单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27366 篇文献，本页显示第 13041 - 13060 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 13041 | 2024-08-07 |
Properties and Differential Expression of H+ Receptors in Dorsal Root Ganglia: Is a Labeled-Line Coding for Acid Nociception Possible?
2021, Frontiers in physiology
IF:3.2Q2
DOI:10.3389/fphys.2021.733267
PMID:34764880
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综述 | 本文综述了背根神经节中H+受体的性质和差异表达，探讨了酸伤害感受的标记线编码可能性 | 首次系统描述了背根神经节中H+受体的功能和结构特征，并结合单细胞测序数据分析了这些受体的表达模式 | NA | 探讨酸伤害感受的标记线编码机制 | 背根神经节中的H+受体及其在酸伤害感受中的作用 | 神经科学 | NA | 单细胞测序 | NA | mRNA表达谱 | NA |
| 13042 | 2024-08-07 |
Integrative Omics Analysis Unravels Microvascular Inflammation-Related Pathways in Kidney Allograft Biopsies
2021, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2021.738795
PMID:34795664
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研究论文 | 本研究通过综合组学分析，揭示了肾移植活检中与微血管炎症相关的miRNA和mRNA表达模式 | 首次通过多步骤选择过程，识别出与微血管炎症强度逐渐相关的六种差异表达miRNA，并探讨了它们在不同细胞类型中的靶基因及其功能 | 研究主要集中在miRNA和mRNA的表达分析，未涉及其他可能的调控机制 | 探讨miRNA在抗体介导的排斥反应中的作用及其相关通路 | 肾移植活检样本中的miRNA和mRNA | 生物信息学 | 肾移植 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 发现队列86例，选择队列99例，验证队列298例 |
| 13043 | 2024-08-07 |
Automatic cell type identification methods for single-cell RNA sequencing
2021, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2021.10.027
PMID:34815832
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研究论文 | 本文讨论并评估了32种已发表的单细胞RNA测序数据自动细胞类型识别方法的预测准确性、F1分数、未标记率和运行时间 | 介绍了自动细胞类型识别方法在单细胞RNA测序数据分析中的优势，如快速、准确和用户友好 | 文章指出这些自动方法在实际应用中仍面临挑战，并需要根据可用信息选择合适的方法 | 评估和讨论单细胞RNA测序数据自动细胞类型识别方法的性能和未来应用 | 32种已发表的单细胞RNA测序数据自动细胞类型识别方法 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 13044 | 2024-08-07 |
Identification of Intercellular Signaling Changes Across Conditions and Their Influence on Intracellular Signaling Response From Multiple Single-Cell Datasets
2021, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2021.751158
PMID:34858473
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研究论文 | 本文通过改进先前开发的工具CellChat，实现了跨多个单细胞RNA测序数据集的细胞间通信网络的灵活比较分析，并研究了细胞间通信如何影响细胞内信号响应。 | 开发了CellChat工具的新功能，使其能够跨多个单细胞RNA测序数据集进行细胞间通信网络的比较分析，并构建了连接细胞间通信和细胞内信号网络的多尺度信号网络。 | NA | 理解不同细胞状态如何响应进化、扰动和疾病中的细胞间信号变化及其对细胞内转录因子的影响。 | 细胞间信号变化及其对细胞内信号响应的影响。 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 网络正则化回归模型 | 数据集 | 三个scRNA-seq数据集，分别来自皮肤发育、脊髓损伤和COVID-19。 |
| 13045 | 2024-08-07 |
Why Single-Cell Sequencing Has Promise in MDS
2021, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2021.769753
PMID:34926276
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综述 | 本文综述了单细胞测序技术在骨髓增生异常综合征（MDS）研究中的应用及其对理解正常造血和MDS疾病发病机制的潜在价值 | 单细胞测序技术通过识别经典造血层次阶段之间的过渡细胞状态，深化了对细胞分化和谱系承诺背后生物学活动的理解 | NA | 探讨单细胞测序技术如何填补当前对MDS生物学理解的空白 | 骨髓增生异常综合征（MDS）及其相关造血过程 | NA | 骨髓增生异常综合征 | 单细胞测序 | NA | 细胞 | NA |
| 13046 | 2024-08-07 |
tascCODA: Bayesian Tree-Aggregated Analysis of Compositional Amplicon and Single-Cell Data
2021, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2021.766405
PMID:34950190
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研究论文 | 介绍了一种名为tascCODA的贝叶斯模型，用于整合层次信息和实验协变量数据，对组成性计数数据进行生成建模 | tascCODA模型结合了基于树结构的潜在参数和尖峰与板Lasso惩罚，能够在数据驱动的简约方式下确定不同层次的协变量效应 | NA | 开发一种新的统计模型，用于分析来自高通量测序技术的生物数据集，特别是微生物组组成和细胞类型组成数据 | 微生物组组成数据和细胞类型组成数据 | 生物信息学 | 肠道疾病 | 高通量测序技术 | 贝叶斯模型 | 计数数据 | 包括溃疡性结肠炎患者的单细胞RNA测序数据和肠易激综合征患者的扩增子数据 |
| 13047 | 2024-08-07 |
Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals RGS1 as a New Marker and Promoting Factor for T-Cell Exhaustion in Multiple Cancers
2021, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2021.767070
PMID:34956194
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组数据分析了多种癌症中CD8+ T细胞的细胞类型，并识别了与T细胞耗竭相关的35个基因，其中RGS1基因在耗竭前和耗竭T细胞中表达显著增加，并与不良预后相关。 | 首次识别RGS1作为T细胞耗竭的新标记和促进因子，并探讨了其在T细胞耗竭中的潜在机制。 | 研究主要基于单细胞转录组数据，未涉及体内实验验证RGS1的具体功能。 | 旨在识别新的T细胞耗竭标记物，并为耗竭细胞的研究和免疫治疗提供理论基础。 | 多种癌症中的CD8+ T细胞及其耗竭状态。 | 数字病理学 | 多种癌症 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 涉及多种癌症的CD8+ T细胞样本 |
| 13048 | 2024-08-07 |
Circulating miRNA Spaceflight Signature Reveals Targets for Countermeasure Development
2020-12-08, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2020.108448
PMID:33242410
|
研究论文 | 本研究鉴定并验证了与模拟、短时和长时太空飞行相关的共享微小RNA（miRNA）特征，这些特征在啮齿动物和人类中均有体现 | 首次发现并验证了太空飞行相关的miRNA特征，并利用antagomirs成功挽救了模拟深空辐射引起的血管损伤 | NA | 揭示太空飞行相关的miRNA特征，并开发针对这些特征的对抗措施 | 啮齿动物和人类的miRNA响应太空飞行的情况 | NA | NA | miRNA测序，单细胞RNA测序（scRNA-seq），单细胞转座酶可及染色质测定（scATAC-seq） | NA | miRNA数据 | 包括啮齿动物和人类样本，具体数量未详述 |
| 13049 | 2024-08-07 |
Understanding tumor ecosystems by single-cell sequencing: promises and limitations
2018-12-03, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-018-1593-z
PMID:30509292
|
综述 | 本文综述了单细胞测序技术在理解肿瘤生态系统中的应用及其局限性 | 单细胞测序技术揭示了肿瘤内和肿瘤间的细胞异质性，为癌症进化、转移、耐药性和肿瘤微环境研究带来了新发现 | 单细胞测序技术仍存在局限性，包括技术挑战和潜在应用的限制 | 探讨单细胞测序技术在癌症研究中的最新进展和局限性及其潜在应用 | 肿瘤生态系统和癌症研究 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | NA | 基因组、表观基因组、转录组和多组学数据 | NA |
| 13050 | 2024-08-07 |
Missing data and technical variability in single-cell RNA-sequencing experiments
2018-10-01, Biostatistics (Oxford, England)
DOI:10.1093/biostatistics/kxx053
PMID:29121214
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研究论文 | 本文通过评估实验分析了已发表研究中的单细胞RNA测序数据，揭示了系统误差对细胞间表达变异性的影响 | 本文首次详细探讨了单细胞RNA测序中技术变异导致的零表达问题，并展示了这种技术变异如何与新的生物学结果混淆 | 本文主要关注技术变异对单细胞RNA测序数据的影响，未深入探讨生物学变异的作用 | 研究单细胞RNA测序实验中的数据缺失和技术变异性问题 | 单细胞RNA测序数据中的零表达和技术变异性 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 多个已发表研究的数据 |
| 13051 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptomic analysis reveals transcript enrichment in oxidative phosphorylation, fluid sheer stress, and inflammatory pathways in obesity-related glomerulopathy
2024-Jul, Genes & diseases
IF:6.9Q1
DOI:10.1016/j.gendis.2023.101101
PMID:38560497
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序分析了肥胖相关肾小球病变患者的肾脏样本，揭示了特定细胞类型中基因表达的变化 | 首次报道了肥胖相关肾小球病变患者中免疫细胞（如T细胞和B细胞）的减少，以及特定细胞类型中与氧化磷酸化、细胞粘附、产热和炎症途径相关的基因富集 | 研究样本量较小，仅包括四名肥胖相关肾小球病变患者和三名肥胖对照组 | 旨在阐明肥胖相关肾小球病变的分子机制，并探索新的预防或治疗策略 | 肥胖相关肾小球病变患者的肾脏样本 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 四名肥胖相关肾小球病变患者和三名肥胖对照组 |
| 13052 | 2024-08-07 |
Single-Cell RNA Sequencing Profiling Cellular Heterogeneity and Specific Responses of Fish Gills to Microplastics and Nanoplastics
2024-Apr-02, Environmental science & technology
IF:10.8Q1
DOI:10.1021/acs.est.3c10338
PMID:38512049
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，探讨了罗非鱼鳃对微塑料和纳米塑料暴露的细胞异质性和特定反应 | 首次揭示了罗非鱼鳃对微塑料和纳米塑料的细胞异质性反应，并提供了单细胞分辨率的毒理学机制敏感标记 | NA | 研究鱼鳃对微塑料和纳米塑料的细胞异质性和特定反应 | 罗非鱼鳃的单个细胞群体对微塑料和纳米塑料暴露的反应 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及12种已识别的细胞群体 |
| 13053 | 2024-08-04 |
Integrated single-cell transcriptomics reveals the hypoxia-induced inflammation-cancer transformation in NASH-derived hepatocellular carcinoma
2024-Apr, Cell proliferation
IF:5.9Q2
DOI:10.1111/cpr.13576
PMID:37994257
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研究论文 | 本研究揭示了缺氧诱导的炎症-癌症转化机制在NASH衍生的肝细胞癌中的作用 | 首次通过单细胞转录组学整合研究识别出了从NAFLD到HCC的转变过程中CYP7A1肝细胞的功能和亚群体 | 未提及样本的具体数量及其在临床应用中的直接验证 | 探讨NAFLD相关肝细胞癌的发展机制 | 肝细胞和巨噬细胞的单细胞转录组分析 | 数字病理学 | 非酒精性脂肪肝病相关肝细胞癌 | 单细胞转录组学 | 小鼠模型 | 转录组数据 | 四个单细胞转录组数据集 |
| 13054 | 2024-08-04 |
Integrative analysis of bulk and single-cell RNA-seq reveals the molecular characterization of the immune microenvironment and oxidative stress signature in melanoma
2024-Mar-30, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e28244
PMID:38560689
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研究论文 | 本研究探讨了黑色素瘤免疫微环境和氧化应激特征的异质性。 | 通过整合散装和单细胞RNA测序数据，识别出六种肿瘤亚群，并构建了预测风险模型。 | 研究主要集中在黑色素瘤上，可能无法推广至其他类型肿瘤。 | 旨在分析黑色素瘤的免疫微环境和氧化应激标志物的分子特征。 | 研究对象为黑色素瘤的细胞及其脉络中的免疫细胞。 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | RNA-seq | NA | 单细胞和散装RNA测序数据 | 不明确提供样本数量 |
| 13055 | 2024-08-04 |
SpatialcoGCN: deconvolution and spatial information-aware simulation of spatial transcriptomics data via deep graph co-embedding
2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae130
PMID:38557675
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研究论文 | 本文提出了一种名为SpatialcoGCN的深度图共嵌入框架，用于提高空间转录组数据的去卷积和模拟性能 | 该研究通过自监督的共图卷积网络模型显著改善了空间转录组数据的低空间分辨率和检测到的RNA转录本数量的问题 | 尚未提及具体的限制因素 | 探讨空间转录组数据中细胞的功能和相互作用 | 使用空间转录组数据和单细胞数据进行细胞组成的去卷积和模拟 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 深度学习 | 共图卷积网络 | 空间转录组数据 | 模拟的空间转录组数据和来自人类导管癌、发育中人类心脏和小鼠大脑的真实数据集 |
| 13056 | 2024-08-07 |
An immune cell map of human lung adenocarcinoma development reveals an anti-tumoral role of the Tfh-dependent tertiary lymphoid structure
2024-Mar-19, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101448
PMID:38458196
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术绘制了人肺腺癌发展过程中的免疫细胞图谱，揭示了Tfh依赖的三级淋巴结构在抗肿瘤中的作用 | 首次揭示了Tfh依赖的三级淋巴结构在人肺腺癌发展中的抗肿瘤作用，并通过IL-21-IL-21受体信号通路介导 | 研究主要基于小鼠模型，需要在人体中进一步验证 | 探究人肺腺癌发展过程中的免疫反应及其对患者生存的影响 | 人肺腺癌发展过程中的免疫细胞及其动态变化 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 13057 | 2024-08-04 |
MMR vaccination induces trained immunity via functional and metabolic reprogramming of γδ T cells
2024-Jan-30, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI170848
PMID:38290093
|
研究论文 | 这篇文章系统地研究了MMR疫苗是否可以诱导先天免疫细胞的长期功能变化。 | 这项研究首次揭示了MMR疫苗通过功能和代谢重编程γδ T细胞来诱导训练免疫的机制。 | 这项研究的样本量较小，仅涉及39名健康成年人，可能限制了结果的普遍适用性。 | 研究MMR疫苗是否能诱导先天免疫细胞的长期功能变化。 | 39名健康成年人，接受MMR疫苗或安慰剂的随机对照试验。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 39名健康成年人 |
| 13058 | 2024-08-07 |
Dynamics of Endothelial Cell Generation and Turnover in Arteries During Homeostasis and Diseases
2024-01-09, Circulation
IF:35.5Q1
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研究论文 | 本文通过使用基于Cre-loxP和Dre-rox的双重组系统，开发了一种遗传系统，用于在体内无缝记录内皮细胞（EC）的增殖，并结合单细胞RNA测序和基因敲除，揭示了动脉中EC生成在稳态和疾病中的细胞和分子机制。 | 本文创新性地使用遗传增殖追踪技术，结合单细胞RNA测序和基因敲除，精确测量了动脉中内皮细胞的生成动态，并揭示了其与疾病状态的关系。 | 由于大型血管如动脉的增殖频率较低，目前评估动脉中内皮细胞生成动态仍具有挑战性。 | 旨在深入理解血管稳态和疾病的细胞机制，特别是内皮细胞的生成和周转。 | 研究对象为动脉中的内皮细胞（EC）及其在稳态和疾病状态下的生成和周转。 | NA | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因数据 | 成年小鼠的主动脉内皮细胞 |
| 13059 | 2024-08-04 |
Cancer-associated fibroblasts: protagonists of the tumor microenvironment in gastric cancer
2024, Frontiers in molecular biosciences
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fmolb.2024.1340124
PMID:38562556
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综述 | 本研究回顾了癌相关成纤维细胞在胃癌肿瘤微环境中的关键作用 | 探讨了癌相关成纤维细胞的异质性以及其如何促进胃癌的侵袭性和耐药性 | 癌相关成纤维细胞的异质性可能会使针对其的治疗策略开发变得复杂 | 旨在揭示癌相关成纤维细胞在胃癌中的作用及其潜在治疗策略 | 主要研究癌相关成纤维细胞及其在胃癌中的角色 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞测序 | NA | 文本 | NA |
| 13060 | 2024-08-04 |
Updates in Skin Cancer in Transplant Recipients and Immunosuppressed Patients: Review of the 2022-2023 Scientific Symposium of the International Immunosuppression and Transplant Skin Cancer Collaborative
2024, Transplant international : official journal of the European Society for Organ Transplantation
IF:2.7Q2
DOI:10.3389/ti.2024.12387
PMID:38562207
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综述 | 本文总结了国际免疫抑制和移植皮肤癌合作组织2022年科学研讨会的主要内容 | 提供了免疫抑制患者和器官移植接受者皮肤癌研究的最新进展 | 主要基于会议报告，缺乏原始数据和实验研究 | 探讨免疫抑制和器官移植患者的皮肤癌相关研究 | 聚焦于器官移植接受者和其他长期免疫抑制患者的皮肤恶性肿瘤 | 数字病理学 | 皮肤癌 | NA | NA | 文献综述 | NA |