单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
13061	2024-08-07	Early life stress exacerbates obesity in adult female mice via mineralocorticoid receptor-dependent increases in adipocyte triglyceride and glycerol content 2022-Sep-01, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2022.120718 PMID:35714704	研究论文	本研究探讨了早期生活压力通过矿物皮质激素受体依赖性增加脂肪细胞甘油三酯和甘油含量，加剧成年雌性小鼠肥胖的现象。	本研究首次揭示了早期生活压力通过矿物皮质激素受体影响脂肪细胞功能，加剧肥胖的具体机制。	研究主要集中在雌性小鼠上，未来研究可以扩展到雄性小鼠或其他动物模型，以验证结果的普遍性。	旨在理解母体分离和早期断奶对脂肪组织基本稳态功能的具体影响，并探究这种影响是否通过矿物皮质激素受体介导。	研究对象包括雌性小鼠的卵巢白色脂肪组织，以及分离的前脂肪细胞和成熟脂肪细胞。	NA	肥胖	单细胞RNA测序	NA	转录组学数据，脂质组学数据	具体样本数量未在摘要中明确提及
13062	2024-08-07	External signals regulate continuous transcriptional states in hematopoietic stem cells 2021-12-23, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.66512 PMID:34939923	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析了在小鼠造血干细胞和LSK前体细胞中，外部信号干扰素、粒细胞集落刺激因子和前列腺素对细胞状态的影响	首次全面分析了造血干细胞对外部刺激的反应异质性和特异性，并揭示了细胞内在的染色质状态与对外部信号反应的关系	NA	探究外部信号如何调控造血干细胞的连续转录状态	造血干细胞及其前体细胞对外部刺激的反应	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-Seq）	NA	基因表达数据	功能验证的小鼠造血干细胞和LSK前体细胞样本
13063	2024-08-07	Single Cell Sequencing of Induced Pluripotent Stem Cell Derived Retinal Ganglion Cells (iPSC-RGC) Reveals Distinct Molecular Signatures and RGC Subtypes 2021-12-18, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes12122015 PMID:34946963	研究论文	本研究通过单细胞测序技术分析了由诱导多能干细胞（iPSC）衍生的视网膜神经节细胞（RGC），以识别不同的分子特征和RGC亚型	首次通过单细胞测序技术揭示了iPSC衍生的RGC中的分子特征和亚型多样性	仅限于使用特定技术（Chromium Single Cell 3' V3协议和Illumina Novaseq）进行测序，可能限制了数据的多功能性	旨在识别由iPSC衍生的RGC中的差异表达基因（DEG）和RGC亚型	人诱导多能干细胞（iPSC）衍生的视网膜神经节细胞	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	基因表达数据	4705个细胞
13064	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing reveals a strong connection between Gadd45g upregulation and oncolytic HSV infection in tumor tissue 2021-Dec-17, Molecular therapy oncolytics IF:5.3Q1 DOI:10.1016/j.omto.2021.10.006 PMID:34786476	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了肿瘤组织在接受基于单纯疱疹病毒2的溶瘤病毒治疗后的基因表达谱	揭示了溶瘤病毒感染肿瘤细胞后Gadd45g基因显著上调的现象，并探讨了其对病毒复制的影响	NA	研究溶瘤病毒在肿瘤组织中的感染效率及其对肿瘤细胞基因表达的影响	肿瘤组织在接受溶瘤病毒治疗后的基因表达变化	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
13065	2024-08-07	Dissociation of intact adult mouse cortical projection neurons for single-cell RNA-seq 2021-12-17, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2021.100941 PMID:34877546	research paper	本文提供了一种改进的流程，用于从成年小鼠皮质中分离完整的投射神经元，适用于液滴和板式单细胞RNA测序、qPCR、免疫细胞化学和长期细胞培养等应用	该协议使用现成的试剂，无需昂贵的分离试剂盒，通过独特的孵育步骤和FACS门控策略，实现了对成年大脑皮质神经元前所未有的富集	NA	开发一种稳健且可重复的分离流程，用于从成年小鼠皮质中分离完整的投射神经元	成年小鼠皮质中的投射神经元	digital pathology	NA	single-cell RNA-seq	NA	RNA	NA
13066	2024-08-07	Beyondcell: targeting cancer therapeutic heterogeneity in single-cell RNA-seq data 2021-12-16, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-021-01001-x PMID:34911571	研究论文	本文介绍了Beyondcell方法，用于在单细胞RNA测序数据中识别具有不同药物反应的肿瘤细胞亚群并提出癌症特异性治疗方案	Beyondcell方法通过计算药物签名富集分数，界定治疗簇（TCs）在细胞群体中的分布，并确定细胞群体间的治疗差异，生成基于敏感性的优先级排名以指导药物选择	NA	开发一种计算方法，用于在单细胞RNA测序数据中识别肿瘤细胞亚群并提出癌症特异性治疗方案	单细胞RNA测序数据中的肿瘤细胞亚群及其药物反应	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	五个单细胞数据集
13067	2024-08-07	Predicting heterogeneity in clone-specific therapeutic vulnerabilities using single-cell transcriptomic signatures 2021-12-16, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-021-01000-y PMID:34915921	研究论文	本文通过大规模癌症组学数据分析，利用单细胞RNA测序和推荐系统CaDRReS-Sc，研究了肿瘤内转录组异质性对预测临床结果的重要性，并展示了异质基因表达特征在预测药物反应中的高准确性	本文首次利用单细胞RNA测序和推荐系统CaDRReS-Sc，展示了异质基因表达特征在预测药物反应中的高准确性，并验证了其在单药治疗和组合治疗中的有效性	NA	研究肿瘤内转录组异质性对预测临床结果的影响，并开发一种新的方法来加速药物再利用研究	肿瘤内转录组异质性和药物反应预测	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	推荐系统	转录组数据	大规模癌症组学数据集和患者近端细胞系
13068	2024-08-07	Deciphering regulatory protein activity in human pancreatic islets via reverse engineering of single-cell sequencing data 2021-12-15, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI154482 PMID:34907912	研究论文	本文通过逆向工程从单细胞RNA测序数据中解析了人类胰岛中调控蛋白的活性，并探讨了这些活性在2型糖尿病（T2D）中的独特模式	首次应用逆向工程方法从单细胞RNA测序数据中获取调控蛋白活性，并识别出与T2D相关的独特调控蛋白活性模式	NA	揭示2型糖尿病中胰岛功能障碍的分子机制	人类胰岛中的调控蛋白活性	数字病理学	2型糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	非糖尿病和T2D患者的胰岛样本
13069	2024-08-07	Single-cell characterization of monolayer cultured human dental pulp stem cells with enhanced differentiation capacity 2021-12-15, International journal of oral science IF:10.8Q1 DOI:10.1038/s41368-021-00140-6 PMID:34911932	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术研究了新鲜分离和单层培养的人牙髓干细胞的转录差异	首次揭示了单层培养的人牙髓干细胞与新鲜分离的细胞在细胞组成上的变化，并发现了一种具有增强分化潜能的亚群	NA	研究单层培养的人牙髓干细胞的转录差异及其在再生医学中的潜在价值	人牙髓干细胞及其在单层培养后的转录特征	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
13070	2024-08-07	Benchmarking UMI-based single-cell RNA-seq preprocessing workflows 2021-12-14, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-021-02552-3 PMID:34906205	研究论文	本文系统地比较了10种基于UMI的单细胞RNA测序预处理工作流程的性能	首次全面比较了多种单细胞RNA测序预处理工作流程，并评估了它们对下游分析的影响	未详细讨论每种工作流程的具体技术细节和潜在的改进空间	比较不同单细胞RNA测序预处理工作流程的性能，并评估它们对下游分析的影响	10种基于UMI的单细胞RNA测序预处理工作流程	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用不同生物复杂性水平的数据集
13071	2024-08-07	CIDER: an interpretable meta-clustering framework for single-cell RNA-seq data integration and evaluation 2021-12-13, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-021-02561-2 PMID:34903266	研究论文	本文介绍了一种名为CIDER的可解释元聚类框架，用于单细胞RNA测序数据的综合和评估	CIDER在模拟和真实数据集上均优于其他单细胞RNA测序聚类方法和整合方法，并且可以评估真实数据集中整合的生物学正确性，而不需要先验的细胞注释	NA	开发一种新的方法来解决单细胞RNA测序数据聚类中的批次效应和生物学变异问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	元聚类框架	RNA测序数据	NA
13072	2024-08-07	geneBasis: an iterative approach for unsupervised selection of targeted gene panels from scRNA-seq 2021-12-06, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-021-02548-z PMID:34872616	研究论文	本文介绍了一种名为geneBasis的无监督迭代方法，用于从scRNA-seq数据集中选择最优基因面板	geneBasis方法通过迭代选择能够最大化真实流形与当前选定基因面板构建流形之间距离的基因，从而优于现有策略	NA	旨在从scRNA-seq数据中选择适用于空间转录组学等技术的最优基因子集	scRNA-seq数据集中的基因面板选择	数字病理学	NA	scRNA-seq	NA	文本	NA
13073	2024-08-07	Transcriptomic Mapping of Neural Diversity, Differentiation and Functional Trajectory in iPSC-Derived 3D Brain Organoid Models 2021-12-05, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells10123422 PMID:34943930	研究论文	本研究结合并分析了8个脑类器官转录组数据库，研究分化协议与其在不同3D类器官和外来脑模型中产生的细胞功能之间的相关性	利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）转录组数据集进行综合分析，探索晚期神经功能发育的转录组研究	类器官间的高变异性使得特定基因调控途径在3D类器官与原生大脑之间的比较变得困难	研究中枢神经系统（CNS）的发育和病理生理学，特别是神经多样性、分化和功能轨迹	诱导多能干细胞（iPSC）衍生的3D脑类器官模型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	PCA（主成分分析）和UMAP（均匀流形近似投影）	转录组数据	8个脑类器官转录组数据库
13074	2024-08-07	DropletQC: improved identification of empty droplets and damaged cells in single-cell RNA-seq data 2021-12-02, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-021-02547-0 PMID:34857027	研究论文	本文介绍了一种名为DropletQC的新方法，用于检测单细胞RNA测序数据中的空液滴、受损细胞和完整细胞，并准确区分它们	DropletQC基于一种新的质量控制指标——核分数，该指标量化了每个液滴中来自未剪接的核前mRNA的RNA分数	NA	提高单细胞RNA测序数据中空液滴和受损细胞的识别准确性	单细胞RNA测序数据中的空液滴、受损细胞和完整细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	通常涉及数万个细胞的单次实验
13075	2024-08-07	Spatial Transcriptomics to define transcriptional patterns of zonation and structural components in the mouse liver 2021-12-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-27354-w PMID:34857782	research paper	本文应用空间转录组学技术对小鼠肝脏组织切片进行转录组分析，揭示了肝脏组织中的区域化和结构成分的转录模式	引入了新的计算方法来测量组织结构间的转录梯度，并发现了肝脏组织中先前未被转录表征的结构	NA	探索小鼠肝脏的空间转录组学特征，特别是区域化和结构成分的转录模式	小鼠肝脏组织的空间转录组学特征	digital pathology	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	NA
13076	2024-08-07	Testicular injury during SARS-CoV-2 infection may be neglected: An assessment from scRNA-seq profiling and protein detection of angiotensin-converting enzyme II 2021-Dec, Experimental and therapeutic medicine IF:2.4Q3 DOI:10.3892/etm.2021.10920 PMID:34765026	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和免疫组化染色分析了SARS-CoV-2感染中睾丸组织中ACE2表达细胞的组成和比例，探讨了SARS-CoV-2对男性生殖系统的潜在损害	首次详细分析了SARS-CoV-2感染中睾丸组织中ACE2表达细胞的组成和比例，揭示了睾丸损伤可能被临床医生忽视的问题	NA	探讨SARS-CoV-2是否能损害男性生殖系统	SARS-CoV-2感染患者的睾丸组织	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	成人睾丸细胞中ACE2 mRNA表达的细胞比例为5.45%、1.24%和0.423%，婴儿睾丸细胞中为5.00%、0.56%和0.73%
13077	2024-08-07	Short-read and long-read RNA sequencing of mouse hematopoietic stem cells at bulk and single-cell levels 2021-11-29, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-021-01078-4 PMID:34845251	研究论文	本文报道了在小鼠造血干细胞（HSC）及其下游多能祖细胞（MPP）的批量和单细胞水平上进行短读和长读RNA测序的数据集	本文展示了整合短读和长读测序技术可以促进已知和未注释的转录本变体的识别和定量	NA	研究造血干细胞群体中的转录多样性和异质性	小鼠长期和短期造血干细胞及多能祖细胞	数字病理学	NA	RNA测序	NA	RNA序列数据	小鼠长期和短期造血干细胞及多能祖细胞的批量和单细胞样本
13078	2024-08-07	Genome annotation with long RNA reads reveals new patterns of gene expression and improves single-cell analyses in an ant brain 2021-11-27, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-021-01188-w PMID:34838024	研究论文	本文利用全长等位基因测序（Iso-Seq）技术对蚂蚁Harpegnathos saltator的转录组进行全面注释，揭示了新的基因表达模式并改进了单细胞分析	通过Iso-Seq技术，本文提供了更准确的基因模型注释，包括额外的剪接异构体和扩展的3'非翻译区，从而提高了单细胞RNA-seq数据的分析质量	NA	提高基因组注释的准确性和完整性，并最大化从现有和未来基因组数据集中获取的信息量	蚂蚁Harpegnathos saltator的转录组注释及单细胞RNA-seq数据的重新分析	基因组学	NA	全长等位基因测序（Iso-Seq）	NA	RNA序列	超过4000个基因的额外剪接异构体和扩展的3'非翻译区
13079	2024-08-07	A benchmark study of simulation methods for single-cell RNA sequencing data 2021-11-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-27130-w PMID:34824223	研究论文	本文开发了一个全面的评估框架SimBench，用于评估12种单细胞RNA测序数据模拟方法	提出了一个包含核密度估计度量的综合评估框架SimBench，用于系统评估单细胞RNA测序数据模拟方法	识别了模拟方法在维持分布异质性等方面的局限性	评估单细胞RNA测序数据模拟方法的可靠性	12种单细胞RNA测序数据模拟方法	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	数据	35个单细胞RNA测序实验数据集
13080	2024-08-07	Circulating tumor cells: biology and clinical significance 2021-11-22, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-021-00817-8 PMID:34803167	研究论文	本文综述了循环肿瘤细胞（CTCs）的生物学特性及其在临床上的应用	介绍了新兴技术在CTCs检测中的应用，以及单细胞测序技术对CTCs基因组和转录组的揭示	CTCs在血液中的检测仍然具有挑战性，且分子标记在不同癌症类型中存在差异	探讨CTCs的生物学特性及其在癌症治疗和预后评估中的临床应用	循环肿瘤细胞（CTCs）及其在癌症转移中的作用	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	血液	NA