本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1301 | 2026-05-08 |
TDAGENE: Inference of Gene Regulatory Network Based on Topological Data Analysis and Graph Attention Network for Single-Cell RNA Sequencing Data
2026, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.34133/csbj.0080
PMID:42093817
|
研究论文 | 提出了TDAGENE方法,结合拓扑数据分析与图注意力网络,用于从单细胞RNA测序数据推断基因调控网络 | 首次将拓扑数据分析(TDA)引入基因调控网络推断,融合全局拓扑特征与局部图表示,提升模型捕捉网络拓扑结构和识别基因相互作用关系的能力 | 未明确提及局限性 | 开发并验证一种基于拓扑数据分析和图注意力网络的新型基因调控网络推断方法 | 单细胞RNA测序数据中的基因调控网络 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 图注意力网络 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1302 | 2026-05-08 |
Duhuo Jisheng Decoction ameliorates experimental intervertebral disc degeneration by modulating immune-inflammatory responses through regulation of macrophage polarization
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1774140
PMID:42093971
|
research paper | 该研究通过单细胞测序分析发现独活寄生汤通过调控巨噬细胞极化减轻椎间盘退变的免疫炎症反应 | 首次从单细胞水平揭示独活寄生汤通过调控巨噬细胞M1/M2极化平衡改善椎间盘退变的免疫炎症机制 | 未提及具体局限性 | 探讨独活寄生汤是否通过调控巨噬细胞介导的免疫炎症反应来减轻椎间盘退变 | 椎间盘退变模型小鼠及巨噬细胞 | machine learning | 椎间盘退变 | single-cell sequencing | NA | single-cell sequencing data | 实验动物样本数量未明确说明 | 10x Genomics | single-cell RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 1303 | 2026-05-08 |
The therapeutic effect and specific mechanism involved active Chinese medicine component biochaninA in glioma
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1780159
PMID:42093975
|
研究论文 | 通过多组学策略探究中药活性成分鹰嘴豆芽素A对胶质瘤的治疗效果及具体机制 | 采用多组学整合方法,结合单细胞RNA测序、体外实验、GSTP1预后模型构建及免疫浸润和药物敏感性分析,揭示了鹰嘴豆芽素A通过调控GSTP1发挥抗胶质瘤作用的新机制 | 未提及具体局限性 | 阐明中药活性成分鹰嘴豆芽素A对胶质瘤的治疗机制 | 胶质瘤细胞及复发胶质瘤中的C2 CENPF⁺肿瘤细胞 | 数字病理学 | 胶质瘤 | 多组学分析、单细胞RNA测序、体外实验 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1304 | 2026-05-08 |
Integrated single-cell and bulk transcriptomics identify autophagy-related immune-suppressive subtypes and a prognostic signature in colorectal cancer
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1820929
PMID:42093974
|
research paper | 整合单细胞与批量转录组数据识别结直肠癌中自噬相关的免疫抑制亚型及预后特征 | 首次在结直肠癌中跨细胞类型绘制自噬活性图谱,并基于自噬相关基因定义分子亚型与预后模型 | 研究主要基于公共数据库和体外实验,缺乏大规模临床队列验证 | 探索自噬相关基因在结直肠癌肿瘤微环境中的角色及其对风险分层的价值 | 结直肠癌肿瘤组织中的恶性细胞、基质细胞和免疫细胞 | digital pathology | colorectal cancer | RNA-seq | machine learning | gene expression data | 多个公共队列样本,包括TCGA和GEO数据 | Illumina | bulk RNA-seq | Illumina NovaSeq | 单细胞RNA测序和批量转录组测序 |
| 1305 | 2026-05-08 |
Enhanced TLR7-induced interferon responses in women living with HIV
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1791579
PMID:42093980
|
研究论文 | 本研究通过大规模队列分析了TLR7刺激后女性与男性HIV感染者的免疫反应差异,发现女性表现出更强的干扰素应答和减弱的炎症细胞因子产生 | 首次在大型HIV感染者队列中系统揭示TLR7刺激的性别特异性免疫反应,包括女性独有的干扰素通路增强和炎症通路抑制,并鉴定出IRF7在浆细胞样树突状细胞中的关键作用 | 男性为主的队列构成(女性仅占14.5%)可能影响统计效力,且未完全阐明TFH细胞频率差异与干扰素应答的因果关系 | 探究HIV感染背景下TLR7驱动的免疫反应是否存在性别差异及其对病毒控制的潜在影响 | 1326名接受抗逆转录病毒治疗的HIV感染者(192名女性、1134名男性)和43名未感染者(28名女性、15名男性) | 免疫学 | HIV感染 | TLR7激动剂刺激、RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、单细胞转录组数据 | 1369名研究对象(包括1326名HIV感染者和43名未感染者),其中单细胞测序分析290名HIV感染者(76名女性、214名男性) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 外周血单个核细胞的单细胞RNA测序 |
| 1306 | 2026-05-08 |
Combining multi-omics analysis methods to identify biomarkers for mitophagy involved in immune checkpoint inhibitors-related myocarditis
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1691848
PMID:42093991
|
研究论文 | 通过多组学分析识别免疫检查点抑制剂相关心肌炎中线粒体自噬的生物标志物 | 首次结合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据筛选ICIs相关心肌炎中的线粒体自噬关键基因,并验证其诊断价值 | 研究基于公开数据集和小鼠模型,临床样本验证不足 | 探索线粒体自噬在免疫检查点抑制剂相关心肌炎中的作用并识别潜在生物标志物 | ICIs相关心肌炎患者和小鼠模型的心肌组织 | 机器学习和数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq, qRT-PCR | NA | 基因表达数据, 测序数据 | 公开数据集及小鼠模型样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 1307 | 2026-05-08 |
Galectin-3 promotes FBXL5-dependent ubiquitination and degradation of YAP1 to constrain colorectal cancer growth
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1769656
PMID:42093989
|
研究论文 | 本研究探讨了Galectin-3通过FBXL5依赖性泛素化降解YAP1以抑制结直肠癌生长的机制 | 首次揭示Gal-3通过FBXL5介导的泛素化途径促进YAP1蛋白降解,构成Gal-3-FBXL5-YAP1信号轴,并提出该轴在抑制结直肠癌进展中的新角色 | 需通过TEAD报告基因实验及YAP1拯救或突变分析进一步验证该信号轴的因果框架 | 阐明Gal-3在结直肠癌中的临床相关性及其调控FBXL5和YAP1的分子机制 | 结直肠癌患者组织样本及细胞系 | 分子生物学 | 结直肠癌 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, 免疫共沉淀, 泛素化检测 | NA | 基因表达数据, 蛋白质相互作用数据, 小鼠模型数据 | TCGA及单细胞RNA测序数据集;细胞实验及小鼠异种移植模型 | NA | 单细胞RNA-seq, 大量RNA-seq | NA | NA |
| 1308 | 2026-05-08 |
Loss of SHP-1 in CD11c+ cells impairs anti-tumor immunity
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1710547
PMID:42093998
|
研究论文 | 通过条件性基因敲除小鼠模型,研究SHP-1在CD11c+细胞(包括树突状细胞和巨噬细胞)中缺失对抗肿瘤免疫的影响 | 首次揭示SHP-1在抗原呈递细胞而非CD8+ T细胞中发挥关键免疫调节作用,并证明其在cDC1和巨噬细胞中通过不同机制影响抗肿瘤免疫 | 未具体说明研究样本量、临床相关性验证及具体分子机制细节 | 探究SHP-1在CD11c+抗原呈递细胞中缺失对抗肿瘤免疫应答的影响 | ItgaxΔPtpn6、Xcr1ΔPtpn6和Lyz2ΔPtpn6条件性基因敲除小鼠及其MC38肿瘤模型 | 免疫学 | 癌症 | 条件性基因敲除、单细胞RNA测序、流式细胞术 | 条件性基因敲除小鼠模型 | 单细胞转录组数据、流式细胞术数据 | 多种基因型小鼠及肿瘤模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1309 | 2026-05-08 |
Multi-functional Small Molecule for Regenerative Healing of Avascular Meniscus Tears: Modulation of Inflammation, Differentiation, and Multi-Tissue Crosstalk
2026, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.132326
PMID:42094591
|
研究论文 | 本研究报道了一种新型小分子4-PPBP,作为σ1受体激动剂,通过调节炎症、分化和多组织串扰促进无血管半月板撕裂的再生愈合 | 首次发现4-PPBP通过激活滑膜间充质干细胞和调节巨噬细胞介导的炎症,经多组织串扰促进无血管半月板愈合,并利用单细胞RNA测序揭示细胞间通讯机制 | NA | 开发可促进无血管半月板撕裂愈合的多功能小分子治疗药物 | 半月板细胞、滑膜间充质干细胞、巨噬细胞、成纤维细胞、软骨细胞、纤维软骨细胞、脂肪细胞 | NA | 骨关节炎 | scRNA-seq, CellChat分析 | NA | 基因表达数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 1310 | 2026-05-08 |
Cell type-specific alterations in fatty acid metabolism in neuronal subpopulations of schizophrenia and construction of a diagnostic model
2026, Frontiers in psychiatry
IF:3.2Q2
DOI:10.3389/fpsyt.2026.1770038
PMID:42094829
|
研究论文 | 本研究整合单细胞和批量RNA测序,探究精神分裂症患者背外侧前额叶皮层中脂肪酸代谢相关基因的细胞类型特异性改变,并构建诊断模型 | 首次结合单细胞与批量RNA测序揭示精神分裂症神经元亚群中脂肪酸代谢的细胞类型特异性失调,并基于关键基因构建了具有转化潜力的五基因诊断模型 | 模型在外部验证队列中的AUC为0.779,提示泛化性能可能有限;仅使用MK-801诱导的小鼠模型进行验证,未在人体组织中进行直接验证 | 研究精神分裂症患者背外侧前额叶皮层中脂肪酸代谢相关基因的细胞类型特异性变化及其作为诊断生物标志物的潜力 | 精神分裂症患者和对照的背外侧前额叶皮层组织样本 | 机器学习 | 精神分裂症 | 单细胞RNA测序、批量RNA测序、qPCR | LASSO回归 | 基因表达数据 | 9例精神分裂症患者和14例对照的单细胞测序样本,以及两个批量RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 1311 | 2026-05-08 |
Association of the CXCL-ACKR1 Signaling Axis with the Angiogenic Microenvironment in Endometrial Cancer: A Single-Cell Transcriptomic Analysis
2026, International journal of women's health
DOI:10.2147/IJWH.S582387
PMID:42094869
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析,探讨CXCL信号通路在子宫内膜癌血管生成中的作用及其作为治疗靶点的潜力 | 首次在单细胞水平揭示CXCL-ACKR1信号轴与子宫内膜癌血管生成微环境的关联,并鉴定出ACKR1作为抗血管生成治疗的新靶点 | 未提及具体局限性,但可能包括样本量较小或缺乏功能验证实验 | 研究子宫内膜癌中CXCL信号通路在血管生成中的作用,评估其作为治疗靶点的潜力 | 18例子宫内膜癌和正常对照组织的单细胞RNA测序数据 | 癌症研究 | 子宫内膜癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 18个样本(子宫内膜癌和正常对照组织) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1312 | 2026-05-08 |
The Role of COQ10B in Tumor Progression and Its Association with Immune Escape in Esophageal Squamous Cell Carcinoma: A Multi-Omics and Functional Analysis
2026, International journal of general medicine
IF:2.1Q2
DOI:10.2147/IJGM.S581929
PMID:42095211
|
研究论文 | 本研究通过多组学和功能分析,探讨COQ10B在食管鳞状细胞癌进展中的作用及其与免疫逃逸的关联 | 首次系统揭示COQ10B在食管鳞癌中通过激活PI3K/AKT/HIF-1A信号通路促进肿瘤进展和免疫逃逸的机制 | 未提及具体局限性 | 阐明COQ10B在食管鳞状细胞癌中的功能及其调控肿瘤免疫微环境的潜在机制 | 食管鳞状细胞癌(ESCC),TE-1细胞,C57BL/6小鼠皮下异种移植模型 | 机器学习 | 肺癌 | NGS, RNA-seq | NA | 文本 | TCGA和GEO数据库样本,单细胞测序数据,TE-1细胞,C57BL/6小鼠 | Illumina | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | Illumina NovaSeq | TCGA和GEO数据库的批量RNA-seq及单细胞RNA-seq数据 |
| 1313 | 2026-05-08 |
Non-parasite genome encoded virus-like RNAs reprogram the pathogenicity of human blood flukes
2025-Dec-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-67822-1
PMID:41453891
|
研究论文 | 发现非寄生虫基因组编码的病毒样RNA调控日本血吸虫的致病性 | 首次发现非寄生虫基因组编码的病毒样RNA(ngRNAs)在血吸虫中存在并通过编码RNA依赖的RNA聚合酶影响胚胎活力和卵子生成,揭示了ngRNAs在寄生虫生物学中的调控机制 | 未详细说明ngRNAs在其他物种中的保守性及长期感染条件下的动态变化 | 探究非寄生虫基因组编码的病毒样RNA在血吸虫致病性中的作用及其潜在治疗靶点 | 日本血吸虫(Schistosoma japonicum)和涡虫(Dugesia japonica) | 数字病理学 | 血吸虫病 | 宏转录组学(metatranscriptomics),单细胞RNA测序(scRNA-seq),RNA干扰 | NA | 转录组数据 | 未明确说明样本数量 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 1314 | 2026-05-08 |
Oral immunotherapy directs systemic transcriptomic changes in children with hen's egg allergy
2025-Dec, Asian Pacific journal of allergy and immunology
IF:2.3Q3
DOI:10.12932/AP-011124-1965
PMID:40544372
|
研究论文 | 一项关于口服免疫疗法如何影响鸡蛋过敏儿童全身转录组变化的研究 | 首次通过单细胞RNA测序揭示鸡蛋口服免疫疗法诱导的系统性免疫细胞转录组改变,发现CD8+ T细胞耗竭状态和IKZF2高表达的调节性T细胞增加 | 样本量较小(仅8名完成治疗的患者),且未涉及长期随访或机制验证实验 | 探究鸡蛋过敏儿童口服免疫疗法相关的全身免疫表型和转录组变化 | 3至12岁确诊鸡蛋过敏的儿童(中位年龄4.5岁) | 分子免疫学 | 食物过敏(鸡蛋过敏) | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据(转录组) | 16名鸡蛋过敏儿童,其中8名完成治疗阶段(血液样本) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台,用于外周血单个核细胞的转录组分析 |
| 1315 | 2026-05-08 |
Integrative multiomics elucidate crotonylation-associated GCDH in Parkinson's disease pathogenesis via metabolome remodeling
2025-12, Mammalian genome : official journal of the International Mammalian Genome Society
IF:2.7Q2
DOI:10.1007/s00335-025-10151-x
PMID:40640550
|
研究论文 | 通过整合多组学分析,揭示了巴豆酰化相关基因GCDH通过代谢组重塑在帕金森病发病机制中的作用 | 利用孟德尔随机化结合中介分析首次建立巴豆酰化相关基因与帕金森病之间的因果关系,并系统解析代谢物介导的机制,同时整合单细胞转录组数据揭示GCDH在星形胶质细胞中的特异性表达和调控模式 | 未明确说明,但可能包括孟德尔随机化分析的固有局限性(如工具变量假设)以及单细胞数据来自公共数据库的样本异质性 | 阐明巴豆酰化及其代谢调控网络在帕金森病病理生理中的重要性 | 巴豆酰化相关基因(如SIRT1、GCDH、HDAC7)及其代谢物和帕金森病风险 | 机器学习 | 帕金森病 | 孟德尔随机化、单细胞转录组测序 | NA | 基因表达数据、代谢组数据、单细胞转录组数据 | 涉及eQTLGen数据集和GEO单细胞转录组数据,具体样本量未明确 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1316 | 2026-05-08 |
Impaired immune metabolism in COPD driven by dysfunction of CXCL16 + alveolar macrophages: multivariate causal evidence
2025-12, Mammalian genome : official journal of the International Mammalian Genome Society
IF:2.7Q2
DOI:10.1007/s00335-025-10163-7
PMID:41028288
|
研究论文 | 本研究通过多组学方法揭示CXCL16+肺泡巨噬细胞功能障碍驱动慢性阻塞性肺疾病(COPD)的免疫代谢紊乱,并提供多变量因果证据 | 首次通过整合单细胞RNA测序和孟德尔随机化分析,鉴定CXCL16作为COPD的新因果机制,并揭示其通过影响免疫-代谢稳态驱动疾病进展 | 未提供具体局限性信息 | 识别COPD中由肺泡巨噬细胞功能障碍驱动的关键分子机制及其因果关系 | COPD患者和对照组的肺泡巨噬细胞及其特异性基因CXCL16 | 单细胞组学、免疫学 | 慢性阻塞性肺疾病 | 单细胞RNA测序、孟德尔随机化分析、批量RNA测序 | NA | 基因表达数据(单细胞和批量RNA-seq) | 人类肺组织样本及1283个肺泡巨噬细胞特异性基因的遗传变异数据 | NA | 单细胞RNA测序、批量RNA测序 | NA | NA |
| 1317 | 2026-05-08 |
Multi-omics dissection of RAD21-PON1 axis reveals metabolic-immune crosstalk and prognostic significance in hepatocellular carcinoma
2025-12, Mammalian genome : official journal of the International Mammalian Genome Society
IF:2.7Q2
DOI:10.1007/s00335-025-10166-4
PMID:41143965
|
研究论文 | 通过多组学整合分析揭示RAD21-PON1轴在肝细胞癌中的代谢-免疫串扰及预后意义 | 首次阐明RAD21作为黏连蛋白亚基通过调控PON1基因表达影响代谢重塑与免疫微环境,构建了RAD21-PON1风险特征用于预后分层 | 基于公开数据集的分析,缺乏独立临床队列验证;RAD21-PON1轴的直接调控机制需进一步实验验证 | 探究RAD21-PON1轴在肝细胞癌中整合代谢与免疫信号的机制及其预后价值 | 肝细胞癌患者的转录组、ChIP-seq和单细胞RNA-seq数据集 | 机器学习 | 肝癌 | RNA-seq, ChIP-seq, 单细胞RNA-seq | LASSO | 转录组数据, 染色质免疫沉淀测序数据, 单细胞转录组数据 | 基于公开数据库的多组学数据集,具体样本量未在摘要中说明 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 1318 | 2026-05-08 |
CRATER tumor niches facilitate CD8+ T cell engagement and correspond with immunotherapy success
2025-Nov-26, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2025.09.021
PMID:41109214
|
研究论文 | 利用斑马鱼内源性黑色素瘤和人类黑色素瘤样本,通过长期体内成像和高分辨率空间转录组学鉴定出肿瘤微环境中促进免疫治疗响应的CRATER肿瘤生态位 | 首次发现并定义CRATER(抗原呈递和T细胞结合滞留区)作为肿瘤基质与黑色素细胞边界处的口袋结构,该区域富含抗原识别分子并具有最高密度CD8 T细胞,在免疫检查点阻断治疗后扩张并与临床响应相关 | 未明确说明研究限制 | 鉴定在免疫治疗期间促进免疫应答的肿瘤微环境域 | 斑马鱼内源性黑色素瘤和人类黑色素瘤样本 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 空间转录组学、体内成像 | NA | 图像、转录组数据 | 斑马鱼肿瘤样本和人类黑色素瘤活检样本(具体数量未在摘要中说明) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1319 | 2026-05-08 |
HMGA2 links morphological evolution and microenvironment dynamics to systemic therapy response in clear cell renal cell carcinoma
2025-Nov-24, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-012568
PMID:41290257
|
研究论文 | 本研究探讨了HMGA2在透明细胞肾细胞癌中连接形态演变与肿瘤微环境动态,并影响系统治疗反应的作用 | 首次揭示HMGA2在ccRCC中通过促进形态演化和调节免疫微环境(特别是Tpex与cDC1的ICAM-1依赖性互作)来影响免疫检查点抑制剂联合疗法的反应 | 结论需要额外的实验研究来验证这些机制 | 研究HMGA2在ccRCC形态演变、肿瘤微环境动态及系统治疗反应中的作用及其临床影响 | 透明细胞肾细胞癌(ccRCC)患者的肿瘤样本,包括原发性和转移性队列 | 数字病理学 | 肾癌 | 空间转录组学, 免疫组化, 批量RNA测序, 单细胞RNA测序, 多重免疫组化 | NA | 图像, 文本, 转录组数据 | 原发性ccRCC样本(ST样本)、转移性ccRCC队列(IHC及RNA-seq数据)以及scRNA-seq和mIHC数据集 | 10x Genomics, Illumina | 空间转录组学, 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | 10x Visium, NovaSeq | 10x Visium空间转录组学平台、Illumina NovaSeq平台用于批量RNA测序和单细胞RNA测序 |
| 1320 | 2026-05-08 |
Semi-parametric Empirical Bayes Method for Multiplet Detection in snATAC-seq with Probabilistic Multi-omic Integration
2025-Oct-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.23.684138
PMID:41279855
|
研究论文 | 提出一种半参数经验贝叶斯方法SEBULA,用于snATAC-seq数据中的多细胞检测,并支持概率性多组学整合 | 首次将半参数经验贝叶斯模型应用于snATAC-seq多细胞检测,实现良好校准的后验概率并支持多模态证据整合 | 未提及具体局限性,但可能受限于snATAC-seq数据的稀疏性和过度离散性 | 开发一种高效的多细胞检测方法以控制错误发现率 | snATAC-seq和trimodal DOGMA-seq数据集 | 机器学习 | NA | snATAC-seq, scRNA-seq | 半参数经验贝叶斯模型 | 染色质可及性数据、单细胞多组学数据 | 七个标注的三模态DOGMA-seq数据集及模拟数据 | NA | 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |