病理中的作用及其调控机制 | 星形胶质细胞及其在多发性硬化症（MS）和实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）中的作用 | 数字病理学 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、转座酶可及染色质测序（ATAC-seq）、染色质免疫沉淀测序（ChIP-seq）、核酸检测和测序的细胞特异性聚焦（FIND-seq）、CRISPR/Cas9基因扰动研究 | NA | 细胞 | 急性和慢性EAE模型中的星形胶质细胞，慢性MS病变中的人类星形胶质细胞 |
| 13313 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptome sequencing provides insight into multiple chemotherapy resistance in a patient with refractory DLBCL: a case report
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1303310
PMID:38533514
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病例报告 | 本研究利用单细胞转录组测序和常规批量下一代测序（NGS）分析了一位经历多次化疗复发的大B细胞淋巴瘤（DLBCL）患者的肿瘤全景 | 结合NGS和单细胞RNA测序技术，揭示了肿瘤微环境中的异质性和免疫抑制特性，为治疗难治性DLBCL提供了潜在的治疗靶点 | 研究仅基于单一病例，结果的普遍性和可重复性有待进一步验证 | 阐明DLBCL进展的机制并开发新的治疗方法 | 一位经历多次化疗复发的大B细胞淋巴瘤（DLBCL）患者 | 数字病理学 | 大B细胞淋巴瘤 | 单细胞转录组测序, NGS | NA | 转录组 | 单一患者样本 |
| 13314 | 2024-08-04 |
Friend or foe? The elusive role of hepatic stellate cells in liver cancer
2023-10, Nature reviews. Gastroenterology & hepatology
DOI:10.1038/s41575-023-00821-z
PMID:37550577
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综述 | 本文讨论了肝星形细胞在肝癌中的双重角色 | 揭示了肝星形细胞亚群在肝纤维化和肝癌发展中的不同作用 | NA | 探讨肝星形细胞在肝纤维化及肝癌进展中的作用 | 肝星形细胞及其在肝癌中的不同亚群 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞转录组学 | NA | RNA序列数据 | NA |
| 13315 | 2024-08-07 |
Longitudinal scRNA-seq analysis in mouse and human informs optimization of rapid mouse astrocyte differentiation protocols
2023-10, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-023-01424-2
PMID:37697111
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研究论文 | 本研究利用单细胞/单核RNA测序技术分析了超过298,000个细胞和细胞核，以优化小鼠和人类星形胶质细胞的分化协议 | 通过计算方法识别了参与胶质细胞命运指定的候选基因，并利用转录组数据优化了小鼠星形胶质细胞分化协议，缩短了协议长度和复杂性 | NA | 优化小鼠和人类星形胶质细胞的分化协议 | 小鼠胚胎和人类诱导多能干细胞中的星形胶质细胞和少突胶质细胞的分化 | 数字病理学 | NA | 单细胞/单核RNA测序（scRNA-seq/snRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 超过298,000个细胞和细胞核 |
| 13316 | 2024-08-04 |
CD168+ macrophages promote hepatocellular carcinoma tumor stemness and progression through TOP2A/β-catenin/YAP1 axis
2023-Jun-16, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.106862
PMID:37275516
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研究论文 | 本研究探讨了肝癌干样细胞的起源及TOP2A/β-catenin/YAP1轴在肝细胞癌干性和进展中的作用 | 首次揭示了M2样巨噬细胞对肝癌干样细胞的调控及TOP2A/β-catenin/YAP1轴在肝细胞癌干性中的关键作用 | 研究未全面评估其他免疫细胞在肝细胞癌干样细胞中的作用 | 探究肝癌干样细胞的起源及其在肝细胞癌进展中的机制 | 肝细胞癌干样细胞及其微环境中的M2样巨噬细胞 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 空间转录组数据 | NA |
| 13317 | 2024-08-04 |
Allograft tissue under the microscope: only the beginning
2023-04-01, Current opinion in organ transplantation
IF:1.8Q3
DOI:10.1097/MOT.0000000000001052
PMID:36787238
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review | 回顾了肾移植活检的新方法，以补充当前的Banff分类方案 | 引入了人工智能、机器学习和数字病理学等新方法来改进移植组织的检查 | 活检的内在抽样误差和没有自动形态测量分析限制了其在移植健康预后中的表现 | 探索可以改进肾移植组织活检分析的新方法 | 肾移植活检样本和相关组织研究 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | AI和ML算法 | 组织样本 | NA |
| 13318 | 2024-08-04 |
Single-cell transcriptomic heterogeneity between conduit and resistance mesenteric arteries in rats
2023-04-01, Physiological genomics
IF:2.5Q2
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研究论文 | 该文章探讨了大鼠导管和阻力肠系膜动脉中内皮细胞的单细胞转录组异质性 | 通过单细胞RNA测序，揭示了不同动脉节段的内皮和血管平滑肌细胞在表型上的差异 | 仅基于9只成年雄性斯普拉格-道利大鼠进行研究，可能限制了结果的外推性 | 研究内皮细胞和血管平滑肌细胞在不同动脉之间的表型异质性 | 成年雄性斯普拉格-道利大鼠的不同径向动脉 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 9只成年雄性斯普拉格-道利大鼠，分为6个样本 |
| 13319 | 2024-08-04 |
MicroRNA-155 Plays Selective Cell-Intrinsic Roles in Brain-Infiltrating Immune Cell Populations during Neuroinflammation
2023-04-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.4049/jimmunol.2200478
PMID:36883849
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研究论文 | 本研究探讨了miR-155在神经炎症中浸润的免疫细胞群体中的细胞内作用 | 本研究首次确认了miR-155在不同免疫细胞中的特异性作用，展示了通过条件性KO方法对其功能的重要见解 | 研究未能确定miR-155在浸润的巨噬细胞中的作用 | 研究miR-155在多发性硬化症模型中不同免疫细胞群体的重要性 | 主要研究对象为小鼠模型中的T细胞、巨噬细胞和树突状细胞 | 数字病理学 | 神经炎症 | 单细胞RNA测序 | 条件性基因敲除（KO）模型 | RNA序列数据 | 多个小鼠样本，包括全球miR-155 KO小鼠和野生型对照小鼠 |
| 13320 | 2024-08-04 |
NOX1 is essential for TNFα-induced intestinal epithelial ROS secretion and inhibits M cell signatures
2023-04, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2021-326305
PMID:36191961
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研究论文 | 本文探讨了NOX1缺失如何影响肠道上皮ROS分泌及M细胞特征 | 揭示了NOX1缺失对M细胞诱导的影响及其在UC炎症中的作用 | 研究主要集中在小鼠模型，可能不能完全反映人类疾病的复杂性 | 探讨NOX1在炎症性肠病（IBD）中的角色和机制 | 以NOX1基因型和TNFα刺激分层的肠道类器官为研究对象 | 数字病理学 | 肠炎 | 单细胞转录组分析，免疫组化 | 小鼠 | 基因表达数据 | 使用了多个人来源的肠道类器官和小鼠模型 |