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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1301 | 2026-05-15 |
Bisphenol A potentiates ischemia-reperfusion-induced endothelial and blood-brain barrier dysfunction associated with CX3CL1-CX3CR1 signaling
2026-Jun-01, Ecotoxicology and environmental safety
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.ecoenv.2026.120195
PMID:42085735
|
研究论文 | 本研究综合运用网络毒理学、孟德尔随机化、分子对接和单细胞转录组学等方法,发现双酚A通过CX3CL1-CX3CR1信号通路加剧缺血再灌注引起的内皮和血脑屏障功能障碍 | 首次整合网络毒理学、孟德尔随机化、分子对接和单细胞转录组学多种方法,系统揭示双酚A加剧缺血性中风损伤的分子机制,并锁定CX3CL1-CX3CR1信号通路作为关键靶点 | 仅使用体外细胞模型,缺乏体内动物实验验证;双酚A浓度较高(50和100 μM)可能不完全反映环境暴露水平 | 探究双酚A是否以及如何调节缺血性神经血管损伤 | bEnd.3脑内皮细胞和内皮-星形胶质细胞Transwell血脑屏障共培养模型 | NA | 缺血性中风 | 单细胞转录组学 | NA | NA | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA |
| 1302 | 2026-05-15 |
scRAPID-web: a web server for predicting protein-RNA interactions from single-cell transcriptomics
2026-May-14, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-026-12870-0
PMID:42129640
|
研究论文 | 介绍scRAPID-web网络服务器,用于从单细胞转录组数据预测蛋白质-RNA相互作用 | 通过整合单细胞基因调控网络推断与catRAPID结合倾向预测,开发了用户友好的网络服务器,支持八个模式生物的分析 | NA | 提供一个用户友好的网络工具,用于从单细胞RNA测序数据预测RNA结合蛋白与RNA的相互作用 | 单细胞RNA测序数据中的RNA结合蛋白和RNA | 机器学习 | NA | RNA测序 | NA | 基因表达矩阵 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1303 | 2026-05-15 |
RNA-based CLEM (RCLEM) bridging RNA localisation and ultrastructural mapping in 3D
2026-May-14, Journal of microscopy
IF:1.5Q3
DOI:10.1111/jmi.70105
PMID:42131894
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研究论文 | 开发了一种基于RNA的三维相关光镜与电镜(RCLEM)工作流程,用于在超微结构环境中高分辨率可视化RNA分子 | 首次将RNA标记与连续块面扫描电子显微镜(SBF-SEM)整合,实现厚组织中mRNA三维超微结构定位,无需抗体优化,通过优化去污剂条件保持超微结构与探针可及性 | NA | 克服当前空间转录组学分辨率限制,建立连接基因表达与细胞超微结构的高分辨率三维空间转录组分析平台 | 脉络丛和肝脏组织中的mRNA分子 | 数字病理学 | NA | RNA-seq, 空间转录组学, 原位杂交, 连续块面扫描电子显微镜 | NA | 图像, 三维数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1304 | 2026-05-15 |
Integrated Single-Cell Atlas Reveals Cross-Subtype Heterogeneity in Human Pulmonary Hypertension
2026-May-14, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.126.324594
PMID:42131915
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research paper | 通过整合单细胞RNA测序数据构建人类肺动脉高压核心单细胞图谱,揭示跨亚型异质性,并开发了多任务学习工具PH-Map用于快速分层细胞注释 | 首次构建涵盖多个临床亚型的人类肺动脉高压核心单细胞图谱,并开发基于该图谱的预训练多任务学习工具PH-Map,实现快速分层细胞注释 | 未提及具体局限性 | 整合单细胞RNA测序数据,构建人类肺动脉高压核心单细胞图谱,揭示跨亚型细胞异质性,并为下游研究提供可重复的分层注释工具 | 64个人类样本(包括特发性肺动脉高压、系统性硬化症相关肺动脉高压、慢性血栓栓塞性肺动脉高压和健康对照)的235621个高质量细胞 | machine learning | pulmonary hypertension | single-cell RNA-seq | multitask learning | single-cell RNA sequencing data | 64个人类样本,包含235621个细胞 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 1305 | 2026-05-15 |
Perk Is Dispensable for Smooth Muscle Cell Phenotype Switching in Atherosclerosis
2026-May-14, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.125.323869
PMID:42131916
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研究论文 | 本研究探讨Perk蛋白在平滑肌细胞表型转换及动脉粥样硬化病变中的作用,发现其并非必需 | 首次通过体内基因敲除和单细胞分析明确Perk在动脉粥样硬化平滑肌细胞调节中不发挥关键作用 | 主要基于小鼠模型,且未在更多人类样本中验证Perk通路与病变稳定性的直接因果关系 | 阐明未折叠蛋白反应蛋白Perk在动脉粥样硬化平滑肌细胞调控和病变稳定性中的作用 | 成年Ldlr基因敲除高胆固醇血症小鼠的平滑肌细胞及人颈动脉病变组织 | 心血管疾病 | 动脉粥样硬化 | 单细胞RNA测序、批量RNA测序、Xenium空间转录组、基因敲除 | NA | 基因表达数据、空间转录组数据 | 小鼠模型(样本量未明确说明)、人类颈动脉病变样本(具体数量未提供) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单细胞RNA测序,Xenium空间转录组学平台 |
| 1306 | 2026-05-15 |
A skeletal muscle atlas shows neuromuscular junction adaptations to growth and atrophy
2026-May-13, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2026.03.010
PMID:42019489
|
研究论文 | 该研究构建了小鼠后肢骨骼肌的单细胞和单核转录组图谱,结合空间转录组分析,揭示了神经肌肉接头在肌肉萎缩和肥大过程中的适应性变化 | 首次通过多组学联合分析(单细胞转录组、单核转录组和空间转录组)系统描绘了小鼠骨骼肌在休息、萎缩和肥大状态下的细胞图谱,并发现神经肌肉接头处的突触肌核和终末施万细胞在不同状态下发生显著重塑 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本仅用于验证部分结果,且实验诱导的萎缩和肥大条件可能无法完全模拟自然衰老或疾病状态下的肌肉变化 | 阐明骨骼肌在萎缩和肥大过程中的分子机制,特别是神经肌肉接头的重塑机制 | 小鼠后肢骨骼肌(静止状态和实验诱导的萎缩或肥大状态)及人类骨骼肌样本(去神经支配和运动后) | 转录组学, 空间组学 | 肌肉萎缩相关疾病 | 单核RNA测序, 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 高分辨率3D成像 | NA | 转录组数据, 空间基因表达数据, 成像数据 | 小鼠后肢骨骼肌样本(具体数量未提及),人类去神经支配和运动后肌肉样本(具体数量未提及) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单细胞3'基因表达测序,10x Visium空间转录组学 |
| 1307 | 2026-05-15 |
Guidelines for single-cell RNA sequencing analysis of eosinophils
2026-May-13, Journal of leukocyte biology
IF:3.6Q2
DOI:10.1093/jleuko/qiag055
PMID:42033750
|
研究论文 | 为嗜酸性粒细胞单细胞RNA测序分析提供指导方针 | 整合多个公共嗜酸性粒细胞scRNA-seq数据集,开展跨平台、跨组织、跨物种比较分析,揭示了嗜酸性粒细胞转录组覆盖率最低的特点,并开发了专用的标记基因面板和内含子包含比对策略 | 未明确说明局限性 | 建立嗜酸性粒细胞特异的scRNA-seq分析框架,改进其回收、注释和生物学解释 | 嗜酸性粒细胞 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 多个公共数据集整合 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1308 | 2026-05-15 |
Hypoxia-induced ADAM8⁺ macrophages and FAP⁺ fibroblasts form an extracellular matrix-remodeling niche at the tumor boundary in HCC
2026-May-13, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-25-1240
PMID:42127119
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序、空间转录组学和多重免疫荧光技术,揭示了肝细胞癌中缺氧诱导的ADAM8⁺巨噬细胞和FAP⁺成纤维细胞在肿瘤边界形成细胞外基质重塑微环境 | 首次鉴定出ADAM8⁺巨噬细胞与FAP⁺成纤维细胞通过胶原-CD44轴相互作用,形成缺氧相关的ECM重塑微环境,并证明ADAM8可作为治疗靶点 | 主要基于体外实验和组织微阵列分析,缺乏体内功能验证;样本量有限,需在更大队列中验证预后相关性 | 探究肝细胞癌中驱动细胞外基质重塑的细胞状态,明确其肿瘤边界组织方式及与预后的关联 | 79例肝细胞癌患者的肿瘤边界基质区域 | 数字病理学, 单细胞组学 | 肝细胞癌 | scRNA-seq, 空间转录组学, 多重免疫荧光 | 配体-受体分析, 基因敲降实验 | 基因表达数据, 空间转录数据, 组织图像 | 79例患者样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1309 | 2026-05-15 |
Natural killer cell immunotherapy reverses lung fibrosis by eliminating senescent fibroblasts
2026-May-13, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adq5442
PMID:42127218
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序和空间转录组学,揭示NKG2A/HLA-E免疫检查点轴让衰老成纤维细胞逃避免疫监视,靶向该轴可逆转肺纤维化 | 首次鉴定NKG2A作为纤维化肺部疾病中NK细胞的主要抑制性检查点受体,并发现HLA-E/NKG2A免疫检查点轴介导衰老成纤维细胞的免疫逃逸,提出空间受限的免疫特权生态位概念 | 未明确提及 | 阐明自然杀伤细胞在肺纤维化中清除衰老成纤维细胞的免疫逃逸机制,并探索免疫检查点阻断治疗策略 | 特发性肺纤维化患者肺部组织及博来霉素诱导的小鼠肺纤维化模型 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序、光谱流式细胞术、空间转录组学、多重免疫荧光 | NA | 单细胞转录组数据、空间转录组数据 | 特发性肺纤维化患者肺部样本及小鼠肺组织样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | 10x Chromium,10x Visium | 10x Chromium Single Cell 3' 用于单细胞RNA测序, 10x Visium 用于空间转录组学 |
| 1310 | 2026-05-15 |
Sensory nerves protect against preclinical tendinopathic changes through FGF1 signaling
2026-May-13, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.aec1380
PMID:42127222
|
研究论文 | 感觉神经通过FGF1信号在肌腱病前变化中发挥保护作用 | 首次揭示感觉神经元在慢性肌腱病发展中的调节功能,并发现其通过分泌FGF1对肌腱退化起预防作用 | 研究主要基于临床前模型,人类样本验证有限 | 探究感觉神经元在慢性肌腱病发展中的调控作用及其机制 | 小鼠慢性肌腱病模型和人类肌腱病标本 | 机器学习和单细胞测序 | 肌腱病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | 三种互补的小鼠手术和转基因模型,以及人类肌腱病标本 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 1311 | 2026-05-15 |
Chromatin rewiring of β-globin and MYC enhancers by TGF-β1 drives defective erythropoiesis
2026-May-13, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-72963-y
PMID:42129196
|
研究论文 | 揭示TGF-β1通过染色质重构调控β-珠蛋白和MYC增强子导致红细胞生成缺陷的机制 | 首次通过整合RNA-seq、ChIP-seq和Micro-C分析,揭示TGF-β1/SMAD2信号通过双重作用——激活β-珠蛋白LCR促进早熟分化并破坏MYC增强子-启动子互作抑制增殖——来调控红细胞生成 | 未明确讨论临床转化潜力及体内模型与人类疾病的完全一致性限制 | 阐明TGF-β1调控红细胞生成的具体分子机制 | 骨髓增生异常综合征患者样本及原代人造血干细胞/祖细胞 | 数字病理学 | 血液疾病 | RNA-seq, ChIP-seq, Micro-C, 单细胞RNA-seq | NA | 测序数据 | 骨髓增生异常综合征患者样本及TGF-β1过表达小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq, ChIP-seq, Micro-C | NA | NA |
| 1312 | 2026-05-15 |
High-throughput generation of patient-derived cancer stem cells for precision medicine using a microwell-chip platform
2026-May-13, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-026-01957-1
PMID:42129300
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研究论文 | 开发了一种基于微孔芯片的平台,可高通量生成源自患者乳腺癌标本的微小肿瘤球,用于癌症干细胞的功能富集和个性化药物测试 | 提出了一种微孔细胞芯片培养平台,能够从临床小样本(如穿刺活检)中快速、高通量生成均匀的微小肿瘤球,并在8天内实现功能性癌症干细胞富集和个性化药物测试 | 未明确说明局限性 | 开发一种高通量平台,从患者样本中生成癌症干细胞,用于精准肿瘤学的药物测试 | 乳腺癌患者标本中的癌症干细胞 | 机器学习 | 乳腺癌 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组数据 | 16名乳腺癌患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1313 | 2026-05-15 |
Single-cell and deep learning identify hypoxia-responsive lncRNAs predicting outcomes in colorectal cancer
2026-May-13, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-026-01438-6
PMID:42129304
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研究论文 | 整合单细胞转录组、空间转录组及多组学数据,利用深度学习构建低氧响应lncRNA分子特征HRLPMS,预测结直肠癌预后并指导治疗策略 | 首次通过单细胞与空间转录组学系统鉴定结直肠癌低氧响应lncRNA分子标签HRLPMS,并整合深度学习算法验证其预后价值,揭示其免疫微环境及治疗反应关联 | 仅基于公开数据及少量内部样本验证,需更大规模前瞻性队列确认HRLPMS的临床适用性 | 探索低氧响应lncRNA在结直肠癌中的预后预测价值及治疗指导意义 | 结直肠癌患者及肿瘤组织 | 机器学习、深度学习、数字病理 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组测序、批量转录组测序、蛋白质组学 | 深度学习(DL)、机器学习(ML)、Cox回归 | 基因表达数据、单细胞转录组数据、空间转录组数据、蛋白质组数据 | 多种公开数据集及内部队列,具体样本量未详述 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组测序、批量RNA测序 | NA | NA |
| 1314 | 2026-05-15 |
Deciphering microenvironmental heterogeneity by scalable Niche Guided Module Discovery
2026-May-13, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-026-10240-w
PMID:42129459
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研究论文 | 提出一种可扩展的微环境引导基因模块发现方法SIGMOD,用于解析空间转录组数据中的微环境异质性 | 创新性地将预先构建的微环境信息与基因表达分解相结合,以发现细胞类型和细胞状态特异的临床相关基因模块,并揭示模块间相互作用 | NA | 开发一种方法以深入理解空间转录组中微环境内的串扰机制 | 空间转录组数据中的基因模块及其微环境相互作用 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium, 10x Xenium, CosMX | 10X ST, Visium, Xenium, CosMX数据 |
| 1315 | 2026-05-15 |
Lineage and organ signals sequentially build organ intrinsic nervous systems
2026-May-13, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-026-10490-y
PMID:42129551
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研究论文 | 本研究通过多器官系统分析,揭示了器官内神经系统从神经嵴细胞起源到形成特异性神经架构的双重逻辑 | 首次在系统层面证明器官内神经系统的多样性源于双重逻辑:谱系程序预先设定空间框架,而器官特异性信号指导最终分子身份和结构精确性 | NA | 阐明器官内神经系统如何从共同的神经嵴细胞起源构建出不同的神经结构 | 小鼠心脏、胰腺、肠道和肺的器官内神经系统 | 机器学习, 数字病理学 | NA | 谱系追踪, 3D成像, 单细胞转录组学, 基因扰动, 体外共培养 | NA | 图像, 文本 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1316 | 2026-05-15 |
Prognostic Significance and Immune Landscape of Neuroendocrine Differentiation-Related Genes in Non-Small Cell Lung Cancer
2026-May-13, Biological procedures online
IF:3.7Q1
DOI:10.1186/s12575-026-00343-3
PMID:42129622
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研究论文 | 本研究探讨了非小细胞肺癌中神经内分泌分化相关基因与免疫治疗抵抗的关系,并构建了基于三个预后基因的风险模型 | 首次系统性分析神经内分泌分化相关基因与非小细胞肺癌免疫治疗抵抗之间的关联,并基于RRM2、WDR76和PLEKHH2三个基因构建预后风险模型 | 样本量有限(仅6例患者标本验证),缺乏外部独立验证队列,且模型效能需进一步前瞻性研究确认 | 探索非小细胞肺癌中神经内分泌分化相关基因与免疫治疗抵抗的关系并构建预后模型 | 非小细胞肺癌患者样本(包括PD-1阻断治疗样本)及6例天津医科大学总医院收集的临床标本 | 机器学习 | 非小细胞肺癌 | RNA-seq | Cox比例风险模型 | 基因表达数据 | 公共数据库样本(具体数量未在摘要中说明)及6例患者标本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1317 | 2026-05-15 |
An orally bioavailable pan-αv/α5β1 integrin antagonist prevents aggressive prostate cancer progression via suppressing both oncogenic signals and CD47-mediated immune escape
2026-May-13, Molecular cancer
IF:27.7Q1
DOI:10.1186/s12943-026-02686-7
PMID:42129801
|
研究论文 | 开发了一种口服生物可利用的泛αv/α5β1整合素拮抗剂C19-9N,通过抑制致癌信号和CD47介导的免疫逃逸来阻止侵袭性前列腺癌进展 | 首次合成了一种口服生物可利用的非RGD泛αv/α5β1整合素拮抗剂C19-9N,能够绕过整合素亚型转换介导的潜在补偿性耐药,同时靶向致癌驱动因子和肿瘤微环境脆弱性 | 文章未明确提及局限性,但可能包括临床前模型与人体疗效的差异,以及需要进一步验证长期安全性和人体临床试验 | 开发针对晚期前列腺癌(特别是恩杂鲁胺耐药、骨转移性去势抵抗性前列腺癌和神经内分泌前列腺癌)的新型靶向疗法 | 前列腺癌肿瘤样本和细胞系,以及多种小鼠模型(包括CRPC皮下异种移植、骨转移模型和NEPC患者来源异种移植) | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序、免疫组化、Western blotting、表面等离子共振、微量热泳动 | NA | 图像、文本 | 涉及前列腺癌肿瘤样本、细胞系及多种小鼠模型,具体数量未在摘要中说明 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 用于单细胞RNA测序分析肿瘤微环境中浸润免疫细胞的调控效应 |
| 1318 | 2026-05-15 |
Why are iron chelators not as effective as artemisinin in killing malaria parasites?
2026-May-13, Parasites & vectors
IF:3.0Q1
DOI:10.1186/s13071-026-07373-6
PMID:42129917
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research paper | 研究为何铁螯合剂在杀死疟原虫方面不如青蒿素有效,通过单细胞RNA测序和功能实验揭示机制 | 首次通过单细胞RNA测序比较青蒿素衍生物与铁螯合剂对疟原虫的基因表达影响,揭示青蒿素在消化液泡中积累并破坏血红素/铁稳态的关键作用 | 仅使用单一疟原虫株(3D7)和特定铁螯合剂(地拉罗司),未涵盖所有耐药株 | 阐明青蒿素与铁螯合剂抗疟效果差异的分子机制,为优化青蒿素联合疗法提供依据 | 恶性疟原虫(Plasmodium falciparum 3D7)和约氏疟原虫(P. yoelii) | machine learning | 疟疾 | 单细胞RNA测序、透射电子显微镜、体外/体内感染实验 | NA | RNA测序数据、显微镜图像 | 恶性疟原虫3D7株的多个发育阶段,约氏疟原虫感染的小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 单细胞RNA测序用于分析处理后3、9、24小时的基因表达变化 |
| 1319 | 2026-05-15 |
From tarsal anatomy to tear-film homeostasis: A history-informed review of the meibomian gland in ocular surface biology
2026-May-12, Experimental eye research
IF:3.0Q1
DOI:10.1016/j.exer.2026.111052
PMID:42119841
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综述 | 回顾睑板腺从解剖发现到成为眼表疾病核心因素的转变过程 | 提出‘认知激活’这一分析性术语,从历史演进的视角系统解析睑板腺从解剖结构到疾病因果关联的四个转变阶段,并结合当代多组学、细胞与计算研究展望未来分类方向 | 未明确讨论该历史分析框架在其他解剖结构或疾病中的应用限制 | 阐述睑板腺在眼表生物学中从解剖认识到疾病核心概念的演化历程 | 睑板腺及相关眼表结构 | NA | 干眼症 | 单细胞转录组学、空间转录组学、脂质组学、人工智能图像分析 | 类器官模型 | 文本、图像 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1320 | 2026-05-15 |
Multi-omics precision diagnosis of brucellosis: Advances in biomarker discovery and clinical application
2026-May-12, Clinica chimica acta; international journal of clinical chemistry
DOI:10.1016/j.cca.2026.121074
PMID:42128325
|
综述 | 本文综述了布鲁氏菌病诊断从病原体检测向多组学精准诊断的范式转变,涵盖核酸扩增技术、免疫蛋白质组学、宿主反应生物标志物及人工智能整合 | 首次系统整合核酸扩增技术(从qPCR到ddPCR及CRISPR-Cas生物传感)、免疫蛋白质组学发现的新型血清优势抗原及多表位融合蛋白,以及基于转录组、代谢组和单细胞RNA测序的宿主反应生物标志物,并探讨人工智能整合多维度数据构建预测诊断模型 | 未明确提及具体局限性 | 推动布鲁氏菌病精准医学发展,弥合生物标志物发现与临床即时检验之间的差距 | 布鲁氏菌病及其诊断方法 | 机器学习 | 布鲁氏菌病 | 核酸扩增技术, 免疫蛋白质组学, 转录组学, 代谢组学, 单细胞RNA测序 | NA | 文本, 图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |