单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27366 篇文献，本页显示第 13281 - 13300 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 13281 | 2024-08-07 |
Single-Cell RNA Sequencing in Parkinson's Disease
2021-Apr-01, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines9040368
PMID:33916045
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综述 | 本文综述了单细胞和单核RNA测序技术在帕金森病分子发病机制研究中的应用 | 介绍了通过动物和体外人类模型以及测序技术，对帕金森病细胞组成和表型的无偏见全局视图的研究进展 | 主要限制包括死后脑组织稀缺和技术挑战，如RNA降解导致的质量问题 | 旨在深入理解帕金森病的分子发病机制 | 帕金森病的细胞类型及其特定疾病关联 | 数字病理学 | 帕金森病 | sc/snRNA-seq | NA | RNA | NA |
| 13282 | 2024-08-07 |
Dive into Single, Seek Out Multiple: Probing Cancer Metastases via Single-Cell Sequencing and Imaging Techniques
2021-Mar-03, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers13051067
PMID:33802312
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研究论文 | 本文通过单细胞测序和成像技术探究癌症转移机制 | 利用单细胞测序技术直接比较转移样本在不同阶段的基因组和转录组变化，以及通过单细胞成像技术实时观察肿瘤微环境中恶性与非恶性细胞的异质行为 | NA | 精确识别、理解和针对推动癌症转移的事件 | 癌症转移机制 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞测序 | NA | 基因组数据、转录组数据、图像 | NA |
| 13283 | 2024-08-07 |
Enhancement and Imputation of Peak Signal Enables Accurate Cell-Type Classification in scATAC-seq
2021, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2021.658352
PMID:33889181
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研究论文 | 本文介绍了一种基于支持向量机（SVM）的方法svmATAC，用于增强和填补scATAC-seq数据中的峰值信号，从而实现准确的细胞类型分类 | svmATAC通过增强峰值信号强度和通过共可及性模式填补信号，无需依赖文献标记，且在不同库和平台的数据集中表现稳健 | NA | 开发一种新的方法来提高scATAC-seq数据中细胞类型分类的准确性 | scATAC-seq数据中的细胞类型分类 | 基因组学 | NA | scATAC-seq | SVM | scATAC-seq数据 | 涉及人类免疫细胞、造血系统细胞和外周血单个核细胞的多个scATAC-seq数据集 |
| 13284 | 2024-08-07 |
DRscDB: A single-cell RNA-seq resource for data mining and data comparison across species
2021, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2021.04.021
PMID:33995899
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research paper | 本文构建了一个新的搜索数据库DRscDB，用于跨物种的单细胞RNA测序数据挖掘和比较 | DRscDB是一个综合性的数据库，提供了跨物种的单细胞RNA测序数据，并允许用户进行细胞簇富集分析 | NA | 构建一个数据库，用于跨物种的单细胞RNA测序数据挖掘和比较 | 单细胞RNA测序数据，包括多种组织类型及其在脊椎动物中的相应类似组织 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA-seq数据 | 多种组织类型及其在脊椎动物中的相应类似组织，包括斑马鱼、小鼠和人类 |
| 13285 | 2024-08-07 |
Human Cell Atlas and cell-type authentication for regenerative medicine
2020-09, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-020-0421-1
PMID:32929224
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综述 | 本文综述了细胞类型鉴定的当前进展，从人类细胞图谱项目到基于细胞数据指南的再生医学的分子标记数据库和其他来源 | 近年来单细胞RNA测序技术的进步为基于RNA特征的细胞个体和时空水平表征开辟了新途径，极大地改变了我们对细胞类型的理解 | NA | 探讨细胞类型鉴定的最新进展及其在再生医学中的应用 | 细胞类型的鉴定及其在组织器官发育研究和细胞疗法及疾病模型中的应用 | 分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA数据 | NA |
| 13286 | 2024-08-07 |
Single-cell atlas of the small intestine throughout the human lifespan demonstrates unique features of fetal immune cells
2024-Mar-28, Mucosal immunology
IF:7.9Q1
DOI:10.1016/j.mucimm.2024.03.011
PMID:38555026
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研究论文 | 本研究通过整合多个单细胞RNA测序数据集，创建了人类小肠在整个生命周期中的转录组图谱，特别关注免疫细胞，并揭示了胎儿期小肠免疫细胞的独特特征 | 首次展示了胎儿小肠免疫细胞的复杂免疫景观，并识别了其在整个生命周期中的变化 | NA | 探讨人类小肠黏膜免疫系统的发育过程及其在不同生命阶段的特点 | 人类小肠的免疫细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 涵盖从第一孕期到成年的多个样本 |
| 13287 | 2024-08-07 |
CellMixS: quantifying and visualizing batch effects in single-cell RNA-seq data
2021-06, Life science alliance
IF:3.3Q1
DOI:10.26508/lsa.202001004
PMID:33758076
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research paper | 本文开发了一种细胞特异性混合得分（cms）来量化和可视化单细胞RNA测序数据中的批次效应 | 提出了一种新的细胞特异性混合得分（cms），能够检测局部批次偏差并区分不平衡批次和同类型细胞间的系统性差异 | 文章未明确提及 | 系统探索单细胞RNA测序数据中的批次效应，并开发新的方法来量化和可视化这些效应 | 单细胞RNA测序数据中的批次效应 | digital pathology | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 数据 | 使用了真实和合成数据集进行比较 |
| 13288 | 2024-08-07 |
Gregarine single-cell transcriptomics reveals differential mitochondrial remodeling and adaptation in apicomplexans
2021-04-16, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-021-01007-2
PMID:33863338
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序分析了五种从蟑螂中分离的格拉雷菌的转录组，结合其他顶复门生物的数据，进行了详细的系统基因组学分析，并描述了它们的线粒体代谢 | 首次广泛地探索了格拉雷菌的基因组规模，提供了该群体中差异性叶绿体保留的证据，并揭示了顶复门中线粒体代谢功能的可变重组 | 对于格拉雷菌线粒体的保留和代谢能力了解仍然有限 | 探讨顶复门生物中线粒体重塑和适应性的差异 | 从蟑螂中分离的五种格拉雷菌 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | 转录组数据 | 五种格拉雷菌 |
| 13289 | 2024-08-07 |
Single-Cell Study of Two Rat Models of Pulmonary Arterial Hypertension Reveals Connections to Human Pathobiology and Drug Repositioning
2021-04-15, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1164/rccm.202006-2169OC
PMID:33021809
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学技术分析了两种肺动脉高压（PAH）大鼠模型的肺部细胞和分子特征，并探讨了其与人类PAH病理生物学的关联及药物再定位的可能性 | 首次在单细胞分辨率下揭示了两种常用PAH模型中基因和通路的独特及共享失调情况，并展示了其与人类PAH的相关性和药物再定位的实用性 | NA | 确定并优先考虑PAH大鼠模型肺部失调的基因、通路和细胞类型，评估其与人类PAH的相关性并识别药物再定位候选物 | 肺动脉高压（PAH）大鼠模型的肺部细胞和分子特征 | 数字病理学 | 肺动脉高压 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 包括单冠毒素（MCT）、Sugen-低氧（SuHx）和对照组大鼠的肺部样本 |
| 13290 | 2024-08-07 |
Transcriptomic studies of systemic lupus erythematosus
2021-Apr-09, Inflammation and regeneration
IF:5.0Q1
DOI:10.1186/s41232-021-00161-y
PMID:33836832
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综述 | 本文综述了系统性红斑狼疮（SLE）的转录组学研究，探讨了相关生物标志物和治疗策略的发现及其局限性 | 介绍了单细胞RNA测序在SLE血液和组织中的应用，揭示了分子异质性和关键亚群 | 某些研究发现仍存在争议，需要进一步研究以确定新的治疗靶点和精确的患者分层 | 探讨SLE的转录组学研究成果及其局限性 | 系统性红斑狼疮（SLE）的生物标志物和治疗策略 | NA | 系统性红斑狼疮 | 微阵列、RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 13291 | 2024-08-07 |
ACME dissociation: a versatile cell fixation-dissociation method for single-cell transcriptomics
2021-04-08, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-021-02302-5
PMID:33827654
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research paper | 本文介绍了一种名为ACME的细胞固定-解离方法，用于单细胞转录组学研究 | ACME方法能够在固定细胞的同时进行解离，保持RNA完整性，支持多次冷冻保存，并且细胞可分类和可渗透 | NA | 开发一种适用于单细胞转录组学的细胞固定-解离方法 | 单细胞转录组学中的细胞解离问题 | 生物技术 | NA | 单细胞测序 | NA | 转录组数据 | 涉及不同物种的单细胞转录组数据 |
| 13292 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptome atlas and chromatin accessibility landscape reveal differentiation trajectories in the rice root
2021-04-06, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-22352-4
PMID:33824350
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和染色质可及性调查，分析了水稻根尖细胞的转录组和染色质可及性，揭示了水稻根细胞的分化轨迹和调控网络 | 首次综合利用单细胞RNA测序和染色质可及性分析，揭示了水稻根细胞的分化轨迹和调控网络，并比较了单子叶和双子叶植物根发育路径的异同 | NA | 解析水稻根尖分生组织在细胞分化中的作用及其转录调控网络 | 水稻根尖细胞的分化轨迹和调控网络 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 多个水稻根尖细胞 |
| 13293 | 2024-08-07 |
Inhibition of Hedgehog Signaling Alters Fibroblast Composition in Pancreatic Cancer
2021-04-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-20-3715
PMID:33495315
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研究论文 | 本文研究了 Hedgehog 信号通路抑制对胰腺癌微环境中成纤维细胞组成的影响 | 发现 Hedgehog 信号通路在成纤维细胞中特异性激活，并且在肌成纤维细胞性 CAF（myCAF）中差异性升高 | NA | 探讨 Hedgehog 信号通路抑制如何重编程胰腺癌微环境 | 胰腺导管腺癌（PDAC）中的成纤维细胞组成和免疫浸润 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 时间飞行流式细胞术，单细胞 RNA 测序 | NA | 细胞 | NA |
| 13294 | 2024-08-07 |
CASB: a concanavalin A-based sample barcoding strategy for single-cell sequencing
2021-04, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.15252/msb.202010060
PMID:33821571
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研究论文 | 本文介绍了一种基于伴刀豆球蛋白A的样本条形码策略（CASB），用于单细胞测序，该策略适用于单细胞mRNA和ATAC测序技术 | CASB策略具有高标记效率、高准确性在不同细胞类型和遗传背景下分配细胞/细胞核到样本，以及高灵敏度检测双细胞 | NA | 开发一种通用的、成本效益高的单细胞测序样本多路复用策略 | 单细胞mRNA和ATAC测序技术 | 基因组学 | NA | 单细胞测序 | NA | 基因组数据 | NA |
| 13295 | 2024-08-07 |
Time to Move to the Single-Cell Level: Applications of Single-Cell Multi-Omics to Hematological Malignancies and Waldenström's Macroglobulinemia-A Particularly Heterogeneous Lymphoma
2021-Mar-26, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers13071541
PMID:33810569
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综述 | 本文综述了单细胞多组学技术在血液系统恶性肿瘤和瓦尔登斯特伦巨球蛋白血症中的应用 | 单细胞多组学技术能够克服传统批量测序的局限，深入研究肿瘤的来源、发病机制、克隆结构和演化以及治疗抵抗机制 | NA | 探讨单细胞多组学技术在血液系统恶性肿瘤和瓦尔登斯特伦巨球蛋白血症中的应用潜力 | 血液系统恶性肿瘤和瓦尔登斯特伦巨球蛋白血症 | 数字病理学 | 血液系统恶性肿瘤 | 单细胞测序技术 | NA | 单细胞数据 | NA |
| 13296 | 2024-08-07 |
Model-based deep embedding for constrained clustering analysis of single cell RNA-seq data
2021-03-25, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-22008-3
PMID:33767149
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research paper | 本文提出了一种名为scDCC的聚类方法，该方法将领域知识整合到单细胞RNA-seq数据的聚类步骤中 | scDCC方法通过整合领域知识，显著提高了聚类性能，增强了聚类的生物学可解释性 | NA | 开发一种能够整合领域知识并提高单细胞RNA-seq数据聚类性能的方法 | 单细胞RNA-seq数据 | digital pathology | NA | RNA-seq | NA | text | 数千至数万个细胞 |
| 13297 | 2024-08-07 |
Single-Cell Transcriptomics Supports a Role of CHD8 in Autism
2021-Mar-23, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms22063261
PMID:33806835
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组测序技术探讨了CHD8基因在自闭症谱系障碍中的作用及其分子和细胞机制 | 利用单细胞RNA测序技术直接量化信息承载的RNA分子，揭示了CHD8基因在自闭症中的作用机制 | 文章指出，尽管有新的发现，但仍需进一步研究以充分挖掘这些变革性技术的潜力 | 探讨CHD8基因在自闭症谱系障碍中的作用及其分子和细胞机制 | CHD8基因在自闭症谱系障碍中的作用 | 基因组学 | 自闭症谱系障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA分子 | 涉及小鼠新皮质发育和人类大脑类器官的研究 |
| 13298 | 2024-08-07 |
Spatiotemporal single-cell RNA sequencing of developing chicken hearts identifies interplay between cellular differentiation and morphogenesis
2021-03-19, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-21892-z
PMID:33741943
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研究论文 | 本研究结合单细胞和空间转录组学技术，通过数据整合算法研究了鸡心脏从早期到晚期四腔阶段的发展过程 | 本研究首次通过空间映射技术揭示了心脏发育过程中细胞分化与形态发生之间的复杂相互作用 | 本研究未保留组织形态学和细胞间相互作用的空间信息 | 研究鸡心脏发育过程中细胞分化与形态发生的相互作用 | 鸡心脏的细胞系、空间组织及其在发育过程中的相互作用 | 发育生物学 | 先天性心脏病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 13299 | 2024-08-07 |
Integration and transfer learning of single-cell transcriptomes via cFIT
2021-03-09, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2024383118
PMID:33658382
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研究论文 | 本文介绍了一种名为cFIT的方法，用于整合和转移来自不同实验、技术和物种的单细胞转录组数据 | cFIT方法通过非负矩阵分解框架学习模型参数，能够捕捉不同数据集间的共享信息，并允许每个批次中基因表达的独特扭曲和偏移 | NA | 旨在更好地理解细胞身份和功能，通过整合和转移单细胞转录组数据 | 单细胞RNA测序数据，特别是来自人类和小鼠发育中大脑的数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | 非负矩阵分解 (NMF) | 转录组数据 | 多个scRNA-seq数据集，涉及不同技术和发育阶段 |
| 13300 | 2024-08-07 |
Single cell transcriptomics reveals lineage trajectory of retinal ganglion cells in wild-type and Atoh7-null retinas
2021-03-05, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-21704-4
PMID:33674582
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研究论文 | 本研究使用单细胞转录组学技术，揭示了野生型和Atoh7缺失型视网膜中视网膜神经节细胞（RGC）的谱系轨迹 | 发现了在Atoh7缺失的情况下，RGC谱系的意外出现，并揭示了视网膜前体细胞（RPCs）在过渡状态下的谱系特异性基因共表达 | NA | 进一步研究转录因子Atoh7、Pou4f2和Isl1在视网膜神经节细胞谱系建立中的作用 | 野生型和Atoh7缺失型视网膜细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 野生型和突变型视网膜细胞 |