单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
13161	2024-08-07	tascCODA: Bayesian Tree-Aggregated Analysis of Compositional Amplicon and Single-Cell Data 2021, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2021.766405 PMID:34950190	研究论文	介绍了一种名为tascCODA的贝叶斯模型，用于整合层次信息和实验协变量数据，对组成性计数数据进行生成建模	tascCODA模型结合了基于树结构的潜在参数和尖峰与板Lasso惩罚，能够在数据驱动的简约方式下确定不同层次的协变量效应	NA	开发一种新的统计模型，用于分析来自高通量测序技术的生物数据集，特别是微生物组组成和细胞类型组成数据	微生物组组成数据和细胞类型组成数据	生物信息学	肠道疾病	高通量测序技术	贝叶斯模型	计数数据	包括溃疡性结肠炎患者的单细胞RNA测序数据和肠易激综合征患者的扩增子数据
13162	2024-08-07	Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals RGS1 as a New Marker and Promoting Factor for T-Cell Exhaustion in Multiple Cancers 2021, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2021.767070 PMID:34956194	研究论文	本研究利用单细胞转录组数据分析了多种癌症中CD8+ T细胞的细胞类型，并识别了与T细胞耗竭相关的35个基因，其中RGS1基因在耗竭前和耗竭T细胞中表达显著增加，并与不良预后相关。	首次识别RGS1作为T细胞耗竭的新标记和促进因子，并探讨了其在T细胞耗竭中的潜在机制。	研究主要基于单细胞转录组数据，未涉及体内实验验证RGS1的具体功能。	旨在识别新的T细胞耗竭标记物，并为耗竭细胞的研究和免疫治疗提供理论基础。	多种癌症中的CD8+ T细胞及其耗竭状态。	数字病理学	多种癌症	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	涉及多种癌症的CD8+ T细胞样本
13163	2024-08-07	Circulating miRNA Spaceflight Signature Reveals Targets for Countermeasure Development 2020-12-08, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2020.108448 PMID:33242410	研究论文	本研究鉴定并验证了与模拟、短时和长时太空飞行相关的共享微小RNA（miRNA）特征，这些特征在啮齿动物和人类中均有体现	首次发现并验证了太空飞行相关的miRNA特征，并利用antagomirs成功挽救了模拟深空辐射引起的血管损伤	NA	揭示太空飞行相关的miRNA特征，并开发针对这些特征的对抗措施	啮齿动物和人类的miRNA响应太空飞行的情况	NA	NA	miRNA测序，单细胞RNA测序（scRNA-seq），单细胞转座酶可及染色质测定（scATAC-seq）	NA	miRNA数据	包括啮齿动物和人类样本，具体数量未详述
13164	2024-08-07	Understanding tumor ecosystems by single-cell sequencing: promises and limitations 2018-12-03, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-018-1593-z PMID:30509292	综述	本文综述了单细胞测序技术在理解肿瘤生态系统中的应用及其局限性	单细胞测序技术揭示了肿瘤内和肿瘤间的细胞异质性，为癌症进化、转移、耐药性和肿瘤微环境研究带来了新发现	单细胞测序技术仍存在局限性，包括技术挑战和潜在应用的限制	探讨单细胞测序技术在癌症研究中的最新进展和局限性及其潜在应用	肿瘤生态系统和癌症研究	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	基因组、表观基因组、转录组和多组学数据	NA
13165	2024-08-07	Missing data and technical variability in single-cell RNA-sequencing experiments 2018-10-01, Biostatistics (Oxford, England) DOI:10.1093/biostatistics/kxx053 PMID:29121214	研究论文	本文通过评估实验分析了已发表研究中的单细胞RNA测序数据，揭示了系统误差对细胞间表达变异性的影响	本文首次详细探讨了单细胞RNA测序中技术变异导致的零表达问题，并展示了这种技术变异如何与新的生物学结果混淆	本文主要关注技术变异对单细胞RNA测序数据的影响，未深入探讨生物学变异的作用	研究单细胞RNA测序实验中的数据缺失和技术变异性问题	单细胞RNA测序数据中的零表达和技术变异性	基因组学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因表达数据	多个已发表研究的数据
13166	2024-08-07	Single-cell transcriptomic analysis reveals transcript enrichment in oxidative phosphorylation, fluid sheer stress, and inflammatory pathways in obesity-related glomerulopathy 2024-Jul, Genes & diseases IF:6.9Q1 DOI:10.1016/j.gendis.2023.101101 PMID:38560497	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序分析了肥胖相关肾小球病变患者的肾脏样本，揭示了特定细胞类型中基因表达的变化	首次报道了肥胖相关肾小球病变患者中免疫细胞（如T细胞和B细胞）的减少，以及特定细胞类型中与氧化磷酸化、细胞粘附、产热和炎症途径相关的基因富集	研究样本量较小，仅包括四名肥胖相关肾小球病变患者和三名肥胖对照组	旨在阐明肥胖相关肾小球病变的分子机制，并探索新的预防或治疗策略	肥胖相关肾小球病变患者的肾脏样本	数字病理学	肾脏疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	四名肥胖相关肾小球病变患者和三名肥胖对照组
13167	2024-08-07	Single-Cell RNA Sequencing Profiling Cellular Heterogeneity and Specific Responses of Fish Gills to Microplastics and Nanoplastics 2024-Apr-02, Environmental science & technology IF:10.8Q1 DOI:10.1021/acs.est.3c10338 PMID:38512049	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，探讨了罗非鱼鳃对微塑料和纳米塑料暴露的细胞异质性和特定反应	首次揭示了罗非鱼鳃对微塑料和纳米塑料的细胞异质性反应，并提供了单细胞分辨率的毒理学机制敏感标记	NA	研究鱼鳃对微塑料和纳米塑料的细胞异质性和特定反应	罗非鱼鳃的单个细胞群体对微塑料和纳米塑料暴露的反应	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及12种已识别的细胞群体
13168	2024-08-04	Integrated single-cell transcriptomics reveals the hypoxia-induced inflammation-cancer transformation in NASH-derived hepatocellular carcinoma 2024-Apr, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13576 PMID:37994257	研究论文	本研究揭示了缺氧诱导的炎症-癌症转化机制在NASH衍生的肝细胞癌中的作用	首次通过单细胞转录组学整合研究识别出了从NAFLD到HCC的转变过程中CYP7A1肝细胞的功能和亚群体	未提及样本的具体数量及其在临床应用中的直接验证	探讨NAFLD相关肝细胞癌的发展机制	肝细胞和巨噬细胞的单细胞转录组分析	数字病理学	非酒精性脂肪肝病相关肝细胞癌	单细胞转录组学	小鼠模型	转录组数据	四个单细胞转录组数据集
13169	2024-08-04	Integrative analysis of bulk and single-cell RNA-seq reveals the molecular characterization of the immune microenvironment and oxidative stress signature in melanoma 2024-Mar-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e28244 PMID:38560689	研究论文	本研究探讨了黑色素瘤免疫微环境和氧化应激特征的异质性。	通过整合散装和单细胞RNA测序数据，识别出六种肿瘤亚群，并构建了预测风险模型。	研究主要集中在黑色素瘤上，可能无法推广至其他类型肿瘤。	旨在分析黑色素瘤的免疫微环境和氧化应激标志物的分子特征。	研究对象为黑色素瘤的细胞及其脉络中的免疫细胞。	数字病理学	黑色素瘤	RNA-seq	NA	单细胞和散装RNA测序数据	不明确提供样本数量
13170	2024-08-04	SpatialcoGCN: deconvolution and spatial information-aware simulation of spatial transcriptomics data via deep graph co-embedding 2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae130 PMID:38557675	研究论文	本文提出了一种名为SpatialcoGCN的深度图共嵌入框架，用于提高空间转录组数据的去卷积和模拟性能	该研究通过自监督的共图卷积网络模型显著改善了空间转录组数据的低空间分辨率和检测到的RNA转录本数量的问题	尚未提及具体的限制因素	探讨空间转录组数据中细胞的功能和相互作用	使用空间转录组数据和单细胞数据进行细胞组成的去卷积和模拟	数字病理学	乳腺癌	深度学习	共图卷积网络	空间转录组数据	模拟的空间转录组数据和来自人类导管癌、发育中人类心脏和小鼠大脑的真实数据集
13171	2024-08-07	An immune cell map of human lung adenocarcinoma development reveals an anti-tumoral role of the Tfh-dependent tertiary lymphoid structure 2024-Mar-19, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101448 PMID:38458196	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术绘制了人肺腺癌发展过程中的免疫细胞图谱，揭示了Tfh依赖的三级淋巴结构在抗肿瘤中的作用	首次揭示了Tfh依赖的三级淋巴结构在人肺腺癌发展中的抗肿瘤作用，并通过IL-21-IL-21受体信号通路介导	研究主要基于小鼠模型，需要在人体中进一步验证	探究人肺腺癌发展过程中的免疫反应及其对患者生存的影响	人肺腺癌发展过程中的免疫细胞及其动态变化	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	具体样本数量未在摘要中提及
13172	2024-08-04	MMR vaccination induces trained immunity via functional and metabolic reprogramming of γδ T cells 2024-Jan-30, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI170848 PMID:38290093	研究论文	这篇文章系统地研究了MMR疫苗是否可以诱导先天免疫细胞的长期功能变化。	这项研究首次揭示了MMR疫苗通过功能和代谢重编程γδ T细胞来诱导训练免疫的机制。	这项研究的样本量较小，仅涉及39名健康成年人，可能限制了结果的普遍适用性。	研究MMR疫苗是否能诱导先天免疫细胞的长期功能变化。	39名健康成年人，接受MMR疫苗或安慰剂的随机对照试验。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	39名健康成年人
13173	2024-08-07	Dynamics of Endothelial Cell Generation and Turnover in Arteries During Homeostasis and Diseases 2024-01-09, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.123.064301 PMID:38084582	研究论文	本文通过使用基于Cre-loxP和Dre-rox的双重组系统，开发了一种遗传系统，用于在体内无缝记录内皮细胞（EC）的增殖，并结合单细胞RNA测序和基因敲除，揭示了动脉中EC生成在稳态和疾病中的细胞和分子机制。	本文创新性地使用遗传增殖追踪技术，结合单细胞RNA测序和基因敲除，精确测量了动脉中内皮细胞的生成动态，并揭示了其与疾病状态的关系。	由于大型血管如动脉的增殖频率较低，目前评估动脉中内皮细胞生成动态仍具有挑战性。	旨在深入理解血管稳态和疾病的细胞机制，特别是内皮细胞的生成和周转。	研究对象为动脉中的内皮细胞（EC）及其在稳态和疾病状态下的生成和周转。	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因数据	成年小鼠的主动脉内皮细胞
13174	2024-08-04	Cancer-associated fibroblasts: protagonists of the tumor microenvironment in gastric cancer 2024, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2024.1340124 PMID:38562556	综述	本研究回顾了癌相关成纤维细胞在胃癌肿瘤微环境中的关键作用	探讨了癌相关成纤维细胞的异质性以及其如何促进胃癌的侵袭性和耐药性	癌相关成纤维细胞的异质性可能会使针对其的治疗策略开发变得复杂	旨在揭示癌相关成纤维细胞在胃癌中的作用及其潜在治疗策略	主要研究癌相关成纤维细胞及其在胃癌中的角色	数字病理学	胃癌	单细胞测序	NA	文本	NA
13175	2024-08-04	Updates in Skin Cancer in Transplant Recipients and Immunosuppressed Patients: Review of the 2022-2023 Scientific Symposium of the International Immunosuppression and Transplant Skin Cancer Collaborative 2024, Transplant international : official journal of the European Society for Organ Transplantation IF:2.7Q2 DOI:10.3389/ti.2024.12387 PMID:38562207	综述	本文总结了国际免疫抑制和移植皮肤癌合作组织2022年科学研讨会的主要内容	提供了免疫抑制患者和器官移植接受者皮肤癌研究的最新进展	主要基于会议报告，缺乏原始数据和实验研究	探讨免疫抑制和器官移植患者的皮肤癌相关研究	聚焦于器官移植接受者和其他长期免疫抑制患者的皮肤恶性肿瘤	数字病理学	皮肤癌	NA	NA	文献综述	NA
13176	2024-08-04	Clinical implications of single cell sequencing for bladder cancer 2024, Oncology research IF:2.0Q3 DOI:10.32604/or.2024.045442 PMID:38560564	综述	本综述总结了单细胞测序在膀胱癌中的临床应用现状	该研究首次系统总结了单细胞测序在膀胱癌中的应用，展示其在预后预测和免疫检查点抑制治疗反应评估中的潜力	此综述主要基于已发表的研究，可能存在选择偏倚	探讨单细胞测序在膀胱癌临床应用的现状和潜在影响	膀胱癌及其相关的单细胞研究	数字病理学	膀胱癌	单细胞测序	NA	文本	41篇发表的研究
13177	2024-08-04	Lung single-cell RNA profiling reveals response of pulmonary capillary to sepsis-induced acute lung injury 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1308915 PMID:38348045	研究论文	这篇文章探讨了肺毛细血管在脓毒症诱导的急性肺损伤中的反应	揭示了不同类型的肺毛细血管在脓毒症急性肺损伤过程中的免疫互动和功能	尚不清楚Cd74+毛细血管的功能倾向是免疫还是耐受，需进一步研究确认	研究脓毒症引起的急性肺损伤中内皮细胞的功能和相互作用	小鼠的肺毛细血管及其在急性肺损伤中的反应	数字病理学	急性肺损伤	单细胞RNA测序	NA	RNA数据	小鼠肺组织样本，时间点为0、24和48小时
13178	2024-08-07	Cystic Fibrosis Mice Are Highly Susceptible to Repeated Acute Pseudomonas aeruginosa Pneumonia after Intranasal Inoculation 2024, BioMed research international IF:2.6Q3 DOI:10.1155/2024/4769779 PMID:38347907	研究论文	研究囊性纤维化小鼠在重复急性铜绿假单胞菌肺炎感染后的易感性	首次发现囊性纤维化小鼠在重复急性铜绿假单胞菌感染后比非囊性纤维化小鼠更易感，并揭示了非囊性纤维化小鼠中性粒细胞招募和效应功能的改善	研究仅限于F508del转基因囊性纤维化小鼠模型，可能需要进一步研究其他囊性纤维化小鼠模型	探讨囊性纤维化小鼠在重复急性铜绿假单胞菌肺炎感染后的免疫反应和易感性	囊性纤维化小鼠和非囊性纤维化小鼠	NA	囊性纤维化	单细胞RNA测序	NA	RNA	囊性纤维化小鼠和非囊性纤维化小鼠
13179	2024-08-07	Prognostic Risk Models Using Epithelial Cells Identify β-Sitosterol as a Potential Therapeutic Target Against Esophageal Squamous Cell Carcinoma 2024, International journal of general medicine IF:2.1Q2 DOI:10.2147/IJGM.S447023 PMID:38559590	研究论文	本研究利用上皮细胞开发预测食管鳞状细胞癌（ESCC）预后的风险模型，并识别β-谷甾醇作为潜在的治疗靶点	通过单细胞RNA测序和功能富集分析，识别了与ESCC相关的核心基因，并构建了基于这些基因的预后模型	NA	研究食管鳞状细胞癌中上皮细胞异质性，并开发基于这些细胞类型的预测风险模型	食管鳞状细胞癌（ESCC）中的上皮细胞异质性及其与预后和免疫反应的关系	数字病理学	食管鳞状细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	LASSO回归分析	基因表达数据	773个食管鳞状细胞癌基因和3407个上皮细胞标记基因
13180	2024-08-07	scAnnoX: an R package integrating multiple public tools for single-cell annotation 2024, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.17184 PMID:38560451	研究论文	本文介绍了一个名为scAnnoX的R包，该包整合了多种单细胞注释算法，用于单细胞RNA测序数据的细胞类型注释	scAnnoX提供了一个综合框架，用于整合和比较多种单细胞注释算法，提高了注释效率和准确性	NA	开发一个综合工具，用于整合和比较现有的单细胞注释算法	单细胞注释算法	单细胞基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	数据	NA