单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1281	2025-05-13	CIEC: Cross-tissue Immune Cell Type Enrichment and Expression Map Visualization for Cancer 2025-May-10, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzae067 PMID:39363510	research paper	介绍了一个名为CIEC的基于网络的应用程序，用于跨组织免疫细胞类型或状态的富集分析和基因表达图谱可视化	首个整合数据库和富集分析的网络应用程序，用于估计跨组织免疫细胞类型或状态	样本量相对有限，仅包含323名癌症患者的480个样本	深入理解肿瘤免疫系统中免疫细胞的跨组织特性和功能	癌症患者的免疫细胞	digital pathology	cancer	single-cell transcriptome sequencing	KOBAS algorithm	gene expression data	480 samples from 323 cancer patients
1282	2025-05-13	Diversity and functional specialization of oyster immune cells uncovered by integrative single-cell level investigations 2025-May-09, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.102622 PMID:40343849	研究论文	通过整合单细胞水平的研究揭示了牡蛎免疫细胞的多样性和功能特化	首次广泛表征了牡蛎的多种血细胞，识别出至少七种功能不同的细胞类型和三种造血谱系	需要更深入的软体动物和非模式无脊椎动物细胞免疫学研究	研究牡蛎免疫细胞的多样性和功能特化	太平洋牡蛎的血细胞	生物学	NA	单细胞RNA测序、定量细胞学、细胞分选、功能测定和伪时间分析	NA	单细胞RNA测序数据	NA
1283	2025-05-13	Microvascular immunity is organ-specific and remodeled after kidney injury in mice 2025-May-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59609-1 PMID:40346040	研究论文	研究小鼠急性肾损伤前后微血管免疫细胞的表型变化及其在肾脏、肝脏和肺中的独特特征	揭示了微血管作为免疫细胞活动的独特位点，并发现了急性肾损伤后肾脏微血管界面的持续重塑	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证	探究急性肾损伤后微血管免疫细胞的动态变化及其在疾病进展中的作用	小鼠的肾脏、肝脏和肺的微血管免疫细胞	免疫学	急性肾损伤	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序数据	小鼠模型
1284	2025-05-13	Identification of programmed cell death-related genes and construction of a prognostic model in oral squamous cell carcinoma using single-cell and transcriptome analysis 2025-May-09, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02520-4 PMID:40346375	研究论文	通过单细胞和转录组分析，识别程序性细胞死亡相关基因并构建口腔鳞状细胞癌的预后模型	基于程序性细胞死亡相关基因构建了一个新的五基因预后特征，并在单细胞水平上验证了这些基因的表达模式	研究样本量有限，且仅基于公开数据库的回顾性数据	探索程序性细胞死亡相关基因在口腔鳞状细胞癌预后中的作用	口腔鳞状细胞癌患者和健康对照的肿瘤组织和单细胞数据	数字病理	口腔鳞状细胞癌	RNA-seq, 单细胞RNA测序	LASSO, Cox回归	转录组数据, 单细胞数据	341例OSCC肿瘤组织, 31例健康样本, 6例OSCC单细胞样本, 76例验证样本
1285	2025-05-13	Multi-omics integration reveals Vha68-3 as a testicular aging-specific factor that coordinates spermatid elongation through mitochondrial metabolic homeostasis 2025-May-09, Cellular & molecular biology letters IF:9.2Q1 DOI:10.1186/s11658-025-00737-3 PMID:40346547	研究论文	本研究通过多组学整合揭示了Vha68-3作为睾丸衰老特异性因子，通过线粒体代谢稳态协调精子细胞伸长	首次发现Vha68-3在睾丸衰老过程中对精子细胞伸长和线粒体代谢稳态的关键调控作用，并提出了通过饮食补充相关化合物缓解睾丸衰老的潜在治疗策略	研究主要在果蝇模型中进行，尚未在高等哺乳动物中验证	探究睾丸衰老过程中线粒体影响精子发生的分子机制	果蝇睾丸组织	生殖生物学	男性不育	CRISPR/Cas9基因编辑、单细胞RNA测序、转录组-代谢组关联分析、液相色谱-串联质谱	果蝇基因敲除模型	基因表达数据、代谢组数据、蛋白质互作数据	Vha68-3基因敲除果蝇模型
1286	2025-05-13	S100A9 as a potential novel target for experimental autoimmune cystitis and interstitial cystitis/bladder pain syndrome 2025-May-09, Biomarker research IF:9.5Q1 DOI:10.1186/s40364-025-00763-5 PMID:40346703	研究论文	本文探讨了S100A9作为间质性膀胱炎/膀胱疼痛综合征（IC/BPS）和实验性自身免疫性膀胱炎（EAC）的新型治疗靶点的潜力	发现S100A9通过TLR4/NF-κB和TLR4/p38信号通路促进炎症反应和组织损伤，并验证了抑制S100A9可显著减轻病理过程	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行大规模验证	阐明IC/BPS的关键靶点和潜在机制，寻找有效的干预目标	IC/BPS患者和EAC小鼠模型	分子生物学	间质性膀胱炎/膀胱疼痛综合征	单细胞RNA测序、蛋白质组测序、分子生物学实验	基因敲除小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据	未明确提及具体样本数量
1287	2025-05-13	Multitissue single-cell analysis reveals differential cellular and molecular sensitivity between fructose and high-fat high-sucrose diets 2025-May-09, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115690 PMID:40349341	研究论文	通过多组织单细胞分析揭示了果糖和高脂高糖饮食在细胞和分子水平上的不同敏感性	首次在单细胞水平上比较了高脂高糖饮食和果糖饮食对代谢综合征的影响，并识别出不同细胞类型和网络靶点	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	阐明不同组织和细胞类型在饮食诱导的代谢综合征中的作用	小鼠的下丘脑、肝脏、脂肪组织和小肠	单细胞测序	代谢综合征	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	小鼠的多个组织样本
1288	2025-05-13	Potential key genes for giant cell arteritis revealed based on single-cell sequencing and Mendelian randomization analysis 2025-May-09, International archives of allergy and immunology IF:2.5Q3 DOI:10.1159/000546323 PMID:40349694	研究论文	通过单细胞RNA测序和孟德尔随机化分析，识别与巨细胞动脉炎（GCA）相关的关键基因	首次整合单细胞RNA测序、表达数量性状位点和全基因组关联研究数据，采用两样本孟德尔随机化方法探索CD4+ T细胞中标记基因对GCA发展的因果效应	研究样本量未明确说明，且仅关注了CD4+ T细胞中的基因	识别与GCA相关的关键基因并探索潜在的致病机制	巨细胞动脉炎（GCA）患者	基因组学	巨细胞动脉炎	单细胞RNA测序、表达数量性状位点分析、全基因组关联研究、孟德尔随机化分析	两样本孟德尔随机化方法	基因组数据	NA
1289	2025-05-13	Integrative Analysis Reveals Genes Causal Relation with Ovarian Cancer and aging 2025-May-09, Current topics in medicinal chemistry IF:2.9Q3 DOI:10.2174/0115680266358687250507041056 PMID:40353459	研究论文	通过整合分析单细胞RNA测序、GWAS和eQTL数据，识别并验证了与卵巢癌和衰老相关的关键单核细胞亚型基因及其潜在因果关系	首次结合单细胞RNA测序与孟德尔随机化方法，系统鉴定单核细胞亚型中与卵巢癌和衰老存在因果关系的基因	研究样本主要来自欧洲人群，可能限制结果在其他种族的普适性	探索卵巢癌与衰老的分子关联机制，寻找潜在治疗靶点	单核细胞亚型（经典单核细胞、中间型单核细胞、髓系树突细胞）的基因表达谱	计算生物学	卵巢癌	单细胞RNA测序、GWAS、eQTL分析、孟德尔随机化(SMR)	Seurat、singleR、PPI网络分析	单细胞转录组数据、基因组关联数据	123,280个细胞（来自GSE157007和GSE184880数据集）及54,990例GWAS样本（14,049病例+40,941对照）
1290	2025-05-13	Differential Localization of β-catenin Protein in CTNNB1 Mutant Endometrial Cancers Results in Distinct Transcriptional Profiles 2025-May-08, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.modpat.2025.100791 PMID:40348058	research paper	该研究探讨了CTNNB1突变子宫内膜癌中β-catenin蛋白的不同定位如何导致不同的转录谱	揭示了β-catenin蛋白在核内或膜/细胞质中的不同定位会导致不同的基因表达谱，并发现了一个新的治疗靶点TROP2	研究仅关注了CTNNB1外显子3突变的子宫内膜癌，可能不适用于其他类型的癌症	确定β-catenin蛋白在核内或膜/细胞质中的不同定位如何影响下游基因表达	CTNNB1外显子3突变的子宫内膜癌样本	digital pathology	endometrial cancer	spatial transcriptomics	NA	gene expression data	NA
1291	2025-05-13	WFDC3 identified as a prognostic and immune biomarker in pancreatic cancer 2025-May-08, Biomolecules & biomedicine DOI:10.17305/bb.2025.12444 PMID:40350979	research paper	该研究通过生物信息学分析和实验验证，揭示了WFDC3在胰腺癌中的促癌作用及其作为预后和免疫生物标志物的潜力	首次系统评估WFDCs在胰腺癌中的表达模式，并发现WFDC3通过诱导上皮-间质转化和抑制T细胞毒性促进肿瘤转移和免疫逃逸	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证	探究WFDCs家族成员在胰腺癌发生发展中的作用机制	胰腺癌组织和细胞	digital pathology	pancreatic cancer	RNA-seq, CCK-8, EdU, transwell, 流式细胞术, Western blotting, qRT-PCR	LASSO regression	RNA-seq数据	TCGA和GEO数据库中的胰腺癌样本
1292	2025-05-13	scMUSCL: multi-source transfer learning for clustering scRNA-seq data 2025-May-06, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf137 PMID:40152244	研究论文	提出了一种名为scMUSCL的新型迁移学习方法，用于利用多个注释参考数据集对单细胞RNA测序数据进行聚类	scMUSCL通过深度神经网络提取域和批次不变的细胞表示，无需目标数据集的聚类数量先验知识，也无需源与目标数据集间的批次校正	未明确提及具体限制	提升单细胞RNA测序数据的聚类性能，识别具有生物学意义的细胞簇	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	scRNA-seq	深度神经网络	RNA测序数据	20个真实数据集
1293	2025-05-13	Single-cell MultiOmics and spatial transcriptomics demonstrate neuroblastoma developmental plasticity 2025-May-06, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.04.013 PMID:40347947	research paper	该研究通过单细胞多组学和空间转录组学技术，探索了神经母细胞瘤的发育可塑性和肿瘤内异质性	发现了高危神经母细胞瘤中的发育中间状态，揭示了表观遗传启动及其潜在的状态转换能力，并绘制了增强子基因调控网络和肿瘤微环境	研究主要基于小鼠自发肿瘤模型和人类患者样本，可能无法完全反映所有神经母细胞瘤的复杂性	解析神经母细胞瘤发育状态的转录和表观遗传调控机制	神经母细胞瘤	digital pathology	neuroblastoma	single-cell MultiOmics, spatial transcriptomics	NA	omics data, spatial transcriptomics data	小鼠自发肿瘤模型和人类患者样本
1294	2025-05-13	Mechanistic insights into EIF6 as a target of Apigenin in alleviating chondrocyte senescence 2025-May, Experimental gerontology IF:3.3Q2 DOI:10.1016/j.exger.2025.112725 PMID:40049422	research paper	本研究探讨了芹菜素通过上调EIF6表达减轻软骨细胞衰老的机制，并评估其在膝骨关节炎治疗中的潜力	首次发现EIF6是芹菜素在膝骨关节炎中的潜在靶点，并揭示了其通过上调EIF6表达减轻软骨细胞衰老的机制	研究主要基于体外实验，需要在动物模型和临床试验中进一步验证	探究芹菜素在膝骨关节炎中的潜在靶点和作用机制	芹菜素、EIF6基因、SW1353细胞和人类软骨组织	分子生物学	膝骨关节炎	网络药理学分析、SMR分析、分子对接、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、分子对接数据	人类软骨组织单细胞RNA测序数据、体外培养的SW1353细胞
1295	2025-05-13	Targeting p53 for immune modulation: Exploring its functions in tumor immunity and inflammation 2025-May-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217614 PMID:40054656	review	本文综述了p53在肿瘤免疫和炎症中的双重作用及其在免疫调节中的功能	详细探讨了p53在免疫动态中的影响，包括其对多种免疫细胞的作用及其在免疫原性细胞死亡中的关键角色	未提及具体实验数据或样本量，主要基于现有文献综述	探索p53在肿瘤免疫和炎症中的功能及其治疗潜力	p53蛋白及其在免疫细胞（如巨噬细胞、树突状细胞、NK细胞、T细胞和B细胞）中的作用	肿瘤免疫学	肿瘤	单细胞RNA测序、CRISPR筛选	NA	文献数据	NA
1296	2025-05-13	Integration of bulk and single-cell RNA sequencing reveals dynamic changes in epidermal cells 2025-May, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.142601 PMID:40158578	研究论文	通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序技术，研究牦牛表皮细胞在毛囊周期中的动态变化	首次结合批量RNA测序和单细胞RNA测序技术，揭示了牦牛毛囊周期中14种不同细胞群体的时空动态变化，并重建了表皮细胞分化的轨迹	研究仅针对牦牛，结果可能不适用于其他物种	探究毛囊周期中表皮细胞行为的分子调控机制	牦牛表皮细胞	分子生物学	NA	批量RNA测序, 单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
1297	2025-05-13	Roles of innate immune system and receptor Dectin-1 in synovium and cartilage homeostasis of osteoarthritis 2025-May, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.142669 PMID:40164261	研究论文	本研究探讨了先天免疫系统及其受体Dectin-1在骨关节炎（OA）滑膜和软骨稳态中的作用	揭示了先天免疫相关基因和通路在OA滑膜中的表达模式，并突出了Dectin-1在巨噬细胞中的作用	需要进一步探索先天免疫在OA中的具体机制	研究先天免疫在OA滑膜炎中的机制	OA患者的滑膜组织和软骨	生物医学	骨关节炎	RNA测序、单细胞测序、STRING数据库分析	机器学习算法（113种组合）	RNA测序数据、单细胞测序数据	NA
1298	2025-05-13	Hepatic immune environment differences among common mouse strains in models of MASH and liver cancer 2025-May, JHEP reports : innovation in hepatology IF:9.5Q1 DOI:10.1016/j.jhepr.2025.101380 PMID:40342632	研究论文	该研究比较了不同小鼠品系在健康和疾病状态下的肝脏免疫环境差异，并进行了小鼠与人类的跨物种免疫比较	揭示了常见小鼠品系在健康和疾病状态下肝脏免疫环境的显著差异，并验证了小鼠模型可以部分重现人类肝脏免疫变化	研究仅涉及三种小鼠品系，可能无法完全代表所有小鼠模型的免疫差异	探究不同小鼠品系在代谢功能障碍相关脂肪性肝炎(MASH)和肝细胞癌(HCC)模型中的肝脏免疫环境差异	C57BL/6、BALB/c和FVB/N小鼠的肝脏免疫细胞	免疫学	肝细胞癌、代谢功能障碍相关脂肪性肝炎	高维光谱流式细胞术、scRNA-seq	NA	流式细胞数据、scRNA-seq数据	每种条件4只小鼠
1299	2025-05-13	A Germline Heterozygous Dominant Negative IKZF2 Variant Causing Syndromic Primary Immune Regulatory Disorder and ICHAD 2025-Apr-28, Journal of clinical immunology IF:7.2Q1 DOI:10.1007/s10875-025-01882-2 PMID:40295428	research paper	本文详细描述了一例携带IKZF2基因变异的儿科患者的免疫学评估，揭示了该变异导致的免疫失调综合征ICHAD的免疫表型	首次报道了种系显性负性HELIOS缺陷的免疫表型，并在单细胞水平上扩展了对自身免疫性溶血性贫血发病机制的理解	研究仅基于单个病例，样本量有限	研究IKZF2基因变异导致的免疫失调综合征的免疫学特征	携带IKZF2基因变异的儿科患者	免疫学	原发性免疫调节障碍	多参数流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	临床样本数据、单细胞转录组数据	1例儿科患者
1300	2025-05-13	Single-cell analysis of proximal tubular cells with different DNA content reveals functional heterogeneity in the acute kidney injury to chronic kidney disease transition 2025-Apr-21, Kidney international IF:14.8Q1 DOI:10.1016/j.kint.2025.03.025 PMID:40268163	研究论文	通过单细胞RNA测序分析不同DNA含量的近端肾小管上皮细胞，揭示其在急性肾损伤向慢性肾病转变中的功能异质性	发现不同DNA含量的近端肾小管上皮细胞在转录组水平上存在异质性，特别是多倍体细胞表现出促纤维化特征，并鉴定出SPP1作为多倍体细胞的关键枢纽基因	研究仅关注了缺血再灌注损伤后的特定时间点（第3天和第14天），未涵盖AKI-to-CKD转变的全过程	探究近端肾小管上皮细胞在急性肾损伤向慢性肾病转变中的功能异质性	近端肾小管上皮细胞	数字病理学	肾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	缺血再灌注损伤后第3天和第14天的近端肾小管上皮细胞