单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1301	2025-07-30	Unravelling the Role of PIEZO1 in Adipogenesis of Fibrogenic/Adipogenic Progenitors for Muscle Fat Infiltration After Rotator Cuff Tear 2025-Aug, Journal of cachexia, sarcopenia and muscle DOI:10.1002/jcsm.70004 PMID:40726363	研究论文	本研究探讨了机械环境变化如何影响肩袖撕裂后的肌肉脂肪浸润，并确定了PIEZO1在纤维/脂肪祖细胞脂肪生成中的作用	揭示了PIEZO1通过ERK/KLF4信号通路抑制脂肪生成的机制，并发现低强度脉冲超声(LIPUS)可通过上调PIEZO1表达减轻脂肪浸润	研究主要基于动物模型和体外实验，临床转化效果需进一步验证	探索肩袖撕裂后机械环境变化对肌肉脂肪浸润的影响机制及潜在治疗方法	人类和小鼠的纤维/脂肪祖细胞(FAPs)	肌肉生物学	肩袖撕裂	单细胞RNA测序、批量RNA测序、实时定量PCR、Western blot	PIEZO1基因敲除小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据	未明确说明具体样本数量，涉及人类和小鼠FAPs
1302	2025-07-30	Dose-escalation studies of mesenchymal stromal cell therapy for decompensated liver cirrhosis: phase Ia/Ib results and immune modulation insights 2025-Jul-29, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-025-02318-4 PMID:40721581	研究论文	该研究通过Ia/Ib期临床试验评估了间充质基质细胞(MSC)治疗失代偿性肝硬化(DLC)的安全性和耐受性，并探讨了其免疫调节效应	首次在人体中证实MSC治疗的剂量效应关系，并鉴定MX1单核细胞作为MSC免疫调节的关键介质	样本量相对较小，且为单臂研究设计	评估MSC治疗DLC的安全性和免疫调节机制	失代偿性肝硬化患者	细胞治疗	肝硬化	单细胞RNA测序、飞行时间质谱细胞术	NA	临床数据、多组学数据	Ia期4个剂量组，Ib期2个剂量组
1303	2025-07-30	Interplay between Matrix Viscoelasticity and Integrin Engagement Modulates Cancer-Associated Fibroblast States 2025-Jul-29, Advanced healthcare materials IF:10.0Q1 DOI:10.1002/adhm.202500389 PMID:40726283	研究论文	本研究探讨了基质粘弹性和整合素结合如何调节癌症相关成纤维细胞（CAFs）的状态，首次在体外模型中展示了这种调控机制	首次展示了基质粘弹性和整合素结合如何共同调节CAFs的状态，并开发了可用于研究CAF功能和靶向治疗的新模型	研究仅在体外模型中进行，尚未在体内验证	理解CAFs亚群的功能并开发治疗策略	癌症相关成纤维细胞（CAFs）	细胞生物学	癌症	单细胞转录组学，藻酸盐水凝胶培养	体外CAF模型	转录组数据，形态学数据	患者来源的CAFs
1304	2025-07-30	Ligilactobacillus Murinus and Lactobacillus Johnsonii Suppress Macrophage Pyroptosis in Atherosclerosis through Butyrate-GPR109A-GSDMD Axis 2025-Jul-29, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202501707 PMID:40726432	研究论文	研究发现两种肠道益生菌Ligilactobacillus murinus和Lactobacillus johnsonii通过丁酸盐-GPR109A-GSDMD轴抑制动脉粥样硬化中的巨噬细胞焦亡	首次揭示了阿司匹林通过调节肠道菌群及其代谢产物丁酸盐来抑制动脉粥样硬化的机制	研究主要基于小鼠模型和人类队列，需要进一步验证在更广泛人群中的适用性	探索药物-微生物群-代谢物相互作用在动脉粥样硬化中的作用	Ligilactobacillus murinus和Lactobacillus johnsonii两种肠道益生菌	微生物组学	心血管疾病	宏基因组学和代谢组学分析，单细胞测序	NA	微生物组数据，代谢组数据，单细胞测序数据	小鼠模型和人类队列
1305	2025-07-30	Refining the resolution of the yeast genotype-phenotype map using single-cell RNA-sequencing 2025-Jul-28, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.93906 PMID:40720279	研究论文	利用单细胞RNA测序技术提高酵母基因型-表型图谱的分辨率	通过大规模单细胞RNA测序数据整合到基因型-表型图谱中，揭示了表型变异与转录组变异之间的新关联	研究仅针对酵母细胞，可能不适用于其他生物系统	提高基因型-表型图谱的分辨率，理解转录组调控在性状变异中的作用	4489个F2分离株的18,233个酵母细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 表达数量性状位点(eQTL)定位	NA	RNA测序数据	18,233个酵母细胞来自4,489个F2分离株
1306	2025-07-30	Enhanced Media Optimize Bovine Myogenesis in 2D and 3D Models for Cultivated Meat Applications 2025-Jul-28, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202413998 PMID:40720723	研究论文	本研究通过多组学方法表征了牛肌肉祖细胞（MPCs）体外分化的分子景观，并探索了小分子对其的增强作用，从而在2D和3D培养模型中鉴定出优于传统方法的增强培养基	利用多组学技术和小分子调控，开发出能增强牛肌肉祖细胞分化的新型培养基，并在2D和3D培养模型中验证其效果	研究仅针对牛肌肉祖细胞，未涉及其他物种或细胞类型	开发可持续的体外肉类生产技术	牛肌肉祖细胞（MPCs）	细胞培养与组织工程	NA	多组学分析（转录组学和蛋白质组学），单细胞转录组学	2D培养和3D骨骼肌构建体	分子数据（转录组和蛋白质组数据）	未明确说明具体样本数量
1307	2025-07-30	Impact of ATP Synthase Subunit β on TLR Signaling Pathway in Promoting Airway Remodeling and Heterogeneity of Small Airway Epithelial Cells in Chronic Obstructive Pulmonary Disease 2025-Jul-28, Journal of innate immunity IF:4.7Q2 DOI:10.1159/000547329 PMID:40720940	研究论文	本研究探讨了ATP合成酶亚基β（ATP5B）在慢性阻塞性肺疾病（COPD）发病机制中的作用，重点关注上皮细胞异质性和气道重塑	首次发现ATP5B通过激活TLR信号通路促进COPD气道重塑，并揭示其作为诊断生物标志物和治疗靶点的潜力	研究主要基于体外细胞实验和小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	阐明COPD中气道重塑和上皮细胞功能障碍的调控机制	小气道上皮细胞和BEAS-2B细胞系	呼吸系统疾病研究	慢性阻塞性肺疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	CS/LPS诱导的COPD小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本数量，使用BEAS-2B细胞系和小鼠模型
1308	2025-07-30	Integrated in vivo combinatorial functional genomics and spatial transcriptomics of tumours to decode genotype-to-phenotype relationships 2025-Jul-28, Nature biomedical engineering IF:26.8Q1 DOI:10.1038/s41551-025-01437-1 PMID:40721510	研究论文	开发了一种名为PERTURB-CAST的方法，用于在组织层面识别扰动，并结合空间转录组学技术研究肿瘤的基因型与表型关系	提出了PERTURB-CAST方法和CHOCOLAT-G2P框架，整合了空间转录组学和功能基因组学，用于研究肿瘤异质性	未提及具体样本量或实验验证的广泛性	解码肿瘤的基因型与表型关系	肿瘤组织	功能基因组学	肝癌	空间转录组学（10X Visium）	NA	转录组数据	NA
1309	2025-07-30	Leveraging single-cell spatial transcriptomics and connectomics to resolve brain circuit function in psychiatry 2025-Jul-28, Neuropsychopharmacology : official publication of the American College of Neuropsychopharmacology IF:6.6Q1 DOI:10.1038/s41386-025-02178-0 PMID:40721521	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
1310	2025-07-30	Deciphering state-dependent immune features from multi-layer omics data at single-cell resolution 2025-Jul-28, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-025-02266-3 PMID:40721531	研究论文	通过单细胞转录组学、宿主遗传学、血浆蛋白质组学和肠道宏基因组学等多层组学数据，构建了一个免疫细胞图谱，揭示了免疫细胞状态依赖的动态调控特征	首次在单细胞分辨率下构建了包含日本人群的多层组学免疫细胞图谱，并揭示了细胞状态依赖的免疫特征	研究主要基于日本人群，可能不适用于其他种族群体	解析免疫细胞状态依赖的特征及其与遗传变异的关系	235名日本人的外周血单个核细胞，包括COVID-19患者和健康个体	生物信息学	COVID-19	单细胞转录组学、血浆蛋白质组学、肠道宏基因组学	NA	单细胞转录组数据、遗传数据、蛋白质组数据、宏基因组数据	235名日本人（包括COVID-19患者和健康个体）的超过150万个外周血单个核细胞
1311	2025-07-30	Single-cell RNA sequencing reveals a B cell-related immunosuppressive landscape and a potential suppressor in hepatocellular carcinoma 2025-Jul-28, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06869-6 PMID:40721811	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示肝细胞癌中与B细胞相关的免疫抑制景观及潜在抑制因子	首次在单细胞水平上揭示了肝细胞癌中B细胞相关的免疫抑制景观，并发现血清淀粉样蛋白A2（SAA2）作为新的肿瘤抑制因子	研究主要基于转录组数据，需要进一步的实验验证B细胞和SAA2在肝细胞癌中的具体作用机制	探索肝细胞癌微环境中的免疫抑制机制并寻找新的治疗靶点	肝细胞癌组织和对应非癌组织中的B细胞和肝细胞	数字病理	肝细胞癌	单细胞RNA测序, 免疫组化, 蛋白质印迹分析	NA	单细胞转录组数据, 临床样本数据	肝细胞癌组织和对应非癌组织的单细胞转录组数据, TCGA和GTEx数据库数据集, 临床HCC样本
1312	2025-07-30	Identification of CD4_Naive cells related gene FMO4 as a positive regulator of the poor prognosis of septic CRC patients 2025-Jul-28, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03917-5 PMID:40722152	研究论文	本研究通过单细胞测序数据分析，探讨了CD4_Naive细胞相关基因FMO4在结直肠癌（CRC）相关脓毒症预后中的作用	首次发现FMO4基因与CD4_Naive细胞浸润减少及CRC脓毒症患者不良预后相关，并揭示了其在异生物质分解代谢和牛磺酸代谢中的作用	样本量较小（仅32例血液样本），需要更大规模的研究验证	探究T细胞及相关基因在CRC相关脓毒症预后中的作用	CRC合并脓毒症患者	生物医学	结直肠癌, 脓毒症	单细胞测序, 孟德尔随机化(MR)分析, 功能富集分析	NA	单细胞测序数据, 临床样本数据	32例CRC合并脓毒症患者的血液样本
1313	2025-07-30	A cycling, progenitor-like cell population at the base of atypical teratoid rhabdoid tumor subtype differentiation trajectories 2025-Jul-28, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noaf179 PMID:40726147	研究论文	本研究通过单核转录组图谱、单核ATAC-seq和空间转录组学数据，揭示了非典型畸胎样横纹肌样瘤(ATRT)的亚型特异性分化轨迹及其发育起源	发现了一个共享的循环中间前体细胞样细胞群，并证明了ATRT亚型特异性分化途径可以通过药物调控	研究主要基于体外肿瘤模型，临床转化效果尚需进一步验证	深入理解ATRT的细胞异质性和发育起源，为亚型特异性治疗策略提供理论基础	非典型畸胎样横纹肌样瘤(ATRT)样本和患者来源的ATRT肿瘤模型	数字病理学	儿科中枢神经系统肿瘤	单核转录组测序、单核ATAC-seq、空间转录组学	NA	转录组数据、表观遗传数据、空间表达数据	未明确说明具体样本数量，但包含多个ATRT样本和患者来源的肿瘤模型
1314	2025-07-30	Multi-gene anoikis signature combined with tumor microenvironment stratifies prognosis in cutaneous melanoma with experimental validation of PTK6 2025-Jul-26, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2025.149686 PMID:40721013	研究论文	本研究通过整合失巢凋亡特征和肿瘤微环境特征，开发了一个新的预后分类器，并在皮肤黑色素瘤中验证了PTK6的功能	首次整合失巢凋亡抵抗和免疫微环境特征构建预后分类器，并通过实验验证PTK6在皮肤黑色素瘤中的关键作用	研究主要基于TCGA和GEO数据库的回顾性数据，需要进一步前瞻性研究验证	开发皮肤黑色素瘤的新型预后预测模型并探索潜在治疗靶点	皮肤黑色素瘤患者样本和细胞/动物模型	数字病理学	皮肤黑色素瘤	转录组分析、单细胞RNA测序、LASSO-Cox回归	RS-TME分类器	转录组数据	TCGA-CM队列471例患者，GSE65904队列214例患者
1315	2025-07-30	Integration of Single-Cell Analysis and Bulk RNA Sequencing Data Using Multi-Level Attention Graph Neural Network for Precise Prognostic Stratification in Thyroid Cancer 2025-Jul-21, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17142411 PMID:40723292	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，利用多级注意力图神经网络模型，提高了甲状腺癌预后分层的精确性	首次将单细胞RNA测序与批量RNA测序数据整合，并应用多级注意力图神经网络模型进行甲状腺癌预后预测	样本量相对较小，仅包含15个单细胞RNA测序样本和489个TCGA患者数据	提高甲状腺癌预后管理的精确性，并深入理解肿瘤微环境中T细胞的作用	甲状腺癌患者及其肿瘤微环境中的T细胞	数字病理学	甲状腺癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq	MLA-GNN (多级注意力图神经网络)	RNA测序数据	15个scRNA-seq样本和489个TCGA患者数据
1316	2025-07-30	Cancer-Associated Fibroblasts Establish Spatially Distinct Prognostic Niches in Subcutaneous Colorectal Cancer Mouse Model 2025-Jul-19, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17142402 PMID:40723284	研究论文	本研究通过空间转录组学技术，系统性地描述了皮下结直肠癌小鼠模型中肿瘤微环境的空间异质性	揭示了由癌症相关成纤维细胞(CAFs)划分的两个空间上不同的肿瘤区域，这些区域在细胞组成、致癌信号、免疫浸润和代谢状态上存在显著差异	研究仅限于小鼠皮下肿瘤模型，可能无法完全反映人类结直肠癌的复杂性	探索皮下结直肠癌模型中肿瘤微环境的空间组织和调控机制	MC38皮下肿瘤小鼠模型	数字病理学	结直肠癌	空间转录组学	NA	空间转录组数据	NA
1317	2025-07-30	Integrated Multi-Omics Profiling Reveals That Highly Pyroptotic MDMs Contribute to Psoriasis Progression Through CXCL16 2025-Jul-18, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13071763 PMID:40722833	研究论文	本研究通过整合多组学数据揭示了高度焦亡的单核细胞衍生巨噬细胞（MDMs）通过CXCL16促进银屑病进展的机制	首次揭示了银屑病皮损中MDMs的过度焦亡状态及其通过CXCL16-CXCR6信号轴激活Th17细胞的免疫调控机制	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仍需进一步扩展	探究银屑病中细胞特异性焦亡模式及其免疫调控机制	银屑病患者与健康对照组的皮肤样本	生物信息学	银屑病	转录组分析、单细胞RNA测序、CIBERSORT、CellChat	GSVA、AUCell算法	转录组数据	21个转录组数据集+2个单细胞RNA测序数据集
1318	2025-07-30	Spatiotemporal Heterogeneity of Tumor Glucose Metabolism Reprogramming: From Single-Cell Mechanisms to Precision Interventions 2025-Jul-18, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26146901 PMID:40725147	综述	本文系统总结了当前关于肿瘤葡萄糖代谢动态的知识，讨论了空间异质性和时间演化模式、单细胞代谢组学揭示的代谢亚群相互作用、葡萄糖代谢-表观遗传学-免疫学调控轴以及针对代谢脆弱性的治疗策略	整合了单细胞测序、空间组学和代谢成像等最新技术，从静态批量分析转向单细胞分辨率的时空异质性动态研究	NA	深入理解肿瘤代谢复杂性，并为开发时空精确干预提供概念框架	肿瘤葡萄糖代谢	肿瘤代谢研究	癌症	单细胞测序、空间组学、代谢成像	NA	代谢数据、组学数据	NA
1319	2025-07-30	MICA+ Tumor Cells Modulate Macrophage Phenotype and Function via PPAR/EHHADH-Mediated Fatty Acid Metabolism in Hepatocellular Carcinoma (HCC) 2025-Jul-16, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17142365 PMID:40723248	研究论文	本研究探讨了MICA+肿瘤细胞通过PPAR/EHHADH介导的脂肪酸代谢调节巨噬细胞表型和功能在肝细胞癌中的作用	首次揭示了MICA表达与TAMs的相关性，以及通过PPAR/EHHADH通路调节脂肪酸代谢影响巨噬细胞极化的机制	研究主要基于体外共培养模型和生物信息学分析，需要进一步体内实验验证	探究MICA表达与肿瘤相关巨噬细胞表型转换的关联及其代谢机制	肝细胞癌肿瘤细胞和肿瘤相关巨噬细胞	肿瘤免疫学	肝细胞癌	scRNA-seq, qPCR, IHC染色, 生物信息学分析	共培养模型	基因表达数据, 组织样本	TCGA数据库和收集的HCC肿瘤组织
1320	2025-07-30	Targeting Sodium Transport Reveals CHP1 Downregulation as a Novel Molecular Feature of Malignant Progression in Clear Cell Renal Cell Carcinoma: Insights from Integrated Multi-Omics Analyses 2025-Jul-15, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom15071019 PMID:40723891	研究论文	该研究通过整合多组学分析，揭示了钠离子转运相关基因CHP1在透明细胞肾细胞癌恶性进展中的下调现象，并探讨了其作为预后生物标志物的潜力	首次将CHP1下调确立为ccRCC进展的新分子特征，并发现其通过PPIA-BSG信号参与免疫相互作用及通过SLC38A1调节氨基酸转运	研究样本量相对有限（90个scRNA-seq样本），且候选靶向化合物（熊果苷和伊马替尼）的临床前验证尚未完成	构建ccRCC的细胞和转录图谱，解析恶性进展中的基因表达动态	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）肿瘤组织及细胞系	癌症基因组学	肾细胞癌	scRNA-seq、bulk RNA-seq、CPTAC蛋白质组学、免疫组化、分子对接、虚拟筛选	伪时间轨迹分析、Mfuzz聚类、细胞间通讯建模	单细胞转录组数据、蛋白质组数据、临床病理数据	90个scRNA-seq样本（534,227个细胞）及配套bulk RNA-seq/蛋白质组数据