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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1281 | 2026-06-03 |
Tissue-specific and sex-biased glycoproteomic landscape of Schistosoma mansoni
2026-Jan-16, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-68400-9
PMID:41545360
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研究论文 | 该研究对曼氏血吸虫成年雄性和雌性进行了N-和O-糖蛋白组及完整糖肽分析,并结合单细胞转录组学揭示了组织特异性和性别偏倚的糖基化模式 | 首次建立曼氏血吸虫的组织特异性和性别偏倚糖蛋白组图谱,发现未分类聚糖和己糖醛酸修饰,并通过RNAi靶向糖基转移酶证明糖基化对寄生虫生存力的重要影响 | NA | 揭示曼氏血吸虫的糖蛋白组特征,为基于聚糖和糖蛋白的血吸虫病控制策略提供基础资源 | 曼氏血吸虫成年雄性和雌性 | 数字病理学 | 血吸虫病 | 糖蛋白组学,单细胞转录组学,RNAi | NA | 糖肽数据,单细胞转录组数据 | 成年曼氏血吸虫雄性和雌性样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1282 | 2026-06-03 |
Identifying Crucial Genes Associated with Pyroptosis in Lupus Nephritis
2026-Jan-16, Inflammation
IF:4.5Q2
DOI:10.1007/s10753-025-02402-5
PMID:41545631
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研究论文 | 利用GEO数据库数据集鉴定狼疮肾炎中与细胞焦亡相关的关键基因,并构建预测模型及验证GBP2和EIF2AK2作为潜在治疗靶点的作用 | 首次通过整合WGCNA和单细胞RNA测序数据,鉴定GBP2和EIF2AK2为狼疮肾炎中与细胞焦亡相关的枢纽基因,并验证其可作为治疗靶点 | 摘要未明确提及研究局限性 | 鉴定狼疮肾炎中与细胞焦亡相关的关键基因,并评估其作为治疗靶点的潜力 | 狼疮肾炎患者的肾小球、肾小管间质及全肾组织 | 机器学习 | 狼疮肾炎 | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | LASSO回归 | 基因表达数据 | 基于GEO数据库数据集,具体样本数未提供 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1283 | 2026-06-03 |
Targeting the CCL7-STAT1 axis attenuates microglial neurotoxicity and photoreceptor degeneration in retinitis pigmentosa
2026-Jan-16, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-026-03692-8
PMID:41545890
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序鉴定CCL7-STAT1轴在视网膜色素变性中介导小胶质细胞神经毒性和感光细胞退化的关键作用 | 首次通过单细胞RNA测序在rd10小鼠模型中识别出CCL7hi小胶质细胞亚群,并揭示CCL7-STAT1轴作为自我放大炎症级联反应的关键调控因子 | 主要基于小鼠模型,人类RP中的机制验证及临床转化可行性尚需进一步研究 | 阐明小胶质细胞介导的神经炎症在视网膜色素变性进展中的分子机制 | rd10小鼠模型的视网膜小胶质细胞 | 数字病理学 | 视网膜色素变性 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | rd10小鼠视网膜样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1284 | 2026-06-03 |
Decoding the Role of H19 in Cholestatic Liver Injury Using snRNA-seq, Spatial Transcriptomics, and Machine Learning-Based Disease Prediction
2026-Jan-14, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-8339668/v1
PMID:41646424
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研究论文 | 利用snRNA-seq、空间转录组学和基于机器学习的疾病预测,解码H19在胆汁淤积性肝损伤中的作用 | 首次结合单核RNA测序和NanoString GeoMx空间转录组学,揭示长链非编码RNA H19在胆汁淤积性肝损伤中的细胞类型特异性和空间解析机制,并开发了基于机器学习的细胞类型特异性疾病预测模型 | 研究基于小鼠模型,结果向人类转化需进一步验证;机器学习模型在人类数据集中的验证样本量有限 | 阐明H19在原发性硬化性胆管炎(PSC)进展中的细胞类型特异性和空间解析机制 | 年龄和性别匹配的野生型、H19敲除、Mdr2敲除和双敲除(Mdr2/H19敲除)小鼠的肝组织 | 机器学习 | 胆汁淤积性肝病(原发性硬化性胆管炎) | 单核RNA测序(snRNA-seq),NanoString GeoMx空间转录组学 | 逻辑回归、XGBoost、神经网络、随机森林 | 基因表达数据 | 年龄和性别匹配的小鼠,具体数量未给出 | NanoString | 空间转录组学,单核RNA-seq | NanoString GeoMx | NanoString GeoMx空间转录组学用于组织切片分析 |
| 1285 | 2026-06-03 |
Acute wood smoke exposure is associated with cell-specific hippocampal transcriptomic responses in an accelerated ovarian failure mouse model
2026-Jan-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.01.12.699079
PMID:41648121
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research paper | 本研究使用急性木烟暴露加速卵巢功能衰竭的小鼠模型,探讨了围绝经期样激素状态如何影响海马体对空气污染的转录组反应 | 首次利用空间转录组学技术,在细胞类型分辨率下揭示了木烟暴露与卵巢激素下降联合作用下的海马体转录组变化 | NA | 探讨围绝经期样激素状态是否放大海马体对急性木烟暴露的反应 | 雌性C57BL/6小鼠的海马体组织切片 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 每组4个组织切片 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium 空间转录组学平台 |
| 1286 | 2026-06-03 |
Sex in Immune Cells and Parasitic Diseases - A Complex Relationship
2026-Jan, Immunological reviews
IF:7.5Q1
DOI:10.1111/imr.70097
PMID:41546136
|
综述 | 综述了免疫细胞中性别差异对寄生性疾病影响的研究现状 | 结合经典免疫学与单细胞转录组学,揭示激素和染色体因素驱动先天性和适应性免疫细胞性别差异的新机制 | 许多寄生性疾病研究仍缺乏按性别分列的数据或应用最新免疫学分析 | 探讨免疫细胞性别差异对寄生性疾病的影响及其机制 | 免疫细胞(先天性和适应性)及寄生性疾病(利什曼病、恰加斯病、阿米巴病、血吸虫病、疟疾) | 数字病理学 | 寄生性疾病 | 单细胞转录组学 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1287 | 2026-06-03 |
MAPRE2 is associated with macrophage-enriched innate immune dysregulation and malignant phenotypes in hepatocellular carcinoma
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1849407
PMID:42220486
|
research paper | 本研究整合多组学孟德尔随机化与肿瘤转录组学、免疫去卷积、DNA甲基化分析、单细胞RNA测序及功能缺失实验,发现MAPRE2在肝细胞癌中过表达,与巨噬细胞富集的先天免疫失调和恶性表型相关 | 首次通过多组学孟德尔随机化方法整合转录和蛋白质层面证据,系统识别MAPRE2作为肝癌风险一致性增加的候选基因,并揭示其与先天免疫微环境失调的关联 | 需要体内实验、移植队列和外部预后验证来确认MAPRE2作为生物标志物和治疗靶点的潜力 | 探索肝细胞癌恶性行为与先天免疫微环境之间的分子联系 | 肝细胞癌肿瘤组织及HepG2和MHCC97肝癌细胞系 | machine learning | lung cancer | RNA-seq, 单细胞RNA测序, 甲基化测序 | NA | 基因表达数据, DNA甲基化数据, 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1288 | 2026-06-03 |
Comprehensive analysis of fatty acid desaturase 3 in clear cell renal cell carcinoma: insights into tumor progression, immune microenvironment, and clinical outcomes
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1817492
PMID:42220493
|
研究论文 | 全面分析脂肪酸去饱和酶3在肾透明细胞癌中的作用,包括肿瘤进展、免疫微环境和临床结果 | 首次系统性地研究了FADS3在ccRCC中与脂质代谢、肿瘤进展、免疫微环境重塑及预后相关的多重作用,并结合多种生物信息学方法和功能实验验证 | 主要基于公共数据库数据,缺乏大型前瞻性队列验证;功能实验局限于体外细胞系,未进行体内动物模型验证 | 阐明FADS3在ccRCC进展、预后及肿瘤免疫微环境调节中的作用 | 肾透明细胞癌肿瘤组织、肿瘤细胞及肿瘤相关巨噬细胞 | 生物信息学,癌症生物学 | 肾透明细胞癌 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, qRT-PCR, 蛋白质印迹 | NA | 基因表达数据,转录组数据 | 使用来自TCGA、GEO和GTEx数据库的ccRCC转录组数据集,以及ccRCC细胞系 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1289 | 2026-06-03 |
A scissor-guided single-cell framework defines a macrophage-derived risk score for prognostic and immunotherapy stratification in lung adenocarcinoma
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1827555
PMID:42220487
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研究论文 | 本研究提出一种基于单细胞表型指导的巨噬细胞风险评分模型,用于肺腺癌的预后分层和免疫治疗反应评估 | 首次将Scissor算法与单细胞分析结合,构建巨噬细胞来源的风险评分模型,并整合基因组特征、空间转录组和功能实验进行多维度验证 | 单细胞数据集来源有限,模型需在更大规模队列中进一步验证;TIMP1的调控机制仍需深入探索 | 开发基于单细胞特征的巨噬细胞相关风险模型,用于肺腺癌预后和免疫治疗分层 | 肺腺癌肿瘤微环境中的巨噬细胞亚群 | 机器学习 | 肺癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | 机器学习模型 | 单细胞转录组数据、批量转录组数据、空间转录组数据 | 整合GEO单细胞数据集和TCGA-LUAD转录组数据 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 1290 | 2026-06-03 |
HOPX is required for the generation of umbilical cord blood-derived memory-like NK cells induced by three cytokines
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1808687
PMID:42220529
|
研究论文 | 研究通过三种细胞因子诱导脐带血来源的记忆样NK细胞,并发现HOPX在其生成中起关键作用 | 首次通过单细胞测序揭示脐带血来源记忆样NK细胞的异质性,并发现HOPX蛋白是生成和功能维持所必需的 | 未提及具体局限性,但可能包括样本量有限或体外扩增的长期稳定性未评估 | 研究脐带血来源的记忆样NK细胞的生成机制及其在肿瘤免疫治疗中的潜力 | 脐带血来源的NK细胞,特别是经细胞因子诱导的记忆样NK细胞 | 机器学习 | 肿瘤 | 单细胞测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA(未明确样本数量) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1291 | 2026-06-03 |
Single-cell Profiling Reveals Cooperative Participation of SPP1+ Myeloid and POSTN+ Fibroblast Subsets in Inflammation and Remodeling in Thoracic Aortic Aneurysm
2026, International journal of medical sciences
IF:3.2Q1
DOI:10.7150/ijms.124136
PMID:41938519
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序整合分析,揭示了SPP1+髓系细胞与POSTN+成纤维细胞亚群在胸主动脉瘤炎症和重塑中的协同参与 | 首次构建人胸主动脉瘤与健康主动脉的综合单细胞图谱,发现SPP1和MK信号介导的髓系-成纤维细胞互作驱动TAA发病机制,并通过多重免疫荧光和空间转录组学验证 | 论文未明确提及局限性 | 阐明胸主动脉瘤中细胞互作机制,确定潜在治疗靶点 | 人胸主动脉瘤组织和健康主动脉组织 | 机器学期 | 胸主动脉瘤 | 单细胞RNA测序,多重免疫荧光,空间转录组学 | NA | 基因表达数据,图像 | 8例TAA和8例健康主动脉样本 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 1292 | 2026-06-03 |
Integrative Multi-Omics and Single-Cell Analysis Reveal THOC3 and THOC7 as Oncogenic RNA Processing Regulators in Lung Adenocarcinoma
2026, International journal of medical sciences
IF:3.2Q1
DOI:10.7150/ijms.128975
PMID:41938520
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研究论文 | 通过整合多组学和单细胞分析,揭示THOC3和THOC7在肺腺癌中的致癌性RNA加工调控作用 | 首次系统性评估THO复合体亚基在肺腺癌中的临床和生物学意义,并优先识别THOC3和THOC7作为可重复的侵袭性表型分子标志物,结合批量转录组、单细胞RNA测序、表观遗传和免疫图谱等多维度分析 | 未提供明确的局限性信息 | 评估THOC3和THOC7在肺腺癌中的临床和生物学相关性 | 肺腺癌患者样本及公共数据集 | 机器学习 | 肺癌 | 批量RNA测序, 单细胞RNA测序, 甲基化测序 | NA | 转录组, 单细胞转录组, 表观遗传数据 | TCGA、GTEx和GEO多个独立队列 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1293 | 2026-06-03 |
KDM5C-regulated SIX5 promotes glioblastoma progression through transcriptional activation of UBE2C and enhancement of the Warburg effect
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1788510
PMID:41939887
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研究论文 | 本研究系统揭示了KDM5C调控的转录因子SIX5通过激活UBE2C表达和增强Warburg效应促进胶质母细胞瘤进展的分子机制 | 首次阐明SIX5在胶质母细胞瘤中的致癌作用及KDM5C-SIX5-UBE2C调控轴的完整信号通路,并揭示其对有氧糖酵解(Warburg效应)的调控机制 | 未提及具体局限性 | 探究SIX5在胶质母细胞瘤中的生物学功能及其上游调控因子和下游靶基因的分子调控网络 | 胶质母细胞瘤细胞系U87和U251,以及临床样本数据集 | 机器学习 | 胶质母细胞瘤 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 慢病毒转染, 基因敲降/过表达, 异种移植 | LASSO回归 | 基因表达数据, 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 多个数据集:GSE4290和GSE50161(具体样本量未提供),TCGA和UALCAN数据库,以及U87和U251细胞系 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1294 | 2026-06-03 |
Multi-omics integration identifies ARID1B linking cuproptosis-immune crosstalk with atherosclerotic plaque progression
2026, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2026.1795872
PMID:42227004
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1295 | 2026-06-03 |
Single-cell RNA sequencing unveils macrophage heterogeneity and cell-cell interactions in hepatocellular carcinoma progression
2026, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2026.1819908
PMID:42227003
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示肝细胞癌进展中巨噬细胞异质性和细胞间相互作用 | 首次在肝细胞癌微环境中识别出六个转录上不同的巨噬细胞亚群(M1-M6),并发现SPP1-CD44/ITGAV信号轴是介导巨噬细胞与肝细胞及成纤维细胞相互作用的主要通路,同时揭示了APOA2沉默通过代谢-免疫-表观遗传级联反应促进肿瘤纤维化和进展 | 主要基于公开数据库进行生物信息学分析,实验验证仅在两个肝癌细胞系中进行,缺乏体内模型和临床样本的进一步验证;APOA2的诊断性能有限(AUC=0.552) | 阐明肝细胞癌进展的分子机制,重点关注肿瘤微环境中巨噬细胞异质性和细胞间通讯网络 | 肝细胞癌微环境中的巨噬细胞亚群、肝细胞和成纤维细胞 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 | 加权基因共表达网络分析(WGCNA) | 单细胞转录组数据、基因表达谱、DNA甲基化数据 | GSE149614数据集(具体样本数量未明确),两种肝癌细胞系(HepG2和Huh7) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1296 | 2026-06-02 |
Alveolar macrophage subtypes express cholesterol and inflammation genes in cystic fibrosis
2026-07, Life science alliance
IF:3.3Q1
DOI:10.26508/lsa.202503482
PMID:42061984
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析囊性纤维化患者与健康对照者的肺泡巨噬细胞亚型,发现表达胆固醇和炎症相关基因的巨噬细胞亚型 | 首次在囊性纤维化肺中通过单细胞RNA测序无偏聚类识别出12种肺泡巨噬细胞亚型,并发现CDKN1A和LDLR表达上调与胆固醇代谢及炎症相关的联系 | 巨噬细胞与其他免疫细胞在囊性纤维化中的相互作用机制尚不完全清楚 | 识别和比较囊性纤维化与健康人群气腔巨噬细胞和单核细胞的细胞组成 | 囊性纤维化患者和健康对照者的肺泡巨噬细胞和单核细胞 | 单细胞转录组学 | 囊性纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 囊性纤维化患者和健康对照者的支气管肺泡灌洗液样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 通过支气管镜获取支气管肺泡灌洗液进行单细胞RNA测序 |
| 1297 | 2026-06-02 |
Integration of single-cell regulon atlas and bulk RNA-seq for individualized prognostic prediction in stomach adenocarcinoma
2026-Jun-19, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2026.116100
PMID:42221812
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研究论文 | 利用单细胞调控子图谱和批量RNA-seq数据,开发基于23个调控子的胃腺癌预后签名,用于个性化预后预测 | 首次整合单细胞RNA-seq数据与批量RNA-seq,从恶性上皮细胞中识别出23个调控子并构建机器学习预后签名,该签名在多个独立数据集中优于现有预后模型 | 研究主要基于公共数据集,缺乏临床样本验证;调控子签名的生物学机制需进一步实验验证 | 开发基于转录调控子的胃腺癌预后签名,提高风险分层和预后预测准确性 | 胃腺癌患者的肿瘤组织和正常组织样本 | 机器学习 | 胃腺癌 | 单细胞RNA测序、批量RNA测序 | 机器学习模型(具体类型未说明,可能包含集成学习等) | 基因表达数据 | 多阶段单细胞RNA-seq数据及多个独立批量RNA-seq数据集,样本数量未具体说明 | NA | 单细胞RNA测序、批量RNA测序 | NA | NA |
| 1298 | 2026-06-02 |
SiteCELL enables on-site PBMCs purification and cryopreservation for immune single-cell profiling of underrepresented ancestries
2026-Jun-19, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2026.115961
PMID:42221817
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研究论文 | SiteCELL方法能够在采集现场从全血中纯化和冷冻保存外周血单核细胞,适用于偏远地区,实现免疫功能单细胞分析,覆盖代表性不足的祖先群体 | 开发了一种无需电力、仅需最少实验室设备即可在现场进行PBMCs纯化和冷冻保存的方法,解决了在偏远和农村环境中难以实施单细胞测序的问题 | NA | 开发一种便于在偏远地区采集和处理外周血单核细胞的方法,以纳入全球南方代表性不足的社区 | 外周血单核细胞(PBMCs) | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞数据 | 配对的纯化PBMCs样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1299 | 2026-06-02 |
Comprehensive assessment of alternative splicing analysis methods for single-cell RNA-seq
2026-Jun-19, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2026.116090
PMID:42221827
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研究论文 | 系统评估六种代表性可变剪接分析方法在多个全长短读长单细胞RNA-seq数据集上的表现,重点分析它们在细胞聚类和差异剪接检测等生物学相关任务中的性能 | 首次对单细胞RNA-seq可变剪接分析方法进行系统基准测试,并识别出scQuint方法在不同数据集和任务中表现稳健,具有生物学意义 | 未提及具体局限性,可能包括依赖特定数据集类型或无法覆盖所有分析方法 | 评估单细胞RNA-seq可变剪接分析方法的性能,为方法选择提供指导 | 六种单细胞RNA-seq可变剪接分析方法(包括scQuint)以及多个全长短读长单细胞RNA-seq数据集 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 多个全长短读长单细胞RNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1300 | 2026-06-02 |
Efferocytosis-related biomarkers and immune infiltration in pancreatic ductal adenocarcinoma based on single-cell sequencing and machine learning: a comprehensive bioinformatics analysis and experimental validation
2026-06-11, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2026.153751
PMID:41966742
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研究论文 | 结合单细胞测序和机器学习,筛选并验证胰腺导管腺癌中与胞葬作用相关的生物标志物及免疫浸润特征 | 首次通过单细胞转录组学揭示巨噬细胞胞葬作用在PDAC微环境中的异质性,并构建六基因预后模型(CD36、ITGAV、PANX1、PPARG、S100A4、THBS1),通过实验验证了THBS1的功能 | 未提及具体局限性 | 探究胰腺导管腺癌中胞葬作用相关基因的表达模式、功能及其在肿瘤微环境中的预测意义 | 胰腺导管腺癌(PDAC)患者样本及细胞系 | 机器学习, 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序, RNA-seq, 实时定量PCR, 蛋白质印迹法 | Cox回归, LASSO回归, 机器学习 | 单细胞转录组数据, 基因表达数据 | TCGA-PDAC、GTEx和GEO数据集中的多个队列,具体样本量未明确 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq | NA | NA |