单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
12961	2024-08-07	FANCD2 deficiency sensitizes SHH medulloblastoma to radiotherapy via ferroptosis 2024-04, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6245 PMID:38229567	研究论文	研究探讨了FANCD2在SHH型髓母细胞瘤中的表达及其对放射治疗敏感性的影响	首次揭示了FANCD2在SHH型髓母细胞瘤中的高表达及其通过诱导铁死亡增强放射治疗敏感性的机制	研究主要集中在细胞和小鼠模型上，尚未在临床试验中验证	探究FANCD2在SHH型髓母细胞瘤中的作用及其对放射治疗的影响	SHH型髓母细胞瘤细胞及小鼠模型	数字病理学	髓母细胞瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	38个髓母细胞瘤组织样本
12962	2024-08-07	Mustn1 is a smooth muscle cell-secreted microprotein that modulates skeletal muscle extracellular matrix composition 2024-Apr, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2024.101912 PMID:38458566	研究论文	本研究探讨了Mustn1蛋白在骨骼肌重塑和修复中的作用，特别是在肌肉萎缩和代偿性肥大转变中的功能。	发现Mustn1是一种由平滑肌细胞分泌的微蛋白，参与调节骨骼肌细胞外基质的组成，这一发现扩展了Mustn1的功能范围。	尚未完全探索Mustn1在肌肉损伤和肌营养不良中的纤维化和免疫浸润作用，以及其作为治疗干预的潜力。	旨在识别调节肌肉萎缩到代偿性肥大或损伤恢复转变的基因和分子途径。	使用后肢卸载和重载的小鼠模型，研究骨骼肌在萎缩和代偿性再生及肥大过程中的基因和蛋白表达变化。	NA	NA	qRT-PCR, 免疫组织化学, 批量和单细胞RNA测序	NA	转录组, 细胞外液蛋白组	包括Mustn1缺陷型遗传小鼠模型和野生型同窝小鼠
12963	2024-08-07	Integrated analysis of single-cell and bulk RNA-sequencing reveals a novel signature based on NK cell marker genes to predict prognosis and immunotherapy response in gastric cancer 2024-04-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-57714-7 PMID:38561388	研究论文	本研究通过综合分析单细胞和批量RNA测序数据，识别出基于NK细胞标记基因的新型特征，用于预测胃癌的预后和免疫治疗反应	本研究首次建立了基于NK细胞标记基因的12基因特征，用于预测胃癌患者的预后和免疫治疗反应	本研究仅在TCGA和GEO数据集上进行了验证，未来需要在更多独立数据集上进行进一步验证	旨在建立基于NK细胞标记基因的可靠特征，为评估胃癌患者的免疫治疗和预后提供新视角	胃癌患者的预后和免疫治疗反应	数字病理学	胃癌	RNA测序	Cox回归分析	RNA测序数据	共分析了1560个样本
12964	2024-08-07	Identification of genetic modifiers enhancing B7-H3-targeting CAR T cell therapy against glioblastoma through large-scale CRISPRi screening 2024-Apr-01, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-024-03027-6 PMID:38561797	研究论文	本研究通过大规模CRISPRi筛选，识别增强B7-H3靶向CAR T细胞疗法对胶质母细胞瘤的遗传修饰因子	发现了一系列遗传修饰因子，如ARPC4、PI4KA、ATP6V1A、UBA1和NDUFV1，这些因子调节CAR T细胞介导的肿瘤杀伤效果，并揭示了TNFSF15在调节肿瘤-CAR T细胞相互作用中的免疫刺激作用	NA	提高CAR T细胞疗法在胶质母细胞瘤中的疗效	胶质母细胞瘤细胞系U87 MG细胞与B7-H3靶向CAR T细胞	数字病理学	脑肿瘤	CRISPRi筛选	NA	RNA测序数据	大规模细胞系
12965	2024-08-07	Monocytes Release Pro-Cathepsin D to Drive Blood-to-Brain Transcytosis in Diabetes 2024-Mar-29, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.123.323622 PMID:38420756	研究论文	研究探讨了单核细胞释放的前胱天蛋白酶D在糖尿病中驱动血液到大脑的转胞吞作用中的作用	发现了循环中的前胱天蛋白酶D在糖尿病脑微血管病变发病机制中的新作用	NA	确定2型糖尿病进展中微血管并发症的潜在机制	人类单核细胞样本和表达人胱天蛋白酶D的转基因小鼠	NA	糖尿病	高通量RNA测序	NA	RNA	控制组和糖尿病患者的单核细胞样本
12966	2024-08-07	Versican Promotes Cardiomyocyte Proliferation and Cardiac Repair 2024-03-26, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.123.066298 PMID:37886839	研究论文	研究探讨了versican在心肌细胞增殖和心脏修复中的作用	首次揭示了versican作为心脏成纤维细胞来源的促进增殖的蛋白聚糖，并阐明了其在促进成年心脏修复中的作用	NA	探究versican在心肌细胞增殖和心脏修复中的作用	新生和成年小鼠的心脏	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序、液相色谱-质谱分析、Western blot、免疫染色、定量逆转录聚合酶链反应、Masson三色染色、超声心动图	NA	NA	新生和成年小鼠
12967	2024-08-07	DESP demixes cell-state profiles from dynamic bulk molecular measurements 2024-Mar-25, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100729 PMID:38490205	research paper	本文介绍了一种名为DESP的算法，该算法利用单细胞RNA测序等独立估计的细胞状态比例，解析细胞状态对批量分子测量（特别是定量蛋白质组学）的相对贡献	DESP算法能够从批量分子测量中准确重建细胞状态特征，为研究细胞状态水平的蛋白质组和其他分子谱提供了一个可推广的计算框架	NA	开发一种算法，用于解析细胞状态对批量分子测量的贡献，并提供对细胞状态水平分子谱的研究方法	细胞状态对批量分子测量的贡献，特别是蛋白质组和转录组的测量	machine learning	NA	single-cell RNA sequencing, quantitative proteomics	DESP algorithm	proteome, transcriptome	NA
12968	2024-08-07	Anchored-fusion enables targeted fusion search in bulk and single-cell RNA sequencing data 2024-Mar-25, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100733 PMID:38503288	研究论文	本文介绍了一种名为Anchored-fusion的高灵敏度融合基因检测工具，该工具能够锚定感兴趣的基因并恢复传统算法通常过滤掉的短读序列匹配	Anchored-fusion包含基于深度学习层次结构的模块，采用自蒸馏学习（HVLD）有效过滤假阳性融合片段，同时保持真实融合基因	NA	开发一种高灵敏度的融合基因检测工具，适用于低测序深度的应用	融合基因的检测	生物信息学	NA	RNA测序	深度学习	RNA测序数据	NA
12969	2024-08-04	EIF2Ss, a Novel c-Myc-Correlated Gene Family, is Associated with Poor Prognosis and Immune Infiltration in Pancreatic Adenocarcinoma 2024-Mar-21, Frontiers in bioscience (Landmark edition) DOI:10.31083/j.fbl2903119 PMID:38538250	研究论文	本研究分析了EIF2S基因家族在胰腺腺癌中的诊断、预后和治疗中的作用	发现EIF2S在胰腺腺癌组织中高表达，并与不良预后和免疫浸润相关	尚未报告EIF2S在PAAD中的具体功能机制	探讨EIF2S基因家族与胰腺腺癌的关系	胰腺腺癌患者的基因表达和生存情况	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），功能富集分析，免疫共沉淀，质谱分析，西方印迹	NA	基因表达数据	基于TCGA数据库，具体样本数未提供
12970	2024-08-04	Construction of an immune predictive model and identification of TRIP6 as a prognostic marker and therapeutic target of CRC by integration of single-cell and bulk RNA-seq data 2024-Mar-02, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-024-03658-w PMID:38430268	研究论文	本研究构建了一个免疫预测模型，并识别了TRIP6作为结直肠癌的预后标志物和治疗靶点	首次结合单细胞RNA测序和总RNA测序数据构建了结直肠癌的分子免疫预测模型	未能深入探讨模型的临床应用效果	识别结直肠癌患者的免疫状态，并构建预后模型以预测患者结果	结直肠癌患者的免疫细胞浸润和关键基因	数字病理学	结直肠癌	RNA-seq，单细胞RNA-seq	逻辑回归模型	基因表达数据	包含来自GEO的结直肠癌单细胞RNA-seq数据和UCSC Xena的总RNA-seq数据
12971	2024-08-04	Proteomic and transcriptomic profiling of brainstem, cerebellum and olfactory tissues in early- and late-phase COVID-19 2024-Mar, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-024-01573-y PMID:38366144	研究论文	本文分析了不同阶段COVID-19患者脑干、脑小脑和嗅觉组织的蛋白质组和转录组特征	首次通过单核RNA测序和空间转录组学整合分析COVID-19不同阶段的神经炎症反应	研究对象为已故个体，可能会影响结果的临床适用性	探讨COVID-19过程中神经系统的免疫反应及其对神经功能的影响	不同阶段的COVID-19患者的脑干组织	数字病理学	COVID-19	单核RNA测序和空间转录组学	NA	组织样本	不同阶段的已故COVID-19患者脑干组织
12972	2024-08-04	Mutational signature and prognosis in adenocarcinoma of the bladder 2024-03, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6239 PMID:38180342	研究论文	本文揭示了膀胱腺癌的突变和转录组特征，并评估了其与预后的关系	首次报告了膀胱腺癌中与化学致癌物相关的突变特征，并与预后相关联	样本数量较少，仅包含23名患者，可能限制结果的广泛适用性	揭示膀胱腺癌的突变和转录组特征	23名膀胱腺癌患者，包括16名原发性膀胱腺癌患者和7名尿管腺癌患者	数字病理学	膀胱癌	全外显子测序、全基因组测序、RNA测序、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、转录组数据	23个样本，包含16个原发性膀胱腺癌和7个尿管腺癌
12973	2024-08-07	The collagen landscape in cancer: profiling collagens in tumors and in circulation reveals novel markers of cancer-associated fibroblast subtypes 2024-01, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6207 PMID:37728068	研究论文	本研究旨在通过分析肿瘤和循环中的胶原蛋白表达，识别癌症相关成纤维细胞亚型的潜在标志物	发现了特定胶原蛋白亚型与癌症相关成纤维细胞亚型（如iCAFs和myCAFs）的关联，并揭示了这些胶原蛋白在不同实体瘤中的表达失调与生存率的关联	NA	识别癌症生物标志物并探索新的治疗靶点	癌症相关成纤维细胞及其胶原蛋白表达	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用公开的单细胞RNA测序数据集和TCGA数据库中的肿瘤样本，以及癌症患者的血清样本
12974	2024-08-07	Transcriptional profile of human thymus reveals IGFBP5 is correlated with age-related thymic involution 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1322214 PMID:38318192	研究论文	研究通过收集和整合公开的人类单细胞转录组测序数据，构建了人类胸腺细胞图谱，并发现了与年龄相关的胸腺退化相关的关键调节因子IGFBP5	首次系统地探索了早期胸腺细胞的细胞间通讯和调节因子，以及年龄相关的人类胸腺差异，并通过生物信息学和实验验证，揭示了IGFBP5作为胸腺退化的功能标记	NA	研究人类胸腺中与年龄相关的退化机制	人类胸腺的细胞和分子机制	生物信息学	NA	单细胞转录组测序（scRNA-seq）	NA	细胞	350,678个细胞来自36个样本
12975	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing reveals cell type-specific immune regulation associated with human neuromyelitis optica spectrum disorder 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1322125 PMID:38440735	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术分析了人类视神经脊髓炎谱系障碍（NMOSD）患者的外周血单个核细胞，揭示了细胞类型特异性的免疫调控	首次通过单细胞RNA测序技术详细描述了NMOSD患者外周血单个核细胞的免疫特征	NA	探讨视神经脊髓炎谱系障碍（NMOSD）的外周免疫特征	NMOSD患者的外周血单个核细胞	数字病理学	神经免疫疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
12976	2024-08-07	Increased glycolysis and cellular crosstalk in eosinophilic chronic rhinosinusitis with nasal polyps 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1321560 PMID:38444858	研究论文	本研究探讨了嗜酸性慢性鼻窦炎伴鼻息肉（eCRSwNP）中糖酵解酶基因表达增加及其与细胞间相互作用的关系	首次通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）揭示了eCRSwNP中糖酵解重编程与细胞间相互作用的关系	NA	研究嗜酸性慢性鼻窦炎伴鼻息肉（eCRSwNP）中糖酵解酶基因表达增加及其与细胞间相互作用的关系	嗜酸性慢性鼻窦炎伴鼻息肉（eCRSwNP）患者的上皮细胞、基质细胞和记忆T细胞亚群	数字病理学	慢性鼻窦炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
12977	2024-08-07	Hedgehog signalling in Foxd1+ embryonic kidney stromal progenitors controls nephron formation via Cxcl12 and Wnt5a 2023-12, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6195 PMID:37772431	研究论文	研究揭示了胚胎肾脏间质祖细胞中Hedgehog信号通路在通过Cxcl12和Wnt5a调控肾单位形成中的主要致病作用	首次确定了Hedgehog信号通路在胚胎肾脏间质细胞中的过度激活导致先天性肾单位数量减少的机制，并发现Cxcl12和Wnt5a是其下游关键分子	研究主要基于小鼠模型和人类肾脏类器官，可能需要进一步的人体研究来验证这些发现	探讨先天性肾脏和尿道异常（CAKUT）中肾单位数量减少的病理机制	胚胎肾脏间质祖细胞中的Hedgehog信号通路及其对肾单位形成的影响	数字病理学	先天性肾脏和尿道异常	单细胞RNA测序	NA	组织	小鼠模型和人类肾脏类器官
12978	2024-08-07	Prostatic proliferative inflammatory atrophy: welcome to the club† 2023-12, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6213 PMID:37775958	研究论文	本研究使用RNA原位杂交技术，在人类前列腺中发现了与肺部club细胞具有转录相似性的上皮细胞，并探讨了这些细胞在前列腺炎症和癌症中的潜在作用	首次在人类前列腺中定位了club-like细胞，并揭示了它们在前列腺炎症和癌症中的表达模式	尚未完全理解club-like细胞在人类前列腺炎症、再生和疾病中的功能角色	探讨club-like细胞在人类前列腺炎症、再生和疾病中的作用	人类前列腺中的club-like细胞及其与前列腺炎症和癌症的关系	数字病理学	前列腺癌	RNA原位杂交	NA	RNA序列	未具体说明样本数量
12979	2024-08-07	Single-cell profiling identifies distinct hormonal, immunologic, and inflammatory signatures of endometriosis-constituting cells 2023-11, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6178 PMID:37807404	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了卵巢子宫内膜囊肿、浅表腹膜子宫内膜异位症和深部浸润性子宫内膜异位症患者的细胞类型及其分子特征	发现了子宫内膜异位症特有的MUC5B细胞、间皮细胞来源的肌成纤维细胞以及NRG1-ERBB3相互作用，这些可能与子宫内膜异位症的发病机制有关	NA	探讨子宫内膜异位症构成细胞与正常子宫内膜的差异及其分子特征与表型表现的关系	卵巢子宫内膜囊肿、浅表腹膜子宫内膜异位症和深部浸润性子宫内膜异位症	数字病理学	子宫内膜异位症	单细胞RNA测序	NA	RNA	12名患者
12980	2024-08-07	Club-like cells in proliferative inflammatory atrophy of the prostate 2023-09, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6149 PMID:37550827	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和染色RNA原位杂交技术，在前列腺增生性炎症萎缩（PIA）中发现并定位了类似肺部纤毛细胞的细胞群	首次在前列腺中发现与肺部纤毛细胞相似的细胞群，并探讨了这些细胞在前列腺炎症和癌变中的作用	研究主要集中在前列腺癌手术标本，对健康前列腺组织的研究较少	识别并定位前列腺中的纤毛细胞样细胞，并探讨其在前列腺炎症和癌变中的作用	前列腺组织，包括健康捐赠者和前列腺癌患者的前列腺标本	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），染色RNA原位杂交	NA	组织样本	包括健康前列腺组织和前列腺癌手术标本