单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
13021	2024-08-07	Elucidation of Tumor-Stromal Heterogeneity and the Ligand-Receptor Interactome by Single-Cell Transcriptomics in Real-world Pancreatic Cancer Biopsies 2021-11-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-20-3925 PMID:34426439	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了胰腺癌活检样本中的肿瘤-基质异质性和配体-受体相互作用网络	本研究首次在真实世界的胰腺癌活检样本中应用单细胞RNA测序技术，深入分析了肿瘤微环境的异质性，并预测了多种配体-受体相互作用，为免疫治疗提供了潜在靶点	NA	旨在通过精准医学方法改善胰腺导管腺癌（PDAC）的治疗效果	胰腺导管腺癌（PDAC）的分子亚型和免疫逃避模式	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	有限的人类原发性和转移性PDAC活检样本
13022	2024-08-07	IL-1-driven stromal-neutrophil interactions define a subset of patients with inflammatory bowel disease that does not respond to therapies 2021-11, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-021-01520-5 PMID:34675383	研究论文	本研究通过结合大量和单细胞转录组学、定量组织病理学和原位定位分析，在三个炎症性肠病（IBD）患者队列中（总共376名患者），识别出在IBD异质性组织炎症反应中共同表达的基因模块，这些模块映射到特定的组织病理学和细胞特征（病理类型）	本研究首次识别出一种由高中性粒细胞浸润、成纤维细胞活化和血管重塑定义的病理类型，这种类型与对多种治疗无反应的患者相关	NA	旨在识别炎症性肠病中的特定组织病理类型，以帮助精准治疗	炎症性肠病患者的组织炎症反应和治疗反应	NA	炎症性肠病	单细胞转录组学、定量组织病理学	NA	基因表达数据、组织病理学数据	总共719名患者（376名IBD患者和343名无反应患者）
13023	2024-08-07	Enhanced chromatin accessibility contributes to X chromosome dosage compensation in mammals 2021-11-01, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-021-02518-5 PMID:34724962	研究论文	本文通过全基因组方法，使用等位基因特异性的ATAC-seq和单细胞RNA测序，研究了雌性胚胎成纤维细胞和重编程为多能性过程中的X染色体活性上调现象，发现哺乳动物活性X染色体的染色质可及性增加，并且在重编程过程中这种增加的可及性被消除。	本文揭示了内在的补偿机制，涉及染色质可及性的调节，以抵消由进化或体外X染色体丢失和X染色体失活在哺乳动物细胞中引起的X-常染色体基因剂量不平衡。	NA	研究X染色体剂量在体细胞状态和X染色体重激活过程中的调控机制。	雌性胚胎成纤维细胞和重编程为多能性过程中的X染色体活性上调现象。	NA	NA	ATAC-seq, 单细胞RNA测序	NA	基因组数据	雌性胚胎成纤维细胞
13024	2024-08-07	Spatially resolved transcriptomics reveals the architecture of the tumor-microenvironment interface 2021-11-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-26614-z PMID:34725363	研究论文	本文通过整合空间分辨转录组学、单细胞RNA测序和单核RNA测序技术，研究了肿瘤边界处的肿瘤-微环境相互作用	首次揭示了肿瘤与微环境接触处的特定“界面”细胞状态，并发现该界面细胞上调了一组共同的纤毛基因	NA	揭示肿瘤如何适应新环境	肿瘤-微环境相互作用	数字病理学	黑色素瘤	空间分辨转录组学, 单细胞RNA测序, 单核RNA测序	NA	转录组数据	使用斑马鱼黑色素瘤模型和人类患者样本
13025	2024-08-07	Approximate distance correlation for selecting highly interrelated genes across datasets 2021-11, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1009548 PMID:34752449	研究论文	本文提出了一种名为近似距离相关（ADC）的方法，用于在不同生物数据集中选择具有高度相互关联的基因	ADC方法通过获取每个目标基因的k个最相关基因作为其近似观测值，并计算目标基因在两个数据集间的距离相关性（DC），从而能够量化同一基因在不同样本的两个生物数据集间的关联强度	NA	旨在解码跨数据集基因的潜在关系	跨数据集的基因相互关联性	生物信息学	NA	RNA-seq, 单细胞RNA-seq (scRNA-seq), 单细胞ATAC-seq (scATAC-seq)	NA	基因表达数据	包括21个不同组织的癌症RNA-seq数据集，6种不同血细胞类型的单细胞RNA-seq数据集，5种不同技术的胰腺胰岛细胞单细胞RNA-seq数据集，以及外周血单个核细胞的单细胞ATAC-seq和单细胞RNA-seq数据
13026	2024-08-07	A cellular census of human peripheral immune cells identifies novel cell states in lung diseases 2021-11, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.579 PMID:34841705	研究论文	本研究通过单细胞分析技术，对健康志愿者和多种肺疾病患者的循环免疫细胞进行了目标蛋白质组和转录组谱的测定，以揭示肺疾病中免疫细胞的分子景观和异质性。	首次在急性肺炎患者中鉴定出双阴性T细胞和耗竭的CD4中心记忆T细胞亚群，并发现这些细胞在急性肺炎和稳定肺炎患者中表达更高水平的Tim3和TIGIT。	NA	进一步定义系统性免疫细胞在各种肺疾病中的分子景观和异质性。	健康志愿者和患有稳定肺炎、稳定哮喘、急性哮喘、慢性阻塞性肺疾病急性加重、慢性阻塞性肺疾病和肺癌的患者。	数字病理学	肺疾病	单细胞分析，流式细胞术	NA	蛋白质组学，转录组学	使用42种抗体对来自健康志愿者和患者的循环免疫细胞进行了目标蛋白质组谱的测定。
13027	2024-08-07	Therapeutic Targeting of Alternative RNA Splicing in Gastrointestinal Malignancies and Other Cancers 2021-Oct-30, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms222111790 PMID:34769221	研究论文	本文探讨了在胃肠道恶性肿瘤及其他癌症中，通过靶向RNA剪接作为治疗策略的新发现和进展	文章揭示了RNA剪接异常在癌症中的新治疗靶点和治疗机会，包括使用小分子、剪接开关寡核苷酸和蛋白质疗法等方法	NA	强调RNA剪接和处理机制在癌症病理生理学中的作用，以及在癌症治疗中新兴的剪接靶点，特别是在胃肠道恶性肿瘤中的应用	RNA剪接异常在癌症中的作用及其作为治疗靶点的潜力	NA	胃肠道恶性肿瘤及其他癌症	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
13028	2024-08-07	Paths and pathways that generate cell-type heterogeneity and developmental progression in hematopoiesis 2021-10-29, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.67516 PMID:34713801	研究论文	本文通过结合批量RNA测序、单细胞RNA测序和遗传解剖，识别了淋巴腺造血过程中的新血液细胞亚群，并探讨了其发育轨迹和信号通路。	本文首次揭示了代谢作为发育驱动力的作用，并展示了分级表达的Pointed在连续发育步骤中的不同角色，以及成熟晶体细胞特异性表达的缺氧诱导因子（Hif/Sima）的替代异构体。	NA	研究淋巴腺造血过程中的细胞类型异质性和发育进程。	血液细胞亚群及其发育轨迹和信号通路。	数字病理学	NA	RNA测序	NA	RNA	NA
13029	2024-08-07	Epigenetic encoding, heritability and plasticity of glioma transcriptional cell states 2021-10, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-021-00927-7 PMID:34594037	研究论文	本文通过多组学单细胞分析，研究了弥漫性胶质瘤中的表观遗传编码、细胞状态遗传性和可塑性	开发了一种定量框架，用于直接测量人类样本中细胞状态的遗传性和转换动态	NA	探讨恶性细胞状态如何通过表观遗传机制编码	弥漫性胶质瘤中的细胞状态多样性	数字病理学	脑瘤	单细胞RNA测序	NA	DNA甲基化、转录组、基因型数据	NA
13030	2024-08-07	RgCop-A regularized copula based method for gene selection in single-cell RNA-seq data 2021-10, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1009464 PMID:34665808	研究论文	本文提出了一种基于正则化 Copula 的方法 RgCop，用于从大规模单细胞 RNA 测序数据中选择基因	RgCop 利用 Copula 相关性（Ccor）这一稳健的等价依赖性度量，捕获单细胞表达数据中一组基因之间的多变量依赖关系，并通过添加 l1 正则化项与 Ccor 结合，形成目标函数，以惩罚冗余的特征/基因系数，从而得到非冗余的有效特征/基因集	NA	开发一种新的基因选择方法，以提高单细胞 RNA 测序数据在下游分析中的稳定性和预测性能	单细胞 RNA 测序数据中的基因选择	生物信息学	NA	单细胞 RNA 测序	Copula 相关性（Ccor）	基因表达数据	大规模单细胞 RNA 测序数据
13031	2024-08-07	VEGA is an interpretable generative model for inferring biological network activity in single-cell transcriptomics 2021-09-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-26017-0 PMID:34584103	研究论文	本文介绍了一种新的稀疏变分自编码器架构VEGA，通过用户提供的基因模块映射解码器连接，增强了生物网络活动的可解释性	VEGA通过其解码器结构反映用户提供的基因模块，为潜在变量提供了直接的可解释性	NA	旨在通过VEGA模型提供对单细胞转录组学数据分析的生物学见解	生物网络活动在单细胞转录组学中的应用	机器学习	NA	变分自编码器	变分自编码器	转录组数据	NA
13032	2024-08-07	Applications of high-resolution clone tracking technologies in cancer 2021-Sep, Current opinion in biomedical engineering IF:4.7Q2 DOI:10.1016/j.cobme.2021.100317 PMID:34901584	综述	本文综述了利用可遗传条形码标签进行高分辨率、定量克隆追踪的技术及其在癌症细胞异质性和治疗抗性研究中的应用	介绍了将条形码特定功能与单细胞RNA测序、克隆细胞分离及原位杂交和成像相结合的最新进展	NA	探讨高分辨率克隆追踪技术在癌症研究中的应用	癌症细胞的异质性和治疗抗性	数字病理学	癌症	scRNA-seq, 原位杂交, 成像	NA	基因数据	NA
13033	2024-08-07	Monitoring Cellular Movement with Photoconvertible Fluorescent Protein and Single-Cell RNA Sequencing Reveals Cutaneous Group 2 Innate Lymphoid Cell Subtypes, Circulating ILC2 and Skin-Resident ILC2 2021-Sep, JID innovations : skin science from molecules to population health DOI:10.1016/j.xjidi.2021.100035 PMID:34909732	研究论文	本研究通过使用光可转换荧光蛋白和单细胞RNA测序技术，监测细胞运动并揭示了皮肤中第2组先天淋巴细胞（ILC2）的亚型，包括循环ILC2和皮肤常驻ILC2	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了皮肤ILC2分为循环ILC2和皮肤常驻ILC2两个集群，并使用光可转换荧光蛋白追踪ILC2的迁移	NA	研究ILC2在皮肤炎症中的迁移动态及其亚型	皮肤和引流淋巴结中的ILC2细胞	数字病理学	皮肤炎症	单细胞RNA测序	NA	RNA	IL33tg小鼠的皮肤和引流淋巴结中的ILC2细胞
13034	2024-08-07	SCAPTURE: a deep learning-embedded pipeline that captures polyadenylation information from 3' tag-based RNA-seq of single cells 2021-08-10, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-021-02437-5 PMID:34376223	研究论文	本文开发了一种名为SCAPTURE的计算方法，用于从单细胞3'标签RNA测序数据中识别、评估和量化剪接和多腺苷酸化位点（PASs）	SCAPTURE能够在单细胞水平上以高灵敏度和准确性从头检测PASs，包括先前未注释的PASs，并能通过量化替代PAS转录本来细化细胞身份分析	NA	开发一种新的计算方法，用于从单细胞RNA测序数据中提取多腺苷酸化信息	单细胞RNA测序数据中的剪接和多腺苷酸化位点	生物信息学	NA	RNA-seq	深度学习	RNA测序数据	NA
13035	2024-08-07	Cutting Edge: Distinct B Cell Repertoires Characterize Patients with Mild and Severe COVID-19 2021-06-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2100135 PMID:34049971	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了轻度和重度COVID-19患者B细胞受体的特征，发现轻度患者在症状出现约30天后，其B细胞库中富含克隆多样性和体细胞高突变的记忆B细胞	首次揭示了轻度COVID-19患者与重度患者在B细胞反应上的差异，表明轻度患者的B细胞反应较少受到干扰	研究仅分析了B细胞的单细胞RNA测序数据，未涉及其他免疫细胞类型	探讨COVID-19患者B细胞反应的差异及其对免疫保护的影响	轻度和重度COVID-19患者的B细胞库	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	RNA	具体样本数量未在摘要中提及
13036	2024-08-07	Separating measurement and expression models clarifies confusion in single-cell RNA sequencing analysis 2021-06, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-021-00873-4 PMID:34031584	研究论文	本文讨论了单细胞RNA测序数据中零值比例高导致的术语混淆问题，并提出了区分真实基因表达水平和测量误差的方法	提出了基于泊松测量模型的简单方法，并强调了区分真实表达水平和测量误差的重要性	NA	旨在澄清单细胞RNA测序分析中的术语混淆问题	单细胞RNA测序数据中的零值和测量误差	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	泊松测量模型	RNA测序数据	NA
13037	2024-08-07	Evaluation of Cell Type Annotation R Packages on Single-cell RNA-seq Data 2021-04, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1016/j.gpb.2020.07.004 PMID:33359678	研究论文	本研究评估了十种公开可用的细胞类型注释R包在单细胞RNA测序数据上的表现	首次系统比较了专门为单细胞研究开发的流行方法与从DNA甲基化数据转用的方法在单细胞RNA测序数据上的适应性和性能	Seurat在预测稀有细胞群体和区分高度相似的细胞类型方面存在明显不足	评估不同细胞类型注释方法在单细胞RNA测序数据分析中的准确性、鲁棒性和对稀有及未知细胞类型的检测能力	十种细胞类型注释方法在单细胞RNA测序数据上的表现	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多种公开的单细胞RNA测序数据集及模拟数据
13038	2024-08-07	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Cellular and Transcriptional Changes Associated With M1 Macrophage Polarization in Hidradenitis Suppurativa 2021, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2021.665873 PMID:34504848	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和蛋白质分析等转录组学方法，揭示了化脓性汗腺炎病变中与M1巨噬细胞极化相关的细胞和转录变化	首次通过单细胞RNA测序揭示了化脓性汗腺炎中巨噬细胞向M1型极化的现象，并识别了STAT1/IFN信号轴及其相关基因在巨噬细胞功能失调中的关键作用	NA	研究化脓性汗腺炎病变中的先天性炎症景观，并探索巨噬细胞在疾病发病机制中的作用及其作为治疗靶点的潜力	化脓性汗腺炎病变中的巨噬细胞极化和相关基因表达	数字病理学	皮肤疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	来自化脓性汗腺炎皮肤、糖尿病足溃疡和正常愈合伤口炎症阶段的多个数据集
13039	2024-08-07	Single-Cell RNA Sequencing (scRNA-seq) in Cardiac Tissue: Applications and Limitations 2021, Vascular health and risk management IF:2.6Q2 DOI:10.2147/VHRM.S288090 PMID:34629873	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在心血管疾病（CVDs）研究中的应用及其局限性	scRNA-seq技术通过识别罕见的心脏细胞类型、推断轨迹树、估计RNA速度、阐明细胞间通信以及比较健康和病理心脏样本，为CVDs提供了新的见解	本文讨论了scRNA-seq技术的局限性，并展望了其在心血管研究中的未来应用	总结scRNA-seq平台和已发表的单细胞数据集在心血管领域的应用，并探讨其局限性和未来发展方向	心血管疾病中的心脏组织和细胞类型	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
13040	2024-08-07	Single-Cell Analysis Revealed the Role of CD8+ Effector T Cells in Preventing Cardioprotective Macrophage Differentiation in the Early Phase of Heart Failure 2021, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2021.763647 PMID:34745139	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析，揭示了CD8+效应T细胞在心力衰竭早期阶段阻止心脏保护性巨噬细胞分化的作用	首次详细描述了CD8+效应T细胞在心力衰竭早期阶段对心脏保护性巨噬细胞分化的调控作用	NA	探讨CD8+效应T细胞在心力衰竭早期阶段的作用及其对心脏保护性巨噬细胞分化的影响	CD8+效应T细胞和心脏保护性巨噬细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中明确提及