单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1301	2025-05-07	Conventional and antibody-enhanced DENV infection of human macrophages induces differential immunotranscriptomic profiles 2025-Mar-18, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/jvi.01962-24 PMID:39902963	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究人类单核细胞衍生巨噬细胞在抗体依赖性增强（ADE）和常规感染条件下的转录组差异	首次在单细胞水平上揭示了ADE条件下DENV感染的转录组特征，并发现这些变化与细胞内病毒RNA负载无关	研究仅针对DENV-2血清型，且使用体外培养的单核细胞衍生巨噬细胞模型	阐明抗体依赖性增强（ADE）在登革病毒感染中的分子机制	人类单核细胞衍生巨噬细胞	转录组学	登革热	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	转录组数据	未明确说明样本数量的人类单核细胞衍生巨噬细胞
1302	2025-05-07	Integration of single-cell RNA sequencing and network pharmacology to elucidate the effect of Yantiao Formula on alleviating ALI by regulating the polarization of alveolar macrophages 2025-Mar-13, Journal of ethnopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.jep.2025.119436 PMID:39914692	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和网络药理学方法，探讨了炎调方（YTF）通过调节肺泡巨噬细胞极化缓解脓毒症诱导的急性肺损伤（ALI）的潜在分子机制	首次结合单细胞RNA测序、网络药理学和分子对接技术全面解析炎调方治疗ALI的作用机制，特别是其对巨噬细胞极化的调控作用	研究主要基于动物模型和体外细胞实验，尚未进行临床验证	探究炎调方治疗脓毒症诱导的急性肺损伤的分子机制	炎调方（YTF）及其对脓毒症诱导的急性肺损伤的治疗作用	网络药理学与单细胞组学	急性肺损伤/急性呼吸窘迫综合征	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、网络药理学分析、分子对接	CLP诱导的脓毒症模型、LPS诱导的NR8383细胞ALI模型	单细胞转录组数据、网络药理学数据、分子对接数据	未明确说明实验动物数量，但涉及596种YTF成分分析和1031个靶点预测
1303	2025-05-07	Blocking MIF secretion enhances CAR T-cell efficacy against neuroblastoma 2025-Mar-11, European journal of cancer (Oxford, England : 1990) DOI:10.1016/j.ejca.2025.115263 PMID:39908652	研究论文	本研究通过多组学方法识别神经母细胞瘤肿瘤微环境中的免疫抑制因子，并验证MIF作为关键靶点，通过PROTAC技术提升CAR T细胞疗效	首次揭示MIF在神经母细胞瘤TME中对CAR T细胞活化的抑制作用，并开发基于PROTAC的靶向治疗策略	研究主要基于体外和体内模型，临床转化效果需进一步验证	改善CAR T细胞疗法在神经母细胞瘤等实体瘤中的疗效	神经母细胞瘤肿瘤微环境及CAR T细胞	肿瘤免疫治疗	神经母细胞瘤	scRNA-seq, 质谱分析, PROTAC技术	NA	单细胞转录组数据, 质谱数据	24例神经母细胞瘤肿瘤样本及患者来源肿瘤模型
1304	2025-05-07	Single-cell RNA sequencing in autoimmune diseases: New insights and challenges 2025-Mar, Pharmacology & therapeutics IF:12.0Q1 DOI:10.1016/j.pharmthera.2025.108807 PMID:39894174	review	本文探讨了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在自身免疫性疾病研究中的新见解和挑战	利用scRNA-seq技术在单细胞水平上揭示转录多样性，为自身免疫性疾病的细胞异质性、病因、诊断、治疗和预后提供了新的理解	需要解决scRNA-seq技术的局限性以进一步推动研究进展	探索scRNA-seq在自身免疫性疾病研究中的应用及其潜力	自身免疫性疾病中的各种细胞类型	生物医学研究	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
1305	2025-05-07	Cardiomyocyte Foxp1-Specific Deletion Promotes Post-injury Heart Regeneration via Targeting Usp20-HIF1ɑ-Hand1 Signaling Pathway 2025-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202412124 PMID:39899693	研究论文	本研究揭示了Foxp1通过调控Usp20-HIF1ɑ-Hand1信号通路在心肌细胞增殖和心脏再生中的作用	首次发现Foxp1在出生后损伤心肌细胞增殖和心脏再生中的调控作用，并揭示了其通过代谢转换调控心肌细胞增殖的分子机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类心脏再生中进行验证	探究Foxp1在心肌细胞增殖和心脏再生中的作用及其分子机制	心肌细胞和心脏再生过程	心血管生物学	心血管疾病	单细胞转录组分析、腺相关病毒(AAV9)基因递送	基因敲除和功能获得小鼠模型	基因表达数据和功能实验数据	未明确说明具体样本数量，使用小鼠模型进行研究
1306	2025-05-07	Spatial transcriptomics identifies molecular niche dysregulation associated with distal lung remodeling in pulmonary fibrosis 2025-Mar, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-025-02080-x PMID:39901013	research paper	通过基于图像的空间转录组学分析，研究了肺纤维化（PF）中远端肺的结构和细胞组成变化	使用创新的细胞无关分析方法，识别了PF中出现的细胞类型及其空间定位，并建立了PF组织病理学特征的细胞和分子基础	研究仅基于35个独特的肺样本，样本量相对较小	揭示肺纤维化（PF）中远端肺重塑的分子机制	35个独特肺样本中的160万个细胞	digital pathology	lung cancer	spatial transcriptomics	machine learning	image	160万个细胞来自35个独特肺样本
1307	2025-05-07	GAMG alleviates liver fibrosis through inducing ferroptosis in inflammatory macrophages via the IRF1/SLC7A11 signaling pathway 2025-Mar, Redox biology IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.redox.2025.103509 PMID:39904190	研究论文	本研究探讨了GAMG通过IRF1/SLC7A11信号通路诱导炎症巨噬细胞铁死亡，从而缓解肝纤维化的机制	首次揭示了GAMG通过IRF1/SLC7A11轴诱导炎症巨噬细胞铁死亡的新机制，为肝纤维化治疗提供了新策略	研究主要基于小鼠模型，人体效果尚需进一步验证	探究GAMG对肝纤维化的治疗作用及其分子机制	肝纤维化小鼠模型和炎症巨噬细胞	分子生物学	肝纤维化	单细胞RNA测序、质谱代谢组学分析	动物模型（小鼠）	基因表达数据、代谢物数据	未明确说明具体数量的小鼠样本
1308	2025-05-07	Inhibition of glutathione peroxidase 4 suppresses gastric cancer peritoneal metastasis via regulation of RCC2 homeostasis 2025-Mar, Redox biology IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.redox.2025.103519 PMID:39908861	研究论文	本研究探讨了谷胱甘肽过氧化物酶4（GPx4）在胃癌腹膜转移中的作用及其分子机制	揭示了GPx4通过调节RCC2的稳态和泛素化降解来促进胃癌腹膜转移的新机制	研究主要基于体外和体内实验，临床样本验证仍需进一步扩大	探索胃癌腹膜转移的新治疗靶点	胃癌细胞及腹膜转移模型	癌症生物学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、蛋白质组学分析	NA	基因表达数据、蛋白质数据	回顾性临床样本及实验模型
1309	2025-05-07	Identification of a liver fibrosis and disease progression-related transcriptome signature in non-alcoholic fatty liver disease 2025-Mar, The international journal of biochemistry & cell biology DOI:10.1016/j.biocel.2025.106751 PMID:39909111	研究论文	本研究旨在建立一个转录组特征来区分非酒精性脂肪肝病（NAFLD）患者的轻度或晚期纤维化，并监测疾病进展	通过最小绝对收缩选择算子回归分析，识别出一个包含11个枢纽基因的特征，用于区分NAFLD患者的纤维化阶段和监测疾病进展	研究依赖于公共数据库中的转录组数据，可能受到样本来源和数量的限制	建立NAFLD相关肝纤维化和疾病进展的转录组特征	非酒精性脂肪肝病（NAFLD）患者	数字病理学	非酒精性脂肪肝病	转录组分析	最小绝对收缩选择算子回归	转录组数据	六个批量转录组图谱和三个批量及一个单细胞转录组数据
1310	2025-05-07	FLASH radiation reprograms lipid metabolism and macrophage immunity and sensitizes medulloblastoma to CAR-T cell therapy 2025-Mar, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-025-00905-6 PMID:39910249	研究论文	本文研究了FLASH放射治疗对髓母细胞瘤中肿瘤免疫的影响，特别是对巨噬细胞脂质代谢和CAR-T细胞治疗的增敏作用	揭示了FLASH放射通过重编程巨噬细胞脂质代谢来逆转肿瘤免疫抑制的新机制，并首次证明其能增强CAR-T细胞治疗的疗效	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	探索FLASH放射治疗对肿瘤免疫微环境的影响及其与CAR-T细胞治疗的协同作用	髓母细胞瘤小鼠模型中的肿瘤相关巨噬细胞和CAR-T细胞	肿瘤免疫治疗	髓母细胞瘤	单细胞转录组分析、FLASH质子束放射治疗	基因工程小鼠模型	转录组数据	NA
1311	2025-05-07	A comprehensive spatio-cellular map of the human hypothalamus 2025-Mar, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08504-8 PMID:39910307	研究论文	通过单核测序和空间转录组学技术，构建了人类下丘脑的全面空间细胞转录图谱'HYPOMAP'	首次结合单核测序和空间转录组学技术，对人类下丘脑进行全面的空间细胞转录图谱分析，并发现与BMI相关的基因	研究主要基于转录组数据，可能未涵盖所有细胞功能和神经环路	构建人类下丘脑的空间细胞转录图谱，并探索其与代谢等疾病的关系	人类下丘脑细胞	基因组学	代谢紊乱	单核测序、空间转录组学	NA	转录组数据	433,369个人类下丘脑细胞
1312	2025-05-07	SLC13A5 plays an essential role in the energy shift to oxidative phosphorylation in cisplatin-resistant mesothelioma stem cells 2025-Mar, Pathology international IF:2.5Q2 DOI:10.1111/pin.70001 PMID:39912507	research paper	该研究探讨了SLC13A5在顺铂耐药间皮瘤干细胞能量代谢向氧化磷酸化转变中的关键作用	揭示了SLC13A5通过调节代谢转变和信号通路增强间皮瘤干细胞的顺铂耐药性	研究主要基于体外实验和数据库分析，缺乏体内实验验证	探索靶向癌症干细胞的新型治疗方法	人类间皮瘤细胞系和间皮瘤干细胞样细胞	肿瘤生物学	间皮瘤	微阵列分析、scRNA-seq	水凝胶培养模型	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	人类间皮瘤细胞系和临床间皮瘤样本
1313	2025-05-07	Effects of maternal edible THC consumption on offspring lung growth and function in a rhesus macaque model 2025-Mar-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology DOI:10.1152/ajplung.00360.2024 PMID:39903192	研究论文	本研究探讨了母体食用THC对恒河猴后代肺生长和功能的影响	首次在恒河猴模型中研究了母体食用THC对后代肺发育和功能的长期影响，并揭示了相关的表观遗传调控机制	样本量较小，且仅研究了恒河猴模型，结果可能不完全适用于人类	评估产前THC暴露对后代肺发育和功能的潜在负面影响	恒河猴及其后代	生物医学研究	呼吸系统疾病	MRI、RNAseq、全基因组亚硫酸氢盐测序、空间RNAseq	恒河猴动物模型	影像数据、分子数据	接受THC或安慰剂处理的怀孕恒河猴及其后代
1314	2025-05-07	scRecover: Discriminating True and False Zeros in Single-Cell RNA-Seq Data for Imputation 2025-Feb-28, Statistics in medicine IF:1.8Q1 DOI:10.1002/sim.10334 PMID:39912305	研究论文	介绍了一种名为scRecover的新工具，用于区分单细胞RNA-seq数据中的真实零值和假零值，并进行有效的插补	提出了一种统计框架，能有效区分真实零值（基因未表达）和假零值（信号丢失），并开发了新的插补工具scRecover	需要与其他插补方法（如scImpute、SAVER和MAGIC）结合使用	提高单细胞RNA-seq数据中零值插补的准确性	单细胞RNA-seq数据中的零值	生物信息学	NA	单细胞RNA-seq	零膨胀负二项模型，Good和Toulmin模型的改进版	单细胞RNA-seq数据	NA
1315	2025-05-07	A single-cell and spatial wheat root atlas with cross-species annotations delineates conserved tissue-specific marker genes and regulators 2025-Feb-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115240 PMID:39893633	research paper	该研究构建了一个小麦根部的单细胞和空间转录组图谱，并通过跨物种注释鉴定了保守的组织特异性标记基因和调控因子	利用跨物种同源注释方法预测并验证了小麦根部细胞类型的标记基因，构建了细胞类型特异性基因调控网络	研究主要关注小麦根部，可能不适用于其他植物组织或物种	解决非模式植物物种中单细胞RNA测序数据注释的挑战，鉴定保守的组织特异性标记基因和调控因子	小麦根部组织，以及水稻、玉米和拟南芥的公开数据集	植物生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，空间转录组学	NA	单细胞RNA测序数据，空间转录组数据	土壤生长的小麦根部组织
1316	2025-05-07	Spatial transcriptomics-aided localization for single-cell transcriptomics with STALocator 2025-Feb-19, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2025.101195 PMID:39904340	研究论文	开发了一种名为STALocator的工具，用于将单细胞转录组数据定位到空间转录组数据中	STALocator能够将单细胞转录组数据与空间转录组数据结合，提高基因表达模式的空间分辨率，并预测全基因组基因表达数据	未明确提及具体限制	提高单细胞转录组数据的空间分辨率	人类大脑和鳞状细胞癌数据	生物信息学	鳞状细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学（ST）、Slide-seqV2、FISH、Xenium	STALocator	基因表达数据、空间数据	模拟数据、人类大脑和鳞状细胞癌数据
1317	2025-05-07	Inferring cell trajectories of spatial transcriptomics via optimal transport analysis 2025-Feb-19, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2025.101194 PMID:39904341	研究论文	介绍了一种名为SpaTrack的方法，通过最优传输分析整合细胞转录组和空间位置信息，重构细胞分化轨迹	利用最优传输方法将基因表达和空间位置信息整合到过渡成本中，从而重建细胞分化轨迹	NA	解决细胞转录组和空间位置信息整合以组织分化轨迹的挑战	空间转录组数据	生物信息学	NA	最优传输分析	SpaTrack	空间转录组数据	涉及蝾螈端脑再生和小鼠中脑发育的多个样本
1318	2025-05-07	In Vivo Time-Resolved Single-Cell RNA-Seq Reveals Chemotherapy-Induced Transcriptional Dynamics in Tumor Infiltrating Lymphocytes 2025-Feb-18, Analytical chemistry IF:6.7Q1 DOI:10.1021/acs.analchem.4c05648 PMID:39908452	research paper	该研究开发了一种名为scDyna-seq的时间分辨单细胞RNA测序方法，用于在体内应用中追踪基因表达的动态变化	开发了scDyna-seq方法，能够在体内环境中高效捕获新生RNA，并精确追踪基因表达动态，突破了传统方法仅限于体外研究的限制	研究主要基于小鼠膀胱癌模型，尚未在人类临床样本中验证	探索化疗药物在肿瘤浸润淋巴细胞中诱导的转录动态变化	肿瘤浸润淋巴细胞	单细胞测序技术	膀胱癌	scRNA-seq, 4-thiouridine (4sU)标记, scTCR-seq	小鼠膀胱癌模型	单细胞RNA测序数据	小鼠模型中的肿瘤浸润淋巴细胞
1319	2025-05-07	Spatially resolved transcriptomics reveal the determinants of primary resistance to immunotherapy in NSCLC with mature tertiary lymphoid structures 2025-Feb-18, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.101934 PMID:39909044	research paper	该研究通过空间转录组学揭示了非小细胞肺癌中成熟三级淋巴结构对免疫检查点抑制剂原发性耐药的决定因素	发现了两种特定的癌症相关成纤维细胞亚群在介导mTLS阳性NSCLC对ICIs的原发性耐药中的关键作用	研究样本量虽大(n=509)，但来自单一机构(BIP研究)，可能需要更多外部验证	探究mTLS阳性NSCLC患者对免疫治疗产生原发性耐药的机制	非小细胞肺癌患者(n=509)及其肿瘤微环境	digital pathology	lung cancer	spatial transcriptomics, multiplex immunofluorescence (mIF)	NA	transcriptomic data, immunofluorescence imaging	509名NSCLC患者
1320	2025-05-07	Kernel-bounded clustering for spatial transcriptomics enables scalable discovery of complex spatial domains 2025-Feb-14, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.278983.124 PMID:39909714	research paper	提出了一种名为核边界聚类（KBC）的新算法，用于处理空间转录组数据，以发现复杂的空间域	KBC是首个使用分布核来招募聚类成员的算法，能够发现不同密度、大小和形状的聚类，并且是一种线性时间聚类算法，显著提高了聚类分析的速度	未明确提及具体局限性	开发一种新的聚类算法，以更有效地处理大规模空间转录组数据集	空间转录组数据	machine learning	NA	Weisfeiler-Lehman scheme	KBC	spatial transcriptomics data	NA