单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27366 篇文献，本页显示第 12921 - 12940 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 12921 | 2024-08-07 |
Lifelong single-cell profiling of cranial neural crest diversification in zebrafish
2022-01-10, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-27594-w
PMID:35013168
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研究论文 | 本文通过整合单细胞转录组和染色质可及性 profiles，研究了斑马鱼一生中颅神经嵴细胞的分化过程 | 发现了神经嵴细胞逐步和区域特异性建立增强子可及性，支持了多样性潜能的逐步和区域特异性染色质重塑 | NA | 探究神经嵴细胞如何获得如此非凡的谱系潜能 | 斑马鱼颅神经嵴细胞的分化和多样性 | NA | NA | 单细胞转录组和染色质可及性分析 | NA | 单细胞转录组和染色质可及性 profiles | NA |
| 12922 | 2024-08-07 |
Single cell transcriptomic landscape of diabetic foot ulcers
2022-01-10, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-27801-8
PMID:35013299
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了糖尿病足溃疡患者的足部、前臂和外周血单个核细胞的转录组图谱 | 发现了在糖尿病足溃疡患者中，表达MMP1、MMP3、MMP11、HIF1A、CHI3L1和TNFAIP6的独特纤维母细胞群以及M1巨噬细胞的富集，这些细胞在伤口愈合中起关键作用 | NA | 深入了解糖尿病足溃疡的伤口愈合微环境，并识别可能促进伤口愈合的关键细胞类型 | 糖尿病足溃疡患者的足部、前臂和外周血单个核细胞 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 174,962个单细胞 |
| 12923 | 2024-08-07 |
VThunter: a database for single-cell screening of virus target cells in the animal kingdom
2022-01-07, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkab894
PMID:34634807
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研究论文 | 本研究构建了一个名为VThunter的数据库，用于单细胞水平上筛选动物界中病毒目标细胞的病毒受体表达特征 | 通过手动整理和分析最新的动物单细胞RNA测序数据，全面注释了107种病毒受体在142种病毒中的表达特征 | NA | 旨在为科研社区提供一个用户友好的界面，以便探索病毒受体的表达特征 | 病毒受体在不同动物组织中的表达 | 生物信息学 | 病毒感染疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞RNA测序数据 | 2,100,962个细胞来自47种动物物种 |
| 12924 | 2024-08-07 |
Hepatocellular carcinoma patients with high circulating cytotoxic T cells and intra-tumoral immune signature benefit from pembrolizumab: results from a single-arm phase 2 trial
2022-01-06, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-021-00995-8
PMID:34986867
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研究论文 | 本文通过单臂II期试验，研究了肝细胞癌患者在接受pembrolizumab治疗前后的肿瘤生物标志物变化，以及这些变化与治疗反应的关系 | 首次详细描述了肝细胞癌患者在接受pembrolizumab治疗前后，循环和肿瘤内细胞毒性T细胞的变化及其与治疗效果的关系 | 研究样本量较小，且为单臂试验，缺乏对照组 | 探讨肝细胞癌患者在接受pembrolizumab治疗前后的分子特征及其与治疗反应的关系 | 60名索拉非尼治疗失败的肝细胞癌患者 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 全外显子测序、RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据、转录组数据 | 60名患者 |
| 12925 | 2024-08-07 |
scDALI: modeling allelic heterogeneity in single cells reveals context-specific genetic regulation
2022-01-06, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-021-02593-8
PMID:34991671
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研究论文 | 本文开发了scDALI计算框架，结合细胞状态信息与单细胞测序数据的等位基因定量，以表征细胞状态特异性的遗传效应 | scDALI框架能够整合细胞状态信息与单细胞测序数据的等位基因定量，从而捕捉细胞类型和状态间的遗传变异功能影响多样性 | NA | 研究遗传变异在不同细胞类型和状态中的功能影响 | 果蝇胚胎发育中的scATAC-seq数据和人类iPSCs分化中的scRNA-seq数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | 计算框架 | 测序数据 | 果蝇胚胎和人类iPSCs的单细胞测序数据 |
| 12926 | 2024-08-07 |
Mammalian Digit Tip Regeneration: Moving from Phenomenon to Molecular Mechanism
2022-01-04, Cold Spring Harbor perspectives in biology
IF:6.9Q1
DOI:10.1101/cshperspect.a040857
PMID:34312249
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综述 | 本文综述了哺乳动物指尖再生的当前知识状态，讨论了胚芽的来源和形成以及单细胞RNA测序带来的分子标记和细胞组成的最新见解 | 探讨了指尖再生的分子机制，并讨论了已知的分子途径在肢体发育中如何为指尖再生研究提供信息 | NA | 深入理解哺乳动物指尖再生的分子机制 | 指尖再生的胚芽结构及其分子标记和细胞组成 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA |
| 12927 | 2024-08-07 |
Sensei: how many samples to tell a change in cell type abundance?
2022-Jan-04, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-021-04526-5
PMID:34983369
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research paper | 本文开发了一种名为Sensei的新方法，用于确定在单细胞研究中检测细胞类型丰度变化所需的样本数量和细胞数量 | Sensei扩展了t检验并使用beta-二项分布模型来模拟细胞丰度，为确定样本大小提供了数学准确性和实用指南 | NA | 解决在受控研究中确定检测细胞类型丰度变化所需样本大小的统计挑战 | 细胞类型丰度变化 | digital pathology | cancer | single-cell RNA sequencing, mass cytometry | beta-binomial distribution | single-cell data | 超过20种细胞类型和30种癌症类型 |
| 12928 | 2024-08-07 |
Integration of spatial and single-cell transcriptomic data elucidates mouse organogenesis
2022-01, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-021-01006-2
PMID:34489600
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研究论文 | 本文通过应用基于图像的单细胞转录组学方法seqFISH，结合空间上下文和多重转录测量，研究了小鼠胚胎在8-12体节阶段的器官发生过程 | 本文首次将空间上下文与单细胞转录组数据整合，揭示了细胞类型在胚胎中的分布，并展示了通过seqFISH未测序基因的空间表达可以被推断 | NA | 研究小鼠胚胎发育的分子基础 | 小鼠胚胎在8-12体节阶段的器官发生过程 | 数字病理学 | NA | seqFISH | NA | 图像 | 387个目标基因 |
| 12929 | 2024-08-07 |
Dexamethasone modulates immature neutrophils and interferon programming in severe COVID-19
2022-01, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-021-01576-3
PMID:34782790
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序和血浆蛋白质组学技术，探讨了地塞米松在严重COVID-19中对未成熟中性粒细胞和干扰素编程的调节作用 | 发现COVID-19相关ARDS中存在由干扰素和前列腺素信号调节的特定中性粒细胞状态，地塞米松能改变这些中性粒细胞状态并重塑细胞间相互作用 | 研究主要集中在男性患者，可能影响结果的普遍性 | 揭示地塞米松在严重COVID-19中的作用机制，为开发针对性的免疫疗法提供依据 | 严重COVID-19患者中的中性粒细胞及其对地塞米松的反应 | 免疫学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序，血浆蛋白质组学 | NA | RNA序列，蛋白质 | 具体样本数量未在摘要中明确 |
| 12930 | 2024-08-07 |
An immunodominant NP105-113-B*07:02 cytotoxic T cell response controls viral replication and is associated with less severe COVID-19 disease
2022-01, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-021-01084-z
PMID:34853448
|
研究论文 | 研究了NP105-113-B*07:02特异性CD8 T细胞反应在SARS-CoV-2感染者中的主导作用及其与轻度COVID-19疾病的关系 | 展示了NP-B*07:02特异性T细胞在COVID-19疾病进展中的有益关联，并指出其在感染后6个月仍保持抗病毒效力 | NA | 探讨NP-B*07:02特异性T细胞反应与COVID-19疾病严重程度的关系，并为未来疫苗设计提供依据 | NP-B*07:02特异性T细胞反应及其在SARS-CoV-2感染中的作用 | 免疫学 | COVID-19 | 单细胞测序 | NA | T细胞受体使用、转录组特征和疾病严重程度数据 | 急性期77例，恢复期52例 |
| 12931 | 2024-08-07 |
Long non-coding RNAs (lncRNAs) NEAT1 and MALAT1 are differentially expressed in severe COVID-19 patients: An integrated single-cell analysis
2022, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0261242
PMID:35007307
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析，探讨了长非编码RNA NEAT1和MALAT1在重症COVID-19患者中的差异表达情况 | 首次综合分析了来自重症和轻症COVID-19患者的单细胞RNA测序数据，揭示了NEAT1和MALAT1在不同病情中的差异表达 | 研究仅限于特定的细胞类型和基因，可能需要更广泛的细胞和基因分析以全面理解其在COVID-19中的作用 | 揭示重症与轻症COVID-19患者之间的关键炎症差异因子 | 长非编码RNA NEAT1和MALAT1在COVID-19患者中的表达情况 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 包括来自重症和轻症COVID-19患者的支气管肺泡灌洗细胞和外周血单个核细胞 |
| 12932 | 2024-08-07 |
Optimization of Long-Term Human iPSC-Derived Spinal Motor Neuron Culture Using a Dendritic Polyglycerol Amine-Based Substrate
2022 Jan-Dec, ASN neuro
IF:3.9Q2
DOI:10.1177/17590914211073381
PMID:35023784
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研究论文 | 本文介绍了一种基于树枝状聚甘油胺（dPGA）基质的方法，用于延长人诱导多能干细胞（hiPSC）衍生的脊髓运动神经元（MNs）的长期培养 | 使用dPGA涂层培养皿，使得MNs更适合长期研究细胞活力、分子身份和自发网络电生理活动 | 目前hiPSC衍生的MN应用常受限于我们监测MN形态、存活和其他功能特性的能力 | 改善hiPSC衍生的MN的长期培养条件，以促进人类MN生物学和疾病的研究 | 人诱导多能干细胞（hiPSC）衍生的脊髓运动神经元（MNs） | NA | 脊髓性肌萎缩症，肌萎缩侧索硬化症 | NA | NA | NA | NA |
| 12933 | 2024-08-07 |
An atlas of dynamic peripheral blood mononuclear cell landscapes in human perioperative anaesthesia/surgery
2022-01, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.663
PMID:35061932
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研究论文 | 本研究探讨了围手术期麻醉对患者免疫细胞动态变化的影响，通过单细胞测序技术分析了外周血单个核细胞（PBMCs）的响应。 | 首次报道了围手术期麻醉/手术对循环免疫细胞时间表型的影响，并提供了单细胞层面的解决方案。 | NA | 研究围手术期麻醉对患者免疫系统的具体影响，特别是免疫细胞的动态变化。 | 外周血单个核细胞（PBMCs）及其在围手术期对麻醉的响应。 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | NA | 细胞数据 | PBMCs样本在麻醉和手术前1天、麻醉后0小时、24小时和48小时采集。 |
| 12934 | 2024-08-07 |
Extracellular vesicles produced by the human commensal gut bacterium Bacteroides thetaiotaomicron affect host immune pathways in a cell-type specific manner that are altered in inflammatory bowel disease
2022-01, Journal of extracellular vesicles
IF:15.5Q1
DOI:10.1002/jev2.12189
PMID:35064769
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研究论文 | 研究由人类共生肠道细菌Bacteroides thetaiotaomicron产生的胞外囊泡如何影响宿主免疫途径，特别是在炎症性肠病中的细胞类型特异性影响 | 首次详细分析了特定细菌胞外囊泡在不同免疫细胞类型中的作用，并探讨了健康与疾病状态下这些作用的差异 | 研究主要基于单细胞RNA测序数据和计算机模拟，需要进一步的实验验证 | 探讨肠道细菌胞外囊泡与宿主免疫细胞的相互作用，以促进炎症性肠病的治疗 | Bacteroides thetaiotaomicron产生的胞外囊泡及其对宿主免疫细胞的影响 | 数字病理学 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 未具体说明样本数量 |
| 12935 | 2024-08-07 |
Evaluation of deep convolutional neural networks for in situ hybridization gene expression image representation
2022, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0262717
PMID:35073334
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研究论文 | 本文评估了深度卷积神经网络在原位杂交基因表达图像表示中的应用 | 提出了一种对比学习任务——基因重识别，以计算原位杂交图像的表示，并在模型中实现了显著的改进 | NA | 更好地捕捉人类大脑皮层中基因表达的复杂模式 | 原位杂交图像中的基因表达强度和模式 | 计算机视觉 | 精神分裂症 | 深度卷积神经网络 | CNN | 图像 | 约1000个基因的数据集，来自42个个体；第二个数据集包含78个基因，来自53个个体 |
| 12936 | 2024-08-07 |
Cell-by-cell dissection of phloem development links a maturation gradient to cell specialization
2021-Dec-24, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.aba5531
PMID:34941412
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研究论文 | 本文利用单细胞转录组学技术，重建了原生韧皮部从细胞前体到根部分化末期的发育轨迹，揭示了韧皮部发育中成熟梯度与细胞特化之间的关系。 | 首次通过单细胞转录组学方法，详细解析了韧皮部发育过程中的细胞成熟梯度和细胞特化机制。 | NA | 研究植物韧皮部发育过程中细胞成熟梯度与细胞特化之间的联系。 | 植物韧皮部的发育过程及其调控机制。 | 植物学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 12937 | 2024-08-07 |
Single-cell profiling of T and B cell repertoires following SARS-CoV-2 mRNA vaccine
2021-12-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.153201
PMID:34935643
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序和功能性检测，比较了接种两剂SARS-CoV-2 mRNA疫苗后与无症状康复者之间的体液和细胞免疫反应 | 本研究发现接种疫苗后富集了针对刺突蛋白的B细胞、激活的CD4+ T细胞以及强大的抗原特异性多功能CD4+ T细胞反应 | 尽管观察到克隆扩增的CD8+ T细胞，但其反应相对较弱且变化较大 | 探究接种SARS-CoV-2 mRNA疫苗后的转录和免疫谱变化 | T细胞和B细胞的免疫谱 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 未具体说明样本数量 |
| 12938 | 2024-08-07 |
Volumetric compression develops noise-driven single-cell heterogeneity
2021-12-21, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2110550118
PMID:34916290
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研究论文 | 本文研究了物理压缩对非小细胞肺癌细胞异质性的影响，并通过单细胞转录组测序和单分子荧光原位杂交技术进行了验证 | 首次揭示了物理微环境对单细胞异质性的贡献，并展示了机械刺激通过改变转录动力学影响细胞命运决定的机制 | NA | 探讨物理微环境对单细胞异质性的影响及其机制 | 非小细胞肺癌细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞转录组测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 12939 | 2024-08-07 |
CARMN Is an Evolutionarily Conserved Smooth Muscle Cell-Specific LncRNA That Maintains Contractile Phenotype by Binding Myocardin
2021-12-07, Circulation
IF:35.5Q1
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研究论文 | 本文研究了一种名为CARMN的进化保守的平滑肌细胞特异性长非编码RNA，通过结合肌动蛋白来维持收缩表型 | CARMN是首个被发现与肌动蛋白相互作用的非编码RNA，其在维持血管平滑肌细胞收缩表型中起着先前未被重视的作用 | NA | 研究CARMN在维持血管平滑肌细胞分化表型中的作用及其分子机制 | CARMN在血管平滑肌细胞中的表达及其对收缩表型的影响 | 数字病理学 | 心血管疾病 | RNA测序 | NA | RNA | 涉及人类和鼠类的血管疾病模型，以及CARMN敲入和敲除的小鼠模型 |
| 12940 | 2024-08-07 |
Impact of chemotherapy and immunotherapy on the composition and function of immune cells in COVID-19 convalescent with gynecological tumors
2021-12-04, Aging
DOI:10.18632/aging.203739
PMID:34862879
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研究论文 | 研究了化疗和免疫治疗对COVID-19康复者中妇科肿瘤患者免疫细胞组成和功能的影响 | 发现COVID-19康复者中妇科肿瘤患者的免疫细胞分子特征与无肿瘤的COVID-19患者相似，且抗PD-L1治疗能显著增强NK细胞和T细胞的细胞毒性评分及T细胞的克隆扩增 | 样本量较小，仅包括3名健康捐赠者、4名COVID-19患者和4名COVID-19合并妇科肿瘤患者 | 探讨COVID-19康复者中妇科肿瘤患者的免疫记忆及其对化疗和免疫治疗的响应 | COVID-19康复者中妇科肿瘤患者的免疫细胞 | NA | 妇科肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 血液样本 | 3名健康捐赠者，4名COVID-19患者，4名COVID-19合并妇科肿瘤患者 |