单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1301	2025-07-22	Protocol to recover single-cell gene expression profiles from spatial transcriptomics data using cluster computing 2025-Mar-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103636 PMID:39946238	研究论文	提出了一种名为scResolve的计算协议，用于从低分辨率空间转录组数据中恢复单细胞基因表达谱	开发了scResolve协议，利用集群计算环境加速数据处理，实现从多细胞分辨率数据中恢复单细胞基因表达谱	未提及具体恢复精度或验证方法，可能受限于原始数据的质量和分辨率	解决空间转录组技术在单细胞分辨率分析上的限制	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组技术（如Visium）	NA	基因表达数据	NA
1302	2025-07-22	Spatial analysis of IPMNs defines a paradoxical KRT17-positive, low-grade epithelial population harboring malignant features 2025-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.18.643943 PMID:40166305	研究论文	本研究通过空间转录组学分析IPMNs，发现了一个具有恶性特征的KRT17阳性低级别上皮细胞亚群	识别出低级别IPMN上皮细胞中表达恶性转录特征的KRT17阳性亚群，这一发现可能改变IPMN患者的治疗策略	研究样本量有限，需要更大规模的验证研究	探究IPMN进展过程中的转录变化，寻找更准确的早期诊断标志物	胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤(IPMN)患者样本	数字病理学	胰腺癌	空间转录组学(Nanostring GeoMx), 单细胞RNA测序	NA	转录组数据	包含IPMN疾病全谱的患者样本(低级别异型增生、高级别异型增生和IPMN来源的癌)
1303	2025-07-22	Exploration of Conserved Human Adipose Subpopulations Using Targeted Single-Nuclei RNA Sequencing Data Sets 2025-Mar-18, Journal of the American Heart Association IF:5.0Q1 DOI:10.1161/JAHA.124.038465 PMID:40094187	研究论文	通过靶向单核RNA测序数据集探索人类脂肪组织中保守的亚群	分子定义人类脂肪组织中的祖细胞群，并测试人类壁细胞的成脂潜能	研究主要基于体外实验，体内验证不足	分子定义人类脂肪组织中的祖细胞群并测试其成脂潜能	人类脂肪组织中的壁细胞（周细胞和平滑肌细胞）	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	多种人类脂肪组织（包括血管周围、棕色和白色脂肪组织）
1304	2025-07-22	Exploring and mitigating shortcomings in single-cell differential expression analysis with a new statistical paradigm 2025-Mar-17, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03525-6 PMID:40098192	研究论文	本文提出了一种新的统计框架GLIMES，用于解决单细胞差异表达分析中的主要挑战，并通过案例研究和模拟验证了其优越性	GLIMES框架利用UMI计数和零比例，在广义泊松/二项混合效应模型中考虑批次效应和样本内变异，提高了差异表达基因检测的准确性和生物解释性	研究未涉及所有现有的单细胞差异表达分析方法，且模拟实验可能无法完全反映真实生物系统的复杂性	改进单细胞转录组学中的差异表达分析方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	广义泊松/二项混合效应模型	单细胞转录组数据	三个案例研究和多种实验场景的模拟数据
1305	2025-07-22	Androgen Signaling in Type 2 Innate Lymphoid Cells Drives Sex Differences in Helicobacter -Induced Gastric Inflammation and Atrophy 2025-Mar-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.14.643321 PMID:40166158	研究论文	本研究探讨雄激素如何影响幽门螺杆菌感染引起的胃部炎症反应，并揭示其在疾病进展性别差异中的作用	首次揭示雄激素通过调节2型先天淋巴细胞(ILC2)的活化来抑制幽门螺杆菌诱导的胃部炎症，为男性胃癌发病率随年龄增长而上升提供了机制解释	研究主要基于小鼠模型，人类相关性需要进一步验证	探究雄激素信号在幽门螺杆菌诱导的胃部炎症和萎缩中的性别差异机制	C57BL/6小鼠(雄性和雌性)	免疫学	胃癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，ILC2和T细胞缺陷小鼠模型	NA	基因表达数据，病理学数据	未明确说明小鼠数量
1306	2025-07-22	Segger: Fast and accurate cell segmentation of imaging-based spatial transcriptomics data 2025-Mar-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.14.643160 PMID:40161614	研究论文	介绍了一种名为segger的快速准确的细胞分割方法，用于基于成像的空间转录组学数据	提出了一种基于异构图表示的图神经网络，将细胞分割任务转化为转录本到细胞的链接预测问题，并能够利用单细胞RNA-seq信息改进转录本分配	未提及具体局限性	提高基于成像的空间转录组学数据中细胞分割的准确性和效率	基于成像的空间转录组学数据中的细胞和转录本	数字病理学	NA	空间转录组学	图神经网络	图像数据	多个Xenium数据集基准测试
1307	2025-07-22	NAD+ prevents chronic kidney disease by activating renal tubular metabolism 2025-Mar-10, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.181443 PMID:40059824	研究论文	本研究探讨了NAD+补充剂通过激活肾小管代谢预防慢性肾脏病(CKD)的机制	首次揭示了NAD+补充剂通过刺激肾PPARα信号通路和恢复近端小管脂肪酸氧化来保护肾脏的机制，并首次在Alport小鼠模型中发现了性别差异	研究主要基于小鼠模型，人类临床应用的转化需要进一步验证	探究NAD+补充剂预防慢性肾脏病的分子机制	Alport综合征小鼠模型中的肾小管细胞	肾脏病学	慢性肾脏病	RNA测序(bulk RNA-seq和单核RNA-seq)、空间转录组学、正交成像技术、生化检测	Alport综合征小鼠模型	转录组数据、影像数据、生化数据	Alport综合征小鼠(未明确具体数量，但包含两性样本)
1308	2025-07-22	Integration of lipidomics with targeted, single cell, and spatial transcriptomics defines an unresolved pro-inflammatory state in colon cancer 2025-Mar-06, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-332535 PMID:39658263	research paper	该研究通过整合脂质组学与靶向、单细胞和空间转录组学，揭示了结肠癌中未解决的促炎症状态	首次将脂质组学与多种转录组学技术整合，揭示了结肠癌中脂质调节异常与炎症未解决的关联	样本量相对较小（40例非靶向和81例靶向分析），且未涉及机制验证实验	探索结直肠癌中脂质失调是否由炎症未能解决所驱动	人类结直肠癌（CRC）及正常配对样本	digital pathology	colon cancer	LC-MS/MS, 定量逆转录-PCR, 空间转录组学, scRNASEQ	NA	脂质组学数据, 基因表达数据, 转录组数据	40例人类CRC及正常配对样本（非靶向分析），81例人类CRC及正常配对样本（靶向分析）
1309	2025-07-22	Disturbed Flow Induces Reprogramming of Endothelial Cells to Immune-like and Foam Cells under Hypercholesterolemia during Atherogenesis 2025-Mar-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.06.641843 PMID:40093090	研究论文	本研究探讨了在动脉粥样硬化形成过程中，紊乱血流（d-flow）与高胆固醇血症共同作用下，内皮细胞向免疫样细胞和泡沫细胞的重新编程机制	首次验证了双打击假说，即紊乱血流是高胆固醇血症条件下内皮细胞完全重编程为免疫样细胞和泡沫细胞的初始诱因，并发现了内皮细胞向泡沫细胞转变（EndFT）的新现象	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证仍需进一步研究	阐明动脉粥样硬化形成过程中内皮细胞重编程的分子机制	小鼠动脉内皮细胞	心血管生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫组织化学染色	小鼠动脉粥样硬化模型	单细胞转录组数据、组织学图像数据	95只小鼠的98,553个单细胞
1310	2025-07-22	The XCL1-XCR1 axis supports intestinal tissue residency and antitumor immunity 2025-Mar-03, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20240776 PMID:39841133	研究论文	本研究探讨了XCL1-XCR1轴在肠道组织驻留记忆T细胞（TRM）分化和抗肿瘤免疫中的作用	揭示了XCL1-XCR1轴在指导肠道CD8+ TRM空间分化和肿瘤控制中的非细胞自主作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本的分析相对有限	阐明TRM分化和功能的细胞相互作用机制	肠道组织驻留记忆T细胞（TRM）和肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）	免疫学	肿瘤	靶向空间转录组学	小鼠遗传模型	基因表达数据和空间转录组数据	小鼠模型和人类TIL及TRM样本
1311	2025-07-22	Techniques and analytic workflow for spatial transcriptomics and its application to allergy and inflammation 2025-Mar, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2025.01.009 PMID:39837466	综述	本文总结了空间转录组学技术及其在过敏和炎症研究中的应用，重点关注数据处理和分析方法	通过保留细胞的空间定位信息，为理解组织结构和细胞间相互作用提供了传统转录组学无法获得的关键见解	NA	探索空间转录组学技术在过敏和炎症研究领域的应用	过敏和炎症相关疾病（如特应性皮炎和慢性阻塞性肺病）中的细胞网络和相互作用	空间转录组学	过敏和炎症相关疾病	空间转录组学技术	NA	单细胞基因表达数据与细胞定位信息	NA
1312	2025-07-22	Dissecting tumor cell programs through group biology estimation in clinical single-cell transcriptomics 2025-Mar-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57377-6 PMID:40025015	研究论文	提出了一种非参数统计方法BEANIE，用于临床单细胞RNA测序数据中基因签名的差异表达分析	BEANIE方法解决了现有方法在临床单细胞RNA测序数据分析中产生大量假阳性、无法充分体现患者特异性层次结构以及未考虑样本驱动混杂因素的问题	方法仅在乳腺癌、肺癌和黑色素瘤的模拟和真实临床数据集中进行了验证，未涉及其他癌症类型	开发一种更稳健的差异表达分析方法，用于临床癌症单细胞RNA测序研究	临床单细胞RNA测序数据中的基因签名差异表达	生物信息学	乳腺癌, 肺癌, 黑色素瘤	单细胞RNA测序	非参数统计方法(BEANIE)	基因表达数据	模拟和真实临床数据集(具体数量未提及)
1313	2025-07-22	Heterozygous GAA knockout is nonconsequential on metabolism and the spatial liver transcriptome in high-fat diet-induced obese and prediabetic mice 2025-Mar, Physiological reports IF:2.2Q3 DOI:10.14814/phy2.70276 PMID:40108792	研究论文	本研究探讨了杂合性GAA敲除对高脂饮食诱导的肥胖和糖尿病前期小鼠肝脏代谢和空间转录组的影响	首次使用空间转录组学技术分析高脂饮食诱导的肥胖小鼠门静脉周围和静脉周围肝细胞的转录组变化，并评估GAA杂合敲除对这些变化的影响	研究仅在小鼠模型中进行，结果可能无法直接推广到人类	评估GAA杂合敲除对肝脏代谢和代谢健康的影响	高脂饮食诱导的肥胖和糖尿病前期小鼠	代谢研究	肥胖症	空间转录组学分析	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明具体数量，使用GAA杂合敲除小鼠和野生型对照小鼠
1314	2025-07-22	Crafted experiments to evaluate feature selection methods for single-cell RNA-seq data 2025-Mar, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaf023 PMID:40109353	research paper	本文提出了一种基于扰动真实数据信号的新方法，用于评估单细胞RNA测序数据的特征选择方法	提出了一种基于扰动真实数据信号的新方法，用于评估特征选择方法，并开发了一个名为GOF的开源R包	缺乏真实数据集用于评估新的基因选择和/或聚类方法	评估单细胞RNA测序数据的特征选择方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	NA
1315	2025-07-22	Myelin-reactive CD8+ T cells influence conventional dendritic cell subsets towards a mature and regulatory phenotype in experimental autoimmune encephalomyelitis 2025-Feb-28, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03377-8 PMID:40022134	研究论文	本研究探讨了髓鞘反应性CD8+ T细胞在实验性自身免疫性脑脊髓炎(EAE)中对常规树突状细胞亚群(cDC1和CD11b cDC)的调节作用	揭示了髓鞘反应性CD8+ T细胞通过直接与cDC1相互作用和旁分泌机制调节CD11b cDC的新机制，从而诱导成熟、调节性树突状细胞，抑制CD4 T细胞反应并减轻EAE发病	研究主要基于小鼠模型，结果在人类多发性硬化症中的适用性需要进一步验证	阐明髓鞘反应性CD8+ T细胞在EAE中的免疫调节机制	髓鞘反应性CD8+ T细胞(PLP-CD8)和常规树突状细胞亚群(cDC1和CD11b cDC)	免疫学	多发性硬化症	单细胞RNA测序	EAE小鼠模型	基因表达数据	NA
1316	2025-07-22	Estimating the cis -heritability of gene expression using single cell expression profiles controls false positive rate of eGene detection 2025-Feb-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.24.639892 PMID:40060452	研究论文	本文提出了一种名为scGeneHE的新方法，用于从单细胞RNA测序数据中估计基因表达的顺式遗传力，解决了传统方法在伪批量数据上高估遗传力和增加假阳性率的问题	开发了scGeneHE方法，一种泊松混合效应模型，能够利用单个细胞表达谱量化基因表达的遗传成分，避免了传统方法在伪批量数据上的偏差	方法的应用依赖于单细胞RNA测序数据的质量和样本量，可能在某些低表达基因或稀有细胞类型中表现不佳	估计基因表达的顺式遗传力，揭示疾病变异和基因的细胞类型特异性	单细胞RNA测序数据中的基因表达	生物信息学	免疫介导疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	泊松混合效应模型	基因表达数据	969个个体，11种免疫细胞类型，822,552个细胞
1317	2025-07-22	MAIT cells protect against sterile lung injury 2025-Feb-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115275 PMID:39918959	研究论文	本文探讨了黏膜相关不变T细胞（MAIT细胞）在无菌性肺损伤中的保护作用	首次发现MAIT细胞通过促进cDC1驱动的抗纤维化途径增强对无菌性肺损伤的防御	研究主要基于小鼠模型，人类数据仅来自特发性肺纤维化患者的scRNA-seq分析	阐明MAIT细胞在无菌性肺损伤中的功能机制	小鼠肺部和人类特发性肺纤维化患者的MAIT细胞	免疫学	肺纤维化	scRNA-seq, 光谱分析, 过继转移	NA	RNA测序数据	小鼠模型和人类特发性肺纤维化患者的scRNA-seq数据
1318	2025-07-22	Unveiling the cell-type-specific landscape of cellular senescence through single-cell transcriptomics using SenePy 2025-Feb-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57047-7 PMID:39987255	研究论文	本文通过单细胞转录组学技术SenePy揭示了细胞衰老的细胞类型特异性景观	开发了SenePy评分平台，定义了跨多种细胞类型和组织的细胞类型特异性及通用的细胞衰老特征	NA	识别和表征不同细胞类型和组织中的细胞衰老特征	小鼠和人类的细胞衰老特征	单细胞转录组学	肿瘤发生、炎症、心肌梗死	单细胞转录组学	SenePy算法	转录组数据	72只小鼠和64个人类的单细胞转录组特征
1319	2025-07-22	Emergence of inflammatory fibroblasts with aging in Hermansky-Pudlak syndrome associated pulmonary fibrosis 2025-Feb-22, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07589-9 PMID:39987372	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术，探索了与Hermansky-Pudlak综合征（HPS）相关的肺纤维化中炎症性成纤维细胞的年龄依赖性增加	发现了HPS小鼠中SAA3炎症性肺成纤维细胞的年龄依赖性增加，并揭示了HPS1和HPS2小鼠中不同类型的细胞相互作用	研究样本数量有限，仅包括小鼠模型和三名HPS1患者的肺组织	研究肺纤维化的发病机制和进展过程	年轻和老年HPS小鼠模型及三名HPS1患者的肺组织	digital pathology	pulmonary fibrosis	scRNA-seq	NA	RNA-seq数据	多个HPS亚型的小鼠模型及三名HPS1患者的肺组织
1320	2025-07-22	HMGA2 Expression Predicts Subtype, Survival, and Treatment Outcome in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma 2025-Feb-17, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-2200 PMID:39680021	研究论文	本研究旨在确立HMGA2作为胰腺导管腺癌(PDAC)基底样疾病的标志物，并探索其作为预后和治疗抵抗生物标志物的用途	发现HMGA2表达可预测PDAC亚型、生存率和治疗结果，且与GATA6状态结合可识别疾病亚型	研究样本量虽大但来自多个数据库，可能存在异质性	探索HMGA2在PDAC中的标志物作用及其对预后和治疗的影响	胰腺导管腺癌(PDAC)患者样本	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序(RNA-seq)、多重免疫组化(IHC)	NA	RNA-seq数据、免疫组化数据	初始队列580例PDAC样本，补充30例多样化样本，多个独立单细胞RNA-seq数据库