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当前共找到 39637 篇文献，本页显示第 1301 - 1320 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1301 | 2026-05-08 |
Illuminating cell states by a comprehensive and interpretable single cell foundation model
2026-Mar-16, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-70071-5
PMID:41839876
|
研究论文 | 引入CellVQ模型，通过大规模单细胞数据集和单细胞离散化模块，提升泛化能力和可解释性 | 提出单细胞离散化模块将高维稀疏数据转化为细胞编码，并开发CellVQ-Graph工具整合多模态数据构建知识图谱 | 实际应用中仍面临数据稀疏性和异质性的挑战 | 开发一个真正适用且可泛化的单细胞基础模型，提高数据表示、泛化能力和可解释性 | 单细胞测序数据及多模态数据（基因、细胞通讯、注释） | 机器学习 | 非特定疾病 | 单细胞测序 | CellVQ基础模型 | 单细胞数据、基因、细胞通讯、注释 | 6800万细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1302 | 2026-05-08 |
scTWAS: a powerful statistical framework for single-cell transcriptome-wide association studies
2026-Mar-12, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-70374-7
PMID:41820391
|
research paper | 提出scTWAS统计框架，利用单细胞数据进行细胞类型特异性转录组全关联研究 | 首次开发针对单细胞数据的TWAS方法，通过潜变量模型和矩估计应对单细胞数据的强噪声、技术变异和高稀疏性挑战 | 未明确提及局限性 | 开发一种使用单细胞数据进行细胞类型特异性TWAS的统计方法 | 血液和脑组织中的单细胞数据，29种血液学特征和三种免疫相关疾病，以及阿尔茨海默病 | machine learning | 阿尔茨海默病，免疫相关疾病 | scRNA-seq | 潜变量模型 | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 1303 | 2026-05-08 |
CRISPR-based functional genomics for dissecting therapeutic dependency in primary acute myeloid leukemia samples
2026-Mar-05, Molecular cell
IF:14.5Q1
DOI:10.1016/j.molcel.2026.02.003
PMID:41759529
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研究论文 | 开发了一种优化的CRISPR平台，用于在原代急性髓系白血病样本中进行功能基因组学分析，以解析治疗依赖性 | 首次将CRISPR功能基因组学直接应用于原代急性髓系白血病患者样本，结合体外和体内CRISPR-Cas9敲除及CRISPRi筛选，并集成Perturb-seq技术解析调控网络和细胞异质性 | 主要依赖患者来源的异种移植模型和原代样本，可能无法完全模拟体内微环境；筛选结果需要进一步临床验证 | 建立一种通用且稳健的框架，利用CRISPR功能基因组学直接解析原代AML患者样本中的癌症依赖性和细胞异质性 | 原发性急性髓系白血病样本，包括患者来源的异种移植模型和原代样本 | 功能基因组学 | 急性髓系白血病 | CRISPR-Cas9, CRISPRi, Perturb-seq, 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1304 | 2026-05-08 |
Robust and efficient annotation of cell states through gene signature scoring
2026-03-02, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.280926.125
PMID:41708334
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研究论文 | 系统评估现有基因签名评分方法并开发调整邻居评分算法，显著提高单细胞RNA测序数据中细胞状态注释的准确性和稳定性 | 提出调整邻居评分算法，通过增强对照基因选择显著改善分数稳定性和跨签名可比性，实现与监督方法相当的无监督细胞状态注释 | 未明确说明，但可能依赖先验的基因签名定义，且在高度异质性数据中的泛化性能有待进一步验证 | 开发稳健高效的基因签名评分框架，改进单细胞RNA测序分析中的无监督细胞状态注释 | 九个健康和癌症单细胞RNA测序数据集中的细胞状态 | 机器学习 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 调整邻居评分 | 单细胞转录组数据 | 九个健康和癌症单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1305 | 2026-05-08 |
GSTA1 Conferred Tolerance to Osimertinib and Provided Strategies to Overcome Drug-Tolerant Persister in EGFR-Mutant Lung Adenocarcinoma
2026-03, Journal of thoracic oncology : official publication of the International Association for the Study of Lung Cancer
IF:21.0Q1
DOI:10.1016/j.jtho.2025.10.001
PMID:41076079
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析EGFR突变肺腺癌患者样本，揭示了GSTA1在奥希替尼耐药持久性细胞中的作用及克服策略 | 首次阐明RSPH1-CALML4-GSTA1调控轴及PROS1-AXL信号通路在药物耐受持久性细胞形成中的机制，并提出GSTA1抑制剂curzerene联合奥希替尼的可行治疗方案 | 药物耐受持久性细胞形成机制尚不完全清楚，限制TKI治疗后耐受状态或耐药出现时的治疗选择 | 解析EGFR-TKI诱导的药物耐受持久性细胞的细胞和转录组特征，探索克服药物耐受和耐药的新策略 | 接受一线奥希替尼治疗的肺腺癌患者样本（包括基线、药物耐受持久性状态和稳定耐药状态） | 机器学习 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1306 | 2026-05-08 |
Evaluating the toxicological effects of PET-MPs exposure on atherosclerosis through integrated network toxicology analysis and experimental validation
2026-Mar, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology
DOI:10.1007/s00210-025-04963-6
PMID:41540215
|
研究论文 | 通过综合网络毒理学分析和实验验证，探究聚对苯二甲酸乙二醇酯微塑料（PET-MPs）暴露对动脉粥样硬化的毒理学效应 | 首次结合网络毒理学分析与实验验证，系统揭示PET-MPs诱导动脉粥样硬化的潜在毒理学机制，利用单细胞RNA测序数据和分子对接技术深入分析核心靶点 | 尚未明确说明研究的局限性 | 阐明PET-MPs暴露导致动脉粥样硬化的毒理学机制 | PET-MPs的潜在靶点及动脉粥样硬化相关靶点 | 生物信息学 | 动脉粥样硬化 | RNA-seq、单细胞RNA测序、分子对接、PCR | NA | 基因表达数据、蛋白质相互作用数据、单细胞测序数据 | NA | NA | RNA-seq、单细胞RNA-seq | NA | GEO数据库中获取的RNA-seq和单细胞RNA-seq数据 |
| 1307 | 2026-05-08 |
Multifunctional LepR⁺ skeletal stem/progenitor cells for bone and marrow homeostasis
2026-Mar, Journal of bone and mineral metabolism
IF:2.4Q3
DOI:10.1007/s00774-026-01698-z
PMID:41711875
|
综述 | 综述了LepR⁺骨骼干/祖细胞在骨与骨髓稳态中的多功能作用及研究进展 | 通过先进遗传标记和单细胞转录组学揭示了LepR⁺ SSPCs在发育、衰老和骨折愈合中的谱系可塑性和功能动态 | NA | 总结LepR⁺骨骼干/祖细胞的研究历史与最新进展，强调其在稳态和病理条件下的功能 | LepR⁺骨骼干/祖细胞 | 机器学习 | NA | Cre/loxP遗传小鼠模型、单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium 单细胞RNA测序平台 |
| 1308 | 2026-05-08 |
mosna Reveals Different Types of Cellular Interactions Predictive of Response to Immunotherapies and Survival in Cancer
2026-Feb-26, Molecular & cellular proteomics : MCP
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.mcpro.2026.101536
PMID:41759628
|
研究论文 | mosna是一个Python包，用于分析空间组学数据并整合临床或生物学数据，揭示细胞交互模式，预测免疫治疗反应和癌症生存 | 提出一个集成分析流程，能够结合多种算法和临床数据，从头到尾计算复杂特征，并具有跨平台兼容性 | 主要依赖公开数据集验证，在少数特定数据集上评估，未涉及大规模多中心验证 | 开发一个用户友好的工具，整合空间组学数据与临床数据，发现预测免疫治疗反应和生存的细胞交互模式 | 空间蛋白质组学数据（CODEX、MIBI-TOF等）、空间转录组学数据（10x Visium、Slide-seq、Stereo-seq等）以及亚细胞分辨率转录组学数据（MERFISH、seqFISH、Xenium） | 数字病理学 | 癌症 | 空间组学、空间蛋白质组学、空间转录组学 | 机器学习模型 | 空间组学数据、图像 | 两个空间蛋白质组学数据集、一个空间转录组学数据集（包含免疫治疗二元反应或生存数据）及一个手动注释的空间转录组数据集 | 10x Genomics | 空间转录组学、空间蛋白质组学 | 10x Visium、CODEX、MIBI-TOF | 10x Visium空间转录组学、CODEX多重成像、MIBI-TOF质谱成像 |
| 1309 | 2026-05-08 |
Integrating scRNA-seq and snRNA-seq with spatial transcriptomics to unlock the xylem puzzle
2026-Feb-23, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-026-04007-z
PMID:41724975
|
研究论文 | 整合单细胞RNA测序和单核RNA测序与空间转录组学，揭示木质部发育的完整连续过程 | 首次整合scRNA-seq和snRNA-seq数据，结合空间转录组学，重建了从形成层祖细胞到次生细胞壁形成及程序性细胞死亡的完整木质部发育轨迹，克服了单一技术在捕获晚期细胞方面的局限性 | 主要依赖公共数据库整合，未提供新的实验验证数据；snRNA-seq对早期细胞的捕获效率可能有限 | 通过整合单细胞和单核转录组数据，全面解析杨树茎发育木质部的分化过程 | 杨树茎发育中的木质部细胞 | 自然语言处理 | NA | scRNA-seq, snRNA-seq, 激光捕获显微切割 | 支持向量机 | 转录组数据 | 杨树茎发育木质部样本（具体数量未说明） | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序和单核RNA测序平台 |
| 1310 | 2026-05-08 |
Multi-species integration, alignment and annotation of single-cell RNA-seq data with CAMEX
2026-Feb-21, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-69696-3
PMID:41723123
|
研究论文 | 提出CAMEX工具，利用异构图神经网络实现多物种单细胞RNA-seq数据的整合、对齐和注释 | 首次利用多对多同源关系进行跨物种单细胞数据整合，性能优于现有方法，可检测物种特异性细胞类型和标记基因 | 未明确提及局限性，但可能存在对同源关系数据库的依赖及跨物种比对的计算复杂性 | 开发一种能够整合、对齐和注释跨物种单细胞RNA-seq数据的工具，以探索细胞起源和进化 | 来自多个物种的单细胞RNA-seq数据（涉及1到11个物种的基准数据集） | 机器学习 | 不适用 | 单细胞RNA测序 | 异构图神经网络 | 基因表达数据 | 涵盖1至11个物种的跨物种基准数据集 | 不适用 | 单细胞RNA-seq | 不适用 | 不适用 |
| 1311 | 2026-05-08 |
Calibrating tissue level PDE models of ligand dynamics using single cell and spatial transcriptomics data
2026-Feb-19, NPJ systems biology and applications
IF:3.5Q1
DOI:10.1038/s41540-026-00657-8
PMID:41714655
|
研究论文 | 提出一个计算流程，利用单细胞RNA测序和空间转录组学数据校准组织水平配体动力学的反应扩散模型参数 | 首次将单细胞和空间转录组学数据系统性整合到组织尺度机械模型的参数校准中，结合有限体积求解器、近似贝叶斯计算和基于梯度的优化方法 | 依赖公开皮肤数据集进行验证，未在更大规模或不同类型组织数据上测试；合成数据基准测试可能无法完全反映真实生物复杂性的挑战 | 建立统一框架，利用现代转录组学数据校准组织水平信号传导模型的参数 | 人类皮肤组织中转化生长因子β的两种异构体信号传导过程 | 计算生物学 | 纤维化相关疾病 | 单细胞RNA测序，空间转录组学，反应扩散模型 | 反应扩散模型，近似贝叶斯计算，梯度优化 | 基因表达数据，空间位置数据 | 两个公开人类皮肤数据集 | NA | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | NA |
| 1312 | 2026-05-08 |
Transcription and potential functions of a novel XIST isoform in male peripheral glia
2026-02-03, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.280832.125
PMID:41386982
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研究论文 | 通过整合分析多个人体组织器官的单细胞RNA-seq数据，发现雄性外周神经胶质细胞中表达一种新型XIST异构体，该异构体由第一个外显子末端的替代启动子驱动，在施万细胞中活跃，尤其在非髓鞘化施万细胞中表达水平更高，并可能通过竞争性miRNA结合调控神经胶质-神经元相互作用 | 首次发现XIST在雄性外周施万细胞中表达，揭示其非X染色体失活的新功能，并鉴定出一种由替代启动子驱动的新型较短转录本 | 未明确说明，但推断可能缺乏直接的功能验证实验，且样本仅限于人类组织数据，缺少动物模型验证 | 研究XIST在雄性外周神经胶质细胞中的表达及潜在功能 | 多个人体组织器官的单细胞RNA-seq数据及外周神经组织的批量转录组和表观基因组数据 | 自然语言处理 | 心肌病、多发性神经病 | 单细胞RNA测序、单细胞表观基因组测序、批量转录组测序、批量表观基因组测序 | NA | 单细胞RNA-seq数据、单细胞表观基因组数据、批量转录组数据、批量表观基因组数据 | 多个人体组织器官样本及外周神经组织样本 | NA | 单细胞RNA测序、单细胞表观基因组测序、批量RNA测序、批量表观基因组测序 | NA | NA |
| 1313 | 2026-05-08 |
Landscape of microRNA and target expression variation and covariation in single mouse embryonic stem cells
2026-02-03, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.279914.124
PMID:41526192
|
研究论文 | 通过遗传扰动和多组学方法，系统研究小鼠胚胎干细胞中microRNA及其靶标表达变异和共变的全景图谱 | 首次在单细胞水平上全面描述microRNA动态变化，发现microRNA形成四个不同的共表达组，并揭示miR-291a等可变表达的microRNA更易诱导靶标共变 | 基于小鼠胚胎干细胞，结果可能不适用于其他细胞类型；遗传缺失Dicer可能导致脱靶效应 | 探究microRNA在单细胞水平上调控靶标表达变异和共变的替代功能 | 小鼠胚胎干细胞（mESCs） | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序、转录抑制 | NA | 基因表达数据 | 未明确说明样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1314 | 2026-05-08 |
scSHEFT enables multiomics label transfer from scRNA-seq to scATAC-seq through dual alignment
2026-02-03, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.280410.125
PMID:41558828
|
研究论文 | 提出一种名为scSHEFT的工具，通过双重对齐策略实现从scRNA-seq到scATAC-seq的多组学标签转移 | 通过引入基因活性分数桥接异质特征，并结合原始ATAC-seq嵌入保留信息，采用锚点对齐与对比学习策略实现组间对齐与组内异质性的平衡 | 未明确提及 | 解决scRNA-seq与scATAC-seq之间特征异质性导致的细胞类型标注困难，实现跨组学标签转移并发现新细胞类型 | 多种规模的单细胞多组学数据集 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序， 单细胞ATAC测序 | 锚点对齐， 对比学习 | 基因表达计数数据， 峰值计数数据， 基因活性分数 | 七个数据集 | NA | 单细胞RNA测序， 单细胞ATAC测序 | NA | NA |
| 1315 | 2026-05-08 |
Airway epithelial heterogeneity and mucus plugging in asthmatic bronchioles
2026-Feb-01, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1164/rccm.202409-1849OC
PMID:40986379
|
研究论文 | 探讨哮喘细支气管中气道上皮异质性与粘液栓形成的关系 | 首次通过空间转录组学和多重免疫表型分析，揭示哮喘细支气管上皮中MUC5AC高表达细胞生态位的异质性分布及其与粘液栓形成的关联 | 研究样本量有限，且主要基于严重和致命性哮喘患者的离体组织，可能无法完全代表轻度哮喘的病理过程 | 测试假设：哮喘细支气管表现出上皮生物学紊乱，导致MUC5AC为主的粘液栓形成 | 严重哮喘患者、致命性哮喘患者和对照者的外周肺组织 | 数字病理学 | 哮喘 | RNA原位杂交、免疫组化、空间转录组学、多重免疫表型分析 | NA | 组织切片图像 | 严重哮喘患者、致命性哮喘患者和对照者的外周肺组织样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1316 | 2026-02-26 |
Sarcoidosis in focus: spatial transcriptomics offers a new perspective
2026-Feb-01, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1093/ajrccm/aamaf103
PMID:41738154
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1317 | 2026-05-08 |
scDenorm: a denormalization tool for integrating single-cell transcriptomics data
2026-Jan-21, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giag032
PMID:41915012
|
研究论文 | 提出一种名为scDenorm的去标准化工具，用于整合单细胞转录组学数据 | 首次提出能逆转delta方法标准化后的单细胞组学数据、恢复原始计数并保持数据完整性的算法 | 仅对delta方法标准化的数据进行验证，未评估其他标准化方法的适用性 | 解决单细胞组学数据整合中因不同标准化方法导致的批次效应和基因表达失真问题 | 单细胞转录组学数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 3个数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1318 | 2026-05-08 |
SCSEQ: A web tool for analyzing single-cell RNA-seq data
2026-Jan-21, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giag029
PMID:42084898
|
研究论文 | 开发了一个名为SCSEQ的交互式网页生物信息学分析平台，用于处理和分析单细胞RNA测序数据 | 提供一个无需编程技能即可使用的单细胞RNA测序数据分析平台，整合了从数据预处理到下游分析（如基因富集分析、转录因子分析、细胞间通讯分析等）的完整工作流，并支持不同工作流之间的信息传递和多种输入格式 | 未明确指出局限性，但可能依赖于用户对参数设置的理解，以及平台对大规模数据的处理能力有待进一步验证 | 解决单细胞RNA测序数据分析中数据处理和处理的挑战，为无编程背景的研究人员提供便捷的分析工具 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1319 | 2026-05-08 |
Cell-type- and chromosome-specific chromatin landscapes and DNA replication programs of Drosophila testis tumor stem cell-like cells
2026-01-05, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.280809.125
PMID:41371963
|
研究论文 | 开发细胞类型特异性基因组技术，分析果蝇睾丸肿瘤干细胞样细胞的转录组、组蛋白修饰图谱和复制时序 | 首次在体内对成年干细胞进行细胞类型特异性全基因组分析，整合转录组、染色质和复制数据，揭示生殖系干细胞样细胞独特的复制程序 | 仅使用了果蝇睾丸肿瘤干细胞样细胞模型，可能无法完全代表正常干细胞状态 | 阐明体内成体干细胞的转录、染色质和复制时序特征及其细胞类型特异性差异 | 果蝇睾丸生殖系干细胞样细胞和体细胞囊肿干细胞样细胞 | 基因组学 | 癌症 | 单细胞RNA测序, 细胞类型特异性染色质分析, 复制时序分析 | NA | 单细胞转录组数据, 组蛋白修饰数据（H3K4me3, H3K27me3, H3K9me3）, 复制时序数据 | 果蝇睾丸组织, 包含生殖系干细胞和体细胞囊肿干细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 染色质免疫沉淀测序, 复制时序测序 | NA | NA |
| 1320 | 2026-05-08 |
Recovering gene regulatory networks in single-cell multi-omics data with PRISM-GRN
2026-01-05, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.280757.125
PMID:41067887
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研究论文 | 提出PRISM-GRN模型，利用贝叶斯框架整合scRNA-seq与scATAC-seq数据及已知调控网络，重建细胞类型特异性基因调控网络 | 创新性地将已知基因调控网络和生物可解释机制融入概率框架，通过机制驱动的生成过程和先验网络引导的推理过程实现精确稳健的GRN重建 | 具体局限未在摘要中提及 | 开发一种能够利用多组学数据和先验知识重建细胞类型特异性基因调控网络的方法 | 多组学单细胞数据中的基因调控网络 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序，单细胞ATAC测序 | 贝叶斯模型 | 基因表达数据，染色质可及性数据 | 四个基准数据集及PBMC数据集 | NA | 单细胞RNA测序，单细胞ATAC测序 | NA | NA |