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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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1281 | 2025-10-05 |
A single-cell and spatial RNA-seq database for Alzheimer's disease (ssREAD)
2024-Jun-06, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-49133-z
PMID:38844475
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研究论文 | 介绍了一个专门用于阿尔茨海默病的单细胞和空间RNA-seq数据库ssREAD | 提供了更广泛的AD相关数据集、优化的分析流程和改善的可用性,整合了大量单细胞和空间转录组数据 | NA | 解决阿尔茨海默病研究中单细胞和空间转录组数据缺乏综合性用户友好存储库的问题 | 阿尔茨海默病患者和模型动物的脑组织样本 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序,单核RNA测序,空间转录组学 | NA | RNA测序数据,空间转录组数据 | 1,053个样本(277个整合数据集)包含7,332,202个细胞,以及381个空间转录组数据集 | NA | 单细胞RNA-seq,单核RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
1282 | 2025-10-05 |
Dimension-agnostic and granularity-based spatially variable gene identification using BSP
2023-11-14, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-43256-5
PMID:37963892
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研究论文 | 提出了一种名为BSP的空间可变基因识别方法,能够处理二维和三维空间转录组数据 | 开发了非参数模型BSP,通过比较两个空间粒度的基因表达模式来识别空间可变基因,支持三维数据分析 | NA | 开发能够有效识别空间可变基因的计算方法 | 空间转录组数据中的基因表达模式 | 空间转录组学 | 癌症, 神经科学, 类风湿关节炎, 肾脏疾病 | 空间转录组技术 | 非参数模型 | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
1283 | 2025-10-05 |
LRT: Integrative analysis of scRNA-seq and scTCR-seq data to investigate clonal differentiation heterogeneity
2023-07, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1011300
PMID:37428794
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研究论文 | 开发了LRT计算框架,整合分析scRNA-seq和scTCR-seq数据以研究T细胞克隆分化异质性 | 首次提出整合scRNA-seq和scTCR-seq数据的计算方法,能够识别具有不同分化偏倚的克隆型簇 | NA | 探索T细胞克隆分化轨迹异质性 | CD8+ T细胞和CD4+ T细胞 | 生物信息学 | 病毒感染 | 单细胞RNA测序, 单细胞T细胞受体测序 | NA | 单细胞转录组数据, T细胞受体序列数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq, single-cell TCR-seq | NA | NA |
1284 | 2025-10-05 |
Melatonin modulates the hypothalamic-pituitary neuroendocrine axis to regulate physiological color change in teleost fish
2023, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.81055
PMID:37324950
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研究论文 | 本研究揭示褪黑素通过激活多种受体调控下丘脑-垂体神经内分泌轴,介导硬骨鱼生理性体色变化的分子机制 | 首次在海洋硬骨鱼中系统解析褪黑素信号系统的多重细胞内信号通路,并发现MT/MCH和MT/(TAC1+CRH)/MSH两条新型调控通路 | 研究仅聚焦于大黄鱼这一特定物种,其发现是否适用于其他硬骨鱼类仍需验证 | 探究褪黑素信号系统在硬骨鱼生理性体色变化中的调控机制 | 大黄鱼(海洋硬骨鱼)及其褪黑素受体信号通路 | 神经内分泌学 | NA | 单细胞RNA测序,药理学实验,配体-受体相互作用分析 | NA | 基因表达数据,空间表达模式数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
1285 | 2025-10-05 |
Structural and temporal dynamics analysis of PD-1/PD-L1 immunotherapy in hepatocellular carcinoma: History, research hotspots, and emerging trends
2025-Dec, Human vaccines & immunotherapeutics
IF:4.1Q2
DOI:10.1080/21645515.2025.2540143
PMID:40820303
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研究论文 | 通过文献计量学方法分析肝细胞癌PD-1/PD-L1免疫治疗领域的历史演变、研究热点和新兴趋势 | 首次系统性地对肝细胞癌PD-1/PD-L1免疫治疗领域进行结构性和时间动态分析,识别出五个新兴子领域 | 仅基于Web of Science数据库文献,可能存在发表偏倚 | 探索肝细胞癌PD-1/PD-L1免疫治疗的历史发展、研究热点和新兴趋势 | 肝细胞癌PD-1/PD-L1免疫治疗相关研究文献 | 文献计量学 | 肝细胞癌 | 文献计量分析,聚类分析 | CiteSpace,HistCite | 文献数据 | 2804篇论文,涉及13796位作者和2659个机构 | NA | NA | NA | NA |
1286 | 2025-10-05 |
Biomaterial-mediated Cell Atlas: an insight from single-cell and spatial transcriptomics
2025-Dec, Bioactive materials
IF:18.0Q1
DOI:10.1016/j.bioactmat.2025.07.047
PMID:40821937
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综述 | 介绍'生物材料介导的细胞图谱'概念并总结单细胞和空间转录组学在生物材料研究中的最新进展 | 提出'生物材料介导的细胞图谱'新概念,将人类细胞图谱框架扩展到生物材料介导的细胞响应研究 | 当前方法学存在固有挑战,生物体内细胞-材料相互作用的复杂机制尚未完全解析 | 探索生物材料与细胞相互作用的分子机制并指导材料设计 | 生物材料介导的细胞响应和细胞-材料相互作用 | 空间转录组学 | NA | 单细胞转录组学, 空间转录组学 | NA | 转录组数据, 空间位置数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
1287 | 2025-10-05 |
CRCs-CAFs crosstalk-targeted nano-delivery system reprograms tumor microenvironment for oxaliplatin resistance reversing and liver metastasis inhibition in colorectal cancer
2025-Dec, Bioactive materials
IF:18.0Q1
DOI:10.1016/j.bioactmat.2025.08.002
PMID:40837498
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研究论文 | 开发了一种靶向CRCs-CAFs串扰的纳米递送系统,通过重编程肿瘤微环境逆转奥沙利铂耐药并抑制结直肠癌肝转移 | 创新构建了透明质酸修饰的MIL-100纳米颗粒共载OXA和EGCG,首次通过靶向CRCs-CAFs串扰实现代谢和微环境双重重编程 | NA | 开发突破结直肠癌肝转移治疗瓶颈的新策略,同时实现原发灶药物增敏和肝转移抑制 | 结直肠癌细胞(CRCs)、癌症相关成纤维细胞(CAFs)、肝星状细胞(HSCs) | 纳米医学 | 结直肠癌 | RNA测序、单细胞测序、纳米技术 | NA | 测序数据、实验数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1288 | 2025-10-05 |
Tanshinone IIA suppresses fibro-adipogenic progenitor differentiation and attenuates fat infiltration in rotator cuff injury via Wnt/β-catenin pathway
2025-Dec, Regenerative therapy
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.reth.2025.08.004
PMID:40837862
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研究论文 | 本研究探讨丹参酮IIA通过Wnt/β-catenin通路抑制纤维脂肪祖细胞分化并减轻肩袖损伤中脂肪浸润的作用 | 首次揭示丹参酮IIA通过激活Wnt/β-catenin通路特异性抑制纤维脂肪祖细胞的脂肪生成分化 | 研究主要基于细胞和动物模型,尚未进行人体临床试验验证 | 探究丹参酮IIA对肩袖损伤后脂肪浸润的治疗作用及机制 | 人类纤维脂肪祖细胞和肩袖撕裂动物模型 | 分子生物学 | 肩袖损伤 | 流式细胞分选, 单细胞RNA测序, RT-qPCR, Western blot, 油红O染色 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据, 图像数据 | 人类FAPs细胞和肩袖撕裂动物模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1289 | 2025-10-05 |
RAB26 promotes prostate cancer progression via the MAPK/ERK-TWIST1 signaling axis
2025-Nov, Genes & diseases
IF:6.9Q1
DOI:10.1016/j.gendis.2025.101689
PMID:40821113
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研究论文 | 本研究揭示RAB26通过MAPK/ERK-TWIST1信号轴促进前列腺癌进展的分子机制 | 首次阐明RAB26在前列腺癌中通过调控MAPK/ERK通路激活TWIST1表达诱导上皮间质转化的新机制 | NA | 探究RAB26在前列腺癌进展中的功能作用和分子机制 | 前列腺癌细胞 | 癌症研究 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序, 转录序列分析 | NA | 单细胞RNA测序数据, 实验数据 | 数据集GSE141445 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1290 | 2025-10-05 |
Integrated analysis of single-cell RNA-seq and ATAC-seq in lens epithelial cells: Unveiling the role of ATF6 as a key transcription factor
2025-Nov, Genes & diseases
IF:6.9Q1
DOI:10.1016/j.gendis.2025.101610
PMID:40837408
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研究论文 | 通过整合分析单细胞RNA测序和ATAC测序数据,揭示ATF6作为关键转录因子在晶状体上皮细胞稳态维持和上皮-间质转化中的作用 | 首次在单细胞分辨率下整合scRNA-seq和scATAC-seq数据研究晶状体上皮细胞发育,发现ATF6在EMT过程中的关键调控作用 | 研究仅基于9-23周胎儿眼组织数据,缺乏成人样本验证 | 探究晶状体上皮细胞中上皮-间质转化的分子机制 | 胎儿晶状体上皮细胞 | 单细胞组学 | 白内障 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | 轨迹分析 | 单细胞转录组数据, 染色质可及性数据 | 9-23周胎儿眼组织(来自先前发表研究) | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
1291 | 2025-10-05 |
NR4A3high mast cells promote ovarian cancer metastasis by reprogramming tumor-associated macrophages via JAK2/STAT6 signaling
2025-Oct, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2025.102494
PMID:40789260
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序发现NR4A3高表达的肥大细胞通过JAK2/STAT6信号通路促进卵巢癌转移 | 首次鉴定NR4A3作为调控肥大细胞功能的关键分子,揭示其通过CXCL16/IL-8诱导巨噬细胞M2极化的新机制 | 样本量较小(仅6例患者组织),主要基于小鼠模型验证机制 | 探究肥大细胞在卵巢癌转移中的作用机制 | 卵巢癌组织、肥大细胞、巨噬细胞 | 单细胞生物学 | 卵巢癌 | scRNA-seq | NA | 单细胞转录组数据 | 6例上皮性卵巢癌组织(3例原发灶,3例转移灶) | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
1292 | 2025-10-05 |
Neuroactive network tissue based on dual-factor neuroregenerative bioactive coating scaffolds and neural stem cells for spinal cord injury repair
2025-Oct, Materials today. Bio
DOI:10.1016/j.mtbio.2025.102172
PMID:40822932
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研究论文 | 本研究开发了一种基于双因子神经再生生物活性涂层支架和神经干细胞的神经活性网络组织用于修复脊髓损伤 | 基于仿生贻贝粘附单元将双重组生长因子固定在定向电纺纳米纤维支架上,构建能持续刺激神经干细胞旁分泌功能的新型神经活性网络组织 | NA | 开发有效的脊髓损伤修复策略 | 脊髓损伤修复 | 组织工程 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序,电纺纳米纤维技术 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1293 | 2025-10-05 |
Single-cell transcriptomic analysis of interactions of peritoneal mesenchymal stem cells with macrophages in prevention of peritoneal membrane injury
2025-Sep-25, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2025.152491
PMID:40829206
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析研究腹膜间充质干细胞与巨噬细胞相互作用预防腹膜损伤的机制 | 首次使用单细胞RNA测序技术揭示pMSCs通过调控巨噬细胞亚群预防腹膜损伤的细胞互作机制 | 研究仅基于大鼠模型,尚未在人体验证;样本量有限 | 探究腹膜间充质干细胞与巨噬细胞在预防腹膜透析诱导的腹膜损伤中的相互作用机制 | Sprague-Dawley大鼠的腹膜组织和巨噬细胞 | 单细胞转录组学 | 腹膜损伤 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,共培养实验 | NA | 单细胞转录组数据,流式细胞数据 | 大鼠模型,具体数量未明确说明 | Illumina | 单细胞RNA-seq | HiSeq X10 | HiSeq X Ten测序平台 |
1294 | 2025-10-05 |
Rutaecarpine alleviates liver fibrosis by modulating the TRPV1/Connexin 43 axis: A study based on transcriptome data, single-cell sequencing data, and cell experiments
2025-Sep-25, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2025.152506
PMID:40848544
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研究论文 | 本研究基于转录组数据、单细胞测序数据和细胞实验,探讨吴茱萸碱通过调节TRPV1/Connexin 43轴缓解肝纤维化的机制 | 首次揭示TRPV1与Cx43在肝纤维化中的负相关关系,并发现吴茱萸碱通过调节TRPV1/Cx43轴发挥治疗作用 | 研究主要基于GSE84044数据集和LPS诱导的细胞模型,需要更多临床样本验证 | 探索吴茱萸碱缓解肝纤维化的潜在分子机制 | 肝纤维化相关基因TRPV1和Connexin 43 | 生物信息学 | 肝纤维化 | 转录组分析,单细胞测序,分子对接,细胞实验 | 逻辑回归模型,ROC曲线分析 | 基因表达数据,单细胞测序数据 | GSE84044数据集 | NA | 单细胞RNA-seq,转录组测序 | NA | NA |
1295 | 2025-10-05 |
Chronic kidney disease facilitates TNF-α + neutrophils dysfunction and progression in oral squamous cell carcinoma
2025-Sep-23, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2025.115184
PMID:40644859
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研究论文 | 本研究探讨慢性肾脏病通过TNF-α+中性粒细胞功能障碍促进口腔鳞状细胞癌进展的机制 | 首次揭示慢性肾脏病通过改变TNF-α+中性粒细胞功能并调控Tregs和CTLs促进口腔鳞癌进展的免疫机制 | 样本量有限(52例患者),动物模型与人类疾病存在差异 | 探究慢性肾脏病在口腔鳞状细胞癌进展中的作用机制 | 口腔鳞状细胞癌患者(含慢性肾脏病与非慢性肾脏病组)和小鼠模型 | 肿瘤免疫学 | 口腔鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序,多色免疫荧光,体外细胞实验 | 小鼠皮下肿瘤模型 | RNA测序数据,免疫荧光图像,临床数据 | 52例口腔鳞癌患者(23例伴慢性肾脏病),小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1296 | 2025-10-05 |
Single-cell transcriptomics of neuroinflammation and cerebrovascular endothelial cells in the aged rat hippocampus
2025-Sep-19, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.113332
PMID:40933643
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序分析老年大鼠海马体神经炎症的细胞景观,重点关注脑血管内皮细胞的作用 | 首次在老年大鼠模型中揭示神经炎症期间脑血管内皮细胞的转录组变化特征,并发现REDD1基因在氧化应激中的关键作用 | 研究仅关注LPS注射后第3天的时间点,缺乏动态观察;样本量有限 | 阐明围手术期神经认知障碍中神经炎症的细胞分子机制 | 老年大鼠海马体细胞 | 单细胞生物学 | 神经认知障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 老年大鼠海马体细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1297 | 2025-10-05 |
Decoding the gut microbiota metabolite-matrix metalloproteinase-3 axis in breast cancer: a multi-omics and network pharmacology study
2025-Sep-14, Molecular diversity
IF:3.9Q2
DOI:10.1007/s11030-025-11351-y
PMID:40946247
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研究论文 | 通过多组学和网络药理学方法研究肠道微生物代谢物与基质金属蛋白酶-3在乳腺癌中的相互作用 | 首次发现并验证了肠道微生物代谢物与MMP3之间的相互作用轴,揭示了8种无毒微生物代谢物与MMP3的强结合亲和力 | 研究结果需要后续体外和体内实验验证 | 系统研究微生物代谢物与其靶标在乳腺癌中的关键相互作用 | 肠道微生物代谢物与基质金属蛋白酶-3(MMP3) | 机器学习 | 乳腺癌 | 网络药理学、机器学习、SHAP分析、单细胞RNA测序、孟德尔随机化、分子对接 | 机器学习模型 | 多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1298 | 2025-10-05 |
Tuberculosis susceptibility in genetically diverse mice reveals functional diversity of neutrophils
2025-Sep-12, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.102441
PMID:40937719
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研究论文 | 本研究利用19种地理来源多样的野生近交系小鼠,探索结核病易感性的功能多样性,特别是中性粒细胞的作用 | 发现野生来源小鼠对结核分枝杆菌感染的异质性免疫反应,识别出与感染控制失败相关的新型中性粒细胞特征 | 研究仅使用小鼠模型,结果向人类转化的适用性有待验证 | 探究结核病易感性的遗传和免疫机制 | 19种野生来源近交系小鼠 | 免疫学 | 结核病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 19种小鼠品系 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
1299 | 2025-10-05 |
The citrullinating enzyme PADI4 governs progenitor cell proliferation and translation in developing hair follicles
2025-Sep-12, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adx4511
PMID:40938992
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研究论文 | 本研究揭示了瓜氨酸化酶PADI4通过调控翻译抑制因子4E-BP1影响毛囊发育过程中祖细胞增殖和翻译的分子机制 | 首次阐明PADI4通过瓜氨酸化翻译抑制因子4E-BP1并与其磷酸化形成交叉对话,调控毛囊祖细胞状态转换的新机制 | 研究主要聚焦于毛囊发育模型,在其他组织或病理状态下的普适性仍需验证 | 探究翻译后修饰在组织形成过程中调控祖细胞状态转换的分子机制 | 小鼠毛囊发育过程中的祖细胞和分化细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1300 | 2025-10-05 |
CLL to Richter syndrome: Integrating network strategies with experiments elucidating disease drivers and personalized therapies
2025-Sep-12, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adu7705
PMID:40938978
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研究论文 | 本研究通过整合数学逻辑建模与实验数据,建立了首个慢性淋巴细胞白血病向Richter综合征转化的动态计算模型 | 开发了首个疾病转化的计算机动态模型,整合数学建模与多组学实验数据识别疾病驱动因素 | 动物模型和细胞系资源有限,可能影响转化机制的全面理解 | 研究慢性淋巴细胞白血病向Richter综合征转化的机制并探索个性化治疗靶点 | 慢性淋巴细胞白血病患者、Richter综合征患者、FFPE组织样本 | 计算生物学 | 淋巴瘤 | 单细胞RNA测序、数学逻辑建模 | 动态计算模型 | 单细胞RNA测序数据、FFPE组织数据 | CLL/RS患者FFPE组织队列 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |