单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27366 篇文献，本页显示第 13061 - 13080 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 13061 | 2024-08-04 |
Clinical implications of single cell sequencing for bladder cancer
2024, Oncology research
IF:2.0Q3
DOI:10.32604/or.2024.045442
PMID:38560564
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综述 | 本综述总结了单细胞测序在膀胱癌中的临床应用现状 | 该研究首次系统总结了单细胞测序在膀胱癌中的应用，展示其在预后预测和免疫检查点抑制治疗反应评估中的潜力 | 此综述主要基于已发表的研究，可能存在选择偏倚 | 探讨单细胞测序在膀胱癌临床应用的现状和潜在影响 | 膀胱癌及其相关的单细胞研究 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞测序 | NA | 文本 | 41篇发表的研究 |
| 13062 | 2024-08-04 |
Lung single-cell RNA profiling reveals response of pulmonary capillary to sepsis-induced acute lung injury
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1308915
PMID:38348045
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研究论文 | 这篇文章探讨了肺毛细血管在脓毒症诱导的急性肺损伤中的反应 | 揭示了不同类型的肺毛细血管在脓毒症急性肺损伤过程中的免疫互动和功能 | 尚不清楚Cd74+毛细血管的功能倾向是免疫还是耐受，需进一步研究确认 | 研究脓毒症引起的急性肺损伤中内皮细胞的功能和相互作用 | 小鼠的肺毛细血管及其在急性肺损伤中的反应 | 数字病理学 | 急性肺损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA数据 | 小鼠肺组织样本，时间点为0、24和48小时 |
| 13063 | 2024-08-07 |
Cystic Fibrosis Mice Are Highly Susceptible to Repeated Acute Pseudomonas aeruginosa Pneumonia after Intranasal Inoculation
2024, BioMed research international
IF:2.6Q3
DOI:10.1155/2024/4769779
PMID:38347907
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研究论文 | 研究囊性纤维化小鼠在重复急性铜绿假单胞菌肺炎感染后的易感性 | 首次发现囊性纤维化小鼠在重复急性铜绿假单胞菌感染后比非囊性纤维化小鼠更易感，并揭示了非囊性纤维化小鼠中性粒细胞招募和效应功能的改善 | 研究仅限于F508del转基因囊性纤维化小鼠模型，可能需要进一步研究其他囊性纤维化小鼠模型 | 探讨囊性纤维化小鼠在重复急性铜绿假单胞菌肺炎感染后的免疫反应和易感性 | 囊性纤维化小鼠和非囊性纤维化小鼠 | NA | 囊性纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 囊性纤维化小鼠和非囊性纤维化小鼠 |
| 13064 | 2024-08-07 |
Prognostic Risk Models Using Epithelial Cells Identify β-Sitosterol as a Potential Therapeutic Target Against Esophageal Squamous Cell Carcinoma
2024, International journal of general medicine
IF:2.1Q2
DOI:10.2147/IJGM.S447023
PMID:38559590
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研究论文 | 本研究利用上皮细胞开发预测食管鳞状细胞癌（ESCC）预后的风险模型，并识别β-谷甾醇作为潜在的治疗靶点 | 通过单细胞RNA测序和功能富集分析，识别了与ESCC相关的核心基因，并构建了基于这些基因的预后模型 | NA | 研究食管鳞状细胞癌中上皮细胞异质性，并开发基于这些细胞类型的预测风险模型 | 食管鳞状细胞癌（ESCC）中的上皮细胞异质性及其与预后和免疫反应的关系 | 数字病理学 | 食管鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | LASSO回归分析 | 基因表达数据 | 773个食管鳞状细胞癌基因和3407个上皮细胞标记基因 |
| 13065 | 2024-08-07 |
scAnnoX: an R package integrating multiple public tools for single-cell annotation
2024, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.17184
PMID:38560451
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研究论文 | 本文介绍了一个名为scAnnoX的R包，该包整合了多种单细胞注释算法，用于单细胞RNA测序数据的细胞类型注释 | scAnnoX提供了一个综合框架，用于整合和比较多种单细胞注释算法，提高了注释效率和准确性 | NA | 开发一个综合工具，用于整合和比较现有的单细胞注释算法 | 单细胞注释算法 | 单细胞基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 数据 | NA |
| 13066 | 2024-08-07 |
An androgen receptor-based signature to predict prognosis and identification of ORC1 as a therapeutical target for prostate adenocarcinoma
2024, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.16850
PMID:38562999
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研究论文 | 本研究旨在通过基于雄激素受体（AR）的特征来预测前列腺腺癌（PRAD）的预后，并识别ORC1作为治疗靶点 | 本研究首次识别了基于AR的10个相关基因（ARGs），并发现ORC1作为关键靶点，能够促进PRAD细胞的增殖和干细胞样特性，增强对enzalutamide的敏感性 | NA | 识别新的AR驱动特征以预测前列腺腺癌的预后，并揭示潜在的治疗靶点 | 前列腺腺癌及其对enzalutamide的耐药性 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | LASSO和多变量Cox回归模型 | 基因表达数据 | 来自GSE99795的单细胞RNA测序数据 |
| 13067 | 2024-08-04 |
Current annotation strategies for T cell phenotyping of single-cell RNA-seq data
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1306169
PMID:38187377
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综述 | 本文评估了当前单细胞RNA测序数据中T细胞表型注释的策略 | 提出了对T细胞及其亚群体的自动注释策略，并指出了现有工具中缺失的关键信息 | 缺乏金标准的细胞表型注释方法，导致对T细胞亚型的标记仍然存在问题 | 研究单细胞RNA测序中T细胞的表型注释方法 | 针对T细胞及其亚群体的注释工具和策略 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 13068 | 2024-08-04 |
Single-cell sequencing analysis related to sphingolipid metabolism guides immunotherapy and prognosis of skin cutaneous melanoma
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1304466
PMID:38077400
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研究论文 | 本文探讨了与皮肤黑色素瘤相关的鞘脂代谢基因，以开发患者预后的指标 | 本文通过单细胞测序分析识别了与免疫微环境相关的关键预后基因，提出了一种基于SRG的风险标志 | 鞘脂代谢在黑色素瘤中的具体作用和机制尚不完全明确 | 开发一个与皮肤黑色素瘤患者预后相关的指标 | 研究对象为皮肤黑色素瘤患者的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 皮肤黑色素瘤 | scRNA-seq | LASSO和Cox回归 | 基因表达数据 | 来自GEO数据库的黑色素瘤患者的单细胞测序数据 |
| 13069 | 2024-08-07 |
Expansion of CD4+ cytotoxic T lymphocytes with specific gene expression patterns may contribute to suppression of tumor immunity in oral squamous cell carcinoma: single-cell analysis and in vitro experiments
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1305783
PMID:38077321
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序、T细胞受体和B细胞受体序列分析以及多色免疫荧光染色，探讨了CD4+细胞毒性T淋巴细胞（CTLs）在口腔鳞状细胞癌（OSCC）中的免疫抑制作用及其与B细胞的相互作用。 | 本研究首次详细描述了CD4+ CTLs在OSCC中的独特基因表达模式及其与B细胞的潜在相互作用，为癌症免疫治疗提供了新的见解。 | 研究主要集中在体外实验和单细胞分析，尚未进行临床试验验证其在实际治疗中的效果。 | 深入理解CD4+ T细胞和B细胞在口腔鳞状细胞癌中的作用，以促进癌症免疫治疗的发展。 | CD4+ T细胞、CD8+ T细胞和B细胞在口腔鳞状细胞癌中的免疫反应和效应功能。 | 数字病理学 | 口腔鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序、T细胞受体和B细胞受体序列分析、多色免疫荧光染色 | NA | 基因表达数据 | 多个口腔鳞状细胞癌病变中的免疫细胞样本 |
| 13070 | 2024-08-07 |
Single-cell analysis of 5-aminolevulinic acid intraoperative labeling specificity for glioblastoma
2024-Apr-01, Journal of neurosurgery
IF:3.5Q1
DOI:10.3171/2023.7.JNS23122
PMID:37773782
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研究论文 | 本研究通过单细胞光学表型分析和表达测序（SCOPE-seq2）方法，评估了5-氨基乙酰丙酸（5-ALA）在胶质母细胞瘤（GBM）手术中标记细胞类型的特异性 | 首次在单细胞水平上评估了5-ALA在胶质母细胞瘤中的标记特异性 | 研究发现5-ALA的标记并非仅限于肿瘤细胞，非肿瘤细胞也可能被标记，这质疑了5-ALA在荧光引导手术中对肿瘤细胞的特异性标记 | 确定5-ALA在胶质母细胞瘤中标记细胞类型的特异性 | 人胶质母细胞瘤手术标本中的单个细胞 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞光学表型分析和表达测序（SCOPE-seq2） | NA | 图像和RNA序列 | 来自接受5-ALA治疗患者的胶质母细胞瘤手术标本 |
| 13071 | 2024-08-07 |
H2-O deficiency promotes regulatory T cell differentiation and CD4 T cell hyperactivity
2023-Sep-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.08.14.553240
PMID:37645777
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研究论文 | 本文首次提供了H2-O分子在胸腺调节性T细胞选择中的直接证据，并探讨了H2-O缺乏对调节性T细胞和CD4 T细胞活性的影响。 | 首次直接证明H2-O在胸腺调节性T细胞选择中的作用，并揭示了H2-O缺乏对免疫细胞功能的影响。 | NA | 探讨H2-O缺乏对调节性T细胞和CD4 T细胞活性的影响，以更好地理解自身免疫病的易感性并设计治疗方案。 | 胸腺调节性T细胞的发育和CD4 T细胞的活性。 | 免疫学 | 自身免疫病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | NA |
| 13072 | 2024-08-04 |
Wnt signaling preserves progenitor cell multipotency during adipose tissue development
2023-06, Nature metabolism
IF:18.9Q1
DOI:10.1038/s42255-023-00813-y
PMID:37337125
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研究论文 | 该文章研究了Wnt信号在脂肪组织发育过程中如何维持祖细胞的多能性 | 本研究揭示了Wnt信号激活在祖细胞维持中的重要作用，并识别了一种新的细胞类型，即结构性Wnt调节的脂肪组织细胞 | 该研究主要基于人类祖细胞的单细胞转录组学数据，可能在其它类型细胞中的普遍性尚待验证 | 探讨在慢性分化压力下，间充质干细胞/祖细胞的维持机制 | 人类祖细胞及其在脂肪组织发育过程中的变化 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 人类祖细胞的单细胞数据 |
| 13073 | 2024-08-07 |
Schwann cell precursors represent a neural crest-like state with biased multipotency
2022-09-01, The EMBO journal
DOI:10.15252/embj.2021108780
PMID:35815410
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组学技术，研究了施万细胞前体（SCPs）与神经嵴细胞的转录特征，揭示了SCPs在神经嵴谱系中的多能性及其在不同解剖位置的分化倾向。 | 首次通过单细胞转录组学技术展示了SCPs与神经嵴细胞的相似转录特征，并利用CRISPR-Cas9技术验证了关键基因Sox8在SCPs分化中的作用。 | NA | 探讨施万细胞前体在神经嵴谱系中的多能性及其分化机制。 | 施万细胞前体（SCPs）及其在神经嵴谱系中的分化。 | NA | NA | 单细胞转录组学, CRISPR-Cas9 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 13074 | 2024-08-07 |
Clinical practices underlie COVID-19 patient respiratory microbiome composition and its interactions with the host
2021-10-29, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-26500-8
PMID:34716338
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研究论文 | 研究分析了COVID-19患者上呼吸道（58例）和下呼吸道（35例）的微生物组，结合微生物组测序、病毒载量测定和免疫分析，探讨临床实践对COVID-19患者呼吸微生物组组成及其与宿主相互作用的影响。 | 研究发现重症监护室停留时间和氧气支持类型，以及相关治疗如抗生素使用，解释了上呼吸道微生物组的最大变异，而SARS-CoV-2病毒载量影响较小。 | 研究主要集中在临床实践对微生物组的影响，未全面探讨其他可能的环境或遗传因素。 | 旨在理解COVID-19病理学中呼吸微生物组的作用及其与宿主的相互作用。 | COVID-19患者的上呼吸道和下呼吸道微生物组。 | 微生物学 | COVID-19 | 微生物组测序、病毒载量测定、免疫分析、单细胞转录组学 | NA | 微生物组数据、病毒载量数据、免疫数据 | 上呼吸道样本58例，下呼吸道样本35例 |
| 13075 | 2024-08-07 |
A Markov random field model for network-based differential expression analysis of single-cell RNA-seq data
2021-Oct-26, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-021-04412-0
PMID:34702190
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研究论文 | 本文提出了一种基于马尔可夫随机场（MRF）模型的方法MRFscRNAseq，用于通过已知的生物网络信息提高单细胞RNA测序数据中差异表达基因（DEGs）的识别能力 | 该方法通过整合基因网络信息和细胞类型间的依赖关系，提高了检测细胞类型特异性DEGs的统计能力 | NA | 提高单细胞RNA测序数据中差异表达基因的识别能力 | 单细胞RNA测序数据中的差异表达基因 | 生物信息学 | 间质性肺病 | 单细胞RNA测序 | 马尔可夫随机场（MRF） | 基因表达数据 | 18,150个蛋白质编码基因，涉及38种细胞类型，来自32名间质性肺病患者和28名正常对照的肺组织样本 |
| 13076 | 2024-08-07 |
Bayesian log-normal deconvolution for enhanced in silico microdissection of bulk gene expression data
2021-10-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-26328-2
PMID:34671028
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研究论文 | 本文介绍了一种名为BLADE的贝叶斯对数正态反卷积方法，用于从大量基因表达数据中提取细胞成分信息 | BLADE框架能够处理超过20种细胞类型，并使用有效的变分推断方法，提高了对基因表达变异性的鲁棒性和完整性 | NA | 开发一种新的统计模型，以从大量基因表达数据中准确提取细胞成分信息 | 细胞成分和每种细胞类型的基因表达谱 | 基因表达 | NA | 单细胞RNA测序 | 贝叶斯模型 | 基因表达数据 | 超过700个模拟和真实数据集 |
| 13077 | 2024-08-07 |
Spatial deconvolution of HER2-positive breast cancer delineates tumor-associated cell type interactions
2021-10-14, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-26271-2
PMID:34650042
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研究论文 | 本研究利用空间转录组技术研究HER2阳性乳腺癌肿瘤中的空间基因表达，揭示肿瘤相关细胞类型的相互作用 | 首次通过空间转录组技术结合单细胞数据，绘制了肿瘤细胞与免疫细胞相互作用的高分辨率图谱，并构建了预测三级淋巴样结构的模型 | NA | 旨在通过空间基因表达分析，理解肿瘤细胞与免疫细胞的相互作用及其功能相关性 | HER2阳性乳腺癌肿瘤 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 空间转录组技术 | 预测模型 | 基因表达数据 | NA |
| 13078 | 2024-08-07 |
Building the mega single-cell transcriptome ocular meta-atlas
2021-10-13, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giab061
PMID:34651173
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研究论文 | 本文开发了一个轻量级的R包（scPOP），用于整合批处理方法并平衡批处理合并与细胞类型/集群纯度，以创建大规模的眼部单细胞转录组元图谱。 | 提出了一个轻量级的R包scPOP，用于优化单细胞转录组数据的批处理整合，并展示了如何有效合并大量数据以创建元图谱。 | 文中未明确提及具体的局限性。 | 开发工具和方法以高效创建组织和细胞感兴趣的元图谱。 | 眼部单细胞转录组数据，涉及33个视网膜数据集和3个物种的766,615个细胞。 | 单细胞转录组技术 | NA | 单细胞转录组技术 | NA | 转录组数据 | 766,615个细胞，来自33个视网膜数据集和3个物种 |
| 13079 | 2024-08-07 |
Single-cell analysis of ploidy and the transcriptome reveals functional and spatial divergency in murine megakaryopoiesis
2021-10-07, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2021010697
PMID:34115843
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研究论文 | 本文通过手动分离小鼠和人类供体的骨髓中CD41+巨核细胞，并基于倍性（2N-32N）进行单细胞RNA测序分析，揭示了巨核细胞在体内的分子、空间和功能异质性 | 发现了巨核细胞中与血小板生成、造血干细胞微环境相互作用和炎症反应相关的三个不同亚群，并揭示了一个可能作为新型免疫细胞的特殊巨核细胞亚群 | NA | 探索巨核细胞在体内的功能和空间异质性 | 小鼠和人类供体的骨髓中CD41+巨核细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠和人类供体的骨髓中CD41+巨核细胞 |
| 13080 | 2024-08-07 |
Single-cell analysis of patient-derived PDAC organoids reveals cell state heterogeneity and a conserved developmental hierarchy
2021-10-05, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-26059-4
PMID:34611171
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析，揭示了来自患者的PDAC类器官中细胞状态的异质性和保守的发育层次结构 | 首次展示了PDAC类器官中'经典'和'基底样'细胞的共存，并识别了跨患者共享的特定肿瘤细胞状态 | NA | 探索胰腺导管腺癌（PDAC）细胞状态的异质性和发育层次结构 | PDAC类器官和原发性PDAC的单细胞转录组 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 18个原发性肿瘤和两个匹配的肝转移 |