单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1281	2025-05-19	Targeting Setdb1 in T cells induces transplant tolerance without compromising antitumor immunity 2025-May-15, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-58841-z PMID:40374612	研究论文	本文研究了在T细胞中靶向Setdb1基因如何在不影响抗肿瘤免疫的情况下诱导移植耐受	发现Setdb1缺失可以诱导Treg细胞分化，从而在不影响抗肿瘤免疫的情况下抑制移植排斥反应	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探索选择性抑制移植排斥反应同时保持抗肿瘤免疫的方法	小鼠T细胞和移植模型	免疫学	移植排斥	RNA测序、单细胞RNA测序	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	NA
1282	2025-05-19	scRDEN: single-cell dynamic gene rank differential expression network and robust trajectory inference 2025-May-15, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-01969-1 PMID:40374885	research paper	提出了一种名为scRDEN的稳健框架，用于分析单细胞RNA测序数据中的动态基因表达网络和推断细胞分化轨迹	将不稳定的基因表达值转化为相对稳定的基因-基因相互作用（全局特征）和提取差异表达顺序（网络特征），并整合不同降维方法的表达特征	NA	深入理解细胞命运决定中的异质性，分析动态调控变化并准确推断分化轨迹	人类和小鼠细胞分化的单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	scRDEN	基因表达数据	五个已发表的scRNA-seq数据集
1283	2025-05-19	Deciphering the role of acetylation-related gene NAT10 in colon cancer progression and immune evasion: implications for overcoming drug resistance 2025-May-15, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02617-w PMID:40374962	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了乙酰化相关基因NAT10在结肠癌进展和免疫逃逸中的关键作用	首次通过单细胞RNA测序和孟德尔随机化分析证实NAT10与结肠癌的因果关系及其在免疫逃逸中的作用	研究主要基于公共数据集，缺乏实验验证	探索乙酰化相关基因在结肠癌发展中的作用机制	结肠癌患者样本和公共数据库数据	癌症生物学	结肠癌	scRNA-seq, 空间转录组学, 孟德尔随机化	细胞-细胞相互作用模型	基因组数据, 转录组数据	来自GSE132465、UCSC Xena和GeneCards等公共数据库的样本
1284	2025-05-19	Tyrosinase in melanoma inhibits anti-tumor activity of PD-1 deficient T cells 2025-May-15, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-025-02237-4 PMID:40375241	研究论文	本研究探讨了酪氨酸酶在黑色素瘤中如何抑制PD-1缺陷T细胞的抗肿瘤活性	首次发现酪氨酸酶在黑色素瘤中抑制T细胞的抗肿瘤活性，并证明酪氨酸酶缺失可增强PD-1缺陷T细胞的抗肿瘤效果	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类临床试验中验证	探索黑色素瘤抵抗免疫治疗的分子机制	B16黑色素瘤细胞和小鼠模型	肿瘤免疫学	黑色素瘤	CRISPR/Cas9基因编辑、单细胞RNA测序	小鼠黑色素瘤模型	基因表达数据	未明确说明样本数量，使用B16黑色素瘤细胞和小鼠模型
1285	2025-05-19	Atf3 + senescent chondrocytes mediate meniscus degeneration in aging 2025-May-15, Arthritis research & therapy IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s13075-025-03566-z PMID:40375324	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了衰老半月板中Atf3+衰老软骨细胞的关键作用及其通过ANGPTL4通路驱动的退化机制	首次鉴定出Atf3+衰老软骨细胞作为衰老半月板中的关键致病细胞群，并发现其通过ANGPTL4-SDC4信号轴驱动退化	研究仅基于大鼠模型，人类半月板衰老的机制可能有所不同	阐明衰老半月板的细胞和分子机制，寻找年龄相关性半月板退化的治疗靶点	年轻(12周)和老年(24个月)大鼠的半月板组织	生物医学研究	骨关节炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，流式细胞术，免疫组化	NA	基因表达数据，组织学数据	年轻和老年大鼠的半月板组织(具体数量未明确说明)
1286	2025-05-19	Characterization and prognostic of CD8 + TIM3 + CD101 + T cells in glioblastoma multiforme 2025-May-15, Cell & bioscience DOI:10.1186/s13578-025-01390-1 PMID:40375334	research paper	该研究旨在表征GBM中CD8+TIM3+CD101+T细胞（CCT细胞）的差异表达基因，建立GBM的预后模型并探索其临床意义	揭示了CCT细胞在GBM中的关键作用，并开发了一个包含22个基因特征的预后模型，为GBM的免疫逃逸机制提供了新见解	研究依赖于公共数据库的数据，可能受到样本来源和数量的限制	研究GBM中CCT细胞的基因表达特征及其在肿瘤进展和免疫逃逸中的作用	GBM患者中的CCT细胞	digital pathology	glioblastoma multiforme	单细胞RNA测序，全基因组表达谱分析	LASSO回归	基因表达数据，临床数据	来自TCGA、CGGA和GEO数据库的数据
1287	2025-05-19	Single-cell transcriptomic analyses provide insights into the tumor microenvironment heterogeneity and invasion phenotype in retinoblastoma 2025-May-12, Pathology, research and practice DOI:10.1016/j.prp.2025.156009 PMID:40378583	研究论文	该研究通过单细胞转录组分析揭示了视网膜母细胞瘤肿瘤微环境的异质性及其与侵袭表型的关系	首次系统描绘了视网膜母细胞瘤中肿瘤微环境的细胞亚群特征及细胞间通讯网络变化	研究样本量有限，且未进行功能实验验证关键发现	探究视网膜母细胞瘤肿瘤微环境异质性及其与肿瘤侵袭的关系	视网膜母细胞瘤肿瘤微环境中的各类细胞	数字病理学	视网膜母细胞瘤	单细胞测序, CIBERSORT算法, 拟时序分析	CellChat, Monocle	单细胞转录组数据, 微阵列数据	未明确说明样本数量
1288	2025-05-19	Loss of Plxdc2 exacerbates microglia-mediated neuroinflammation and ischemic brain injury 2025-May-08, Experimental neurology IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.expneurol.2025.115302 PMID:40345569	研究论文	本研究探讨了Plxdc2在小胶质细胞介导的神经炎症和缺血性脑损伤中的作用	首次揭示了Plxdc2在小胶质细胞稳态维持和缺血性脑损伤中的保护作用，并阐明了其通过调节NF-κB p65信号和脂质代谢的分子机制	研究主要基于动物模型，尚未在人类患者中进行验证	探究Plxdc2在小胶质细胞功能和缺血性脑损伤中的作用机制	小胶质细胞和缺血性脑损伤	神经科学	缺血性脑卒中	scRNA-seq, 转录组分析, AAV和慢病毒载体技术	动物模型	基因表达数据	NA
1289	2025-05-19	DNA methylation changes during acute COVID-19 are associated with long-term transcriptional dysregulation in patients' airway epithelial cells 2025-May, EMBO molecular medicine IF:9.0Q1 DOI:10.1038/s44321-025-00215-5 PMID:40119174	研究论文	研究COVID-19患者急性期DNA甲基化变化与长期呼吸道上皮细胞转录调控失调的关系	首次揭示了COVID-19急性期DNA甲基化变化与长期呼吸道上皮细胞转录失调的关联，并提出了甲基化可能对基因表达产生长期影响的机制	样本量相对较小，长期随访数据有限，需要更大规模的独立队列验证	探究SARS-CoV-2感染后持续健康影响的分子机制	COVID-19患者和对照组的鼻部细胞	分子生物学	COVID-19	酶促DNA甲基化组测序和单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	甲基化数据和转录组数据	COVID-19患者19人(scRNA-seq 14人)，对照组14人(scRNA-seq 10人)，随访3个月7人，12个月5人，独立验证队列15人
1290	2025-05-19	Single-cell RNA sequencing of bone marrow reveals the immune response mechanisms of lymphocytes under avian leukosis virus subgroup J infection 2025-May, Poultry science IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.psj.2025.104995 PMID:40121758	研究论文	通过单细胞RNA测序技术分析鸡骨髓淋巴细胞在禽白血病病毒J亚型感染下的免疫应答机制	首次使用单细胞RNA测序技术解析ALV-J感染下骨髓淋巴细胞的免疫应答机制，鉴定了18个不同的细胞簇，并揭示了关键基因和信号通路	仅针对ALV-J亚型进行研究，未涵盖其他ALV亚型；样本来源仅限于鸡骨髓淋巴细胞	探究禽白血病病毒J亚型感染下骨髓淋巴细胞的免疫应答机制	鸡骨髓淋巴细胞	生物信息学	禽白血病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), Ingenuity Pathway Analysis (IPA)	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，但分析了18个不同的细胞簇
1291	2025-05-19	Neural ensembles that encode nocifensive mechanical and heat pain in mouse spinal cord 2025-May, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-025-01921-6 PMID:40128392	研究论文	该研究通过基因捕获、活动操纵和单细胞RNA测序技术，识别了成年小鼠脊髓中编码机械性和热痛的不同神经集合	发现了脊髓中独立的神经集合分别编码机械性和热痛，并揭示了多模态Gal抑制性神经元在疼痛传递中的门控作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究脊髓神经回路如何区分不同性质的伤害性信息	成年小鼠脊髓神经回路	神经科学	疼痛相关疾病	基因捕获、活动操纵、单细胞RNA测序	小鼠疼痛模型	基因表达数据、行为数据	成年小鼠脊髓组织
1292	2025-05-19	Single-cell multi-omics profiling uncovers the immune heterogeneity in HIV-infected immunological non-responders 2025-May, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2025.105667 PMID:40184908	研究论文	通过单细胞多组学分析揭示HIV感染免疫无应答者的免疫异质性	开发了scGeneANOVA和VILDA两种新工具，用于检测差异表达基因和量化HIV-1转录本	未提及样本量是否足够大，以及是否考虑了其他潜在影响因素	理解HIV感染免疫无应答者的免疫功能障碍机制	HIV感染免疫无应答者（INRs）、免疫应答者（IRs）和健康对照（HCs）的外周血单个核细胞（PBMCs）	生物医学	HIV感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞VDJ测序（scVDJ-seq）	scGeneANOVA、VILDA	单细胞转录组数据	未明确提及具体样本数量
1293	2025-05-19	Bifunctional chemokine-nanobody fusion protein enhances neutrophil recruitment to impede Acanthamoeba immune evasion 2025-May, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2025.105685 PMID:40222104	research paper	研究通过单细胞转录组测序和生物信息学分析，揭示了棘阿米巴角膜炎（AK）中的免疫逃逸机制，并开发了一种双功能趋化因子-纳米抗体融合蛋白以增强中性粒细胞招募	首次揭示了棘阿米巴角膜炎中的免疫逃逸机制，并开发了一种新型的双功能趋化因子-纳米抗体融合蛋白，该蛋白在体外和体内均显示出强大的结合亲和力和趋化能力	样本量较小（仅9例患者），且研究结果需要在更大规模的临床研究中进一步验证	改善棘阿米巴角膜炎的治疗效果，通过免疫疗法增强中性粒细胞招募	棘阿米巴角膜炎患者、真菌性角膜炎患者和细菌性角膜炎患者的角膜组织	免疫学	棘阿米巴角膜炎	单细胞转录组测序、生物信息学分析、CellChat分析	NA	转录组数据	9例患者（3例AK患者，3例真菌性角膜炎患者，3例细菌性角膜炎患者）
1294	2025-05-19	An unconventional T cell nexus drives HCK-mediated chronic obstructive pulmonary disease in mice 2025-May, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2025.105707 PMID:40245497	research paper	该研究揭示了HCK作为非传统T细胞轴的顶端调节因子，在驱动IL-17A/G-CSF/粒细胞介导的COPD病理中的作用	发现HCK作为COPD候选基因，通过调控非传统T细胞轴（如Vγ6Vδ1 T细胞和黏膜相关不变T细胞）驱动IL-17A/G-CSF/粒细胞介导的病理过程	研究主要基于基因靶向小鼠模型，人类COPD中的直接相关性尚需进一步验证	阐明HCK在慢性阻塞性肺病（COPD）病理发生中的分子机制	基因靶向小鼠（HckF/F突变体）及其骨髓嵌合体	呼吸病学	慢性阻塞性肺病（COPD）	基因靶向技术、骨髓嵌合体构建、组织病理学、形态计量学、流式细胞术、单细胞测序	基因修饰小鼠模型	实验数据（组织病理、流式数据、测序数据）	未明确说明实验动物具体数量（以基因靶向小鼠为主要研究对象）
1295	2025-05-19	CKAP5 deficiency induces premature ovarian insufficiency 2025-May, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2025.105718 PMID:40252251	研究论文	本研究探讨了CKAP5在卵巢功能和生育能力调控中的作用，揭示了其缺乏导致卵巢早衰的机制	首次发现CKAP5是卵巢衰老的关键基因，并通过体内外实验阐明其通过ATG7促进自噬和通过ATM支持DNA损伤修复的机制	研究样本量有限，需要更大规模的临床验证	阐明CKAP5在卵巢功能调控中的作用及其与卵巢早衰的关系	人类颗粒细胞、小鼠卵巢组织和卵母细胞	生殖医学	卵巢早衰	RNA测序、单细胞转录组分析、基因负荷分析	Ckap5杂合敲除小鼠模型	基因测序数据、转录组数据	人类POI患者和对照组的NGS队列、小鼠模型
1296	2025-05-19	Integrated analysis of molecular atlases unveils modules driving developmental cell subtype specification in the human cortex 2025-May, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-025-01933-2 PMID:40259073	研究论文	通过整合分析人类大脑皮层发育和成年期的单细胞转录组数据，揭示了驱动皮层发育中细胞亚型分化的基因共表达网络模块	首次通过平行元分析生成了超过500个基因共表达网络，揭示了皮层发育中的动态细胞亚型特异性，并验证了部分模块在细胞命运决定中的潜在作用	研究主要基于转录组数据，未充分考虑表观遗传等其他调控层面的影响	探究人类大脑皮层发育过程中细胞亚型分化的分子机制	人类大脑皮层发育期和成年期的单细胞转录组数据	单细胞转录组学	神经发育障碍	单细胞转录组测序	基因共表达网络分析	转录组数据	7个发育期数据集和16个成年期数据集
1297	2025-05-19	Single-cell spatial transcriptomics of tertiary lymphoid organ-like structures in human atherosclerotic plaques 2025-May, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-025-00639-9 PMID:40295810	研究论文	本文通过单细胞空间转录组学技术，研究了人类动脉粥样硬化斑块中的三级淋巴器官样结构及其在疾病中的作用	首次提供了人类动脉粥样硬化斑块中三级淋巴器官（PTLOs）的空间分辨单细胞转录组图谱，揭示了其细胞组成和功能	研究主要基于观察性数据，PTLOs在动脉粥样硬化中的确切作用机制仍需进一步实验验证	探索人类动脉粥样硬化斑块中三级淋巴器官样结构的特征及其临床意义	人类动脉粥样硬化斑块中的细胞类型和三级淋巴器官样结构	数字病理学	心血管疾病	单细胞空间转录组学	NA	转录组数据	人类动脉粥样硬化斑块样本（具体数量未提及）
1298	2025-05-19	Cell Type Resolved Expression of Duplicate Genes Retained From Whole Genome Duplication in Atlantic salmon 2025-Apr-30, Genome biology and evolution IF:3.2Q2 DOI:10.1093/gbe/evaf076 PMID:40305003	研究论文	利用单细胞转录组学技术研究大西洋鲑鱼肝脏组织中全基因组复制（WGD）保留的重复基因对（ohnologs）的细胞特异性表达及其对细菌感染的转录反应	首次在单细胞水平上解析了全基因组复制保留的重复基因对的细胞特异性表达及其对细菌感染的响应	研究仅针对大西洋鲑鱼的肝脏组织，未涵盖其他组织或物种	探究全基因组复制事件后基因表达的功能和进化结果	大西洋鲑鱼（Salmo salar L）肝脏组织中的重复基因对（ohnologs）	基因组学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
1299	2025-05-19	Artificial variables help to avoid over-clustering in single-cell RNA sequencing 2025-Apr-03, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2025.02.014 PMID:40081375	研究论文	本文提出了一种名为'recall'的方法，用于防止单细胞RNA测序（scRNA-seq）中的过度聚类问题	通过引入人工变量来控制'双重浸渍'效应，recall方法可应用于多种聚类算法，并在真实和模拟数据上展示了先进的聚类性能	NA	解决scRNA-seq分析中因过度聚类导致的下游分析误导问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	真实和模拟数据集
1300	2025-05-19	Peripartum dapagliflozin improves late-life maternal cardiovascular outcomes in a murine model of superimposed preeclampsia 2025-Mar-29, American journal of obstetrics and gynecology IF:8.7Q1 DOI:10.1016/j.ajog.2025.03.035 PMID:40164294	研究论文	本研究探讨了在妊娠期和产后立即使用SGLT2抑制剂达格列净对叠加子痫前期小鼠模型的短期和长期心血管及产科效果的影响	首次在叠加子痫前期的BPH/2J小鼠模型中测试了SGLT2抑制剂达格列净在妊娠期和产后立即使用对心血管参数的改善作用，并揭示了其分子机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类临床试验中验证	评估SGLT2抑制剂达格列净在妊娠期和产后立即使用对叠加子痫前期小鼠心血管和产科结局的影响	BPH/2J小鼠模型	心血管疾病研究	子痫前期	连续超声心动图、空间转录组学、Masson三色染色	BPH/2J小鼠模型	生理参数、组织病理学、转录组数据	BPH/2J怀孕小鼠，具体数量未明确说明