单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
13041	2024-08-04	EIF2Ss, a Novel c-Myc-Correlated Gene Family, is Associated with Poor Prognosis and Immune Infiltration in Pancreatic Adenocarcinoma 2024-Mar-21, Frontiers in bioscience (Landmark edition) DOI:10.31083/j.fbl2903119 PMID:38538250	研究论文	本研究分析了EIF2S基因家族在胰腺腺癌中的诊断、预后和治疗中的作用	发现EIF2S在胰腺腺癌组织中高表达，并与不良预后和免疫浸润相关	尚未报告EIF2S在PAAD中的具体功能机制	探讨EIF2S基因家族与胰腺腺癌的关系	胰腺腺癌患者的基因表达和生存情况	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），功能富集分析，免疫共沉淀，质谱分析，西方印迹	NA	基因表达数据	基于TCGA数据库，具体样本数未提供
13042	2024-08-04	Construction of an immune predictive model and identification of TRIP6 as a prognostic marker and therapeutic target of CRC by integration of single-cell and bulk RNA-seq data 2024-Mar-02, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-024-03658-w PMID:38430268	研究论文	本研究构建了一个免疫预测模型，并识别了TRIP6作为结直肠癌的预后标志物和治疗靶点	首次结合单细胞RNA测序和总RNA测序数据构建了结直肠癌的分子免疫预测模型	未能深入探讨模型的临床应用效果	识别结直肠癌患者的免疫状态，并构建预后模型以预测患者结果	结直肠癌患者的免疫细胞浸润和关键基因	数字病理学	结直肠癌	RNA-seq，单细胞RNA-seq	逻辑回归模型	基因表达数据	包含来自GEO的结直肠癌单细胞RNA-seq数据和UCSC Xena的总RNA-seq数据
13043	2024-08-04	Proteomic and transcriptomic profiling of brainstem, cerebellum and olfactory tissues in early- and late-phase COVID-19 2024-Mar, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-024-01573-y PMID:38366144	研究论文	本文分析了不同阶段COVID-19患者脑干、脑小脑和嗅觉组织的蛋白质组和转录组特征	首次通过单核RNA测序和空间转录组学整合分析COVID-19不同阶段的神经炎症反应	研究对象为已故个体，可能会影响结果的临床适用性	探讨COVID-19过程中神经系统的免疫反应及其对神经功能的影响	不同阶段的COVID-19患者的脑干组织	数字病理学	COVID-19	单核RNA测序和空间转录组学	NA	组织样本	不同阶段的已故COVID-19患者脑干组织
13044	2024-08-04	Mutational signature and prognosis in adenocarcinoma of the bladder 2024-03, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6239 PMID:38180342	研究论文	本文揭示了膀胱腺癌的突变和转录组特征，并评估了其与预后的关系	首次报告了膀胱腺癌中与化学致癌物相关的突变特征，并与预后相关联	样本数量较少，仅包含23名患者，可能限制结果的广泛适用性	揭示膀胱腺癌的突变和转录组特征	23名膀胱腺癌患者，包括16名原发性膀胱腺癌患者和7名尿管腺癌患者	数字病理学	膀胱癌	全外显子测序、全基因组测序、RNA测序、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、转录组数据	23个样本，包含16个原发性膀胱腺癌和7个尿管腺癌
13045	2024-08-07	The collagen landscape in cancer: profiling collagens in tumors and in circulation reveals novel markers of cancer-associated fibroblast subtypes 2024-01, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6207 PMID:37728068	研究论文	本研究旨在通过分析肿瘤和循环中的胶原蛋白表达，识别癌症相关成纤维细胞亚型的潜在标志物	发现了特定胶原蛋白亚型与癌症相关成纤维细胞亚型（如iCAFs和myCAFs）的关联，并揭示了这些胶原蛋白在不同实体瘤中的表达失调与生存率的关联	NA	识别癌症生物标志物并探索新的治疗靶点	癌症相关成纤维细胞及其胶原蛋白表达	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用公开的单细胞RNA测序数据集和TCGA数据库中的肿瘤样本，以及癌症患者的血清样本
13046	2024-08-07	Transcriptional profile of human thymus reveals IGFBP5 is correlated with age-related thymic involution 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1322214 PMID:38318192	研究论文	研究通过收集和整合公开的人类单细胞转录组测序数据，构建了人类胸腺细胞图谱，并发现了与年龄相关的胸腺退化相关的关键调节因子IGFBP5	首次系统地探索了早期胸腺细胞的细胞间通讯和调节因子，以及年龄相关的人类胸腺差异，并通过生物信息学和实验验证，揭示了IGFBP5作为胸腺退化的功能标记	NA	研究人类胸腺中与年龄相关的退化机制	人类胸腺的细胞和分子机制	生物信息学	NA	单细胞转录组测序（scRNA-seq）	NA	细胞	350,678个细胞来自36个样本
13047	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing reveals cell type-specific immune regulation associated with human neuromyelitis optica spectrum disorder 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1322125 PMID:38440735	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术分析了人类视神经脊髓炎谱系障碍（NMOSD）患者的外周血单个核细胞，揭示了细胞类型特异性的免疫调控	首次通过单细胞RNA测序技术详细描述了NMOSD患者外周血单个核细胞的免疫特征	NA	探讨视神经脊髓炎谱系障碍（NMOSD）的外周免疫特征	NMOSD患者的外周血单个核细胞	数字病理学	神经免疫疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
13048	2024-08-07	Increased glycolysis and cellular crosstalk in eosinophilic chronic rhinosinusitis with nasal polyps 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1321560 PMID:38444858	研究论文	本研究探讨了嗜酸性慢性鼻窦炎伴鼻息肉（eCRSwNP）中糖酵解酶基因表达增加及其与细胞间相互作用的关系	首次通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）揭示了eCRSwNP中糖酵解重编程与细胞间相互作用的关系	NA	研究嗜酸性慢性鼻窦炎伴鼻息肉（eCRSwNP）中糖酵解酶基因表达增加及其与细胞间相互作用的关系	嗜酸性慢性鼻窦炎伴鼻息肉（eCRSwNP）患者的上皮细胞、基质细胞和记忆T细胞亚群	数字病理学	慢性鼻窦炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
13049	2024-08-07	Hedgehog signalling in Foxd1+ embryonic kidney stromal progenitors controls nephron formation via Cxcl12 and Wnt5a 2023-12, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6195 PMID:37772431	研究论文	研究揭示了胚胎肾脏间质祖细胞中Hedgehog信号通路在通过Cxcl12和Wnt5a调控肾单位形成中的主要致病作用	首次确定了Hedgehog信号通路在胚胎肾脏间质细胞中的过度激活导致先天性肾单位数量减少的机制，并发现Cxcl12和Wnt5a是其下游关键分子	研究主要基于小鼠模型和人类肾脏类器官，可能需要进一步的人体研究来验证这些发现	探讨先天性肾脏和尿道异常（CAKUT）中肾单位数量减少的病理机制	胚胎肾脏间质祖细胞中的Hedgehog信号通路及其对肾单位形成的影响	数字病理学	先天性肾脏和尿道异常	单细胞RNA测序	NA	组织	小鼠模型和人类肾脏类器官
13050	2024-08-07	Prostatic proliferative inflammatory atrophy: welcome to the club† 2023-12, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6213 PMID:37775958	研究论文	本研究使用RNA原位杂交技术，在人类前列腺中发现了与肺部club细胞具有转录相似性的上皮细胞，并探讨了这些细胞在前列腺炎症和癌症中的潜在作用	首次在人类前列腺中定位了club-like细胞，并揭示了它们在前列腺炎症和癌症中的表达模式	尚未完全理解club-like细胞在人类前列腺炎症、再生和疾病中的功能角色	探讨club-like细胞在人类前列腺炎症、再生和疾病中的作用	人类前列腺中的club-like细胞及其与前列腺炎症和癌症的关系	数字病理学	前列腺癌	RNA原位杂交	NA	RNA序列	未具体说明样本数量
13051	2024-08-07	Single-cell profiling identifies distinct hormonal, immunologic, and inflammatory signatures of endometriosis-constituting cells 2023-11, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6178 PMID:37807404	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了卵巢子宫内膜囊肿、浅表腹膜子宫内膜异位症和深部浸润性子宫内膜异位症患者的细胞类型及其分子特征	发现了子宫内膜异位症特有的MUC5B细胞、间皮细胞来源的肌成纤维细胞以及NRG1-ERBB3相互作用，这些可能与子宫内膜异位症的发病机制有关	NA	探讨子宫内膜异位症构成细胞与正常子宫内膜的差异及其分子特征与表型表现的关系	卵巢子宫内膜囊肿、浅表腹膜子宫内膜异位症和深部浸润性子宫内膜异位症	数字病理学	子宫内膜异位症	单细胞RNA测序	NA	RNA	12名患者
13052	2024-08-07	Club-like cells in proliferative inflammatory atrophy of the prostate 2023-09, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6149 PMID:37550827	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和染色RNA原位杂交技术，在前列腺增生性炎症萎缩（PIA）中发现并定位了类似肺部纤毛细胞的细胞群	首次在前列腺中发现与肺部纤毛细胞相似的细胞群，并探讨了这些细胞在前列腺炎症和癌变中的作用	研究主要集中在前列腺癌手术标本，对健康前列腺组织的研究较少	识别并定位前列腺中的纤毛细胞样细胞，并探讨其在前列腺炎症和癌变中的作用	前列腺组织，包括健康捐赠者和前列腺癌患者的前列腺标本	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），染色RNA原位杂交	NA	组织样本	包括健康前列腺组织和前列腺癌手术标本
13053	2024-08-04	Revolutionizing cancer immunotherapy in solid tumor: CAR engineering and single-cell sequencing insights 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1310285 PMID:38090577	mini-review	这篇文章探讨了嵌合抗原受体（CAR）细胞疗法在实体肿瘤治疗中的进展及单细胞RNA测序（scRNA-seq）的应用	结合scRNA-seq与CAR疗法，提供了对CAR细胞生物特性及肿瘤免疫逃逸的新见解，推动癌症免疫治疗的创新	主要面临识别可靠的肿瘤相关抗原和肿瘤微环境复杂性的问题	研究CAR细胞疗法在实体肿瘤中的应用以及scRNA-seq的潜力	CAR-T细胞和实体肿瘤	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞数据	NA
13054	2024-08-04	An integrated analysis of bulk and single-cell sequencing data reveals that EMP1+/COL3A1+ fibroblasts contribute to the bone metastasis process in breast, prostate, and renal cancers 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1313536 PMID:38187400	研究论文	本研究通过综合分析大规模测序和单细胞RNA转录组数据，揭示了EMP1+/COL3A1+成纤维细胞在乳腺癌、前列腺癌和肾癌的骨转移过程中的作用	首次调查了成纤维细胞与多种肿瘤微环境中的骨转移过程之间的关系	尚未明确骨转移机制的所有细节	探索不同肿瘤的骨转移相关特征	乳腺癌、前列腺癌和肾癌样本中的成纤维细胞	数字病理学	乳腺癌、前列腺癌、肾癌	大规模测序和单细胞RNA测序	NA	RNA转录组数据	乳腺癌、前列腺癌和肾癌的骨转移样本
13055	2024-08-04	Single-cell transcriptomics reveals heterogeneity in esophageal squamous epithelial cells and constructs models for predicting patient prognosis and immunotherapy 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1322147 PMID:38098487	研究论文	该文章探讨了食管鳞状上皮细胞异质性，并建立了预测患者预后和免疫治疗模型	通过单细胞转录组学揭示了恶性上皮细胞亚群的异质性，并建立了与生存相关的预后模型	样本量和所用数据集的选择可能限制了结果的普遍适用性	全面探索食管鳞状细胞癌微环境中恶性鳞状上皮细胞亚群的异质性	主要研究食管鳞状细胞癌患者中的恶性鳞状上皮细胞及其与肿瘤微环境的相互作用	数字病理学	食管癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA数据	TCGA和GSE53624队列的样本
13056	2024-08-07	Single-cell landscape of immune cells during the progression from HBV infection to HBV cirrhosis and HBV-associated hepatocellular carcinoma 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1320414 PMID:38116005	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了不同疾病阶段的人类肝脏免疫微环境，揭示了HBV感染至HBV相关肝硬化和肝细胞癌过程中免疫细胞的变化	首次详细描述了从HBV感染到肝硬化和肝细胞癌进展过程中肝脏免疫微环境的单细胞景观，并识别了两个相关的免疫细胞亚群Macrophage-CD9/IL18和macrophage-CD9/IFI6	研究样本量相对较小，可能需要进一步扩大样本量以验证结果的普遍性	探究HBV相关肝脏疾病进展过程中肝脏免疫环境的变化	HBV感染、HBV肝硬化和HBV相关肝细胞癌患者的肝脏免疫细胞	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	118,455个免疫细胞，来自6名健康个体、4名HBV感染患者、5名HBV肝硬化患者和3名HBV相关肝细胞癌患者
13057	2024-08-07	Unraveling the enigma of B cells in diffuse large B-cell lymphoma: unveiling cancer stem cell-like B cell subpopulation at single-cell resolution 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1310292 PMID:38149239	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据和多种生物信息学工具，全面分析了弥漫大B细胞淋巴瘤中的B细胞亚群，特别是揭示了一种具有癌症干细胞特性的B细胞亚群	首次在单细胞分辨率下揭示了弥漫大B细胞淋巴瘤中存在具有癌症干细胞特性的B细胞亚群，并探讨了其与不良预后的关联	研究样本量较小，且仅限于DLBCL和正常淋巴组织，未来需扩大样本量和涵盖更多类型的淋巴瘤	揭示弥漫大B细胞淋巴瘤中癌症干细胞样B细胞亚群的特性和其在疾病进展中的作用	弥漫大B细胞淋巴瘤中的B细胞亚群及其与癌症干细胞的关系	数字病理学	淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	230个DLBCL组织样本和3个DLBCL样本及1个正常淋巴组织样本
13058	2024-08-07	Interferon response and profiling of interferon response genes in peripheral blood of vaccine-naive COVID-19 patients 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1315602 PMID:38268924	研究论文	本研究旨在通过分析COVID-19患者外周血中的干扰素（IFN）反应基因表达，深入了解COVID-19感染期间的系统性干扰素反应	首次在未接种疫苗的COVID-19患者中研究了干扰素反应基因的表达，并利用单细胞RNA测序数据分析了特定细胞类型在干扰素反应中的作用	样本仅限于疾病发作后10天内的血液样本，且未考虑接种疫苗后的情况	研究COVID-19患者在自然感染期间的先天免疫反应，特别是干扰素反应	COVID-19患者和健康对照组的外周血样本	数字病理学	COVID-19	RNA测序	NA	RNA	105名COVID-19患者和30名健康对照
13059	2024-08-07	Effect of sodium stibogluconate in recruiting and awakening immune cells in the pleural fluid of pancreatic cancer: preparation for immunotherapy 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1315468 PMID:38313432	研究论文	研究钠锑葡萄糖酸盐（SSG）在胰腺癌患者的胸腔积液中招募和唤醒免疫细胞的效果，为免疫治疗做准备	首次使用单细胞RNA测序（scRNA-seq）研究SSG在胰腺癌胸腔积液中的免疫激活作用	研究仅限于胰腺癌患者的胸腔积液，未涉及其他类型的癌症或疾病	探讨SSG在胰腺癌胸腔积液中激活免疫细胞的机制，为免疫治疗提供新策略	胰腺癌患者的胸腔积液中的免疫细胞	免疫学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	具体样本数量未在摘要中明确
13060	2024-08-07	Single-cell profiling identifies mechanisms of inflammatory heterogeneity in chronic rhinosinusitis 2022-10, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-022-01312-0 PMID:36138182	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了健康个体和三种慢性鼻窦炎亚型患者的鼻黏膜细胞，识别了与慢性鼻窦炎亚型发病机制相关的特定细胞亚群和分子	首次通过单细胞RNA测序揭示了慢性鼻窦炎亚型的异质性免疫微环境和发病机制，并发现了潜在的治疗靶点	研究主要集中在小鼠模型和体外实验，需要进一步的人体临床试验验证	深入理解慢性鼻窦炎的异质性免疫微环境和发病机制，并探索潜在的治疗方法	健康个体和慢性鼻窦炎患者的鼻黏膜细胞	数字病理学	慢性鼻窦炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞	健康个体和三种慢性鼻窦炎亚型患者的鼻黏膜细胞