单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27648 篇文献，本页显示第 13041 - 13060 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 13041 | 2024-08-07 |
Identification and validation of an immunotherapeutic signature for colon cancer based on the regulatory patterns of ferroptosis and their association with the tumor microenvironment
2024-Apr, Biochimica et biophysica acta. Molecular cell research
DOI:10.1016/j.bbamcr.2024.119698
PMID:38387508
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研究论文 | 本研究全面评估了1623份结肠癌样本，识别基于铁死亡相关基因的铁死亡调控模式，并系统地将其与肿瘤微环境（TME）细胞浸润特征相关联 | 构建了铁死亡调控基因评分（FRG-score）以量化个体肿瘤中铁死亡改变的模式，并通过免疫治疗队列验证了低FRG-score患者的显著治疗和临床益处 | NA | 旨在识别和验证基于铁死亡调控模式的结肠癌免疫治疗特征 | 结肠癌样本及其铁死亡调控模式与肿瘤微环境的关系 | 数字病理学 | 结肠癌 | scRNA-seq | NA | 基因数据 | 1623份结肠癌样本 |
| 13042 | 2024-08-07 |
High lymphocyte signature genes expression in parathyroid endocrine cells and its downregulation linked to tumorigenesis
2024-Apr, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105053
PMID:38471398
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析，探讨了甲状旁腺内分泌细胞中淋巴细胞标志物的高表达及其与肿瘤发生的关系 | 首次发现甲状旁腺内分泌细胞中CD4和CD226的高表达，并揭示了其在甲状旁腺腺瘤发病机制中的作用 | 由于正常甲状旁腺样本获取困难，研究样本数量有限 | 深入理解甲状旁腺内分泌细胞的功能及其在肿瘤发生中的作用 | 甲状旁腺内分泌细胞及其在甲状旁腺腺瘤中的变化 | 数字病理学 | 甲状旁腺疾病 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 6个正常甲状旁腺样本和8个甲状旁腺腺瘤样本 |
| 13043 | 2024-08-05 |
Machine Learning-Based Characterization and Identification of Tertiary Lymphoid Structures Using Spatial Transcriptomics Data
2024-Mar-30, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms25073887
PMID:38612697
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研究论文 | 该研究利用空间转录组数据对三级淋巴结构进行表征和识别 | 首次应用机器学习技术识别三级淋巴结构的标记，并建立预测模型 | 目前对TLS标记的一致性仍有待进一步验证 | 旨在通过机器学习方法识别和预测三级淋巴结构 | 三级淋巴结构及其标记基因 | 机器学习 | 癌症 | 空间转录组学 | 支持向量分类器 | 基因表达数据 | NA |
| 13044 | 2024-08-07 |
Comparative Analysis of Single-Cell RNA Sequencing Methods with and without Sample Multiplexing
2024-Mar-29, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms25073828
PMID:38612639
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研究论文 | 本研究对比分析了有无样本多重化的单细胞RNA测序方法 | 首次对比了使用样本多重化的Parse Biosciences平台和未使用样本多重化的10x Genomics平台的单细胞RNA测序方法 | 研究仅使用了来自两名健康个体的PBMCs样本，可能限制了结果的普遍性 | 评估不同单细胞RNA测序方法在样本多重化与非多重化条件下的性能 | 来自两名健康个体的外周血单个核细胞（PBMCs） | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 两名健康个体的PBMCs样本 |
| 13045 | 2024-08-04 |
A comprehensive multi-omics analysis identifies a robust scoring system for cancer-associated fibroblasts and intervention targets in colorectal cancer
2024-Mar-13, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-023-05548-7
PMID:38478111
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研究论文 | 本研究建立了一个癌症相关成纤维细胞的评分系统，并识别了结直肠癌的干预靶点 | 创新性地开发了一个基于CAF基因评分的系统，用于评估结直肠癌患者的免疫微环境和预后 | 研究的局限性在于样本量和真实性的验证需要进一步的临床试验支持 | 研究癌症相关成纤维细胞在结直肠癌中的临床应用和生物学机制 | 癌症相关成纤维细胞及其在结直肠癌中的不同亚型 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 机器学习分析 | NA | 基因组数据 | 多个结直肠癌队列的样本 |
| 13046 | 2024-08-07 |
Differentiation Potential of Hypodifferentiated Subsets of Nephrogenic Rests and Its Relationship to Prognosis in Wilms Tumor
2024 Mar-Apr, Fetal and pediatric pathology
IF:0.7Q4
DOI:10.1080/15513815.2024.2303081
PMID:38217324
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序数据进行伪时间分析，生成了一个与Wilms瘤分化相关的基因签名，用于预测儿童总体生存率，并探讨了肾源性残余向Wilms瘤的分化轨迹及其与预后的关系。 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了肾源性残余向Wilms瘤的分化轨迹，并开发了一个基于WTDRG的风险模型和临床适用的列线图。 | NA | 探讨Wilms瘤的发生机制及针对不良预后的干预措施。 | 肾源性残余和Wilms瘤。 | 数字病理学 | 儿童肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 13047 | 2024-08-07 |
Tet2- and Tet3- Mediated Cytosine Hydroxymethylation in Six2 Progenitor Cells in Mice Is Critical for Nephron Progenitor Differentiation and Nephron Endowment
2023-04-01, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.2022040460
PMID:36522157
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研究论文 | 本研究通过遗传删除小鼠肾元祖细胞中的Tet1、Tet2和Tet3基因，探讨了Tet2和Tet3介导的胞嘧啶羟甲基化在肾元祖细胞分化和肾元赋予中的关键作用。 | 首次揭示了Tet2和Tet3介导的胞嘧啶羟甲基化在肾元祖细胞分化和肾元赋予中的生理作用。 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证这些发现。 | 探讨表观遗传变化在肾元赋予和肾脏发育中的作用。 | 小鼠肾元祖细胞中的Tet1、Tet2和Tet3基因。 | NA | 肾脏疾病 | 全基因组亚硫酸氢盐测序、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型 |
| 13048 | 2024-08-04 |
Reconstruction of 3-dimensional tissue organization at the single-cell resolution
2023-Jan-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.04.522502
PMID:36711844
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研究论文 | 这篇文章介绍了一种名为scHolography的新计算方法，用于在单细胞分辨率下重建三维组织结构 | scHolography使用深度学习将单细胞转录组数据映射到三维空间，克服了现有方法的限制 | 文章未具体提及方法的潜在局限性 | 该研究旨在提高对基因表达模式和细胞间相互作用的理解 | 研究对象包括人类皮肤、人类皮肤癌和小鼠大脑数据集 | 数字病理学 | 皮肤癌 | 深度学习 | 神经网络 | 转录组数据 | 涉及人类皮肤和皮肤癌以及小鼠大脑的数据集 |
| 13049 | 2024-08-07 |
Follicular Lymphoma Microenvironment Characteristics Associated with Tumor Cell Mutations and MHC Class II Expression
2022-09-06, Blood cancer discovery
IF:11.5Q1
DOI:10.1158/2643-3230.BCD-21-0075
PMID:35687817
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了滤泡性淋巴瘤（FL）的肿瘤微环境，并探讨了肿瘤细胞突变与主要组织相容性复合体II类（MHC II）表达之间的关系 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细描述了FL的肿瘤和免疫细胞群体，并揭示了MHC II表达与T细胞表型特征的关联 | NA | 研究FL的肿瘤微环境特征及其与肿瘤细胞突变和MHC II表达的关系 | 滤泡性淋巴瘤的肿瘤微环境和免疫细胞群体 | 数字病理学 | 淋巴瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | NA |
| 13050 | 2024-08-07 |
APOL1 risk variants in individuals of African genetic ancestry drive endothelial cell defects that exacerbate sepsis
2021-11-09, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2021.10.004
PMID:34715018
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研究论文 | 研究探讨了非洲遗传背景下APOL1风险变异体对内皮细胞缺陷的影响，以及这些缺陷如何加剧败血症 | 首次揭示了APOL1风险变异体通过干扰线粒体自噬，激活炎症小体和STING通路，导致败血症中内皮细胞的渗透性缺陷和炎症反应 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验，需要进一步的人体临床研究验证 | 识别炎症小体和STING通路作为减少APOL1相关健康差异的潜在目标 | 非洲遗传背景下的APOL1风险变异体对内皮细胞和败血症的影响 | NA | 败血症 | 单细胞测序 | NA | 细胞 | 涉及人类肾脏内皮细胞和小鼠模型 |
| 13051 | 2024-08-04 |
A Population of Tumor-Infiltrating CD4+ T Cells Co-Expressing CD38 and CD39 Is Associated with Checkpoint Inhibitor Resistance
2023-10-13, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-23-0653
PMID:37505479
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研究论文 | 本研究探讨了一种共表达CD38和CD39的肿瘤浸润CD4+ T细胞人口及其与检查点抑制剂抗性的关系 | 发现了一种新的人群CD4+ T细胞共同表达CD38和CD39，并关联到检查点免疫治疗抗性 | 未详细描述具体的机制或治疗干预措施 | 进一步研究CD38+CD39+ T细胞与转移黑色素瘤患者检查点免疫治疗抗性之间的关系 | 来自转移性黑色素瘤患者的外周血T细胞 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | RNA测序和流式细胞术 | NA | RNA数据及免疫荧光成像数据 | 来自转移性黑色素瘤患者的外周血和肿瘤组织样本 |
| 13052 | 2024-08-04 |
Global chromatin landscapes identify candidate noncoding modifiers of cardiac rhythm
2023-02-01, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI153635
PMID:36454649
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研究论文 | 这篇文章建立了一个全球心脏传导系统的cis调控数据库，以研究心脏节律的非编码调节因子 | 首次建立了CCS-ATAC数据库，并识别了新型心脏增强子元素 | 未提及特定细胞类型的功能重要性和潜在影响 | 研究心脏传导系统的cis调控景观及其与心脏节律相关的人类基因组变异的关系 | 大鼠心脏传导系统的cis调控元件 | 数字病理学 | 心脏病 | ATAC-Seq | NA | 基因组数据，单细胞RNA-Seq数据 | 大鼠心脏传导系统相关细胞 |
| 13053 | 2024-08-07 |
The challenges and opportunities of scRNA-seq in COVID-19 research and clinical translation
2022-12-15, Virology journal
IF:4.0Q2
DOI:10.1186/s12985-022-01923-x
PMID:36522785
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评论 | 本文讨论了单细胞RNA测序在COVID-19研究中的应用，以及其在加速基础研究和治疗开发方面的挑战和前景 | 单细胞RNA测序技术在COVID-19研究中提高了对疾病发病机制和免疫特性的理解 | 讨论了当前利用单细胞RNA测序技术的挑战和局限性 | 加速COVID-19和其他新兴传染病的基本研究和治疗开发 | COVID-19和其他新兴传染病 | NA | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | NA |
| 13054 | 2024-08-04 |
Comparative analysis of single-cell transcriptome reveals heterogeneity and commonality in the immune microenvironment of colorectal cancer and inflammatory bowel disease
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1356075
PMID:38529274
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研究论文 | 本文分析了结直肠癌（CRC）和炎症性肠病（IBD）免疫微环境的异质性和共性 | 首次通过单细胞转录组分析深入探讨了CRC和IBD的细胞通信及其与衰老和炎症反应的关系 | 未详细阐明分子机制，且样本数虽大但仍可能不足以覆盖所有变异 | 旨在理解衰老、炎症与肿瘤在CRC和IBD中的特征 | 研究对象为92名CRC患者和24名IBD患者的单细胞转录组数据 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 432,314个单细胞，来自92名CRC患者和24名IBD患者 |
| 13055 | 2024-08-04 |
Spatially distinct molecular patterns of gene expression in idiopathic pulmonary fibrosis
2023-Nov-17, Respiratory research
IF:4.7Q1
DOI:10.1186/s12931-023-02572-6
PMID:37978501
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研究论文 | 本研究展示了特发性肺纤维化（IPF）中表面正常的肺组织在转录上的差异 | 应用空间转录组学平台识别了IPF与正常对照组在不同肺区域的转录差异 | 样本量相对较小，仅包括32个IPF和12个对照受试者 | 旨在理解IPF肺部的病理异质性及其可能的治疗靶点 | 研究对象为特发性肺纤维化患者及正常对照的肺组织样本 | 数字病理学 | 特发性肺纤维化 | 空间转录组学 (GeoMx Nanostring Digital Spatial Profiling) | NA | 组织样本 | 32个IPF样本和12个对照样本 |
| 13056 | 2024-08-05 |
Phylogenomics of novel ploeotid taxa contribute to the backbone of the euglenid tree
2023 Jul-Aug, The Journal of eukaryotic microbiology
IF:2.1Q3
DOI:10.1111/jeu.12973
PMID:36912454
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研究论文 | 这篇文章描述了新的ploeotid类群在euglenid谱系中的重要性和演化关系。 | 该研究通过光学显微镜和单细胞转录组学特征分析新的ploeotid类群，并在多基因系统发育框架中定位它们。 | 尚有一些taxa未被纳入多基因系统发育的分析，可能影响对谱系的全面理解。 | 研究ploeotid类群在euglenid演化中的角色和关系。 | 重点研究了五个新的ploeotid euglena，并将其放入多基因系统发育框架。 | 生物信息学 | NA | 光学显微镜和单细胞转录组学 | 多基因系统发育模型 | NA | 五个ploeotid euglena |
| 13057 | 2024-08-07 |
Estradiol Augments Tumor-Induced Neutrophil Production to Promote Tumor Cell Actions in Lymphangioleiomyomatosis Models
2023-04-17, Endocrinology
IF:3.8Q2
DOI:10.1210/endocr/bqad061
PMID:37042477
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研究论文 | 本文研究了雌二醇在淋巴管平滑肌瘤病模型中通过促进中性粒细胞产生来增强肿瘤细胞作用的现象 | 首次报道了雌二醇通过促进中性粒细胞产生来间接促进肿瘤生长的机制 | NA | 探究雌二醇在淋巴管平滑肌瘤病中的作用机制 | 淋巴管平滑肌瘤病模型中的肿瘤细胞和中性粒细胞 | 数字病理学 | 淋巴管平滑肌瘤病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 使用TSC2-null小鼠子宫肌细胞系和来自淋巴管平滑肌瘤病患者的单细胞RNA测序数据 |
| 13058 | 2024-08-07 |
A convolutional neural network for common coordinate registration of high-resolution histology images
2021-11-18, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab447
PMID:34128955
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研究论文 | 本文介绍了一种新的卷积神经网络（CNN）架构，用于高分辨率组织学图像的通用坐标注册 | 提出了一种结合局部分类CNN和全局分割CNN的混合网络架构，能够以端到端的方式训练，并在多个数据集上展示了其相对于竞争方法的优势 | NA | 解决大规模空间组学数据研究中组织学图像从多源注册的紧迫问题 | 高分辨率组织学图像的注册 | 计算机视觉 | NA | 卷积神经网络（CNN） | CNN | 图像 | 参考组织学数据集以及两个已发表的空间转录组数据集 |
| 13059 | 2024-08-07 |
An Nfil3-Zeb2-Id2 pathway imposes Irf8 enhancer switching during cDC1 development
2019-09, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-019-0449-3
PMID:31406377
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研究论文 | 本文研究了经典类型1树突状细胞（cDC1s）发育过程中的Irf8增强子切换机制 | 发现了Nfil3-Zeb2-Id2信号通路在cDC1发育中调控Irf8增强子切换的作用 | NA | 理解cDC1发育过程中的Irf8增强子切换机制 | cDC1树突状细胞的发育过程 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | NA |
| 13060 | 2024-08-07 |
Single-cell analysis of fate-mapped macrophages reveals heterogeneity, including stem-like properties, during atherosclerosis progression and regression
2019-02-21, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.124574
PMID:30830865
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序和遗传命运图谱技术，首次分析了在小鼠动脉粥样硬化进展和消退过程中，由CX3CR1+前体细胞衍生的斑块细胞的特征 | 研究揭示了比传统M1和M2极化状态更为复杂的巨噬细胞激活状态，并发现了一个意外的增殖性单核细胞簇，具有类似干细胞的特征 | NA | 探讨动脉粥样硬化进展和消退过程中巨噬细胞的异质性和特征 | 小鼠动脉粥样硬化斑块中的巨噬细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |