单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
12941	2024-08-07	COX5A as a potential biomarker for disease activity and organ damage in lupus 2023-Dec, Clinical and experimental medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10238-023-01215-w PMID:37891386	研究论文	本研究通过综合分析RNA-seq数据和单细胞RNA测序数据，探讨了系统性红斑狼疮（SLE）中的关键通路和驱动基因，并评估了COX5A作为SLE疾病活动和器官损伤的潜在生物标志物的价值	本研究首次发现氧化磷酸化（OXPHOS）是SLE中最显著改变的代谢途径，并识别了与OXPHOS相关的酶COX5A，其表达与SLE的疾病活动、器官损伤和皮质类固醇治疗相关	NA	旨在深入了解SLE的免疫学途径和预后生物标志物	SLE的免疫细胞类型、关键通路和驱动基因，以及COX5A作为生物标志物的潜在价值	免疫学	系统性红斑狼疮	RNA-seq, 单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据, 单细胞RNA测序数据	64例SLE患者和62例健康对照
12942	2024-08-07	The Poisson distribution model fits UMI-based single-cell RNA-sequencing data 2023-Jun-17, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-023-05349-2 PMID:37330471	研究论文	本文提出了一种基于独立泊松分布（IPD）的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据建模方法，通过引入一种新的数据表示方法——从简单均匀IPD的偏离（DIPD）来捕捉细胞簇生成的每个基因每个细胞的内在异质性	本文的创新点在于提出了一种新的数据表示方法DIPD，用于捕捉细胞簇生成的每个基因每个细胞的内在异质性，并展示了该方法在发现新的细胞亚型方面的优势	NA	改进单细胞RNA测序数据的建模方法，以更好地支持下游数据分析	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	泊松分布模型	基因表达数据	NA
12943	2024-08-07	Single cell sequencing revealed the mechanism of CRYAB in glioma and its diagnostic and prognostic value 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1336187 PMID:38274814	研究论文	本研究通过单细胞测序技术探讨了CRYAB在胶质瘤中的作用机制及其诊断和预后价值	首次通过单细胞测序数据分析CRYAB在胶质瘤中的具体作用和机制，并建立了基于CRYAB的风险模型用于预测胶质母细胞瘤的预后	研究主要基于数据库中的数据和体外实验，尚未进行临床试验验证模型的有效性	探索CRYAB在胶质瘤中的作用机制及其在诊断和预后中的应用	胶质母细胞瘤患者的单细胞分化数据和CRYAB表达	数字病理学	脑瘤	单细胞RNA测序	LASSO和逐步回归算法	单细胞RNA测序数据	涉及TCGA和GEO数据库中的数据以及GEO数据库中的胶质瘤患者单细胞测序数据
12944	2024-08-07	Inhibition of anti-tumor immunity by melanoma cell-derived Activin-A depends on STING 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1335207 PMID:38304252	研究论文	本文研究了黑色素瘤细胞分泌的Activin-A通过STING途径抑制抗肿瘤免疫的机制	发现Activin-A诱导的免疫逃避与多种细胞类型的促炎性干扰素特征相关，并揭示了STING在其中的关键作用	NA	探讨Activin-A在黑色素瘤中的作用及其对免疫疗法的影响	黑色素瘤细胞、CD8 T细胞及免疫微环境	肿瘤学	黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用突变型YUMM3.3小鼠黑色素瘤细胞进行同基因移植实验
12945	2024-08-07	Resolution of the curse of dimensionality in single-cell RNA sequencing data analysis 2022-08-09, Life science alliance IF:3.3Q1 DOI:10.26508/lsa.202201591 PMID:35944930	研究论文	本文提出了一种名为RECODE的高维统计方法，用于解决单细胞RNA测序数据分析中的维度灾难问题	RECODE方法不涉及维度降低，能够恢复所有基因的表达值，包括低表达基因，实现细胞命运转变的精确描绘和罕见细胞的识别	NA	解决单细胞RNA测序数据分析中的维度灾难问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	众多单个细胞
12946	2024-08-07	MAIT and Vδ2 unconventional T cells are supported by a diverse intestinal microbiome and correlate with favorable patient outcome after allogeneic HCT 2022-05-25, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.abj2829 PMID:35613281	研究论文	研究了异基因造血细胞移植后肠道微生物多样性与MAIT和Vδ2非传统T细胞数量增加及患者良好预后之间的关系	首次揭示了肠道微生物多样性与MAIT和Vδ2细胞数量增加及患者预后改善之间的免疫学联系	研究样本量有限，需要进一步的大规模研究验证	探讨异基因造血细胞移植后肠道微生物多样性对患者免疫细胞和预后的影响	异基因造血细胞移植后的患者及其肠道微生物和免疫细胞	免疫学	血液疾病	单细胞转录组学和流式细胞术	NA	细胞	174名接受异基因造血细胞移植的患者
12947	2024-08-07	Progenitor identification and SARS-CoV-2 infection in long-term human distal lung organoid cultures 2020-Jul-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2020.07.27.212076 PMID:32743583	研究论文	本文开发了一种无饲养层、化学定义的远端人肺祖细胞器官培养系统，并展示了其在模拟COVID-19远端肺疾病中的应用	首次成功培养了从单个成人肺泡上皮II型细胞或基底细胞克隆衍生的远端人肺器官，并展示了其在SARS-CoV-2感染模型中的应用	未观察到仅由杯状细胞组成的器官	开发一种新的体外模型来研究人远端肺疾病，特别是COVID-19相关的肺炎	远端人肺祖细胞及其在疾病模型中的应用	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	细胞	从单个成人肺泡上皮II型细胞或基底细胞克隆衍生的器官
12948	2024-08-07	Molecular characterization of foveal versus peripheral human retina by single-cell RNA sequencing 2019-07, Experimental eye research IF:3.0Q1 DOI:10.1016/j.exer.2019.05.001 PMID:31075224	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，对来自三个供体的人类视网膜中央凹和周边区域的神经视网膜进行了分子特征分析	首次详细比较了中央凹和周边视网膜细胞的转录组特征，并发现了与年龄相关性黄斑变性相关的转铁蛋白在周边样本中的富集	研究仅限于三个供体的样本，可能限制了结果的普遍性	探索人类视网膜中央凹与周边区域细胞的分子差异	人类视网膜的中央凹和周边区域的神经视网膜细胞	数字病理学	年龄相关性黄斑变性	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	共分析了8,217个细胞，其中3,578个来自中央凹，4,639个来自周边区域
12949	2024-08-07	A conditionally immortalized Gli1-positive kidney mesenchymal cell line models myofibroblast transition 2019-01-01, American journal of physiology. Renal physiology DOI:10.1152/ajprenal.00460.2018 PMID:30303712	研究论文	本文通过遗传策略成功分离并培养了表达Gli1的肾间充质细胞系KGli1，该细胞系能够模拟肌成纤维细胞的转化过程	开发了一种新的条件性永生化Gli1阳性肾间充质细胞系，为研究健康和疾病中的间充质干细胞样前体细胞提供了新工具	NA	研究Gli1阳性肌成纤维细胞前体的激活机制	Gli1阳性肾间充质细胞及其在肌成纤维细胞转化中的作用	数字病理学	肾脏疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
12950	2024-08-04	Perturbed liver gene zonation in a mouse model of non-alcoholic steatohepatitis 2024-May, Metabolism: clinical and experimental DOI:10.1016/j.metabol.2024.155830 PMID:38428673	研究论文	本研究探讨了非酒精性脂肪性肝炎小鼠模型中肝脏基因分区的扰动	揭示了Wnt信号通路在小鼠NASH模型中如何影响肝脏基因分区的变化	研究未能探讨RSPO3过表达或Rspo3敲低对NASH病理的影响	研究非酒精性脂肪性肝炎中的肝脏基因分区及其调节机制	小鼠模型中的非酒精性脂肪性肝炎	数字病理学	非酒精性脂肪性肝炎	空间转录组学、bulk RNAseq、原位杂交	NA	基因表达数据	NA
12951	2024-08-07	Mechanisms of imbalanced testicular homeostasis in infancy due to aberrant histone acetylation in undifferentiated spermatogonia under different concentrations of Di(2-ethylhexyl) phthalate (DEHP) exposure 2024-Apr-15, Environmental pollution (Barking, Essex : 1987) DOI:10.1016/j.envpol.2024.123742 PMID:38460586	研究论文	本研究探讨了不同浓度邻苯二甲酸二(2-乙基己基)酯(DEHP)暴露下，未分化精原细胞中组蛋白乙酰化异常导致的婴儿期睾丸内稳态失衡机制	首次揭示了DEHP暴露在婴儿期通过影响组蛋白乙酰化模式，导致未分化精原细胞凋亡或自噬，并影响成年期睾丸内稳态	NA	阐明DEHP暴露在婴儿期对睾丸细胞群发育的分子机制	未分化精原细胞、Sertoli细胞和Leydig细胞	NA	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA	PD5小鼠，分别以40 μg/kg和80 μg/kg DEHP连续暴露十天
12952	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing reveals the heterogeneity of hepatic non-parenchymal cell responses to chronic PFO5DoDA exposure in male mice 2024-Apr-15, Environmental pollution (Barking, Essex : 1987) DOI:10.1016/j.envpol.2024.123721 PMID:38462192	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了雄性小鼠肝脏非实质细胞在长期暴露于PFO5DoDA后的异质性反应。	首次详细研究了PFO5DoDA对肝脏非实质细胞的影响，揭示了这些细胞在暴露后的异质性反应和相互作用变化。	研究仅限于雄性小鼠，且样本量较小，可能影响结果的普遍性。	探讨PFO5DoDA暴露对肝脏非实质细胞的异质性影响及其机制。	雄性小鼠肝脏非实质细胞在PFO5DoDA暴露后的反应。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞	15,008个细胞
12953	2024-08-04	Single-cell profiling reveals transcriptome dynamics during bovine oocyte growth 2024-Apr-06, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-024-10234-0 PMID:38580918	研究论文	本研究运用单细胞RNA测序揭示了牛卵母细胞生长过程中的转录组动态变化	通过单细胞RNA测序首次揭示了牛卵母细胞各生长阶段关键基因和通路的独特数据集	大部分研究集中于已完全成熟的卵母细胞，难以获得早期发育阶段的数据	探讨牛卵母细胞从次级卵泡阶段到中腺泡阶段的转录组动态	牛卵母细胞，包括不同直径的卵母细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	已知直径的卵母细胞（< 60 到 > 120 μm）
12954	2024-08-04	SOXC are critical regulators of adult bone mass 2024-Apr-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-47413-2 PMID:38580651	研究论文	这篇文章探讨了SOXC转录因子在调控成年骨量中的重要性	揭示了SOXC通过调节骨质吸收和形成在成年骨量维持中的作用	尚未完全理解SOXC在成人骨量控制中的具体机制	研究SOXC对成年骨量的调控作用	使用SOXC功能丧失和功能获得小鼠模型进行研究	生物医学	骨质疏松症	小鼠模型	功能丧失和功能获得模型	基因表达数据	具体样本数量未提供
12955	2024-08-04	Cellular atlas of the human ovary using morphologically guided spatial transcriptomics and single-cell sequencing 2024-Apr-05, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adm7506 PMID:38578993	研究论文	本文构建了一个人类卵巢的细胞图谱，利用形态学引导的空间转录组学和单细胞测序。	研究揭示了卵母细胞、黄体细胞和颗粒细胞的特异性基因活动，并提供了相应的基因面板，扩展了对卵泡发育分子机制的认识。	研究仅使用了两名绝经前供体的卵巢样本，样本量相对较小。	探讨卵巢中细胞群体之间的功能特征及其相互作用。	来自五名供体的卵巢区域，包括257个区域的基因分析和21,198个细胞的单细胞RNA测序。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	257个区域和21,198个细胞
12956	2024-08-07	col1a2+ fibroblasts/muscle progenitors finetune xanthophore countershading by differentially expressing csf1a/1b in embryonic zebrafish 2024-Apr-05, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adj9637 PMID:38578990	研究论文	本研究揭示了斑马鱼胚胎中黄素细胞反阴影模式调控的机制	首次发现纤维母细胞和肌肉前体细胞通过差异表达CSF1A/1B来调节黄素细胞的分布模式	NA	探究动物色素模式适应自然环境的机制	斑马鱼胚胎中的黄素细胞反阴影模式	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
12957	2024-08-07	Targeting pathogenic CD8+ tissue-resident T cells with chimeric antigen receptor therapy in murine autoimmune cholangitis 2024-Apr-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-46654-5 PMID:38580644	研究论文	本研究使用Il12bIl2ra小鼠（DKO小鼠）作为自身免疫性胆管炎模型，通过Cd8a敲除或抗CD8α抗体治疗预防/减少胆管免疫病理，并开发针对表达PD-1的CD8 Trm细胞的嵌合抗原受体（CAR）-T细胞疗法。	首次描述了针对表达PD-1的CD8 Trm细胞的嵌合抗原受体（CAR）-T细胞的开发，并证明了其在治疗自身免疫性胆管炎中的潜在疗效。	NA	研究CD8 Trm细胞在自身免疫性胆管炎中的致病作用及PD-1靶向CAR-T细胞的潜在治疗用途。	自身免疫性胆管炎模型小鼠及CD8 Trm细胞。	免疫学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用Il12bIl2ra小鼠（DKO小鼠）作为模型
12958	2024-08-07	Metacell-based differential expression analysis identifies cell type specific temporal gene response programs in COVID-19 patient PBMCs 2024-Apr-05, NPJ systems biology and applications IF:3.5Q1 DOI:10.1038/s41540-024-00364-2 PMID:38580667	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，利用元细胞方法分析COVID-19患者外周血单个核细胞（PBMCs）中的细胞类型特异性时间基因响应程序	提出了一种新的计算框架，使用元细胞作为“重复”以增加统计严谨性，并展示了这种方法在保留表达变异性和产生更有生物学意义的差异表达基因（DEGs）方面的优势	当前单细胞RNA测序分析存在基因检测数量少、实验成本高导致重复样本不足以及数据分析中将单个细胞视为独立测量导致统计膨胀的问题	旨在解决单细胞RNA测序技术在时间序列样本分析中的局限性	COVID-19患者外周血单个核细胞（PBMCs）中的细胞类型特异性时间基因响应程序	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	时间序列的单细胞RNA测序数据集
12959	2024-08-07	Comprehensive analyses of the cancer-associated fibroblast subtypes and their score system for prediction of outcomes and immunosuppressive microenvironment in prostate cancer 2024-Apr-05, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-024-03305-5 PMID:38580966	研究论文	本文通过综合分析癌症相关成纤维细胞（CAFs）的亚型及其评分系统，预测前列腺癌的预后和免疫抑制微环境	开发了一种CAF亚型评分系统，作为前列腺癌和其他癌症类型的预后因子，并有助于区分前列腺癌中不同的免疫抑制机制	NA	研究CAF亚型在前列腺癌中的生物学和临床意义，并开发一种评分系统来预测预后和免疫抑制微环境	前列腺癌细胞、正常成纤维细胞和CAFs	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	从TCGA、MSKCC、CPGEA和GEO数据库收集的序列、基因组和临床数据
12960	2024-08-04	GPR65 sensing tumor-derived lactate induces HMGB1 release from TAM via the cAMP/PKA/CREB pathway to promote glioma progression 2024-Apr-04, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-024-03025-8 PMID:38576043	研究论文	本研究揭示了肿瘤衍生乳酸如何影响肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）并促进胶质瘤进展的机制	提出了GPR65在TAM上感应乳酸刺激，并通过cAMP/PKA/CREB信号通路促进HMGB1释放，从而促进肿瘤进展的新机制	本研究主要集中于体外实验和小鼠模型，缺乏临床样本验证	阐明肿瘤衍生乳酸对胶质瘤中TAMs的影响及其调控通路	胶质瘤细胞及其相关的肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）	数字病理学	胶质瘤	单细胞RNA-seq, CCK8, 细胞克隆形成, 创伤愈合, 转移实验, 西方印迹, 免疫荧光染色, RT-PCR, ELISA	小鼠异种移植肿瘤模型	基因表达数据，细胞 assays 数据	使用TCGA和CGGA数据集进行的生物信息学分析，以及不同实验中细胞类型的相关检测