单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 34800 篇文献，本页显示第 1281 - 1300 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1281 | 2025-12-15 |
Pulmonary macrophage-targeted RNAi and mRNA co-delivery via SORT lipid nanoparticles enhances immunotherapy in lung cancer
2025-Dec-08, Journal of controlled release : official journal of the Controlled Release Society
IF:10.5Q1
DOI:10.1016/j.jconrel.2025.114519
PMID:41371503
|
研究论文 | 本研究开发了一种靶向肺巨噬细胞的RNAi和mRNA共递送系统，通过SORT脂质纳米颗粒增强肺癌免疫治疗效果 | 首次利用甘露糖修饰的SORT脂质纳米颗粒实现SPP1巨噬细胞特异性靶向，并协同递送SPP1-siRNA和IFN-γ mRNA，逆转巨噬细胞M2样表型 | 未提及临床样本验证，主要基于动物模型研究 | 通过靶向SPP1巨噬细胞增强非小细胞肺癌免疫治疗效果 | 非小细胞肺癌（NSCLC）中的SPP1巨噬细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1282 | 2025-12-15 |
EMP1-driven ferroptosis in liver sinusoidal endothelial cells exacerbates hepatic ischemia-reperfusion injury via P38 MAPK
2025-Dec-04, Free radical biology & medicine
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现EMP1是肝窦内皮细胞在肝缺血再灌注损伤中最显著上调的基因，并揭示其通过p38 MAPK信号通路驱动铁死亡，从而加剧肝细胞损伤 | 首次将EMP1/p38驱动的肝窦内皮细胞铁死亡确立为肝细胞损伤的直接原因，为肝缺血再灌注损伤的发病机制提供了全新视角 | 研究主要基于体外缺氧/复氧模型和单细胞测序数据，需要进一步在体实验验证 | 探究肝缺血再灌注损伤中肝窦内皮细胞的作用机制 | 人类肝脏样本、肝窦内皮细胞和BRL3A肝细胞 | 单细胞组学 | 肝缺血再灌注损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 人类正常对照和移植诱导缺血再灌注损伤的肝脏样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1283 | 2025-12-15 |
Epigenetically activated MIR100HG regulates UPF1-mediated oxidative stress to promote pulmonary vascular immune microenvironment remodeling
2025-Dec-04, Free radical biology & medicine
|
研究论文 | 本研究揭示了长链非编码RNA MIR100HG通过表观遗传激活，调控UPF1介导的氧化应激，从而促进肺血管免疫微环境重塑的分子机制 | 首次系统鉴定了染色质重塑相关的lncRNA MIR100HG，并阐明了其通过MIR100HG/UPF1/NRF2信号轴调控氧化应激和免疫微环境的新机制 | 研究主要聚焦于MIR100HG/UPF1/NRF2轴，其他潜在调控通路和细胞类型的作用尚未完全阐明 | 系统鉴定染色质重塑相关的长链非编码RNA并阐明其在氧化应激依赖性肺动脉高压发病机制中的调控网络 | 肺动脉平滑肌细胞、巨噬细胞、肺血管免疫微环境 | 表观遗传学、分子生物学 | 肺动脉高压 | ChIP-sequencing、质谱分析、RNA-pulldown、RNA免疫沉淀、单细胞测序数据分析 | NA | 基因组数据、蛋白质组数据、单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 1284 | 2025-12-15 |
SOX18 and SOX30 in NSCLC: The Epigenetic Landscape of Methylation, miRNA Regulation, and Network Crosstalk in Tumor Progression
2025-Dec-02, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms262311669
PMID:41373817
|
研究论文 | 本研究探讨了SOX18和SOX30在非小细胞肺癌中的表观遗传调控、miRNA调节及其与血管生成和免疫调节通路的网络互作 | 首次在NSCLC中系统揭示了SOX18和SOX30的差异性表达模式及其表观遗传调控机制，并利用空间转录组学技术揭示了SOX18在肿瘤核心和侵袭边缘的富集定位及其与关键信号分子的共定位关系 | 研究主要基于组织样本和体外细胞模型，缺乏体内动物模型的验证；样本量虽达800例，但未涉及更广泛的NSCLC亚型或转移性样本 | 阐明SOX18和SOX30在非小细胞肺癌肿瘤进展中的表观遗传调控机制、miRNA调节作用及其与肿瘤微环境的相互作用 | 800例非小细胞肺癌标本（400例肺腺癌，400例鳞状细胞癌）、NSCLC细胞系及3D球状体培养模型 | 数字病理学 | 肺癌 | 免疫组织化学、RT-qPCR、Western印迹、空间转录组学、液滴数字甲基化特异性PCR | NA | 图像、文本、空间转录组数据 | 800例NSCLC标本（400例腺癌，400例鳞癌） | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1285 | 2025-12-15 |
A Large-Scale Single-Cell Atlas Reveals the Peripheral Immune Panorama of Bacterial Pneumonia
2025-Dec, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1164/rccm.202501-0217OC
PMID:40758632
|
研究论文 | 本研究通过构建大规模单细胞转录组图谱，揭示了细菌性肺炎患者外周血免疫细胞在疾病不同严重程度下的全景变化 | 首次构建了涵盖不同严重程度细菌性肺炎患者的大规模外周血免疫细胞单细胞转录组图谱，系统揭示了疾病严重程度与免疫细胞亚群组成、功能状态及信号通路活性的关联 | 研究样本量相对有限（共100例），且为横断面研究，无法完全阐明免疫动态变化的因果关系 | 阐明细菌性肺炎的免疫发病机制，识别驱动疾病严重程度的关键细胞和分子特征 | 细菌性肺炎患者（包括重症和轻症）及健康对照者的外周血免疫细胞 | 单细胞组学 | 细菌性肺炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据、临床数据、分子数据 | 100名个体（39例重症肺炎、31例轻症肺炎、30例健康对照） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1286 | 2025-12-15 |
Mapping Plasmodium transitions and interactions in the Anopheles female
2025-Dec, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09653-0
PMID:41125888
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，揭示了疟原虫在按蚊中肠内的关键发育阶段转换和宿主-寄生虫相互作用 | 首次结合单细胞RNA测序和共聚焦显微镜，系统解析了疟原虫在按蚊中肠内的发育过渡和相互作用，并识别出调控卵囊生长的关键过程及转录因子PfSIP2 | 研究主要基于实验室条件，尽管验证了野外来源的寄生虫，但可能未完全覆盖自然传播环境中的所有变异 | 探究疟原虫在按蚊中肠内的发育机制和宿主-寄生虫相互作用，以识别阻断传播的潜在靶点 | 恶性疟原虫和按蚊中肠细胞，包括不同发育阶段和代谢条件下的寄生虫与宿主细胞 | 单细胞组学 | 疟疾 | 单细胞RNA测序，共聚焦显微镜，功能分析 | NA | 单细胞转录组数据，图像数据 | 多个发育阶段和代谢条件下的寄生虫与蚊子细胞样本，包括野外来源的寄生虫 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1287 | 2025-12-15 |
Decidual cell invasion and decidualization at the trophoblast-decidual interaction in the progression of cesarean scar pregnancy
2025-Dec, Journal of reproductive immunology
IF:2.9Q2
DOI:10.1016/j.jri.2025.104747
PMID:41151220
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和功能实验，探讨了KISS1基因在剖宫产瘢痕妊娠（CSP）进展中蜕膜细胞侵袭和蜕膜化过程中的作用 | 首次在单细胞水平上揭示了CSP中蜕膜细胞KISS1表达下调及其通过PI3K/AKT信号通路影响蜕膜化的机制，并发现miR-6809和miR-4768对KISS1的调控作用 | 研究样本量有限，且主要基于体外实验，需要更多临床样本和体内实验验证 | 阐明KISS1基因在CSP进展中蜕膜细胞侵袭过程中的作用及其分子机制 | 剖宫产瘢痕妊娠（CSP）和正常早孕宫内妊娠（IUP）的蜕膜组织样本 | 数字病理学 | 妊娠相关疾病 | 单细胞RNA测序，免疫组化，qRT-PCR，Western blotting，RNA干扰，过表达实验，RNA-seq，荧光素酶报告实验 | NA | 单细胞RNA测序数据，基因表达数据 | CSP和IUP的蜕膜组织样本（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1288 | 2025-12-15 |
Nicheformer: a foundation model for single-cell and spatial omics
2025-Dec, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02814-z
PMID:41168487
|
研究论文 | 本文介绍了Nicheformer，一个基于Transformer的基础模型，用于单细胞和空间组学分析，旨在捕获细胞的空间上下文信息 | Nicheformer是首个在人类和小鼠的单细胞及空间转录组数据上训练的基础模型，能够学习捕获空间上下文的细胞表示，并支持空间组成和标签预测等下游任务 | 仅使用解离数据训练的模型无法恢复空间微环境的复杂性，强调了多尺度整合的必要性 | 开发一个基础模型以改善单细胞和空间组学数据的分析，特别是空间上下文的预测和整合 | 人类和小鼠的细胞，包括解离单细胞和空间转录组数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | Transformer | 单细胞和空间转录组数据 | 超过5700万解离细胞和5300万空间解析细胞，涵盖73个组织 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1289 | 2025-12-15 |
Cancer-associated fibroblast miR-148a-5p/CALD1/collagen VI pathway promotes proliferation in Helicobacter pylori-positive gastric cancer
2025-Dec, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-025-01116-y
PMID:41171370
|
研究论文 | 本研究揭示了幽门螺杆菌通过激活癌症相关成纤维细胞中的TLR/miR-148a-5p/CALD1/胶原VI通路促进胃癌细胞增殖的机制 | 首次在幽门螺杆菌阳性胃癌中鉴定出CAFs通过miR-148a-5p/CALD1/胶原VI轴促进肿瘤增殖的新信号通路，并证明miR-148a-5p激动剂可作为化疗增敏剂 | 未明确说明样本量大小，且研究主要基于小鼠模型，临床转化需进一步验证 | 探究幽门螺杆菌如何通过影响癌症相关成纤维细胞促进胃癌增殖，并寻找潜在治疗靶点 | 幽门螺杆菌阳性胃癌、癌症相关成纤维细胞、胃癌细胞 | 肿瘤生物学 | 胃癌 | microRNA测序、转录组测序、单细胞测序、分子生物学实验、体外细胞共培养、体内CDX和PDX模型 | NA | 测序数据、实验数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 1290 | 2025-12-15 |
Characteristics linking ischemia-reperfusion to chronic lung allograft dysfunction in lung transplantation: A single-cell bioinformatics analysis
2025-Dec, Transplant immunology
IF:1.6Q3
DOI:10.1016/j.trim.2025.102326
PMID:41232781
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA-seq数据集，揭示了肺移植中缺血再灌注损伤与慢性肺移植物功能障碍之间的细胞和分子联系 | 首次使用单细胞生物信息学方法系统描绘了IRI到CLAD过程中的细胞动态变化、代谢抑制、铜死亡激活及巨噬细胞向肌成纤维细胞转变等关键机制 | 研究结果需要进一步在动物模型和临床样本中进行验证 | 探究肺移植中缺血再灌注损伤与慢性肺移植物功能障碍之间的细胞和分子联系 | 肺移植相关的细胞群体，包括上皮细胞、Club细胞和髓系细胞 | 生物信息学 | 肺移植相关疾病 | 单细胞RNA-seq | Louvain聚类、UMAP可视化、Augur方法、CellChat、MEBOCOST、pySCENIC | 单细胞RNA-seq数据 | 整合自GSE220797和GSE224210数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1291 | 2025-12-15 |
Spatially resolved multi-omics of human metabolic dysfunction-associated steatotic liver disease
2025-Dec, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-025-02407-8
PMID:41286103
|
研究论文 | 本研究通过单细胞和空间转录组学及代谢组学技术，绘制了人类代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MASLD）的空间多组学图谱 | 首次在人类MASLD中整合单细胞与空间转录组学及代谢组学数据，识别了MITF作为脂质相关巨噬细胞的关键调控因子，并揭示了其通过肝细胞生长因子分泌的肝保护作用 | 样本量相对有限（共61例），且主要基于观察性数据，需要进一步功能验证 | 探究人类代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MASLD）的分子机制和空间异质性 | 人类肝脏组织，包括对照组、代谢功能障碍相关脂肪肝（MASL）和代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）患者 | 数字病理学 | 代谢功能障碍相关脂肪性肝病 | 单细胞转录组学, 空间转录组学, 代谢组学, 质谱成像 | NA | 转录组数据, 代谢组数据, 空间数据 | 61例人类肝脏样本（对照组10例, MASL 17例, MASH 34例） | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 空间代谢组学 | NA | NA |
| 1292 | 2025-12-15 |
Presynaptic Changes in Mouse Rod Photoreceptors During Early Retinitis Pigmentosa
2025-Dec-01, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.66.15.4
PMID:41324324
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和蛋白质组学分析，探讨了P23H/Gnat2-/-视网膜色素变性小鼠早期视杆细胞突触前分子变化 | 首次结合单细胞RNA测序和蛋白质组学技术，揭示了视网膜色素变性早期视杆细胞突触SNARE复合体和囊泡蛋白的分子上调机制 | 研究仅使用1月龄小鼠模型，未涵盖疾病晚期阶段；样本量有限，且主要基于动物模型，人类临床相关性需进一步验证 | 探究视网膜色素变性早期视杆细胞突触可塑性的分子机制 | P23H/Gnat2-/-视网膜色素变性小鼠和Gnat2-/-对照小鼠的视网膜组织 | 数字病理学 | 视网膜色素变性 | 单细胞RNA测序, 蛋白质组学, 免疫组织化学 | NA | 转录组数据, 蛋白质组数据, 图像数据 | 1月龄P23H/Gnat2-/- RP小鼠和Gnat2-/-对照小鼠的视网膜样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 1293 | 2025-12-15 |
Antiviral and immune modulatory activities of STING agonists in a mouse model of persistent hepatitis B virus infection
2025-Dec, PLoS pathogens
IF:5.5Q1
DOI:10.1371/journal.ppat.1013709
PMID:41364734
|
研究论文 | 本文研究了STING激动剂在持续HBV感染小鼠模型中的抗病毒和免疫调节活性 | 首次使用STING敲除和人类STING敲入小鼠模型，证明STING激动剂治疗以STING依赖性方式激活免疫反应并抑制HBV复制，为慢性乙型肝炎治疗提供了新策略 | 研究仅基于小鼠模型，人类应用效果未验证；样本量较小，HBs-Ab仅在1/4小鼠中检测到 | 评估STING激动剂作为免疫疗法治疗慢性乙型肝炎的潜力 | AAV-HBV转导的小鼠模型 | 免疫学 | 乙型肝炎 | RNA-seq | NA | RNA序列数据 | 未明确指定，但涉及小鼠模型和单细胞RNA-seq分析 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 1294 | 2025-12-12 |
Fibroblasts in the tumor microenvironment: heterogeneity and dynamic interactions in tumor progression revealed by spatial transcriptomics
2025-Dec, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-025-01108-y
PMID:41129052
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1295 | 2025-12-15 |
Integrating Functional Genomic Screens and Multi-Omics Data to Construct a Prognostic Model for Lung Adenocarcinoma and Validating SPC25
2025-Nov-29, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers17233844
PMID:41375045
|
研究论文 | 本研究通过整合功能基因组筛选和多组学数据，构建了一个用于肺腺癌的预后风险评分模型，并验证了核心基因SPC25的致癌作用 | 整合了CRISPR-Cas9功能基因组筛选数据与患者多组学数据来构建预后模型，并通过体内外实验和单细胞RNA-seq分析验证了核心基因SPC25的生物学功能 | 模型验证主要依赖于公共数据集（如TCGA和GEO），未来需要在更大规模的前瞻性临床队列中进一步验证 | 开发可靠的肺腺癌预后生物标志物和发现新的治疗靶点 | 肺腺癌细胞系、患者肿瘤样本（来自TCGA和GEO数据库）以及小鼠异种移植模型 | 生物信息学与计算生物学 | 肺腺癌 | CRISPR-Cas9筛选、转录组学分析、单细胞RNA-seq | LASSO回归、多变量Cox回归模型 | 基因组筛选数据、转录组数据、单细胞RNA-seq数据 | TCGA-LUAD队列患者数据、独立GEO数据集、真实世界免疫治疗队列以及体内外实验样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1296 | 2025-12-15 |
Single-Cell Omics in Legumes: Research Trends and Applications
2025-Nov-27, Plants (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/plants14233615
PMID:41375325
|
综述 | 本文综述了单细胞组学在豆科植物中的应用进展，重点关注其在植物发育、病原体响应、应激可塑性及根瘤共生建立中的作用 | 强调了从批量组学到单细胞多组学的转变，并展望了构建整合豆科植物细胞图谱的未来方向 | 当前单细胞组学技术在豆科植物研究中仍存在局限性，如技术整合不足和样本覆盖有限 | 探讨单细胞组学在豆科植物研究中的应用趋势，以支持转化研究和作物改良 | 豆科植物，包括特定物种如Medicago truncatula、Lotus japonicus、Glycine max和Phaseolus vulgaris | 植物生物学 | NA | 单细胞转录组学、空间转录组学、单细胞表观基因组学 | NA | 基因表达数据、表观遗传数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq、单细胞ATAC-seq、空间转录组学 | NA | NA |
| 1297 | 2025-12-15 |
A spatially informed matrix normal model for gene co-expression analysis in spatial transcriptomics studies
2025-Nov-26, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf1264
PMID:41370198
|
研究论文 | 本文提出了一种名为spMOCA的统计框架，用于在空间转录组学研究中推断基因共表达网络，同时显式建模空间依赖性 | 引入矩阵正态模型，联合考虑基因-基因和空间协方差，将内在共表达关系与空间诱导效应分离，相比现有方法能更准确、无偏地估计基因间相关性 | 未明确提及具体局限性，但可能依赖于模拟和现有数据集的验证，未涉及所有潜在空间转录组学技术或组织类型 | 开发一种统计方法以改进空间转录组学数据中的基因共表达分析，捕捉基因相互作用和空间依赖性的联合影响 | 基因共表达网络、空间转录组学数据 | 空间转录组学 | 肿瘤、神经退行性疾病 | 空间转录组学技术 | 矩阵正态模型 | 空间转录组学数据 | 九个空间转录组学数据集，涵盖不同技术、组织和物种 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1298 | 2025-12-15 |
Single-Cell Sequencing Reveals Novel Tumor Populations and Their Interplay with the Immune Microenvironment in a Pleomorphic Rhabdomyosarcoma
2025-Nov-26, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms262311420
PMID:41373578
|
研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学揭示了多形性横纹肌肉瘤中肿瘤细胞群的异质性及其与免疫微环境的相互作用 | 首次通过单细胞测序识别出pRMS中肌源性和非肌源性肿瘤细胞群，并发现非肌源性群与免疫细胞有更多通讯联系，揭示了MIF-CD74等关键免疫抑制通路 | 研究为单病例分析，缺乏多患者队列验证，且需蛋白质水平验证和体内外实验确认临床可行性 | 探究多形性横纹肌肉瘤的肿瘤异质性和免疫微环境特征 | 多形性横纹肌肉瘤肿瘤组织 | 数字病理学 | 横纹肌肉瘤 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 单病例样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1299 | 2025-12-15 |
De Novo Detection of Clonal Structure and Evolution in Single-Cell and Spatial Transcriptomes
2025-Nov-26, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms262311428
PMID:41373592
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为scClone的计算工具包，用于从单细胞RNA测序和空间转录组数据中检测克隆结构和进化 | 开发了scClone工具包，整合变异检测和基因型推断，解决了scRNA-seq数据中的表达丢失和等位基因不平衡问题，并支持空间转录组数据的克隆结构分析 | 未明确提及具体局限性，但可能受限于单细胞测序的成本和数据质量 | 揭示肿瘤的克隆结构和动态进化，建立基因型与表型的关联 | 肿瘤细胞，包括骨髓瘤、肝细胞癌、胰腺癌、卵巢癌和皮肤鳞状细胞癌 | 数字病理学 | 多种癌症 | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序数据，空间转录组数据 | 多个数据集，涉及多种癌症类型 | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 1300 | 2025-12-15 |
A Comprehensive Analysis of Novel Variations Associated with Bile Duct Cancer: Insights into Expression, Methylation, and 3D Protein Structure
2025-Nov-21, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms262311244
PMID:41373405
|
研究论文 | 本研究通过整合基因组、转录组、单细胞、甲基化和分子动力学数据，全面分析胆管癌中的新变异，揭示其表达、甲基化和3D蛋白质结构变化 | 首次将多组学数据（包括单细胞RNA-seq、甲基化阵列和分子动力学模拟）与公共数据集结合，系统识别胆管癌的致病性变异及其功能影响 | 研究主要依赖公共数据集，样本量有限（如23个肿瘤样本），且未进行实验验证 | 识别胆管癌的致病性变异，为诊断和治疗策略提供新见解 | 胆管癌（胆道上皮癌） | 生物信息学 | 胆管癌 | 基因组学、转录组学、单细胞RNA-seq、甲基化分析、分子动力学模拟 | DESeq2、limma、DMRcate、AlphaFold3、GROMACS、FoldX5 | 基因组变异数据、RNA-seq数据、单细胞RNA-seq数据、甲基化阵列数据、蛋白质结构数据 | 23个肿瘤样本（TCGA）、52个肿瘤和12个正常肝脏样本（甲基化数据）、23,782个细胞（单细胞RNA-seq） | Illumina | 单细胞RNA-seq、甲基化分析 | Illumina 450 K甲基化阵列 | Illumina 450 K甲基化阵列用于分析52个肿瘤和12个正常肝脏样本的甲基化模式 |