单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
13181	2024-08-07	An androgen receptor-based signature to predict prognosis and identification of ORC1 as a therapeutical target for prostate adenocarcinoma 2024, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.16850 PMID:38562999	研究论文	本研究旨在通过基于雄激素受体（AR）的特征来预测前列腺腺癌（PRAD）的预后，并识别ORC1作为治疗靶点	本研究首次识别了基于AR的10个相关基因（ARGs），并发现ORC1作为关键靶点，能够促进PRAD细胞的增殖和干细胞样特性，增强对enzalutamide的敏感性	NA	识别新的AR驱动特征以预测前列腺腺癌的预后，并揭示潜在的治疗靶点	前列腺腺癌及其对enzalutamide的耐药性	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	LASSO和多变量Cox回归模型	基因表达数据	来自GSE99795的单细胞RNA测序数据
13182	2024-08-04	Current annotation strategies for T cell phenotyping of single-cell RNA-seq data 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1306169 PMID:38187377	综述	本文评估了当前单细胞RNA测序数据中T细胞表型注释的策略	提出了对T细胞及其亚群体的自动注释策略，并指出了现有工具中缺失的关键信息	缺乏金标准的细胞表型注释方法，导致对T细胞亚型的标记仍然存在问题	研究单细胞RNA测序中T细胞的表型注释方法	针对T细胞及其亚群体的注释工具和策略	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
13183	2024-08-04	Single-cell sequencing analysis related to sphingolipid metabolism guides immunotherapy and prognosis of skin cutaneous melanoma 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1304466 PMID:38077400	研究论文	本文探讨了与皮肤黑色素瘤相关的鞘脂代谢基因，以开发患者预后的指标	本文通过单细胞测序分析识别了与免疫微环境相关的关键预后基因，提出了一种基于SRG的风险标志	鞘脂代谢在黑色素瘤中的具体作用和机制尚不完全明确	开发一个与皮肤黑色素瘤患者预后相关的指标	研究对象为皮肤黑色素瘤患者的单细胞RNA测序数据	数字病理学	皮肤黑色素瘤	scRNA-seq	LASSO和Cox回归	基因表达数据	来自GEO数据库的黑色素瘤患者的单细胞测序数据
13184	2024-08-07	Expansion of CD4+ cytotoxic T lymphocytes with specific gene expression patterns may contribute to suppression of tumor immunity in oral squamous cell carcinoma: single-cell analysis and in vitro experiments 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1305783 PMID:38077321	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序、T细胞受体和B细胞受体序列分析以及多色免疫荧光染色，探讨了CD4+细胞毒性T淋巴细胞（CTLs）在口腔鳞状细胞癌（OSCC）中的免疫抑制作用及其与B细胞的相互作用。	本研究首次详细描述了CD4+ CTLs在OSCC中的独特基因表达模式及其与B细胞的潜在相互作用，为癌症免疫治疗提供了新的见解。	研究主要集中在体外实验和单细胞分析，尚未进行临床试验验证其在实际治疗中的效果。	深入理解CD4+ T细胞和B细胞在口腔鳞状细胞癌中的作用，以促进癌症免疫治疗的发展。	CD4+ T细胞、CD8+ T细胞和B细胞在口腔鳞状细胞癌中的免疫反应和效应功能。	数字病理学	口腔鳞状细胞癌	单细胞RNA测序、T细胞受体和B细胞受体序列分析、多色免疫荧光染色	NA	基因表达数据	多个口腔鳞状细胞癌病变中的免疫细胞样本
13185	2024-08-07	Single-cell analysis of 5-aminolevulinic acid intraoperative labeling specificity for glioblastoma 2024-Apr-01, Journal of neurosurgery IF:3.5Q1 DOI:10.3171/2023.7.JNS23122 PMID:37773782	研究论文	本研究通过单细胞光学表型分析和表达测序（SCOPE-seq2）方法，评估了5-氨基乙酰丙酸（5-ALA）在胶质母细胞瘤（GBM）手术中标记细胞类型的特异性	首次在单细胞水平上评估了5-ALA在胶质母细胞瘤中的标记特异性	研究发现5-ALA的标记并非仅限于肿瘤细胞，非肿瘤细胞也可能被标记，这质疑了5-ALA在荧光引导手术中对肿瘤细胞的特异性标记	确定5-ALA在胶质母细胞瘤中标记细胞类型的特异性	人胶质母细胞瘤手术标本中的单个细胞	数字病理学	脑肿瘤	单细胞光学表型分析和表达测序（SCOPE-seq2）	NA	图像和RNA序列	来自接受5-ALA治疗患者的胶质母细胞瘤手术标本
13186	2024-08-07	H2-O deficiency promotes regulatory T cell differentiation and CD4 T cell hyperactivity 2023-Sep-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.08.14.553240 PMID:37645777	研究论文	本文首次提供了H2-O分子在胸腺调节性T细胞选择中的直接证据，并探讨了H2-O缺乏对调节性T细胞和CD4 T细胞活性的影响。	首次直接证明H2-O在胸腺调节性T细胞选择中的作用，并揭示了H2-O缺乏对免疫细胞功能的影响。	NA	探讨H2-O缺乏对调节性T细胞和CD4 T细胞活性的影响，以更好地理解自身免疫病的易感性并设计治疗方案。	胸腺调节性T细胞的发育和CD4 T细胞的活性。	免疫学	自身免疫病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
13187	2024-08-04	Wnt signaling preserves progenitor cell multipotency during adipose tissue development 2023-06, Nature metabolism IF:18.9Q1 DOI:10.1038/s42255-023-00813-y PMID:37337125	研究论文	该文章研究了Wnt信号在脂肪组织发育过程中如何维持祖细胞的多能性	本研究揭示了Wnt信号激活在祖细胞维持中的重要作用，并识别了一种新的细胞类型，即结构性Wnt调节的脂肪组织细胞	该研究主要基于人类祖细胞的单细胞转录组学数据，可能在其它类型细胞中的普遍性尚待验证	探讨在慢性分化压力下，间充质干细胞/祖细胞的维持机制	人类祖细胞及其在脂肪组织发育过程中的变化	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	人类祖细胞的单细胞数据
13188	2024-08-07	Schwann cell precursors represent a neural crest-like state with biased multipotency 2022-09-01, The EMBO journal DOI:10.15252/embj.2021108780 PMID:35815410	研究论文	本文通过单细胞转录组学技术，研究了施万细胞前体（SCPs）与神经嵴细胞的转录特征，揭示了SCPs在神经嵴谱系中的多能性及其在不同解剖位置的分化倾向。	首次通过单细胞转录组学技术展示了SCPs与神经嵴细胞的相似转录特征，并利用CRISPR-Cas9技术验证了关键基因Sox8在SCPs分化中的作用。	NA	探讨施万细胞前体在神经嵴谱系中的多能性及其分化机制。	施万细胞前体（SCPs）及其在神经嵴谱系中的分化。	NA	NA	单细胞转录组学, CRISPR-Cas9	NA	基因表达数据	NA
13189	2024-08-07	Clinical practices underlie COVID-19 patient respiratory microbiome composition and its interactions with the host 2021-10-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-26500-8 PMID:34716338	研究论文	研究分析了COVID-19患者上呼吸道（58例）和下呼吸道（35例）的微生物组，结合微生物组测序、病毒载量测定和免疫分析，探讨临床实践对COVID-19患者呼吸微生物组组成及其与宿主相互作用的影响。	研究发现重症监护室停留时间和氧气支持类型，以及相关治疗如抗生素使用，解释了上呼吸道微生物组的最大变异，而SARS-CoV-2病毒载量影响较小。	研究主要集中在临床实践对微生物组的影响，未全面探讨其他可能的环境或遗传因素。	旨在理解COVID-19病理学中呼吸微生物组的作用及其与宿主的相互作用。	COVID-19患者的上呼吸道和下呼吸道微生物组。	微生物学	COVID-19	微生物组测序、病毒载量测定、免疫分析、单细胞转录组学	NA	微生物组数据、病毒载量数据、免疫数据	上呼吸道样本58例，下呼吸道样本35例
13190	2024-08-07	A Markov random field model for network-based differential expression analysis of single-cell RNA-seq data 2021-Oct-26, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-021-04412-0 PMID:34702190	研究论文	本文提出了一种基于马尔可夫随机场（MRF）模型的方法MRFscRNAseq，用于通过已知的生物网络信息提高单细胞RNA测序数据中差异表达基因（DEGs）的识别能力	该方法通过整合基因网络信息和细胞类型间的依赖关系，提高了检测细胞类型特异性DEGs的统计能力	NA	提高单细胞RNA测序数据中差异表达基因的识别能力	单细胞RNA测序数据中的差异表达基因	生物信息学	间质性肺病	单细胞RNA测序	马尔可夫随机场（MRF）	基因表达数据	18,150个蛋白质编码基因，涉及38种细胞类型，来自32名间质性肺病患者和28名正常对照的肺组织样本
13191	2024-08-07	Bayesian log-normal deconvolution for enhanced in silico microdissection of bulk gene expression data 2021-10-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-26328-2 PMID:34671028	研究论文	本文介绍了一种名为BLADE的贝叶斯对数正态反卷积方法，用于从大量基因表达数据中提取细胞成分信息	BLADE框架能够处理超过20种细胞类型，并使用有效的变分推断方法，提高了对基因表达变异性的鲁棒性和完整性	NA	开发一种新的统计模型，以从大量基因表达数据中准确提取细胞成分信息	细胞成分和每种细胞类型的基因表达谱	基因表达	NA	单细胞RNA测序	贝叶斯模型	基因表达数据	超过700个模拟和真实数据集
13192	2024-08-07	Spatial deconvolution of HER2-positive breast cancer delineates tumor-associated cell type interactions 2021-10-14, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-26271-2 PMID:34650042	研究论文	本研究利用空间转录组技术研究HER2阳性乳腺癌肿瘤中的空间基因表达，揭示肿瘤相关细胞类型的相互作用	首次通过空间转录组技术结合单细胞数据，绘制了肿瘤细胞与免疫细胞相互作用的高分辨率图谱，并构建了预测三级淋巴样结构的模型	NA	旨在通过空间基因表达分析，理解肿瘤细胞与免疫细胞的相互作用及其功能相关性	HER2阳性乳腺癌肿瘤	数字病理学	乳腺癌	空间转录组技术	预测模型	基因表达数据	NA
13193	2024-08-07	Building the mega single-cell transcriptome ocular meta-atlas 2021-10-13, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giab061 PMID:34651173	研究论文	本文开发了一个轻量级的R包（scPOP），用于整合批处理方法并平衡批处理合并与细胞类型/集群纯度，以创建大规模的眼部单细胞转录组元图谱。	提出了一个轻量级的R包scPOP，用于优化单细胞转录组数据的批处理整合，并展示了如何有效合并大量数据以创建元图谱。	文中未明确提及具体的局限性。	开发工具和方法以高效创建组织和细胞感兴趣的元图谱。	眼部单细胞转录组数据，涉及33个视网膜数据集和3个物种的766,615个细胞。	单细胞转录组技术	NA	单细胞转录组技术	NA	转录组数据	766,615个细胞，来自33个视网膜数据集和3个物种
13194	2024-08-07	Single-cell analysis of ploidy and the transcriptome reveals functional and spatial divergency in murine megakaryopoiesis 2021-10-07, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2021010697 PMID:34115843	研究论文	本文通过手动分离小鼠和人类供体的骨髓中CD41+巨核细胞，并基于倍性（2N-32N）进行单细胞RNA测序分析，揭示了巨核细胞在体内的分子、空间和功能异质性	发现了巨核细胞中与血小板生成、造血干细胞微环境相互作用和炎症反应相关的三个不同亚群，并揭示了一个可能作为新型免疫细胞的特殊巨核细胞亚群	NA	探索巨核细胞在体内的功能和空间异质性	小鼠和人类供体的骨髓中CD41+巨核细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠和人类供体的骨髓中CD41+巨核细胞
13195	2024-08-07	Single-cell analysis of patient-derived PDAC organoids reveals cell state heterogeneity and a conserved developmental hierarchy 2021-10-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-26059-4 PMID:34611171	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析，揭示了来自患者的PDAC类器官中细胞状态的异质性和保守的发育层次结构	首次展示了PDAC类器官中'经典'和'基底样'细胞的共存，并识别了跨患者共享的特定肿瘤细胞状态	NA	探索胰腺导管腺癌（PDAC）细胞状态的异质性和发育层次结构	PDAC类器官和原发性PDAC的单细胞转录组	数字病理学	胰腺癌	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	18个原发性肿瘤和两个匹配的肝转移
13196	2024-08-07	Characterization of human FDCs reveals regulation of T cells and antigen presentation to B cells 2021-10-04, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20210790 PMID:34424268	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和微阵列技术，首次提供了人类FDCs的转录组图谱，并验证了关键基因的表达	首次定义了人类FDCs的转录组，并发现了FDCs与T细胞之间的紧密联系	NA	揭示人类FDCs的转录组特征及其在T细胞调节和抗原呈递中的作用	人类FDCs	NA	NA	单细胞RNA测序，微阵列	NA	RNA	NA
13197	2024-08-07	Resolving the Spatial and Cellular Architecture of Lung Adenocarcinoma by Multiregion Single-Cell Sequencing 2021-10, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-20-1285 PMID:33972311	研究论文	本研究通过多区域单细胞RNA测序技术，分析了肺腺癌（LUAD）的空间和细胞结构，揭示了LUAD从正常肺组织到肿瘤区域的细胞系、状态和转录特征的空间演化。	首次通过多区域单细胞测序技术揭示了肺腺癌的空间生态系统和早期阶段的细胞群体、状态及表型，为早期干预提供了高潜力的靶点。	NA	揭示肺腺癌的空间和细胞结构，为肺腺癌的治疗提供新的靶点。	肺腺癌（LUAD）及其周围正常肺组织的空间和细胞结构。	数字病理学	肺腺癌	单细胞RNA测序	NA	细胞	186,916个细胞，来自五个早期肺腺癌和14个多区域正常肺组织
13198	2024-08-07	Islet β-cells physiological difference study of old and young mice based on single-cell transcriptomics 2021-Oct, Journal of diabetes investigation IF:3.1Q2 DOI:10.1111/jdi.13579 PMID:34003589	研究论文	本研究通过单细胞转录组学技术，比较了老年和年轻小鼠胰岛β细胞的生理差异	首次详细描述了老年和年轻小鼠胰岛β细胞的转录组变化，揭示了与细胞衰老相关的基因和转录因子	研究样本量较小，仅包括三只年轻和三只老年小鼠，可能影响结果的普遍性	探讨老年和年轻小鼠胰岛β细胞的生理差异及其转录组变化	老年和年轻小鼠的胰岛β细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	三只2.5个月大的年轻小鼠和三只20个月大的老年小鼠的胰腺样本
13199	2024-08-07	A joint deep learning model enables simultaneous batch effect correction, denoising, and clustering in single-cell transcriptomics 2021-10, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.271874.120 PMID:34035047	研究论文	本文介绍了一种名为CarDEC的联合深度学习模型，该模型能够在单细胞转录组学数据中同时进行批次效应校正、去噪和聚类	CarDEC模型能够在嵌入空间和基因表达空间中同时进行批次效应校正，并且比现有方法如Scanorama、DCA + Combat、scVI和MNN表现更优	NA	开发一种能够在单细胞RNA测序数据中同时进行批次效应校正、去噪和聚类的深度学习模型	单细胞RNA测序数据中的批次效应校正、去噪和聚类	机器学习	NA	单细胞RNA测序	深度学习模型	基因表达数据	涉及不同物种和组织的广泛评估
13200	2024-08-07	A machine learning method for the discovery of minimum marker gene combinations for cell type identification from single-cell RNA sequencing 2021-10, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.275569.121 PMID:34088715	研究论文	本文介绍了一种基于机器学习的标记基因选择算法NS-Forest 2.0，用于从单细胞RNA测序数据中发现最小的标记基因组合，以识别细胞类型	利用随机森林特征选择的非线性属性和二元表达评分方法，发现最优的标记基因表达组合	NA	开发一种新的机器学习方法，用于从单细胞RNA测序数据中选择标记基因，以定义和传播转录表型	人类大脑中颞回的细胞类型	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	随机森林	转录组数据	NA