单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 1281 - 1300 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1281 | 2025-10-05 |
OmnibusX: A unified platform for accessible multi-omics analysis
2025-Sep, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1013480
PMID:40920823
|
研究论文 | 介绍OmnibusX——一个集成化、注重隐私的统一平台，用于简化多组学数据分析 | 将碎片化的分析工具整合为统一平台，提供代码免费的多组学数据分析，具有高精度细胞类型预测引擎和交互式绘图编辑器 | NA | 降低多组学数据分析的技术门槛，提高研究可重复性 | 多组学数据分析平台 | 生物信息学 | NA | 多组学分析 | NA | 多组学数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq, single-cell ATAC-seq, spatial transcriptomics | OmnibusX | 集成Scanpy、DESeq2、SciPy、scikit-learn等开源工具的桌面应用和企业版服务器部署 |
| 1282 | 2025-10-05 |
Cytotoxic CX3CR1+ Vδ1 T cells clonally expand in an interplay of CMV, microbiota, and HIV-1 persistence in people on antiretroviral therapy
2025-Sep, PLoS pathogens
IF:5.5Q1
DOI:10.1371/journal.ppat.1013489
PMID:40920867
|
研究论文 | 本研究揭示了HIV-1感染者中Vδ1 γδ T细胞的克隆扩增机制及其与CMV、微生物组和HIV-1病毒库控制的关联 | 首次在单细胞水平系统解析HIV-1感染者Vδ1 T细胞的表型、功能、转录组和受体库特征，并阐明其与CMV、微生物组的相互作用 | 样本量有限（15名HIV-1感染者和15名对照），仅关注十二指肠和血液样本 | 探究HIV-1感染者Vδ1 T细胞的扩增机制及其在控制HIV-1病毒库中的作用 | HIV-1感染者和HIV血清阴性对照者的血液和十二指肠上皮内淋巴细胞 | 免疫学 | HIV-1感染 | 单细胞转录组测序，表型分析，功能分析 | NA | 单细胞转录组数据，流式细胞术数据 | 30人（15名HIV-1感染者，15名对照） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1283 | 2025-10-05 |
Repopulating Microglia Suppress Peripheral Immune Cell Infiltration to Promote Poststroke Recovery
2025-Sep, CNS neuroscience & therapeutics
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/cns.70565
PMID:40931631
|
研究论文 | 本研究探讨通过PLX5622短暂清除后再增殖的小胶质细胞如何通过抑制外周免疫细胞浸润促进脑卒中后神经功能恢复 | 首次采用小胶质细胞清除-再增殖范式，证明再增殖小胶质细胞通过重塑免疫微环境促进卒中后恢复 | 研究仅关注急性期干预效果，长期效果和临床转化潜力需进一步验证 | 开发同时抑制有害炎症级联反应和促进神经修复过程的创新治疗策略 | 缺血性脑卒中后的小胶质细胞和免疫微环境 | 神经科学 | 缺血性脑卒中 | 单细胞转录组学, 行为学测试, 细胞因子阵列, 流式细胞术, 免疫荧光 | NA | 单细胞RNA测序数据, 行为学数据, 细胞表型数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1284 | 2025-10-05 |
Single-cell transcriptomic profiling reveals distinct tumor microenvironments in HPV-associated penile squamous cell carcinoma
2025-Sep, Precision clinical medicine
IF:5.1Q1
DOI:10.1093/pcmedi/pbaf013
PMID:40936798
|
研究论文 | 通过单细胞转录组测序揭示HPV相关阴茎鳞状细胞癌中独特的肿瘤微环境特征 | 首次在单细胞水平系统描绘阴茎鳞状细胞癌的肿瘤微环境，并揭示HPV阳性与阴性肿瘤在免疫细胞组成和功能状态上的显著差异 | 样本量相对较小（11例患者），且仅分析了初治患者 | 阐明HPV状态对阴茎鳞状细胞癌肿瘤微环境的影响机制 | 11例初治阴茎鳞状细胞癌患者的肿瘤组织 | 数字病理学 | 阴茎癌 | 单细胞RNA测序 | 无监督聚类分析 | 单细胞转录组数据 | 11例患者，共52,980个单细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1285 | 2025-10-05 |
Analysis of immune cell infiltration landscape and identification of diagnostic biomarkers in ankylosing spondylitis
2025-Sep, APL bioengineering
IF:6.6Q1
DOI:10.1063/5.0252297
PMID:40936943
|
研究论文 | 通过生物信息学分析和实验验证鉴定强直性脊柱炎中免疫细胞相关诊断生物标志物 | 首次结合多种生物信息学方法和实验验证鉴定出CX3CR1等三个免疫细胞相关生物标志物在强直性脊柱炎中的诊断价值 | 研究样本量有限，主要依赖公共数据库数据，需要更大规模临床样本验证 | 筛选和验证强直性脊柱炎中免疫细胞相关的诊断生物标志物 | 强直性脊柱炎患者和对照样本的基因表达数据 | 生物信息学 | 强直性脊柱炎 | 差异表达分析,免疫细胞浸润分析,WGCNA,ROC分析,RT-qPCR,免疫荧光染色,单细胞RNA测序 | 加权基因共表达网络分析 | 基因表达数据 | 三个GEO数据集(GSE25101,GSE41038,GSE73754,GSE194315) | NA | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | NA | NA |
| 1286 | 2025-10-05 |
Plasma proteomic signature for preoperative prediction of microvascular invasion in HCC
2025-Sep, JHEP reports : innovation in hepatology
IF:9.5Q1
DOI:10.1016/j.jhepr.2025.101481
PMID:40823177
|
研究论文 | 本研究通过血浆蛋白质组学分析开发了用于术前预测肝细胞癌微血管侵犯风险的血液检测工具 | 首次发现TALDO1、PDIA3和PGK1三个血浆蛋白生物标志物，并建立了基于机器学习的PRIM预测模型 | 样本量相对有限（160例患者），需要更大规模的前瞻性研究验证 | 开发术前非侵入性预测肝细胞癌微血管侵犯的方法 | 肝细胞癌患者 | 生物医学 | 肝细胞癌 | 数据非依赖性采集质谱，单细胞RNA测序，ELISA | 机器学习模型 | 蛋白质组数据，RNA测序数据 | 160例HCC患者（80例MVI阳性，80例MVI阴性），来自四个医疗中心 | NA | 质谱分析，单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1287 | 2025-10-05 |
Deciphering tryptophan metabolism in colorectal cancer through multi-omics analysis
2025-Sep, Biochemistry and biophysics reports
IF:2.3Q3
DOI:10.1016/j.bbrep.2025.102157
PMID:40836965
|
研究论文 | 通过多组学分析揭示色氨酸代谢在结直肠癌中的关键作用及其与肿瘤免疫微环境的关联 | 整合非靶向代谢组学、靶向代谢组学和单细胞RNA测序数据，首次系统阐明色氨酸代谢在结直肠癌中的调控机制及其与M2巨噬细胞极化的直接因果关系 | 研究主要基于回顾性队列分析，需要进一步的前瞻性研究验证临床适用性 | 探究色氨酸代谢在结直肠癌发生发展中的作用机制 | 结直肠癌组织及配对癌旁组织 | 多组学分析 | 结直肠癌 | 非靶向代谢组学, 靶向代谢组学, 单细胞RNA测序, 机器学习 | 多种机器学习算法 | 代谢组数据, 转录组数据 | 多个独立队列的结直肠癌样本 | NA | 单细胞RNA测序, 代谢组学 | NA | NA |
| 1288 | 2025-10-05 |
Ginsenoside Rb1 attenuates coronary microvascular inflammatory injury via NDUFS4-SIRT5-DUSP1-mediated mitochondrial quality control in a murine ischemia-reperfusion model
2025-Sep, Journal of ginseng research
IF:6.8Q1
DOI:10.1016/j.jgr.2025.04.006
PMID:40843019
|
研究论文 | 本研究探讨人参皂苷Rb1通过NDUFS4-SIRT5-DUSP1轴调控线粒体质量控制网络，减轻小鼠缺血再灌注模型中冠状动脉微血管炎性损伤的分子机制 | 首次揭示人参皂苷Rb1通过NDUFS4-SIRT5-DUSP1信号轴调控线粒体质量控制网络在冠状动脉疾病中的保护作用机制 | 研究主要基于小鼠模型和细胞实验，临床转化价值需进一步验证 | 探究人参皂苷Rb1在缺血再灌注损伤中对内皮细胞的保护作用机制 | 小鼠模型（SIRT5CKO/TG和NDUFS4CKO/TG）、细胞模型（Si-DUSP-1/ad-DUSP-1和si-SIRT5/ad-SIRT5） | 分子生物学 | 冠状动脉疾病 | 单细胞转录组测序、基因修饰技术、荧光检测、线粒体膜电位测定、RT-PCR、Western blotting | 基因敲除/过表达小鼠模型 | 基因表达数据、蛋白质数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1289 | 2025-10-05 |
Spatiotemporal Dynamics of Central Nervous System Diseases: Advancing Translational Neuropathology via Single-Cell and Spatial Multiomics
2025-Sep, MedComm
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/mco2.70328
PMID:40843131
|
综述 | 本文探讨了通过单细胞和空间多组学技术解析中枢神经系统疾病的时空动态特征 | 提出整合单细胞RNA测序与空间转录组学的多组学融合策略，揭示疾病进展中的空间协调分子网络 | 面临数据标准化、亚细胞空间分辨率和计算可扩展性等挑战 | 推动转化神经病理学发展，实现精准临床干预 | 中枢神经系统疾病（如中风、阿尔茨海默病、帕金森病等） | 数字病理学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 多组学分析 | NA | 转录组数据, 空间数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 多组学分析 | NA | NA |
| 1290 | 2025-10-05 |
Bioinformatics and experimental approach identify DNMT3A as a diagnostic marker associated with regulated cell death patterns in psoriasis
2025-Sep, Journal, genetic engineering & biotechnology
DOI:10.1016/j.jgeb.2025.100526
PMID:40854645
|
研究论文 | 通过生物信息学和实验方法鉴定DNMT3A作为与银屑病调控性细胞死亡模式相关的诊断标志物 | 首次系统评估调控性细胞死亡在银屑病中的作用，建立RCD评分系统并鉴定出五个特征基因 | 研究基于10个转录组数据集，样本来源和规模可能存在限制 | 探索调控性细胞死亡模式在银屑病诊断中的价值 | 银屑病患者转录组数据和单细胞测序数据 | 生物信息学 | 银屑病 | 转录组测序, 单细胞RNA测序, 机器学习, 孟德尔随机化分析 | 机器学习模型 | 转录组数据, 单细胞测序数据 | 10个银屑病转录组数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组测序 | NA | NA |
| 1291 | 2025-10-05 |
CD2-CD58 axis orchestrates cytotoxic T lymphocyte function and metabolic crosstalk in breast cancer brain metastasis
2025-Sep, Journal of cell communication and signaling
IF:3.6Q3
DOI:10.1002/ccs3.70040
PMID:40859981
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析探讨CD2-CD58信号轴在乳腺癌脑转移中对效应T细胞功能和肿瘤代谢互作的影响 | 首次揭示CD2-CD58信号轴在乳腺癌脑转移微环境中调控细胞毒性T淋巴细胞功能和代谢重编程的关键作用 | 研究主要基于实验模型，需要进一步临床验证 | 探究CD2-CD58信号轴在乳腺癌脑转移中对免疫细胞功能和代谢调控的机制 | 乳腺癌脑转移模型中的CD8 T细胞和肿瘤细胞 | 单细胞组学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1292 | 2025-10-05 |
Activity and Heterogeneity of Astrocytes in Neurological Diseases: Molecular Mechanisms and Therapeutic Targets
2025-Sep, MedComm
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/mco2.70329
PMID:40859959
|
综述 | 本文综述了星形胶质细胞在神经系统疾病中的活动特性和异质性，探讨其分子机制及作为治疗靶点的潜力 | 通过单细胞测序技术揭示星形胶质细胞的显著异质性及其不同亚群在疾病进展中的特异性作用 | NA | 阐明星形胶质细胞在神经系统疾病中的双重作用及其分子机制，推动精准医疗发展 | 中枢神经系统中的星形胶质细胞及其在多种神经系统疾病中的表现 | 神经科学 | 阿尔茨海默病、帕金森病、亨廷顿病、肌萎缩侧索硬化、缺血性卒中、脑出血、多发性硬化等神经系统疾病 | 单细胞测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1293 | 2025-10-05 |
Joint single-cell profiling of Cas9 edits and transcriptomes reveals widespread off-target events and effects on gene expression
2025-Aug-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.07.636966
PMID:40909645
|
研究论文 | 开发了Superb-seq技术，能够在单细胞水平同时测量Cas9编辑结果及其对基因表达的影响 | 首次实现单细胞分辨率下同时测量Cas9编辑结果和基因表达功能效应，揭示了脱靶编辑的普遍性和对基因表达的广泛影响 | 研究仅针对K562细胞系和四个染色质重塑基因，需要在更多细胞类型和基因中验证 | 评估CRISPR-Cas9基因组编辑的脱靶效应及其功能后果 | K562细胞系中的染色质重塑基因 | 基因组编辑 | NA | 单细胞RNA测序，T7转录 | NA | 单细胞转录组数据，基因编辑数据 | 10,000个K562细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 使用现成试剂盒和标准设备，无需病毒 |
| 1294 | 2025-10-05 |
PCK1 and ALDH1A1 are identified as biomarkers for inherent drug resistance in hepatocellular carcinoma
2025-Aug-26, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03481-4
PMID:40856889
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序和空间转录组学识别肝细胞癌中与固有耐药性相关的生物标志物PCK1和ALDH1A1 | 首次结合单细胞测序和空间转录组学技术揭示肝细胞癌肿瘤异质性，并鉴定出17个共同上调基因中的PCK1和ALDH1A1作为固有耐药性生物标志物 | 研究样本量有限，仅针对接受乐伐替尼治疗的患者，需要更大规模验证 | 探究肝细胞癌肿瘤异质性与固有耐药性机制 | 肝细胞癌患者的肿瘤样本 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞测序, 空间转录组学, 伪时间分析 | NA | 单细胞基因表达数据, 空间转录组数据 | 接受乐伐替尼治疗的肝细胞癌患者肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1295 | 2025-10-05 |
Single-cell RNA sequencing reveals different cellular states in malignant cells and the tumor microenvironment in primary and metastatic ER-positive breast cancer
2025-Aug-26, NPJ breast cancer
IF:6.5Q1
DOI:10.1038/s41523-025-00808-w
PMID:40858590
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示ER阳性乳腺癌原发灶和转移灶中恶性细胞及肿瘤微环境的细胞状态差异 | 首次系统比较ER阳性乳腺癌原发与转移灶的单细胞转录组特征，识别转移灶中关键的免疫抑制细胞亚群和细胞通讯变化 | 样本量相对有限（23例患者）且为未配对样本设计 | 阐明ER阳性乳腺癌从原发到转移的分子机制和肿瘤微环境演变 | 23例女性ER阳性乳腺癌患者（原发和转移灶） | 单细胞组学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 23例患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1296 | 2025-10-05 |
MYD88 mutations in clonal hematopoiesis promote inflammation and hematopoietic stem cell expansion
2025-Aug-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.19.660202
PMID:40667002
|
研究论文 | 本研究揭示了MYD88突变通过激活先天免疫通路促进克隆性造血和炎症性疾病 | 首次系统阐明MYD88突变在克隆性造血中的作用机制，包括发现新的突变变体并证实其通过激活NF-κB通路赋予造血干细胞竞争优势 | 主要基于小鼠模型研究，人类样本验证相对有限；对MYD88不同突变变体的功能差异研究不够深入 | 探究MYD88基因突变在克隆性造血中的作用机制及其与炎症性疾病的关系 | 造血干细胞和祖细胞(HSPCs)、普通人群和实体癌患者的血细胞 | 血液学 | 血液系统疾病 | 单细胞RNA测序 | 小鼠疾病模型 | 基因测序数据、表达数据 | 普通人群和初诊实体癌患者的血细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1297 | 2025-10-05 |
An emergent disease-associated motor neuron state precedes cell death in a mouse model of ALS
2025-Aug-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.21.671404
PMID:40909710
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术揭示了ALS小鼠模型中运动神经元退化的分子机制，发现了一种名为DAMNs的新型疾病相关运动神经元状态 | 首次识别出ALS疾病进展中的新型细胞状态DAMNs，并揭示了调控这种状态转变的转录因子网络 | 研究基于SOD1-G93A小鼠模型，可能不完全代表人类ALS的所有亚型 | 揭示肌萎缩侧索硬化中运动神经元退化和选择性易损性的分子决定因素 | SOD1-G93A ALS小鼠模型中的脊髓运动神经元 | 单细胞生物学 | 肌萎缩侧索硬化 | 单核RNA测序, 染色质可及性分析, 空间转录组学 | NA | 转录组数据, 表观基因组数据, 空间基因表达数据 | NA | NA | 单核RNA-seq, 单核ATAC-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1298 | 2025-10-05 |
Mendelian randomization and single-cell analysis reveal causal relationships between renal clear cell carcinoma, kidney fibrosis, and inflammatory factors
2025-Aug-25, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03343-z
PMID:40853443
|
研究论文 | 通过孟德尔随机化和单细胞分析探讨肾透明细胞癌与肾脏纤维化及炎症因子的因果关系 | 首次结合孟德尔随机化与单细胞分析研究肾癌与肾脏纤维化及炎症因子的因果关系 | 观察性研究可能存在混杂因素，样本来源有限 | 评估肾癌与肾脏纤维化及炎症因子的因果关系并分析肿瘤微环境异质性 | 肾透明细胞癌患者、肾脏纤维化患者及炎症因子 | 生物信息学 | 肾癌 | 孟德尔随机化分析、单细胞RNA测序 | MR Egger、逆方差加权、加权模式 | 基因组关联研究数据、单细胞RNA测序数据 | 基于大规模GWAS数据和GEO数据库单细胞数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | GEO数据库GSM4819725数据集 |
| 1299 | 2025-10-05 |
CD38+ Endothelial Remodeling Defines Spatially Diverse Vasculopathy Programs in Rapidly Advancing Oral Inflammation
2025-Aug-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.29.667333
PMID:40766487
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间蛋白质组学揭示了快速进展性口腔炎症中CD38+内皮细胞重塑驱动的空间多样性血管病变程序 | 首次发现CD38+内皮细胞在快速进展性口腔炎症中的空间特异性重塑模式，并开发了三重空间分析方法 | 样本量相对有限，需要更大规模研究验证发现 | 揭示快速进展性口腔炎症的细胞机制和空间结构 | 种植体周围炎和重度牙周炎患者的口腔黏膜组织 | 数字病理学 | 口腔炎症疾病 | 单细胞RNA测序, 空间蛋白质组学, 激光捕获显微切割, 微生物分析 | NA | 单细胞转录组数据, 空间蛋白质组数据, 微生物组数据 | 36个种植体周围炎样本(121395个细胞), 15个空间蛋白质组样本(337260个细胞), 8个重度牙周炎样本(225137个细胞) | NA | 单细胞RNA测序, 空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 1300 | 2025-10-05 |
Identification of endothelial INSR as an osteosarcoma-related biomarker and therapeutic target based on weighted gene co-expression network analysis
2025-Aug-22, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03414-1
PMID:40846806
|
研究论文 | 本研究通过加权基因共表达网络分析和单细胞分析，识别出内皮细胞中的INSR作为骨肉瘤相关的生物标志物和治疗靶点 | 首次结合WGCNA和单细胞RNA测序分析，发现内皮细胞INSR在骨肉瘤中的关键作用 | 研究主要基于生物信息学分析，需要进一步实验验证 | 识别骨肉瘤的潜在药物靶点 | 骨肉瘤患者基因表达数据 | 生物信息学 | 骨肉瘤 | 加权基因共表达网络分析(WGCNA), 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | Cox回归分析, 差异表达基因分析 | 基因表达数据, 临床数据 | 多个数据库的骨肉瘤样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |