单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27366 篇文献，本页显示第 13141 - 13160 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 13141 | 2024-08-07 |
Activation of FcRn Mediates a Primary Resistance Response to Sorafenib in Hepatocellular Carcinoma by Single-Cell RNA Sequencing
2021, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2021.709343
PMID:34421602
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了肝细胞癌患者对索拉非尼的初级耐药反应，并探讨了其分子机制。 | 首次通过单细胞测序技术揭示了肝细胞癌对索拉非尼初级耐药的分子机制，特别是FcRn复合受体的激活及其对HIF通路和细胞增殖的影响。 | 研究仅限于患者来源的异种移植（PDX）模型，可能需要进一步的临床验证。 | 评估肝细胞癌患者对索拉非尼的初级耐药反应，并探讨其分子机制。 | 肝细胞癌患者对索拉非尼的初级耐药反应及其分子机制。 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 13142 | 2024-08-07 |
The Cancer Epitope Database and Analysis Resource: A Blueprint for the Establishment of a New Bioinformatics Resource for Use by the Cancer Immunology Community
2021, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2021.735609
PMID:34504503
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研究论文 | 本文介绍了癌症表位数据库和分析资源（CEDAR）的开发愿景、蓝图和工作计划，旨在为癌症免疫学界提供一个全面的癌症表位和受体数据集合，以及易于访问的表位和T细胞/B细胞目标预测与分析工具。 | CEDAR将提供一个透明基准数据集，用于评估预测工具的性能，并开发新的预测工具，以满足癌症研究社区的需求。 | NA | 建立一个新的生物信息学资源，为癌症免疫学界提供癌症表位相关数据的全面集合和分析工具。 | 癌症表位及其相关的T细胞和B细胞受体数据。 | 生物信息学 | 癌症 | NA | NA | 数据集 | NA |
| 13143 | 2024-08-07 |
LISA2: Learning Complex Single-Cell Trajectory and Expression Trends
2021, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2021.681206
PMID:34512717
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研究论文 | 本文提出了一种新的单细胞数据分析方法LISA2，用于学习复杂的单细胞轨迹和表达趋势 | LISA2方法具有两个显著特点：一是利用指定的叶和根来简化发育轨迹的构建，特别是对于稀有细胞群体和相邻的终端细胞状态；二是适用于转录组学和表观基因组学数据 | NA | 开发一种快速灵活的单细胞数据分析方法，用于构建发育轨迹和基因调控网络 | 单细胞转录组学和表观基因组学数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组学数据分析，单细胞转座酶可及染色质数据分析 | L-ISOMAP | 单细胞转录组学数据，单细胞转座酶可及染色质数据 | 小脑、间脑和造血干细胞的模拟和真实数据集 |
| 13144 | 2024-08-07 |
SCDRHA: A scRNA-Seq Data Dimensionality Reduction Algorithm Based on Hierarchical Autoencoder
2021, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2021.733906
PMID:34512734
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研究论文 | 本文提出了一种基于层次自动编码器的scRNA-Seq数据降维算法SCDRHA | SCDRHA算法包含两个核心模块，第一个模块是深度计数自动编码器（DCA）用于数据去噪，第二个模块是图自动编码器用于将数据投影到低维空间，实验结果显示SCDRHA在降维和降噪方面优于现有最先进算法 | NA | 解决scRNA-seq研究中的dropout事件导致的零膨胀数据问题 | scRNA-Seq数据的降维 | 数字病理学 | NA | scRNA-Seq | 层次自动编码器 | scRNA-Seq数据 | 五个真实scRNA-seq数据集 |
| 13145 | 2024-08-07 |
Identification of Novel Gene Signatures using Next-Generation Sequencing Data from COVID-19 Infection Models: Focus on Neuro-COVID and Potential Therapeutics
2021, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2021.688227
PMID:34531741
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研究论文 | 本研究利用下一代测序数据从COVID-19感染模型中识别新的基因标志物，重点关注神经COVID和潜在的治疗方法 | 本研究揭示了一种快速方法，利用下一代知识发现平台发现具有治疗COVID-19及其相关疾病病理潜力的小分子 | NA | 识别COVID-19感染模型中的新基因标志物，并探索潜在的治疗方法 | COVID-19感染模型，特别是神经COVID | 基因组学 | COVID-19 | NGS, RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 来自SARS-CoV感染的人类支气管上皮细胞和模拟处理的NHBE细胞的四重复样本，以及来自脑脊液的免疫细胞的单细胞转录组数据 |
| 13146 | 2024-08-07 |
PET Imaging of Neuroinflammation in Alzheimer's Disease
2021, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2021.739130
PMID:34603323
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综述 | 本文综述了利用正电子发射断层扫描（PET）成像技术在阿尔茨海默病中对神经炎症的研究进展 | 介绍了新一代的跨膜蛋白示踪剂及其在阿尔茨海默病进展评估中的应用，并探讨了其他潜在的成像目标 | NA | 总结神经炎症成像示踪剂的最新发展，并展望未来有前景的目标 | 阿尔茨海默病中的神经炎症 | 分子影像学 | 阿尔茨海默病 | 正电子发射断层扫描（PET） | NA | 图像 | NA |
| 13147 | 2024-08-07 |
Microglia Mediate the Occurrence and Development of Alzheimer's Disease Through Ligand-Receptor Axis Communication
2021, Frontiers in aging neuroscience
IF:4.1Q2
DOI:10.3389/fnagi.2021.731180
PMID:34616287
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序数据分析，探讨了阿尔茨海默病中细胞类型与病理特征之间的关系，特别是神经细胞和胶质细胞间的通讯机制 | 首次通过细胞通讯分析揭示了神经细胞和胶质细胞在阿尔茨海默病发展中的关键作用，并识别了CXCR4, EGFR, MAP4K4, IGF1R作为潜在的生物标志物和治疗靶点 | 研究仅基于48名阿尔茨海默病患者的单细胞RNA测序数据，样本量相对较小 | 探讨阿尔茨海默病的发病机制及其细胞层面的通讯机制 | 阿尔茨海默病患者的脑前额叶皮层的细胞类型及其功能异常 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | LASSO, SVM | RNA测序数据 | 48名阿尔茨海默病患者 |
| 13148 | 2024-08-07 |
Dynamic Interactions of Transcription Factors and Enhancer Reprogramming in Cancer Progression
2021, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2021.753051
PMID:34616687
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综述 | 本文综述了癌症进展中增强子的动态变化及其转录因子（TF）驱动因素，以及增强子重编程如何调控基因表达 | 探讨了单细胞测序、空间转录组学和CUT&RUN等现代技术在增强子重编程综合研究中的最新进展 | NA | 理解增强子动态变化及其驱动因素在控制癌症进展和治疗结果中的作用，以减轻侵袭性事件并发现新的治疗靶点 | 癌症进展中的增强子动态变化及其转录因子驱动因素 | NA | 癌症 | 单细胞测序、空间转录组学、CUT&RUN | NA | 基因组数据 | NA |
| 13149 | 2024-08-07 |
Reconstructing Boolean network ensembles from single-cell data for unraveling dynamics in the aging of human hematopoietic stem cells
2021, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2021.09.012
PMID:34630946
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研究论文 | 本文提出了一种新方法，从单细胞RNA测序数据中生成基因调控网络群体，以解析人类造血干细胞衰老的动态行为 | 该方法首次实现了不依赖时间序列测量进行网络重构，利用单细胞群体的异质性生成伪时间点 | NA | 研究旨在从单细胞数据中重建调控网络，揭示人类造血干细胞衰老的动态机制 | 人类造血干细胞及其与衰老相关的NF-κB信号通路 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | 基因调控网络 | 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 13150 | 2024-08-07 |
The Prognostic Model Based on Tumor Cell Evolution Trajectory Reveals a Different Risk Group of Hepatocellular Carcinoma
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.737723
PMID:34660596
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研究论文 | 本研究基于肿瘤细胞进化轨迹重建，利用scRNA-seq数据建立了一个30基因的预测模型，用于区分肝细胞癌（HCC）患者的高风险和低风险组 | 本研究首次利用肿瘤进化轨迹和scRNA-seq数据建立了一个新的预测模型，用于克服HCC异质性带来的障碍 | NA | 旨在通过建立预测模型来改善HCC患者的临床管理和生存结果 | 肝细胞癌（HCC）患者 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA |
| 13151 | 2024-08-07 |
From Cellular Infiltration Assessment to a Functional Gene Set-Based Prognostic Model for Breast Cancer
2021, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2021.751530
PMID:34691065
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研究论文 | 本文利用单细胞转录组数据构建了乳腺癌的首个指示性和细胞类型特异性参考基因表达谱，并开发了一个基于功能基因集的预测模型，用于评估乳腺癌的细胞浸润和治疗反应 | 首次构建了乳腺癌的指示性和细胞类型特异性参考基因表达谱，并开发了一个基于功能基因集的预测模型，用于评估乳腺癌的细胞浸润和治疗反应 | NA | 研究癌症异质性，并开发一个可靠且强大的模型，用于直接的临床预测和诊断应用 | 乳腺癌的细胞浸润和治疗反应 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞转录组 | NA | 基因表达数据 | TCGA-BRCA队列中1091个样本，IMvigor210队列中348个样本 |
| 13152 | 2024-08-07 |
Effect of SARS-CoV-2 infection on host competing endogenous RNA and miRNA network
2021, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.12370
PMID:34722003
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研究论文 | 本研究首次使用ceRNAnetsim包分析了SARS-CoV-2 RNA在感染细胞中与细胞内竞争性内源RNA（ceRNA）网络的竞争行为，并利用单细胞测序数据评估了ceRNA网络效应。 | 本研究首次全面分析了SARS-CoV-2 RNA与细胞内ceRNA的竞争行为，并揭示了SARS-CoV-2感染对宿主ceRNA网络的影响。 | 本研究主要基于计算方法，可能存在实验验证的局限性。 | 探讨SARS-CoV-2感染对宿主竞争性内源RNA和miRNA网络的影响。 | SARS-CoV-2 RNA与宿主细胞内竞争性内源RNA（ceRNA）的竞争行为。 | 生物信息学 | COVID-19 | 单细胞测序 | NA | RNA | 195个基因和29个miRNA在SARS-CoV-2 RNA存在下表现出特定的竞争行为，以及18个受SARS-CoV-2 RNA影响的基因。 |
| 13153 | 2024-08-07 |
The cellular and molecular landscape of hypothalamic patterning and differentiation from embryonic to late postnatal development
2020-08-31, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-18231-z
PMID:32868762
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术，研究了从胚胎期到晚期新生期小鼠下丘脑的基因表达模式和细胞命运特化 | 首次系统地描绘了小鼠下丘脑发育过程中所有主要细胞类型的发育轨迹，并区分了下丘脑的主要区域划分 | NA | 识别控制下丘脑发育的基因，并理解其分子机制 | 小鼠下丘脑的细胞和分子景观 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | NA | 基因表达数据 | 12个发育时间点的小鼠下丘脑样本 |
| 13154 | 2024-08-07 |
Heterogeneous expression of the SARS-Coronavirus-2 receptor ACE2 in the human respiratory tract
2020-Aug-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2020.04.22.056127
PMID:32577664
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和免疫组织化学技术，系统研究了人呼吸道中SARS-CoV-2受体ACE2的异质性表达及其与COVID-19严重程度风险因素的关联 | 首次详细描述了ACE2蛋白在人呼吸道中的具体定位及其与COVID-19易感性因素的关系 | NA | 探究SARS-CoV-2受体ACE2在人呼吸道中的表达模式及其与COVID-19严重程度的关系 | 人呼吸道中的ACE2蛋白表达及其与COVID-19风险因素的关联 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序，免疫组织化学 | NA | 蛋白质 | NA |
| 13155 | 2024-08-07 |
Single-cell longitudinal analysis of SARS-CoV-2 infection in human airway epithelium
2020-Jul-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2020.05.06.081695
PMID:32511382
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，对实验感染的人支气管上皮细胞（HBECs）在气液界面培养中进行时间序列分析，揭示了SARS-CoV-2感染的病毒复制、细胞趋向性和宿主-病毒相互作用。 | 发现了新的多聚腺苷酸化病毒转录本，并确认纤毛细胞为主要感染目标；开发了一种新的计算方法CONDENSE，用于分析和比较感染响应中的时间基因动态。 | NA | 深入理解SARS-CoV-2感染和发病机制，为治疗药物的开发提供关键信息。 | 人支气管上皮细胞（HBECs）和COVID-19患者。 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 实验感染的人支气管上皮细胞（HBECs）和COVID-19患者样本。 |
| 13156 | 2024-08-07 |
Using single nucleotide variations in single-cell RNA-seq to identify subpopulations and genotype-phenotype linkage
2018-11-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-018-07170-5
PMID:30459309
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研究论文 | 本文提出使用单细胞RNA测序中的有效且表达的核苷酸变异（eeSNVs）作为肿瘤亚群识别的替代特征，并开发了SSrGE线性建模框架来关联eeSNVs与基因表达。 | 首次使用eeSNVs作为单细胞RNA测序数据中的特征进行肿瘤亚群识别，并开发了SSrGE框架来整合多组学单细胞技术。 | NA | 旨在提高单细胞RNA测序数据中亚群识别的准确性，并探索基因型-表型关联。 | 单细胞RNA测序数据中的eeSNVs及其在肿瘤亚群识别和基因型-表型关联中的应用。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 线性模型 | RNA测序数据 | NA |
| 13157 | 2024-08-07 |
Detection of correlated hidden factors from single cell transcriptomes using Iteratively Adjusted-SVA (IA-SVA)
2018-11-19, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-018-35365-9
PMID:30451954
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研究论文 | 本文介绍了一种名为迭代调整替代变量分析（IA-SVA）的方法，用于从单细胞转录组数据中检测相关隐藏因子 | IA-SVA能够估计隐藏因子，即使这些因子与其他变异源相关，通过迭代方式识别与每个隐藏因子相关的一组基因 | NA | 开发一种新方法来解析单细胞RNA测序数据中多个和相关的变异源 | 单细胞RNA测序数据中的隐藏因子 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 迭代调整替代变量分析（IA-SVA） | 转录组数据 | 人类细胞的单细胞RNA测序数据 |
| 13158 | 2024-08-07 |
Discovery of rare cells from voluminous single cell expression data
2018-11-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-018-07234-6
PMID:30413715
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研究论文 | 本文提出了一种名为FiRE的算法，用于从大规模单细胞表达数据中快速发现稀有细胞亚群 | FiRE算法能够在几秒钟内为每个表达谱分配一个稀有度分数，显著提高了处理大规模单细胞数据的效率 | NA | 旨在开发一种高效算法，用于从大规模单细胞表达数据中发现稀有细胞亚群 | 单细胞mRNA测序数据中的稀有细胞亚群 | 生物信息学 | NA | 单细胞mRNA测序（scRNA-seq） | FiRE算法 | 表达数据 | 数万个单细胞 |
| 13159 | 2024-08-07 |
Sox4 Promotes Atoh1-Independent Intestinal Secretory Differentiation Toward Tuft and Enteroendocrine Fates
2018-11, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2018.07.023
PMID:30055169
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研究论文 | 本文研究了Sox4在肠道干细胞（ISCs）分化中的作用，特别是其促进绒毛和肠内分泌细胞命运的能力，独立于Atoh1的作用 | 本文发现Sox4能够独立于Atoh1促进绒毛和肠内分泌细胞的分化，挑战了Atoh1作为肠道分泌细胞分化唯一调节因子的传统模型 | NA | 探讨Sox4在肠道干细胞分化中的作用及其对肠道分泌细胞命运的影响 | 肠道干细胞（ISCs）及其分化为绒毛和肠内分泌细胞的过程 | NA | NA | 免疫荧光分析、实时定量聚合酶链反应、RNA测序 | NA | RNA | 实验使用了Sox4条件性敲除小鼠和对照小鼠，以及Atoh1GFP小鼠和Atoh1条件性敲除小鼠 |
| 13160 | 2024-08-04 |
Single-cell and spatial transcriptomics: Bridging current technologies with long-read sequencing
2024-04, Molecular aspects of medicine
IF:8.7Q1
DOI:10.1016/j.mam.2024.101255
PMID:38368637
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研究论文 | 本文探讨了单细胞和空间转录组学与长读长测序技术的结合 | 提出了将单细胞技术、空间转录组学与长读长测序结合的新方法 | 尚存在一些挑战和需要解决的问题 | 旨在描绘细胞在组织背景中的特征及其异质性 | 研究单细胞和空间转录组学领域的技术结合 | 数字病理学 | NA | 长读长测序 | NA | NA | NA |