单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
13201	2024-08-07	Single-cell immunophenotyping of the skin lesion erythema migrans identifies IgM memory B cells 2021-06-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.148035 PMID:34061047	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序与B细胞受体（BCR）测序技术，对莱姆病早期皮肤病变红斑游走（EM）中的B细胞及其BCR库进行了免疫表型分析	首次揭示了莱姆病早期皮肤感染部位B细胞的表型，表明这些细胞具有局部抗原呈递和抗体产生的能力	NA	探讨B细胞在莱姆病早期皮肤免疫反应中的作用	红斑游走（EM）皮肤病变中的B细胞及其BCR库	数字病理学	莱姆病	单细胞RNA测序，B细胞受体（BCR）测序	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
13202	2024-08-07	Interleukin-6 is an activator of pituitary stem cells upon local damage, a competence quenched in the aging gland 2021-06-22, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2100052118 PMID:34161279	研究论文	本研究利用单细胞转录组学技术，探讨了垂体干细胞在局部损伤后的急性激活过程，并对比了衰老垂体的反应	首次揭示了白细胞介素-6（IL-6）在年轻垂体中损伤后激活干细胞的作用，并发现衰老垂体中这种能力被抑制	研究主要集中在实验小鼠模型上，未来需要进一步在人类样本中验证这些发现	探究垂体干细胞在损伤后的激活机制及其在衰老过程中的变化	垂体干细胞在损伤和衰老过程中的反应	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及年轻和中年小鼠的垂体组织
13203	2024-08-07	Single-cell transcriptomics defines heterogeneity of epicardial cells and fibroblasts within the infarcted murine heart 2021-06-21, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.65921 PMID:34152268	研究论文	本文通过单细胞RNA测序、RNA原位杂交和Wilms肿瘤蛋白1阳性细胞的谱系追踪，分析了心肌梗死小鼠心脏中心外膜基质细胞与激活的心肌成纤维细胞/基质细胞的细胞组成、位置和层次结构。	本研究首次识别了11种转录上不同的EpiSC群体，并发现其中两组表达心脏特异性标志物和肌节蛋白，提示具有心肌生成潜力。	NA	研究心外膜基质细胞在心肌梗死后的细胞异质性和其在心脏修复中的作用。	心外膜基质细胞和心肌成纤维细胞在心肌梗死小鼠心脏中的特性。	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	心肌梗死小鼠心脏样本
13204	2024-08-07	SARS-CoV-2-mediated dysregulation of metabolism and autophagy uncovers host-targeting antivirals 2021-06-21, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-24007-w PMID:34155207	研究论文	本文研究了SARS-CoV-2如何通过调节细胞代谢和自噬过程来影响宿主，并探讨了通过诱导自噬来抑制病毒传播的可能性	首次展示了SARS-CoV-2通过调节细胞代谢和自噬来影响宿主，并验证了通过外源性给药诱导自噬可以有效抑制病毒传播	研究主要集中在体外实验和动物模型，需要进一步的人体临床试验来验证其治疗效果	探讨SARS-CoV-2如何影响宿主细胞的代谢和自噬，并寻找可能的抗病毒治疗策略	SARS-CoV-2感染的细胞、COVID-19患者的肺样本以及肺和黏膜样本	NA	COVID-19	单核和单细胞测序	NA	基因表达数据	包括COVID-19患者的肺样本和肺及黏膜样本
13205	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing shows the immunosuppressive landscape and tumor heterogeneity of HBV-associated hepatocellular carcinoma 2021-06-17, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-24010-1 PMID:34140495	研究论文	本文利用单细胞RNA测序分析了HBV相关肝细胞癌患者的免疫景观和肿瘤异质性	发现了肿瘤相关巨噬细胞抑制肿瘤T细胞浸润以及TIGIT-NECTIN2相互作用调控免疫抑制环境	NA	揭示HBV相关肝细胞癌中的免疫抑制景观和细胞间相互作用	HBV相关肝细胞癌患者的肿瘤细胞和免疫细胞	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	一批HBV相关肝细胞癌患者
13206	2024-08-07	Single-cell RNA-seq reveals fibroblast heterogeneity and increased mesenchymal fibroblasts in human fibrotic skin diseases 2021-06-17, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-24110-y PMID:34140509	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术探索了瘢痕疙瘩中的成纤维细胞异质性	首次详细描述了瘢痕疙瘩中成纤维细胞的四种亚群，并发现间充质成纤维细胞亚群在瘢痕疙瘩中的比例显著增加	研究仅限于瘢痕疙瘩和硬皮病两种纤维化皮肤病，可能需要进一步研究以验证这些发现是否适用于其他纤维化皮肤病	探索纤维化皮肤病中成纤维细胞的异质性及其在疾病发展中的作用	瘢痕疙瘩和硬皮病中的成纤维细胞	数字病理学	皮肤病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	具体样本数量未在摘要中提及
13207	2024-08-07	Promotion of cholangiocarcinoma growth by diverse cancer-associated fibroblast subpopulations 2021-06-14, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2021.03.012 PMID:33930309	研究论文	研究探讨了癌症相关成纤维细胞（CAF）在肝内胆管癌（ICC）中的功能，发现肝星状细胞（HSC）是CAF的主要来源，并且HSC衍生的CAF在肿瘤细胞相互作用中占主导地位	首次揭示了HSC作为CAF的主要来源，并通过单细胞RNA测序和配体-受体分析，区分了CAF的亚型及其在ICC生长中的不同作用	研究主要集中在小鼠模型和患者样本的分析上，可能需要更多临床试验来验证这些发现	研究CAF在肝内胆管癌中的作用及其对肿瘤生长的影响	癌症相关成纤维细胞（CAF）及其在肝内胆管癌（ICC）中的功能	数字病理学	胆管癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及小鼠模型和患者样本
13208	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing reveals the mechanism of sonodynamic therapy combined with a RAS inhibitor in the setting of hepatocellular carcinoma 2021-Jun-12, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-021-00923-3 PMID:34118951	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术揭示了声动力疗法结合RAS抑制剂在肝细胞癌治疗中的机制	首次报道了IR820纳米胶囊增强的声动力疗法与RAS抑制剂farnesyl-thiosalicylic acid (FTS)的联合应用，并利用单细胞RNA测序分析了其对肝细胞癌的治疗效果	NA	探讨声动力疗法与RAS抑制剂联合治疗肝细胞癌的机制	肝细胞癌及其治疗效果	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	肝细胞癌异种移植模型
13209	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing of human femoral head in vivo 2021-06-10, Aging DOI:10.18632/aging.203124 PMID:34111027	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了人体股骨头组织细胞的细胞组成和细胞间相互作用	首次在单细胞水平上揭示了人体股骨头组织细胞的细胞类型及其在骨代谢中的相互作用	NA	探究骨组织中细胞的细胞组成及其在骨代谢中的相互作用	人体股骨头组织细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	RNA	26,574个主要人体股骨头组织细胞
13210	2024-08-07	Challenges for Cryptosporidium Population Studies 2021-06-10, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes12060894 PMID:34200631	综述	本文综述了隐孢子虫种群研究的现状、挑战及潜在解决方案	介绍了隐孢子虫基因组序列的增加及其对种群研究的影响	隐孢子虫缺乏理想的体外培养系统，难以克隆分离株，导致序列分析可能存在偏差	探讨隐孢子虫种群研究的挑战与解决方案	隐孢子虫及其在人类疾病中的作用	NA	NA	基因组测序	NA	基因组序列	多数序列来自隐孢子虫的种群研究
13211	2024-08-07	BUTTERFLY: addressing the pooled amplification paradox with unique molecular identifiers in single-cell RNA-seq 2021-06-08, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-021-02386-z PMID:34103073	研究论文	本文探讨了在单细胞RNA测序中使用唯一分子标识符（UMIs）时遇到的“池化扩增悖论”问题，并提出了一种改进的定量方法BUTTERFLY来解决这一问题	提出了基于未见物种模型的改进定量方法BUTTERFLY，使用零截断负二项估计器，并在kallisto bustools工作流程中实现	NA	解决单细胞RNA测序中由于池化扩增悖论导致的重复去除偏差问题	单细胞RNA测序中的UMIs处理方法	测序技术	NA	单细胞RNA测序	零截断负二项估计器	RNA序列	跨细胞类型和基因的多个样本
13212	2024-08-07	Spatio-temporal mRNA tracking in the early zebrafish embryo 2021-06-07, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-23834-1 PMID:34099733	研究论文	本研究结合空间解析转录组学和单细胞RNA标记技术，对斑马鱼早期发育阶段的转录组进行了时空分析	首次实现了对斑马鱼早期胚胎中mRNA分子的空间定位测量，并建立了一种高通量的单细胞RNA标记方法	NA	探究早期胚胎发育过程中母源mRNA的亚细胞定位和运输	斑马鱼早期胚胎中的mRNA分子	数字病理学	NA	空间解析转录组学，单细胞RNA标记	NA	转录组数据	涉及斑马鱼和两种非洲爪蟾的早期胚胎
13213	2024-08-07	Single-cell transcriptomics reveals the landscape of intra-tumoral heterogeneity and transcriptional activities of ECs in CC 2021-Jun-04, Molecular therapy. Nucleic acids DOI:10.1016/j.omtn.2021.03.017 PMID:33996252	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术分析了宫颈癌及其邻近正常组织的细胞，揭示了肿瘤内异质性和内皮细胞的转录活性。	首次对宫颈癌细胞及其微环境进行单细胞转录组分析，识别了肿瘤细胞的亚群及其特定的生物学功能和预后差异。	研究仅限于宫颈癌组织和邻近正常组织的细胞，未涉及更广泛的样本范围。	揭示宫颈癌的肿瘤内异质性和内皮细胞的发展过程，为宫颈癌治疗提供新的思路。	宫颈癌细胞及其微环境中的内皮细胞。	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	20,938个细胞
13214	2024-08-07	Fusion of single-cell transcriptome and DNA-binding data, for genomic network inference in cortical development 2021-Jun-04, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-021-04201-9 PMID:34088262	研究论文	本文提出了一种新的动态基因组网络模型，结合单细胞转录组数据和DNA结合数据，用于推断皮质发育中的基因调控模式	该模型融合了实验特定的基因表达数据和公开可用的DNA结合数据，能够高效地应用于包含数万个转录本的基因组数据	NA	推断动态过程中的基因组调控影响模式，如发育过程	人类胎儿皮质发育中的基因组调控模式	计算生物学	NA	基因组网络模型	动态基因组网络模型	转录组数据，DNA结合数据	数万个转录本
13215	2024-08-07	HGF/c-Met Inhibition as Adjuvant Therapy Improves Outcomes in an Orthotopic Mouse Model of Pancreatic Cancer 2021-Jun-02, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers13112763 PMID:34199452	研究论文	本研究探讨了HGF/c-Met抑制剂作为辅助疗法在胰腺癌小鼠模型中的效果，并首次证实了循环胰腺星状细胞（cPSCs）的存在。	首次证明辅助性HGF/c-Met抑制剂对胰腺癌的有效性，并首次证实循环胰腺星状细胞（cPSCs）的存在。	NA	研究HGF/c-Met抑制剂在预防胰腺癌切除后进展中的作用，并探索循环胰腺星状细胞（cPSCs）作为转移性胰腺癌的介质。	胰腺癌小鼠模型，包括植入荧光素酶标记的人胰腺癌细胞和人类胰腺星状细胞。	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	62只小鼠
13216	2024-08-07	Pancreatic cancer is marked by complement-high blood monocytes and tumor-associated macrophages 2021-06, Life science alliance IF:3.3Q1 DOI:10.26508/lsa.202000935 PMID:33782087	研究论文	本研究通过在免疫活性肿瘤携带和对照小鼠中植入生物材料支架，识别出一种独特的肿瘤特异性基因表达特征，并通过单细胞RNA测序技术映射到两种不同的巨噬细胞群体，揭示了胰腺导管腺癌患者系统性免疫变化的两个独特肿瘤相关巨噬细胞和单核细胞群体。	本研究首次通过单细胞RNA测序技术识别出胰腺导管腺癌中两种独特的肿瘤相关巨噬细胞和单核细胞群体，揭示了肿瘤微环境在远端部位的变化。	研究主要集中在小鼠模型和患者样本的单细胞RNA测序分析，未涉及更广泛的临床验证和功能性实验。	揭示胰腺导管腺癌中肿瘤相关巨噬细胞和单核细胞的基因表达特征及其在系统性免疫变化中的作用。	胰腺导管腺癌中的巨噬细胞和单核细胞。	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	包括肿瘤携带和对照小鼠以及胰腺导管腺癌患者样本
13217	2024-08-07	Single-Cell Transcriptome Analysis Uncovers Intratumoral Heterogeneity and Underlying Mechanisms for Drug Resistance in Hepatobiliary Tumor Organoids 2021-06, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202003897 PMID:34105295	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了七种肝胆肿瘤类器官，揭示了肿瘤内异质性和药物抗性的分子机制	首次通过单细胞RNA测序技术揭示肝胆肿瘤类器官的肿瘤内异质性和药物抗性的分子机制	研究仅限于七种肝胆肿瘤类器官，可能无法完全代表所有肝胆肿瘤的情况	探索肝胆肿瘤类器官的异质性和药物抗性的分子机制	肝胆肿瘤类器官	数字病理学	肝胆肿瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	七种肝胆肿瘤类器官
13218	2024-08-07	Computational systems-biology approaches for modeling gene networks driving epithelial-mesenchymal transitions 2021-Jun, Computational and systems oncology DOI:10.1002/cso2.1021 PMID:34164628	review	本文综述了利用计算和数学方法推断和建模驱动上皮-间质转化（EMT）的基因调控网络（GRNs）的三种主要类型	利用单细胞RNA测序等最新基因组技术，探讨了EMT动态控制的改进理解	NA	识别调控EMT决策的基因调控网络并开发基于这些网络的预测模型	上皮-间质转化（EMT）过程中的基因调控网络	computational biology	NA	single-cell RNA sequencing	NA	genome-wide sequencing data	NA
13219	2024-08-07	Diversity and intratumoral heterogeneity in human gallbladder cancer progression revealed by single-cell RNA sequencing 2021-06, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.462 PMID:34185421	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了人类胆囊癌进展中的多样性和肿瘤内异质性	首次通过单细胞RNA测序技术详细解析了胆囊癌的转录组图谱和细胞间通信网络，揭示了肿瘤微环境中的细胞异质性和相互作用	研究样本仅限于五名患者，可能限制了结果的普遍性	确定胆囊癌的肿瘤内异质性和微环境，以提供新的治疗策略	胆囊癌的原发和淋巴结转移肿瘤以及邻近正常组织	数字病理学	胆囊癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	24,887个单细胞样本
13220	2024-08-07	Extracellular matrix gene expression signatures as cell type and cell state identifiers 2021-Jun, Matrix biology plus DOI:10.1016/j.mbplus.2021.100069 PMID:34195598	研究论文	本文研究了细胞外基质基因表达特征在胚胎单细胞RNA测序数据中区分不同细胞类型和状态的能力	首次探讨了核心基质基因在区分细胞类型方面的表现，并发现其在更分化的细胞中信息含量增加，且在跨物种分析中显示出进化保守性	主要集中在胚胎发育早期的鸡和鼠肢体细胞类型预测，未涉及其他物种或发育阶段	探讨细胞外基质基因在区分细胞类型和状态中的作用	胚胎单细胞RNA测序数据中的细胞类型和状态	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA表达数据	胚胎肢体细胞