单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 31986 篇文献，本页显示第 13121 - 13140 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 13121 | 2024-11-19 |
Modulation of SRC by SNTB1 activates the Hippo-YAP pathway during colon adenocarcinoma metastasis
2024-Nov-15, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05548-2
PMID:39548564
|
研究论文 | 研究探讨了SNTB1通过调节SRC激活Hippo-YAP通路在结肠腺癌转移中的作用 | 首次揭示了SNTB1与SRC相互作用激活Hippo-YAP通路，促进结肠腺癌转移的机制 | NA | 探究结肠腺癌转移的分子机制，寻找新的治疗靶点 | 结肠腺癌及其转移组织 | 数字病理学 | 结肠腺癌 | RNA测序 | NA | RNA | 408名结肠腺癌患者 | NA | NA | NA | NA |
| 13122 | 2024-11-19 |
Stomatal maturomics: hunting genes regulating guard cell maturation and function formation from single-cell transcriptomes
2024-Nov, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao
DOI:10.1016/j.jgg.2024.05.004
PMID:38768655
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研究论文 | 研究通过整合分析三个公开的气孔相关单细胞RNA测序数据集，识别出586个在气孔成熟和功能形成过程中特异性上调的基因 | 首次定义并应用了“maturomics”概念，即组织或器官成熟过程的组学分析，并识别出与气孔成熟和功能形成相关的基因列表 | 研究主要基于已有的公开数据集，未进行新的实验验证 | 研究气孔成熟和功能形成过程中基因的调控机制 | 气孔及其保卫细胞的成熟过程 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 三个公开的气孔相关单细胞RNA测序数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 13123 | 2024-11-19 |
Insights into left-right asymmetric development of chicken ovary at the single-cell level
2024-Nov, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao
DOI:10.1016/j.jgg.2024.08.002
PMID:39147128
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组测序分析了鸡胚胎发育过程中左右卵巢的基因表达模式，揭示了卵巢不对称发育的分子机制 | 首次在单细胞水平上揭示了鸡卵巢左右不对称发育的基因表达模式，并识别了特定细胞类型和信号通路在不对称发育中的作用 | 研究仅限于鸡胚胎发育阶段，未涵盖成年鸡的卵巢发育情况 | 探讨鸡卵巢左右不对称发育的分子机制 | 鸡胚胎发育过程中左右卵巢的细胞 | NA | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 基因表达数据 | 135,000个细胞，来自鸡胚胎发育的六个不同阶段 | NA | NA | NA | NA |
| 13124 | 2024-11-19 |
NF-κB-activated oncogene inhibition strategy for cancer gene therapy
2024-Nov, Cancer gene therapy
IF:4.8Q1
DOI:10.1038/s41417-024-00828-x
PMID:39227689
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研究论文 | 本研究开发了一种名为HOPE的新型癌症基因治疗方法，通过激活外源效应基因CRISPR-Cas13a来抑制癌细胞中的癌基因表达 | 本研究提出了一种新的癌症治疗策略，通过激活CRISPR-Cas13a来抑制癌基因表达，而不是传统的NF-κB抑制方法 | NA | 开发一种新的癌症基因治疗方法，抑制癌细胞生长并激活免疫系统 | 癌细胞中的癌基因TERT、PLK1、KRAS和MYC的mRNA表达 | 基因治疗 | 结直肠癌 | CRISPR-Cas13a | NA | scRNA-seq数据 | 多种培养细胞和小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 13125 | 2024-11-19 |
From MGUS to multiple myeloma: Unraveling the unknown of precursor states
2024-Nov, Blood reviews
IF:6.9Q1
DOI:10.1016/j.blre.2024.101242
PMID:39389906
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综述 | 本文回顾了从单克隆免疫球蛋白病到多发性骨髓瘤的前驱状态的历史、当前定义、风险分层模型的挑战以及新兴技术在预测和改善患者预后中的作用 | 本文介绍了新兴技术如全基因组测序、肿瘤微环境分析和单细胞RNA测序在分子水平上理解前驱状态的应用 | 当前的统计模型仅提供平均风险评分，无法在个体层面上预测进展风险 | 旨在更好地表征单克隆免疫球蛋白病和其他骨髓瘤前驱状态，以提供更精确的个体化风险评估 | 单克隆免疫球蛋白病和多发性骨髓瘤的前驱状态 | NA | 多发性骨髓瘤 | 全基因组测序、肿瘤微环境分析、单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 13126 | 2024-11-19 |
[Current applications and translational prospects of omics technologies in urothelial carcinoma]
2024-Nov-01, Zhonghua wai ke za zhi [Chinese journal of surgery]
|
研究论文 | 本文探讨了组学技术在尿路上皮癌诊断和治疗中的应用及转化前景 | 利用基因组学、转录组学和蛋白质组学揭示了尿路上皮癌的分子机制和生物学特性，单细胞组学和空间转录组学进一步加深了对细胞异质性和肿瘤微环境的理解 | NA | 探讨组学技术在尿路上皮癌诊断和治疗中的应用及转化前景 | 尿路上皮癌 | NA | 泌尿系统肿瘤 | 组学技术 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 13127 | 2024-11-19 |
Comprehensive mapping of somatotroph pituitary neuroendocrine tumour heterogeneity using spatial and single-cell transcriptomics
2024-Nov, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70090
PMID:39548559
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学和单细胞RNA测序技术，全面分析了生长激素细胞垂体神经内分泌肿瘤的异质性 | 首次通过空间转录组学和单细胞RNA测序技术，可视化了正常和肿瘤垂体组织的细胞分布，并揭示了生长激素细胞垂体神经内分泌肿瘤的转录组异质性 | NA | 研究生长激素细胞垂体神经内分泌肿瘤的驱动基因和机制，以开发新的治疗策略 | 生长激素细胞垂体神经内分泌肿瘤和正常垂体样本 | 数字病理学 | 垂体肿瘤 | 空间转录组学 (ST) 和单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | 生长激素细胞肿瘤和正常垂体样本 | NA | NA | NA | NA |
| 13128 | 2024-11-19 |
VAPOR: Variational autoencoder with transport operators decouples co-occurring biological processes in development
2024-Oct-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.27.620534
PMID:39554007
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研究论文 | 本文介绍了一种名为VAPOR的方法，通过变分自编码器与传输算子来解耦发育过程中同时发生的生物学过程 | VAPOR方法能够将基因表达动态分解为多个子空间，每个子空间的动态由常微分方程模型控制，从而揭示不同生物学过程的多方面时间尺度 | NA | 开发一种新的计算方法来解耦发育过程中同时发生的生物学过程的基因表达动态 | 发育过程中的人类大脑单细胞RNA测序数据和空间转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 变分自编码器 | 基因表达数据 | 发育过程中的人类大脑单细胞RNA测序数据和空间转录组数据 | NA | NA | NA | NA |
| 13129 | 2024-11-19 |
Integrative analyses of bulk and single-cell RNA-seq reveals the correlation between SPP1+ macrophages and resistance to neoadjuvant chemoimmunotherapy in esophageal squamous cell carcinoma
2024-Oct-05, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-024-03848-6
PMID:39367943
|
研究论文 | 本研究通过整合bulk和单细胞RNA测序数据，揭示了SPP1+巨噬细胞与食管鳞状细胞癌患者对新辅助化疗免疫治疗抵抗之间的关联 | 首次通过单细胞RNA测序技术分析了食管鳞状细胞癌患者在接受新辅助化疗免疫治疗后的细胞异质性，并发现了SPP1+巨噬细胞在治疗抵抗中的关键作用 | 研究样本量较小，且仅基于公开数据集，未来需要更大规模的临床验证 | 探讨新辅助化疗免疫治疗在食管鳞状细胞癌中的疗效差异及其潜在机制 | 食管鳞状细胞癌患者在接受新辅助化疗免疫治疗后的细胞异质性及巨噬细胞的作用 | 数字病理学 | 食管癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 32例接受手术的食管鳞状细胞癌患者 | NA | NA | NA | NA |
| 13130 | 2024-11-19 |
NitraTh epitope-based neoantigen vaccines for effective tumor immunotherapy
2024-Oct-03, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-024-03830-2
PMID:39358493
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研究论文 | 介绍了一种基于NitraTh表位的肿瘤新抗原疫苗设计方法，该方法不依赖于计算预测CD4 T细胞表位，并在肝癌小鼠模型中显著抑制了肿瘤进展 | 提出了一种新的NitraTh表位，不依赖于计算预测CD4 T细胞表位，成功设计出能引发强烈新抗原特异性免疫反应的肿瘤新抗原疫苗 | NA | 开发一种有效的新抗原疫苗设计方法，用于肿瘤免疫治疗 | 肿瘤新抗原疫苗及其在肝癌小鼠模型中的效果 | 肿瘤免疫治疗 | 肝癌 | 单细胞测序 | NA | NA | H22细胞异种移植和患者来源的异种移植（PDX）肝癌小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 13131 | 2024-11-19 |
A random survival forest-based pathomics signature classifies immunotherapy prognosis and profiles TIME and genomics in ES-SCLC patients
2024-Oct-03, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-024-03829-9
PMID:39358575
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研究论文 | 本文构建了一个基于随机生存森林的病理组学特征模型，用于分类广泛期小细胞肺癌患者的免疫治疗预后，并探索其与基因组学和肿瘤免疫微环境的关系 | 首次利用随机生存森林模型结合病理组学特征来预测广泛期小细胞肺癌患者的免疫治疗预后，并揭示了其与基因组学和肿瘤免疫微环境的潜在关联 | 研究样本量有限，且仅限于南京金陵医院的患者，研究结果的普适性有待进一步验证 | 探索广泛期小细胞肺癌患者免疫治疗预后的可靠生物标志物 | 广泛期小细胞肺癌患者 | 数字病理学 | 肺癌 | 下一代测序 | 随机生存森林 | 图像 | 118名接受一线免疫治疗的广泛期小细胞肺癌患者 | NA | NA | NA | NA |
| 13132 | 2024-11-19 |
Wnt pathway inhibition with the porcupine inhibitor LGK974 decreases trabecular bone but not fibrosis in a murine model with fibrotic bone
2024-May, JBMR plus
IF:3.4Q2
DOI:10.1093/jbmrpl/ziae011
PMID:38577521
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研究论文 | 研究使用刺猬抑制剂LGK974抑制Wnt信号通路对小鼠纤维化骨模型中骨小梁和纤维化的影响 | 首次探讨了Wnt信号通路抑制剂LGK974在纤维化骨模型中的作用，揭示了其在骨小梁吸收和纤维化维持中的新机制 | 研究仅限于小鼠模型，未在人类中验证；LGK974在对照组小鼠中引起显著骨丢失，需进一步优化 | 探讨Wnt信号通路抑制剂LGK974对纤维化骨模型中骨形成和纤维化的影响 | ColI(2.3)/Rs1小鼠及其对照组小鼠的骨组织 | 数字病理学 | 纤维性骨病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 9周龄雄性ColI(2.3)/Rs1小鼠及其同窝对照组小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 13133 | 2024-11-19 |
Best practices for the execution, analysis, and data storage of plant single-cell/nucleus transcriptomics
2024-Mar-29, The Plant cell
DOI:10.1093/plcell/koae003
PMID:38231860
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评论 | 本文讨论了植物单细胞/单核转录组学实验、分析和数据存储的最佳实践 | 提出了改进可重复性、质量、可比性和解释性的通用指南 | NA | 提高植物单细胞转录组学数据的质量和可重复性 | 植物单细胞/单核转录组学数据 | 分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 13134 | 2024-11-19 |
Increased CD8+ tissue resident memory T cells, regulatory T cells and activated natural killer cells in systemic sclerosis lungs
2024-03-01, Rheumatology (Oxford, England)
DOI:10.1093/rheumatology/kead273
PMID:37310903
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研究论文 | 研究系统性硬化症肺部组织中CD8+组织驻留记忆T细胞、调节性T细胞和活化自然杀伤细胞的增加 | 首次分析了系统性硬化症相关间质性肺病肺组织中的淋巴细胞亚群 | 样本量较小，仅包括13例系统性硬化症相关间质性肺病患者和6例健康对照 | 识别和分析系统性硬化症相关间质性肺病肺组织中的淋巴细胞亚群 | 系统性硬化症相关间质性肺病患者的肺组织和健康对照的肺组织 | NA | 系统性硬化症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 13例系统性硬化症相关间质性肺病患者和6例健康对照 | NA | NA | NA | NA |
| 13135 | 2024-11-19 |
Vulture: cloud-enabled scalable mining of microbial reads in public scRNA-seq data
2024-01-02, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giad117
PMID:38195165
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研究论文 | 介绍了一种名为Vulture的可扩展云端管道，用于在公共单细胞RNA测序数据中进行微生物读取的挖掘 | Vulture比本地工具和现有云端工具更快，且在云端计算系统上成本更低，能够从大规模公共单细胞RNA测序数据中挖掘未知的宿主-微生物相互作用 | NA | 开发一种可扩展且经济的框架，用于从大规模公共单细胞RNA测序数据中挖掘宿主-微生物相互作用 | 单细胞RNA测序数据中的微生物读取 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 2个COVID-19患者、3个肝细胞癌患者和2个胃癌患者的公共测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 13136 | 2024-11-19 |
EAGS: efficient and adaptive Gaussian smoothing applied to high-resolved spatial transcriptomics
2024-01-02, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giad097
PMID:38373746
|
研究论文 | 本文提出了一种高效自适应高斯平滑（EAGS）方法，用于高分辨率空间转录组数据的插补 | EAGS方法通过自适应的双因子平滑，基于细胞的空间和表达信息创建模式，并利用这些模式为平滑过程创建自适应权重，从而恢复基因表达谱 | NA | 提高高分辨率空间转录组数据的信噪比和数据质量 | 高分辨率空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 高斯平滑 | NA | 空间转录组数据 | 小鼠大脑和嗅球的高分辨率空间转录组数据 | NA | NA | NA | NA |
| 13137 | 2024-11-19 |
Deciphering spatial domains from spatially resolved transcriptomics with Siamese graph autoencoder
2024-01-02, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giae003
PMID:38373745
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研究论文 | 本文提出了一种名为SGAE的新框架，用于空间域识别，结合了Siamese图自编码器的优势，以改进空间转录组数据分析中的细胞聚类性能 | SGAE通过在样本和特征层面减少信息相关性，提高了表示的区分能力，从而解决了现有GNN方法中的表示崩溃问题 | NA | 解决空间转录组数据分析中细胞聚类的表示崩溃问题，提高聚类性能 | 空间转录组数据中的细胞聚类 | 机器学习 | NA | 图神经网络 (GNN) | Siamese图自编码器 | 空间转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 13138 | 2024-11-19 |
Improved integration of single-cell transcriptome data demonstrates common and unique signatures of heart failure in mice and humans
2024-01-02, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giae011
PMID:38573186
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研究论文 | 本文通过改进的单细胞转录组数据整合方法，比较了小鼠和人类心力衰竭的转录特征 | 提出了名为OrthoIntegrate的整合管道，能够独特地分配直系同源基因并合并不同物种的单细胞RNA测序数据 | 发现小鼠模型与人类心力衰竭患者之间存在独特的调控途径，表明两者之间的可比性有限 | 研究小鼠和人类心力衰竭的共同和独特转录特征，以提高疾病模型的相似性和预测价值 | 心力衰竭患者和小鼠的心脏组织 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 心力衰竭患者和小鼠的心脏组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 13139 | 2024-11-19 |
TooManyCellsInteractive: A visualization tool for dynamic exploration of single-cell data
2024-Jan-02, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giae056
PMID:39172544
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研究论文 | 介绍了一种名为TooManyCellsInteractive的基于浏览器的JavaScript应用程序，用于交互式探索单细胞数据 | 提供了一个直观的界面，用于可视化和操作层次化细胞亚群的径向树表示，并允许用户在多个分辨率下轻松叠加、过滤和比较生物学特征 | NA | 开发一种用户友好的工具，用于探索和可视化大规模单细胞测序数据 | 单细胞数据中的细胞亚群 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | NA | 单细胞数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 13140 | 2024-11-19 |
Interindividual Variation in Gut Nitrergic Neuron Density Is Regulated By GDNF Levels and ETV1
2024, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2024.101405
PMID:39299667
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研究论文 | 研究探讨了GDNF水平和ETV1对肠道一氧化氮能神经元密度个体间差异的调控机制 | 首次揭示了GDNF水平通过调节ETV1转录因子影响肠道一氧化氮能神经元密度和功能的机制 | 研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人类中验证 | 探究调控肠道神经系统的机制及其在常见人类疾病中的作用 | 人类和小鼠的肠道神经系统和GDNF水平 | NA | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | RNA | 41个正常成人结肠活检样本和人类及小鼠发育中肠道的单细胞RNA-seq数据 | NA | NA | NA | NA |