单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
12961	2024-08-07	Cellular and molecular characteristics of stromal Lkb1 deficiency-induced gastrointestinal polyposis based on single-cell RNA sequencing 2024-05, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6259 PMID:38389501	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和基于成像的谱系追踪，探讨了与Peutz-Jeghers综合征相关的胃肠道息肉的细胞复杂性。	本研究揭示了Lkb1相关息肉的异常干细胞样特征，并识别了Spp1-Cd44或Spp1-Itga8/Itgb1轴在息肉中的重要相互作用。	NA	研究Lkb1缺乏引起的胃肠道息肉的细胞和分子特征。	Lkb1;Myh11-Cre/ERT2和Lkb1;PDGFRα-Cre/ERT2小鼠模型中的胃肠道息肉。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	Lkb1;Myh11-Cre/ERT2和Lkb1;PDGFRα-Cre/ERT2小鼠模型
12962	2024-08-04	Single-cell profile reveals the landscape of cardiac immunity and identifies a cardio-protective Ym-1hi neutrophil in myocardial ischemia-reperfusion injury 2024-Apr-15, Science bulletin IF:18.8Q1 DOI:10.1016/j.scib.2024.02.003 PMID:38395651	研究论文	本研究揭示了心脏免疫学的整体情况，并确定了一种具有心脏保护作用的Ym-1hi中性粒细胞在心肌缺血再灌注损伤中的作用	首次识别心肌缺血再灌注损伤中具保护作用的新型 Ym-1hi 中性粒细胞亚型	未提供人类样本的详细分析，主要集中在小鼠实验上	研究心肌缺血再灌注损伤中中性粒细胞的亚型及其动态变化	小鼠心脏中隔离的CD45阳性细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞测序	NA	细胞	在六个时间点对小鼠心脏进行取样，具体样本量未明确说明
12963	2024-08-04	Macrophage diversity in human cancers: New insight provided by single-cell resolution and spatial context 2024-Apr-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e28332 PMID:38571605	研究论文	本文总结了最近研究中使用先进技术揭示的人类癌症中肿瘤相关巨噬细胞的新功能亚群	该研究强调了特定肿瘤相关巨噬细胞亚群的转录组特征及其临床意义，并利用空间转录组学技术揭示了巨噬细胞与其他细胞类型之间的空间相互作用	对特定肿瘤类型中肿瘤相关巨噬细胞状态的知识仍然有限	探讨肿瘤微环境中巨噬细胞表型的多样性及其在不同人类癌症中的功能	研究肿瘤微环境中的肿瘤相关巨噬细胞及其特定亚群	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	转录组数据	涉及多个不同类型人类癌症的巨噬细胞
12964	2024-08-07	Identification and validation of mutual hub genes in idiopathic pulmonary fibrosis and rheumatoid arthritis-associated usual interstitial pneumonia 2024-Apr-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e28088 PMID:38571583	研究论文	本研究通过综合生物信息学分析探索特发性肺纤维化（IPF）和类风湿关节炎相关寻常间质性肺炎（RA-UIP）中的共同枢纽基因和通路	筛选出四个共同枢纽基因（THBS2, TIMP1, POSTN, 和 CD19），并验证这些基因在IPF和RA-UIP中的潜在生物标志物作用	NA	探索IPF和RA-UIP中的共同枢纽基因和通路	IPF和RA-UIP患者的肺组织样本	数字病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	GSE199152数据集中的IPF和RA-UIP患者肺组织样本
12965	2024-08-04	The human infertility single-cell testis atlas (HISTA): an interactive molecular scRNA-Seq reference of the human testis 2024-Apr-05, Andrology IF:3.2Q1 DOI:10.1111/andr.13637 PMID:38577799	研究论文	本研究描述了人类不育单细胞睾丸图谱（HISTA）的生成和使用，这是一个通过scRNA-Seq分析理解人类精子生成的交互式Web工具	HISTA整合了来自不同供体和不育状态的scRNA-Seq数据，并提供了交互式工具以支持数据探索和基因表达分析	HISTA依赖于现有数据集的质量和多样性，可能无法涵盖所有人类睾丸的转录组特征	研究人类睾丸的高维转录组特征，以帮助理解精子生成	12名捐赠者的scRNA-Seq数据，包括健康成人对照、青少年及多个不育案例	数字病理学	不育	scRNA-Seq	机器学习	基因表达数据	12名捐赠者的样本
12966	2024-08-04	Virus-reactive T cells expanded in aplastic anemia eliminate hematopoietic progenitor cells by molecular mimicry 2024-Apr-04, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2023023142 PMID:38277625	研究论文	本研究探讨了反应性T细胞在再生障碍性贫血中的作用。	新发现的病毒相关T细胞通过分子模仿机制消除造血前体细胞的作用。	尚未明确T细胞克隆的具体贡献及其抗原特异性。	研究再生障碍性贫血患者中T细胞的分化状态及其对造血前体细胞的影响。	对15名获得性再生障碍性贫血患者的T细胞克隆进行分析。	数字病理学	再生障碍性贫血	单细胞测序和免疫表型分析	NA	细胞	15名获得性再生障碍性贫血患者
12967	2024-08-04	CITEViz: interactively classify cell populations in CITE-Seq via a flow cytometry-like gating workflow using R-Shiny 2024-Apr-02, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-024-05762-1 PMID:38566005	研究论文	CITEViz是一个交互式R-Shiny应用程序，用于在CITE-Seq数据中高效分类细胞群体	CITEViz通过简化CITE-Seq数据的流式细胞术门控工作流程，实现了对细胞群体的标准化分类	目前CITEViz的功能可能不覆盖所有类型的多组学数据处理	开发一个工具以优化和标准化CITE-Seq数据的门控过程	外周血单核细胞的CITE-Seq数据集及主要血细胞群体	数字病理学	NA	CITE-Seq	NA	单细胞测序数据	涉及外周血单核细胞的CITE-Seq数据集
12968	2024-08-07	Single cell analysis reveals the roles and regulatory mechanisms of type-I interferons in Parkinson's disease 2024-Apr-02, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-024-01590-1 PMID:38566100	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了帕金森病中I型干扰素的作用及其调控机制	首次详细描述了不同细胞类型中I型干扰素的具体特征及其在帕金森病中的作用机制	研究主要基于单细胞RNA测序数据，未来需更多实验验证	揭示I型干扰素在帕金森病中的作用及其调控机制	帕金森病患者和健康对照的单细胞RNA测序数据	数字病理学	帕金森病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	39,024个单细胞RNA测序结果，包括5名帕金森病患者和6名健康对照
12969	2024-08-04	Dissecting the spatiotemporal diversity of adult neural stem cells 2024-Apr, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.1038/s44320-024-00022-z PMID:38365956	研究论文	本研究探讨了成体神经干细胞的时空多样性	该研究结合单细胞转录组学和在体RNA代谢标记技术，揭示了成体神经干细胞的组织原则	本研究主要集中于斑马鱼大脑，限制了其对其他类型动物的适用性	研究成体神经干细胞的功能状态及其在空间和时间上的调节	成体斑马鱼大脑中的神经干细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组学、在体RNA代谢标记	NA	基因表达数据	斑马鱼大脑不同区域的单细胞样本
12970	2024-08-04	Deciphering cutaneous melanoma prognosis through LDL metabolism: Single-cell transcriptomics analysis via 101 machine learning algorithms 2024-Apr, Experimental dermatology IF:3.5Q1 DOI:10.1111/exd.15070 PMID:38570935	研究论文	本文探讨了低密度脂蛋白（LDL）代谢与皮肤黑色素瘤之间的关系	结合机器学习算法构建的LDL相关特征，可以用于评估皮肤黑色素瘤患者的预后和免疫状态	未提及具体的临床验证和应用，可能限制了结果的广泛适用性	调查低密度脂蛋白在皮肤黑色素瘤中的作用及其对肿瘤进展的影响	分析与低密度脂蛋白代谢相关的基因及其在皮肤黑色素瘤细胞中的表现	数字病理学	皮肤黑色素瘤	单细胞测序、bulk-RNA测序	机器学习算法	基因组数据	使用了多个数据集，包括GSE215120，TCGA，GSE19234，GSE22153和GSE65904
12971	2024-08-04	Single-cell transcriptomics reveals the ameliorative effect of rosmarinic acid on diabetic nephropathy-induced kidney injury by modulating oxidative stress and inflammation 2024-Apr, Acta pharmaceutica Sinica. B DOI:10.1016/j.apsb.2024.01.003 PMID:38572101	研究论文	本研究探讨了迷迭香酸对糖尿病肾病诱导的肾损伤的改善作用	揭示了单细胞层次上迷迭香酸对肾损伤的多样性反应及其机制	研究可能未涵盖所有与糖尿病肾病相关的细胞反应	探讨迷迭香酸在糖尿病肾病中改善肾脏损伤的作用	糖尿病肾病诱导的肾损伤及迷迭香酸的治疗效果	数字病理学	糖尿病肾病	单细胞转录组学	NA	细胞数据	NA
12972	2024-08-07	Comparative single-cell RNA sequencing analysis of immune response to inactivated vaccine and natural SARS-CoV-2 infection 2024-Apr, Journal of medical virology IF:6.8Q1 DOI:10.1002/jmv.29577 PMID:38572977	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了灭活SARS-CoV-2疫苗与自然感染后的免疫反应	揭示了灭活疫苗与自然感染在免疫细胞比例和转录组方面的细微差异，以及细胞间通讯模式的独特变化	样本量相对较小，可能影响结果的普遍性	理解COVID-19免疫学中灭活疫苗与自然感染的免疫反应	灭活SARS-CoV-2疫苗接种者与COVID-19患者的PBMC样本	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	RNA	12名接种灭活疫苗的个体和COVID-19患者
12973	2024-08-07	Monocyte state 1 (MS1) cells in critically ill patients with sepsis or non-infectious conditions: association with disease course and host response 2024-03-19, Critical care (London, England) DOI:10.1186/s13054-024-04868-5 PMID:38504349	研究论文	本研究探讨了单核细胞状态1（MS1）细胞在重症监护病房（ICU）中患有脓毒症或非感染性疾病的患者中的分布及其与疾病进程和宿主反应的关系	首次使用转录组反卷积方法（CIBERSORTx）评估MS1细胞在脓毒症患者中的比例，并研究其与疾病严重程度和宿主反应失调的关系	研究未区分MS1细胞在幸存者和非幸存者之间或二次感染患者之间的差异	确定MS1细胞特征与疾病表现、预后和宿主反应特征之间的关联	脓毒症患者和ICU中无感染的患者	NA	脓毒症	单细胞RNA测序	NA	RNA	332名脓毒症患者和215名无感染的ICU患者
12974	2024-08-04	Phylogenomic position of eupelagonemids, abundant, and diverse deep-ocean heterotrophs 2024-Jan-08, The ISME journal DOI:10.1093/ismejo/wrae040 PMID:38457644	研究论文	本研究探讨了深海异养原生生物Eupelagonemids的系统发育位置	研究通过单细胞转录组技术揭示了Eupelagonemids的多样性及其与其他分类群的关系	目前对Eupelagonemids的培养和研究仍然有限，数据主要来自光学显微镜图像和部分基因序列	确定Eupelagonemids在真核生物树中的位置，并填补其生物学信息的缺失	研究对象为两种Eupelagonemid细胞	NA	NA	单细胞转录组学	NA	基因序列	两个Eupelagonemid细胞
12975	2024-08-04	Single-cell Sequencing Data Reveals Aggressive CD68-type Macrophages and Prognostic Models in Bladder Cancer 2024, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0929867331666230824093312 PMID:37622699	研究论文	本研究揭示了膀胱癌中激进CD68型巨噬细胞及其预后模型	研究首次利用单细胞测序数据鉴定了膀胱癌中的预后生物标志物，并构建了膀胱癌预后风险指导系统	研究主要基于公共数据库的数据，可能存在样本选择偏差	研究膀胱癌中相关免疫细胞类型与侵袭性之间的关系以及建立预后管理系统	以膀胱癌为研究对象，分析与其侵袭性相关的CD68型巨噬细胞	数字病理学	膀胱癌	单细胞测序	COX回归分析	基因表达数据	使用了来自GEO和TCGA数据库的膀胱癌细胞测序数据，具体样本数量未注明
12976	2024-08-04	Identification of Key Genes in Angiogenesis of Breast and Prostate Cancers in the Context of Different Cell Types 2024, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0929867330666230331101458 PMID:36999716	研究论文	这篇文章识别了在乳腺癌和前列腺癌的不同细胞类型中，与血管生成相关的关键基因	文章揭示了不同细胞类型中血管生成相关基因模块的过表达模式	没有具体提到研究的局限性	研究不同细胞类型如何影响血管生成过程	前列腺癌和乳腺癌样本中的血管生成相关基因	数字病理学	乳腺癌, 前列腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	分析了乳腺癌和前列腺癌样本中的单细胞RNA-Seq数据
12977	2024-08-07	Penile cavernous sinusoids are Prox1-positive hybrid vessels 2024-Jan-01, Vascular biology (Bristol, England) DOI:10.1530/VB-23-0014 PMID:38051669	研究论文	本文鉴定了阴茎海绵体窦状血管为表达淋巴内皮细胞身份基因Prox1、Vegfr3和Lyve1的新型混合血管床	发现了阴茎海绵体窦状血管作为新的混合血管床，并揭示了其在糖尿病相关勃起功能障碍中的转录变化	NA	详细描述混合阴茎海绵体窦状血管的分子特征，并为治疗失调的阴茎血管疾病提供分子靶点	阴茎海绵体窦状血管的混合特性及其在勃起功能障碍中的作用	NA	勃起功能障碍	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	人类阴茎海绵体组织
12978	2024-08-07	Inflammasome signaling is dispensable for ß-amyloid-induced neuropathology in preclinical models of Alzheimer's disease 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1323409 PMID:38352874	研究论文	本文评估了在阿尔茨海默病（AD）的ß-淀粉样蛋白诱导的神经病理学模型中，炎症小体信号在体内的作用	研究结果质疑了炎症小体激活在预临床淀粉样蛋白模型中的普遍作用	研究仅限于特定的鼠标模型，可能不适用于所有AD模型	探讨炎症小体信号在ß-淀粉样蛋白诱导的AD神经病理学中的作用	APP/PS1和AppNL-G-F鼠标模型中的微胶质细胞和全身炎症小体信号	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	NA	RNA	多个鼠标模型
12979	2024-08-04	It is better to light a candle than to curse the darkness: single-cell transcriptomics sheds new light on pancreas biology and disease 2023-06, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2022-329313 PMID:36997301	综述	本文回顾了单细胞转录组学如何改变我们对胰腺生物学和疾病进展的理解	引入了单细胞转录组学，揭示了胰腺的细胞组成和分子机制	本文没有具体提及研究的样本量和实验限制	探讨单细胞转录组学在胰腺生物学和疾病中的应用	胰腺及相关细胞类型和状态	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	细胞类型和状态	NA
12980	2024-08-07	Characterization of transcript enrichment and detection bias in single-nucleus RNA-seq for mapping of distinct human adipocyte lineages 2022-02, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.275509.121 PMID:35042723	研究论文	本研究比较了从人类白色和棕色脂肪细胞系中分离的单核细胞和成熟脂肪细胞的转录组景观与全细胞转录组，展示了单核RNA测序（snRNA-seq）在识别脂肪生成各阶段广泛细胞类型的能力	提出了针对snRNA-seq技术检测偏差的归一化策略，并展示了scRNA-seq和snRNA-seq数据集的成功整合	snRNA-seq存在固有的转录本富集和检测偏差，可能不足以映射脂肪组织中的重要转录特征	探讨snRNA-seq在脂肪组织细胞多样性表征中的应用	人类白色和棕色脂肪细胞系的单核细胞和成熟脂肪细胞的转录组	单细胞测序	NA	单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	转录组数据	人类白色和棕色脂肪细胞系的单核细胞和成熟脂肪细胞