单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
13101	2024-08-07	Epigenetic encoding, heritability and plasticity of glioma transcriptional cell states 2021-10, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-021-00927-7 PMID:34594037	研究论文	本文通过多组学单细胞分析，研究了弥漫性胶质瘤中的表观遗传编码、细胞状态遗传性和可塑性	开发了一种定量框架，用于直接测量人类样本中细胞状态的遗传性和转换动态	NA	探讨恶性细胞状态如何通过表观遗传机制编码	弥漫性胶质瘤中的细胞状态多样性	数字病理学	脑瘤	单细胞RNA测序	NA	DNA甲基化、转录组、基因型数据	NA
13102	2024-08-07	RgCop-A regularized copula based method for gene selection in single-cell RNA-seq data 2021-10, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1009464 PMID:34665808	研究论文	本文提出了一种基于正则化 Copula 的方法 RgCop，用于从大规模单细胞 RNA 测序数据中选择基因	RgCop 利用 Copula 相关性（Ccor）这一稳健的等价依赖性度量，捕获单细胞表达数据中一组基因之间的多变量依赖关系，并通过添加 l1 正则化项与 Ccor 结合，形成目标函数，以惩罚冗余的特征/基因系数，从而得到非冗余的有效特征/基因集	NA	开发一种新的基因选择方法，以提高单细胞 RNA 测序数据在下游分析中的稳定性和预测性能	单细胞 RNA 测序数据中的基因选择	生物信息学	NA	单细胞 RNA 测序	Copula 相关性（Ccor）	基因表达数据	大规模单细胞 RNA 测序数据
13103	2024-08-07	VEGA is an interpretable generative model for inferring biological network activity in single-cell transcriptomics 2021-09-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-26017-0 PMID:34584103	研究论文	本文介绍了一种新的稀疏变分自编码器架构VEGA，通过用户提供的基因模块映射解码器连接，增强了生物网络活动的可解释性	VEGA通过其解码器结构反映用户提供的基因模块，为潜在变量提供了直接的可解释性	NA	旨在通过VEGA模型提供对单细胞转录组学数据分析的生物学见解	生物网络活动在单细胞转录组学中的应用	机器学习	NA	变分自编码器	变分自编码器	转录组数据	NA
13104	2024-08-07	Applications of high-resolution clone tracking technologies in cancer 2021-Sep, Current opinion in biomedical engineering IF:4.7Q2 DOI:10.1016/j.cobme.2021.100317 PMID:34901584	综述	本文综述了利用可遗传条形码标签进行高分辨率、定量克隆追踪的技术及其在癌症细胞异质性和治疗抗性研究中的应用	介绍了将条形码特定功能与单细胞RNA测序、克隆细胞分离及原位杂交和成像相结合的最新进展	NA	探讨高分辨率克隆追踪技术在癌症研究中的应用	癌症细胞的异质性和治疗抗性	数字病理学	癌症	scRNA-seq, 原位杂交, 成像	NA	基因数据	NA
13105	2024-08-07	Monitoring Cellular Movement with Photoconvertible Fluorescent Protein and Single-Cell RNA Sequencing Reveals Cutaneous Group 2 Innate Lymphoid Cell Subtypes, Circulating ILC2 and Skin-Resident ILC2 2021-Sep, JID innovations : skin science from molecules to population health DOI:10.1016/j.xjidi.2021.100035 PMID:34909732	研究论文	本研究通过使用光可转换荧光蛋白和单细胞RNA测序技术，监测细胞运动并揭示了皮肤中第2组先天淋巴细胞（ILC2）的亚型，包括循环ILC2和皮肤常驻ILC2	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了皮肤ILC2分为循环ILC2和皮肤常驻ILC2两个集群，并使用光可转换荧光蛋白追踪ILC2的迁移	NA	研究ILC2在皮肤炎症中的迁移动态及其亚型	皮肤和引流淋巴结中的ILC2细胞	数字病理学	皮肤炎症	单细胞RNA测序	NA	RNA	IL33tg小鼠的皮肤和引流淋巴结中的ILC2细胞
13106	2024-08-07	SCAPTURE: a deep learning-embedded pipeline that captures polyadenylation information from 3' tag-based RNA-seq of single cells 2021-08-10, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-021-02437-5 PMID:34376223	研究论文	本文开发了一种名为SCAPTURE的计算方法，用于从单细胞3'标签RNA测序数据中识别、评估和量化剪接和多腺苷酸化位点（PASs）	SCAPTURE能够在单细胞水平上以高灵敏度和准确性从头检测PASs，包括先前未注释的PASs，并能通过量化替代PAS转录本来细化细胞身份分析	NA	开发一种新的计算方法，用于从单细胞RNA测序数据中提取多腺苷酸化信息	单细胞RNA测序数据中的剪接和多腺苷酸化位点	生物信息学	NA	RNA-seq	深度学习	RNA测序数据	NA
13107	2024-08-07	Cutting Edge: Distinct B Cell Repertoires Characterize Patients with Mild and Severe COVID-19 2021-06-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2100135 PMID:34049971	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了轻度和重度COVID-19患者B细胞受体的特征，发现轻度患者在症状出现约30天后，其B细胞库中富含克隆多样性和体细胞高突变的记忆B细胞	首次揭示了轻度COVID-19患者与重度患者在B细胞反应上的差异，表明轻度患者的B细胞反应较少受到干扰	研究仅分析了B细胞的单细胞RNA测序数据，未涉及其他免疫细胞类型	探讨COVID-19患者B细胞反应的差异及其对免疫保护的影响	轻度和重度COVID-19患者的B细胞库	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	RNA	具体样本数量未在摘要中提及
13108	2024-08-07	Separating measurement and expression models clarifies confusion in single-cell RNA sequencing analysis 2021-06, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-021-00873-4 PMID:34031584	研究论文	本文讨论了单细胞RNA测序数据中零值比例高导致的术语混淆问题，并提出了区分真实基因表达水平和测量误差的方法	提出了基于泊松测量模型的简单方法，并强调了区分真实表达水平和测量误差的重要性	NA	旨在澄清单细胞RNA测序分析中的术语混淆问题	单细胞RNA测序数据中的零值和测量误差	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	泊松测量模型	RNA测序数据	NA
13109	2024-08-07	Evaluation of Cell Type Annotation R Packages on Single-cell RNA-seq Data 2021-04, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1016/j.gpb.2020.07.004 PMID:33359678	研究论文	本研究评估了十种公开可用的细胞类型注释R包在单细胞RNA测序数据上的表现	首次系统比较了专门为单细胞研究开发的流行方法与从DNA甲基化数据转用的方法在单细胞RNA测序数据上的适应性和性能	Seurat在预测稀有细胞群体和区分高度相似的细胞类型方面存在明显不足	评估不同细胞类型注释方法在单细胞RNA测序数据分析中的准确性、鲁棒性和对稀有及未知细胞类型的检测能力	十种细胞类型注释方法在单细胞RNA测序数据上的表现	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多种公开的单细胞RNA测序数据集及模拟数据
13110	2024-08-07	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Cellular and Transcriptional Changes Associated With M1 Macrophage Polarization in Hidradenitis Suppurativa 2021, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2021.665873 PMID:34504848	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和蛋白质分析等转录组学方法，揭示了化脓性汗腺炎病变中与M1巨噬细胞极化相关的细胞和转录变化	首次通过单细胞RNA测序揭示了化脓性汗腺炎中巨噬细胞向M1型极化的现象，并识别了STAT1/IFN信号轴及其相关基因在巨噬细胞功能失调中的关键作用	NA	研究化脓性汗腺炎病变中的先天性炎症景观，并探索巨噬细胞在疾病发病机制中的作用及其作为治疗靶点的潜力	化脓性汗腺炎病变中的巨噬细胞极化和相关基因表达	数字病理学	皮肤疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	来自化脓性汗腺炎皮肤、糖尿病足溃疡和正常愈合伤口炎症阶段的多个数据集
13111	2024-08-07	Single-Cell RNA Sequencing (scRNA-seq) in Cardiac Tissue: Applications and Limitations 2021, Vascular health and risk management IF:2.6Q2 DOI:10.2147/VHRM.S288090 PMID:34629873	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在心血管疾病（CVDs）研究中的应用及其局限性	scRNA-seq技术通过识别罕见的心脏细胞类型、推断轨迹树、估计RNA速度、阐明细胞间通信以及比较健康和病理心脏样本，为CVDs提供了新的见解	本文讨论了scRNA-seq技术的局限性，并展望了其在心血管研究中的未来应用	总结scRNA-seq平台和已发表的单细胞数据集在心血管领域的应用，并探讨其局限性和未来发展方向	心血管疾病中的心脏组织和细胞类型	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
13112	2024-08-07	Single-Cell Analysis Revealed the Role of CD8+ Effector T Cells in Preventing Cardioprotective Macrophage Differentiation in the Early Phase of Heart Failure 2021, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2021.763647 PMID:34745139	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析，揭示了CD8+效应T细胞在心力衰竭早期阶段阻止心脏保护性巨噬细胞分化的作用	首次详细描述了CD8+效应T细胞在心力衰竭早期阶段对心脏保护性巨噬细胞分化的调控作用	NA	探讨CD8+效应T细胞在心力衰竭早期阶段的作用及其对心脏保护性巨噬细胞分化的影响	CD8+效应T细胞和心脏保护性巨噬细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中明确提及
13113	2024-08-07	Properties and Differential Expression of H+ Receptors in Dorsal Root Ganglia: Is a Labeled-Line Coding for Acid Nociception Possible? 2021, Frontiers in physiology IF:3.2Q2 DOI:10.3389/fphys.2021.733267 PMID:34764880	综述	本文综述了背根神经节中H+受体的性质和差异表达，探讨了酸伤害感受的标记线编码可能性	首次系统描述了背根神经节中H+受体的功能和结构特征，并结合单细胞测序数据分析了这些受体的表达模式	NA	探讨酸伤害感受的标记线编码机制	背根神经节中的H+受体及其在酸伤害感受中的作用	神经科学	NA	单细胞测序	NA	mRNA表达谱	NA
13114	2024-08-07	Integrative Omics Analysis Unravels Microvascular Inflammation-Related Pathways in Kidney Allograft Biopsies 2021, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2021.738795 PMID:34795664	研究论文	本研究通过综合组学分析，揭示了肾移植活检中与微血管炎症相关的miRNA和mRNA表达模式	首次通过多步骤选择过程，识别出与微血管炎症强度逐渐相关的六种差异表达miRNA，并探讨了它们在不同细胞类型中的靶基因及其功能	研究主要集中在miRNA和mRNA的表达分析，未涉及其他可能的调控机制	探讨miRNA在抗体介导的排斥反应中的作用及其相关通路	肾移植活检样本中的miRNA和mRNA	生物信息学	肾移植	单细胞RNA测序	NA	RNA	发现队列86例，选择队列99例，验证队列298例
13115	2024-08-07	Automatic cell type identification methods for single-cell RNA sequencing 2021, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2021.10.027 PMID:34815832	研究论文	本文讨论并评估了32种已发表的单细胞RNA测序数据自动细胞类型识别方法的预测准确性、F1分数、未标记率和运行时间	介绍了自动细胞类型识别方法在单细胞RNA测序数据分析中的优势，如快速、准确和用户友好	文章指出这些自动方法在实际应用中仍面临挑战，并需要根据可用信息选择合适的方法	评估和讨论单细胞RNA测序数据自动细胞类型识别方法的性能和未来应用	32种已发表的单细胞RNA测序数据自动细胞类型识别方法	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
13116	2024-08-07	Identification of Intercellular Signaling Changes Across Conditions and Their Influence on Intracellular Signaling Response From Multiple Single-Cell Datasets 2021, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2021.751158 PMID:34858473	研究论文	本文通过改进先前开发的工具CellChat，实现了跨多个单细胞RNA测序数据集的细胞间通信网络的灵活比较分析，并研究了细胞间通信如何影响细胞内信号响应。	开发了CellChat工具的新功能，使其能够跨多个单细胞RNA测序数据集进行细胞间通信网络的比较分析，并构建了连接细胞间通信和细胞内信号网络的多尺度信号网络。	NA	理解不同细胞状态如何响应进化、扰动和疾病中的细胞间信号变化及其对细胞内转录因子的影响。	细胞间信号变化及其对细胞内信号响应的影响。	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	网络正则化回归模型	数据集	三个scRNA-seq数据集，分别来自皮肤发育、脊髓损伤和COVID-19。
13117	2024-08-07	Why Single-Cell Sequencing Has Promise in MDS 2021, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2021.769753 PMID:34926276	综述	本文综述了单细胞测序技术在骨髓增生异常综合征（MDS）研究中的应用及其对理解正常造血和MDS疾病发病机制的潜在价值	单细胞测序技术通过识别经典造血层次阶段之间的过渡细胞状态，深化了对细胞分化和谱系承诺背后生物学活动的理解	NA	探讨单细胞测序技术如何填补当前对MDS生物学理解的空白	骨髓增生异常综合征（MDS）及其相关造血过程	NA	骨髓增生异常综合征	单细胞测序	NA	细胞	NA
13118	2024-08-07	tascCODA: Bayesian Tree-Aggregated Analysis of Compositional Amplicon and Single-Cell Data 2021, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2021.766405 PMID:34950190	研究论文	介绍了一种名为tascCODA的贝叶斯模型，用于整合层次信息和实验协变量数据，对组成性计数数据进行生成建模	tascCODA模型结合了基于树结构的潜在参数和尖峰与板Lasso惩罚，能够在数据驱动的简约方式下确定不同层次的协变量效应	NA	开发一种新的统计模型，用于分析来自高通量测序技术的生物数据集，特别是微生物组组成和细胞类型组成数据	微生物组组成数据和细胞类型组成数据	生物信息学	肠道疾病	高通量测序技术	贝叶斯模型	计数数据	包括溃疡性结肠炎患者的单细胞RNA测序数据和肠易激综合征患者的扩增子数据
13119	2024-08-07	Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals RGS1 as a New Marker and Promoting Factor for T-Cell Exhaustion in Multiple Cancers 2021, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2021.767070 PMID:34956194	研究论文	本研究利用单细胞转录组数据分析了多种癌症中CD8+ T细胞的细胞类型，并识别了与T细胞耗竭相关的35个基因，其中RGS1基因在耗竭前和耗竭T细胞中表达显著增加，并与不良预后相关。	首次识别RGS1作为T细胞耗竭的新标记和促进因子，并探讨了其在T细胞耗竭中的潜在机制。	研究主要基于单细胞转录组数据，未涉及体内实验验证RGS1的具体功能。	旨在识别新的T细胞耗竭标记物，并为耗竭细胞的研究和免疫治疗提供理论基础。	多种癌症中的CD8+ T细胞及其耗竭状态。	数字病理学	多种癌症	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	涉及多种癌症的CD8+ T细胞样本
13120	2024-08-07	Circulating miRNA Spaceflight Signature Reveals Targets for Countermeasure Development 2020-12-08, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2020.108448 PMID:33242410	研究论文	本研究鉴定并验证了与模拟、短时和长时太空飞行相关的共享微小RNA（miRNA）特征，这些特征在啮齿动物和人类中均有体现	首次发现并验证了太空飞行相关的miRNA特征，并利用antagomirs成功挽救了模拟深空辐射引起的血管损伤	NA	揭示太空飞行相关的miRNA特征，并开发针对这些特征的对抗措施	啮齿动物和人类的miRNA响应太空飞行的情况	NA	NA	miRNA测序，单细胞RNA测序（scRNA-seq），单细胞转座酶可及染色质测定（scATAC-seq）	NA	miRNA数据	包括啮齿动物和人类样本，具体数量未详述