单细胞与空转测序相关文章

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当前共找到 37326 篇文献,本页显示第 1281 - 1300 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
1281 2026-02-28
Single-cell transcriptome analysis reveals tumoral microenvironment heterogenicity and hypervascularization in human carotid body tumor
2024-04, Journal of cellular physiology IF:4.5Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序分析人颈动脉体肿瘤,揭示了其微环境异质性和高血管化特征 首次对颈动脉体肿瘤进行单细胞转录组分析,识别了16种细胞群并阐明了内皮细胞、巨噬细胞和神经元细胞在肿瘤形成中的新机制 NA 定义导致颈动脉体肿瘤高血管化和慢性增生的细胞类型 人颈动脉体肿瘤样本 数字病理学 颈动脉体肿瘤 单细胞RNA测序 NA 转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
1282 2026-02-28
Sirtuin 6 ameliorates bleomycin-induced pulmonary fibrosis via activation of lipid catabolism
2024-03, Journal of cellular physiology IF:4.5Q1
研究论文 本文探讨了Sirtuin 6通过激活脂质分解代谢改善博来霉素诱导的肺纤维化的机制 揭示了SIRT6通过PPARα介导的脂质分解代谢在肺纤维化中的保护作用,为治疗提供了新靶点 研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验,人类临床相关性需进一步验证 探究SIRT6在肺纤维化中的作用机制及潜在治疗策略 人类肺组织、小鼠模型、肺泡上皮细胞 分子生物学 肺纤维化 单细胞测序、高通量测序 NA 测序数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
1283 2026-02-28
A conditionally immortalized Gli1-positive kidney mesenchymal cell line models myofibroblast transition
2019-01-01, American journal of physiology. Renal physiology
研究论文 本研究通过遗传策略分离出一种条件性永生的Gli1阳性肾脏间充质细胞系(KGli1),用于模拟肌成纤维细胞转化过程 开发了首个能够维持间充质干细胞样特性、响应hedgehog通路激活并展示TGF-β诱导肌成纤维细胞分化的Gli1阳性肾脏细胞系 研究主要基于体外细胞模型,体内验证仍需进一步实验 研究肾脏纤维化中Gli1阳性间充质干细胞样细胞向肌成纤维细胞转化的机制 条件性永生的Gli1阳性肾脏间充质细胞系(KGli1) 单细胞组学 肾脏疾病 单细胞RNA测序(scRNA-seq) NA 单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
1284 2026-02-27
Emerging roles of non-coding RNAs in the tumor microenvironment of pancreatic cancer: Focusing on current challenges and future directions
2026-Apr-20, Gene IF:2.6Q2
综述 本文综述了非编码RNA在胰腺癌肿瘤微环境中的多重作用,并探讨了当前挑战与未来方向 聚焦于非编码RNA作为肿瘤微环境中细胞通讯和功能重塑的关键介质,并讨论了单细胞与空间转录组学等新兴策略 非编码RNA的多效性及肿瘤微环境的异质性阻碍了机制解释和临床转化 总结非编码RNA在胰腺癌肿瘤微环境中的作用,并探索其诊断和治疗潜力 胰腺导管腺癌(PDAC)及其肿瘤微环境中的非编码RNA 数字病理学 胰腺癌 NA NA NA NA NA 单细胞转录组学, 空间转录组学 NA NA
1285 2026-02-27
Single-Cell Multimodal Profiling Highlights Persistent Aortic Smooth Muscle Cell Changes in Diabetic Mice Despite Glycemic Control
2026-Mar, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
研究论文 本研究利用单细胞多组学技术,探究了血糖正常化对2型糖尿病小鼠血管平滑肌细胞表型转变相关的转录组和表观基因组变化的影响 首次在2型糖尿病模型中,结合单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序和空间转录组学,系统揭示了血糖控制后血管平滑肌细胞表观遗传记忆的持续存在 研究仅在糖尿病小鼠模型中进行,未在人体样本中验证;观察时间窗口为6周,长期效应未知 阐明2型糖尿病中血糖控制后血管平滑肌细胞功能障碍持续存在的分子机制 2型糖尿病db/db小鼠的主动脉组织 单细胞多组学 2型糖尿病 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 空间转录组学 NA 单细胞转录组数据, 单细胞表观基因组数据, 空间基因表达数据 db/db小鼠(达格列净或载体处理)及db/+对照小鼠,处理6周 10x Genomics 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 空间转录组学 10x Chromium, 10x Xenium 单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序使用10x Chromium平台,空间转录组学使用10x Xenium平台
1286 2026-02-27
Circulating tumor cells in myeloma are a compound biomarker for bone marrow high-risk genomic alterations and tumor load
2026-Feb-26, Blood IF:21.0Q1
研究论文 本研究通过单细胞转录组学和全基因组测序分析,揭示了多发性骨髓瘤中循环肿瘤细胞(CTC)水平与骨髓高风险基因组改变及肿瘤负荷的关联机制 首次在单克隆水平上证明CTC与配对骨髓细胞转录相似,并发现CTC水平受原发性易位、高风险次级基因组事件(如1q扩增、TP53双等位基因突变)和肿瘤负荷共同驱动,构建了预测模型 研究主要基于新诊断患者样本,未涵盖复发或难治性病例;单细胞测序样本量有限,可能影响克隆异质性分析的全面性 探究CTC水平与多发性骨髓瘤基因组改变及肿瘤负荷的机制关联 新诊断多发性骨髓瘤患者的配对骨髓和血液样本 数字病理学 多发性骨髓瘤 单细胞转录组学、全基因组测序、全外显子组测序、bulk RNA测序 预测模型(未指定具体算法) 单细胞转录组数据、基因组测序数据、RNA测序数据 未明确样本数量,包含患者配对骨髓与血液样本及公共数据集(CoMMpass) NA 单细胞RNA-seq、全基因组测序、全外显子组测序、bulk RNA-seq NA NA
1287 2026-02-27
scDBic: A novel deep learning-based biclustering algorithm for analyzing scRNA-seq data
2026-Feb-26, Bioinformatics (Oxford, England)
研究论文 提出了一种名为scDBic的新型深度学习双聚类算法,专门用于分析单细胞RNA测序数据,以改善细胞聚类性能并识别关键基因 结合深度自编码器与反向策略,首次将深度学习应用于scRNA-seq数据的双聚类,解决了传统方法在局部一致性、细胞丢失和高维数据适应性方面的不足 未在摘要中明确说明算法的具体局限性 开发一种能更有效分析单细胞RNA测序数据、发现细胞群并识别其关键基因的算法 单细胞RNA测序数据 机器学习 NA 单细胞RNA测序 深度自编码器 基因表达数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
1288 2026-02-27
Unraveling the Phylogenetic Signal of Gene Expression from Single-cell RNA-seq Data
2026-Feb-26, Genomics, proteomics & bioinformatics
研究论文 本研究评估了从单细胞RNA测序数据中调用单核苷酸变异的六种策略,并分析了推断基因型和细胞系统发育的质量 首次系统比较了多种从scRNA-seq数据推断单核苷酸变异和细胞系统发育的方法,揭示了scAllele、Monopogen和Monovar在提供系统发育信息方面的优势 研究仅基于5名癌症患者的381个单细胞转录组,样本量有限,且基因表达的系统发育信号仅在部分患者中显著 评估从单细胞RNA测序数据推断单核苷酸变异和细胞系统发育的方法性能 5名癌症患者的381个单细胞转录组 生物信息学 癌症 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 381个单细胞 NA 单细胞RNA-seq NA NA
1289 2026-02-27
Multi-Scale Mapping of Gene Expression from Whole-slide Images for Identifying Phenotype-Associated Subpopulations
2026-Feb-25, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
研究论文 本研究提出了一个名为BiSCALE的深度学习框架,能够从全切片图像中预测组织和近细胞水平的基因表达,并将其与临床表型关联 开发了首个能够同时预测组织(批量)和近细胞(点)水平基因表达的多尺度深度学习框架,并引入了Vision-Mamba融合模块和两阶段训练策略来桥接不同尺度数据间的差异 研究仅在三种癌症类型上进行了训练和验证,模型的普适性在其他癌症类型中尚未得到充分验证 从常规病理全切片图像中进行多尺度基因分析和表型相关特征发现,以识别与表型相关的细胞亚群 肿瘤样本和空间转录组学数据点 数字病理学 癌症 空间转录组学,深度学习 Vision-Mamba融合模块,WSI基础编码器 图像(全切片图像),基因表达数据 2109个批量肿瘤样本和141,000个空间转录组学数据点 NA 空间转录组学 NA NA
1290 2026-02-27
Loss of miR-29a/b1 cluster reprograms the tumor microenvironment and contributes to immunosuppression in lung cancer
2026-Feb-25, Cancer immunology research IF:8.1Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序分析,揭示了miR-29a/b1簇的缺失通过调控Enpp2/ATX表达重塑肺癌肿瘤微环境并导致免疫抑制,从而影响免疫检查点抑制剂的疗效 首次在Kras/p53驱动的肺癌模型中,利用单细胞RNA测序技术,将miR-29的缺失与肿瘤微环境重塑、免疫抑制及抗PD-1耐药性直接联系起来,并发现其通过调控ATX等靶基因发挥作用 研究主要基于小鼠模型,虽然结合了公共人类肺癌RNA测序数据进行验证,但直接的人类样本实验数据有限,且具体调控机制(如miR-29如何精确调控ATX及其他靶基因)的细节有待进一步阐明 探究肺癌对抗PD-1免疫检查点抑制剂产生耐药性的分子机制,并寻找克服耐药性的潜在靶点 Kras/p53驱动的小鼠肺癌模型(具有获得性或内在性抗PD-1耐药性)以及公共数据库中的肺腺癌患者肿瘤样本 肿瘤免疫学, 单细胞组学 肺癌(非小细胞肺癌, 肺腺癌) 单细胞RNA测序, RNA测序数据分析 NA 单细胞RNA测序数据, 批量RNA测序数据 未明确说明具体样本数量, 涉及抗PD-1耐药的小鼠肺癌模型及公共数据库中的肺腺癌患者数据 NA 单细胞RNA-seq NA NA
1291 2026-02-27
Intra-tumoral tertiary lymphoid structures characterized by a B cell-related signature elicit antitumor effect through HAPLN3 in hepatocellular carcinoma
2026-Feb-25, Cancer immunology research IF:8.1Q1
研究论文 本研究通过多组学分析揭示了肝细胞癌中肿瘤内三级淋巴结构的B细胞相关特征及其通过HAPLN3介导的抗肿瘤效应 首次在肝细胞癌中系统阐明了三级淋巴结构的细胞特征、驱动机制及其与免疫治疗反应的关系,并鉴定出HAPLN3作为关键的B细胞激活因子 研究队列主要基于回顾性样本,需要前瞻性临床研究验证HAPLN3的治疗潜力 探究肝细胞癌中肿瘤内三级淋巴结构的细胞特征、形成机制及其对预后的影响 339名肝细胞癌患者的肿瘤组织样本 数字病理学 肝细胞癌 全外显子组测序, 批量RNA测序, 单细胞RNA测序, 空间转录组学 NA 基因组数据, 转录组数据, 单细胞数据, 空间转录组数据 339名肝细胞癌患者 NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 批量RNA-seq NA NA
1292 2026-02-27
A systems immunology approach reveals divergent immune profiles of RSV and SARS-CoV-2 infections in infants
2026-Feb-25, Science translational medicine IF:15.8Q1
研究论文 本研究采用系统免疫学方法,通过细胞因子分析、单细胞转录组学和表观基因组学,揭示了婴儿感染RSV和SARS-CoV-2后免疫反应的显著差异 首次在婴儿群体中系统比较了RSV和SARS-CoV-2感染的免疫特征,揭示了疾病特异性的细胞类型特征和表观遗传变化 样本量相对较小(RSV感染19例,SARS-CoV-2感染30例,健康对照17例),且仅分析了血液样本,未涉及呼吸道局部免疫反应 揭示RSV和SARS-CoV-2感染在婴儿中临床差异的免疫机制 婴儿(中位年龄2.3个月)的血液样本,包括RSV感染、SARS-CoV-2感染和健康对照组 系统免疫学 呼吸道感染 细胞因子分析,单细胞转录组学,表观基因组学 NA 血液样本的分子和细胞数据 RSV感染婴儿19例,SARS-CoV-2感染婴儿30例,健康对照婴儿17例 NA 单细胞转录组学,表观基因组学 NA NA
1293 2026-02-27
Comparing the impact of sample multiplexing approaches for single-cell RNA-sequencing on downstream analysis using cerebellar organoids
2026-Feb-20, iScience IF:4.6Q1
研究论文 本研究比较了Parse Biosciences组合条形码和10x Genomics CellPlex两种单细胞RNA测序多重化技术在分析小脑类器官时的表现 首次系统比较了两种商业单细胞RNA测序多重化技术在小脑类器官这一复杂组织模型中的应用效果 研究仅针对小脑类器官模型,未涵盖其他组织类型;样本规模可能有限 评估不同单细胞RNA测序多重化技术对下游分析的影响 小脑类器官 单细胞测序 NA 单细胞RNA测序 NA 单细胞RNA测序数据 未明确指定,但涉及小脑类器官样本 Parse Biosciences, 10x Genomics 单细胞RNA-seq Parse Biosciences组合条形码, 10x Genomics CellPlex Parse Biosciences组合条形码技术,10x Genomics CellPlex微流控捕获技术
1294 2026-02-27
Single cell transcriptomic atlas reveals macrophage polarization dynamics and intercellular communication networks in gingival tissue of periodontitis patients undergoing orthodontic treatment
2026-Feb-19, SLAS technology IF:2.5Q3
研究论文 本研究通过单细胞转录组测序揭示了牙周炎患者正畸治疗期间牙龈组织中巨噬细胞的极化动态和细胞间通讯网络 首次在牙周炎合并正畸治疗的临床背景下,系统描绘了巨噬细胞的异质性、极化轨迹及其作为细胞通讯枢纽的功能 研究样本量有限,且为横断面设计,未能动态追踪治疗过程中的变化 探究牙周炎患者正畸治疗期间牙龈组织中巨噬细胞的亚型、极化动态及细胞间相互作用 接受正畸治疗的牙周炎患者的牙龈组织样本 单细胞组学 牙周炎 单细胞RNA测序(scRNA-seq) 降维分析、伪时间轨迹分析、RNA速率分析、细胞通讯推断 单细胞转录组数据 未明确说明具体样本数量,仅提及来自患者的牙龈组织样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
1295 2026-02-27
Ion channel gene signature for diagnosis and antifibrotic therapy in liver fibrosis
2026-Feb-16, Journal of translational medicine IF:6.1Q1
研究论文 本研究通过整合多组转录组数据集,识别了肝纤维化中差异表达的人类离子通道基因,并确定了AQP1、GJA1和KCNN2作为关键基因,具有诊断和治疗潜力 首次系统性地分析了人类离子通道基因在肝纤维化中的表达谱,结合单细胞RNA测序和分子对接模拟,识别了与纤维化进展和免疫重塑相关的关键基因及潜在治疗药物 研究主要基于转录组数据,缺乏直接的体内功能验证,且候选药物的疗效需进一步实验确认 旨在分析人类离子通道基因在肝纤维化中的表达特征,并识别具有诊断和治疗相关性的关键基因 肝纤维化患者样本、胆管结扎小鼠模型以及相关的转录组数据集 生物信息学 肝纤维化 转录组分析、单细胞RNA测序、加权基因共表达网络分析、免疫组化、分子对接模拟 NA 转录组数据、单细胞RNA测序数据 多个转录组数据集、人类肝硬化组织样本、胆管结扎小鼠模型 NA 单细胞RNA测序 NA NA
1296 2026-02-27
Time-Dependent Effects of Rapid-Acting Antidepressants in iPSC-Derived Neurons from Treatment-Resistant Depression and Healthy Volunteers
2026-Feb-12, Research square
研究论文 本研究利用iPSC来源的神经元模型,评估了多种快速起效抗抑郁药物在治疗抵抗性抑郁症患者和健康志愿者中的时间依赖性分子效应 首次使用iPSC来源的神经元模型并行评估多种快速起效抗抑郁药物,揭示了药物间共享的下游效应和细胞类型特异性变化 模型可能无法完全模拟体内复杂环境,样本量未明确说明,且仅关注了短期药物效应 探究快速起效抗抑郁药物在治疗抵抗性抑郁症中的分子机制 iPSC来源的成熟皮质样神经元,来自治疗抵抗性抑郁症患者和健康志愿者 神经科学 抑郁症 iPSC分化、bulk RNA测序、单细胞RNA测序、Western blotting、免疫细胞化学、CSF蛋白质组学 iPSC来源的神经元模型 转录组数据、蛋白质数据 NA NA bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq NA NA
1297 2026-02-27
Mosaic variants in KRAS and STAT5B associated with a mixed phenotype of 2 acquired errors of immunity
2026-Feb-10, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1
研究论文 本文报道了一例罕见的获得性KRAS和STAT5B功能获得性嵌合变异病例,导致混合免疫缺陷表型 首次报道两种不同获得性免疫缺陷变异(KRAS和STAT5B功能获得性嵌合变异)共同导致混合临床表型 单病例研究,样本量有限,需要更多病例验证 研究获得性嵌合变异在免疫疾病发病机制中的作用 一名18岁女性患者,患有炎症性肠病、脾肿大、血小板减少、支气管扩张、单核细胞增多和嗜酸性粒细胞增多 NA 免疫缺陷疾病 诊断面板测序、全基因组测序、靶向扩增子测序、短读长和长读长单细胞RNA测序、流式细胞术 NA 基因组数据、RNA数据、蛋白质数据 纵向血液和组织样本(单病例) NA 单细胞RNA测序 NA NA
1298 2026-02-27
Single-cell disentangled representations for perturbation modeling and treatment effect estimation
2026-Feb-06, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文开发了scDRP生成框架,利用解耦表示学习来分离扰动依赖和扰动独立的潜在变量,以估计单细胞扰动数据中的个体化治疗效果 提出scDRP框架,结合解耦表示学习和渐近正确性保证,通过稀疏正则化的β-VAE分离潜在变量,并基于分位数保持效应假设进行条件最优传输来推断反事实状态 未明确说明模型在特定扰动类型或细胞类型中的泛化能力限制,以及数据噪声对估计精度的影响 估计单细胞扰动数据中的个体化治疗效果,揭示细胞状态特异性基因调控变化 单细胞扰动数据,包括模拟和真实数据,涉及鼻病毒、香烟烟雾提取物暴露、干扰素刺激和CRISPR敲除等扰动 机器学习 慢性髓系白血病 单细胞测序 β-VAE, 条件最优传输 单细胞测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
1299 2026-02-27
GM-CSF regulates ILC states and myeloid cell signaling during ulceration in Crohn's disease
2026-Feb-05, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过空间转录组学揭示了GM-CSF在克罗恩病溃疡区域调控髓系-淋巴系细胞互及肠道免疫稳态的关键作用 首次使用Xenium单细胞空间转录组技术解析克罗恩病中CSF因子的空间表达模式,并建立了csf2rb/斑马鱼肠道损伤模型验证GM-CSF的功能 研究主要聚焦于回肠组织,其他肠道部位的情况尚不明确;斑马鱼模型与人类疾病存在物种差异 阐明CSF因子在克罗恩病炎症过程中调控免疫细胞空间分布和功能的机制 克罗恩病患者回肠组织、csf2rb/基因缺陷斑马鱼 空间转录组学 克罗恩病 单细胞空间转录组测序、斑马鱼模型、重组蛋白治疗 csf2rb/斑马鱼肠道损伤模型 空间转录组数据、单细胞RNA测序数据 未明确说明患者样本数量,包含人类组织样本和斑马鱼模型 10x Genomics 单细胞空间转录组学 Xenium Xenium单细胞空间转录组平台
1300 2026-02-27
transFusion: a novel comprehensive platform for integration analysis of single-cell and spatial transcriptomics
2026-Feb-03, Bioinformatics (Oxford, England)
研究论文 本文介绍了一个名为transFusion的新型综合平台,专门用于单细胞RNA测序和10× Visium空间转录组学数据的整合分析 transFusion平台提供了12项关键功能,包括细胞间依赖性分析、配体-受体共表达识别与可视化以及空间多模态梯度变异模式分析,旨在克服现有平台在整合多模态数据和最大化空间信息利用方面的不足 平台主要针对10× Visium数据,可能不适用于其他空间转录组技术,且依赖于用户的计算资源 开发一个综合平台,以促进单细胞和空间转录组学数据的整合分析,帮助研究人员探索组织架构、细胞间通信和空间依赖性 单细胞RNA测序数据和10× Visium空间转录组学数据 数字病理学 NA 单细胞RNA测序,空间转录组学 NA 基因表达数据,空间数据 NA 10x Genomics 单细胞RNA-seq,空间转录组学 10x Visium 10× Visium空间转录组技术
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