单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27435 篇文献，本页显示第 12921 - 12940 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 12921 | 2024-08-04 |
Glutamine antagonist DRP-104 suppresses tumor growth and enhances response to checkpoint blockade in KEAP1 mutant lung cancer
2024-Mar-29, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adm9859
PMID:38536921
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研究论文 | 本文研究了谷氨酰胺拮抗剂DRP-104对KEAP1突变肺癌肿瘤生长的抑制作用及其在免疫检查点抑制剂中的应用 | 提出了DRP-104作为一种新的靶向治疗策略，能够通过抑制谷氨酰胺依赖的核苷酸合成来改善T细胞的抗肿瘤反应 | 目前仅在预临床模型中进行研究，临床试验结果尚未发布 | 探索DRP-104作为治疗KEAP1突变肺癌的新方法 | KEAP1突变肺癌模型，包括患者来源的异种移植模型和抗原性原位肺癌模型 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞测序 | NA | 细胞和组织样本 | NA |
| 12922 | 2024-08-07 |
DELVE: feature selection for preserving biological trajectories in single-cell data
2024-Mar-29, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-46773-z
PMID:38553455
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research paper | 本文介绍了一种名为DELVE的无监督特征选择方法，用于在单细胞数据中保留生物学轨迹 | DELVE采用自下而上的方法来减少混杂变异源的影响，并基于核心调控复合体从动态基因或蛋白质模块中建模细胞状态 | NA | 旨在识别能够稳健重现细胞轨迹的分子特征子集 | 单细胞数据中的生物学轨迹 | digital pathology | NA | single-cell RNA sequencing, iterative immunofluorescence imaging | NA | single-cell data | NA |
| 12923 | 2024-08-07 |
The remission status of AML patients after allo-HCT is associated with a distinct single-cell bone marrow T-cell signature
2024-Mar-28, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2023021815
PMID:38197505
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了急性髓系白血病（AML）患者在接受异基因造血干细胞移植（allo-HCT）100天后骨髓T淋巴细胞和CD34+细胞的特征，以识别与即将复发（REL）或持续完全缓解（CR）相关的T细胞特征。 | 研究首次揭示了在allo-HCT后，骨髓T细胞的特定单细胞特征与AML患者的缓解状态相关，并识别出ADGRG1/GPR56作为CR CD8+ T细胞的表面标记物。 | 研究样本量较小，仅涉及6名患者，可能影响结果的普遍性。 | 旨在识别与AML患者allo-HCT后缓解状态相关的T细胞特征。 | 急性髓系白血病患者的骨髓T淋巴细胞和CD34+细胞。 | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 细胞 | 6名AML患者 |
| 12924 | 2024-08-04 |
HyGAnno: hybrid graph neural network-based cell type annotation for single-cell ATAC sequencing data
2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae152
PMID:38581422
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研究论文 | 本研究提出了一种新的自动化细胞注释方法HyGAnno，适用于单细胞ATAC测序数据 | HyGAnno通过并行图神经网络以半监督方式将细胞类型信息从标记良好的scRNA-seq参考转移到未标记的scATAC-seq目标，并利用全基因组可及性峰特征来促进训练过程 | 在一些数据集上，细胞预测的可靠性可能较低，影响注释的准确性 | 研究开发一种高效的细胞类型注释方法，以提高单细胞ATAC测序数据的细胞注释质量 | 本研究关注的对象是细胞类型注释，特别是针对单细胞ATAC测序数据的未标记样本 | 数字病理 | 肿瘤 | 图神经网络 | 并行图神经网络 | 单细胞ATAC测序数据 | 在多个数据集上评估，具体样本量未给出 |
| 12925 | 2024-08-07 |
Single-cell epigenomic dysregulation of Systemic Sclerosis fibroblasts via CREB1/EGR1 axis in self-assembled human skin equivalents
2024-Mar-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.22.586316
PMID:38585776
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研究论文 | 研究分析了系统性硬化症（SSc）的3D皮肤样组织模型在单细胞分辨率下的转录组（scRNA-seq）和表观遗传（scATAC-seq）特征 | 首次在单细胞水平上分析了SSc皮肤样组织模型的转录组和表观遗传特征，并鉴定了特定的纤维细胞亚群 | NA | 研究系统性硬化症的皮肤纤维化和内部器官受累的分子机制 | 系统性硬化症患者的自体纤维细胞、巨噬细胞和血浆构建的3D皮肤样组织模型 | 数字病理学 | 系统性硬化症 | scRNA-seq, scATAC-seq | NA | 单细胞转录组, 单细胞表观遗传 | 使用了来自系统性硬化症患者和健康对照捐赠者的纤维细胞、巨噬细胞和血浆 |
| 12926 | 2024-08-04 |
Modeling interpretable correspondence between cell state and perturbation response with CellCap
2024-Mar-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.14.585078
PMID:38558987
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研究论文 | 本研究提出CellCap，一种旨在对单细胞扰动实验进行端到端分析的深度生成模型 | CellCap通过稀疏字典学习将细胞状态特异的扰动响应解构为一组转录响应程序，并通过点积交叉注意力来增强模型的解释能力 | 该研究主要评估CellCap在多个模拟场景下的模型可解释性，可能在某些实际应用中表现不佳 | 揭示细胞状态与扰动响应之间的关系，以深入理解细胞行为 | 使用单细胞转录组学和扰动数据集进行分析 | 数字病理学 | NA | 深度生成模型 | 生成模型 | 转录组数据 | 两个真实的单细胞扰动数据集 |
| 12927 | 2024-08-07 |
Heterogeneity of layer 4 in visual areas of rhesus macaque cortex
2024-Mar-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.11.584345
PMID:38559123
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，详细研究了猕猴视觉皮层中五个相邻区域的细胞异质性，并开发了一种新的脑空间存档方法BrainSPACE。 | 开发了一种新的脑空间存档方法BrainSPACE，并首次揭示了猕猴视觉皮层中特定神经元亚型的分布和密度梯度。 | NA | 探索猕猴视觉皮层中相邻区域的细胞异质性和层次结构。 | 猕猴视觉皮层中的V1、V2、V4、MT和TEO区域。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），小分子荧光原位杂交 | NA | 基因表达数据 | 约100,000个来自视觉区域V1和V4的细胞核 |
| 12928 | 2024-08-07 |
[Single-cell transcriptome characterization of oral mucosal fibroblasts]
2024-Feb, Shanghai kou qiang yi xue = Shanghai journal of stomatology
PMID:38583017
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研究论文 | 本研究通过整合口腔黏膜和皮肤组织的单细胞数据库，对成纤维细胞亚群进行了分类和功能分析 | 首次在单细胞水平上统一了口腔黏膜和皮肤组织成纤维细胞亚型的分类，并分析了它们在功能上的异同 | NA | 阐明正常口腔黏膜和皮肤组织中成纤维细胞亚型的组成和功能差异，为组织修复和再生领域的未来应用提供基础 | 口腔黏膜和皮肤组织的成纤维细胞亚群 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组测序 | UMAP | 转录组数据 | 四个单细胞数据库 |
| 12929 | 2024-08-04 |
Direct male development in chromosomally ZZ zebrafish
2024, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2024.1362228
PMID:38529407
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研究论文 | 本文探讨了NA斑马鱼的性别决定和生殖腺发育机制。 | 揭示了NA斑马鱼在性别决定过程中的直接雄性发育机制，以及性腺发育中不同染色体的作用。 | 研究主要集中于特定的斑马鱼品系，可能无法广泛适用于其他物种。 | 了解NA斑马鱼的性腺发育机制。 | 研究对象为NA斑马鱼及其不同性别的发育过程。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 文本和图像 | 19dpf和30dpf的性腺样本 |
| 12930 | 2024-08-07 |
Targeting Monocyte Derived CCL17 Attenuates Murine Crescentic Glomerulonephritis by Affecting Renal CCR4+ Regulatory T-Cell Recruitment
2024, American journal of nephrology
IF:4.3Q1
DOI:10.1159/000534151
PMID:37742620
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了人及小鼠肾炎肾脏中的白细胞，发现CCL17作为免疫介导性肾脏疾病的潜在治疗靶点，并通过小鼠模型探讨了靶向CCL17的效果。 | 首次研究了化学因子受体CCR4及其配体CCL17在免疫介导性新月形肾小球肾炎中的功能重要性及其对白细胞招募的相关性。 | NA | 探讨化学因子受体CCR4及其配体CCL17在免疫介导性新月形肾小球肾炎中的作用及治疗潜力。 | 人及小鼠肾炎肾脏中的白细胞，以及小鼠新月形肾小球肾炎模型。 | NA | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 人及小鼠肾炎肾脏中的白细胞样本 |
| 12931 | 2024-08-07 |
Identification and validation of immune and cuproptosis - related genes for diabetic nephropathy by WGCNA and machine learning
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1332279
PMID:38390317
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研究论文 | 本研究通过WGCNA和机器学习方法，识别并验证了与糖尿病肾病相关的免疫和铜死亡相关基因 | 结合机器学习、WGCNA、免疫细胞浸润和PPI分析，首次识别出与铜死亡、免疫和糖尿病肾病相关的三个关键基因 | NA | 探索糖尿病肾病的早期诊断方法，并识别潜在的诊断标志物 | 糖尿病肾病相关的免疫和铜死亡相关基因 | 机器学习 | 糖尿病肾病 | WGCNA, 机器学习, 蛋白质-蛋白质相互作用网络分析 | NA | 基因表达数据, 单细胞RNA测序数据 | 包括GSE30122和GSE30529两个数据集，以及STZ诱导和db/db糖尿病肾病小鼠模型 |
| 12932 | 2024-08-04 |
Direct Male Development in Chromosomally ZZ Zebrafish
2023-Dec-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.27.573483
PMID:38234788
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研究论文 | 该文章研究了NA斑马鱼的性别决定和生殖腺发展机制 | 揭示了NA斑马鱼在生殖腺发育中直接形成睾丸而非经过幼年卵巢阶段的机制 | 未明确提及该研究的局限性 | 理解NA斑马鱼的性别决定和生殖腺发育机制 | ZZ和ZW斑马鱼的生殖腺发育过程 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 肝脏组织样本 | 涉及19天和30天后生殖腺的样本 |
| 12933 | 2024-08-04 |
Glutamine antagonist DRP-104 suppresses tumor growth and enhances response to checkpoint blockade in KEAP1 mutant lung cancer
2023-Jun-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.06.27.546750
PMID:37425844
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研究论文 | 研究表明谷氨酰胺拮抗剂DRP-104可以抑制KEAP1突变肺癌的肿瘤生长并增强对检查点抑制的反应 | 这是首次将谷氨酰胺拮抗剂与检查点抑制结合的研究，展示了其改善T细胞功能和抑制肿瘤生长的潜力 | 该研究主要基于临床前模型，尚需进行更多临床试验以验证其疗效 | 开发针对KEAP1突变肺癌的靶向治疗方案 | 使用患者来源的异种移植模型和抗原性原位肺癌模型进行研究 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞测序 | NA | 生物样本数据 | NA |
| 12934 | 2024-08-04 |
Spatial transcriptomics reveals molecular dysfunction associated with Lewy pathology
2023-May-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.05.17.541144
PMID:37292685
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研究论文 | 本研究使用空间转录组学揭示与路易体病理相关的分子功能失调 | 首次识别出在皮质中易患路易体病的特定兴奋性神经元，并提出了路易体相关分子功能失调的基因特征 | 研究仅集中于那些有无病理的皮质神经元，可能未覆盖其他类型神经元的变化 | 探讨哪些神经元易于发展为路易体病，并识别相关的分子变化 | 路易体病的皮质神经元及其转录组特征 | 数字病理学 | 帕金森病 | 空间转录组学 | 小鼠模型 | 转录组数据 | 使用了来自人类及小鼠的多个皮质神经元样本 |
| 12935 | 2024-08-07 |
A vein wall cell atlas of murine venous thrombosis determined by single-cell RNA sequencing
2023-01-31, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-023-04492-z
PMID:36721040
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了小鼠下腔静脉在血栓形成24小时后的细胞图谱 | 首次在单细胞水平上描述了急性静脉血栓形成期间静脉壁的转录组变化，为早期病理事件提供了新见解 | NA | 探讨深静脉血栓的细胞和分子机制 | 小鼠下腔静脉在血栓形成后的细胞类型和转录组变化 | 数字病理学 | 静脉血栓 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 小鼠下腔静脉样本 |
| 12936 | 2024-08-07 |
CD31 promotes diffuse large B-cell lymphoma metastasis by upregulating OPN through the AKT pathway and inhibiting CD8+ T cells through the mTOR pathway
2023, American journal of translational research
IF:1.7Q4
PMID:37193155
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研究论文 | 本研究探讨了CD31在弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）转移中的作用及其机制 | 首次揭示了CD31通过上调OPN和抑制CD8+ T细胞在DLBCL转移中的作用 | NA | 探究DLBCL侵袭机制及CD31在其中的作用 | DLBCL细胞、CD31、CD8+ T细胞 | 数字病理学 | 淋巴瘤 | 实时聚合酶链反应、蛋白质印迹、免疫荧光、免疫组化染色、RNA测序 | NA | RNA | 40名新诊断的DLBCL患者 |
| 12937 | 2024-08-07 |
Single-Cell Sequencing of iPSC-Dopamine Neurons Reconstructs Disease Progression and Identifies HDAC4 as a Regulator of Parkinson Cell Phenotypes
2019-01-03, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2018.10.023
PMID:30503143
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组分析技术，研究了携带GBA-N370S突变的iPSC衍生的多巴胺神经元，揭示了疾病进展的基因表达变化轴，并发现HDAC4作为疾病进展的上游调控因子 | 首次揭示HDAC4在帕金森病细胞表型中的调控作用，并验证了HDAC4调节化合物对疾病相关细胞表型的纠正作用 | NA | 探索帕金森病的疾病机制并寻找治疗靶点 | iPSC衍生的多巴胺神经元 | 数字病理学 | 帕金森病 | 单细胞转录组分析 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 12938 | 2024-08-07 |
Dynamic states of cervical epithelia during pregnancy and epithelial barrier disruption
2023-Feb-17, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.105953
PMID:36718364
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组和空间分析，识别了非孕期、孕期和分娩期小鼠宫颈上皮的亚型 | 发现了孕期中两种杯状细胞亚型在宫颈上皮最表层的分布，并揭示了它们表达的新保护因子和独特的黏膜网络 | NA | 探究宫颈上皮在孕期和分娩期间的动态变化及其对维持妊娠的重要性 | 宫颈上皮在不同妊娠阶段的亚型及其功能变化 | NA | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 涉及非孕期、孕期和分娩期的小鼠宫颈上皮样本 |
| 12939 | 2024-08-07 |
Targeting p21Cip1 highly expressing cells in adipose tissue alleviates insulin resistance in obesity
2022-01-04, Cell metabolism
IF:27.7Q1
DOI:10.1016/j.cmet.2021.11.002
PMID:34813734
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学方法，发现并验证了在肥胖状态下脂肪组织中高表达p21的细胞群体，通过清除这些细胞可以缓解胰岛素抵抗。 | 首次发现并验证了p21高表达细胞在肥胖相关胰岛素抵抗中的关键作用，并提出了通过清除这些细胞来治疗胰岛素抵抗的新策略。 | 研究主要在动物模型和小规模人体实验中进行，需要进一步的大规模临床试验验证。 | 探索并验证针对肥胖状态下脂肪组织中p21高表达细胞的治疗策略，以缓解胰岛素抵抗。 | 肥胖状态下脂肪组织中的p21高表达细胞及其在胰岛素抵抗中的作用。 | NA | 糖尿病 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 使用了p21-Cre小鼠模型和人体脂肪样本进行实验。 |
| 12940 | 2024-08-07 |
Hypoxic microenvironment induced spatial transcriptome changes in pancreatic cancer
2021-Jun-04, Cancer biology & medicine
IF:5.6Q1
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术探讨了胰腺导管腺癌（PDAC）中缺氧微环境诱导的空间转录组变化 | 首次描述了胰腺导管腺癌中缺氧微环境诱导的空间转录组变化，并识别了潜在的治疗靶点 | NA | 探讨胰腺导管腺癌中缺氧微环境诱导的空间转录组变化及其临床相关性 | 胰腺导管腺癌中的缺氧微环境和空间转录组变化 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 使用了移植到裸鼠后肢缺血区域的PDAC样本进行研究 |