单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1301	2025-05-04	Multiple-omics analysis of aggrephagy-related cellular patterns and development of an aggrephagy-related signature for hepatocellular carcinoma 2025-Apr-30, World journal of surgical oncology IF:2.5Q1 DOI:10.1186/s12957-025-03816-z PMID:40307857	研究论文	通过多组学分析聚集自噬相关细胞模式并开发肝细胞癌的聚集自噬相关特征	首次系统地分析了聚集自噬相关基因（AGGRGs）在肝细胞癌（HCC）中的调控机制和临床意义，并构建了风险预测模型	研究主要基于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	探索聚集自噬在肝细胞癌中的调控机制及其临床意义	肝细胞癌（HCC）患者及其肿瘤微环境中的细胞	癌症研究	肝细胞癌	RNA-seq, scRNA-seq, 组织微阵列	LASSO回归, 单细胞转录组分析	RNA测序数据, 单细胞转录组数据, 组织微阵列数据	TCGA和GEO数据库中的HCC患者数据
1302	2025-05-04	Universal fibroblasts across tissues can differentiate into niche cells for hematopoietic stem cells 2025-Apr-30, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115620 PMID:40315055	研究论文	本文证明了存在于所有组织中的通用成纤维细胞可以分化为造血干细胞（HSC）的特定生态位细胞	首次提供了直接证据，证明通用成纤维细胞可以在远距离位置分化为特定组织成纤维细胞，如CAR/LepR细胞	未明确说明通用成纤维细胞分化为特定生态位细胞的具体分子机制	研究通用成纤维细胞分化为造血干细胞生态位细胞的潜能	CD248通用成纤维细胞（来自肺、结肠和肌肉）和造血干细胞生态位细胞（CAR/LepR细胞）	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
1303	2025-05-04	A tumour necrosis factor-α responsive cryptic promoter drives overexpression of the human endogenous retrovirus ERVK-7 2025-Apr-30, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2025.108568 PMID:40316021	研究论文	本文揭示了人类内源性逆转录病毒ERVK-7在肺腺癌中的过表达机制及其调控方式	发现了ERVK-7的两个新转录本ERVK-7.long和ERVK-7.short，并阐明了它们在肺腺癌中的细胞类型特异性起源和炎症信号调控机制	研究主要关注肺腺癌，未广泛验证其他癌症类型中ERVK-7的调控机制	探究ERVK-7在肺腺癌中的过表达机制及其作为生物标志物和治疗靶点的潜力	人类内源性逆转录病毒ERVK-7及其在肺腺癌中的表达调控	分子生物学	肺腺癌	单细胞转录组测序、表观遗传图谱分析	NA	RNA测序数据、表观遗传数据	肺腺癌患者样本和小气道上皮细胞(SAECs)
1304	2025-05-04	Distinct transcriptional changes in hematopoietic progenitor subsets upon LPS-induced emergency granulopoiesis 2025-Apr-30, Experimental hematology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.exphem.2025.104792 PMID:40316244	研究论文	研究探讨了在LPS诱导的紧急粒细胞生成过程中，不同多能祖细胞（MPPs）的转录变化及其对粒细胞生成的影响	揭示了LPS暴露如何影响淋巴偏向的MPP4的移植能力，并通过单细胞RNA测序发现非谱系定向的MPPs向髓系和红系偏向祖细胞的转录重编程	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类或其他动物模型	探究在细菌感染模拟条件下，不同多能祖细胞在紧急粒细胞生成中的贡献	野生型小鼠中的多能祖细胞（MPPs）	免疫学	感染性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	控制组和LPS挑战组小鼠的MPPs
1305	2025-05-04	Unveiling the spatiotemporal strategies of plants in response to biotic and abiotic stresses:A comprehensive review 2025-Apr-29, Plant physiology and biochemistry : PPB IF:6.1Q1 DOI:10.1016/j.plaphy.2025.109967 PMID:40315636	review	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学（ST）在植物应对生物和非生物胁迫研究中的应用与发展	首次全面探讨了scRNA-seq和ST技术在植物环境胁迫细胞水平研究中的应用	未具体说明这些技术在特定植物种类或胁迫类型中的应用限制	解析植物在生物和非生物胁迫下的细胞特异性反应及细胞间复杂互作机制	植物细胞和组织	植物生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）, 空间转录组学（ST）	NA	基因表达数据, 空间转录组数据	NA
1306	2025-05-04	Low T cell diversity associates with poor outcome in bladder cancer: A comprehensive longitudinal analysis of the T cell receptor repertoire 2025-Apr-29, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102101 PMID:40315845	research paper	该研究探讨了膀胱癌患者T细胞受体（TCR）多样性与临床结果的关系	首次全面纵向分析了TCR库在膀胱癌中的临床意义，并发现低TCR多样性与不良预后相关	研究样本可能不足以代表所有膀胱癌患者亚群	评估TCR多样性作为膀胱癌预后生物标志物的潜力	膀胱癌患者的T细胞受体库	肿瘤免疫学	膀胱癌	单细胞测序	NA	基因序列数据	未明确说明具体样本数量，但包含早期和晚期膀胱癌患者
1307	2025-05-04	The janus face of astrocytes in multiple sclerosis: Balancing protection and pathology 2025-Apr-25, Brain research bulletin IF:3.5Q2 DOI:10.1016/j.brainresbull.2025.111356 PMID:40288545	review	本文综述了星形胶质细胞在多发性硬化症（MS）中的双重作用，探讨了其在疾病进展中的保护性和病理性功能	揭示了人类星形胶质细胞状态的连续性，超越了传统的A1/A2二分法，并探讨了星形胶质细胞-小胶质细胞串扰和代谢重编程在MS病理中的关键作用	将小鼠A1/A2概念转化为人类MS研究存在挑战，人类星形胶质细胞表现出异质性和环境依赖性反应	探讨星形胶质细胞在MS中的双重作用及其治疗潜力	星形胶质细胞及其在多发性硬化症中的作用	神经科学	多发性硬化症	单细胞转录组学、空间转录组学、空间多组学	NA	转录组数据	NA
1308	2025-05-04	Dissecting the immune landscape in pediatric high-grade glioma reveals cell state changes under therapeutic pressure 2025-Apr-25, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102095 PMID:40315846	研究论文	通过单细胞RNA测序和空间转录组学对儿童高级别胶质瘤的免疫景观进行全面分析	揭示了儿童与成人胶质瘤免疫微环境的差异，以及癌症治疗后免疫抑制环境的显著变化	研究样本可能有限，未涉及所有类型的儿童高级别胶质瘤	理解儿童高级别胶质瘤的免疫微环境差异及其对治疗反应的影响	儿童弥漫性高级别胶质瘤（HGG）或高级别室管膜瘤患者的恶性细胞、髓系细胞和T细胞	数字病理学	儿童高级别胶质瘤	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	转录组数据	匹配的恶性、髓系和T细胞样本，具体数量未明确
1309	2025-05-04	TransAnno-Net: A Deep Learning Framework for Accurate Cell Type Annotation of Mouse Lung Tissue Using Self-supervised Pretraining 2025-Apr-24, Computer methods and programs in biomedicine IF:4.9Q1 DOI:10.1016/j.cmpb.2025.108809 PMID:40315689	research paper	提出了一种基于自监督预训练的深度学习框架TransAnno-Net，用于小鼠肺组织单细胞RNA测序数据的准确细胞类型注释	结合自监督预训练和Transformer架构，显著减少标注成本并提高模型效率和可迁移性	仅在小鼠肺组织数据上验证，未在其他物种或组织类型上广泛测试	开发高效准确的单细胞RNA测序数据细胞类型注释方法	小鼠肺组织的单细胞RNA测序数据	digital pathology	lung cancer	scRNA-seq	Transformer	RNA测序数据	约100,000个细胞
1310	2025-05-04	Identification and validation of biomarkers in Alzheimer's disease based on machine learning algorithms and single-cell sequencing analysis 2025-Apr-23, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2025.108475 PMID:40315768	研究论文	通过机器学习算法和单细胞测序分析，识别并验证了阿尔茨海默病的生物标志物	结合机器学习算法和单细胞测序技术，系统识别并验证了SCG3作为阿尔茨海默病早期诊断的生物标志物	样本量相对较小，且仅基于公开数据集和动物实验验证，未涉及大规模临床验证	识别和验证阿尔茨海默病的潜在诊断标志物	阿尔茨海默病患者和正常对照的基因表达数据	机器学习	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序、免疫荧光检测	LASSO、SVM-RFE、Random forest	基因表达数据	295个样本（153例AD患者和142例正常对照）
1311	2025-05-04	High-resolution single-cell RNA-seq data and heterogeneity analysis of human ESCs and ffEPSCs 2025-Apr-22, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-025-05024-6 PMID:40263373	research paper	本研究通过单细胞RNA测序技术对人类无饲养层扩展多能干细胞(ffEPSCs)及其亲本人类胚胎干细胞(ESCs)进行了全面的转录组分析，为理解人类早期发育和多能性的细胞异质性提供了新见解	利用Smart-seq2单细胞RNA测序技术比较了ESCs和ffEPSCs的基因表达谱，发现了两种细胞群中的不同亚群，并通过伪时间分析揭示了从ESCs向ffEPSCs转变的关键分子通路	NA	深入理解人类早期多能性和扩展多能状态的分子机制	人类无饲养层扩展多能干细胞(ffEPSCs)和人类胚胎干细胞(ESCs)	stem cell biology	NA	Smart-seq2-based single-cell RNA sequencing (scRNA-seq), pseudotime analysis, repeat sequence analysis	NA	single-cell RNA-seq data	NA
1312	2025-05-04	Single-cell Rapid Capture Hybridization sequencing reliably detects isoform usage and coding mutations in targeted genes 2025-Apr-14, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279322.124 PMID:39794120	research paper	开发了一种名为scRaCH-seq的单细胞快速捕获杂交测序方法，用于高特异性和高效地捕获目标转录本，以深入分析感兴趣基因的突变状态和转录本使用情况	scRaCH-seq方法结合了长读长测序技术，能够高效捕获目标转录本，并可与现有的短读长RNA-seq数据集结合分析	尽管能够高效捕获目标转录本，但该方法在抗癌药物venetoclax敏感性方面未显示出影响	开发一种高效的单细胞测序方法，用于分析目标基因的突变状态和转录本使用情况	慢性淋巴细胞白血病（CLL）患者的样本	单细胞基因组学	慢性淋巴细胞白血病	scRaCH-seq, 长读长测序, Oxford Nanopore Technologies	NA	RNA-seq数据	慢性淋巴细胞白血病（CLL）患者的样本
1313	2025-05-04	Long-read single-cell RNA sequencing enables the study of cancer subclone-specific genotypes and phenotypes in chronic lymphocytic leukemia 2025-Apr-14, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279049.124 PMID:39965935	研究论文	本研究利用长读长单细胞RNA测序技术（MAS-seq）研究慢性淋巴细胞白血病（CLL）中癌症亚克隆的基因型和表型	使用长读长单细胞RNA测序技术（MAS-seq）显著提高转录本覆盖范围，并扩展了将细胞与癌症亚克隆联系起来的信息突变集	研究样本量较小，仅涉及六名CLL患者	研究携带特定突变的癌症亚克隆，并确定这些亚克隆是否表现出独特的转录组行为	慢性淋巴细胞白血病（CLL）患者中的癌症亚克隆	数字病理学	慢性淋巴细胞白血病	长读长单细胞RNA测序（MAS-seq），单细胞RNA测序（scRNA-seq）	scBayes	RNA测序数据	六名CLL患者
1314	2025-05-04	Integrating short-read and long-read single-cell RNA sequencing for comprehensive transcriptome profiling in mouse retina 2025-Apr-14, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279167.124 PMID:40050124	研究论文	本研究通过整合短读长和长读长单细胞RNA测序技术，全面分析了小鼠视网膜细胞的转录组	首次系统比较了单细胞长读长和传统短读长RNA测序技术，发现了大量未表征的转录本异构体	研究仅限于小鼠视网膜细胞，未涉及其他组织或人类样本	建立高效的转录本异构体表征方法，研究视网膜生物学中的可变剪接机制	小鼠视网膜细胞	转录组学	NA	单细胞RNA测序（短读长Illumina和长读长ONT技术）	NA	RNA测序数据	约30,000个小鼠视网膜细胞，包含15.4亿条Illumina短读长和14亿条ONT长读长数据
1315	2025-05-04	Accurate fusion transcript identification from long- and short-read isoform sequencing at bulk or single-cell resolution 2025-Apr-14, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279200.124 PMID:40086881	研究论文	开发了一种新的计算工具CTAT-LR-Fusion，用于从长读RNA测序中检测融合转录本，适用于批量或单细胞转录组	CTAT-LR-Fusion工具能够从长读RNA测序中高精度检测融合转录本，且支持批量或单细胞样本	未明确提及具体限制，但可能依赖于长读测序技术的可用性和数据质量	提高融合转录本检测的准确性，以支持癌症临床诊断、预后和治疗开发	批量或单细胞转录组数据，包括九种肿瘤细胞系和来自黑色素瘤及三种转移性高级别浆液性卵巢癌样本的肿瘤单细胞	生物信息学	癌症（包括黑色素瘤和卵巢癌）	长读RNA测序（可能包括ONT或PacBio）和短读RNA测序（Illumina）	CTAT-LR-Fusion（专有计算工具）	RNA测序数据	九种肿瘤细胞系的批量转录组数据，以及来自黑色素瘤和三种转移性高级别浆液性卵巢癌样本的单细胞数据
1316	2025-05-04	Single-cell transcriptome analysis revealing mechanotransduction via the Hippo/YAP pathway in promoting fibroblast-to-myofibroblast transition and idiopathic pulmonary fibrosis development 2025-Apr-05, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2025.149271 PMID:39855369	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示机械转导通过Hippo/YAP途径促进成纤维细胞向肌成纤维细胞转变及特发性肺纤维化发展的分子机制	揭示了机械转导通过Hippo/YAP途径在肌成纤维细胞转化和特发性肺纤维化发展中的关键作用	研究主要基于体外细胞实验，未涉及动物模型验证	探索特发性肺纤维化发展的潜在分子机制	特发性肺纤维化患者的肺组织样本和健康个体的样本	数字病理	特发性肺纤维化	单细胞转录组测序、GO和KEGG富集分析、免疫荧光定位	NA	转录组数据、单细胞测序数据	IPF患者和健康个体的肺组织样本
1317	2025-05-04	Comparison of Lean, Obese, and Weight-Loss Models Reveals TREM2 Deficiency Attenuates Breast Cancer Growth Uniquely in Lean Mice and Alters Clonal T-cell Populations 2025-Apr-03, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-3511 PMID:39841585	research paper	本研究探讨了肥胖、瘦身和体重减轻模型下TREM2缺陷对绝经后乳腺癌生长的影响，并揭示了TREM2缺陷在瘦小鼠中独特地抑制肿瘤生长的机制	揭示了TREM2缺陷在瘦小鼠中独特抑制肿瘤生长的机制，并发现体重历史影响TREM2抑制和抗PD-1治疗的疗效	研究局限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨肥胖与乳腺癌关联的机制及体重减轻的潜在益处	瘦、肥胖和体重减轻的小鼠模型	肿瘤免疫学	乳腺癌	单细胞RNA测序、可变-多样-连接测序（VDJ测序）	小鼠模型	RNA测序数据、免疫细胞数据	多种饮食-基因型组合的小鼠样本
1318	2025-05-04	Hypoxia Promotes Malignant Progression of Colorectal Cancer by Inducing POSTN+ Cancer-Associated Fibroblast Formation 2025-Apr, Molecular carcinogenesis IF:3.0Q2 DOI:10.1002/mc.23882 PMID:39835715	research paper	该研究探讨了缺氧如何通过诱导POSTN+癌症相关成纤维细胞（CAF）的形成促进结直肠癌（CRC）的恶性进展	识别了与缺氧密切相关的POSTN+Fib CAF亚群，并开发了POSTNFib缺氧相关风险模型（PFHRM）用于预测CRC患者的生存和免疫治疗反应	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证	探索缺氧对结直肠癌免疫微环境的调控机制	结直肠癌患者和癌症相关成纤维细胞	digital pathology	colorectal cancer	bulk RNA sequencing, scRNA-seq, bioinformatics analysis	machine learning correlation model	RNA sequencing data, clinicopathological information	来自TCGA和GEO数据库的CRC患者数据
1319	2025-05-04	Spatial transcriptomics and single-cell RNA-sequencing revealed dendritic cell-mediated inflammation in keratoconus 2025-Apr, The ocular surface DOI:10.1016/j.jtos.2025.01.008 PMID:39837422	研究论文	本研究利用空间转录组学和单细胞RNA测序技术揭示了树突状细胞介导的炎症在圆锥角膜中的作用	首次结合空间转录组学和单细胞RNA测序技术揭示了圆锥角膜中复杂的区域性炎症变化及树突状细胞与基质细胞的相互作用机制	研究主要关注炎症机制，可能未全面覆盖圆锥角膜的其他病理因素	探究圆锥角膜的分子和细胞变化机制，特别是炎症反应的作用	圆锥角膜患者的角膜组织	数字病理学	圆锥角膜	空间转录组学, 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据	未明确说明样本数量
1320	2025-05-04	Astragalus polysaccharide reduces the severity of acute pancreatitis under a high-fat diet through enriching L. reuteri and propionate 2025-Apr, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.140021 PMID:39837455	研究论文	研究黄芪多糖在高脂饮食下通过富集罗伊氏乳杆菌和丙酸盐减轻急性胰腺炎严重程度的作用机制	揭示了黄芪多糖通过调节肠道菌群和抑制NF-κB/坏死性凋亡通路减轻急性胰腺炎的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	探究黄芪多糖对高脂饮食诱导的急性胰腺炎的保护作用及其机制	高脂饮食诱导的急性胰腺炎小鼠模型	消化系统疾病研究	急性胰腺炎	单细胞RNA测序	小鼠疾病模型	分子生物学数据、微生物组数据	未明确提及具体样本数量，使用小鼠模型