单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1281	2025-04-10	PRMT5 deficiency in myeloid cells reprograms macrophages to enhance antitumor immunity and synergizes with anti-PD-L1 therapy 2025-Apr-05, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-011299 PMID:40187753	研究论文	本文研究了PRMT5在骨髓细胞中的缺失如何重编程巨噬细胞以增强抗肿瘤免疫，并与抗PD-L1疗法协同作用	揭示了PRMT5通过STAT6-PPARγ途径调控脂质代谢和巨噬细胞极化，促进免疫抑制性肿瘤微环境的新机制，并展示了PRMT5缺失与抗PD-L1疗法的协同治疗效果	研究主要基于小鼠模型，临床转化效果尚需进一步验证	探究PRMT5在巨噬细胞生物学中的作用及其在癌症免疫治疗中的潜在应用	骨髓细胞、巨噬细胞和肿瘤微环境	癌症免疫治疗	癌症	单细胞转录组分析、批量转录组学	小鼠模型	转录组数据	未明确说明样本数量，但涉及多癌种单细胞数据分析和小鼠实验
1282	2025-04-10	Conformation-sensitive targeting of CD18 depletes M2-like tumor-associated macrophages resulting in inhibition of solid tumor progression 2025-Apr-05, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-011422 PMID:40187756	research paper	该研究揭示了新型肽药物偶联物TB511通过靶向M2样肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）中的激活CD18蛋白，抑制实体肿瘤进展的机制	首次鉴定出激活CD18作为M2-TAMs的特异性靶标蛋白，并阐明了TB511通过结合CD18半胱氨酸富集域诱导M2-TAMs凋亡的作用机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体临床试验中验证TB511的安全性和有效性	开发靶向肿瘤微环境中M2样巨噬细胞的精准治疗策略	结直肠癌（CRC）、非小细胞肺癌（NSCLC）和胰腺导管腺癌（PDAC）小鼠模型中的M2样肿瘤相关巨噬细胞	肿瘤免疫治疗	结直肠癌、非小细胞肺癌、胰腺癌	LC-MS/MS分析、表面等离子共振技术、肽-蛋白质相互作用3D建模、空间转录组学	小鼠肿瘤模型、人源化小鼠模型	蛋白质组学数据、转录组学数据、流式细胞术数据	多种实体瘤小鼠模型（具体数量未明确说明）
1283	2025-04-10	Single-cell RNA sequencing identifies endothelial-derived HBEGF as promoting pancreatic beta cell proliferation in mice via the EGFR-Kmt5a-H4K20me pathway 2025-Apr, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-024-06341-y PMID:39694915	research paper	通过单细胞RNA测序技术，研究发现内皮细胞衍生的HBEGF通过EGFR-Kmt5a-H4K20me通路促进小鼠胰腺β细胞增殖	首次揭示了内皮细胞衍生的HBEGF通过Kmt5a-H4K20me信号通路调控β细胞增殖的机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类细胞中进行验证	探索调控β细胞生理性增殖的细胞内和细胞外信号通路	小鼠胰腺β细胞	digital pathology	diabetes	scRNA-seq, RNA-seq	NA	RNA sequencing data	43,724个内分泌和非内分泌细胞（其中15,569个β细胞）
1284	2025-04-10	Origin and stepwise evolution of vertebrate lungs 2025-Apr, Nature ecology & evolution IF:13.9Q1 DOI:10.1038/s41559-025-02642-6 PMID:39953253	research paper	该研究通过分析脊椎动物成年和发育中肺部的单细胞RNA测序数据，揭示了肺部细胞组成、发育轨迹和基因表达模式的显著相似性，并探讨了肺部进化的遗传基础	研究发现软骨鱼类虽无肺部，但存在大量与肺部相关的基因、共表达模式和增强子，表明颌类脊椎动物共同祖先已具备肺部发育的遗传基础，并识别出哺乳动物特有的肺泡1型细胞和基因	研究未涉及肺部功能在进化过程中的具体适应性变化及其生态意义	研究脊椎动物肺部的起源和逐步进化过程	脊椎动物的成年和发育中肺部	进化生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	跨脊椎动物物种的成年和发育中肺部样本
1285	2025-04-10	H1-0 is a specific mediator of the repressive ETV6::RUNX1 transcriptional landscape in preleukemia and B cell acute lymphoblastic leukemia 2025-Apr, HemaSphere IF:7.6Q1 DOI:10.1002/hem3.70116 PMID:40177616	研究论文	本研究揭示了连接组蛋白H1-0在ETV6::RUNX1融合基因诱导的儿童B细胞前体急性淋巴细胞白血病（BCP-ALL）前白血病状态中的关键作用	首次发现H1-0是ETV6::RUNX1转录景观的特异性调节因子，并证明HDAC抑制剂Quisinostat与化疗药物联合治疗的潜在协同效应	研究主要基于hiPSC模型和体外实验，需要进一步体内验证	阐明ETV6::RUNX1+前白血病细胞静默状态的分子机制	ETV6::RUNX1融合基因阳性的BCP-ALL患者样本和hiPSC模型	血液肿瘤学	B细胞急性淋巴细胞白血病	CRISPR/Cas9基因编辑、全转录组分析、双荧光素酶报告基因检测、单细胞测序	hiPSC模型	基因表达数据、转录组数据	1,727例白血病患者样本
1286	2025-04-10	scMUG: deep clustering analysis of single-cell RNA-seq data on multiple gene functional modules 2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf138 PMID:40188497	研究论文	本文介绍了一种名为scMUG的计算流程，用于增强单细胞RNA测序数据的聚类分析	首次将基因功能关联信息整合到单细胞RNA测序聚类分析中，并引入了一种结合局部密度和全局分布的新型相似性度量方法	未明确提及具体限制	解决单细胞RNA测序数据的高维稀疏性问题，提高聚类分析性能	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	九个人类单细胞RNA测序数据集
1287	2025-04-10	Cellular heterogeneity in metabolism and associated microbiome of a non-model phytoflagellate 2025-Jan-02, The ISME journal DOI:10.1093/ismejo/wraf046 PMID:40057978	research paper	本研究利用单细胞转录组学技术探究了非模型微真核生物Ochromonas triangulata的代谢异质性及其相关微生物组	首次在缺乏参考基因组的非模型微真核生物中应用单细胞转录组学，揭示了与不同生长阶段相关的代谢状态和微生物组相互作用	研究对象仅限于单一微真核生物物种，未验证在其他非模型生物中的普适性	探索非模型微真核生物的代谢异质性和微生物组相互作用	Ochromonas triangulata微真核生物及其共培养细菌群落	单细胞转录组学	NA	Smart-seq2单细胞转录组测序	NA	单细胞转录组数据	单个微真核生物物种及其共培养细菌群落
1288	2025-04-10	Single-cell transcriptomics reveals immunosuppressive microenvironment and highlights tumor-promoting macrophage cells in Glioblastoma 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0312764 PMID:40193323	research paper	该研究通过单细胞转录组学揭示了胶质母细胞瘤中的免疫抑制微环境，并突出了肿瘤促进性巨噬细胞亚型	鉴定了五种不同的肿瘤相关巨噬细胞亚型，并发现TAM_MRC1亚型具有明显的M2极化特征，同时识别出一种具有耗竭表型的NK细胞亚型CD56dim_DNAJB1	样本量相对较小（24名患者的48个肿瘤片段），且研究仅关注了转录组层面的特征	探索胶质母细胞瘤微环境中的细胞异质性和复杂性，以寻找更有效的免疫治疗靶点	胶质母细胞瘤患者的肿瘤组织和其中的免疫细胞	digital pathology	glioblastoma	single-cell transcriptomics	NA	single-cell RNA sequencing data	48个肿瘤片段（来自24名胶质母细胞瘤患者）
1289	2025-04-10	The single-cell transcriptional landscape of lung cells from PCV2d-infected mice 2025, Frontiers in microbiology IF:4.0Q2 DOI:10.3389/fmicb.2025.1554961 PMID:40196036	研究论文	通过单细胞RNA测序技术分析PCV2d感染小鼠肺组织中10种细胞类型的转录组变化	首次系统性地研究了PCV2d感染后小鼠肺组织中不同细胞类型的转录组变化，并建立了全面的标记基因目录	研究仅使用BALB/c小鼠模型，可能无法完全反映猪类宿主的感染情况	研究PCV2d亚型的生物学特性及其引起的免疫反应机制	PCV2d感染的小鼠肺组织细胞	生物信息学	猪圆环病毒感染	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据	PCV2d感染和未感染的BALB/c小鼠肺组织细胞
1290	2025-04-10	Exploring the mechanism of action of succinic acid in ovarian cancer via single-cell sequencing of the tumor immune microenvironment 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1535504 PMID:40196737	研究论文	通过单细胞测序技术探索琥珀酸在卵巢癌肿瘤免疫微环境中的作用机制	利用单细胞测序技术分析琥珀酸在卵巢癌中的潜在靶点和治疗机制，揭示了关键枢纽基因SPP1、SLPI和CD9的表达模式	研究仅基于生物信息学和单细胞测序数据，缺乏体内或体外实验验证	探索琥珀酸在卵巢癌中的潜在治疗靶点和作用机制	卵巢癌患者的肿瘤免疫微环境	数字病理学	卵巢癌	单细胞测序技术	NA	基因表达数据	卵巢癌患者和正常个体的单细胞测序数据
1291	2025-04-10	Synthetic control removes spurious discoveries from double dipping in single-cell and spatial transcriptomics data analyses 2024-Dec-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.07.21.550107 PMID:37546812	research paper	本文提出了一种名为ClusterDE的统计方法，用于在单细胞和空间转录组数据分析中识别可靠的细胞类型和空间域标记基因，同时控制假发现率	ClusterDE通过生成合成零数据作为阴性对照，有效检测并消除由双重分析引起的虚假发现，提高了标记基因的可靠性	未明确提及具体局限性	解决单细胞和空间转录组数据分析中双重分析导致的假阳性标记基因问题	单细胞和空间转录组数据中的细胞类型和空间域标记基因	生物信息学	NA	单细胞和空间转录组数据分析	ClusterDE	单细胞和空间转录组数据	未明确提及具体样本量
1292	2025-04-10	An integrated single-nucleus and spatial transcriptomics atlas reveals the molecular landscape of the human hippocampus 2024-Dec-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.26.590643 PMID:38712198	研究论文	通过整合单核和空间转录组学数据，揭示了人类海马的分子景观	结合空间分辨转录组学（SRT）和单核RNA测序（snRNA-seq）数据，首次定义了海马细胞类型和空间域的分子特征	研究样本仅来自10名成年神经典型供体，可能限制结果的普遍性	揭示人类海马体的分子特征及其与空间组织的关系	人类海马体组织	生物信息学	NA	空间分辨转录组学（SRT）、单核RNA测序（snRNA-seq）、非负矩阵分解（NMF）	NMF	转录组数据	10名成年神经典型供体的海马体组织
1293	2025-04-10	Mucosal Single-Cell Profiling of Crohn's-Like Disease of the Pouch Reveals Unique Pathogenesis and Therapeutic Targets 2024-Dec, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2024.07.025 PMID:39084267	research paper	通过单细胞分析研究克罗恩样袋病（CDP）的黏膜细胞，揭示其独特的发病机制和治疗靶点	首次使用单细胞RNA测序和质谱流式技术对CDP患者黏膜细胞进行深入分析，发现内质网应激在CDP中的重要作用	样本量相对有限（50例患者），且仅针对特定患者群体（有溃疡性结肠炎病史的患者）	探究克罗恩样袋病（CDP）的发病机制并寻找潜在治疗靶点	接受回肠袋-肛门吻合术的50例患者的黏膜细胞（包括正常回肠袋和CDP患者）	digital pathology	inflammatory bowel disease	single-cell RNA sequencing, mass cytometry, immunohistochemistry	NA	single-cell RNA sequencing data, mass cytometry data	50例接受回肠袋-肛门吻合术的患者（包括正常回肠袋和CDP患者）
1294	2025-04-10	scRNA-Seq reveals age-dependent microglial evolution as a determinant of immune response following spinal cord injury 2024-12, Brain research bulletin IF:3.5Q2 DOI:10.1016/j.brainresbull.2024.111116 PMID:39515654	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了脊髓损伤后不同年龄组小胶质细胞的亚型及其功能差异	首次系统性地鉴定了脊髓损伤后年龄依赖性小胶质细胞亚型演化及其免疫功能差异	研究主要基于生物信息学分析，动物模型验证样本量有限	探究年龄因素如何通过小胶质细胞亚型影响脊髓损伤后的免疫反应	脊髓损伤后的小胶质细胞	生物信息学	脊髓损伤	scRNA-seq, 免疫荧光染色	伪时间轨迹分析, CellChat细胞通讯分析	基因表达数据	整合GEO数据库中多个数据集的小鼠模型样本
1295	2025-04-10	Single-Cell Proteomic and Transcriptomic Characterization of Drug-Resistant Prostate Cancer Cells Reveals Molecular Signatures Associated with Morphological Changes 2024-Oct-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.23.619905 PMID:39553982	研究论文	本研究通过单细胞蛋白质组学和转录组学技术，揭示了耐药前列腺癌细胞中与形态变化相关的分子特征	采用优化的高通量DIA方法进行单细胞蛋白质组分析，平均每个细胞鉴定和定量超过1,300种蛋白质，并结合scRNA-seq数据发现了一致性改变的基因	样本量相对较小（每天60个样本），且仅针对PC3细胞系进行研究	探究耐药前列腺癌细胞的蛋白质组特征及其与形态变化的关联	耐药前列腺癌细胞（DRCs）和亲本PC3细胞	单细胞组学	前列腺癌	单细胞蛋白质组学（SCP）、数据非依赖采集（DIA）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	蛋白质组数据、转录组数据	每天60个样本（具体总数未明确说明）
1296	2025-04-10	Investigating the mechanisms of inflammation and immune alterations in Parkinson's disease using spatial transcriptomics techniques 2024-10-15, Brain research bulletin IF:3.5Q2 DOI:10.1016/j.brainresbull.2024.111076 PMID:39306046	研究论文	本研究利用空间转录组学技术探究帕金森病中炎症和免疫改变的机制	首次在MPTP诱导的帕金森病小鼠模型中应用空间转录组学技术，揭示了中脑黑质区域的病理变化与铁死亡之间的关联	研究仅基于小鼠模型，未在人类样本中验证	探究帕金森病中炎症和免疫改变的分子机制	MPTP诱导的帕金森病小鼠模型	空间转录组学	帕金森病	空间转录组测序	MPTP诱导的小鼠模型	转录组数据	未明确说明样本数量
1297	2025-04-10	Deciphering brain cellular and behavioral mechanisms: Insights from single-cell and spatial RNA sequencing 2024 Jul-Aug, Wiley interdisciplinary reviews. RNA DOI:10.1002/wrna.1865 PMID:38972934	综述	本文综述了单细胞RNA测序和空间转录组学在脑研究中的应用及其潜在问题和挑战	深入探讨了单细胞和空间RNA测序与神经科学多个方向的整合潜力，包括神经发育、新型脑微结构识别等	未具体说明数据处理中的具体技术限制或样本量限制	理解单个细胞或细胞类型在特定脑功能中的作用	脑细胞及其在脑功能中的作用	神经科学	NA	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	RNA测序数据	NA
1298	2025-04-10	Spatial transcriptomics unravels palmitoylation and zonation-dependent gene regulation by AEG-1 in mouse liver 2024-06, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2024.107322 PMID:38677511	研究论文	本研究通过空间转录组学技术，揭示了AEG-1蛋白棕榈酰化及其在小鼠肝脏分区依赖性基因调控中的作用	首次利用空间转录组学技术解析AEG-1棕榈酰化对肝脏分区特异性基因调控的影响	研究仅针对小鼠模型，人类肝脏中的情况尚需进一步验证	阐明棕榈酰化如何影响AEG-1介导的肝脏分区特异性基因调控	AEG-1-WT和AEG-1-C75S突变型小鼠的肝脏组织	空间转录组学	肝癌	空间转录组学(ST)	基因敲入小鼠模型	空间转录组数据	AEG-1-WT和AEG-1-C75S同窝小鼠的肝脏样本
1299	2025-04-10	Conditional deletion of miR-204 and miR-211 in murine retinal pigment epithelium results in retinal degeneration 2024-06, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2024.107344 PMID:38705389	研究论文	本研究通过条件性删除小鼠视网膜色素上皮中的miR-204和miR-211，探讨了这些microRNA在视网膜功能维持中的作用及其缺失导致的视网膜退化	首次在成年小鼠中实现了视网膜色素上皮特异性条件性敲除miR-204和miR-211家族，揭示了这些microRNA在维持视网膜功能中的关键作用及其缺失导致的神经视网膜炎症和退化	研究仅限于小鼠模型，人类视网膜中的具体作用机制仍需进一步验证	探究miR-204和miR-211家族在视网膜色素上皮和神经视网膜功能维持中的作用机制	条件性敲除miR-204和miR-211的小鼠视网膜色素上皮和神经视网膜	分子生物学	视网膜退化性疾病	条件性基因敲除、光学相干断层扫描、单细胞RNA测序	条件性基因敲除小鼠模型	基因表达数据、影像数据	两种条件性KO小鼠品系
1300	2025-04-10	Hematopoietic stem and progenitor cells confer cross-protective trained immunity in mouse models 2023-Sep-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.107596 PMID:37664586	research paper	该研究探讨了造血干细胞和祖细胞（HSPCs）在小鼠模型中通过训练免疫机制赋予交叉保护性免疫的能力	揭示了HSPCs在感染后通过异质性激活干扰素γ反应基因和稀有细胞群扩增，赋予骨髓来源巨噬细胞增强功能并实现对抗原性不同病原体的交叉保护	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究HSPCs在训练免疫中的特异性作用和细胞类型	小鼠造血干细胞和祖细胞（HSPCs）及其衍生的巨噬细胞	免疫学	感染性疾病	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明小鼠数量，但涉及多种病原体挑战实验