单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1281	2025-05-07	Effects of Bacterial Infections under Heatwaves on Chinese Soft-Shelled Turtles and Their Single-Cell Transcriptomic Landscapes 2025-May-06, Environmental science & technology IF:10.8Q1 DOI:10.1021/acs.est.4c09111 PMID:40274607	研究论文	本研究探讨了细菌感染和热浪双重压力对中华鳖的影响，通过单细胞转录组、行为和生理指标的综合分析	首次整合单细胞转录组、行为和生理指标，研究中华鳖在细菌感染和热浪双重压力下的免疫反应	研究仅针对中华鳖，结果可能不适用于其他物种	探究细菌感染和热浪双重压力对中华鳖的影响及其免疫反应机制	中华鳖	生态学与免疫学	细菌感染	单细胞转录组测序	NA	转录组数据、行为数据、生理指标	四组中华鳖（基于温度与感染状态分组）
1282	2025-05-07	Astaxanthin promotes in vitro maturation of mouse oocytes by regulating mitochondrial functions and protein homeostasis 2025-May-05, Biology of reproduction IF:3.1Q2 DOI:10.1093/biolre/ioaf107 PMID:40324205	研究论文	研究虾青素通过调节线粒体功能和蛋白质稳态促进小鼠卵母细胞体外成熟的作用	首次报道虾青素在小鼠卵母细胞体外成熟(IVM)中的作用，并揭示其通过增强线粒体活性和调节蛋白质稳态来提高成熟率	研究仅限于小鼠模型，未涉及其他物种或临床前研究	探究虾青素对小鼠卵母细胞体外成熟和早期胚胎发育的影响	小鼠卵母细胞	生殖生物学	NA	单细胞转录组测序、微蛋白质组学、透明带激光打孔辅助体外受精(IVF)	NA	转录组数据、蛋白质组数据	未明确说明具体数量的小鼠卵母细胞
1283	2025-05-07	Quasi-spatial single-cell transcriptome based on physical tissue properties defines early aging associated niche in liver 2025-May-05, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-025-00857-7 PMID:40325195	研究论文	该研究开发了一种名为FiNi-seq的方法，通过利用组织的物理特性富集与衰老相关的纤维化微环境，并进行单细胞RNA测序和单核ATAC测序分析，以探索衰老初期微环境的特征	开发了FiNi-seq方法，能够富集稀缺的衰老相关纤维化微环境细胞，并进行准空间分析，发现了具有衰老表型的Wif1和Smoc1产生间充质细胞群	研究仅针对雄性小鼠的肝脏，未涉及其他组织或性别，且衰老细胞的稀缺性和技术偏差可能影响分析结果	探索衰老初期微环境的特征及其潜在治疗靶点	年轻和年老雄性小鼠的肝脏组织	单细胞测序	老年疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 单核ATAC测序(ATAC-seq), FiNi-seq	NA	单细胞转录组数据, 表观遗传数据	年轻和年老雄性小鼠的肝脏组织样本
1284	2025-05-07	Single-cell RNA Sequencing Identifies Prognostic Biomarkers in Extramedullary Multiple Myeloma 2025-May-05, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673352012250414100227 PMID:40326029	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术识别了髓外多发性骨髓瘤的预后生物标志物	利用LASSO方法开发预后特征，并通过外部MM队列验证其效能，揭示了CD4+ T细胞作为与MM进展相关的主要免疫细胞类型	研究依赖于公共数据库的转录组数据，可能受限于数据的质量和样本量	研究与髓外进展相关的多发性骨髓瘤克隆进化特征，识别新的预后生物标志物	多发性骨髓瘤（MM）患者	digital pathology	multiple myeloma	scRNA-seq, LASSO	risk score model	transcriptomic profiles, scRNA-seq data	126 DEGs identified, external MM cohorts for validation
1285	2025-05-07	Identifying the Pattern Characteristics of Anoikis-Related Genes in Keloid 2025-May, Advances in wound care IF:5.8Q1 DOI:10.1089/wound.2024.0027 PMID:38775414	research paper	该研究首次全面分析了anoikis相关基因(ARGs)在瘢痕疙瘩(KD)中的作用，并鉴定了六个核心ARGs	首次研究ARGs在KD中的潜在价值，并鉴定了六个核心ARGs及其与KD免疫浸润的关联	研究仅基于三个KF RNA-seq数据集，样本量有限	探究ARGs在KD中的表达特征及其分子机制	瘢痕疙瘩(KD)和anoikis相关基因(ARGs)	生物信息学	瘢痕疙瘩	RNA-seq, 单细胞测序, LASSO-Cox回归分析	LASSO回归模型	基因表达数据	三个KF RNA-seq数据集
1286	2025-05-07	Exploring genetic and immune cell dynamics in systemic lupus erythematosus patients with Epstein-Barr virus infection via machine learning 2025-May-01, Rheumatology (Oxford, England) DOI:10.1093/rheumatology/keae537 PMID:39361430	research paper	本研究通过机器学习方法探索系统性红斑狼疮（SLE）患者与EB病毒感染相关的关键基因和免疫细胞动态	首次识别出IFI27作为SLE患者EBV感染的关键基因，并揭示了其对CD4 CTL和B细胞亚型的影响	研究样本量有限，且仅基于公开数据集分析	阐明SLE患者EBV感染的分子机制并寻找潜在诊断和治疗靶点	系统性红斑狼疮患者与EB病毒感染	machine learning	systemic lupus erythematosus	RNA-seq, single-cell RNA sequencing, CIBERSORTx	machine-learning algorithms	gene expression data	多个GEO数据集（GSE50772、GSE81622、GSE85599、GSE45918）
1287	2025-05-07	KanCell: dissecting cellular heterogeneity in biological tissues through integrated single-cell and spatial transcriptomics 2025-May, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao DOI:10.1016/j.jgg.2024.11.009 PMID:39577768	research paper	KanCell是一种基于Kolmogorov-Arnold网络（KAN）的深度学习模型，旨在通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学（ST）数据来增强细胞异质性分析	KanCell利用KAN有效捕捉非线性关系并优化计算效率，为ST提供了准确高效的工具	NA	通过整合单细胞和空间转录组学数据，增强细胞异质性分析，揭示疾病微环境并识别治疗靶点	人类淋巴结、心脏、黑色素瘤、乳腺癌、背外侧前额叶皮层和小鼠胚胎大脑	digital pathology	melanoma, breast cancer	single-cell RNA sequencing, spatial transcriptomics (ST)	Kolmogorov-Arnold networks (KAN)	gene expression data	模拟和真实数据集，包括STARmap、Slide-seq、Visium和Spatial Transcriptomics技术的数据
1288	2025-05-07	Single-cell multiomics reveals a gene regulatory circuit driving leukemia cell differentiation 2025-May, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03309-z PMID:39984714	研究论文	本研究通过单细胞多组学分析揭示了ATRA诱导白血病细胞分化的基因调控回路	整合单细胞染色质可及性和转录组分析，发现SPI1和CEBPE组成的正反馈基因调控回路驱动白血病细胞分化	研究主要基于NB4细胞系，在其他白血病细胞类型中的普适性需要进一步验证	探索ATRA诱导急性早幼粒细胞白血病细胞分化的调控机制	PML/RARα急性早幼粒细胞白血病(APL)细胞系NB4，以及非APL白血病细胞系HL60和K562	单细胞多组学	急性早幼粒细胞白血病	单细胞染色质可及性分析，单细胞转录组分析	NA	单细胞多组学数据	NB4、HL60和K562白血病细胞系
1289	2025-05-07	FK506-binding proteins: Emerging target and therapeutic opportunity in multiple tumors 2025-May, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.141914 PMID:40064252	review	本文综述了FK506结合蛋白（FKBP）家族在多种肿瘤中的关键作用及其作为潜在诊断和预后生物标志物的可能性	总结了FKBP家族成员在不同类型肿瘤中促进或抑制肿瘤发生的双重功能，并探讨了其作为诊断和预后生物标志物的潜力	需要结合单细胞测序技术解决FKBP异构体的空间分布问题，并开展临床验证以促进从分子机制到精准治疗的转化	探讨FKBP家族在肿瘤中的作用及其作为诊断和预后生物标志物的潜力	FK506结合蛋白（FKBP）家族及其在肿瘤中的作用	肿瘤生物学	多种肿瘤	单细胞测序	NA	NA	NA
1290	2025-05-07	Global and Current Research Trends of Single-Cell Sequencing in Cancer: A Bibliometric and Visualization Study 2025-Apr-18, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/67880 PMID:40323789	研究论文	本文通过文献计量学方法分析了2010年至2023年间单细胞测序在癌症研究中的全球趋势、合作网络和知识传播	首次全面分析了单细胞测序在癌症研究中的全球趋势和合作网络，识别了关键研究领域和未来研究方向	研究仅基于Web of Science数据库，可能未涵盖所有相关文献	阐明单细胞测序在癌症研究中的发展趋势、合作模式和知识传播	单细胞测序在癌症研究中的应用	生物信息学	癌症	单细胞测序	NA	文献数据	5,680篇出版物，涉及34,074位作者、3,129个机构和75个国家
1291	2025-05-07	Nintedanib improves bleomycin-induced pulmonary fibrosis by inhibiting the Clec7a/SPP1 pathway in interstitial macrophages 2025-Apr, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111635 PMID:39892726	research paper	该研究通过单细胞测序和RNA-seq数据分析，揭示了Nintedanib通过抑制间质巨噬细胞中的Clec7a/SPP1通路改善肺纤维化的新机制	首次发现Nintedanib通过抑制间质巨噬细胞中的Clec7a/SPP1通路减轻肺纤维化，并鉴定NFκB为该通路的关键转录因子	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	阐明Nintedanib治疗特发性肺纤维化的分子机制	特发性肺纤维化小鼠模型和间质巨噬细胞	digital pathology	lung cancer	单细胞测序, RNA-seq	Monocle2, Cellchat, Scenic	基因表达数据	纤维化和Nintedanib治疗的纤维化小鼠肺组织样本
1292	2025-05-07	Ephrin-B2 acts as a positive regulator of osteogenesis-angiogenesis coupling 2025-Apr, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.140555 PMID:39894124	research paper	本研究探讨了Ephrin-B2信号在成骨-血管生成耦合中的作用及其潜在机制，为牙周组织工程提供指导	发现Ephrin-B2信号在牙周炎中成骨细胞系和血管内皮细胞间的信号转导缺陷，并通过构建过表达Ephrin-B2的成骨细胞与HUVECs共培养系统，证实其促进血管生成和牙周骨再生的积极作用	研究主要基于体外共培养系统和动物模型，尚未在临床环境中验证其效果	探索Ephrin-B2信号在成骨-血管生成耦合中的作用及机制，优化牙周组织工程移植策略	牙周组织中的成骨细胞系和血管内皮细胞	组织工程	牙周炎	单细胞转录组测序、细胞共培养	NA	单细胞转录组数据、体外实验数据	公开数据库中的单细胞转录组数据(GSE171213)及构建的过表达Ephrin-B2的成骨细胞与HUVECs共培养系统
1293	2025-05-07	The future of cardiology: Integrating single-cell transcriptomics with multi-omics for enhanced cardiac disease insights 2025-Apr, Current problems in cardiology IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.cpcardiol.2025.103005 PMID:39894239	综述	本文探讨了单细胞转录组测序（scRNA-seq）在心血管疾病研究中的应用及其与多组学技术整合的未来发展方向	强调了将空间转录组学和其他组学技术与scRNA-seq整合的重要性，以增强对心脏生物学的理解	当前scRNA-seq应用面临数据整合的挑战，需要更全面的多组学方法来阐明心血管疾病的机制	探索心血管疾病的创新诊断和治疗策略	哺乳动物心脏中的细胞异质性	数字病理学	心血管疾病	scRNA-seq, 空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
1294	2025-05-07	Shining a light on cell biology of the nucleus with single-cell sequencing 2025-Apr, Current opinion in cell biology IF:6.0Q1 DOI:10.1016/j.ceb.2025.102468 PMID:39903993	review	本文综述了单细胞测序技术在细胞核生物学中的新进展及其应用	总结了单细胞测序技术在揭示细胞核过程异质性和细胞状态间互作的新理解	NA	探讨单细胞测序技术在细胞核生物学中的应用及其未来机会	细胞核过程及其与细胞状态的互作	单细胞测序	NA	单细胞测序	NA	基因组和转录组数据	NA
1295	2025-05-07	Single-cell transcriptional footprint for pseudogene SsCLEC9A is associated with antigen processing and presentation in Sus scrofa 2025-Apr, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.140629 PMID:39904428	研究论文	研究猪中假基因SsCLEC9A的单细胞转录足迹及其与抗原处理和呈递的关联	首次揭示猪中唯一的CLEC9A（SsCLEC9A）因约29.8-44.7百万年前的三个因果突变而成为假基因，挑战了CLEC9A在哺乳动物免疫交叉呈递中的重要性	研究仅针对猪的SsCLEC9A假基因，未涉及其他物种或更广泛的免疫机制	理解假基因SsCLEC9A的转录适应及其在抗原处理和呈递中的作用	猪的树突状细胞（DCs）和SsCLEC9A假基因	免疫学	NA	荧光激活细胞分选（FACS）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，但涉及猪的树突状细胞和FLT3L诱导的骨髓造血细胞
1296	2025-05-07	AXL-Mediated Drug Resistance in ALK-Rearranged NSCLC Enhanced by GAS6 From Macrophages and MMP11 Positive Fibroblasts 2025-Apr, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.70006 PMID:39904499	research paper	研究AXL介导的ALK重排非小细胞肺癌（NSCLC）耐药机制，特别是由巨噬细胞和MMP11阳性成纤维细胞产生的GAS6增强的耐药性	揭示了AXL表达和GAS6在肿瘤微环境中的增加如何增强ALK-TKI耐药性，并识别了CAFs和TAMs作为GAS6的主要来源	研究主要基于体外和小鼠模型，人类患者样本的验证可能不足	探究ALK重排NSCLC对ALK-TKI耐药的机制	ALK重排NSCLC细胞、小鼠模型、患者样本	肿瘤学	肺癌	单细胞RNA测序	小鼠异种移植模型	基因表达数据	患者样本和小鼠模型
1297	2025-05-07	Impaired primitive erythropoiesis and defective vascular development in Trim71-KO embryos 2025-Apr, Life science alliance IF:3.3Q1 DOI:10.26508/lsa.202402956 PMID:39909558	research paper	研究揭示了RNA结合蛋白Trim71在胚胎发育中通过调控转录后基因表达对原始红细胞生成和血管发育的关键作用	首次发现Trim71通过NHL结构域直接抑制Eomes mRNA，建立了这两个重要调控基因之间的功能联系	条件性敲除实验显示内皮细胞及其前体细胞中的Trim71表达对胚胎存活非必需，暗示可能存在其他补偿机制	探究Trim71在胚胎从原肠胚形成到器官发生转变过程中的分子机制	Trim71敲除小鼠胚胎	发育生物学	胚胎发育缺陷	scRNA-seq	基因敲除小鼠模型	单细胞转录组数据	E7.5阶段的全局Trim71敲除胚胎
1298	2025-05-07	RUNX2 promotes fibrosis via an alveolar-to-pathological fibroblast transition 2025-Apr, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08542-2 PMID:39910313	research paper	该研究揭示了RUNX2在肺纤维化中通过肺泡到病理成纤维细胞的转变促进纤维化的机制	发现LEPR成纤维细胞中的SCUBE2肺泡成纤维细胞是CTHRC1POSTN病理成纤维细胞的主要来源，并确定RUNX2是纤维化基因表达的关键调控因子	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类临床样本中验证	探索肺纤维化中病理成纤维细胞的来源及其调控机制	小鼠模型中的LEPR成纤维细胞和SCUBE2肺泡成纤维细胞	分子生物学	肺纤维化	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	基因表达数据	两种小鼠模型
1299	2025-05-07	Kölliker's Organ Functions as a Developmental Hub in Mouse Cochlea Regulating Spiral Limbus and Tectorial Membrane Development 2025-Mar-26, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience DOI:10.1523/JNEUROSCI.0721-24.2025 PMID:39909560	research paper	本研究探讨了Kölliker's organ在小鼠耳蜗发育中的关键作用，特别是其对螺旋缘和覆膜发育的调控	揭示了Kölliker's organ作为发育枢纽调控周围耳蜗结构发育的新机制，并确定了作为小鼠耳聋基因的作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	阐明Kölliker's organ在耳蜗发育中的功能及其调控机制	小鼠耳蜗中的Kölliker's organ及其相关结构	发育生物学	耳聋	单细胞RNA测序	条件性基因敲除小鼠模型	基因表达数据	未明确说明数量，但包含两性小鼠样本
1300	2025-05-07	Single-cell transcriptomics reveals a compartmentalized antiviral interferon response in the nasal epithelium of mice 2025-Mar-18, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/jvi.01413-24 PMID:39902863	研究论文	通过单细胞转录组学分析，揭示了小鼠鼻上皮细胞中抗病毒干扰素反应的区室化现象	首次发现嗅觉上皮细胞和呼吸上皮细胞在I型和III型干扰素介导的抗病毒转录反应中存在显著差异，并揭示了III型干扰素在保护嗅觉上皮免受SARS-CoV-2感染中的重要作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究上呼吸道不同上皮细胞亚型对I型和III型干扰素的依赖性差异	小鼠鼻上皮细胞	单细胞转录组学	呼吸道病毒感染	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	未明确说明样本数量（小鼠鼻上皮细胞）