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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1301 | 2026-06-25 |
Mapping and engineering the human cell-cell interactome
2026-Jun-23, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-026-03177-2
PMID:42337362
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评论 | 提出绘制和工程化人类细胞-细胞相互作用组的倡议,旨在系统理解细胞间如何协同调控组织功能 | 首次提出‘十亿细胞×细胞项目’,系统刻画不同细胞类型与条件下已定义细胞对的相互作用结果 | 未提及具体技术挑战或潜在局限性 | 构建人类细胞之间通信的功能图谱,并推动治疗学发现 | 人类主要细胞类型及其相互作用 | NA | NA | NA | NA | NA | 计划包含十亿个细胞对 | NA | 单细胞转录组学, 空间图谱技术 | NA | NA |
| 1302 | 2026-06-25 |
Benchmarking DNA barcode decoding strategies under high error rates
2026-Jun-23, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-026-06540-x
PMID:42337406
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研究论文 | 比较了三种DNA条形码解码策略在高错误率条件下的性能表现 | 首次在高错误率光刻合成条形码场景下系统评估了Columba、QUIK和RandomBarcodes三种解码策略的性能,并提出34-36 nt条形码长度以实现超高准确率 | 未说明 | 在10-20%核苷酸错误率条件下,评估不同DNA条形码解码方法的准确性、速度和可扩展性 | 光刻合成的高密度条形码阵列数据(模拟和真实测序数据) | 机器学习 | NA | DNA条形码解码 | FM索引、GPU加速k-mer过滤、三体分选算法 | 序列数据 | 模拟数据集覆盖21,000-85,000条条形码;真实数据集来自42,000点亚阵列,条形码长度28-36 nt | NA | NA | NA | NA |
| 1303 | 2026-06-25 |
Gnao1 acts as a gatekeeper to alleviate neuropathic pain by silencing pro-nociceptive signaling cascades
2026-Jun-23, The journal of headache and pain
IF:7.3Q1
DOI:10.1186/s10194-026-02436-6
PMID:42337441
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research paper | 本研究探讨了Gnao1基因编码的Gαo蛋白在神经病理性疼痛中的调控作用及其作为非阿片类镇痛靶点的潜力 | 首次揭示Gnao1通过沉默促伤害性信号级联充当神经病理性疼痛的守门人负调控因子,并提出其作为非阿片类镇痛靶点的新方向 | 未明确提及临床相关性与长期应用效果 | 阐明Gnao1在神经病理性疼痛中的作用机制及其作为治疗靶点的可能性 | 小鼠脊髓、背根神经节、BV2小胶质细胞和原代DRG神经元 | machine learning | neuropathic pain | spatial transcriptomics, bulk RNA-seq, AAV介导过表达与敲降, 行为测试, 免疫组化, 蛋白印迹 | NA | spatial transcriptomics, bulk RNA-seq, 行为学数据 | 小鼠模型(具体数量未明确) | 10x Genomics, Illumina | spatial transcriptomics, bulk RNA-seq | 10x Visium, Illumina NovaSeq | 10x Visium用于空间转录组学文库构建,Illumina NovaSeq用于RNA测序 |
| 1304 | 2026-06-25 |
H3K18 lactylation promotes allergic airway inflammation in asthma via a CSF1/CSF1R/MAPK autocrine axis
2026-Jun-23, Respiratory research
IF:4.7Q1
DOI:10.1186/s12931-026-03781-5
PMID:42337539
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研究论文 | 本研究揭示了哮喘中糖酵解诱导的组蛋白H3K18乳酸化修饰通过CSF1/CSF1R/MAPK自分泌轴促进过敏性气道炎症的机制 | 首次发现组蛋白H3K18乳酸化修饰在哮喘气道炎症中的功能角色,并阐明其通过CSF1/CSF1R/MAPK自分泌正反馈轴驱动上皮细胞代谢重编程与炎症持续激活的分子机制 | 未明确提及研究局限性 | 探究糖酵解来源的组蛋白乳酸化修饰在哮喘气道炎症中的分子机制及潜在治疗靶点 | 哮喘患者的气道上皮细胞标本及单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 哮喘 | scRNA-seq, ChIP-seq, RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 临床标本(具体数量未报告) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1305 | 2026-06-25 |
A novel EGR1-driven GLUL/mTOR axis regulates macropinocytosis-mediated crosstalk in pancreatic stellate cell-cancer metastasis
2026-Jun-23, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-026-08479-2
PMID:42337536
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研究论文 | 揭示EGR1驱动的GLUL/mTOR轴通过抑制胰腺星状细胞活化及癌细胞巨胞饮作用,调控胰腺癌肝转移的新机制 | 首次发现EGR1作为转录因子直接调控GLUL表达,并通过mTOR信号通路抑制胰腺星状细胞活化,进而减少癌细胞的巨胞饮营养摄取和肝转移 | 未提及具体局限性 | 探索胰腺星状细胞与癌细胞之间新型转录调控通路,特别是通过巨胞饮作用影响营养获取和肝转移的机制 | 胰腺星状细胞、胰腺癌细胞及肝转移相关的细胞间相互作用 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序、ChIP、EMSA、荧光素酶报告基因检测、免疫印迹 | NA | 单细胞转录组数据、分子生物学数据 | 人胰腺癌组织样本(数量未明确)及小鼠胰腺癌肝转移模型 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium 单细胞3'测序 |
| 1306 | 2026-06-25 |
Multi-omics integration and clinical validation identify CKAP2 as a diagnostic biomarker for bladder cancer
2026-Jun-23, World journal of surgical oncology
IF:2.5Q1
DOI:10.1186/s12957-026-04464-7
PMID:42337544
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研究论文 | 通过多组学整合与临床验证,确定CKAP2为膀胱癌的诊断生物标志物 | 首次结合多组学分析、孟德尔随机化与独立的临床队列验证,系统性确定CKAP2在膀胱癌诊断中的价值及其在肿瘤微环境中的作用 | 未明确提及局限,但可能受限于样本量(127例组织样本)及缺乏更广泛的验证 | 鉴定并严格验证CKAP2作为膀胱癌的诊断生物标志物 | 膀胱癌组织和正常组织样本 | 计算机视觉, 自然语言处理, 机器学习 | 膀胱癌 | RNA测序, 单细胞RNA测序, 多组学分析, 孟德尔随机化 | 逻辑回归, 机器学习特征选择 | 基因表达数据, 临床样本数据 | 127例组织样本(包括50对匹配肿瘤与癌旁组织、21例独立肿瘤组织和6例独立癌旁组织) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1307 | 2026-06-25 |
Self-supervised graph contrastive learning for scRNA-seq clustering
2026-Jun-23, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-026-08450-1
PMID:42337558
|
研究论文 | 提出一种自监督图对比学习框架SSGL,用于提升单细胞RNA测序数据聚类的准确性和稳定性 | 创新点在于联合利用双随机基因掩码的增强视图、内在细胞间关系以及伪标签引导的图精化策略,在图对比学习框架中实现鲁棒表示学习 | 文中未明确提及局限性,可能包括对超参数的敏感性或计算复杂度较高 | 开发一种自监督图对比学习框架,通过联合增强视图、内在细胞间关系和伪标签引导的图精化来提高scRNA-seq聚类鲁棒性和生物学可解释性 | 公共scRNA-seq基准数据集,涵盖不同组织和测序平台 | 计算机视觉 | NA | 单细胞RNA测序 | 图对比学习 | 基因表达矩阵 | 八个公共scRNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1308 | 2026-06-25 |
Late-stage dedifferentiation and epigenetic memory of cancer stem cells in hepatocellular carcinoma
2026-Jun-23, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-026-08494-3
PMID:42337581
|
研究论文 | 通过单细胞测序和多组学分析,揭示了肝细胞癌中肿瘤干细胞通过晚期去分化产生,并存在表观遗传记忆现象 | 首次通过单细胞证据证明肝细胞癌中肿瘤干细胞是晚期去分化产物而非初始肿瘤起始细胞,并发现其表观遗传记忆维持干细胞特性 | 主要基于公开数据集和有限患者样本,未在独立大规模队列中验证核心印记风险评分 | 探究肝细胞癌中肿瘤干细胞起源:是肿瘤起始细胞还是晚期去分化产物 | 肝细胞癌患者样本、Huh7细胞系及组织芯片 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序、靶向亚硫酸盐测序、多重免疫荧光 | NA | 单细胞转录组数据、基因组变异数据、表观基因组数据 | 44名患者的109个样本共410,608个细胞,外加2名患者EpCAM富集样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1309 | 2026-06-25 |
Spatial architecture of the melanoma immune niche reveals CORO1A as a functional hub for T cell cytotoxicity and immunotherapy synergy
2026-Jun-23, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-026-08435-0
PMID:42337596
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研究论文 | 通过单细胞和空间转录组学整合分析,揭示了黑色素瘤免疫微环境的空间结构,并确定CORO1A为T细胞细胞毒性和免疫治疗协同作用的功能枢纽 | 首次在空间水平上解析黑色素瘤免疫微环境的两大区域(免疫区和黑色素细胞区),并发现CORO1A作为免疫微环境中的关键调控因子,其敲低可与抗PD-1治疗协同抑制肿瘤生长 | 未明确提及具体局限性 | 明确黑色素瘤肿瘤微环境的空间结构,并识别决定抗肿瘤免疫和免疫检查点阻断反应的关键分子调控因子 | 黑色素瘤肿瘤微环境中的免疫细胞和黑色素细胞 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞转录组测序、空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据、空间转录组数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | NA |
| 1310 | 2026-06-25 |
PD-L1-targeted OMV priming licenses myeloid co-stimulation and chemokine circuits to potentiate CAR-T therapy in advanced-stage solid tumors
2026-Jun-23, Journal of nanobiotechnology
IF:10.6Q1
DOI:10.1186/s12951-026-04722-6
PMID:42337606
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研究论文 | 利用PD-L1靶向细菌外膜囊泡预处理来重塑肿瘤微环境,增强CAR-T疗法在晚期实体瘤中的疗效 | 首次将PD-L1靶向的细菌外膜囊泡(OMV)作为CAR-T预处理的模块化平台,通过重塑髓系细胞区室和增强肿瘤内共刺激信号,实现剂量递减CAR-T治疗的强大抗肿瘤效果 | 未提及相关局限性 | 探索通过OMV预处理重编程实体瘤免疫微环境以增强CAR-T疗法的策略 | 晚期实体瘤小鼠模型及其肿瘤微环境 | 数字病理学 | 实体瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 多个同源小鼠模型样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 1311 | 2026-06-25 |
Laser-induced skin microenvironment remodeling via exosomal CEBPA-mediated crosstalk between keratinocyte and fibroblast
2026-Jun-23, Journal of nanobiotechnology
IF:10.6Q1
DOI:10.1186/s12951-026-04709-3
PMID:42337624
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示激光治疗后角朊细胞与成纤维细胞间的外泌体CEBPA介导的微环境重塑机制 | 首次系统描绘激光治疗后早期皮肤微环境中的细胞特化与细胞间通讯机制,发现角朊细胞亚群通过富含CEBPA的外泌体调控成纤维细胞活性,并通过YAP/TAZ通路促进自身增殖 | 未明确提及限制,但可能包括样本量有限、仅关注早期阶段、体内验证不足等 | 阐明激光治疗诱导皮肤重塑早期阶段的细胞特化与细胞间通讯机制 | 激光处理与未处理的人类皮肤组织 | 数字病理学 | 皮肤老化 | 单细胞RNA测序 | 不适用 | 单细胞转录组数据 | 激光处理与未处理的皮肤样本(具体数量未提及) | 不适用 | 单细胞RNA测序 | 不适用 | 不适用 |
| 1312 | 2026-06-25 |
Tumor-derived progranulin promotes macrophage cholesterol efflux and associated immunosuppressive features in oral squamous cell carcinoma
2026-Jun-23, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-026-08422-5
PMID:42337741
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research paper | 本研究通过单细胞RNA测序等手段揭示了口腔鳞状细胞癌中肿瘤来源的颗粒蛋白前体通过调控巨噬细胞胆固醇外流促进免疫抑制特征的作用机制 | 首次鉴定出口腔鳞状细胞癌中高表达PGRN的恶性上皮细胞亚群,并阐明其通过SORT1-PPARγ-LXRα-ABCA1/ABCG1信号轴调控巨噬细胞胆固醇外流及免疫抑制表型 | 临床样本量较小(3例OSCC原发肿瘤),且免疫抑制特征的临床相关性尚需进一步验证 | 阐明口腔鳞状细胞癌中肿瘤来源的PGRN调控巨噬细胞胆固醇外流及相关免疫抑制特征的分子机制 | 口腔鳞状细胞癌原发肿瘤样本及头颈部鳞状细胞癌相关公共数据集中的巨噬细胞 | digital pathology | oral squamous cell carcinoma | scRNA-seq, genetic knockdown, pharmacologic inhibition, PPARγ signaling activation | NA | 单细胞转录组数据 | 3例OSCC原发肿瘤,77例HNSCC相关公共数据集样本 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 1313 | 2026-06-25 |
Single-cell transcriptomics unveils pyroptosis-related immune microenvironment dynamics and prognostic modeling in esophageal squamous cell carcinoma
2026-Jun-23, Journal of cardiothoracic surgery
IF:1.5Q3
DOI:10.1186/s13019-026-04474-2
PMID:42337781
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研究论文 | 通过单细胞转录组学揭示食管鳞状细胞癌中焦亡相关的免疫微环境动态及预后模型构建 | 首次利用单细胞RNA测序整合7例食管癌组织和1例正常对照,系统解析了焦亡相关基因在食管癌免疫微环境中的动态变化,并构建了基于GSDMB和CYCS的双基因焦亡相关预后模型 | 预后模型在外部验证集GSE53625中表现有限,该模型应视为探索性预后特征而非经临床验证的预测工具 | 表征食管癌中焦亡相关的免疫机制并构建临床预测模型以改进预后评估 | 食管鳞状细胞癌组织及正常对照组织中的免疫细胞亚群 | 机器学习和数字病理学 | 食管鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 预后模型(基于GSDMB和CYCS的双基因模型) | 单细胞转录组数据和批量转录组数据 | 7例食管癌组织及1例正常对照组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1314 | 2026-06-25 |
Single-Cell Transcriptomic Landscape of Smoking-Related Periodontitis
2026-Jun-23, Oral diseases
IF:2.9Q1
DOI:10.1111/odi.70392
PMID:42338007
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序技术揭示吸烟相关牙周炎的细胞组成和分子微环境特征 | 首次在单细胞水平描绘吸烟相关牙周炎的细胞图谱,并发现CXCR6+调节性T细胞与衰老上皮细胞通过CXCL16-CXCR6轴及CD2-CD58相互作用的致病机制 | 样本数量较少(健康对照2例、牙周炎2例、吸烟相关牙周炎3例),后续需扩大样本量验证 | 阐明吸烟相关牙周炎的细胞组成和分子微环境特征 | 牙周组织样本(健康对照、牙周炎患者、吸烟相关牙周炎患者) | 数字病理学 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 健康对照2例、牙周炎2例、吸烟相关牙周炎3例 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 试剂盒 |
| 1315 | 2026-06-25 |
Single-Cell Transcriptomics in Triple-Negative Breast Cancer: Implications for Radionuclide Therapy in Precision Oncology
2026-Jun-23, Cancer biotherapy & radiopharmaceuticals
DOI:10.1177/10849785261458513
PMID:42338131
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研究论文 | 利用单细胞转录组学解析三阴性乳腺癌的异质性,并识别与放射性核素治疗相关的潜在分子靶点 | 首次将单细胞转录组学与孟德尔随机化分析结合,系统鉴定三阴性乳腺癌中放射性核素治疗相关的风险基因和保护基因,为精准肿瘤学提供新策略 | 研究仅基于公开数据集GSE155109,样本量有限,且缺乏体内实验验证,结果需进一步临床验证 | 阐明三阴性乳腺癌的基因表达特征和细胞异质性,为放射性核素治疗提供分子靶点和理论依据 | 三阴性乳腺癌肿瘤微环境中的细胞群体,包括内皮细胞、基质细胞和恶性细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序、孟德尔随机化分析、qRT-PCR | UMAP、扩散伪时间分析 | 单细胞转录组数据 | 公开数据集GSE155109,样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基于GSE155109数据集的单细胞转录组分析,使用Scanpy进行质控和聚类 |
| 1316 | 2026-06-25 |
Multi-omics analyses reveal BPA accelerates glioma progression via cell cycle dysregulation
2026-Jun-22, Environmental pollution (Barking, Essex : 1987)
DOI:10.1016/j.envpol.2026.128624
PMID:42331244
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研究论文 | 通过多组学分析揭示双酚A通过细胞周期失调加速胶质瘤进展 | 首次整合多组学分析与实验验证,阐明环境内分泌干扰物BPA通过结合细胞周期相关蛋白促进胶质瘤恶性进展的新机制 | 未明确具体样本量及临床验证数据,部分靶点预测依赖计算模型 | 探究BPA对胶质瘤恶性进展的影响及其分子机制 | BPA的潜在靶点、胶质瘤相关基因、单细胞RNA测序数据 | 计算机视觉 | 胶质瘤 | 单细胞RNA测序、分子对接、机器学习 | 机器学习模型 | 基因表达数据、单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1317 | 2026-06-25 |
Hierarchical classification of immune cell transcriptomes at population-scale
2026-Jun-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.30.728980
PMID:42282793
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研究论文 | 提出了一种基于分层分类的免疫细胞转录组分析方法,应用于大规模人群研究 | 构建了独立的统一专家注释资源Suco和模块化分层分类器Compocyte,显著优于现有分类器,并能在大规模人群中识别新的免疫细胞亚型 | 依赖专家注释的准确性和可重复性,可能无法涵盖所有稀有细胞类型 | 实现大规模单细胞RNA测序数据的免疫细胞自动准确分类 | 从3965名患者中提取的1560万个白细胞 | 计算机视觉 | 肿瘤免疫、细胞因子释放综合征、转移性疾病 | 单细胞RNA测序 | 分层分类器 | 单细胞转录组数据 | 3965名患者的1560万个白细胞,来自50项研究(含3个新生成数据集) | 未提及 | 单细胞RNA测序 | 未提及 | 未提及 |
| 1318 | 2026-06-25 |
Protocol for identifying recirculating thymic regulatory T cells and characterizing the role of Eos in their function using scRNA-seq and TCR-seq
2026-Jun-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2026.104620
PMID:42258356
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研究论文 | 提供一种使用单细胞RNA测序和TCR测序鉴定小鼠胸腺再循环调节性T细胞并表征Eos在其功能中作用的实验方案 | 首次提出基于单细胞RNA测序和TCR测序数据的精细分类方法,用于鉴定胸腺再循环调节性T细胞并揭示Eos转录因子在其中的功能作用 | 仅基于小鼠模型,缺乏人类样本验证;方案依赖特定实验设备和计算分析流程 | 建立鉴定胸腺再循环调节性T细胞并研究Eos在它们功能中作用的实验方案 | 小鼠胸腺中的再循环调节性T细胞及Eos转录因子 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序、TCR测序、流式细胞术、磁珠分选 | NA | 单细胞基因表达数据、TCR序列数据 | 小鼠胸腺细胞样本(具体数量未在摘要中提及) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序、单细胞TCR测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 试剂盒及TCR测序试剂盒 |
| 1319 | 2026-06-25 |
Lamprey 3D single-cell transcriptomics reveals ancestral and specialized features of the vertebrate brain
2026-Jun-18, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.aea2535
PMID:42313957
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研究论文 | 利用空间转录组学和单核RNA测序,构建了七鳃鳗大脑的三维分子图谱,揭示了脊椎动物大脑的祖先特征和特化特征 | 首次从三维分子层面解析了七鳃鳗大脑的细胞结构,并通过跨物种比较揭示了脊椎动物大脑的保守组织蓝图和谱系特异的神经元分化 | 未明确提及,可能包括样本数量、跨物种比较的深度或技术本身的局限性 | 阐明脊椎动物大脑进化的祖先特征和谱系特化的细胞机制 | 七鳃鳗大脑的细胞类型和空间组织 | 数字病理学,计算生物学 | NA | 空间转录组学,单核RNA测序 | NA | 基因表达数据,空间位置数据 | 七鳃鳗大脑组织,14个脑区,209个细胞簇 | NA | 空间转录组学,单核RNA测序 | NA | NA |
| 1320 | 2026-06-25 |
Transcriptional and functional profiling reveals unique activation of Adapter CAR T cells in acute myeloid leukemia
2026-Jun-18, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-026-08461-y
PMID:42316369
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研究论文 | 本文通过功能分析和单细胞RNA测序系统研究了急性髓系白血病模型中适配体浓度对适配体CAR T细胞激活、转录状态和功能的影响,并鉴定出关键基因特征 | 首次系统揭示了适配体浓度如何调控适配体CAR T细胞的激活动力学、转录状态和代谢重编程,并识别出跨不同适配体和靶细胞的标志基因特征 | 未提及具体限制 | 阐明适配体浓度对适配体CAR T细胞反应的调控机制,为优化适配体剂量以增强可调控CAR T细胞疗法的安全性和有效性提供见解 | 适配体CAR T细胞和急性髓系白血病模型 | 机器学习 | 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未提及具体样本数量 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序 |